View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14739_low_4 (Length: 545)

Name: NF14739_low_4
Description: NF14739
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14739_low_4
NF14739_low_4
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (16-529)||(4652204-4652717)
chr7 (23-529)||(4665626-4666132)
chr7 (23-529)||(4629600-4630106)
chr7 (23-529)||(4671331-4671837)
chr7 (23-529)||(4660492-4661001)
chr7 (23-525)||(4642395-4642897)
chr7 (23-525)||(4635548-4636050)
chr7 (41-529)||(4784754-4785242)
chr7 (41-529)||(4817183-4817671)
chr7 (214-497)||(4862771-4863054)
chr7 (151-528)||(4698110-4698487)
chr7 (41-465)||(4713049-4713473)
chr7 (309-528)||(4846941-4847160)
chr7 (44-237)||(4676737-4676930)
chr7 (272-327)||(4676945-4677000)
chr7 (41-288)||(4854596-4854843)
chr7 (392-462)||(27539508-27539578)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (23-529)||(18926658-18927164)
chr4 (392-462)||(46271746-46271816)
chr4 (384-465)||(45191495-45191576)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 529
Target Start/End: Original strand, 4652204 - 4652717
Alignment:
Q  16 tataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652204 tataacaacttgactcattgatggacgttgagtcccatcatcatgcacacaactcaacgccagcttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaa 4652303  T
Q  116 ccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652304 ccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaaccaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcac 4652403  T
Q  216 gaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652404 gaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctgg 4652503  T
Q  316 atccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagcc 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652504 atccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccttgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagcc 4652603  T
Q  416 acccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaac 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652604 acccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaac 4652703  T
Q  516 ccaatagaatctca 529  Q
    ||||||||||||||    
T  4652704 ccaatagaatctca 4652717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 529
Target Start/End: Original strand, 4665626 - 4666132
Alignment:
Q  23 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 122  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  4665626 acttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataatatttcaagtactcatctgtgatagaatccctta 4665725  T
Q  123 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 222  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  4665726 cgaatggatcaactatttgttcaattgccacaccttcatcgtaacattttttaaaccaacaaactagactagcagtattcttatccaaatcacgaaccaa 4665825  T
Q  223 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4665826 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattcgggatccaaa 4665925  T
Q  323 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 422  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||| |||||    
T  4665926 tatccgaggctccccttcaccatcgtgctgacatgggtagttgatatccctgtcggtcccaccttggataacccaaagtcggaaacctttgccatccatt 4666025  T
Q  423 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 522  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  4666026 tttcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttctgtttcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaag 4666125  T
Q  523 aatctca 529  Q
    |||||||    
T  4666126 aatctca 4666132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 529
Target Start/End: Original strand, 4629600 - 4630106
Alignment:
Q  23 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 122  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  4629600 acttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcaactgtgatagaatccctta 4629699  T
Q  123 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 222  Q
     ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4629700 agaatggatcgactatttgttcaatcgccacaccttcattatggcatttttgaaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 4629799  T
Q  223 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4629800 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccaaacgagtacacgtcagattttagagttagcctttggagcatatagtattcgggatccaaa 4629899  T
Q  323 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 422  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |  || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  4629900 tatccaaggctccccttcaccatcgtgctgacatgggtagtcgttattcctgtaggtcccaccttggataacccgaaatcagaaaccttagctacccatt 4629999  T
Q  423 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 522  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  4630000 tctcatccaacagtatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtgcttcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaatag 4630099  T
Q  523 aatctca 529  Q
     ||||||    
T  4630100 gatctca 4630106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 23 - 529
Target Start/End: Original strand, 4671331 - 4671837
Alignment:
Q  23 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 122  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  | ||||||||| ||||||    
T  4671331 acttgactcattgagggtcgttgagttccatcatcatgcaagcaactcaacgccaacttgcaataatattccaaacactcacccgtgatagaatccctta 4671430  T
Q  123 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 222  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4671431 ggaatgaatccagtatttgttcaatcgccacaccttcatcgtagcatcttttaaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaa 4671530  T
Q  223 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 322  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||| |||    
