View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14723_high_12 (Length: 443)

Name: NF14723_high_12
Description: NF14723
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14723_high_12
NF14723_high_12
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-427)||(36387532-36387959)
chr4 (11-427)||(36368964-36369380)
chr4 (1-427)||(36425725-36426151)
chr4 (5-427)||(36411563-36411985)
chr4 (5-427)||(36416894-36417316)
chr4 (11-427)||(36373583-36373999)
chr4 (16-427)||(36404260-36404671)
chr4 (11-427)||(36397322-36397738)
chr4 (95-425)||(36433676-36434006)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 36387532 - 36387959
Alignment:
1 agggtagtgattcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36387532 agggtagtgattcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtg 36387631  T
101 gtaactatggaacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36387632 gtaactatggaacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacg 36387731  T
201 tgattggtatcagaatag-agatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagctt 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36387732 tgattggtatcagaatagaagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagctt 36387831  T
300 gaaagttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattca 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36387832 gaaagttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattca 36387931  T
400 atcgctgatgtgaggaatggtggaagtg 427  Q
    || |||||||||||||||||||||||||    
36387932 attgctgatgtgaggaatggtggaagtg 36387959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Original strand, 36368964 - 36369380
Alignment:
11 ttcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtggtaactatgg 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||    
36368964 ttcagcaatctggtttctttcaaacattcatgtgggacagtcaaaagagccaatggaaccggtactggtctgaaccaacagaccaatgtgataactatgg 36369063  T
111 aacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaa-tttccacgtgattggta 209  Q
    ||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||    
36369064 aacctgtggatcaaacagtaattgtgacctttttaactttgaagactttaagtgcacttgtttacttggttttgaagcaaaaatttccacgtgattggta 36369163  T
210 tcagaatagagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcct 309  Q
    | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||     
36369164 tgaga-tagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttccc 36369262  T
310 gatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaatcgctgatg 409  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || | |||||||    
36369263 gatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatg 36369362  T
410 tgaggaatggtggaagtg 427  Q
    ||||||||||||||||||    
36369363 tgaggaatggtggaagtg 36369380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 36425725 - 36426151
Alignment:
1 agggtagtgattcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||    
36425725 agggtagtggttcagcaatctggtttctttcaaacattcacgtgggacagtcaaaagagccaatggagccggtactggtctgaaccaacagaccaatgtg 36425824  T
101 gtaactatggaacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacg 200  Q
     |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
36425825 ctaactacggaacatgtggatcaaatagtaattgtgaccctttgaactttgagaactttaagtgtacttgtttacttggtttcgaaccaaaatttccacg 36425924  T
201 tgattggtatcagaatagagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttg 300  Q
     ||||||||| ||| | |||||||| | || || |||||||| ||||||||  | ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |     
36425925 agattggtatgagagtcgagatgggtcaggtggatgtgtaagaaagaaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgta 36426024  T
301 aaagttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaa 400  Q
    ||||||||||| || |||  ||||||||| | |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||     
36426025 aaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcag 36426124  T
401 tcgctgatgtgaggaatggtggaagtg 427  Q
    | ||||| |||| ||||||||||||||    
36426125 ttgctgacgtgaagaatggtggaagtg 36426151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 5 - 427
Target Start/End: Original strand, 36411563 - 36411985
Alignment:
5 tagtgattcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtggtaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||| |||    
36411563 tagtggttcagcaatctggtttctttcaaacattcatgtgggacagtcaagagagtcaatggagccggtactggtctgaaccaacagaccaatgtgctaa 36411662  T
105 ctatggaacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacgtgat 204  Q
    ||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
36411663 ctacggaacatgtggaccaaacagtaattgtgaccctttgaactttgagagctttaagtgtacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgat 36411762  T
205 tggtatcagaatagagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaag 304  Q
    |||||| ||| ||||||||||  |||||| |||||||| || | |||  | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||    
36411763 tggtatgagagtagagatgggttgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaag 36411862  T
305 ttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaatcgc 404  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| | |  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||| || | ||    
36411863 ttcctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgc 36411962  T
405 tgatgtgaggaatggtggaagtg 427  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
36411963 tgatgtgaggaatggtggtagtg 36411985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 5 - 427
Target Start/End: Original strand, 36416894 - 36417316
Alignment:
5 tagtgattcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtggtaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||| |||    
36416894 tagtggttcagcaatctggtttctttcaaacattcatgtgggacagtcaagagagtcaatggagccggtactggtctgaaccaacagaccaatgtgctaa 36416993  T
105 ctatggaacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacgtgat 204  Q
    ||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
36416994 ctacggaacatgtggaccaaacagtaattgtgaccctttgaactttgagagctttaagtgtacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgat 36417093  T
205 tggtatcagaatagagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaag 304  Q
