View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14738_low_16 (Length: 320)

Name: NF14738_low_16
Description: NF14738
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14738_low_16
NF14738_low_16
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (19-240)||(13244450-13244671)
chr1 (19-246)||(13080788-13081015)
chr1 (19-240)||(13271628-13271849)
chr1 (20-247)||(12963797-12964024)
chr1 (21-248)||(19279089-19279316)
chr1 (19-243)||(13086149-13086373)
chr1 (21-241)||(13094443-13094663)
chr1 (21-241)||(13129872-13130092)
chr1 (19-241)||(13070104-13070326)
chr1 (19-241)||(13204501-13204723)
chr1 (19-162)||(30368115-30368258)
chr1 (21-241)||(13161565-13161785)
chr1 (26-241)||(13101049-13101264)
chr1 (26-241)||(13007249-13007464)
chr1 (20-243)||(13065139-13065362)
chr1 (245-306)||(13244190-13244251)
chr1 (245-305)||(12963584-12963644)
chr1 (252-305)||(19278841-19278894)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 13244671 - 13244450
Alignment:
Q  19 ctgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  13244671 ctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctccccatatttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttgg 13244572  T
Q  119 accaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctcca 218  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13244571 accaacatgttctccactaggtagtatatcagatttgatagcgcacttgtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctcca 13244472  T
Q  219 tgaaggtaaacaagcttatcaa 240  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  13244471 tgaaggtaaacaagcttatcaa 13244450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 13081015 - 13080788
Alignment:
Q  19 ctgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgg 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13081015 ctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctccccatatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttgg 13080916  T
Q  119 accaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctcca 218  Q
    || |||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13080915 actaacatggtctccactaggaagtttatccgatttgatagcacacttgtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctcca 13080816  T
Q  219 tgaaggtaaacaagcttatcaagctctt 246  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13080815 tgaaggtaaactagcttatcaagctctt 13080788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 240
Target Start/End: Original strand, 13271628 - 13271849
Alignment:
Q  19 ctgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgg 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271628 ctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcaccaccccatacatgttccattcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgg 13271727  T
Q  119 accaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctcca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||| | |||||  | ||||||| | || || |||||||||||||| ||| ||    
T  13271728 accaacatggtgtccactaggtagtatatcagaattaactgcacacttgtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgca 13271827  T
Q  219 tgaaggtaaacaagcttatcaa 240  Q
    ||||||||||  ||||||||||    
T  13271828 tgaaggtaaatcagcttatcaa 13271849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 12964024 - 12963797
Alignment:
Q  20 tgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  12964024 tgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttgga 12963925  T
Q  120 ccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccat 219  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| | |||||  | ||||||| | |||||||| | |||||| || |||||||    
T  12963924 ctaacatggtctccactaggtaatatatctgatttaattgcacacttgtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccat 12963825  T
Q  220 gaaggtaaacaagcttatcaagctcttt 247  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  12963824 gaagataaacaagcttatcaagcccttt 12963797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 19279316 - 19279089
Alignment:
Q  21 gatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggac 120  Q
    ||||||||||| ||||||  ||| || | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  19279316 gatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttagac 19279217  T
Q  121 caacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatg 220  Q
     |||||||| |||||||||||||||||| || || |  ||||||||||| | |||||  | ||| ||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  19279216 taacatggtctccactaggtagtatatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctccatg 19279117  T
Q  221 aaggtaaacaagcttatcaagctctttc 248  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  19279116 aagataaactagcttatcaagctctttc 19279089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Original strand, 13086149 - 13086373
Alignment:
Q  19 ctgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgg 118  Q
    ||||||||||||| || |||||||| || |||| ||| | ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  13086149 ctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttgg 13086248  T
Q  119 accaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctcca 218  Q
       |||||  | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||| || | ||||||||| ||||||    
T  13086249 tttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctcca 13086348  T
Q  219 tgaaggtaaacaagcttatcaagct 243  Q
    |||||||| || || |||| |||||    
T  13086349 tgaaggtacactagtttattaagct 13086373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 241
Target Start/End: Original strand, 13094443 - 13094663
Alignment:
Q  21 gatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggac 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || || |||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||  |||| ||||||     
T  13094443 gatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggag 13094542  T
Q  121 caacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatg 220  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13094543 taacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatg 13094642  T
Q  221 aaggtaaacaagcttatcaag 241  Q
     ||||| || |||||||||||    
T  13094643 gaggtatactagcttatcaag 13094663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 241
Target Start/End: Original strand, 13129872 - 13130092
Alignment:
Q  21 gatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggac 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || || |||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||  |||| |||||||    
T  13129872 gatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggac 13129971  T
Q  121 caacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatg 220  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||  | |||| ||| |  | ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13129972 taacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatg 13130071  T
