View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14723_high_11 (Length: 448)

Name: NF14723_high_11
Description: NF14723
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14723_high_11
NF14723_high_11
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (5-434)||(4784934-4785363)
chr7 (5-434)||(4817363-4817792)
chr7 (53-429)||(4862525-4862901)
chr7 (53-434)||(4698289-4698670)
chr7 (53-434)||(4713165-4713546)
chr7 (53-379)||(4854590-4854916)
chr7 (76-430)||(4665594-4665948)
chr7 (227-430)||(4652330-4652533)
chr7 (76-430)||(4629568-4629922)
chr7 (64-430)||(4660448-4660814)
chr7 (63-441)||(4642350-4642728)
chr7 (57-430)||(4671280-4671653)
chr7 (63-412)||(4635503-4635852)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (237-430)||(18926842-18927035)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 4785363 - 4784934
Alignment:
Q  5 caattctatcctttgcttactcttttccttttccttggtaccaacaagcttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctcca 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   ||    
T  4785363 caattctatcctttgctcactcttttccttttccttggtaccaacaagcttactatcctcctcactcatctctaactgcaatgcaaactctaatgtcgca 4785264  T
Q  105 acaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctt 204  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785263 accacatcactcatcgacattcgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctt 4785164  T
Q  205 ttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaac 304  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785163 taatgaacgggtccaccatatcttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaac 4785064  T
Q  305 caacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatcc 404  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785063 caacgggggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatcc 4784964  T
Q  405 aaatacccgagactacctttcaccatagtg 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784963 aaatacccgagactacctttcaccatagtg 4784934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 4817792 - 4817363
Alignment:
Q  5 caattctatcctttgcttactcttttccttttccttggtaccaacaagcttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctcca 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   ||    
T  4817792 caattctatcctttgctcactcttttccttttccttggtaccaacaagcttactatcctcctcactcatctctaactgcaatgcaaactctaatgtcgca 4817693  T
Q  105 acaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctt 204  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817692 accacatcactcatcgacattcgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctt 4817593  T
Q  205 ttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaac 304  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4817592 taatgaacgggtccaccatatcttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaccgaac 4817493  T
Q  305 caacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatcc 404  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4817492 caacgggggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaatctttgtcgcatgtagtattctggatcc 4817393  T
Q  405 aaatacccgagactacctttcaccatagtg 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817392 aaatacccgagactacctttcaccatagtg 4817363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 53 - 429
Target Start/End: Original strand, 4862525 - 4862901
Alignment:
Q  53 cttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 152  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862525 cttagtatcttcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 4862624  T
Q  153 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaac 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4862625 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacggatctaccatctcttcaattatgacaccttcattgtaac 4862724  T
Q  253 atgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaaga 352  Q
    || |||||||||||||  | ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4862725 atttttgaaaccaaacgactaaactcgcttttttcttttcagaagaacgaaccaatggtggtctcgcacacaacacctcaagaaggacaacaccgaaaga 4862824  T
Q  353 gtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcacca 429  Q
     ||||| || || ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  4862825 atacacgtcggattttagagtcaacctttgacgaaggtagtattctggatctaaatatccaagactacccttcacca 4862901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 53 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 4698670 - 4698289
Alignment:
Q  53 cttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 152  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  4698670 cttagtatcctcctcacttatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcatcgacatccgttgatttccatcatcatgcaaacaa 4698571  T
Q  153 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaac 252  Q
    || || |||||||| ||||||| ||| | ||| |||   ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||    
T  4698570 ctcaacaccatttggcaataactttttagacattcagccgttatagaatcctttatgaacgggtccaccatctcttcgatgatcacaccttcattgtaac 4698471  T
Q  253 atgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaaga 352  Q
    || |||| |||||||   | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  4698470 atctttggaaccaaaagactaaactcgcttttttcttttccaaagaacgaaccaaaggtggtctcgcacacaatacctcaagaagcacaacaccaaaaga 4698371  T
Q  353 gtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtg 434  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4698370 gtacacgtcggactttagggtcaacctttgacgaaggtagtattcgggatctaaatacccgagactacccttcaccttagtg 4698289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 53 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 4713546 - 4713165
Alignment:
Q  53 cttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 152  Q
