View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14748_low_9 (Length: 226)

Name: NF14748_low_9
Description: NF14748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14748_low_9
NF14748_low_9
[»] chr5 (27 HSPs)
chr5 (1-222)||(35310463-35310685)
chr5 (6-222)||(27336713-27336930)
chr5 (6-226)||(33691921-33692142)
chr5 (6-222)||(13166780-13166997)
chr5 (22-226)||(32269663-32269868)
chr5 (65-222)||(433371-433529)
chr5 (6-142)||(37873589-37873725)
chr5 (89-226)||(38446267-38446407)
chr5 (11-221)||(15291897-15292108)
chr5 (21-226)||(43129569-43129774)
chr5 (23-218)||(14423715-14423912)
chr5 (15-226)||(34335366-34335578)
chr5 (24-226)||(3114030-3114232)
chr5 (23-226)||(26212448-26212653)
chr5 (6-221)||(35455976-35456192)
chr5 (4-114)||(25663011-25663121)
chr5 (13-111)||(32230489-32230587)
chr5 (25-191)||(43115359-43115525)
chr5 (23-170)||(8100589-8100737)
chr5 (1-100)||(38875653-38875752)
chr5 (6-91)||(42921717-42921802)
chr5 (6-72)||(430622-430688)
chr5 (44-196)||(8858974-8859127)
chr5 (24-174)||(9829272-9829421)
chr5 (149-222)||(9841196-9841270)
chr5 (6-68)||(14723269-14723331)
chr5 (149-219)||(27355589-27355659)
[»] chr4 (32 HSPs)
chr4 (6-222)||(50000795-50001013)
chr4 (6-226)||(53619606-53619827)
chr4 (3-226)||(31847104-31847328)
chr4 (7-225)||(55933329-55933548)
chr4 (21-226)||(132420-132628)
chr4 (6-222)||(12918242-12918459)
chr4 (22-221)||(30940610-30940809)
chr4 (6-221)||(56461978-56462193)
chr4 (1-219)||(26521503-26521722)
chr4 (11-222)||(25504320-25504530)
chr4 (119-226)||(3330083-3330191)
chr4 (21-127)||(600658-600764)
chr4 (13-226)||(16957569-16957777)
chr4 (29-110)||(23255747-23255828)
chr4 (49-193)||(53170570-53170715)
chr4 (24-128)||(50462911-50463015)
chr4 (23-226)||(12053450-12053652)
chr4 (159-221)||(25706683-25706745)
chr4 (1-101)||(46440881-46440981)
chr4 (22-137)||(48656866-48656981)
chr4 (69-222)||(38535456-38535610)
chr4 (6-67)||(3330016-3330077)
chr4 (1-122)||(34107665-34107788)
chr4 (11-128)||(45386026-45386143)
chr4 (159-223)||(53098579-53098644)
chr4 (147-192)||(54927618-54927663)
chr4 (6-78)||(50483211-50483283)
chr4 (170-221)||(18534585-18534636)
chr4 (60-134)||(1041386-1041460)
chr4 (13-91)||(43849350-43849428)
chr4 (24-85)||(6865828-6865889)
chr4 (178-222)||(6865683-6865727)
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (6-222)||(39434687-39434904)
chr8 (6-222)||(3187989-3188206)
chr8 (6-226)||(35739853-35740073)
chr8 (21-222)||(500262-500464)
chr8 (6-226)||(25021680-25021901)
chr8 (6-218)||(38815314-38815517)
chr8 (28-226)||(24125070-24125269)
chr8 (11-226)||(10189568-10189784)
chr8 (62-226)||(11611115-11611275)
chr8 (14-224)||(8619842-8620047)
chr8 (55-226)||(37517163-37517335)
chr8 (40-181)||(4699923-4700064)
chr8 (23-111)||(6592612-6592700)
chr8 (6-101)||(8882348-8882442)
chr8 (80-221)||(8390234-8390376)
chr8 (18-223)||(42921996-42922202)
chr8 (23-85)||(6618321-6618383)
chr8 (24-136)||(4073573-4073685)
chr8 (152-220)||(8115978-8116046)
chr8 (105-206)||(39671073-39671174)
chr8 (6-135)||(8540335-8540464)
chr8 (11-100)||(28196217-28196306)
chr8 (149-221)||(40839716-40839787)
chr8 (44-94)||(10556292-10556342)
chr8 (53-111)||(22589336-22589394)
chr8 (24-113)||(8115849-8115938)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (6-222)||(34644586-34644803)
chr1 (6-222)||(29169664-29169880)
chr1 (22-224)||(4861857-4862060)
chr1 (6-192)||(2764499-2764686)
chr1 (6-215)||(19035467-19035677)
chr1 (22-226)||(45659513-45659719)
chr1 (44-221)||(50161288-50161466)
chr1 (6-226)||(28040993-28041214)
chr1 (18-226)||(25375699-25375908)
chr1 (10-114)||(31737302-31737406)
chr1 (21-193)||(22346930-22347101)
chr1 (24-226)||(42919898-42920100)
chr1 (46-198)||(37932112-37932264)
chr1 (1-137)||(16500049-16500185)
chr1 (21-222)||(20259668-20259869)
chr1 (25-101)||(21473042-21473118)
chr1 (40-100)||(23043931-23043991)
chr1 (18-221)||(37200015-37200217)
chr1 (6-114)||(2898722-2898833)
chr1 (40-98)||(50314619-50314677)
chr1 (43-100)||(35387653-35387710)
chr1 (18-81)||(38731641-38731704)
chr1 (155-226)||(38731750-38731821)
chr1 (52-85)||(19035425-19035458)
chr1 (1-64)||(24177540-24177603)
chr1 (24-135)||(36486924-36487035)
[»] chr7 (32 HSPs)
chr7 (6-226)||(28517153-28517374)
chr7 (6-222)||(4501279-4501495)
chr7 (6-222)||(5825293-5825508)
chr7 (28-226)||(43856916-43857115)
chr7 (6-219)||(982969-983183)
chr7 (21-222)||(45613712-45613914)
chr7 (6-222)||(19277313-19277530)
chr7 (1-221)||(21326709-21326930)
chr7 (24-223)||(3676677-3676878)
chr7 (6-222)||(27521491-27521706)
chr7 (24-193)||(32584639-32584809)
chr7 (6-194)||(22198006-22198195)
chr7 (6-194)||(22239626-22239815)
chr7 (23-221)||(24527626-24527826)
chr7 (11-198)||(2904390-2904578)
chr7 (6-117)||(30216034-30216145)
chr7 (6-97)||(40726476-40726567)
chr7 (24-215)||(10905156-10905335)
chr7 (51-223)||(38839393-38839564)
chr7 (8-205)||(47679147-47679345)
chr7 (65-190)||(33202368-33202493)
chr7 (6-127)||(9281098-9281218)
chr7 (6-127)||(9292069-9292189)
chr7 (30-127)||(25186902-25186999)
chr7 (1-66)||(48539196-48539261)
chr7 (21-101)||(42295176-42295256)
chr7 (165-222)||(38596635-38596692)
chr7 (40-94)||(43383223-43383277)
chr7 (23-102)||(34772818-34772897)
chr7 (53-135)||(1249653-1249735)
chr7 (119-192)||(9266173-9266246)
chr7 (6-86)||(47251789-47251868)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (9-226)||(33220577-33220795)
chr6 (6-222)||(34304516-34304733)
chr6 (44-226)||(357583-357766)
chr6 (6-199)||(17249198-17249392)
chr6 (6-222)||(959600-959817)
chr6 (6-222)||(4206466-4206683)
chr6 (10-226)||(28543399-28543616)
chr6 (40-226)||(12401385-12401572)
chr6 (25-226)||(29337949-29338147)
chr6 (24-216)||(34415474-34415667)
chr6 (6-198)||(34554171-34554364)
chr6 (18-226)||(28008852-28009065)
chr6 (21-226)||(45535-45749)
chr6 (40-198)||(24016391-24016549)
chr6 (6-96)||(4165919-4166009)
chr6 (73-222)||(32115776-32115926)
chr6 (31-137)||(34168913-34169019)
chr6 (24-111)||(3714955-3715042)
chr6 (149-226)||(20693467-20693543)
chr6 (11-72)||(26225600-26225661)
chr6 (14-94)||(6225100-6225180)
chr6 (23-114)||(28625967-28626059)
[»] chr2 (28 HSPs)
chr2 (6-222)||(28225020-28225237)
chr2 (6-222)||(4412936-4413153)
chr2 (1-222)||(41867778-41868000)
chr2 (8-222)||(27502384-27502598)
chr2 (21-222)||(19161653-19161855)
chr2 (25-226)||(23484804-23485006)
chr2 (6-222)||(44686436-44686655)
chr2 (23-222)||(17344675-17344875)
chr2 (11-220)||(18744826-18745036)
chr2 (11-218)||(9685289-9685497)
chr2 (24-226)||(5532457-5532660)
chr2 (18-226)||(2888548-2888753)
chr2 (45-222)||(3825785-3825964)
chr2 (8-218)||(20142614-20142810)
chr2 (152-221)||(10579650-10579719)
chr2 (21-86)||(34814826-34814891)
chr2 (44-123)||(16351811-16351890)
chr2 (42-135)||(1296008-1296101)
chr2 (14-101)||(13147089-13147179)
chr2 (155-226)||(9675014-9675085)
chr2 (24-114)||(5679316-5679406)
chr2 (57-198)||(7760740-7760882)
chr2 (149-223)||(13147003-13147077)
chr2 (43-100)||(3968402-3968459)
chr2 (18-85)||(33612555-33612622)
chr2 (1-70)||(2886638-2886707)
chr2 (18-70)||(32029109-32029161)
chr2 (42-90)||(44720379-44720427)
[»] chr3 (30 HSPs)
