View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14741_high_2 (Length: 581)

Name: NF14741_high_2
Description: NF14741
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14741_high_2
NF14741_high_2
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (1-567)||(31158950-31159516)
chr4 (19-567)||(31489497-31490045)
chr4 (18-566)||(31029383-31029931)
chr4 (18-566)||(31019502-31020050)
chr4 (16-569)||(31150047-31150600)
chr4 (18-567)||(31528110-31528659)
chr4 (43-566)||(31033683-31034207)
chr4 (84-561)||(31482709-31483192)
chr4 (152-351)||(31476926-31477128)
chr4 (135-293)||(31496862-31497020)
chr4 (152-336)||(31502048-31502235)
chr4 (441-566)||(31245326-31245451)
chr4 (159-266)||(31245044-31245151)
chr4 (152-218)||(31161692-31161758)
chr4 (441-566)||(31477218-31477343)
chr4 (441-551)||(31161373-31161481)
chr4 (441-566)||(31497171-31497296)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-567)||(17438641-17439198)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (19-557)||(33402334-33402875)
chr6 (167-552)||(33264374-33264762)
chr6 (84-567)||(31560693-31561179)
chr6 (155-567)||(33642557-33642972)
chr6 (441-567)||(33411663-33411789)
chr6 (152-566)||(33273503-33273920)
chr6 (85-567)||(33059273-33059758)
chr6 (441-561)||(33389788-33389908)
chr6 (441-567)||(33306196-33306322)
chr6 (12-380)||(9168671-9169041)
chr6 (390-567)||(33287252-33287429)
chr6 (441-561)||(9168490-9168610)
chr6 (85-355)||(31567013-31567286)
chr6 (155-304)||(33390048-33390197)
chr6 (157-222)||(13609093-13609158)
chr6 (441-566)||(13609377-13609502)
chr6 (19-230)||(33412003-33412214)
chr6 (85-340)||(33306423-33306681)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (152-552)||(8485-8888)
[»] scaffold1749 (1 HSPs)
scaffold1749 (152-222)||(57-127)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 31159516 - 31158950
Alignment:
Q  1 tatttggtgactttttaaaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31159516 tatttggtgactttttaaaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacgaatatatcgggtcacaaattttcatgtctt 31159417  T
Q  101 ccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtggga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31159416 ccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtggga 31159317  T
Q  201 tgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatata 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31159316 tgggtggaatagggaagacaactcttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatata 31159217  T
Q  301 tagacatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31159216 tagacatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttg 31159117  T
Q  401 atacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttag 500  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31159116 atacaaagtaggctacgccgcctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttag 31159017  T
Q  501 gtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31159016 gtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 31158950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 567
Target Start/End: Original strand, 31489497 - 31490045
Alignment:
Q  19 aactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagttgga 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||     
T  31489497 aactttcaggcctcaatatgaagagattaaaaagattgttgacgagatattgaatatattgggtcacaattattcatctcttccaaaagaactagttggt 31489596  T
Q  119 ataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaaga 218  Q
    || |||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31489597 atgaattctcatatagataaagtagcaaatctattacttttggactccattgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaaga 31489696  T
Q  219 caacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatagacatgatggtccaat 318  Q
    |||| ||  |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  31489697 caactctggctactgctttatatggtcaaatctctcatcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatagacatgatggtcaagt 31489796  T
Q  319 tggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacgc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||  | | |||||||||| |||||||| ||||||| | ||| ||||||||     
T  31489797 tggtgcacaaaagcaaatcctacaccagactcttggcgtggaaccctttcagctttgcaatctatatcacacaactgatttgatgcgaaggaggctacgt 31489896  T
Q  419 cacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcg 518  Q
    | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  31489897 cgcctacgagtacttataattgttgataatgttgataaagttggacaacttgataaattgggtgtgaatcgtgaatggttaggtgcagggagtagaatca 31489996  T
Q  519 ttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31489997 ttataatttctggagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 31490045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 31029931 - 31029383
Alignment:
Q  18 aaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagttgg 117  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  31029931 aaacttttaggcctcaatatgctgagattaaaaagattgttgaagagatattgaatatattgggtcacaacttttcatctcttccaaaagaactagttgg 31029832  T
Q  118 aataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaag 217  Q
     || |||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31029831 tatgaatcctcatatagaaaaagtagtaaatctattacttttggactcggttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaag 31029732  T
Q  218 acaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatagacatgatggtccaa 317  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |     