    |||||| ||| ||||||||||  |||||| |||||||| || | |||  | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||    
36417094 tggtatgagagtagagatgggttgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaag 36417193  T
305 ttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaatcgc 404  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| | |  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||| || | ||    
36417194 ttcctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgc 36417293  T
405 tgatgtgaggaatggtggaagtg 427  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
36417294 tgatgtgaggaatggtggtagtg 36417316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Original strand, 36373583 - 36373999
Alignment:
11 ttcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtggtaactatgg 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| ||| |||||   | ||||||| | ||| ||||||||||||| |  || |||||| |||||||||    
36373583 ttcagcaatctggtttctttcaaatattcacttggaacaatcaaaaaagtcaatggaacaggttctggtctgaaccaacaaaccaatgtgataactatgg 36373682  T
111 aacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacgtgattggtat 210  Q
    ||| |||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||    
36373683 aacctgtggatcaaacagtaactgtgaccctttgaactttgaggactttaagtgtacttgtctaccaggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtat 36373782  T
211 cagaatagagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctg 310  Q
     |||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
36373783 gagagaagagatgggtcaggagggtgtgtaaggaagaaaggcgcatctatttgtcggaatggagaagggtttatcaaagttgcaagcttgaaagttcctg 36373882  T
311 atacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaatcgctgatgt 410  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| ||||||||| ||||| || | ||||||||    
36373883 atatatctgtggcagttactaaaggtggtctgagtttggaagaatgcgaggaagaatgcttgagaaactgctcttgtacttcctatgcagttgctgatgt 36373982  T
411 gaggaatggtggaagtg 427  Q
    ||| |||||||||||||    
36373983 gagtaatggtggaagtg 36373999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 16 - 427
Target Start/End: Original strand, 36404260 - 36404671
Alignment:
16 caatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtggtaactatggaacat 115  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| |||||  | | ||| |   ||||||| ||||| ||  || |||||| | ||| |||||| ||||||||||||||    
36404260 caatctggtttctttcaaatattcacgtgggggaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacat 36404359  T
116 gtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacgtgattggtatcagaa 215  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||     
36404360 gtggatcaaacagtaattgtgacccttttaactttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagag 36404459  T
216 tagagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgataca 315  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||| |    
36404460 tagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatata 36404559  T
316 tctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaatcgctgatgtgagga 415  Q
    ||||  |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||| || | |||||||||||||    
36404560 tctggagcagttgccatagatggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaattgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgagga 36404659  T
416 atggtggaagtg 427  Q
    ||||||| ||||    
36404660 atggtggtagtg 36404671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Original strand, 36397322 - 36397738
Alignment:
11 ttcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtgggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtggtaactatgg 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| ||| ||||| | | ||||||| | ||| |||||| |||||| |  || |||||| |||||||||    
36397322 ttcagcaatctggtttcattcaaatattcacttggaacaatcaaaagagtcaatggaacaggttctggtcagaaccaacaaaccaatgtgataactatgg 36397421  T
111 aacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacgtgattggtat 210  Q
    ||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||    
36397422 aacgtgtggatcaaacagtaattgtgaccctttgaactttgagaactttaagtgcacgtgtttacttggttttgaaccaaaatttccaagcgattggtat 36397521  T
211 cagaatagagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctg 310  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36397522 gagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgcatctgtctgtgggaatggcgaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctg 36397621  T
311 atacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaatcgctgatgt 410  Q
    ||| ||||| ||||||| | | |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||| ||||| || | || |||||    
36397622 atatatctggggcagttaccatagatggtttgagtttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcctgtacttcctatgcagtagccgatgt 36397721  T
411 gaggaatggtggaagtg 427  Q
    |||||||||||| ||||    
36397722 gaggaatggtggtagtg 36397738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 95 - 425
Target Start/End: Original strand, 36433676 - 36434006
Alignment:
95 aatgtggtaactatggaacatgtggatcaaatggtaattgtgacccttttaactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatt 194  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||||  ||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||||||     
36433676 aatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgaccctatgaactttgcggacttcaaatgtgcttgtttacctggttttgaacccaaatc 36433775  T
195 tccacgtgattggtatcagaatagagatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgta 294  Q
    |||| | ||||||||| ||| | |||||||| | |||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||     
36433776 tccaggcgattggtatgagagtggagatgggtcaggagggtgtgtaaggaagaacggttcatctgtttgtgggaatggagaagggtttatcaaaattgtc 36433875  T
295 agcttgaaagttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcct 394  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||||    
36433876 agcttgaaagttcctgatacatcgatggcaaatgccaaaggtggtttgagtttggaagaatgtgaaaaagaatgcttcagaaactgttcttgtacagcct 36433975  T
395 attcaatcgctgatgtgaggaatggtggaag 425  Q
    || || | | | ||||||| |||||||||||    
36433976 atgcagttgataatgtgagcaatggtggaag 36434006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University