chr3 (6-221)||(7900878-7901094)
chr3 (8-222)||(39583099-39583314)
chr3 (6-222)||(53785729-53785946)
chr3 (24-226)||(46940635-46940839)
chr3 (21-218)||(44198802-44199000)
chr3 (6-226)||(52741377-52741599)
chr3 (6-127)||(26772778-26772899)
chr3 (11-226)||(49017988-49018204)
chr3 (11-222)||(5338668-5338884)
chr3 (44-223)||(37992390-37992570)
chr3 (40-217)||(13582563-13582741)
chr3 (21-218)||(37132874-37133071)
chr3 (6-86)||(38670887-38670967)
chr3 (152-226)||(29861964-29862038)
chr3 (5-134)||(4473080-4473209)
chr3 (6-86)||(51234636-51234716)
chr3 (6-226)||(7501877-7502099)
chr3 (23-92)||(32546832-32546901)
chr3 (23-135)||(3443270-3443382)
chr3 (6-222)||(54508255-54508471)
chr3 (14-81)||(52411903-52411970)
chr3 (22-100)||(26856755-26856833)
chr3 (6-198)||(38146076-38146269)
chr3 (11-135)||(38978757-38978881)
chr3 (67-192)||(35236287-35236413)
chr3 (47-198)||(35484586-35484738)
chr3 (43-221)||(43123202-43123380)
chr3 (74-114)||(26393586-26393626)
chr3 (52-101)||(45676779-45676828)
chr3 (24-72)||(45676825-45676872)
[»] scaffold0490 (1 HSPs)
scaffold0490 (1-193)||(6349-6541)
[»] scaffold1768 (1 HSPs)
scaffold1768 (13-222)||(54-264)
[»] scaffold0148 (1 HSPs)
scaffold0148 (21-222)||(33285-33488)
[»] scaffold0110 (1 HSPs)
scaffold0110 (22-226)||(47405-47610)
[»] scaffold0224 (1 HSPs)
scaffold0224 (24-226)||(18231-18433)
[»] scaffold0186 (2 HSPs)
scaffold0186 (6-167)||(10380-10546)
scaffold0186 (180-223)||(19916-19959)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (1-127)||(103121-103246)
[»] scaffold0119 (1 HSPs)
scaffold0119 (43-135)||(16191-16283)
[»] scaffold0031 (2 HSPs)
scaffold0031 (22-114)||(49447-49539)
scaffold0031 (149-197)||(49579-49626)
[»] scaffold0470 (1 HSPs)
scaffold0470 (23-85)||(7639-7701)
[»] scaffold0493 (2 HSPs)
scaffold0493 (11-84)||(8525-8598)
scaffold0493 (152-192)||(8416-8456)
[»] scaffold0085 (1 HSPs)
scaffold0085 (47-86)||(37391-37430)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 8e-85; HSPs: 27)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 35310463 - 35310685
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35310463 cagcctctgatgccaggaagccgaaagtgtcaaaagcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 35310562  T
Q  101 cacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcca 199  Q
    | || ||||||||| ||||||||||||| |||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35310563 cgcatcttttagggttgtctgtcctaccgtaaaagccccgacccctaaacccacaagtggtgaaaccccaatcaagtccacacatgcatgttttcctcca 35310662  T
Q  200 acccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  35310663 acccatccgtacatcataacatc 35310685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 27336713 - 27336930
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  27336713 tctgatgctaggaagccacaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagtatgttgattgtcagaacacgatttctcatgtttgaccactttgcttgacgcaa 27336812  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| |||||||||||   |||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27336813 cttttagggctgtctgtcctattgtaaaagcccccacccctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttcctccaaccca 27336912  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  27336913 tccgtacaccataacatc 27336930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 33692142 - 33691921
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||     
T  33692142 tctgatgctaagaagccgaaagtgtcaaaagcaaatggtacaaaagcatgttgattgtcataacacgttttgtcatgtttggccactttgcttgacgcag 33692043  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||  || |||||||||| |||||||| | || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33692042 cttttaggcctgcctgtcctaccgtaaaagccccgacccctaaacccacaagtggtgaaacctcagtcaagtccacacatgcatgttttcctccaaccca 33691943  T
Q  205 tccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  33691942 tccgtacaccataacatttgca 33691921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 13166997 - 13166780
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  13166997 tctgatgctaggaagccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttagccactttgcttgacgcag 13166898  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct--aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccc 203  Q
     |||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||| | |  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13166897 attttagggttgtctgtcccaccgtaaaagccctaacccataaaatccacaagtggtgaaa-cccagtcaagtccacacatgcatgttttcctccaaccc 13166799  T
Q  204 atccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  13166798 atccgtagaccataacatc 13166780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 32269868 - 32269663
Alignment:
Q  22 cgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctg 121  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||| ||  ||    
T  32269868 cgaaagtatcaaaagcaaatggtataaaagcgtgttgattgtcagaacacactttctcatgtttgaccactttggttgatgcagcttttagggttgcatg 32269769  T
Q  122 tcctaccataaaagccgcaactcctaac-ccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataaca 220  Q
    |||||||||||||| | | || |||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  32269768 tcctaccataaaaggcccgacacctaattccagaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccatccgtacaccataaca 32269669  T
Q  221 tctgca 226  Q
    ||||||    
T  32269668 tctgca 32269663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 65 - 222
Target Start/End: Original strand, 433371 - 433529
Alignment:
Q  65 agaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaa 163  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||| |||||||| | || | ||| |||||| ||||||||    
T  433371 agaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacacagcttttaaggttgtctatcctaccgtaaaagcccctacccttaaacccacaggtggtgaa 433470  T
Q  164 accccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  433471 accccggtcaagtccacacatgcatattttcctccaacccatctgtacaccataacatc 433529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 37873725 - 37873589
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37873725 tctggtgctaggaagccaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcaa 37873626  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaac 142  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  37873625 cttttagagctgtctgtcctaccgtaaaagccccaac 37873589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 89 - 226
Target Start/End: Original strand, 38446267 - 38446407
Alignment:
Q  89 cactttgcttgacacaactttt--agggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatg 185  Q
    ||||||||||||| || |||||  |||||||  |||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38446267 cactttgcttgacgcagcttttttagggatgcatgtcataccgtaaaagccccaactcctaaacccacaagtggtgaaacctcagtcaagtccacacatg 38446366  T
Q  186 catgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38446367 catgttttactccaacccatccgtacaccataacatttgca 38446407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 15292108 - 15291897
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    ||||||||| |  ||||||| |||| || || |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  15292108 tgctagaaaactaaaagtgtaaaaaacaaattgtataaaaacatgttgattgtcagaacacgttttctcatgtttggccactttgtttgacgccactttt 15292009  T