T  31029731 acaactctgactactgctttatatggtcaaatctctcatcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatagacatgatggtcaag 31029632  T
Q  318 ttggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacg 417  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||||| |||| |||||| | ||||||   | ||||||||| | ||||| ||||    
T  31029631 ttggtgcacaaaagcaaattctacaccaaacttttggcaaggaacactttcagatatgcaatctctttgacacggatgatttgatacgacgtaggttacg 31029532  T
Q  418 ccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatc 517  Q
     |  |||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  31029531 tcggctacgagcacttatcattctcgataatgttgataaagttgaacagctcgataagttagctttaaatcgtgaatatttaggtgcagggagtagaatc 31029432  T
Q  518 gttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatg 566  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31029431 attataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatg 31029383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 31020050 - 31019502
Alignment:
Q  18 aaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagttgg 117  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  31020050 aaacttttaggcctcaatatgctgagattaaaaagattgttgaagagatattgaatatattgggtcacaacttttcatctcttccaaaagaactagttgg 31019951  T
Q  118 aataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaag 217  Q
     || |||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31019950 tatgaatcctcatatagaaaaagtagtaaatctattacttttggactcggttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaag 31019851  T
Q  218 acaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatagacatgatggtccaa 317  Q
    ||||| ||  |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |     
T  31019850 acaactctggctactgctttatatggtcaaatctctcatcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatagacatgatggtcaag 31019751  T
Q  318 ttggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacg 417  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||| | ||||||   | ||| ||||| | ||||| ||||    
T  31019750 ttggtgcacaaaagcaaattctacaccaaactcttggcaaggaacactttcagatatgcaatctctttgacacggatgattcgatacgacgtaggttacg 31019651  T
Q  418 ccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatc 517  Q
     |  |||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  31019650 tcggctacgagcacttatcattctcgataatgttgataaagttgaacagctcgataagttagctttaaatcgtgaatgtttaggtgtagggagtagaatc 31019551  T
Q  518 gttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatg 566  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31019550 attataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatg 31019502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 31150600 - 31150047
Alignment:
Q  16 taaaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagtt 115  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||   | |||| |||||| |||| |||||   |||||||||| | |||||     
T  31150600 taaaacttgcaggccacaacatgcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtc 31150501  T
Q  116 ggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaataggga 215  Q
    || ||  ||| |||| || |  || ||| ||| |  ||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31150500 gggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtaggga 31150401  T
Q  216 agacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatagacatgatggtcc 315  Q
    ||||||| ||| |||||  | |||     | ||||||||||| ||||  |||    ||  |||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||     
T  31150400 agacaacccttgctactattctatacaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttatagggatgatggtct 31150301  T
Q  316 aattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggcta 415  Q
    ||||||||| ||||||| ||| || || |||||||| |  |  |||||  |||| | || |||| | ||  || |  |||| ||||||||||||||| ||    
T  31150300 aattggtgctcaaaagctaattctgcatcaaactctagttgaagaacaacttcagacatgcaatatttacaacgcgtctaacttgatacaaagtaggtta 31150201  T
Q  416 cgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaa 515  Q
    | |    ||   || ||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  31150200 cactgtgtaaaggcccttataattcttgacaatgttgatcaagttgaacaactcgagaaattagccgtgaatcgtgaatggttaggtgcggggagtagaa 31150101  T
Q  516 tcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgttg 569  Q
    || |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31150100 tcattataatttctagagacgagcatatcttgaaagagtatggagtggatgttg 31150047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 31528659 - 31528110
Alignment:
Q  18 aaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagttgg 117  Q
    ||||||||||||| || |  ||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||  |  |||||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  31528659 aaactttcaggccccagtcagcagagattaaaaagattgttgaagagatagtaaatatattgaattgcaaattttcaagccttccaaatgatttagttgg 31528560  T
Q  118 aataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaag 217  Q
     |   ||| ||  ||||||| | | | ||| || |||||||||||    |||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31528559 gacgcattctctcatagaaagattggaaaagcttttacttttggatgtggttgatgatgttaggattgttggaatttctgggatgggtggagtagggaag 31528460  T
Q  218 acaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatagacatgatggtccaa 317  Q
    ||||| ||| |||    ||||| | | |||||||||  ||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||| |  | ||||| |||||||     
T  31528459 acaactcttgctaggattttatatagaagaatctcttctcggtttgatgcatgttgctttattgatgatctaagcaaaatttgcaaacatgctggtccag 31528360  T