Q  221 aaggtaaacaagcttatcaag 241  Q
     ||||| || |||||||||||    
T  13130072 gaggtatactagcttatcaag 13130092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 13070326 - 13070104
Alignment:
Q  19 ctgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgg 118  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| |||| ||| || || |||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| |||| |||||    
T  13070326 ctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttgg 13070227  T
Q  119 accaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctcca 218  Q
    || |||| | | |||||||||||||||||| |||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | || || |||||||||||||| ||||||    
T  13070226 actaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctcca 13070127  T
Q  219 tgaaggtaaacaagcttatcaag 241  Q
    |||||||| || || ||||||||    
T  13070126 tgaaggtacactagattatcaag 13070104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 241
Target Start/End: Original strand, 13204501 - 13204723
Alignment:
Q  19 ctgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgg 118  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| |||| ||| || || |||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| |||| |||||    
T  13204501 ctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttgg 13204600  T
Q  119 accaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctcca 218  Q
    || |||| | | |||||||||||||||||| |||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | || || |||| ||||||||| ||||||    
T  13204601 actaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctcca 13204700  T
Q  219 tgaaggtaaacaagcttatcaag 241  Q
    |||||||| || |||||||||||    
T  13204701 tgaaggtacactagcttatcaag 13204723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 30368258 - 30368115
Alignment:
Q  19 ctgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgg 118  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| || |||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  30368258 ctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatattttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttgg 30368159  T
Q  119 accaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcac 162  Q
    || |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30368158 actaacattctctccactaggtagtatatcagatttgattgcac 30368115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 21 - 241
Target Start/End: Original strand, 13161565 - 13161785
Alignment:
Q  21 gatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggac 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || || |||||||  ||||||||||| ||||| | ||||| |||||| |||||  |||| |||||||    
T  13161565 gatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatcctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggac 13161664  T
Q  121 caacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatg 220  Q
     || | | | |||||||||||||||||| |||||||| |||||  | |||| ||| |  | ||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13161665 taatacgttctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatg 13161764  T
Q  221 aaggtaaacaagcttatcaag 241  Q
     ||||| || |||||||||||    
T  13161765 gaggtatactagcttatcaag 13161785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 241
Target Start/End: Original strand, 13101049 - 13101264
Alignment:
Q  26 ccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaaca 125  Q
    |||||| ||||||||||| |||| ||| || || |||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| |||| ||||||| || |    
T  13101049 ccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaa 13101148  T
Q  126 tggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggt 225  Q
     | | ||||||||| |||||||| |||||||| | |||  | |||| ||| |  | ||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13101149 cgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggt 13101248  T
Q  226 aaacaagcttatcaag 241  Q
    | || |||||||||||    
T  13101249 acactagcttatcaag 13101264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 241
Target Start/End: Original strand, 13007249 - 13007464
Alignment:
Q  26 ccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaaca 125  Q
    |||||| ||||||||||| |||| ||| || || |||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| |||| ||||||| ||||    
T  13007249 ccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaca 13007348  T
Q  126 tggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggt 225  Q
     | | |||||||||||||||||| || ||||| |||||  | |||| ||| |  | ||||||| | ||||| | || ||||||||  |||||||| ||||    
T  13007349 cgctctccactaggtagtatatcggaattgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggt 13007448  T
Q  226 aaacaagcttatcaag 241  Q
    | || |||||||||||    
T  13007449 acactagcttatcaag 13007464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 13065362 - 13065139
Alignment:
Q  20 tgatatccatctttcaggcttaaactccaagcaatcatcaccccatacatgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttgga 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || || |||||||  |  |||||||||||||||| ||||||| |||||| || | |||| ||||||    
T  13065362 tgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattttctccatccttcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttgga 13065263  T
Q  120 ccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccat 219  Q
    |  ||||||  ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||| ||||  |  |  | ||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  13065262 cttacatggactccactaggaagtatatcagctttgattgcaaacttttgctcgataggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgt 13065163  T
Q  220 gaaggtaaacaagcttatcaagct 243  Q
    | |||||||  || ||||||||||    
T  13065162 ggaggtaaattagtttatcaagct 13065139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 245 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 13244251 - 13244190
Alignment:
Q  245 tttccctctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatct 306  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244251 tttccccctttcccaatctttccttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatct 13244190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12963644 - 12963584
Alignment:
Q  245 tttccctctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatc 305  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  12963644 tttccccctttcccaatccttccttcattagatcttttagcaggcaagaatgagattcatc 12963584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 252 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 19278894 - 19278841
Alignment:
Q  252 ctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatc 305  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  19278894 ctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatc 19278841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University