View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14718_low_2 (Length: 423)

Name: NF14718_low_2
Description: NF14718
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14718_low_2
NF14718_low_2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (20-418)||(22902529-22902926)
chr1 (51-225)||(46885962-46886135)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (23-418)||(26662276-26662667)
chr2 (51-119)||(26666243-26666311)
chr2 (51-120)||(26662004-26662073)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (113-418)||(2982-3286)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (112-418)||(32716745-32717050)
chr8 (112-418)||(10638561-10638866)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (171-418)||(13341341-13341585)
chr7 (171-418)||(13330426-13330670)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (171-418)||(5670874-5671118)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-112)||(19702507-19702600)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (280-418)||(48943908-48944046)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (280-418)||(34148491-34148629)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 418
Target Start/End: Original strand, 22902529 - 22902926
Alignment:
Q  20 cacaatttggcattcttttgttttttccatcatgatattcccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttgaaatcactatgtatt 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22902529 cacaatttgacattcttttgttttttccatcatgatattcccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttggaatcactatgtatt 22902628  T
Q  120 tggatgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgtttttaatcatgac 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  22902629 tggatgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcagcaattttttgtttttaatcatgac 22902728  T
Q  220 acatttgatggaaatacgtgaaaggaggnnnnnnnnttatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgtt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22902729 acatttgatggaaatacgtgaaaagaag-aaaaaaattatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgtt 22902827  T
Q  320 atgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22902828 atgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagcgaaaaaggtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 22902926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 51 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 46886135 - 46885962
Alignment:
Q  51 atgatattcccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttgaaatcactatgtatttggatgtttgtgctctgtttagaatgttata 150  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46886135 atgatattcccaagtgtaaaattttatctaagaaagtgagatttgtcaaatttagaatcactatatatt-ggatgtttgtcctctgtttagaatgttata 46886037  T
Q  151 tatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgtttttaatcatgacacattt 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46886036 tatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcagcaattttttgtttttaatcatgacacattt 46885962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 23 - 418
Target Start/End: Original strand, 26662276 - 26662667
Alignment:
Q  23 aatttggcattcttttgttttttccatcatgatattcccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttgaaatcactatgtatttgg 122  Q
    |||||| |||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  26662276 aatttgacattcttttgttt---ccatcatgatatttccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttggaatcactatatatttgg 26662372  T
Q  123 atgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgtttttaatcatgacaca 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  26662373 atgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcagcaattttttgtttttaatcatgacaca 26662472  T
Q  223 tttgatggaaatacgtgaaaggaggnnnnnnnnttatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26662473 tttgatggaaatacgtgaaaggaag-aaaaaaattatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatg 26662571  T
Q  323 ctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26662572 ctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagcgaaaaaggtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 26662667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 51 - 119
Target Start/End: Original strand, 26666243 - 26666311
Alignment:
Q  51 atgatattcccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttgaaatcactatgtatt 119  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  26666243 atgatgttcccaagtgtgacatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttggaatcactatatatt 26666311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 51 - 120
Target Start/End: Original strand, 26662004 - 26662073
Alignment:
Q  51 atgatattcccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttgaaatcactatgtattt 120  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  26662004 atgatgttcccaaatgtgacatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttggaatcattatatattt 26662073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 113 - 418
Target Start/End: Original strand, 2982 - 3286
Alignment:
Q  113 atgtatttggatgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgtttttaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  2982 atgtatttggatgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcagcaattttttgtttttaa 3081  T
Q  213 tcatgacacatttgatggaaatacgtgaaaggaggnnnnnnnnttatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3082 tcatgacacatttgatggaaatacgtgaaaggaagaaaaaaa-ttatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaa 3180  T
Q  313 ttgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtag 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3181 ttgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaaggtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtag 3280  T
Q  413 aattat 418  Q
    ||||||    
T  3281 aattat 3286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 112 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 32717050 - 32716745
Alignment:
Q  112 tatgtatttggatgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgttttta 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32717050 tatgtatttggatgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcagcaattttttgttttta 32716951  T