Q  318 ttggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacg 417  Q
    ||| ||||||||||||||| |||  ||||||| | ||||  |||||| |||| |||| |||||||  ||||  | ||||||||||||||| ||||||  |    
T  31528359 ttgctgcacaaaagcaaattctaagccaaactttaggcgaagaacaccttcagatatgcaatctaagtgacggagctaatttgatacaaaataggcttgg 31528260  T
Q  418 ccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatc 517  Q
     || ||  | ||  | |||||  |||||||||||||| |||  |||||| | || ||||| ||| |||| ||| |    |||||||  ||||||||||||    
T  31528259 tcatctgagggccttcataattcttgataatgttgatcaaggagaacaattggagaaattggctttgaaccgtaagctgttaggtgttgggagtagaatc 31528160  T
Q  518 gttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
     |||||||||| ||||||   |||||||||||   ||||||||| |||||    
T  31528159 attataatttcgagagatactcatatcttgaataggtatggagtggatgt 31528110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 43 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 31034207 - 31033683
Alignment:
Q  43 gattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagta 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||   |||||| ||||||||||||| |||||||| ||  ||| || ||||||| || ||    
T  31034207 gattgaaaagattgttgaagagataataaatagattgggttaccggttttcaagtcttccaaaagatttagttgggattgattctcttatagaagaatta 31034108  T
Q  143 gcaaatctatt-acttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgt 241  Q
    | |||  | || ||||||||| ||   ||||  | | | |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| || ||  |||||||| | | |    
T  31034107 gaaaaagtgtttacttttggaatcaactgatattatacaggttgtaggaatttatggaatgggaggaataggaaagacgactctagctactgctctttat 31034008  T
Q  242 ggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatagacatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctac 341  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| | | || || || |||||| |||||| | | |||||| |||| |||| | ||||||| |||||||||   ||||    
T  31034007 gacagaatctctcatcaatttgatgcatgctgcttcatcgatgatataagcaaagtttatagaaatgaaggtcga-ttggtgctcaaaagcaagcactac 31033909  T
Q  342 accaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaa-ctaatttgatacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatag 440  Q
    | ||||||||| ||    | ||| |||| |||| |||||| ||  ||| || |||||||||||| |   | |||| | ||  || |||| ||| || |      
T  31033908 atcaaactcttagcaaacagcaccttcagatatgcaatctttacaacaaaaactaatttgatacgactcaagctaggtcatataagagcccttctagttc 31033809  T
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |  || ||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||    
T  31033808 ttgataatgttgatcaagttgaacagcaggagaaattagctgtgagtagtgaatgtttaggtgctgggagtagaattgttataacttctagagatgttca 31033709  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagttgatg 566  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||    
T  31033708 tatcttgaaagagtacgaagttgatg 31033683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 84 - 561
Target Start/End: Original strand, 31482709 - 31483192
Alignment:
Q  84 acaaattttcatgtcttccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggt 183  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||   |  |||||||||| || | | |||    ||||||||||||||||||||| | || | ||     
T  31482709 acaaattttcatatcttccaaatgatttagttggaatgcttcctcctatagaagaattggaaaagtgcttacttttggactccgttgataaggtcctggc 31482808  T
Q  184 tgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtag------aatctctcatcgatttgatgtacgttgtttt 277  Q
     || ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| || ||| ||||| | | |       || ||| | || ||| |||| | | ||||||    
T  31482809 cgttggaatttgtgggatgagtggagttgggaagacaactcttgcttctgttttatattgcaacaagaaaaactcacctcaattcgatgcatgctgtttt 31482908  T
Q  278 attgatgatctaagcagaatatatagacatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatataca 377  Q
    ||||||||| |||||| || || |||| || | |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |  |||||| |||| |||||||    
T  31482909 attgatgatgtaagcaaaaaatttagatattacggtccagttggtgcacaaaagcaaattctacatcaaactctaggtgaagaacacattcagatataca 31483008  T
Q  378 atctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggcta-cgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaat 476  Q
    || | |||||  || ||||||||||||||||||| ||| | |    || | || ||||||||  |||||||||||||| |    |||||| | || |||     
T  31483009 atatgtatgatgcagctaatttgatacaaagtagactatctcgttgta-gggctcttataatttttgataatgttgatgacagcgaacaattggagaaac 31483107  T
Q  477 tagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagt 561  Q
    ||||||||| |||| |||  |||| ||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  31483108 tagctgtgactcgtaaatcattagctgcagggagcagaatcattatagtttgtagagatgctcatatcttggaagagtatggagt 31483192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 152 - 351
Target Start/End: Original strand, 31476926 - 31477128
Alignment:
Q  152 ttacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatct 251  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  | | ||| || |||||| |    
T  31476926 ttacttttggactctgttgatgatgttcatgttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacccttggcatggttctatatgatagaattt 31477025  T
Q  252 ctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatag---acatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaac 348  Q
    |||||| ||||| || | | ||||||||||||||| |||||| ||| | |||   ||||||||| ||| | | ||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  31477026 ctcatcaatttggtgcatgctgttttattgatgatgtaagcaaaatgtttagattacatgatgggccactcgatgttcaaaagcaaattctacatcaaac 31477125  T
Q  349 tct 351  Q
    |||    