Q  111 agggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgt 209  Q
    |||| |||||||| ||||  ||||| | | || | ||| || ||||||||||||||| || ||||||| |||||  |||||||| |||| ||||| ||||    
T  15292008 agggttgtctgtcataccgcaaaaggcccgacacttaatccaacaagtggtgaaacctcattcaagtctacacaaacatgttttcctcctacccagccgt 15291909  T
Q  210 acaccataacat 221  Q
    ||||||||||||    
T  15291908 acaccataacat 15291897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 226
Target Start/End: Original strand, 43129569 - 43129774
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    |||||| |||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  ||  |    
T  43129569 ccgaaaatgtcaaaagcaaatggtagaaaaacatgttgattgtcagaacacgttttctcatgtttgaccactttgcttgacgcatcttttaggactgaat 43129668  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataac 219  Q
    |||| ||| ||||||   | || ||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||| | ||||||||||| ||||||    
T  43129669 gtccaaccgtaaaagttccgacccctaatccaacaagtggtgaaaccccagtcaatttcacacatgcat-ttttcctcctatccatccgtacatcataac 43129767  T
Q  220 atctgca 226  Q
    |||||||    
T  43129768 atctgca 43129774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 23 - 218
Target Start/End: Original strand, 14423715 - 14423912
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgt 122  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| ||  |||||||| || ||||    
T  14423715 gaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgttcggtcactttgcttgacgcattttttagggttgcctgt 14423814  T
Q  123 cctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc-aacccatccgtacaccataa 218  Q
    |||||  | ||||   | || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| |||| | || || |||||||||||||||||    
T  14423815 cctacggttaaaggtccgacacctaatcccacaagtggtgaaaccccaatcaagtcttcacaagcatattttccacctaaaccatccgtacaccataa 14423912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Original strand, 34335366 - 34335578
Alignment:
Q  15 agaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttaggg 114  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||   |||||||||    
T  34335366 agaaagtcgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcaggacacgctttctcatgtttggcccttttgcttgacatggcttttaggg 34335465  T
Q  115 atgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacac 213  Q
     ||||| ||||||  |||||||    || | ||| || ||||||| |  ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| || |||  ||||||    
T  34335466 ttgtctatcctacagtaaaagctttgacccttaatcctacaagtgatagaaccccagtgaattccacacatgcatgttttcctcctactcatttgtacac 34335565  T
Q  214 cataacatctgca 226  Q
    |||||||| ||||    
T  34335566 cataacatatgca 34335578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 24 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3114232 - 3114030
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| || |||||    
T  3114232 aaagtgtcaaaaacaaatggtataaaaacatgttgactgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgtttgatgcaacttttagggctgcctgtc 3114133  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||| |||||||| | || ||||| ||||  ||||||||||  |  |||||||| ||| |||  || ||| |||  ||||||  |||||||||||||||    
T  3114132 ctaccgtaaaagccccgacccctaatcccatgagtggtgaaatactggtcaagtctacaaatgagtg-tttcctcttacccatttgtacaccataacatc 3114034  T
Q  223 tgca 226  Q
    ||||    
T  3114033 tgca 3114030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 26212653 - 26212448
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgt 122  Q
    ||||| || |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   || |  |    
T  26212653 gaaagggtaaaaaacaaatggtataaaagcatgttgatcgtcagaatacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcaacttttagaactgccatt 26212554  T
Q  123 cctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttt-ctccaacccatccgtacaccataaca 220  Q
    || || |||||||   |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||| | || | ||| ||||||||||| |||    
T  26212553 ccaacgataaaaggtccaacacctaatctcacaagtgatgaaaccccagtcaaatctacacatgcatttttttccacctagccacccgtacaccatcaca 26212454  T
Q  221 tctgca 226  Q
    ||||||    
T  26212453 tctgca 26212448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Original strand, 35455976 - 35456192
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| ||||| ||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||    
T  35455976 tctggtgctaggaagccaaaattgtcaaaagcaaaaggtataaaagcatgttgattgttagaacacgctttctcatgtttgaccattttacttaacacaa 35456075  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||| ||| |  ||  |||||| |||||| |   || ||||| || || |||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||| |||||    
T  35456076 ctttttgggctacctaccctaccgtaaaaggccggacccctaatcctacgagtggcaaaaccccggtcaagtccacacatgcatatttacctcctaccca 35456175  T
Q  205 tccgtacaccataacat 221  Q
    || ||||||||||||||    
T  35456176 tctgtacaccataacat 35456192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 25663121 - 25663011
Alignment:
Q  4 cttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacac 103  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  25663121 cttctgatgctaggaagctgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattatcagaacacgctttctcatgtttggccactttgtttgatgc 25663022  T
Q  104 aacttttaggg 114  Q
    | |||||||||    
T  25663021 agcttttaggg 25663011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 13 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 32230587 - 32230489
Alignment:
Q  13 ctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttta 111  Q
    ||||||| || |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  32230587 ctagaaaaccaaaagtgtcgaacgcagatggtataaaagcttgttgattgtcagaacacattttctcatgtttggtcactttgcttgacgcaactttta 32230489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 43115525 - 43115359
Alignment:
Q  25 aagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcc 124  Q
    ||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| || ||||  || || |||||||||||| ||||| |||    
T  43115525 aagtgtcaaaagcaaatgctatgaaagcatgttgattgtcaaaacacgctttctcatatttgaccgcttt-atttacgcaacttttagggctgtctatcc 43115427  T
Q  125 taccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtt 191  Q
    |||| |||||||| | ||  |||| ||||  ||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||    
T  43115426 taccgtaaaagccccgacctctaatcccatgagtggtgaaaccccgatcaaatccatacatgcatgtt 43115359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 170
Target Start/End: Original strand, 8100589 - 8100737
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgt 122  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||||||  ||||||| |||| | ||||||||||||| ||| ||| |||||  || | ||||||||||  |||    
T  8100589 gaaagtgtcacaaacaaatggtataaaagcatgtaaattgtcacaacacgttttctcatgtttgaccattttacttgatgcagcgtttagggatgcatgt 8100688  T
Q  123 cctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccag 170  Q
    ||||| || |||| | | |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  8100689 cctactattaaagtcccgactcttaatcccacaagtggtgaaaccccag 8100737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 100
