View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14712_low_10 (Length: 425)

Name: NF14712_low_10
Description: NF14712
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14712_low_10
NF14712_low_10
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (15-397)||(19580591-19580973)
chr6 (15-397)||(19596986-19597367)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (15-401)||(42827987-42828371)
chr2 (162-401)||(40127930-40128174)
chr2 (166-401)||(43517201-43517441)
chr2 (320-389)||(40127875-40127944)
chr2 (320-389)||(43517427-43517496)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (88-401)||(41384827-41385140)
chr7 (162-401)||(41592330-41592574)
chr7 (15-74)||(41385136-41385195)
chr7 (321-389)||(41592561-41592629)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (82-295)||(31200280-31200498)
chr3 (15-63)||(31200231-31200278)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 19580973 - 19580591
Alignment:
Q  15 gatgaataattggaagagtaataatttgaagagtacatatagcgatgtgcagtgtcgatgttgcggcaagctacgatggtgctcatgcgagctgtgttgg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19580973 gatgaataattggaagagtaataatttgaagggtacatatggcgatgtggagtgtcgatcttgcggcaagctacgatggtgctcatgcgagatgtgttgg 19580874  T
Q  115 cttcgagaaggatgaggacacataaggagacacacaaaacaacaatatataaattggaatgtgaatttgataaattagcctggattgcaattaaattaat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19580873 cttcgagaaggatgaggacacataaggagacacacaaaacaacaatatataaattggaatgtgaatttgataaattagcatggattgcaattaaattaat 19580774  T
Q  215 tgaaattctggattgaattgacatgaattggaactccatgggaatgaattgtccacaattaatgagatatctatcatggctgttgcatgtggataaaagg 314  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19580773 tggaattatggattgaattgacatgaattggaactccatgggaatgaattggccacaattcatgagatatctatcatggctattgcatgtggataaaagg 19580674  T
Q  315 ctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagtataggacttttttaaacataaacatttgtaaattatgcagaa 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19580673 ctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtctagtataggacttttttaaatataaacatttgtaaattatgcagaa 19580591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 15 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 19597367 - 19596986
Alignment:
Q  15 gatgaataattggaagagtaataatttgaagagtacatatagcgatgtgcagtgtcgatgttgcggcaagctacgatggtgctcatgcgagctgtgttgg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19597367 gatgaataattggaagagtaataatttgaagggtacatatggcgatgtgtagtgtcgatgttgcggcaagctacgatggtgctcatgcgagatgtgttgg 19597268  T
Q  115 cttcgagaaggatgaggacacataaggagacacacaaaacaacaatatataaattggaatgtgaatttgataaattagcctggattgcaattaaattaat 214  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  19597267 cttcaagaagaatgaggacacataaggagacacacgaaacaacaatatataaattggaatgtgaatttgataaattagcatggatttcaattaaattaat 19597168  T
Q  215 tgaaattctggattgaattgacatgaattggaactccatgggaatgaattgtccacaattaatgagatatctatcatggctgttgcatgtggataaaagg 314  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19597167 tggaattctggattgaattgacatgaattggaactccatgggaatgaattggccacaattcatgagatatctatcatggctattgcatgtggataaaagg 19597068  T
Q  315 ctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagtataggacttttttaaacataaacatttgtaaattatgcagaa 397  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19597067 ctagaattatgcagaagttggaa-taagcattgtgtctagtatagggcttttttaaacataaacatttgtaaattatgcagaa 19596986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 15 - 401
Target Start/End: Original strand, 42827987 - 42828371
Alignment:
Q  15 gatgaataattggaagagtaataatttgaagagtacatatagcgatgtgcagtgtcgatgttgcggcaagctacgatggtgctcatgcgagctgtgttgg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  42827987 gatgaataattggaagagtaataatttgaagggtacatatggcgatgtgtagtgtcgatgttgcggcaagctacgatggtgctcatgcaagatgtgttgg 42828086  T
Q  115 cttcgagaaggatgaggacacataaggagacacacaaaacaacaatatataaattggaatgtgaatttgataaattagcctggattgcaattaaattaat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42828087 cttcgagaaggatgaggacacataaggagacacacaaaacaataatatataaattgaaatttgaatttgataaattagcatggattgcaattaaattaat 42828186  T
Q  215 tgaaattctggattgaattgacatgaattggaactccatgggaatgaattgtccacaattaatgagatatctatcatggctgttgcatgtggataaaagg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42828187 tgaaattctggattgaattgacatgaattggaactccacgggaataaattggccacaattcatgagatatctatcatggctattgcatgtggataaaagg 42828286  T
Q  315 ctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagtataggacttttttaaacataaacatttgtaaattatgcagaagttg 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  42828287 ctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtctagtataggacttttttaaac--aaacatttgtaaattatacagaagttg 42828371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 162 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 40128174 - 40127930
Alignment:
Q  162 tataaattggaatgtgaatttgataaattagcctggattgcaattaaattaattgaaattctggattgaattgacatgaattggaactc-----catggg 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||||    
T  40128174 tataaattggaatgtgaatttgataaattagcatggattgcaattaaattaattggaattctggattgaattgacatgaattggaagtcactttcatggg 40128075  T
Q  257 aatgaattgtccacaattaatgagatatctatcatggctgttgcatgtggataaaaggctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagta 356  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40128074 aatgaattggccacaattcatgagatatctatcatggctaatgcatatggacaaaaggctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtctagta 40127975  T
Q  357 taggacttttttaaacataaacatttgtaaattatgcagaagttg 401  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40127974 tatgacttttttaaacataaacatttgtacattatgcagaagttg 40127930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 166 - 401