T  31477126 tct 31477128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 135 - 293
Target Start/End: Original strand, 31496862 - 31497020
Alignment:
Q  135 aaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgc 234  Q
    ||||| ||| ||| || |||||||||||||| ||| |||||| ||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||||||    
T  31496862 aaaaattagaaaagcttttacttttggactcggttaatgatggtcgtgtcataggaatttgtgggatgggaggaatagggaagactacccttgctactgc 31496961  T
Q  235 tttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagca 293  Q
    ||| | || || ||||||| ||| |||||||| | | ||||||||||||||| ||||||    
T  31496962 tttgtatgctaaaatctctaatcaatttgatgcatgatgttttattgatgatgtaagca 31497020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Original strand, 31502048 - 31502235
Alignment:
Q  152 ttacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatct 251  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||  | | ||| || |||||| |    
T  31502048 ttactcttggactctgttgatgatgttcaagctgtaggaatctgtgggatgggtggaatagggaagacaacccttggtagggttctatatgatagaattt 31502147  T
Q  252 ctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatag---acatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaat 336  Q
    |||||| ||||| || | |||||||||| |||||| |||||| ||| | |||   ||||||||| ||| ||||||  |||||||||||    
T  31502148 ctcatcaatttggtgcatgttgttttatcgatgatgtaagcaaaatgtttagattacatgatggaccacttggtgttcaaaagcaaat 31502235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 441 - 566
Target Start/End: Original strand, 31245326 - 31245451
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||  || |||||  ||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||    
T  31245326 ttgataatgttgatcaagttgaacaactggataaattggctatgacacgagaatggctaggcacagggagtagaatcatcataatttctagagatgttca 31245425  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagttgatg 566  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||    
T  31245426 tatcttgagagagcatggagtagatg 31245451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 159 - 266
Target Start/End: Original strand, 31245044 - 31245151
Alignment:
Q  159 tggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcg 258  Q
    ||||||| | |||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| | || |||||||||| |||     
T  31245044 tggactcagatgatgatgttcgagtggtagggatttgtggaatgggtggaatagggaagactactcttgctactgctttgtatgatagaatctctaatca 31245143  T
Q  259 atttgatg 266  Q
    ||||||||    
T  31245144 atttgatg 31245151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 152 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 31161758 - 31161692
Alignment:
Q  152 ttacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaaga 218  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31161758 ttacttttggattcggttgatgatgtgcgggttgtaggagtttgtgggatgggtggaatagggaaga 31161692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 441 - 566
Target Start/End: Original strand, 31477218 - 31477343
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||   |||||||||  ||||||  || |||| |||| ||||||||||||||||||| ||    
T  31477218 ttgataatgttgataaagttgaacaactggaaaaaataggtgtttgtcgtgaatggctaggtgagggaagtaaaatcattataatttctagagatgagca 31477317  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagttgatg 566  Q
    ||| |||||  | |||||||| ||||    
T  31477318 tatattgaagaattatggagtagatg 31477343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 441 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 31161481 - 31161373
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||| |  || |||||| ||| |||| |||||||||||| |||||| || ||||||||| ||    
T  31161481 ttgacaatgttgatcaagttgaacaactcgaaaaactagctgag--tcatgaatggttatgtgcggggagtagaatcattataacttttagagatgagca 31161384  T
Q  541 tatcttgaaag 551  Q
    |||||||||||    
T  31161383 tatcttgaaag 31161373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 441 - 566
Target Start/End: Original strand, 31497171 - 31497296
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||| |||   |||||| || |||| ||  || |||| |||| |||| ||||||||||| || ||    
T  31497171 ttgataatgttgataaagttgaacaattagaaaaaatagttgttcgtcgtgattggttagatgtgggtagtaaaatcattatcatttctagagacgagca 31497270  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagttgatg 566  Q
    |||  |||||||||||||||| ||||    
T  31497271 tatactgaaagagtatggagtggatg 31497296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 567
Target Start/End: Original strand, 17438641 - 17439198
Alignment:
Q  13 ttttaaaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaatta 112  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||   |||||||||    ||||| |||||||  | ||||||| |||    
T  17438641 ttttcaaactttcaggccacaatgtgcagagattaaaaagattgttcaaaagataatgaatatattggaatgcaaatcttcatgtaattcaaaagattta 17438740  T
Q  113 gttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatag 212  Q
    ||||| ||||||| || |||||||  | ||  |||||  |||||||||||||| ||||||| |||||| | | |||||||||| |||||||| |||||||    
T  17438741 gttgggataaattctcgtatagaagcattaaaaaatcatttacttttggactcggttgatggtgttcgtgctataggaatttgggggatgggaggaatag 17438840  T
Q  213 ggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatag---acatga 309  Q
    |||||||||| ||| ||   | ||||| |||   |||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||   ||||||    
T  17438841 ggaagacaacccttgctttggatttatatggccaaatctctcatcgatttgatgcatcttgtttcattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatga 17438940  T