Target Start/End: Original strand, 38875653 - 38875752
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||| |||| |||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  38875653 cagcctctggtgctaggaagctgaaagtgtcaaaaacaaatggtacaaaaacatgttgattgtcagaacacactttctcatgtttggtcgctttgtttga 38875752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 91
Target Start/End: Original strand, 42921717 - 42921802
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccac 91  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||    
T  42921717 tctggtgctaggaaaccgaaagtgtcataagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctcgtgtttgaccac 42921802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 72
Target Start/End: Original strand, 430622 - 430688
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatg 72  Q
    ||||||||||  ||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  430622 tctgatgctatgaagacaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatg 430688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 44 - 196
Target Start/End: Original strand, 8858974 - 8859127
Alignment:
Q  44 tataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaact 143  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||  |||  ||| ||  ||||| ||| |||||||           
T  8858974 tataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttgactactttgcttgacgcagttttgtgggttgcttgtcccaccgtaaaagctatggtc 8859073  T
Q  144 cctaacc-cacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttct 196  Q
    ||||| | || ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8859074 cctaatctcagaagtaatgaaacctcagtcaagtccacacatgcatgtttttct 8859127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 9829421 - 9829272
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||| || |||||||||||| || |||||||||||| | ||| ||    
T  9829421 aaagtgtcaaatataaatggtataaaagcatgttgattgtcaaaacacattttatcatg-ttagccactttgctt-acgcaacttttagggctatctatc 9829324  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaa 174  Q
     ||| |||||||   | |||||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  9829323 ttactataaaagatccgactcctaatcttacaagtggtgaaaccgcagtcaa 9829272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 149 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9841270 - 9841196
Alignment:
Q  149 cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccat-ccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||  ||||| |||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||    
T  9841270 cccacaagtggtgaaaccctactcaagtttacacacgcatgtttttcttctacccatcccgcacaccataacatc 9841196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 6 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 14723331 - 14723269
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaa 68  Q
    |||||||||| ||| || ||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14723331 tctgatgctaaaaaaccaaaagtgtaaaaaacaaatgatataaaagcatgttgattgtcagaa 14723269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27355659 - 27355589
Alignment:
Q  149 cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataac 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||| |||| ||| |   ||||||||||||    
T  27355659 cccacaagtggtgaaaccccattcaattcaacacatccatgttttcctcctaccgacatgtacaccataac 27355589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 32)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 50001013 - 50000795
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtat-aaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacaca 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  50001013 tctgatgctagaaagccaaaagtgtcaaaagcaaattgtattaaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttgaccactttgcttgacgca 50000914  T
Q  105 acttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccc 203  Q
     ||||||| | ||||||||||||| |||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  50000913 gcttttagagctgtctgtcctaccgtaaaagcccccaccccttaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttcctccaaccc 50000814  T
Q  204 atccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||||||||||||||||    
T  50000813 atccgtacaccataacatc 50000795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Original strand, 53619606 - 53619827
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  53619606 tctgatgctaggaagtcaaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctcatgtttggccactttgcttgacgcag 53619705  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaag-ccgcaactcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| || |||||||||  |||||| || || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  53619706 cttttagggttgcctgtcctactgtaaaagcccccacctctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttcctccaactca 53619805  T
Q  205 tccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  53619806 tccgtacaccataacatatgca 53619827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 226
Target Start/End: Original strand, 31847104 - 31847328
Alignment:
Q  3 gcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgaca 102  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||     
T  31847104 gcttctgatgctaggaagccaaaagtgtcaaaagcaaatggtaaaaaaacatgttgactgtcagaacatggtttctcatgtttgaccactttgcttgacg 31847203  T
Q  103 caacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaac 201  Q
    || ||||||||| || |||||||||  |||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  31847204 cagcttttagggctgcctgtcctactgtaaaagcccccacccctaaacccacaagtggtgaaaccctagtcaagtccacacatgcatgttttcctccaat 31847303  T
Q  202 ccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||    
T  31847304 ccatctgtacaccataatatctgca 31847328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 55933548 - 55933329
Alignment:
Q  7 ctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaac 106  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  55933548 ctgatgctaggaagtcgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgttagaacaaactttctcatgtttggccactttgtttgacgcaac 55933449  T
Q  107 ttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccat 205  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||   || | | |||||||||| ||||||||||| || || | || |||| |||||||| |||||||||||    
T  55933448 ttttagggctgactgtcctaccgtaaaagccctgacccttaaacccacaaggggtgaaaccccggttaaattcagacattcatgttttcctccaacccat 55933349  T
Q  206 ccgtacaccataacatctgc 225  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  55933348 ccgtagaccataacatctgc 55933329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 226
Target Start/End: Original strand, 132420 - 132628
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||| || ||    
T  132420 ccgaaagtgtaaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgatttctcatgttttgccattttgcttgacgcagcttttagggctgcct 132519  T
Q  121 gtcct--accataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccata 217  Q
    |||||  ||| |||||| | | || ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||  ||| ||||||||||    