T  4671531 aggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaatgagtacacatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaa 4671630  T
Q  323 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 422  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || |  ||||| || |||||||| || ||||| || || || ||||||||||| | |||||    
T  4671631 tacccaaggcttcctttcaccattgtgctgacgtgggtagttgttatccccgtgggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatt 4671730  T
Q  423 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  4671731 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatag 4671830  T
Q  523 aatctca 529  Q
    |||||||    
T  4671831 aatctca 4671837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 23 - 529
Target Start/End: Original strand, 4660492 - 4661001
Alignment:
Q  23 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 122  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| |  |||    
T  4660492 acttgactcattgaaggtcgttgagtcccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaataatattccaaacactcatccgtgatagaatctttta 4660591  T
Q  123 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 222  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  4660592 gggatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcatcatagcatcttttaaaccaacaaactagactagttgtattcttatccaaatcgcgaaccaa 4660691  T
Q  223 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 322  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  4660692 tggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacttcagattttagagttaacctttggagcatatagtattggggatccaaa 4660791  T
Q  323 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaac---atgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccaccc 419  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||   ||| || || || ||||||||||||||||| || ||||| || || || ||||||||||| ||||    
T  4660792 tacccaaggctccccttcaccattgtgctgacgtgatgagtagtcgatatccctgtcggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctaccc 4660891  T
Q  420 atttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaa 519  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || ||||||||    
T  4660892 atttgtgatccaacaatatgttggtgctctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaa 4660991  T
Q  520 tagaatctca 529  Q
    ||| ||||||    
T  4660992 taggatctca 4661001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 23 - 525
Target Start/End: Original strand, 4642395 - 4642897
Alignment:
Q  23 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 122  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||  | ||||| ||| | ||||    
T  4642395 acttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaataatattctaaacactcgcccgtgatggaatctctta 4642494  T
Q  123 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  4642495 ggaatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttgaaccaacaaactagactagcagtattcttatccaaattacgaaccaa 4642594  T
Q  223 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 322  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||| |||    
T  4642595 aggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaacgagtacacatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaa 4642694  T
Q  323 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 422  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| |  ||||| || || |||||||| |||||||| || ||||| || || || ||||||||||| | |||||    
T  4642695 tacccaaggcttcctttcaccattgtgctgatgtgggtagtcgatatccctgtaggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatt 4642794  T
Q  423 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 522  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  4642795 tttcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatag 4642894  T
Q  523 aat 525  Q
    |||    
T  4642895 aat 4642897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 23 - 525
Target Start/End: Original strand, 4635548 - 4636050
Alignment:
Q  23 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 122  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||  || |||||  | ||||| ||| | ||||    
T  4635548 acttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaaaaatattcaaaacactcgcccgtgatggaatctctta 4635647  T
Q  123 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4635648 ggaatggatccaccatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttgaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaa 4635747  T
Q  223 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 322  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| || || ||||| |||    
T  4635748 aggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtctgatttaagagtaagcctttggaacatatagtactcaggatctaaa 4635847  T
Q  323 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 422  Q
    ||||| | ||| ||||| || || ||||| || ||||| || || || |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| | |||||    
T  4635848 taccccaagcttcccttaacaattgtgctgacgtgggtagtcgatatacctgtcggtcccacctttgataacccaaaatcagaaaccttagctatccatt 4635947  T
Q  423 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| ||    
T  4635948 tctcatccaacaatatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtttttaacctcagtatgaagataattcagccctctagctgcacccaaaag 4636047  T
Q  523 aat 525  Q
    |||    
T  4636048 aat 4636050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 41 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 4785242 - 4784754
Alignment:
Q  41 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 140  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| | ||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||| |  | | ||| || ||||| || |    
T  4785242 cgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctttaatgaacgggtccaccatat 4785143  T
Q  141 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 240  Q
     ||||||| ||| |||||||| ||| ||| ||| |||| ||  | | | ||||||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||    