    ||||| ||||||| |||||||  |||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  4713546 cttaccatcctccccactcataaccaatttcaacgcaagctctaaagtcccaaccacatcactcatagacattcgttgatttccatcaccatgcaaacaa 4713447  T
Q  153 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaac 252  Q
    || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  4713446 ctcaacaccatttcacaataacatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaacgggtccaccatctcttcaactatcacaccttcattgtaac 4713347  T
Q  253 atgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaaga 352  Q
    || |||  ||| || || |||   |  |||||| ||||||||||||| || |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4713346 attttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatga 4713247  T
Q  353 gtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtg 434  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| | | ||| | |||| | |||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||    
T  4713246 gtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtg 4713165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 53 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 4854916 - 4854590
Alignment:
Q  53 cttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 152  Q
    |||||||| |||| |||||||  |||| | ||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  4854916 cttactattctccccactcataaccaatttcaacgcaagctctaaagttccaaccacatcactcatagacatccgttgatttccatcaccatgcaaacaa 4854817  T
Q  153 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaac 252  Q
    || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||    
T  4854816 ctcaacaccatttgacaataaaatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaatgggtccaccatctcttcaactatcactccttcattgtaac 4854717  T
Q  253 atgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaaga 352  Q
    || |||  ||| || || |||   |  ||||||||||||||||  || || |||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  4854716 attttttgaacaaagcaaccatgttcacttttttcttatccaataaatgatccaaaggtggtctcgcacacaacatctcaagaagtacatcaccgaaaga 4854617  T
Q  353 gtacacatcagactttagagtcaacct 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  4854616 gtacacatcagactttagagtcaacct 4854590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 76 - 430
Target Start/End: Original strand, 4665594 - 4665948
Alignment:
Q  76 ccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccatttgacaataaca 175  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| | ||||| |||||||| ||||||||  |||  |  |||||| |    
T  4665594 ccaattgcaatgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataata 4665693  T
Q  176 tttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaa 275  Q
    ||||||  |||||  ||| ||||||||  ||| ||| || || || || | ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||  | | | |    
T  4665694 tttcaagtactcatctgtgatagaatcccttacgaatggatcaactatttgttcaattgccacaccttcatcgtaacattttttaaaccaacaaactaga 4665793  T
Q  276 cttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtca 375  Q
    || ||  | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  4665794 ctagcagtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacatcagattttagagtta 4665893  T
Q  376 acctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccat 430  Q
     ||||||  |||| || ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  4665894 gcctttggagcatataatattcgggatccaaatatccgaggctccccttcaccat 4665948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 227 - 430
Target Start/End: Original strand, 4652330 - 4652533
Alignment:
Q  227 ttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaac 326  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  | | | ||||||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| |||||||||    
T  4652330 ttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaaccaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaac 4652429  T
Q  327 acctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttca 426  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  4652430 acctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttca 4652529  T
Q  427 ccat 430  Q
    ||||    
T  4652530 ccat 4652533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 76 - 430
Target Start/End: Original strand, 4629568 - 4629922
Alignment:
Q  76 ccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccatttgacaataaca 175  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| | ||||| |||||||| ||||||||  |||  |  |||||| |    
T  4629568 ccaattgcaatgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataata 4629667  T
Q  176 tttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaa 275  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||||||  ||| ||| || || || || | ||||||  ||||||||||||| |  ||| |||||||||||  | | | |    
T  4629668 tttcaagcactcaactgtgatagaatcccttaagaatggatcgactatttgttcaatcgccacaccttcattatggcatttttgaaaccaacaaactaga 4629767  T
Q  276 cttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtca 375  Q
    || ||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| |    
T  4629768 ctagctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccaaacgagtacacgtcagattttagagtta 4629867  T
Q  376 acctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccat 430  Q
     ||||||  |||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||||||    
T  4629868 gcctttggagcatatagtattcgggatccaaatatccaaggctccccttcaccat 4629922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 430
Target Start/End: Original strand, 4660448 - 4660814
Alignment:
Q  64 cctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccat 163  Q
    ||||||||| | |||| |||||  ||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| | ||||| |||||||||||||||||  |||     