T  132520 gtcctacaccgtaaaagtcccgacccctaatccaacaagtggtgaaaccccagtcaagttcacacatgcatattttcctcctacgtatctgtacaccata 132619  T
Q  218 acatctgca 226  Q
    |||||||||    
T  132620 acatctgca 132628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 12918459 - 12918242
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||  | || |||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||| ||||| |||    
T  12918459 tctgatgctaggaagtcgaaagtgtcaaaagtaaatagtataaaagtgtgttgattgtcagaacacgatttcttatgtttgaccactttgtttgacgcaa 12918360  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||||| | | || ||| |||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||  |||||    
T  12918359 cttttagggttgtttgtcctaccgtaaaagccccgaatcttaatcccacaagtgatgaaactccagtcaactacacacatgcatgttttcctcttaccca 12918260  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||| |||||||| |||||    
T  12918259 tccatacaccatgacatc 12918242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 30940809 - 30940610
Alignment:
Q  22 cgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctg 121  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||    
T  30940809 cgaaagtgtcaaaagca-atggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttgaccactttacttgacgcaacttttagggttgtctg 30940711  T
Q  122 tcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataaca 220  Q
    |||||   ||||||     || | ||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||| ||||||||||||||    
T  30940710 tcctatggtaaaaggtttgacacttaatcccacaagtggcgaaacctcagtcaagtctacacaagcatgttttccacctacccattcgtacaccataaca 30940611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 56462193 - 56461978
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || || |||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  56462193 tctggtgctaggaaaccaaaagtgtctaaaacaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttatcatgtttg-ccactttgtttgacgcaa 56462095  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaaccca-caagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    |||||||||  |||| | | ||| |||||| | | || ||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || || ||    
T  56462094 cttttagggtggtctatacaaccgtaaaagtctcgacccctaatccaacaaatggtgaaacctcagtcaagtccacacatgcatgttttccacctactca 56461995  T
Q  205 tccgtacaccataacat 221  Q
    |||||||||||||||||    
T  56461994 tccgtacaccataacat 56461978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 26521503 - 26521722
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||| |||| |||||| || || |||||||  ||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  26521503 cagcctctggtgctaggaaaccaaaagtgttgaaagcatatgatataaaagcatgttgattgtcataacacgttttttcatgtttagccactttgtttga 26521602  T
Q  101 cacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcca 199  Q
    | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||     || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||     
T  26521603 cgcaacttttagggttgtttgtcctaccataaaaggtctgacccctaatcccacaagtgatgaaactccagtcaagtccatacatgcatgttttcctcct 26521702  T
Q  200 acccatccgtacaccataac 219  Q
    |||| || ||||||||||||    
T  26521703 acccgtctgtacaccataac 26521722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 222
Target Start/End: Original strand, 25504320 - 25504530
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    |||||| || || ||| |||||||| || | ||||||||| ||||| |||||| |||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||     
T  25504320 tgctaggaaaccaaaaatgtcaaaagcaaacggtataaaaacatgtcgattgttagaacacgttttctcatgtttgacca-tttgcttgatgcaacttt- 25504417  T
Q  111 agggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgt 209  Q
    |||| || ||||| |||| |||||| |   || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25504418 agggttgcctgtcataccgtaaaaggcctgacgcctaatcccacaagtggtgaaacctcagtcaagtctatacatgcatgtttttctcctacccatccgt 25504517  T
Q  210 acaccataacatc 222  Q
    |||||||||||||    
T  25504518 acaccataacatc 25504530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 119 - 226
Target Start/End: Original strand, 3330083 - 3330191
Alignment:
Q  119 ctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccata 217  Q
    |||||||||| |||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  3330083 ctgtcctaccgtaaaagcccccacccctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcacgttttcctccaatccatccgtacaccata 3330182  T
Q  218 acatctgca 226  Q
    |||||||||    
T  3330183 acatctgca 3330191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 21 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 600764 - 600658
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  600764 ccgaaagtgacaaaagcaaatggtataaaagcatgttaattgttagaacacgttttctcatgtttggtcactttgcttgacataacttttagggttgtct 600665  T
Q  121 gtcctac 127  Q
    |||||||    
T  600664 gtcctac 600658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Original strand, 16957569 - 16957777
Alignment:
Q  13 ctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttag 112  Q
    ||||||| | ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| || ||||||  || ||||||||||    
T  16957569 ctagaaaactgaaagtgtcaaaagcaaatggtatataagcatgttgattatcagagcacactttctcatgtttggtcattttgctctacgcaacttttag 16957668  T
Q  113 ggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtac 211  Q
    |  || || ||||||  ||| || | | || ||||| || |||||||||      || |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  16957669 gactgcctatcctactgtaagaggcccgacccctaatccaacaagtggt------cccgtcaagtccacacatgcatgttttacacctacccatccgtac 16957762  T
Q  212 accataacatctgca 226  Q
    |||||||||||||||    
T  16957763 accataacatctgca 16957777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 110
Target Start/End: Original strand, 23255747 - 23255828
Alignment:
Q  29 gtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23255747 gtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttaattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcaactttt 23255828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 49 - 193
Target Start/End: Original strand, 53170570 - 53170715
Alignment:
Q  49 aagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa 148  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||| |||||||||| || ||||| |||  ||||||   | || |||||    
T  53170570 aagcatgttgactgtcagaacacgctttctcatgtttggctactttacctaacacgacttttagggctgcctgtcatactgtaaaaggtccgacacctaa 53170669  T
Q  149 -cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttt 193  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  53170670 tcccacgagtggtgaaaccccagtcaagtctacacaagcatgtttt 53170715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 50463015 - 50462911
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||| || ||||||||    
T  50463015 aaagtgtcaaaagcaaatggtatgaaagcatgttgattgtcggaagacactttctcatgtttggtcatcttgcttgacgcaacttttaaggctgtctgtc 50462916  T
Q  124 ctacc 128  Q
    |||||    
T  50462915 ctacc 50462911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 226
Target Start/End: Original strand, 12053450 - 12053652
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgt 122  Q
