View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14747_low_3 (Length: 576)

Name: NF14747_low_3
Description: NF14747
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14747_low_3
NF14747_low_3
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (15-557)||(1815802-1816344)
chr1 (15-557)||(1856700-1857242)
chr1 (28-557)||(1868308-1868840)
chr1 (28-557)||(1842699-1843231)
chr1 (19-557)||(9200017-9200558)
chr1 (19-557)||(9218533-9219074)
chr1 (82-557)||(9170450-9170928)
chr1 (124-557)||(9155712-9156148)
chr1 (22-557)||(9161624-9162162)
chr1 (317-557)||(9229418-9229658)
chr1 (80-244)||(9118348-9118512)
chr1 (318-557)||(9118589-9118828)
chr1 (70-244)||(9229734-9229908)
chr1 (22-50)||(9156222-9156250)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (15-182)||(37567642-37567809)
chr7 (177-301)||(37572119-37572243)
chr7 (157-201)||(30105892-30105936)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (160-239)||(40597787-40597866)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 1816344 - 1815802
Alignment:
Q  15 cataggtagaggaggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816344 cataggtagaggaggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataatagaattgtggctatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaatt 1816245  T
Q  115 gaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttgg 214  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816244 gaacaattcattaacgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttggggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttgg 1816145  T
Q  215 tttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttga 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816144 tttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatcttacttggaaaactcgtcttaggatagctgttga 1816045  T
Q  315 ggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacacc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816044 ggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacacc 1815945  T
Q  415 gccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagt 514  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815944 gctaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagt 1815845  T
Q  515 atatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815844 atatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 1815802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 557
Target Start/End: Original strand, 1856700 - 1857242
Alignment:
Q  15 cataggtagaggaggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaatt 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  1856700 cataggtaaaggaggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaatt 1856799  T
Q  115 gaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttgg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856800 gaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacagaaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttgg 1856899  T
Q  215 tttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttga 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||| |  ||    
T  1856900 tttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcaga 1856999  T
Q  315 ggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacacc 414  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857000 ggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacacc 1857099  T
Q  415 gccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagt 514  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1857100 gccaaagtgtcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagt 1857199  T
Q  515 atatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1857200 atatgcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatag 1857242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 28 - 557
Target Start/End: Original strand, 1868308 - 1868840
Alignment:
Q  28 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 127  Q
    ||||||||||| |||||||||||    || |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||| ||||||   ||||||||| || ||||||||||    
T  1868308 ggttttggtaccgttttcaaaggacttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagatagaagccaaatcgatcaattcatta 1868407  T
Q  128 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 227  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1868408 atgaggtggttgttctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggtttatgaatttgt 1868507  T
Q  228 tagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacg---aacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctgga 324  Q
    || |||||| || |||||||  ||| | | ||||||| |||| | |   ||  ||  ||| |||||||||||||||| |||||| |  |||||||||| |    
T  1868508 taccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaa 1868607  T
Q  325 gctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgt 424  Q
    ||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  1868608 gctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgccaaagtat 1868707  T
Q  425 cagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaac 524  Q
    | ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1868708 cggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaac 1868807  T
Q  525 aagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1868808 aagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatag 1868840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 28 - 557
Target Start/End: Original strand, 1842699 - 1843231
Alignment:
Q  28 ggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcatta 127  Q
    ||||||||||| |||| ||||||    || |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||| ||||||   |||||||||  | ||||||||||    
T  1842699 ggttttggtactgtttacaaaggatttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagatagaagccaaatcaatcaattcatta 1842798  T
Q  128 atgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgt 227  Q
    |||||||   | || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1842799 atgaggtaattattctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggtttatgaatttgt 1842898  T
Q  228 tagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacg---aacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctgga 324  Q
    || |||||| || |||||||  ||| | | ||||||| |||| | |   ||  ||  ||| |||||||||||||||| |||||| |  |||||||||| |    
T  1842899 taccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaa 1842998  T
Q  325 gctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgt 424  Q
     || |||||||||| ||||||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |    
T  1842999 actttgtcatatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaaagtat 1843098  T
Q  425 cagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaac 524  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1843099 cagattttggagcttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaac 1843198  T
