View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14739_low_11 (Length: 391)
Name: NF14739_low_11
Description: NF14739
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14739_low_11 |
 | |
|
| [»] scaffold0164 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 38966223 - 38965863
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38966223 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
38966124 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38966123 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
38966024 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38966023 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
38965924 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38965923 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
38965863 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Original strand, 35600303 - 35600663
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35600303 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
35600402 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35600403 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
35600502 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35600503 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
35600602 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35600603 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
35600663 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Original strand, 40656105 - 40656465
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40656105 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
40656204 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40656205 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
40656304 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40656305 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
40656404 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40656405 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
40656465 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 37364384 - 37364024
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37364384 |
gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
37364285 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37364284 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactcccaaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgtttcccatatgcaaacccaacaggac |
37364185 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37364184 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacaagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaataggaatgagcaaggtgttg |
37364085 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37364084 |
ggcagcagagtggaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
37364024 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 18334809 - 18334449
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18334809 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
18334710 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18334709 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
18334610 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18334609 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagatcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
18334510 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18334509 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
18334449 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 147 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 38702990 - 38702767
Alignment:
| Q |
147 |
cgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcc |
246 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38702990 |
cgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcc |
38702891 |
T |
|
| Q |
247 |
tagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcc |
346 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38702890 |
tagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcc |
38702791 |
T |
|
| Q |
347 |
tccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38702790 |
tccagtgtgtgatgatgatgcgga |
38702767 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 4443899 - 4443539
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4443899 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
4443800 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4443799 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
4443700 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4443699 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
4443600 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4443599 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
4443539 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Original strand, 13512217 - 13512577
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13512217 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
13512316 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
13512317 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggac |
13512416 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13512417 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
13512516 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13512517 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
13512577 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 187 - 370
Target Start/End: Original strand, 28694555 - 28694738
Alignment:
| Q |
187 |
cccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctg |
286 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28694555 |
cccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctg |
28694654 |
T |
|
| Q |
287 |
gaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28694655 |
gaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
28694738 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 300 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10082356 - 10082286
Alignment:
| Q |
300 |
caaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10082356 |
caaggtgttgggcagcggagtggaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
10082286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 33887311 - 33886951
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33887311 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
33887212 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
33887211 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggac |
33887112 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33887111 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
33887012 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33887011 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
33886951 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 37567703 - 37567364
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37567703 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaacttccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
37567604 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37567603 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
37567504 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
37567503 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagca---------------------aggtgttg |
37567425 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37567424 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
37567364 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 33901855 - 33901494
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33901855 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
33901756 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33901755 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatccgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag |
33901656 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
33901655 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtggtg |
33901556 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggaa |
371 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33901555 |
ggcagcatagtggaagccgagagagtgtgagggctcctctagtgtgtgatgatgatgcggaa |
33901494 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 154 - 370
Target Start/End: Original strand, 26249191 - 26249407
Alignment:
| Q |
154 |
tgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactc |
253 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26249191 |
tgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactc |
26249290 |
T |
|
| Q |
254 |
tcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtg |
353 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
26249291 |
tcagttggacacatttaggcaagagcaaggcttgaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccaggg |
26249390 |
T |
|
| Q |
354 |
tgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26249391 |
tgtgatgatgatgcgga |
26249407 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 34676883 - 34676524
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
34676883 |
gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgttgggga |
34676784 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34676783 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactcccgaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
34676684 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34676683 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggaca-atttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
34676585 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |
|
|
| T |
34676584 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtttgtgctgatgatgcgga |
34676524 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0164 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: scaffold0164
Description:
Target: scaffold0164; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 69 - 370
Target Start/End: Original strand, 1 - 302
Alignment:
| Q |
69 |
ggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttga |
168 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1 |
ggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttga |
100 |
T |
|
| Q |
169 |
ctcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatt |
268 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
101 |
ctcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatt |
200 |
T |
|
| Q |
269 |
taggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcg |
368 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
201 |
taggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtattaggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcg |
300 |
T |
|
| Q |
369 |
ga |
370 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
301 |
ga |
302 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Original strand, 9764075 - 9764435
Alignment:
| Q |
10 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
109 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9764075 |
gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
9764174 |
T |
|
| Q |
110 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
209 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
9764175 |
gggctcttgtcggcaacctgagctcactcccgaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccaaatgcaaacccaacaagag |
9764274 |
T |
|
| Q |
210 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9764275 |
ctgatccagaaggtggttaggaagcaacaagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagaacaaggctggaataggaatgagcaaggtgttg |
9764374 |
T |
|
| Q |
310 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
370 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9764375 |
ggcagcatagtagaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcgga |
9764435 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University