Q  310 tggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagt 409  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||| ||   ||||||||||||   ||||||  |||||||| |||||  ||     ||||  |||||||||    |    
T  17438941 tggtccacttgaagcacaaaagcaaatcatatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaacatatttgatacggcat 17439040  T
Q  410 aggctacgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcaggga 509  Q
    || ||| | ||   | | |||||| | ||  |||||||||| ||| ||||||||||| | || ||| ||| |||| ||| |||||| ||||||||||| |    
T  17439041 agactatgtcatgaaagggcacttctgattcttgataatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcttgaatggttaggtgcaggta 17439140  T
Q  510 gtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  17439141 gtagaatcattatcatttctagagatgagcatatattgaaaaagtatggagtggatgt 17439198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 33402875 - 33402334
Alignment:
Q  19 aactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagttgga 118  Q
    |||||||||||| |||  || ||||||| ||||||||||| || ||||||   |||||||||    ||||| ||||||| || ||||||| ||||||||     
T  33402875 aactttcaggccacaagctggagagattaaaaagattgttcaaaagataatgaatatattggagtgcaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttggg 33402776  T
Q  119 ataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaaga 218  Q
    ||  ||| ||||||||||  | ||  |||||  ||  |||||||||  ||||||| |||||| | | || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33402775 attgattctcctatagaagcattaaaaaatcatttggttttggacttggttgatggtgttcgtgctataagaatttgtggaatgggaggaatagggaaga 33402676  T
Q  219 caacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatagac---atgatggtcc 315  Q
    |||| ||| |||    ||||| |||   ||||||||||||||||  || |   ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||    ||||||| ||    
T  33402675 caacccttgctatgaatttatatggccaaatctctcatcgatttagtgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttatagattatatgatggccc 33402576  T
Q  316 aattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggcta 415  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||   ||||||  |||||||| |||||  ||     ||| | ||||||||||| ||||||||    
T  33402575 aattgatgcacaaaagcaaatcctacatcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaattgatttgatacaacgtaggcta 33402476  T
Q  416 cgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaa 515  Q
    || |    |   || ||| | ||  |||||||||| ||| ||||||||||| | || ||| ||| |||| |||||||||| |||||||| || |||||||    
T  33402475 cgtcgtgaaaaggctcttctgatttttgataatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatgtttaggtgcgggtagtagaa 33402376  T
Q  516 tcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatg 557  Q
    |  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33402375 ttattatcatttctagagatgaacatatattgaaagagtatg 33402334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 167 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 33264762 - 33264374
Alignment:
Q  167 gttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatg 266  Q
    ||||||| |||||| | | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||    ||||| |||   ||||| ||||||||||||||    
T  33264762 gttgatggtgttcgtgctataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaaatctgtcatcgatttgatg 33264663  T
Q  267 tacgttgttttattgatgatctaagcagaatatataga---catgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaaca 363  Q
     |   ||||| ||||||||| |||||| ||| | ||||   |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||    
T  33264662 catcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttttagattacatgatggtccaatagatgcacaaaagcaaatcctacatcaaactcttggcatagaaca 33264563  T
Q  364 ctttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaa 463  Q
    |  |||||||| |||||  |||    ||||| ||||||||  || ||||||| | |    |    | ||| ||||  |||||||||| ||| ||||||||    
T  33264562 ccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttgataagaaataggctaagtcgtgaaaagacccttctaattcttgataatgtggatcaagttgaa 33264463  T
Q  464 caacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaaga 552  Q
    ||| | || | | ||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  33264462 caattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacatatattgaaaga 33264374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 84 - 567
Target Start/End: Original strand, 31560693 - 31561179
Alignment:
Q  84 acaaattttcatgtcttccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggt 183  Q
    |||||| ||||||| || ||||||| |||||||| || |||| ||||||||||  | ||  |||||  || ||||||||||| | ||||| |||||| ||    
T  31560693 acaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgttcgtgt 31560792  T
Q  184 tgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgat 283  Q
    | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||| |||   |||| | |||   ||| ||||||||||||  || |   ||||||||||||    
T  31560793 tataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgtatggccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgat 31560892  T
Q  284 gatctaagcagaatatataga-ca--tgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatc 380  Q
    ||| |||||| ||| |||||| ||  |||||||||  | | ||||||||||||||||||||  |||||| | |||   ||||||  |||||||| |||||    
T  31560893 gatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatc 31560992  T
Q  381 tatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagc 480  Q
      ||   | ||||||||||||| | ||  |  ||| | ||   | | || ||| | ||  |||||||||| ||| |||||| |||| | || ||| ||||    
T  31560993 attacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagc 31561092  T