Q  525 aagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1843199 aagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatag 1843231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9200558 - 9200017
Alignment:
Q  19 ggtagaggaggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |   |||||| | |||||| ||  | ||||| ||||||| ||| |||| ||  |||||||| |    
T  9200558 ggtagaggaggttttggtacagtttacaaaggagttttacctgataacaaaattgtcgctgtaaaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagc 9200459  T
Q  119 aattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggttta 218  Q
    |||||||||||||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||  || || ||    
T  9200458 aattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctaggctgttgtctagagacagaagttccttcattagtgta 9200359  T
Q  219 tgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttc---gcacacaaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgag 315  Q
     || ||||||||||| ||||| ||||  || ||  | |   ||||  ||| ||| || ||  ||| ||| |||||||| ||| | |||||||| |  |||    
T  9200358 cgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacacgtttaaggatagcagcggag 9200259  T
Q  316 gtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccg 415  Q
      |||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  |   ||||||    
T  9200258 acagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacaccg 9200159  T
Q  416 ccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagta 515  Q
    | ||||| || || |||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||    
T  9200158 caaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatcccgagta 9200059  T
Q  516 tatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    ||||||||||   ||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  9200058 tatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgtttatag 9200017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9219074 - 9218533
Alignment:
Q  19 ggtagaggaggttttggtacagttttcaaaggggaacttgat-gataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||   ||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| |||||||| ||  || || ||     
T  9219074 ggtagaggaggttttggtacagttttcaaagga-attttgcccgataacaaaattgtcgctgtcaaaaagtccaaaataatagacgcaaatcagatcgag 9218976  T
Q  118 caattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggttt 217  Q
    ||||||||||||||||| | |||| | || ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| |    
T  9218975 caattcattaatgaggtagttgttctgtcccaaataaatcataggaacgttgtcaaacttttagggtgttgtttggagacagaagttccttcgttggtgt 9218876  T
Q  218 atgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacac----aaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttg 313  Q
    |||| ||||||||||| || || |||| ||| |||| |   | |     ||| |||  | ||| ||| | | |||||||| ||| | |||||||| |  |    
T  9218875 atgaatttgttagcaacggaacactttttga-tttcatacaaaattgtaaagataaagcaaacaatccagcatggaaaacacgtttaaggatagcagcag 9218777  T
Q  314 aggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacac 413  Q
    ||  |||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  |   ||||    
T  9218776 agacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacac 9218677  T
Q  414 cgccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagag 513  Q
     || ||||| || || || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  9218676 tgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcgacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccagag 9218577  T
Q  514 tatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    ||||||||||||   |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  9218576 tatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtgtatag 9218533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 82 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9170928 - 9170450
Alignment:
Q  82 aaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttag 181  Q
    ||||| ||||||| ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  9170928 aaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctag 9170829  T
Q  182 ggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttc---gcacacaaggtaagacgaacga 278  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  ||||| || || ||||||||||| ||||| ||||  || ||  | |   ||||  ||| ||| || ||  |    
T  9170828 ggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtacgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataa 9170729  T
Q  279 tctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtc 378  Q
    || ||| |||||||| ||  | |||||||| |  |||  |||||||||| | || ||||| |||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||     
T  9170728 tccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgtt 9170629  T
Q  379 aagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaa 478  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||  |   |||| |||||||| || || || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||  |||| ||||    
T  9170628 aagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaa 9170529  T
Q  479 tggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    |||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||||    ||||||| || ||||||||||| |||||    
T  9170528 tggtgcaaggaacacttggatacttagatcccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgatgtttatag 9170450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 124 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9156148 - 9155712
Alignment:
Q  124 attaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagt 223  Q
    ||||||||||| | |||  | || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||| |    
T  9156148 attaatgaggtagttgtcctatcccaaataaatcacagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttccttccttggtttatgaat 9156049  T
Q  224 ttgttagcaatggtactctttctgaat---ttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagc 320  Q
    | |||||||||||||| |||| ||| |   | | | | ||  ||| ||| || ||| ||| ||| |||||||| ||| | | |||||| |  |||  |||    
T  9156048 tcgttagcaatggtacactttttgatttcatacatagtactaaagataaaacaaacaatccaacatggaaaacccgtttaaagatagcagcagagacagc 9155949  T
Q  321 tggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgccaaa 420  Q
     |||||| | || ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||  |   |||| || |||    
T  9155948 cggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgacaattacacagcgaaa 9155849  T
Q  421 gtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgc 520  Q
    || || ||||||||||| || |||||  |||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||    
T  9155848 gtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggttcaaggaactcttggatacctagatccagagtatatgc 9155749  T
Q  521 aaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    ||||    |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  9155748 aaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgtctatag 9155712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9162162 - 9161624
Alignment:
Q  22 agaggaggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaat 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |   |    ||||| | ||| || ||  ||||||| ||||||| |||||| | ||  |||||||| || |    
T  9162162 agaggaggttttggtacagttttcaaaggagtcttaccagataacaaaatcgtcgctgtcaaaaaatccaaaataatagatgcaaatcaaattgagcagt 9162063  T
Q  122 tcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatga 221  Q
    ||||||| ||||| | |||| | || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  9162062 tcattaacgaggtagttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttccttcgttggtgtatga 9161963  T
Q  222 gtttgttagcaatggtactctttctgaat---ttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatctaacttggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggta 318  Q
     || |||||||||||||| ||||  || |   | | |   ||  ||| |||  | ||| ||| ||| |||||||| ||| | | |||||| |  |||  |    
T  9161962 attcgttagcaatggtacacttttcgatttcatacataatactaaagataaagcaaacaatccaacatggaaaacacgtttaaagatagcagcagagaca 9161863  T
Q  319 gctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgcca 418  Q
    || |||||| | || ||| | |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||  |   |||  || |    
T  9161862 gccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaa 9161763  T
Q  419 aagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatat 518  Q
    |||| || ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||    
T  9161762 aagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggttacttagatccggagtatat 9161663  T
Q  519 gcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    |||||||   ||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  9161662 gcaaacacatcaactaacagagaaaagtgatgtttatag 9161624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 317 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9229658 - 9229418
Alignment:
Q  317 tagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgc 416  Q
    |||| |||||| | |||||||| |||||| |||| ||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |   |||| ||    
T  9229658 tagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgc 9229559  T
Q  417 caaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtat 516  Q
     |||||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| |||    |||||||  |||| ||||||||| ||||||| || |||||||| |||    
T  9229558 aaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatat 9229459  T
Q  517 atgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    |||||||||  |||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  9229458 atgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatag 9229418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 80 - 244
Target Start/End: Original strand, 9118348 - 9118512
Alignment:
Q  80 tcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactctt 179  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||| | | || | || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  9118348 tcaaaaagtccagaataatagacgcaaatcaaatcgagcaattcattaatgaggtagttattctgtcccaaataaatcataggaatgttgtcaaactttt 9118447  T
Q  180 agggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 244  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||| || |||||| | ||||| ||||    
T  9118448 agggtgttgtttagagacagaagttccttccttggtctatgaattcgttagccacggtacacttt 9118512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 318 - 557
Target Start/End: Original strand, 9118589 - 9118828
Alignment:
Q  318 agctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgcc 417  Q
    |||||||||| | || ||||| |||||| |||| ||| | || ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  |   |||| ||     
T  9118589 agctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgca 9118688  T
Q  418 aaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtata 517  Q
    ||||| || ||||| ||||| || |  ||| |||||||||||||||| ||  |||| ||| |||| ||||||||  |||| ||||| || |||||||| |    
T  9118689 aaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtacaaggaacacttggatacttagacccagagtaca 9118788  T
Q  518 tgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatag 557  Q
    |||||||    |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  9118789 tgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatag 9118828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 70 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 9229908 - 9229734
Alignment:
Q  70 attgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtgg 169  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| ||| || |  | |||| | || |||||||| |||||||||| |||| | || ||||||||||| || ||||| |    
T  9229908 attgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttttgtcccaaataaatcatagaaatgttg 9229809  T
Q  170 tcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 244  Q
    |||||||||| || |||||| | || ||| ||||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  9229808 tcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttt 9229734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 9156250 - 9156222
Alignment:
Q  22 agaggaggttttggtacagttttcaaagg 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9156250 agaggaggttttggtacagttttcaaagg 9156222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 37567642 - 37567809
Alignment:
Q  15 cataggtagaggaggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataagagaattgttgccatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |    
T  37567642 cataggtagaggaggttttggtacagttttcaaagggaaactagatgataatagaactgttgctatcaaaaaatccaaaacaatagatgaaagccaaaat 37567741  T
Q  115 gaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagg 182  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37567742 gaacaattcattaatgaggtggacattgtctctcaaataaatcataggaatgtggtcaaactcttagg 37567809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 177 - 301
Target Start/End: Original strand, 37572119 - 37572243
Alignment:
Q  177 cttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaac 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||     
T  37572119 cttagggtgttgtctagaaacagaagttcctcggttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttatacacacacaaggtaagatgaat 37572218  T
Q  277 gatctaacttggaaaactcgtctta 301  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||    
T  37572219 gatccaacttagaaaactcgtctta 37572243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 157 - 201
Target Start/End: Original strand, 30105892 - 30105936
Alignment:
Q  157 cacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaa 201  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30105892 cacaggaatattgtcaaactcttaggctgttgtcttgaaacagaa 30105936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 239
Target Start/End: Original strand, 40597787 - 40597866
Alignment:
Q  160 aggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtac 239  Q
    ||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||  |||||||||    
T  40597787 aggaatgtggtaaaacttgtaggttgttgtttagaaacagaagttccattgcttgtttatgaatttattcccaatggtac 40597866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University