    ||||| ||| ||| || ||| ||||||| | | |||||||| |||||| | ||||||||||||| | |||||| ||||| || ||||||| | ||| |||    
T  12053450 gaaagagtcgaaagcaaatgatataaaaacgttttgattgttagaacacgatttctcatgtttgacaactttgtttgacgcagcttttagagctgtttgt 12053549  T
Q  123 cctaccataaaagccgcaactcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||  |||||| || | | || | || || | ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  12053550 cctactgtaaaagtcg-acccccaatccaactaatggtgaaaccccaataatgtccacacatgcatgttttcctcctacccatctgtacaacataacatc 12053648  T
Q  223 tgca 226  Q
    ||||    
T  12053649 tgca 12053652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 159 - 221
Target Start/End: Original strand, 25706683 - 25706745
Alignment:
Q  159 gtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  25706683 gtgaaacccaaatcaagtccacacatgcatgtttttctcctacccatctgtacaccataacat 25706745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 46440981 - 46440881
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||| | |||| ||||| ||||||  |||| | ||||||| |||||||| ||||    
T  46440981 cagcttctgatgctaggaagccgaaagtgtcaaaagcaaatgatataaaaacgtgttaattgttagaacacacttttttatgtttgaccactttgtttga 46440882  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  46440881 c 46440881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 48656981 - 48656866
Alignment:
Q  22 cgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctg 121  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| || ||||  |||||||||||||| ||| ||| |||||   ||||||||||| ||||||    
T  48656981 cgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaaacattttgattgacataacacactttctcatgtttgtccattttacttgatgaaacttttagggctgtctg 48656882  T
Q  122 tcctaccataaaagcc 137  Q
    || |||  ||||||||    
T  48656881 tcatactgtaaaagcc 48656866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 38535610 - 38535456
Alignment:
Q  69 catgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaa-ctcctaacccacaagtggtgaaaccc 167  Q
    |||||||||| || |||| |||||||| | |||||||||||||| | ||||||| ||||  |||||||| ||| |||  | ||||||||| |||||||||    
T  38535610 catgctttcttatatttgaccactttgttagacacaacttttagagctgtctgttctacattaaaagccccaacctcaaatcccacaagtagtgaaaccc 38535511  T
Q  168 cagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
     |||||||||  | ||  ||| |||| |||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  38535510 tagtcaagtctgctcacacatattttcctcctacccatccgtccacaataacatc 38535456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 67
Target Start/End: Original strand, 3330016 - 3330077
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcaga 67  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  3330016 tctgatgctaggaagccaaaagtgtcaaaagcaaatagtataaaagcatgttgattgtcaga 3330077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 34107788 - 34107665
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcaga--acatgctttctcatgtttggccactttgctt 98  Q
    |||| |||| |||||| ||  |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| || ||  ||| | |||||||||||||||||||| | ||    
T  34107788 cagcctctggtgctaggaaatcgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaaacatgttgattatctgaacacacgttttctcatgtttggccacttcgttt 34107689  T
Q  99 gacacaacttttagggatgtctgt 122  Q
    ||| ||| |||||||  |||||||    
T  34107688 gacgcaatttttaggattgtctgt 34107665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 45386143 - 45386026
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    |||||||||||| ||||| |||||   | |||||||||||  |  ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||  | |||||    
T  45386143 tgctagaaagccaaaagtttcaaatgtaaatggtataaaaagaaattgattgtcagaacacgctttcttatgtttgaccactttccttgacttagctttt 45386044  T
Q  111 agggatgtctgtcctacc 128  Q
    |||| ||  |||||||||    
T  45386043 agggttgcatgtcctacc 45386026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 223
Target Start/End: Original strand, 53098579 - 53098644
Alignment:
Q  159 gtgaaaccccag-tcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatct 223  Q
    |||||||||| | |||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  53098579 gtgaaacccccgatcaagtccacatttgcatgttttcctcctacccatccgtacaccataacatct 53098644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 192
Target Start/End: Original strand, 54927618 - 54927663
Alignment:
Q  147 aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttt 192  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54927618 aacccacaagtggggaaaccccaatcaagtccacacatgcatgttt 54927663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 50483283 - 50483211
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttct 78  Q
    |||| |||||| || ||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  50483283 tctggtgctaggaaaccgaaagtgtcgaaagcaaatggtataaaatcatgttgattgtcagaagacgctttct 50483211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 221
Target Start/End: Original strand, 18534585 - 18534636
Alignment:
Q  170 gtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||    
T  18534585 gtcaagtccacacatgcatgttttccttctacccatccgtataccataacat 18534636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 134
Target Start/End: Original strand, 1041386 - 1041460
Alignment:
Q  60 ttgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaa 134  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||    
T  1041386 ttgtcagaacacactttcttatgtttgaccactatgtttgacacaacttttagagttgcttgtcctaccataaaa 1041460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 13 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 43849428 - 43849350
Alignment:
Q  13 ctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccac 91  Q
    |||| ||||| |||||||||||  || || |||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||    
T  43849428 ctaggaagccaaaagtgtcaaacacaaatagtataaaagcatgttggttatctgaacacgctttctcgtgtttggccac 43849350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 6865889 - 6865828
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgttt 85  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||    
T  6865889 aaagtgtcaaaagcaaatgatataaaagcatgttgatagtcagaacacgttttctcgtgttt 6865828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 6865727 - 6865683
Alignment:
Q  178 cacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||    
T  6865727 cacacatgcatgttttcctcctacccatacgtacatcataacatc 6865683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 39434687 - 39434904
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39434687 tctgatgctaggaagtcaaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcaa 39434786  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||| | |  |||||||||  |||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  39434787 cttttagagcttcctgtcctactgtaaaagcctccacccctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtacacacatgcatgttttcctccaaccca 39434886  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  39434887 tccgtacaccataacatc 39434904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 3187989 - 3188206
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  3187989 tctgatgctaggaagccgaaagtttcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgcttcctcatgttttgccactttgcttgatgcaa 3188088  T
