View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14748_low_4 (Length: 339)

Name: NF14748_low_4
Description: NF14748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14748_low_4
NF14748_low_4
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (117-335)||(32932256-32932474)
chr6 (117-328)||(23848518-23848729)
chr6 (117-328)||(18338092-18338305)
chr6 (117-333)||(9972753-9972972)
chr6 (166-334)||(27101530-27101698)
chr6 (166-334)||(27143352-27143520)
chr6 (117-328)||(7553362-7553575)
chr6 (134-276)||(22958084-22958226)
chr6 (134-276)||(23830166-23830308)
chr6 (152-321)||(19543475-19543650)
chr6 (117-275)||(15121532-15121683)
chr6 (1-50)||(32932541-32932590)
chr6 (274-328)||(22958008-22958062)
chr6 (274-328)||(23830330-23830384)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (117-328)||(3469831-3470042)
chr3 (117-328)||(19240464-19240675)
chr3 (117-326)||(31112359-31112564)
chr3 (117-328)||(39032685-39032904)
chr3 (117-334)||(32285658-32285877)
chr3 (117-328)||(39039698-39039916)
chr3 (117-323)||(29960875-29961082)
chr3 (117-323)||(30010080-30010287)
chr3 (117-334)||(32280714-32280933)
chr3 (139-328)||(45677835-45678026)
chr3 (117-279)||(38445625-38445787)
chr3 (119-277)||(46611799-46611957)
chr3 (117-277)||(41272944-41273104)
chr3 (117-256)||(10626311-10626450)
chr3 (136-275)||(11458130-11458269)
chr3 (117-279)||(50158154-50158316)
chr3 (117-204)||(11172085-11172172)
chr3 (214-276)||(39350935-39350997)
chr3 (297-334)||(39351022-39351059)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (119-335)||(3949982-3950199)
chr2 (121-333)||(15144208-15144420)
chr2 (117-334)||(41826543-41826752)
chr2 (117-328)||(40113388-40113605)
chr2 (117-320)||(662760-662959)
chr2 (117-328)||(669992-670199)
chr2 (117-334)||(24138364-24138582)
chr2 (117-334)||(23888338-23888556)
chr2 (117-334)||(23892414-23892632)
chr2 (120-275)||(18341573-18341728)
chr2 (117-266)||(39190088-39190237)
chr2 (117-328)||(25336159-25336373)
chr2 (135-277)||(17527310-17527452)
chr2 (152-334)||(14661277-14661460)
chr2 (135-275)||(17530028-17530171)
chr2 (122-275)||(33425907-33426064)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (117-334)||(39574474-39574690)
chr1 (117-333)||(47858087-47858304)
chr1 (117-277)||(24515354-24515514)
chr1 (155-328)||(39581061-39581233)
chr1 (117-321)||(9758314-9758521)
chr1 (117-321)||(9764930-9765136)
chr1 (120-275)||(12017733-12017887)
chr1 (117-274)||(41140853-41141010)
chr1 (117-208)||(24523173-24523264)
chr1 (240-277)||(24523142-24523179)
chr1 (122-163)||(38278914-38278956)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (120-328)||(22729815-22730023)
chr5 (122-333)||(35941063-35941273)
chr5 (117-262)||(36950147-36950292)
chr5 (117-334)||(11339804-11340020)
chr5 (117-277)||(43097425-43097585)
chr5 (117-208)||(10491175-10491266)
chr5 (238-312)||(10491258-10491331)
chr5 (283-334)||(36950070-36950121)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (117-327)||(42567597-42567806)
chr4 (117-320)||(35904946-35905149)
chr4 (117-275)||(36048869-36049027)
chr4 (117-328)||(24423153-24423364)
chr4 (117-276)||(6262184-6262343)
chr4 (117-275)||(2228836-2228994)
chr4 (117-277)||(13393676-13393836)
chr4 (117-277)||(13396815-13396975)
chr4 (117-272)||(44160724-44160878)
chr4 (117-287)||(18891096-18891265)
chr4 (139-334)||(33366759-33366954)
chr4 (120-222)||(54256226-54256326)
chr4 (121-243)||(33361622-33361744)
chr4 (228-276)||(54256348-54256396)
chr4 (117-175)||(43444884-43444942)
chr4 (291-334)||(33361760-33361803)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (117-334)||(44626102-44626319)
chr8 (117-334)||(32038048-32038266)
chr8 (129-328)||(26005484-26005686)
chr8 (145-334)||(17497454-17497643)
chr8 (120-261)||(1262302-1262443)
chr8 (122-275)||(39517326-39517480)
chr8 (158-334)||(38143898-38144076)
chr8 (154-333)||(34548032-34548216)
chr8 (122-290)||(45266119-45266274)
chr8 (117-208)||(18324773-18324864)
chr8 (227-290)||(38151017-38151080)
chr8 (227-277)||(18324938-18324988)
chr8 (117-180)||(45272805-45272868)
chr8 (295-335)||(27146-27186)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (117-324)||(267696-267903)
chr7 (117-334)||(48853579-48853797)
chr7 (117-334)||(32517097-32517317)
chr7 (117-325)||(26450872-26451075)
chr7 (119-278)||(29148714-29148872)
chr7 (117-269)||(40771648-40771800)
chr7 (117-208)||(278879-278970)
chr7 (117-180)||(40771217-40771280)
chr7 (120-270)||(5172852-5173002)
chr7 (239-275)||(40771313-40771349)
[»] scaffold0502 (2 HSPs)
scaffold0502 (117-328)||(8916-9129)
scaffold0502 (117-328)||(4216-4429)
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (117-334)||(67754-67974)
scaffold0040 (117-334)||(60278-60498)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (120-275)||(30065-30220)
[»] scaffold1634 (1 HSPs)
scaffold1634 (117-279)||(26-188)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (117-275)||(40145-40303)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (117-275)||(134550-134708)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 117 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 32932474 - 32932256
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32932474 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatgggctgtgatgtgttggaccatttagttgagcccaa 32932375  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32932374 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 32932275  T
Q  317 catccctctcattcttctc 335  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32932274 catccctctcattcttctc 32932256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 23848729 - 23848518
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  23848729 tggtctattgtgtaaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 23848630  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||| | |||    
T  23848629 tgagaggtccctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagcgcagt 23848530  T
Q  317 catccctctcat 328  Q
    ||||||||||||    
T  23848529 catccctctcat 23848518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Original strand, 18338092 - 18338305
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  18338092 tggtctattgtgttaagcactaattagtttatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 18338191  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 314  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  18338192 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 18338291  T
Q  315 gtcatccctctcat 328  Q
    ||||||||||||||    
T  18338292 gtcatccctctcat 18338305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 333
Target Start/End: Original strand, 9972753 - 9972972
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  9972753 tggtctattgtattaaacattcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctaactaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 9972852  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggt 313  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    | |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  9972853 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgttatcccatcagacggttaaactattcttctgaacattctggtgctaaacggaatgagggt 9972952  T
Q  314 agtcatccctctcattcttc 333  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  9972953 agtcatccctctcatccttc 9972972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 166 - 334
Target Start/End: Original strand, 27101530 - 27101698
Alignment:
Q  166 ctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatc 265  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  27101530 ctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagatgtccctgccctcagtcgtttagctatttaaactttatcccatc 27101629  T
Q  266 agacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27101630 agacggttaaactactctgaacattctggtgttaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 27101698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 166 - 334
Target Start/End: Original strand, 27143352 - 27143520
Alignment:
Q  166 ctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatc 265  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  27143352 ctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagatgtccctgccctcagtcgtttagctatttaaactttatcccatc 27143451  T
Q  266 agacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27143452 agacggttaaactactctgaacattctggtgttaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 27143520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 7553575 - 7553362
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||||| | ||||     