T  4660448 cctcactcaccaccaattgcaacacaaactctaaacccccaaccacttgactcattgaaggtcgttgagtcccatcatcatgcaaacaacttaacgccaa 4660547  T
Q  164 ttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaac 263  Q
     |  |||||| ||| ||||||||||   || ||||||||||||| | | || ||||| || | ||||||  ||||||||||||  || ||| ||| ||||    
T  4660548 cttgcaataatattccaaacactcatccgtgatagaatcttttagggatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcatcatagcatcttttaaac 4660647  T
Q  264 caaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcag 363  Q
    |||  | | | ||| | | | ||||||||||||   |||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  4660648 caacaaactagactagttgtattcttatccaaatcgcgaaccaatggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacttcag 4660747  T
Q  364 actttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccat 430  Q
    | |||||||| ||||||||  |||| |||||||  |||||||||||||| || || || ||||||||    
T  4660748 attttagagttaacctttggagcatatagtattggggatccaaatacccaaggctccccttcaccat 4660814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 63 - 441
Target Start/End: Original strand, 4642350 - 4642728
Alignment:
Q  63 tcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaacca 162  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  4642350 tcctcactcaccaccaattgcaacgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgcca 4642449  T
Q  163 tttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaa 262  Q
      |  |||||| |||  |||||||| |  || || |||||| ||| ||| || ||||| || | ||||||  |||||||||| | ||| ||| |||  ||    
T  4642450 acttgcaataatattctaaacactcgcccgtgatggaatctcttaggaatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttgaa 4642549  T
Q  263 ccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatca 362  Q
    ||||  | | | ||| ||  | ||||||||||||  ||||||||| || || || ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||     
T  4642550 ccaacaaactagactagcagtattcttatccaaattacgaaccaaaggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaacgagtacacatct 4642649  T
Q  363 gactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgatgatgt 441  Q
    || |||||||| | ||||||   ||| ||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||| ||||||    
T  4642650 gattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaatacccaaggcttcctttcaccattgtgctgatgt 4642728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 57 - 430
Target Start/End: Original strand, 4671280 - 4671653
Alignment:
Q  57 ctatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaactta 156  Q
    ||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| ||||||| |||||||| ||||| |    
T  4671280 ctatcttcctcactcaccaccaattgcaacacaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagttccatcatcatgcaagcaactca 4671379  T
Q  157 aaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgt 256  Q
    |  |||  |  |||||| ||| |||||||||||  || ||||||||  ||| ||| |  ||||  || | ||||||  |||||||||||| ||| ||| |    
T  4671380 acgccaacttgcaataatattccaaacactcacccgtgatagaatcccttaggaatgaatccagtatttgttcaatcgccacaccttcatcgtagcatct 4671479  T
Q  257 ttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtac 356  Q
    || |||||||  | | | ||| ||| | ||||||||||||   |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||    
T  4671480 tttaaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaaaggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaatgagtac 4671579  T
Q  357 acatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccat 430  Q
    ||||| || |||||||| | ||||||   ||| ||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  4671580 acatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaatacccaaggcttcctttcaccat 4671653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 63 - 412
Target Start/End: Original strand, 4635503 - 4635852
Alignment:
Q  63 tcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaacca 162  Q
    |||||||||| | | || ||||| |||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  4635503 tcctcactcaccactaattgcaacgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgcca 4635602  T
Q  163 tttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaa 262  Q
      |  ||| || |||  |||||||| |  || || |||||| ||| ||| || |||||||| | ||||||  |||||||||| | ||| ||| |||  ||    
T  4635603 acttgcaaaaatattcaaaacactcgcccgtgatggaatctcttaggaatggatccaccatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttgaa 4635702  T
Q  263 ccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatca 362  Q
    ||||  | | | ||| ||| | ||||||||||||   |||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||     
T  4635703 ccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaaaggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtct 4635802  T
Q  363 gactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaataccc 412  Q
    || || ||||| | ||||||   ||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  4635803 gatttaagagtaagcctttggaacatatagtactcaggatctaaataccc 4635852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 18927035 - 18926842
Alignment:
Q  237 acaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaa 336  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||  | | | ||| ||  | |||||||| |||   |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||    
T  18927035 acaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaa 18926936  T
Q  337 gcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccat 430  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||||  |||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||    
T  18926935 gcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccat 18926842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University