Q  481 tgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
    ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  31561093 tgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgt 31561179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 155 - 567
Target Start/End: Original strand, 33642557 - 33642972
Alignment:
Q  155 cttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctc 254  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||    ||| ||||    
T  33642557 cttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaatatctc 33642656  T
Q  255 atcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatataga---catgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactct 351  Q
    ||||||||  || |   ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||   |||||||||||| | |  ||||||||||||||||||   ||||||||    
T  33642657 atcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcctatttcaaactct 33642756  T
Q  352 tggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatagttgataatgtt 451  Q
    ||||   ||||||  |||||||| |||||   |     ||||| ||||||||| | |||||||||| |        || ||| | ||  |||||||||||    
T  33642757 tggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgtaacatggcaactgatttgatacgacgtaggctacgtcgtgagaaggcccttctgattcttgataatgtt 33642856  T
Q  452 gataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaag 551  Q
    ||| ||||||||||| |||| ||| ||| ||||  ||||||||| ||||||||||| |||| | |  |||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  33642857 gatcaagttgaacaatttgaaaaaataggtgtgcgtcgtgaatggttaggtgcaggtagtatagttattatcatttctagagatgagcatatattgaaag 33642956  T
Q  552 agtatggagttgatgt 567  Q
     ||||||||| |||||    
T  33642957 tgtatggagtggatgt 33642972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 441 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 33411789 - 33411663
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| | || ||| |||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  33411789 ttgataatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaatagctgtgcatcgtgaatggttaggtgcgggtagtagaatcgttatcatttctagagatgagca 33411690  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
    ||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  33411689 tatattgaaagagtacggagtggatgt 33411663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 152 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 33273920 - 33273503
Alignment:
Q  152 ttacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatct 251  Q
    |||||||||||||| |||||   |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||| || |  ||| |    
T  33273920 ttacttttggactcggttgacagtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctatggctttatatgatcaaatat 33273821  T
Q  252 ctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatata---gacatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaac 348  Q
    |||||||||||  || |   |||||||| |||||| |||||| ||| ||||    ||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||  |||||    
T  33273820 ctcatcgatttagtgcatcctgttttatagatgatgtaagcaaaatttataaattacatgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttcaaac 33273721  T
Q  349 tcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatagttgataat 448  Q
    ||| |||   ||||||  |||||||| |||||  ||   |  |||||||||||||| |||||||||| | |    | | |  ||| | ||  ||||||||    
T  33273720 tctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattacagcgtaactaatttgatacgaagtaggctatgtcgtgaaagggtccttctgattcttgataat 33273621  T
Q  449 gttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttga 548  Q
    || ||| |||||| |||  | || ||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||  | || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  33273620 gtggatcaagttgcacagttggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaattataatcatttctagagatgagcatatattga 33273521  T
Q  549 aagagtatggagttgatg 566  Q
    || | |||||||| ||||    
T  33273520 aatactatggagtggatg 33273503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 85 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 33059758 - 33059273
Alignment:
Q  85 caaattttcatgtcttccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggtt 184  Q
    ||||| ||||||| || ||||||| |||||||| ||  ||| ||||||| ||  | ||  |||||  || |||||| |||| ||||||| |||||| | |    
T  33059758 caaatattcatgtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctatacaagcattacaaaatcatttgcttttgaactcagttgatggtgttcgtgct 33059659  T
Q  185 gtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatg 284  Q
     ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||  |||||| |||   ||| ||||||| ||||  || |  |||||||||||| |    
T  33059658 ataggaatttgtggaatgggaggaatagggaaaacaacccttgctacgactttatatggccaaatatctcatcaatttagtgcatcttgttttattgacg 33059559  T
Q  285 atctaagcagaatatataga---catgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatct 381  Q
    || ||| || ||| ||| ||   ||||||| |||| | | || |||||| |||||||||   |||||||| |||   ||||||   ||||||| |||||     
T  33059558 atgtaaccaaaatttatggattacatgatgatccactcgatgtacaaaaacaaatcctatttcaaactctcggcatagaacaccaacaaatatgcaatcg 33059459  T
Q  382 atatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagct 481  Q
     ||  |  |||||| |||||||||||| | |||| | ||   | || | ||||| ||  |||||||||| ||  ||||||||||| | || ||| ||||     
T  33059458 ttaccatgcaactactttgatacaaaggaagctatgtcatgaaagaacccttatgattcttgataatgtggaccaagttgaacaattggagaaaatagcg 33059359  T
Q  482 gtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