T  7553575 tggtctatggtgttaagcattaattaat-gatgaatatgtgcgattgggctattctttttaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaaacccag 7553477  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatttt---ggtgctaaatggaatgagggt 313  Q
    |||||  || |||||||| | ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||   ||||||||| |||||||||||    
T  7553476 tgagaagtccctgccctcggccgtttagttatttaaacatcatcccatcagacggttaaactattctgaacatttttcaggtgctaaacggaatgagggt 7553377  T
Q  314 agtcatccctctcat 328  Q
    |||||||||||||||    
T  7553376 agtcatccctctcat 7553362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 134 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 22958226 - 22958084
Alignment:
Q  134 cactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccct 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || |||||||    
T  22958226 cactaattaattgatgaaaatgtgtgattaggttattctttttaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagaagtccctgccct 22958127  T
Q  234 cagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 276  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22958126 cagccgattagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaa 22958084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 134 - 276
Target Start/End: Original strand, 23830166 - 23830308
Alignment:
Q  134 cactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccct 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || |||||||    
T  23830166 cactaattaattgatgaaaatgtgtgattaggttattctttttaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagaagtccctgccct 23830265  T
Q  234 cagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 276  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23830266 cagccgattagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaa 23830308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 152 - 321
Target Start/End: Original strand, 19543475 - 19543650
Alignment:
Q  152 tatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactattta 251  Q
    |||||||||||  | |||||||| ||||| | | |||||| ||||||||||||| || |||| |||||||| || ||||||| || |||||| |||||||    
T  19543475 tatgtgtgattaggttattctttttaaatgggccgtgatgggttggaccatttaactaagccgaatgagaggtccctgcccttagccgtttagctattta 19543574  T
Q  252 aacgtcatcccatcagacggttaaactactatg--------aacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatcc 321  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  ||||||        |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19543575 aacgtcatcctatcagacggttaaa--actatgctgaacttaacattctggtgctaaagggaatgagggtagtcatcc 19543650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 15121683 - 15121532
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||  ||||||| ||||| || || |       
T  15121683 tggtatattgtgttaataactaattagttgatgaatatgtgtgattgagttattgtttataaatggactgtgatcggttggacgatttaactaagtc--- 15121587  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
        || |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  15121586 ----aggtctctgccctcagcagtttaactatttaaatgtcatctcatcatacggttaa 15121532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 32932590 - 32932541
Alignment:
Q  1 tctatatgaaggagctatgacctcctcctccaagtggaattttttgttgg 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32932590 tctatatgaaggagctatgacctcctcctccaagtggaattttttgttgg 32932541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 22958062 - 22958008
Alignment:
Q  274 aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 328  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  22958062 aaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagggtaatcatccctctcat 22958008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 328
Target Start/End: Original strand, 23830330 - 23830384
Alignment:
Q  274 aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 328  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  23830330 aaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagggtaatcatccctctcat 23830384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Original strand, 3469831 - 3470042
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  3469831 tggtctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatggtttggaccatttagcgaagcccaa 3469930  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  3469931 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtaat 3470030  T
Q  317 catccctctcat 328  Q
    ||||||||||||    
T  3470031 catccctctcat 3470042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 19240675 - 19240464
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||| |||| ||    
T  19240675 tggtatattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagatattctttctaaatggaccgtgatggattggaccatttagctaagcctaa 19240576  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19240575 tgagaggtccctgccctcatccgtttaactatttaaacgttatcccatcagacggttaaactattatgaatattctggtgctaaatggaatgagggtagt 19240476  T
Q  317 catccctctcat 328  Q
    |||| |||||||    
T  19240475 catctctctcat 19240464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 326
Target Start/End: Original strand, 31112359 - 31112564
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  31112359 tggtctattgtgttaagtactaattagttgatgaataagtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 31112458  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| ||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    |||||||||| ||||||||||||||    
T  31112459 tgagaggtccatgcccttagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaac----tggtgctaaacggaatgagggtagt 31112554  T
Q  317 catccctctc 326  Q
    ||||||||||    
T  31112555 catccctctc 31112564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 39032904 - 39032685
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39032904 tggtctattctgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39032805  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaact-------actatgaacattttggtgctaaatggaatg 308  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||       | | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  39032804 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaactattctgaattctgaacattctggtgctaaagggaatg 39032705  T
Q  309 agggtagtcatccctctcat 328  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  39032704 agggtagtcatccctctcat 39032685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 32285877 - 32285658
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||  ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  32285877 tggtttattctgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgaattatttttcttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcctaa 32285778  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttg--gtgctaaatggaatgagggta 314  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |  |||||||| ||||||||||||    
T  32285777 tgagaggtctctgccctcagccgtttaacaatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaacattccggtgtgctaaacggaatgagggta 32285678  T
Q  315 gtcatccctctcattcttct 334  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  32285677 gtcatctctctcatccttct 32285658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 39039916 - 39039698
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39039916 tggtctattctgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39039817  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaact-------actatgaacattttggtgctaaatggaatg 308  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||       | | ||||||||  ||||||||| ||||||    
T  39039816 tgagaggtc-ctgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcgcatcagacggttaaaactattctgaattctgaacattcaggtgctaaagggaatg 39039718  T
Q  309 agggtagtcatccctctcat 328  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  39039717 agggtagttatccctctcat 39039698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 117 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 29961082 - 29960875
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  29961082 tggtctattgtgttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 29960983  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||||||| || | ||| | |||||||||||||    
T  29960982 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaaccattctgaacattctgatactagacggaatgagggtag 29960883  T
Q  316 tcatccct 323  Q
    ||||||||    
T  29960882 tcatccct 29960875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 117 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 30010287 - 30010080
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  30010287 tggtctattgtgttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 30010188  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||||||| || | ||| | |||||||||||||    
T  30010187 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaaccattctgaacattctgatactagacggaatgagggtag 30010088  T