Q  212 atcatgacacatttgatggaaatacgtgaaaggaggnnnnnnnnttatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgaca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32716950 atcatgacacatttgatggaaatacgtgaaaggaagaaaaaaa-ttatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgaca 32716852  T
Q  312 attgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgta 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32716851 attgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagcgaaaaaggtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgta 32716752  T
Q  412 gaattat 418  Q
    |||||||    
T  32716751 gaattat 32716745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 112 - 418
Target Start/End: Original strand, 10638561 - 10638866
Alignment:
Q  112 tatgtatttggatgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgttttta 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  10638561 tatgtatttggatgtttgtgctctgtttagaatgttatatatggtgtaattcctatgtctctaatatagtattatgatgtgcagcaattttttgttttta 10638660  T
Q  212 atcatgacacatttgatggaaatacgtgaaaggaggnnnnnnnnttatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgaca 311  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10638661 atcatgtcacatttgatggaaatacgtgaaaggaagaaaaaaa-ttatagcaatgtttatgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgaca 10638759  T
Q  312 attgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgta 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10638760 attgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagcgaaaaaggtcatgggatttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgta 10638859  T
Q  412 gaattat 418  Q
    |||||||    
T  10638860 gaattat 10638866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 171 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 13341585 - 13341341
Alignment:
Q  171 tctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgtttttaatcatgacacatttgatggaaatacgtgaaaggaggnnnnnnnnttatagcaatgttta 270  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |        |||||||||||||||    
T  13341585 tctaataaagtattatgacctgcagcaat-ttttcttttta-tcatgacacatttgatggaaatgcgtgacaggaagaaaaaaa-ttatagcaatgttta 13341489  T
Q  271 tgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatggga 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |    
T  13341488 tgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagcgaaaaaggtcatggaa 13341389  T
Q  371 tttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13341388 tttttatgaaagaagtttagttagagaagtccattttcgtagaattat 13341341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 171 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 13330670 - 13330426
Alignment:
Q  171 tctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgtttttaatcatgacacatttgatggaaatacgtgaaaggaggnnnnnnnnttatagcaatgttta 270  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |        |||||||||||||||    
T  13330670 tctaataaagtattatgacctgcagcaat-ttttcttttta-tcatgacacatttgatggaaatgcgtgacaggaagaaaaaaa-ttatagcaatgttta 13330574  T
Q  271 tgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatggga 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||| |    
T  13330573 tgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgtttgaaaaagcgaaaaaggtcatggaa 13330474  T
Q  371 tttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13330473 tttttatgaaagaagtttagttagagaagtccattttcgtagaattat 13330426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 171 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 5671118 - 5670874
Alignment:
Q  171 tctaatatagtattatgatgtgcatcaatattttgtttttaatcatgacacatttgatggaaatacgtgaaaggaggnnnnnnnnttatagcaatgttta 270  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |        |||||||||||||||    
T  5671118 tctaataaagtattatgacctgcagcaat-ttttcttttta-tcatgacacatttgatggaaatgcgtgacaggaagaaaaaaa-ttatagcaatgttta 5671022  T
Q  271 tgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatggga 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||| |    
T  5671021 tgatatatatggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgtttgaaaaagcgaaaaaggtcatggaa 5670922  T
Q  371 tttttatgaaagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5670921 tttttatgaaagaagtttagttagagaagtccattttcgtagaattat 5670874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 112
Target Start/End: Original strand, 19702507 - 19702600
Alignment:
Q  20 cacaatttggca-ttcttttgttttttccatcatgatattcccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgagatttgtcaaatttgaaatcact 112  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  19702507 cacaatttggcaattcttttgttttttccatcatgatattcccaagtgtgaaatattatctaagaaagtgaaatttgtcaaatttaaaatcact 19702600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 280 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 48944046 - 48943908
Alignment:
Q  280 tggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatgggatttttatga 379  Q
    |||||||||||||||  ||||  |||||||||||  ||||||||||  |||   ||||||| ||||  |||||| |||||| |  |||||||| ||||||    
T  48944046 tggagatgttgaatttatttactttgatgacaatgatgttatgctattttgctctaagtaatcgtttgaaaaagcgaaaaaggaaatgggattgttatga 48943947  T
Q  380 aagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 418  Q
    ||| |||||| | |||||||| |||||||  ||||||||    
T  48943946 aaggagtttagtaagagaagtgcattttcaaagaattat 48943908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 280 - 418
Target Start/End: Original strand, 34148491 - 34148629
Alignment:
Q  280 tggagatgttgaattactttatgttgatgacaattgtgttatgctaccttgagttaagtaagcgttcaaaaaagtgaaaaatgtcatgggatttttatga 379  Q
    |||||||||||||||  ||||  |||||||||||  ||||||||||  |||   ||||||| ||||  |||||| |||||| |  |||||||| ||||||    
T  34148491 tggagatgttgaatttatttactttgatgacaatgatgttatgctattttgctctaagtaatcgtttgaaaaagcgaaaaaggaaatgggattgttatga 34148590  T
Q  380 aagaagtttaattagagaagtccattttcgtagaattat 418  Q
    ||| |||||| | |||||||| |||||||  ||||||||    
T  34148591 aaggagtttagtaagagaagtgcattttcaaagaattat 34148629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University