    ||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||  |||| |||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||| |||||    
T  33059358 gtgcatcgtgaatggttaggtccaggtagtagaattattatcatttctagagatgagcatgtattgaaagcgtatggagtggatgt 33059273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 441 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 33389908 - 33389788
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||||   || ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||| ||    
T  33389908 ttgataatgtggatcaaggtgaacaatcggaaaaaatagctgtgcatcgtgagtggttaggtgcaggtagtagaataattatcatttctagagatgagca 33389809  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagt 561  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  33389808 tatattgaaagagtatggagt 33389788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 441 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 33306322 - 33306196
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    ||||||||||  || ||||||||||| | || ||| | || ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||    
T  33306322 ttgataatgtcaatgaagttgaacaattggaaaaaattgcagtgcatcgcgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttgtcatttctagagatgagca 33306223  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
    ||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  33306222 tatattgaaggagtatggagtggatgt 33306196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 9169041 - 9168671
Alignment:
Q  12 tttttaaaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaatt 111  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| | ||||||||||  || ||||||   | |||| | ||  ||||| ||||||| || ||||||| ||    
T  9169041 tttttcaaactttcaggccacaatctgctgagactaaaaagattgtacaaaagataatgaacatatggagtg-caaatcttcatgtgtttcaaaagattt 9168943  T
Q  112 agttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaata 211  Q
    |||||| || |||| ||||||||||  | ||  |||||  || |||||||||||  |||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9168942 agttgggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcaattgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaata 9168843  T
Q  212 gggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatataga---catg 308  Q
    ||||||||||| ||| | |  | ||||| ||    ||| ||||||||||||  || |   ||||||||||||||| |||| | ||| ||||||   ||||    
T  9168842 gggaagacaactcttgcaatggttttatatgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatataagtaaaatttatagattgcatg 9168743  T
Q  309 atggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggcggggaacactttcaaatatacaatc 380  Q
    |||| ||| | | |||||||||||||||| |||  |||||||| |||   ||||||  |||||||| |||||    
T  9168742 atggcccactcgatgcacaaaagcaaatcttacttcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatc 9168671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 390 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 33287429 - 33287252
Alignment:
Q  390 caactaatttgatacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatagttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcg 489  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |    | | || ||| | ||  |||||||||| |||  |||||||||| | || ||| ||| |||| ||||    
T  33287429 caactaatttgatacaaagtaggctacgtcgtgaaagggcccttcttattcttgataatgtagatcgagttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcg 33287330  T
Q  490 tgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgt 567  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  33287329 tgaatgtttaggcgtaggtagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattggaagagtatggagtggatgt 33287252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 441 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 9168610 - 9168490
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | || ||| ||| |||| |||||||||| |||||||  || ||||||||  ||||  | ||| ||||||| ||    
T  9168610 ttgataatgttgatcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcgtgaatggttaggtgtgggtagtagaattattatcgtatcttgagatgagca 9168511  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagt 561  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  9168510 tatattgaaagagtatggagt 9168490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 85 - 355
Target Start/End: Original strand, 31567013 - 31567286
Alignment:
Q  85 caaattttcatgtcttccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggtt 184  Q
    ||||| ||||||| || ||||||| |||||||| ||  ||| ||||||||||    ||  |||||  || |||||||||||  |||||| |||||| | |    
T  31567013 caaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcgttacaaaatcatttgcttttggactcgattgatggtgttcgtgct 31567112  T
Q  185 gtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatg 284  Q
     ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||| ||    |||||| |||   ||| ||||||||||||  || |  ||||| ||||||||    
T  31567113 ataggaatttgtggaatggggggaatagggaagacagcccttgctgagactttatatggccaaatatctcatcgatttagtgcatcttgttatattgatg 31567212  T
Q  285 atctaagcagaatatatag---acatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactcttggc 355  Q
    || |||||| ||| |||||   | ||||||||||  | | ||||||||||||||||||||  |||||| |||||    
T  31567213 atgtaagcaaaatttatagatcatatgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttcaaactgttggc 31567286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 33390197 - 33390048
Alignment:
Q  155 cttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctc 254  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||  | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | |   |||||| ||    ||| ||||    
T  33390197 cttttggactcagttgatggtgttcatgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgccatgactttatatgaccaaatatctc 33390098  T
Q  255 atcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatataga 304  Q
    ||||||||  || |  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  33390097 atcgatttagtgcaaattgttttattgatgatgtaagcaaaatatataga 33390048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 222
Target Start/End: Original strand, 13609093 - 13609158
Alignment:
Q  157 tttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaac 222  Q
    ||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  13609093 tttggactcagatgatgatgttcgagttgtagggatttgtggaatgggcggaataggaaagacaac 13609158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 441 - 566
Target Start/End: Original strand, 13609377 - 13609502
Alignment:
Q  441 ttgataatgttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaaca 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |   | |  || |||||  ||||| |||||||||||||  |  |||||||||||||||  ||    
T  13609377 ttgataatgttgataaagttgaacaactggataaactggacataacacgagaatgtctaggttcagggagtagaattatcgtaatttctagagatggcca 13609476  T
Q  541 tatcttgaaagagtatggagttgatg 566  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||    
T  13609477 tatcttgagagagcatggagtagatg 13609502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 33412214 - 33412003
Alignment:
Q  19 aactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacacatatattgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagttgga 118  Q
    |||||||||||| |||  || ||||||| ||||||||||| || | ||||   ||||||||| |   |||| |||||   || ||||||| ||||||||     
T  33412214 aactttcaggccacaagctggagagattaaaaagattgttcaaaatataatgaatatattggattgtaaatcttcattcatttcaaaagatttagttggg 33412115  T
Q  119 ataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaaga 218  Q
    ||||||| ||  ||||||  | ||  |||||  |||||||||||||| ||||||| |||| | | | | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  33412114 ataaattctcggatagaagtattacaaaatcatttacttttggactcggttgatggtgtttgtgctattggaatttgtggaatgggcggaataggaaaga 33412015  T
Q  219 caacacttacta 230  Q
    |||| ||| |||    
T  33412014 caacccttgcta 33412003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 33306681 - 33306423
Alignment:
Q  85 caaattttcatgtcttccaaaagaattagttggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggtt 184  Q
    ||||| ||||| | || ||||||| |||||||| ||  ||| ||||||||||  | ||  |||||  || ||||||||||| ||||||  |||| | | |    
T  33306681 caaatcttcatatatttcaaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcattaaaaaatcatttgcttttggactcggttgattgtgtttgtgct 33306582  T
Q  185 gtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatg 284  Q
     ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||| ||    ||| ||||||||||||  || |   || | ||||||||    
T  33306581 ataggaatttctggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctatggctttatatgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgctatattgatg 33306482  T
Q  285 atctaagcagaatatatag---acatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatccta 340  Q
    || ||| || ||| |||||   ||||||||||||| |   |||||||||||||||||||    
T  33306481 atgtaaccaaaatttatagtttacatgatggtccactcaatgcacaaaagcaaatccta 33306423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 152 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 8888 - 8485
Alignment:
Q  152 ttacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacacttactactgctttatgtggtagaatct 251  Q
    ||||||||| | || ||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||    ||||| |||   |||||    
T  8888 ttacttttgaattcggttgatggtgttcgtgttataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaaatct 8789  T
Q  252 ctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatataga---catgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaac 348  Q
     |||||||||||||| |   ||||| ||||||||| |||||| ||| | ||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  8788 gtcatcgatttgatgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttttagattacatgatggtccaattgatgcacaaaagcaaatcctacatcaaac 8689  T
Q  349 tcttggcggggaacactttcaaatatacaatctatatgacacaactaatttgatacaaagtaggctacgccacctacgagcacttataatagttgataat 448  Q
    |||||||   ||||||  |||||||| |||||  |||    ||||| ||||||||  |  ||||||| | |    |    | ||| ||||  ||||||||    
T  8688 tcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttgataagacataggctaagtcgtgaaaagacccttctaattcttgataat 8589  T
Q  449 gttgataaagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttga 548  Q
    || ||| ||||||||||| | || | | ||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  8588 gtggatcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacatatattga 8489  T
Q  549 aaga 552  Q
    ||||    
T  8488 aaga 8485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1749 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold1749
Description:

Target: scaffold1749; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 152 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 127 - 57
Alignment:
Q  152 ttacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaac 222  Q
    ||||||||| | || ||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  127 ttacttttgaattcggttgatggtgttcgtgttataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaac 57  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University