Q  316 tcatccct 323  Q
    ||||||||    
T  30010087 tcatccct 30010080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 32280933 - 32280714
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32280933 tggtctattctattaagcactaattagttgatgaacatgtgtgatttgactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32280834  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttg--gtgctaaatggaatgagggta 314  Q
    |||||| || || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||  ||||||||  ||| |||||||    
T  32280833 tgagaggtccctaccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacggttaaactattctgaacattctggtgtgctaaacagaacgagggta 32280734  T
Q  315 gtcatccctctcattcttct 334  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  32280733 gtcatccctctcatccttct 32280714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 139 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 45678026 - 45677835
Alignment:
Q  139 attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtc 238  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||| |    
T  45678026 attagttgatgaaaatgtatgattgaactattctttttaaatagaccgtgatgggttggaccatttacctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 45677927  T
Q  239 gtttaactatttaaacgtc-atcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 328  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  45677926 gtttagctatttaaacgtcaatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcat 45677835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 117 - 279
Target Start/End: Original strand, 38445625 - 38445787
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||  ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  || |||||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  38445625 tggtctattcagttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattttttctaaatgaaccgtgatgggttgaaccatttagctaagtccaa 38445724  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 279  Q
    | |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38445725 ttagaggtctctgccctcggtcgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacggttaaacta 38445787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 119 - 277
Target Start/End: Original strand, 46611799 - 46611957
Alignment:
Q  119 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  46611799 gtctattgtgttaagcactaattagatgataaatatgtgtgattgaactattctttctagatggatcgtgatgagttggaccatttagctaagcccaata 46611898  T
Q  219 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    |||| || |||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46611899 agaggtcactgccctcagccgtttagttatttaaacgtcatgccatcagacggttaaac 46611957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 117 - 277
Target Start/End: Original strand, 41272944 - 41273104
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||  ||||  |||| ||||||||||| ||   ||    
T  41272944 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtatgattgtgctattctttctaaatggaccatgataggttgaaccatttagctaagtttaa 41273043  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41273044 tgagaggtccctgccctcagccgtttatctatttaaacgtcatcccattagacggttaaac 41273104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 117 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 10626450 - 10626311
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  10626450 tggtctattgtgttaagcactaattagtagatggatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 10626351  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgt 256  Q
    |||| | || |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  10626350 tgagtggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgt 10626311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 136 - 275
Target Start/End: Original strand, 11458130 - 11458269
Alignment:
Q  136 ctaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctca 235  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||| ||||||||| ||| ||||||  || ||||||||| || ||||||||||||| ||  |||||| |    
T  11458130 ctaatcaattgatgaatatgtgtaactggactattgtttctaaatggaccgtgatggatttgaccatttaactaagcccaatgagaggtccatgccctta 11458229  T
Q  236 gtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11458230 gccgtttagctatttaaacgtcataccatcagacggttaa 11458269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 279
Target Start/End: Original strand, 50158154 - 50158316
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| || ||  |||    
T  50158154 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgtgctattatttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttaactaagttcaa 50158253  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 279  Q
    ||| || |   ||||||||| |||||  ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  50158254 tgaaaggttcatgccctcagccgtttggctatttaaatgtgatcacatcagacggttaaacta 50158316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 117 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 11172172 - 11172085
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccattt 204  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||    
T  11172172 tggtctattctgataagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaacattt 11172085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 276
Target Start/End: Original strand, 39350935 - 39350997
Alignment:
Q  214 caatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 276  Q
    ||||||||| || |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39350935 caatgagaggtccctgccctcaaccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 39350997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 297 - 334
Target Start/End: Original strand, 39351022 - 39351059
Alignment:
Q  297 ctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39351022 ctaaatggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 39351059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 119 - 335
Target Start/End: Original strand, 3949982 - 3950199
Alignment:
Q  119 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 218  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||    
T  3949982 gtctattgtgtcaagcactaattaattgataaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttagaccatttagctaagcccaatg 3950081  T
Q  219 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggtagtc 317  Q
    |||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  3950082 agaggtccttgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatgagacggataaactactataaacatttatggtgctaaacggaatgagggtagtc 3950181  T
Q  318 atccctctcattcttctc 335  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3950182 atccctctcattcttctc 3950199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 121 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 15144420 - 15144208
Alignment:
Q  121 ctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgag 220  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||    
T  15144420 ctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgtgctattctttctaaatggaccgtgatgagttggaccatttaactaagcccaatgag 15144321  T
Q  221 agatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatc 320  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15144320 agatccctgccctcagccgtttagctatttaaatgtcatcccatcagatggttaaactattctaaacattctggtgctaaacggaatgagggtagtcatc 15144221  T
Q  321 cctctcattcttc 333  Q
    | |||||| ||||    
T  15144220 cgtctcatccttc 15144208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 41826543 - 41826752
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  41826543 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtttgattgagctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 41826642  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || |||||      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||| ||||||||||||||    
T  41826643 tgagaggtccctgcc------cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactctgaaca--ttcgtgctaaacggaatgagggtagt 41826734  T
Q  317 catccctctcattcttct 334  Q
    |||||||||||| |||||    
T  41826735 catccctctcatccttct 41826752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Original strand, 40113388 - 40113605
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacacta--attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagccc 214  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  40113388 tggtctattgtgttaagcactataattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagccc 40113487  T
Q  215 aatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcc----catcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgag 310  Q
