View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14745_low_10 (Length: 375)

Name: NF14745_low_10
Description: NF14745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14745_low_10
NF14745_low_10
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (22-324)||(3955723-3956025)
chr4 (22-375)||(3801173-3801532)
chr4 (22-375)||(4009583-4009942)
chr4 (22-375)||(4024819-4025172)
chr4 (22-375)||(3919922-3920281)
chr4 (58-375)||(4218266-4218589)
chr4 (22-375)||(3817183-3817542)
chr4 (22-375)||(4001891-4002245)
chr4 (22-372)||(3933149-3933505)
chr4 (22-375)||(3986582-3986941)
chr4 (22-324)||(3809600-3809911)
chr4 (26-156)||(4018308-4018438)
chr4 (71-156)||(3963670-3963755)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (22-375)||(13397534-13397896)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (84-159)||(7031024-7031099)
chr8 (256-320)||(7081381-7081445)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 22 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 3956025 - 3955723
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3956025 aagtttgtccagctgactttcccattcttccttgtcttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 3955926  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3955925 accttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 3955826  T
Q  222 cttcatatatatcatcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaa 321  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3955825 cttcatatatatcatcaacttcattagtaataagtacttgcttgtctctaattgttacaattattctactatcagatcgaaaccaatcaagagttccaaa 3955726  T
Q  322 taa 324  Q
    |||    
T  3955725 taa 3955723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 3801173 - 3801532
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||   ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  3801173 aagtttgtctagcagactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatc 3801272  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||    
T  3801273 accctctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaa 3801372  T
Q  222 cttcatatatatcatc------aatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 315  Q
    | ||||||| ||||||       | |||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3801373 cctcatatagatcatcgtcatacacttcattaggaataagtacttgcttatctctacttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 3801472  T
Q  316 tccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  3801473 tccaaataacatctctagcagaccttcttccttaatatcatcaagatcaataagaacctt 3801532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 4009583 - 4009942
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4009583 aagtttgtccagctgactttcccattcttccttgtcttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattcctttggcataatcgacc 4009682  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||    
T  4009683 actttctttgatagatcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaa 4009782  T
Q  222 cttcatatatatca------tcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 315  Q
    | | ||||| ||||      |||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  4009783 cctgatatagatcatcatcttcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttgttaaaattattctactatcggatcgaaaccaatcaagagt 4009882  T
Q  316 tccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    || ||||||||||  |||| || ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  4009883 tctaaataacatctctagctgaccttcttccttaacatcatcaagaacaataagaacctt 4009942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 4024819 - 4025172
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4024819 aagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 4024918  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     |||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||    
T  4024919 accttctttgatagctcaaagtacaccgtttcaagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaa 4025018  T
Q  222 cttcatatatatcatcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaa 321  Q
    | ||||||| || ||||| |||||||  | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  4025019 cctcatatacatgatcaacttcattacaaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaa 4025118  T
Q  322 taacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    |||||||  || | || ||| ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||    
T  4025119 taacatctctatctgaccttcttccttaacgtcatcaagaacaataaggacctt 4025172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 3920281 - 3919922
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  3920281 aagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatc 3920182  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| ||    
T  3920181 accctctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaa 3920082  T
Q  222 cttcatata------tatcatcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 315  Q
    | |||||||       || ||||| |||||||||  | ||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920081 cctcatatagaccatcatgatcaacttcattagtccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 3919982  T
Q  316 tccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    |||||||||||||   ||| ||||| | ||||  | |||||||||||| |||||||||||    
T  3919981 tccaaataacatctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaacctt 3919922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 58 - 375
Target Start/End: Original strand, 4218266 - 4218589
Alignment:
Q  58 ttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatccccttctttgaaagctcatagtactccatttcaaga 157  Q
    ||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || || |||||||  |||||||||    
T  4218266 ttttccacgaaacatatgacccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccaccttctttgatagatcgtagtacttaatttcaaga 4218365  T
Q  158 tgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaacttcatata------tatcatcaatttcattagtag 251  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||       |||||||| |||||||| |     
T  4218366 tgactttctttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcatcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaa 4218465  T
Q  252 taagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaat 351  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||    
T  4218466 taagtacttgcttatctctagatgttacaatgattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagaccttcttccttaat 4218565  T
Q  352 atcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  4218566 atcatcaagaacaataagaacctt 4218589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 3817183 - 3817542
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |    
T  3817183 aagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagctaaaaccttaagaactaacggaatccctttggcataattgacc 3817282  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||| || ||||||||    
T  3817283 acactctttgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcgaattgaaaagcacaagtgcttcactagaatccaataccccaa 3817382  T
Q  222 cttcatatatatca------tcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 315  Q
    | ||||||||||||      |||| ||||||| |  | ||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3817383 cctcatatatatcatcatcttcaacttcattattccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 3817482  T
Q  316 tccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    |||||||||||||   ||| ||||| | ||||  | |||||||||||| |||||||||||    