T  4785142 cttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtctcgcacacaa 4785043  T
Q  241 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttc 340  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  4785042 cacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttc 4784943  T
Q  341 accatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgt 440  Q
    ||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4784942 accatagtgctgacatgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgt 4784843  T
Q  441 tggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctca 529  Q
    | || |||||||||||||||||||| || ||||| ||| |  | ||||| ||||||| || ||| | ||||| ||| ||||||||||||    
T  4784842 ttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctca 4784754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 41 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 4817671 - 4817183
Alignment:
Q  41 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 140  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| | ||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||| |  | | ||| || ||||| || |    
T  4817671 cgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctttaatgaacgggtccaccatat 4817572  T
Q  141 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 240  Q
     ||||||| ||| |||||||| ||| ||| ||| |||| ||  | | | ||||||| | ||||||||||||   |||||||| || ||||| ||||||||    
T  4817571 cttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaccgaaccaacgggggtctcgcacacaa 4817472  T
Q  241 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttc 340  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  4817471 cacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaatctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttc 4817372  T
Q  341 accatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgt 440  Q
    ||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4817371 accatagtgctgacatgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgt 4817272  T
Q  441 tggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctca 529  Q
    | || |||||||| ||||||||||| || ||||| ||| |  | ||||| | ||||| || ||| | ||||| ||| ||||||||||||    
T  4817271 ttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctca 4817183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 214 - 497
Target Start/End: Original strand, 4862771 - 4863054
Alignment:
Q  214 acgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattct 313  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||||| | ||||||  | |  || ||||||    
T  4862771 acgaaccaatggtggtctcgcacacaacacctcaagaaggacaacaccgaaagaatacacgtcggattttagagtcaacctttgacgaaggtagtattct 4862870  T
Q  314 ggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttag 413  Q
    ||||| ||||| || || |||||||||||||  ||||| || || ||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  4862871 ggatctaaatatccaagactacccttcaccacggtgctgacgtgagtgatagacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagacaccttag 4862970  T
Q  414 ccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataat 497  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||    
T  4862971 ccacccatttttcatccaacaatatgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataat 4863054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 151 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 4698487 - 4698110
Alignment:
Q  151 cacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaaga 250  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||  ||| || | |||| ||| ||| | ||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4698487 cacaccttcattgtaacatctttggaaccaaaagactaaactcgcttttttcttttccaaagaacgaaccaaaggtggtctcgcacacaatacctcaaga 4698388  T
Q  251 agcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgc 350  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || || ||||| || | ||||||  | |  || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||| | ||||    
T  4698387 agcacaacaccaaaagagtacacgtcggactttagggtcaacctttgacgaaggtagtattcgggatctaaatacccgagactacccttcaccttagtgc 4698288  T
Q  351 taacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctctt 450  Q
    | || |||||  | ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  4698287 tgacgtgggtcatcgacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactctt 4698188  T
Q  451 cacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctc 528  Q
    ||| ||||||||||| || ||||| ||| |  | |||||||||||||  || ||||| || |  ||||||||||||||    
T  4698187 cacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctc 4698110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 41 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 4713473 - 4713049
Alignment:
Q  41 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 140  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||  || ||| ||| || ||||| || |    
T  4713473 cgttgatttccatcaccatgcaaacaactcaacaccatttcacaataacatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaacgggtccaccatct 4713374  T
Q  141 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 240  Q
     ||||| |  ||||||||||| ||| |||||||| ||||||  ||| |   |  || | | ||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||    
T  4713373 cttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcgcacacaa 4713274  T
Q  241 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttc 340  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| | | | |   | |  ||  | |||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  4713273 cacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatatcctatactacccttc 4713174  T
Q  341 accatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgt 440  Q
    ||||| ||||| ||||| ||  | || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4713173 accatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatat 4713074  T