    |||||||| || ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  40113488 aatgagaggtccctgccctcagctgtttagctatttaaacgtcatcccatgcatcaaacggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgag 40113587  T
Q  311 ggtagtcatccctctcat 328  Q
    ||||||||||||||||||    
T  40113588 ggtagtcatccctctcat 40113605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 320
Target Start/End: Original strand, 662760 - 662959
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  662760 tggtttattgtgttaaacactaattacttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 662859  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    |||||||||||| | |||| | | |||||||||| |||||||||||| |    
T  662860 tgagaggtcactgccctcagtcgttcagctatttaaacgtcatccca----acggttaaactattctgaatagtctggtgctaaacggaatgagggtaat 662955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Original strand, 669992 - 670199
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  669992 tggtctattgtgttaagcactaattacttgatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttagaccatttagctaagcccaa 670091  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| |   ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||    |||||| || | |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  670092 tgagaggttcatgccctcagccgttcagctatttaaacgtcatcccatca----gttaaattattctgaatattctggtgctaaacggaatgagggtagt 670187  T
Q  317 catccctctcat 328  Q
    ||||||||||||    
T  670188 catccctctcat 670199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 24138364 - 24138582
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||| | || ||||    
T  24138364 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgagttattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagttaagtccaa 24138463  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||  || |||||||| | |||||||||||||    
T  24138464 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacggaatgagggtag 24138563  T
Q  316 tcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  24138564 tcatctctctcatccttct 24138582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 23888556 - 23888338
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  23888556 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgatcggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaatcccaa 23888457  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||   || | |||||| | |||||||||||||    
T  23888456 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccaccagacggttaaactattgtgaattcttctagtgctacacggaatgagggtag 23888357  T
Q  316 tcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  23888356 tcatctctctcatccttct 23888338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 23892632 - 23892414
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  23892632 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgatcggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaatcccaa 23892533  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||   || | |||||| | |||||||||||||    
T  23892532 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccaccagacggttaaactattgtgaattcttctagtgctacacggaatgagggtag 23892433  T
Q  316 tcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  23892432 tcatctctctcatccttct 23892414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 120 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 18341728 - 18341573
Alignment:
Q  120 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18341728 tctattgtgttaagcactaattagatgatgaatatgtgtgattgagctattctttctatatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagctcaatga 18341629  T
Q  220 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    ||| || ||||| |||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18341628 gaggtccctgccttcaactgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 18341573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 117 - 266
Target Start/End: Original strand, 39190088 - 39190237
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  39190088 tggtctattgtgttaaacattaattagttgatgaatatgagtgattgggctattgttactaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 39190187  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatca 266  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  39190188 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatgtaaacgtcatcccatca 39190237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Original strand, 25336159 - 25336373
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | || | ||    
T  25336159 tggtctgttgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagtctaa 25336258  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcag-acggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| | |||||| ||||   |||| |||||||||||||||  |||||| |||||||  ||| |||||||||  |||||||||| |  ||||||||||    
T  25336259 tgagaggt-tctgccatcagctatttagctatttaaacgtcatttcatcagaacggttattctattatgaacatactggtgctaaacgatatgagggtag 25336357  T
Q  316 t---catccctctcat 328  Q
    |   ||||||||||||    
T  25336358 tagccatccctctcat 25336373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 135 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 17527452 - 17527310
Alignment:
Q  135 actaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctc 234  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| || |||| |||    
T  17527452 actaattagttgatgaatatgtgtgattgggccattctttctaaatggaccgtgatgggttggactatttagctaagcccaatgagaggtccctgctctc 17527353  T
Q  235 agtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    |   ||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  17527352 aacagtttagctatttaaacgttatcgcgtcagacggttaaac 17527310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 152 - 334
Target Start/End: Original strand, 14661277 - 14661460
Alignment:
Q  152 tatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactattta 251  Q
    ||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||| || |||| ||||| |||||| |||||||    
T  14661277 tatgtatgattggactattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagctcaatgggaggtccctgctctcagccgtttagctattta 14661376  T
Q  252 aacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||   || | || ||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  14661377 aacgtcatcccatcagacggttaaattattgtgaattcttctagtactacacggaatgagggtagttatccctctcatccttct 14661460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 135 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 17530171 - 17530028
Alignment:
Q  135 actaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagact---gtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgcc 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||| |||    |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||     
T  17530171 actaattagttgatgaatatgtgtgattgtgtcattctttttaaatggaccaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaatgagaggtcactgcg 17530072  T
Q  232 ctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17530071 ctcagccgtttagctatttcaacgtcatcccatcagacggttaa 17530028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 122 - 275
Target Start/End: Original strand, 33425907 - 33426064
Alignment:
Q  122 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 221  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||| | |||  ||||||||| ||   ||||  ||| ||| |||||||| ||| ||||||||    
T  33425907 tattgtgttaaacacgaattagatgatgaatatgtgtaattgtgttatagtttctaaatggatcatgataggtttgactatttagctaagctcaatgaga 33426006  T
Q  222 gatctctgccctcagt----cgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    | || || ||||||||    |||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33426007 ggtccctaccctcagtcggccgtttagctttctaaacgttatcccgtcagacggttaa 33426064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 39574474 - 39574690
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39574474 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39574573  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||| ||||||||| || |    
T  39574574 tgagaggtccctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactact-cgaacaatatggtgctaaacggaatgaggataat 39574672  T
Q  317 catccctctcattcttct 334  Q
    |||||||||||| |||||    
T  39574673 catccctctcatccttct 39574690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 117 - 333
Target Start/End: Original strand, 47858087 - 47858304
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  47858087 tggtctattgtattaaacactcattagttgatgaatatgtatgattgagctattctttctaaattgatcgtaatgggttggaccatttagctaagcccaa 47858186  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||   || | |||||| |  |||||||||| |    
T  47858187 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaactattgtgaattcttctagtgctataccgaatgagggtgg 47858286  T