Target Start/End: Original strand, 43517201 - 43517441
Alignment:
Q  166 aattggaatgtgaatttgataaattagcctggattgcaattaaattaattgaaattctggattgaattgacatgaattggaactc-----catgggaatg 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| ||     ||||||||||    
T  43517201 aattggaatgtgaatttgataaattagcatggattgcaattaaattaattagaattctggattgaattgacatgaatttgaagtcaccttcatgggaatg 43517300  T
Q  261 aattgtccacaattaatgagatatctatcatggctgttgcatgtggataaaaggctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagtatagg 360  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |    
T  43517301 aattggccacaattcatgagatatctatcatgactaatgcatatggccaaaaggctagaattatgcagaagttgaaactaagcattgtgtctagtatatg 43517400  T
Q  361 acttttttaaacataaacatttgtaaattatgcagaagttg 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43517401 acttttttaaacataaacatttgtacattatgcagaagttg 43517441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 40127944 - 40127875
Alignment:
Q  320 attatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagtataggacttttttaaacataaacatttgtaaatt 389  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  40127944 attatgcagaagttgaagctaagcactgtatctaatatatgacttttttaaacataggcatttgtaaatt 40127875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 320 - 389
Target Start/End: Original strand, 43517427 - 43517496
Alignment:
Q  320 attatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagtataggacttttttaaacataaacatttgtaaatt 389  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  43517427 attatgcagaagttgaagctaagcactgtatctaatatatgacttttttaaacataggcatttgtaaatt 43517496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 88 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 41385140 - 41384827
Alignment:
Q  88 cgatggtgctcatgcgagctgtgttggcttcgagaaggatgaggacacataaggagacacacaaaacaacaatatataaattggaatgtgaatttgataa 187  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41385140 cgatggtgctcatgcgagatgtgttggcttcgagaaggatgagaacacataaggagacacacaaaacaacaatatataaattggaatgtgaatttgataa 41385041  T
Q  188 attagcctggattgcaattaaattaattgaaattctggattgaattgacatgaattggaactccatgggaatgaattgtccacaattaatgagatatcta 287  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  41385040 attagcatggatttcaattaaattaattggaattctggattgaattgacatgaattggaactccatgggaatgaattggccacaattcatgagatatcta 41384941  T
Q  288 tcatggctgttgcatgtggataaaaggctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagtataggacttttttaaacataaacatttgtaaa 387  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41384940 tcttggctattgcatgtggataaaaggctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtctagtataggacttttttaaacataaatatttgtaaa 41384841  T
Q  388 ttatgcagaagttg 401  Q
    ||||||||||||||    
T  41384840 ttatgcagaagttg 41384827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 162 - 401
Target Start/End: Original strand, 41592330 - 41592574
Alignment:
Q  162 tataaattggaatgtgaatttgataaattagcctggattgcaattaaattaattgaaattctggattgaattgacatgaattggaactc-----catggg 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||||    
T  41592330 tataaattggaatgtgaatttgataaattagcatggattgcaattaaattaattggaattctggattgaattgacatgaattggaagtcactttcatggg 41592429  T
Q  257 aatgaattgtccacaattaatgagatatctatcatggctgttgcatgtggataaaaggctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagta 356  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41592430 aatgaattggccacaattcatgagatatctatcatggctaatgcatatggacaaaaggctagaattatgcagaagttggaactaagcattgtgtctagta 41592529  T
Q  357 taggacttttttaaacataaacatttgtaaattatgcagaagttg 401  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  41592530 tatgacttttttaaacataaacatttgtacgttatgcagaagttg 41592574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 41385195 - 41385136
Alignment:
Q  15 gatgaataattggaagagtaataatttgaagagtacatatagcgatgtgcagtgtcgatg 74  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  41385195 gatgaataattggaagagtaatcattttaagggtacatatggcgatgtgtagtgtcgatg 41385136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 321 - 389
Target Start/End: Original strand, 41592561 - 41592629
Alignment:
Q  321 ttatgcagaagttggaactaagcattgtgtccagtataggacttttttaaacataaacatttgtaaatt 389  Q
    ||||||||||||||   ||||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  41592561 ttatgcagaagttgatgctaagcactgtatctaatatatgacttttttaaacataggcatttgtaaatt 41592629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 82 - 295
Target Start/End: Original strand, 31200280 - 31200498
Alignment:
Q  82 aagctacgatggtgctcatgcgagctgtgttggcttcgagaaggatgaggacacataaggagacacacaaaacaacaatatataaattggaatgtgaatt 181  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31200280 aagctgcgatggtgctcatgcgagatgtgttgacttcgagaaggatgaggacacataaggagacacacaaaacaacaatgtataaattggaatgtgaatt 31200379  T
Q  182 tgataaattagcctggattgcaattaaattaattgaaattctggattgaattgacatgaattggaactc-----catgggaatgaattgtccacaattaa 276  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |    
T  31200380 tgataaattagcatggattgcaattaaattaattgaaattctggattgaattgacatgaattggaactcaccttcatgggaatgaattgtccacaattca 31200479  T
Q  277 tgagatatctatcatggct 295  Q
    | |||||||||||||||||    
T  31200480 taagatatctatcatggct 31200498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 63
Target Start/End: Original strand, 31200231 - 31200278
Alignment:
Q  15 gatgaataattggaagagtaataatttgaagagtacatatagcgatgtg 63  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  31200231 gatgaataattggaagagtaataatttgaag-gtacatatggcgatgtg 31200278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University