Q  441 tggtgctcttcacgtcacggtgtat 465  Q
    | || ||||| ||||||||||||||    
T  4713073 ttgtactcttaacgtcacggtgtat 4713049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 309 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 4847160 - 4846941
Alignment:
Q  309 attctggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaac 408  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||  | || ||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  4847160 attctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgcttacatgagtcattgatatcccggttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaac 4847061  T
Q  409 cttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctc 508  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| |  |  ||||||||||||||| ||| ||     
T  4847060 cttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaaccccctt 4846961  T
Q  509 gcggaacccaatagaatctc 528  Q
    || | ||| |||||||||||    
T  4846960 gctgcacctaatagaatctc 4846941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 237
Target Start/End: Original strand, 4676737 - 4676930
Alignment:
Q  44 tgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgtt 143  Q
    ||||| ||||||| ||||| | ||||||||  |||  | |||||||||| |||  |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  4676737 tgagtcccatcattatgcaaataactcaacatcaaagttcaataatattacaaaaactcctctatgatagaattccttaggaatggatccactatttgtt 4676836  T
Q  144 caattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcaca 237  Q
     ||||||||||  |||| | || ||| ||| |||| ||||||||| ||| |  || ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  4676837 taattgccacatattcaccctaacatctttgaaaccaacaaactaaactagtcgtcttcttgtctaaatcgcgaaccaaaggcggcctagcaca 4676930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 272 - 327
Target Start/End: Original strand, 4676945 - 4677000
Alignment:
Q  272 acatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 327  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4676945 acatccgattttagagttagcctttggagcatgtaatattcaggatccaaataccc 4677000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4854843 - 4854596
Alignment:
Q  41 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 140  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||  || ||| |||||| ||||| || |    
T  4854843 cgttgatttccatcaccatgcaaacaactcaacaccatttgacaataaaatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaatgggtccaccatct 4854744  T
Q  141 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 240  Q
     ||||| |  ||| ||||||| ||| |||||||| ||||||  ||| |   |  || | |||||||||||   | || ||||||||||||| ||||||||    
T  4854743 cttcaactatcactccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcacttttttcttatccaataaatgatccaaaggtggtctcgcacacaa 4854644  T
Q  241 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagt 288  Q
    || ||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4854643 catctcaagaagtacatcaccgaaagagtacacatcagactttagagt 4854596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 392 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 27539578 - 27539508
Alignment:
Q  392 aatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtg 462  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |  || ||||| ||  ||||||| ||||||||    
T  27539578 aatccaaaatcagaaaccttggccacccacttctcatctagtaaaatgtttgtagtcttcacatcacggtg 27539508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 23 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 18927164 - 18926658
Alignment:
Q  23 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 122  Q
    |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||||||||| |||| |    
T  18927164 acttgattcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgatagaatccctca 18927065  T
Q  123 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 222  Q
    |||||||||| || || |||| |||||  |||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||    
T  18927064 ggaatggatctacgatctgtttaattggaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaa 18926965  T
Q  223 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 322  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |||    
T  18926964 aggtggccttgcacacaatacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaa 18926865  T
Q  323 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 422  Q
    ||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| || |||||||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||    
T  18926864 tacccaagactccccttcaccattgtgctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccacccatt 18926765  T
Q  423 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 522  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  18926764 tctcatccaataatatgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatac 18926665  T
Q  523 aatctca 529  Q
    |||||||    
T  18926664 aatctca 18926658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 392 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 46271816 - 46271746
Alignment:
Q  392 aatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtg 462  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |  || ||||| ||  ||||||| ||||||||    
T  46271816 aatccaaaatcagaaaccttggccacccacttctcatctagtaaaatgtttgtagtcttcacatcacggtg 46271746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 384 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 45191576 - 45191495
Alignment:
Q  384 ctttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtat 465  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  | ||||||||||| | ||| || ||  |||||||||||||||||||    
T  45191576 ctttagataaaccaaaatcagaaaccttggcaacataattctcatccaagagtatatttgttgtcttcacgtcacggtgtat 45191495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University