Q  316 tcatccctctcattcttc 333  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  47858287 tcatccctctcatccttc 47858304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 117 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 24515514 - 24515354
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  24515514 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgatcgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 24515415  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  24515414 tgagaggtctctgccctcagccatttagctatttaaacgtcatcccataatacggttaaac 24515354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 155 - 328
Target Start/End: Original strand, 39581061 - 39581233
Alignment:
Q  155 gtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaac 254  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39581061 gtgtgattgaaatattctttctaaatggaccgtgatgagttgaacaatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagtcgtttagctatttaaac 39581160  T
Q  255 gtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 328  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  39581161 gtcatccaatcaaacggttaaactact-cgaacattatggtgctaaacagaatgagggaagtcatccctctcat 39581233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 117 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 9758521 - 9758314
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  9758521 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaacatttagctaagcccaa 9758422  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac--tactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggt 313  Q
    |||||| || ||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||  || |||||||| | |||||||||||    
T  9758421 tgagaggtcactgccttcagccatttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaaattattatgaactcttctggtgctacacggaatgagggt 9758322  T
Q  314 agtcatcc 321  Q
    ||||||||    
T  9758321 agtcatcc 9758314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 117 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 9765136 - 9764930
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  9765136 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttataaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 9765037  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac--tactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggt 313  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   || |||||||  || ||||| || | |||||||||||    
T  9765036 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatc-gacggttaaaaattattatgaactcttctggtgttacacggaatgagggt 9764938  T
Q  314 agtcatcc 321  Q
    ||||||||    
T  9764937 agtcatcc 9764930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 120 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 12017887 - 12017733
Alignment:
Q  120 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattcttt-ctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || |||||     
T  12017887 tctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtctgattgaattattcttttctaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagtccaata 12017788  T
Q  219 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    ||   || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12017787 agg--tccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacagttaa 12017733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 117 - 274
Target Start/End: Original strand, 41140853 - 41141010
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||  |    
T  41140853 tggtctattatgttaagcattaattagttgatgaatatgtatgattggtctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcctga 41140952  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtta 274  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41140953 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacggtta 41141010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 117 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 24523264 - 24523173
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 208  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  24523264 tggtctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattggtctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagct 24523173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 240 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 24523179 - 24523142
Alignment:
Q  240 tttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24523179 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 24523142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 122 - 163
Target Start/End: Original strand, 38278914 - 38278956
Alignment:
Q  122 tattgtgttaa-acactaattaattgatgaatatgtgtgattg 163  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38278914 tattgtgttaatacactaattagttgatgaatatgtgtgattg 38278956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 120 - 328
Target Start/End: Original strand, 22729815 - 22730023
Alignment:
Q  120 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 219  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  22729815 tctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgatcgggctattctttctaaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagtccaatga 22729914  T
Q  220 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcat 319  Q
    ||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  22729915 gaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcggaaggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtaatcat 22730014  T
Q  320 ccctctcat 328  Q
    |||||||||    
T  22730015 ccctctcat 22730023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 122 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 35941273 - 35941063
Alignment:
Q  122 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 221  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  35941273 tattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggactgtgatgggttggaccatttcgctaagcccaatgaga 35941174  T
Q  222 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatcc 321  Q
    | || |||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  35941173 ggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcat-tcatcagacggttaaactattctgaacattctgatgctaaacggaatgagggtagtcatcc 35941075  T
Q  322 ctctcattcttc 333  Q
    || |||| ||||    
T  35941074 ctatcatccttc 35941063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 117 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 36950292 - 36950147
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36950292 tggtttattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttataaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 36950193  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatccc 262  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  36950192 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatccc 36950147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 11339804 - 11340020
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  11339804 tggtctattgtattaagcactgattagttaatgaatatatgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 11339903  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |   |||| | || ||||||| ||||||| ||||||    
T  11339904 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacatcatcgcatcagaaggttaaactattgcaaacactctgctgctaaacggaatga-ggtagt 11340002  T
Q  317 catccctctcattcttct 334  Q
    |||||||||||| |||||    
T  11340003 catccctctcatccttct 11340020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 117 - 277
Target Start/End: Original strand, 43097425 - 43097585
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  || |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  43097425 tggtctattgagttaagcactagttagttgatgaatatgtgtgattggactattctttttaaatgaaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 43097524  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    ||| || || |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43097525 tgaaaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaatgtcatcccatcagacggttaaac 43097585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 117 - 208
Target Start/End: Original strand, 10491175 - 10491266
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 208  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||| |||||||    
T  10491175 tggtctattgtgttaggcactaattagttaatgaatatgagtgattgggctattcttactaaatggaccgtgatgggttggaccgtttagct 10491266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 312
Target Start/End: Original strand, 10491258 - 10491331
Alignment:
Q  238 cgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgaggg 312  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10491258 cgtttagctatttaaacatcatcccatcagacggttaatc-attctgaacattttgctgctaaacggaatgaggg 10491331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 283 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 36950121 - 36950070
Alignment:
Q  283 tgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    |||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36950121 tgaacattctggtgctagacgaaatgagggtagtcatccctctcatccttct 36950070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 6e-68; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 117 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 42567806 - 42567597
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  42567806 tggtctattgcgttaagcattaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 42567707  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  42567706 tgagaggtccctgccctcagctgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattatgaacattctggtgctaaa-cgaatgagggtagt 42567608  T
Q  317 catccctctca 327  Q
    |||||||||||    
T  42567607 catccctctca 42567597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 117 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 35905149 - 35904946
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  35905149 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgggtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 35905050  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||| || |||||| |    
T  35905049 tgagaggtctctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacagttaaactattctgaacattatggtgctaaatggtatcagggtaat 35904950  T
Q  317 catc 320  Q
    ||||    
T  35904949 catc 35904946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 36048869 - 36049027
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36048869 tggtcttttgtgttaaacactaattagatgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 36048968  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  36048969 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacgattaa 36049027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 24423364 - 24423153
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||| || |||||||    
T  24423364 tggtatattgtgttaagcactaattaat-gatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggatcgtaatgggttggaccatttaactaagcccaa 24423266  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24423265 tgagaggtcccttccctcagtcgtttagctatttaaatgtcatctcatcagacggttaaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtag 24423166  T
Q  316 tcatccctctcat 328  Q
    | || ||||||||    
T  24423165 ttattcctctcat 24423153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 117 - 276
Target Start/End: Original strand, 6262184 - 6262343
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  6262184 tggtctattgtgttaagcactaattaattgacgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 6262283  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 276  Q
    |||||| | |||||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6262284 tgagaggtgtctgcccttagccgtttagctatttaaacgttatcccatcagacggttaaa 6262343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 2228836 - 2228994
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| || |||||||    
T  2228836 tggtctattgagttgagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttaactaagcccaa 2228935  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    | |||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2228936 ttagaggtctcagccctcaaccgtttaactatttaaacgtcatctcatcagacggttaa 2228994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 117 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 13393836 - 13393676
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  13393836 tggtctattgagttaaacactaattagttgatgaatatgcgtgattaagctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 13393737  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    |||||| ||  | ||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13393736 tgagaggtcctttccctcagccatttagctatttaaacttcatctcatcagacggttaaac 13393676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 117 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 13396975 - 13396815
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  13396975 tggtctattgagttaaacactaattagttgatgaatatgcgtgattaagctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 13396876  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    |||||| ||  | ||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13396875 tgagaggtcctttccctcagccatttagctatttaaacttcatctcatcagacggttaaac 13396815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 117 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 44160878 - 44160724
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||    
T  44160878 tggtctattgtgttaagtacaaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttttaaatggac-gtggtgggttgaaccatttagctaagcccaa 44160780  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggt 272  Q
     ||||||||  ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44160779 cgagagatccttgccctcggccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggt 44160724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 117 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 18891265 - 18891096
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| |||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||| | ||| |||||||||| ||| |||||||||| | |||||||    
T  18891265 tggtatattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttttgaatggactgtgatgggttagaccatttagttaagcccaa 18891166  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac 287  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
T  18891165 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatca-acagttaaactattatgaac 18891096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 139 - 334
Target Start/End: Original strand, 33366759 - 33366954
Alignment:
Q  139 attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtc 238  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |    
T  33366759 attagttgatgaatatgtatgattgggttattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 33366858  T
Q  239 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactacta---tgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| || ||   ||||   || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  33366859 gtttagctatttaaacgtcatcccat----cggttaaattattattgtgaattcttctggtgctacatggaatgaaggtagtcatccctctcatccttct 33366954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 120 - 222
Target Start/End: Original strand, 54256226 - 54256326
Alignment:
Q  120 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 219  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  54256226 tctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtg--attgaactattctttctaaatggaccgtgatcggttgaaccatttagctaagctcaatga 54256323  T
Q  220 gag 222  Q
    |||    
T  54256324 gag 54256326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 243
Target Start/End: Original strand, 33361622 - 33361744
Alignment:
Q  121 ctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgag 220  Q
    ||||||| |||| |||| |||| ||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || | ||||||    
T  33361622 ctattgtattaagcactcattagttgataaatatgtatgattgggttattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtctaatgag 33361721  T
Q  221 agatctctgccctcagtcgttta 243  Q
    || || ||  |||||| ||||||    
T  33361722 aggtccctaacctcagccgttta 33361744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 228 - 276
Target Start/End: Original strand, 54256348 - 54256396
Alignment:
Q  228 tgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 276  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54256348 tgccctcagcagtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 54256396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 175
Target Start/End: Original strand, 43444884 - 43444942
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttc 175  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||    
T  43444884 tggtctattgtgttaaacactcattagttgatgaatatgtgcgattagactattctttc 43444942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 291 - 334
Target Start/End: Original strand, 33361760 - 33361803
Alignment:
Q  291 ttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33361760 ttggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 33361803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 44626102 - 44626319
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  44626102 tggtttattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtctaattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 44626201  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||   |||||||| ||||||||||||||    
T  44626202 tgagaggtctctgccttcagccgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacggttaaactattctgaatattccagtgctaaacggaatgagggtagt 44626301  T
Q  317 catccctctcattcttct 334  Q
    |||||||||||| |||||    
T  44626302 catccctctcatccttct 44626319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 32038266 - 32038048
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32038266 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32038167  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || ||||| || | |||||||||||||    
T  32038166 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgttacacggaatgagggtag 32038067  T
Q  316 tcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  32038066 tcatccctctcatccttct 32038048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 129 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 26005686 - 26005484
Alignment:
Q  129 ttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctct 228  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  26005686 ttaagcactcattaattgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccct 26005587  T
Q  229 gccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctct 325  Q
     ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26005586 accctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacggttaaactattcttatgaacattctggtgctaaacggaatgagggtagtcatctctct 26005487  T
Q  326 cat 328  Q
    |||    
T  26005486 cat 26005484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 145 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 17497643 - 17497454
Alignment:
Q  145 tgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaa 244  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  17497643 tgatgaatatgtgtgattgggttattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagccaaacccaatgagaggtccctgccctcagtcgtttag 17497544  T
Q  245 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  17497543 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttattctattttgaacattatggtgctaaacggaatgagggtagtcattcttctcatccttct 17497454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 120 - 261
Target Start/End: Original strand, 1262302 - 1262443
Alignment:
Q  120 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 219  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||| |||||    
T  1262302 tctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgagtttgaccatttagctaagcctaatga 1262401  T
Q  220 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcc 261  Q
    ||||||  ||||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  1262402 gagatccatgccctcagccgtttagccatttaaacgtcatcc 1262443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 122 - 275
Target Start/End: Original strand, 39517326 - 39517480
Alignment:
Q  122 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 221  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||| ||| ||| ||| |||||||||||  ||||||||    
T  39517326 tattgtgttaagcactaattagtcgatgaatatgtgtgattgaactattgttattaaatggactgtaatgggtttgacaatttagctgagttcaatgaga 39517425  T
Q  222 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtca-tcccatcagacggttaa 275  Q
    | |||||||  ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39517426 ggtctctgctttcagtcgtttagctatttaaacatcattcccatcagacggttaa 39517480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 158 - 334
Target Start/End: Original strand, 38143898 - 38144076
Alignment:
Q  158 tgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccc--tcagtcgtttaactatttaaacg 255  Q
    |||||| | |||||||| |||||  ||  ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||| || ||||||  |||| |||||| ||||||||||     
T  38143898 tgattgggatattctttttaaatgaaccatgatgggttggaccatttatccaagcccaatgagaggtccctgccccctcagccgtttagctatttaaacc 38143997  T
Q  256 tcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38143998 tcatcccatcatacggttaaactattctgaacattccggtgctagacggaatgacggtagtcatccctctcatccttct 38144076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 154 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 34548216 - 34548032
Alignment:
Q  154 tgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaa 253  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  || |||||||||||| ||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||| ||| |||||    
T  34548216 tgtgtaattgagctattctttctaaatggaccgtgatggattagaccatttagctaagctcaatgagaggtccttgccctcagccgtttagcta-ttaaa 34548118  T
Q  254 cgtc--atcccatcagacggttaaactactatgaa----cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttc 333  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||| | | ||||    |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  34548117 cgtcatatcgcatcagacggttaaacaattctgaacattcattctggtgctaaacggaatgaaggtagacatccctctcatccttc 34548032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 122 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 45266274 - 45266119
Alignment:
Q  122 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 221  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| ||             | ||||||||||||    
T  45266274 tattgtattaagcactaattagttgataaatatgggtgattgggctattctttctaaatggatcgtgatgggt-------------taagcccaatgaga 45266188  T
Q  222 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatt 290  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  45266187 gatcactgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaaactattttgaacatt 45266119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 117 - 208
Target Start/End: Original strand, 18324773 - 18324864
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 208  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| | |||||||||    
T  18324773 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaataagtgcgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaatcatttagct 18324864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 227 - 290
Target Start/End: Original strand, 38151017 - 38151080
Alignment:
Q  227 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatt 290  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38151017 ctgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcaccccatcagacggttaaactattatgaacatt 38151080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 227 - 277
Target Start/End: Original strand, 18324938 - 18324988
Alignment:
Q  227 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18324938 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 18324988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 117 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 45272868 - 45272805
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaat 180  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  45272868 tggtctatcgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtaattggactattctttctaaat 45272805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 295 - 335
Target Start/End: Original strand, 27146 - 27186
Alignment:
Q  295 tgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttctc 335  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27146 tgctaaacgaaatgagggtagtcatccctctcattcttctc 27186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 117 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 267903 - 267696
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  267903 tggtctattgcgttaagcactaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggtttgaccatttagctaagcccaa 267804  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  267803 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcaaacggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtagt 267704  T
Q  317 catccctc 324  Q
    ||| ||||    
T  267703 cattcctc 267696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 48853579 - 48853797
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  48853579 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 48853678  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 315  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||   || |||||||| | |||||||||||||    
T  48853679 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattgtgaattcttctggtgctacacggaatgagggtag 48853778  T
Q  316 tcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  48853779 tcatccctctcatccttct 48853797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 32517097 - 32517317
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32517097 tggtctattgtattaagcacttattagttgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaattgaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32517196  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggt 313  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    | |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  32517197 tgagaggtccatgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacggttaaagtattcttctgaacattctggtgctaaacggaatgagggt 32517296  T