Q  106 cttttag-ggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||| || |  |||||||||| |||||||| | || |  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  3188089 cttttagaggcttcctgtcctaccgtaaaagccccgaccctaaacccacaagtggtgaaaccccacacaaggccacacatgcatgttttcctccaatcca 3188188  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3188189 tccgtacaccataacatc 3188206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 35740073 - 35739853
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || | ||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35740073 tctggtgctaggaaactgaaagtgtcaaaagctaattgtataaaaacatgttgattgtcagaacccgctttctcatgtttggccactttgcttaacacaa 35739974  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | | || | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  35739973 cttttagggatgtctgtcctaccgtaaaaggcccgac-cttaatcccactagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttcctcctaccca 35739875  T
Q  205 tccgtacaccataacatctgca 226  Q
    | | ||||||||||||||||||    
T  35739874 ttcatacaccataacatctgca 35739853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Original strand, 500262 - 500464
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    |||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||     
T  500262 ccgaaaatgtcaaaagtaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctcatgtttggccactttgcttgacgcaacttttagggctgtcg 500361  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataac 219  Q
    |||||||| |||||| | | || ||||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| || | |||||||| |||| ||||||    
T  500362 gtcctaccgtaaaaggcccgacacctaatcccacaagtggtgaaacctcactcaagtctacacatgcatgttttccttctacccatccatacaacataac 500461  T
Q  220 atc 222  Q
    |||    
T  500462 atc 500464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 25021901 - 25021680
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| ||||| ||| ||||||||  | ||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  25021901 tctggtgctaggaagccaaaaatgtcaaaagaaaatggtataaaaacatgttgattgtgagaacacactttctcatatttcaccactttgcttgacacaa 25021802  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| ||| |||| |||  ||||| |  | || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  25021801 cttttagggctgtatgtcatactgtaaaaacatcgacccctaatcccacaagtggtgaaactccggtcaagtccacacatgcatgttttcctcctaccca 25021702  T
Q  205 tccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  25021701 tccgtacaccataacatctgca 25021680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 218
Target Start/End: Original strand, 38815314 - 38815517
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |        
T  38815314 tctggtgctaggaagcggaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgtttggcgtgg 38815413  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||| |||          ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  38815414 cttttagggctgtctgtcctaccataaaagccccgacccctaatcccacaagtggtgatacc----------ccacacatgcatgttttcctcctaccca 38815503  T
Q  205 tccgtacaccataa 218  Q
    ||||||||||||||    
T  38815504 tccgtacaccataa 38815517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 28 - 226
Target Start/End: Original strand, 24125070 - 24125269
Alignment:
Q  28 tgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctac 127  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||| ||  ||||| ||    
T  24125070 tgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagagcacgctttctcatgtttggccattttgcttgatgcagcttttagggctgcttgtcccac 24125169  T
Q  128 cataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    | |||||| | | || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||| || ||| |||||||||| ||||    
T  24125170 cgtaaaaggcacgacgcataatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcttcctacccgtcagtagaccataacatatgca 24125269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 226
Target Start/End: Original strand, 10189568 - 10189784
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||  || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||  ||| | ||||||||    
T  10189568 tgctaggaagccaaaaatgtcaaatgcaaatgatataaaaacatgttgattgtcagaacatgctttctcttgtttgactactttaattggcgcaactttt 10189667  T
Q  111 agggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgt 209  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||  ||| ||||| | |||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||    
T  10189668 aggaatgtatgtcctaccataaaagccttaacccctaatctcacaagcggtgaaatcccaatcaagtccacacatacatgttttcctcctaccaatccgt 10189767  T
Q  210 acaccataacatctgca 226  Q
    | | |||||||| ||||    
T  10189768 aaaacataacatttgca 10189784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 11611275 - 11611115
Alignment:
Q  62 gtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggt 160  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||    ||| ||| ||||| ||||||    
T  11611275 gtcagaacatgctttctcatatttggccactttatttgacacaacttttagggatgtctatcttatcgtaaaagcc----ctcataatcccacgagtggt 11611180  T
Q  161 gaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||| | ||||||||||||| ||||    
T  11611179 gaaacccctgtgaagtccacacatgcatg-ttttcccctacccattcatacaccataacatttgca 11611115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 224
Target Start/End: Original strand, 8619842 - 8620047
Alignment:
Q  14 tagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagg 113  Q
    ||||||||| ||| ||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||| || | ||||| ||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||    
T  8619842 tagaaagccaaaaatgttaaaaacaaatggtataaaagcacgttgattgtcaaaatacgctttttcatgtttgaccattttacttgacgcaacttttagg 8619941  T
Q  114 gatgtctgtcctaccataaaagccgc-aactcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtaca 212  Q
    | ||||||| ||| | |||||| | | | |||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||      |||| |||  |||||| ||||||    
T  8619942 gctgtctgttctatcgtaaaagtcacgatctctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagttcacaca------ttttcctcttacccattcgtaca 8620035  T
Q  213 ccataacatctg 224  Q
    ||||||||||||    
T  8620036 ccataacatctg 8620047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 55 - 226
Target Start/End: Original strand, 37517163 - 37517335
Alignment:
Q  55 gttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccac 153  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| | ||||||||||||  ||||||   | || ||||| || ||    
T  37517163 gttgattgtcggaacaccctttctcatgtttggccactttgcttgatgcagcttttagagctgtctgtcctacggtaaaaggtcctacgcctaatccaac 37517262  T
Q  154 aagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| |||| | || ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  37517263 aagtggcgaaaccccagtcaagtctacacaaacatattttccacctacccatccgtacaccatcacatttgca 37517335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 40 - 181
Target Start/End: Original strand, 4699923 - 4700064
Alignment:
Q  40 atggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgc 139  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |   ||||||||||    