T  3817483 tccaaataacatctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaacctt 3817542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 4001891 - 4002245
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||  | | |    
T  4001891 aagtttatcaagctgactttcccatacttccttaacttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcatacgcaacc 4001990  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||||||||| || |||   ||||  |||||||    
T  4001991 accctctttgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaatgaaaaagctcaagtgcctcactaggtttcaacaccccaa 4002090  T
Q  222 cttcatatatatca-tcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaa 320  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  4002091 cttcatatatatcaatcaacttcattagtaataagtacttgcttgtctctagtcgttacaattatcctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaa 4002190  T
Q  321 ataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    ||||||||  ||   || ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  4002191 ataacatctctatttgaccttcttccttaacatcatcaagaacaataagaacctt 4002245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 22 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 3933505 - 3933149
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||   ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  3933505 aagtttgtctagcttactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatc 3933406  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| ||    
T  3933405 accctctctgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaa 3933306  T
Q  222 cttcatatatatc------atcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 315  Q
    | ||| ||| |||      ||||| |||||| |||  ||| |||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||     
T  3933305 cctcacatagatcatcattatcaacttcattggtaacaagcacttgcttatttctactggttacaattattctactatctaatcgaaaccaatcaagaga 3933206  T
Q  316 tccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaac 372  Q
    |||||||||||||  |||||||||| |||| |  | |||||||||||||||||||||    
T  3933205 tccaaataacatctctagcagatctgtttcattgacatcatcaagaacaataagaac 3933149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 3986582 - 3986941
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |    
T  3986582 aagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataattgacc 3986681  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     || ||||||| |  ||||   ||||  |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||  ||||||| || ||| ||| || ||||||||    
T  3986682 accctctttgatatttcatcaaactcagtttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagtgcaagtgcatcactagaatccaataccccaa 3986781  T
Q  222 cttcatatatatca------tcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagt 315  Q
    | ||||||  ||||      |||| |||||||  |  |||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  3986782 cctcatatcgatcatcatcgtcaacttcattatcaaaaagtacttgcttatctctggctgttagaattattctactatctgattgaaaccagtcaagagt 3986881  T
Q  316 tccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    | | |||||||||  |||| ||||||  |||| || |||||||||||  |||||||||||    
T  3986882 ttcgaataacatctctagctgatcttcgtccttaacatcatcaagaatgataagaacctt 3986941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 22 - 324
Target Start/End: Original strand, 3809600 - 3809911
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  3809600 aagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatattagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcatattcggtc 3809699  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtac---tccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccc 218  Q
     || ||||||| |  ||| |  ||   || | |||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||  ||  |  || |||||    
T  3809700 accctctttgatacatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagttcttcagtaggacccaataccc 3809799  T
Q  219 caacttcatatatatc------atcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaag 312  Q
    |||| ||| | | |||      ||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  3809800 caacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcatattgaaaccaatcaca 3809899  T
Q  313 agttccaaataa 324  Q
    | ||||||||||    
T  3809900 acttccaaataa 3809911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 156
Target Start/End: Original strand, 4018308 - 4018438
Alignment:
Q  26 ttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcccct 125  Q
    ||||| || |||||||||||||||   || | ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | ||     
T  4018308 ttgtctagttgactttcccatactagcttatcttttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattgaccaccc 4018407  T
Q  126 tctttgaaagctcatagtactccatttcaag 156  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  4018408 tctttgttagctcatagtactcaatttcaag 4018438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 71 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 3963755 - 3963670
Alignment:
Q  71 agatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatccccttctttgaaagctcatagtactccatttcaag 156  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | | || ||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  3963755 agatgcgccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattcaccaccctctttgatagctcattgtactcaatttcaag 3963670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 13397534 - 13397896
Alignment:
Q  22 aagtttgtccagctgactttcccatacttctttgttttttccatgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatc 121  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  13397534 aagtttgtctagctgactttcccatagttctttattctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatgggattcctttggcataatcgacc 13397633  T
Q  122 cccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaacgcgttcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaa 221  Q
     || ||||||| |  |||||  ||||  |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| || ||||| ||    
T  13397634 accctctttgatacatcataaaactcgttttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccctaa 13397733  T
Q  222 cttcatata---------tatcatcaatttcattagtagtaagtacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaag 312  Q
    | |||||||          |||| ||| |||||||| | ||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13397734 cctcatataaagcatcatcatcaacaacttcattagcaataagtacttgcttatccctggttgttataattattctactatcagatcgaaaccaatcaag 13397833  T
Q  313 agttccaaataacatccttagcagatctttttcctcaatatcatcaagaacaataagaacctt 375  Q
    ||||||||||||||||   ||| || ||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  13397834 agttccaaataacatctccagctgaccttcttccgtaacatcatcaagaacaataagaacctt 13397896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 7031099 - 7031024
Alignment:
Q  84 ctttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatccccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatg 159  Q
    |||||||||||| |||||  |||  || |||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  7031099 ctttaagaactagtggaacacctgcggtataatcgaccatcttctttgatagctcatagtactccatttcgagatg 7031024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 256 - 320
Target Start/End: Original strand, 7081381 - 7081445
Alignment:
Q  256 tacttgcttgtctctagttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaa 320  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| | | |  |||||||||||| |||||||    
T  7081381 tacttgcttatctttagttgttacaatgattctactacctgttccaaaccaatcaagtgttccaa 7081445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University