Q  314 agtcatccctctcattcttct 334  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  32517297 agtcatccctctcatccttct 32517317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 117 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 26451075 - 26450872
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||    |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  26451075 tggtctattgtgttaagcactaattagatgatgaatatttgtgattgggctattct----aaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 26450980  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 316  Q
    |||||| || || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| | |  ||||||| ||||||||||||||    
T  26450979 tgagaggtcccttccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaagc-attctgaacactctactgctaaacggaatgagggtagt 26450881  T
Q  317 catccctct 325  Q
    |||||||||    
T  26450880 catccctct 26450872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 119 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 29148872 - 29148714
Alignment:
Q  119 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 218  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| || ||    |||||||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||| || ||||||    
T  29148872 gtctatggtattaaacactaattagttgatgaatatgtatgtttcgattattctttctaaatggacggtgattggttggaacatttagctaagtccaatg 29148773  T
Q  219 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaact 278  Q
    |||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29148772 agaggtc-ctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacgtttaaact 29148714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 117 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 40771800 - 40771648
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||| | |||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||  |||   ||||||||| ||| |||    
T  40771800 tggtctattgtgttgagcactaattagctagtgaatatgtgtgattgagctattgtttctaaatggaccgtgatgaattgactcatttagctaagctcaa 40771701  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagac 269  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  40771700 tgagaggtccttgccctcagccgtttagctatttaaacatcattccatcagac 40771648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 278970 - 278879
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 208  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  278970 tggtctattgcgttaagcactaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagct 278879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 117 - 180
Target Start/End: Original strand, 40771217 - 40771280
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaat 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  40771217 tggtctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattgtttctaaat 40771280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 120 - 270
Target Start/End: Original strand, 5172852 - 5173002
Alignment:
Q  120 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 219  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||| ||||||||| |||  ||||| |||| || ||||| || ||| ||||||    
T  5172852 tctattgtattaagcactaattagttgatgaatatatgtgattggattattgtttctaaattgaccatgatgggttgaactatttacctaagcacaatga 5172951  T
Q  220 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacg 270  Q
    ||| |   ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  5172952 gaggttcttgccctcaaccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacg 5173002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 275
Target Start/End: Original strand, 40771313 - 40771349
Alignment:
Q  239 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40771313 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 40771349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0502
Description:

Target: scaffold0502; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Original strand, 8916 - 9129
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  8916 tggtctattgtgttaagcactaattagtttatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 9015  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 314  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  9016 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 9115  T
Q  315 gtcatccctctcat 328  Q
    ||||||||||||||    
T  9116 gtcatccctctcat 9129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 328
Target Start/End: Original strand, 4216 - 4429
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  4216 tggtctattgtgttaaacactaattagtttatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 4315  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 314  Q
    |||||| || |||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  4316 tgagaggtccctgccctcaaccgttcagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 4415  T
Q  315 gtcatccctctcat 328  Q
    ||||||||||||||    
T  4416 gtcatccctctcat 4429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040 (Bit Score: 114; Significance: 9e-58; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 67754 - 67974
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  67754 tggtctattgtattgaacactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 67853  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgct--aaatggaatgagggt 313  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||  | | |||||||||||    
T  67854 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacacggaatgagggt 67953  T
Q  314 agtcatccctctcattcttct 334  Q
    | ||||||||||||| |||||    
T  67954 actcatccctctcatccttct 67974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 117 - 334
Target Start/End: Original strand, 60278 - 60498
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  60278 tggtctattgtattgaacactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 60377  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgct--aaatggaatgagggt 313  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||  | | |||||||||||    
T  60378 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacacggaatgagggt 60477  T
Q  314 agtcatccctctcattcttct 334  Q
    | ||||||||||||| |||||    
T  60478 actcatccctctcatccttct 60498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 120 - 275
Target Start/End: Original strand, 30065 - 30220
Alignment:
Q  120 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| ||||||||||| || |||||||    
T  30065 tctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatggattgaaccatttagctaagtccaatga 30164  T
Q  220 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    ||| ||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30165 gaggtctctaccttcagccgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaa 30220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1634 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold1634
Description:

Target: scaffold1634; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 117 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 188 - 26
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  188 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagccaaa 89  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 279  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  88 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacgattaaacta 26  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 40303 - 40145
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||| || |||||||||||||||| ||||| |    
T  40303 tggtctactgtgctaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagttattctttttaaatggaccgtgctgagttggaccatttagctaagcccga 40204  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40203 tgagaggtcattgccctcagccgttaagctatttaaccgtcatcccatcagacggttaa 40145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 134708 - 134550
Alignment:
Q  117 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 216  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||  ||||| || |||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | |||||||    
T  134708 tggtatattctgttaaacactgattagttgatgaatacgagtgattggactattgttactaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagataagcccaa 134609  T
Q  217 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 275  Q
    |||||| || ||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  134608 tgagaggtccctagcctcagtcgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaa 134550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University