T  4699923 atggtgtaaaaacatgttaattgtgagaacacgctta-tcatgtttggccactttgcttgacacaactttgagggttgtctatccgattgtaaaagccgc 4700021  T
Q  140 aactcct--aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccaca 181  Q
     | ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4700022 ga-tccttaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaaatccaca 4700064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 23 - 111
Target Start/End: Original strand, 6592612 - 6592700
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttta 111  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  6592612 gaaagtgtcaaaagcaaatggtttaaaatcatgttgattgtgagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcagctttta 6592700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 6 - 101
Target Start/End: Original strand, 8882348 - 8882442
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgac 101  Q
    |||| ||||||||| | |||||| |||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8882348 tctggtgctagaaaactgaaagt-tcaaaaacaaatggtttaaaagcatattgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgac 8882442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 221
Target Start/End: Original strand, 8390234 - 8390376
Alignment:
Q  80 atgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtcc 178  Q
    |||||||| ||||||| || || ||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||   ||  |||| ||||| |||| | ||| || |||||||| |    
T  8390234 atgtttggtcactttgttttacgcaatttttagggttgtctgccctatcataaaagccatgaccgctaaacccacgagtgataaaatcctagtcaagttc 8390333  T
Q  179 acacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||    
T  8390334 acacatgcatgtttttctcctacccatctgtactctataacat 8390376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 42922202 - 42921996
Alignment:
Q  18 aagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatg 117  Q
    ||||| |||||||||||  || ||| | ||||||||| |||||||||| |||| | |||||||  |||| ||| |||| ||||| ||||||||| || ||    
T  42922202 aagccaaaagtgtcaaaggcaaatgatttaaaagcattttgattgtcaaaacacgttttctcaaatttgaccattttgtttgacgcaacttttatggctg 42922103  T
Q  118 tctgtcctaccataaaagccgcaactcctaacc-cacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccat 216  Q
      |||| ||||||||||||    ||   ||| | |||   || |||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  42922102 catgtcttaccataaaagctctgaccattaatctcacgtttgatgaaactccagtcaagtccacacatgtttgttttcctcctacccatctgtacaccat 42922003  T
Q  217 aacatct 223  Q
    |||||||    
T  42922002 aacatct 42921996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 85
Target Start/End: Original strand, 6618321 - 6618383
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgttt 85  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  6618321 gaaagtgtcaaaagcaaatggtttaaaatcatgttgattgtgagaacacgctttctcatgttt 6618383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 136
Target Start/End: Original strand, 4073573 - 4073685
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||  || || |||||||| |||||||||||  | |||| | |||||| |||||| |||||||| ||||  |||||||||||| |||||||     
T  4073573 aaagtgtcaaatgcaaattgtataaaatcatgttgattggtaaaacacgttttctcttgtttgaccactttgtttgatgcaacttttagggttgtctgtt 4073672  T
Q  124 ctaccataaaagc 136  Q
    | ||| |||||||    
T  4073673 ccaccgtaaaagc 4073685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 152 - 220
Target Start/End: Original strand, 8115978 - 8116046
Alignment:
Q  152 acaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataaca 220  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||    
T  8115978 acaagtggtgaaaccttagtcaagttcacaaatgcatgtttttctcttacccattcgtacaccgtaaca 8116046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 105 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 39671174 - 39671073
Alignment:
Q  105 acttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaacc-cacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccc 203  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| |||||||| |||  || || | ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  39671174 acttttagatatgtttgtcctaccgtaaaagcctcaatccccaatctcacaaatggtgaaactc-agtcaagtccacacatgcatatttttctcctaccc 39671076  T
Q  204 atc 206  Q
    |||    
T  39671075 atc 39671073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 8540464 - 8540335
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||| |||||||  ||||||||||||  ||||||  |||||| ||||| |||||| ||||||   ||||| ||||||| | | |||| ||||| |||    
T  8540464 tctgatgttagaaagttgaaagtgtcaaatgcagatgacataaaaacatgtcgattgttagaacacattttctaatgtttgactattttgtttgacgcaa 8540365  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaag 135  Q
    |||||| |  ||| |||| |||||||||||    
T  8540364 cttttaagattgtttgtcttaccataaaag 8540335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 100
Target Start/End: Original strand, 28196217 - 28196306
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||||| ||| | |||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||  ||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  28196217 tgctaggaagacaaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaaacatgtttattatcataacacactttctcatgtttagccgctttacttga 28196306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 149 - 221
Target Start/End: Original strand, 40839716 - 40839787
Alignment:
Q  149 cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||| |||||    
T  40839716 cccacaagtgg-gaaactccaatcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccacccgtataccagaacat 40839787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 10556342 - 10556292
Alignment:
Q  44 tataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccacttt 94  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  10556342 tataaaaacatgttgattttcagaatatgttttctcatgtttgaccacttt 10556292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 22589394 - 22589336
Alignment:
Q  53 atgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttta 111  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||| || ||||||    
T  22589394 atgttggttgtcagaacacgctttctcatgttcagccattttgcttgacgcagctttta 22589336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 24 - 113
Target Start/End: Original strand, 8115849 - 8115938
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagg 113  Q
    |||||||||||  || |||||||||||| || |||||| | |||||| | ||||| | ||||| ||||| || |||||| ||||||||||    
T  8115849 aaagtgtcaaatgcaaatggtataaaagtatattgattattagaacaagatttcttacgtttgaccactctgattgacataacttttagg 8115938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 34644586 - 34644803
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  34644586 tctgatgctaggaagccgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgtaggttgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgtttgacgcaa 34644685  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| ||  ||||||||| |||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34644686 cttttagggttgcttgtcctaccgtaaaagccccgacccctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttcctccagccca 34644785  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  34644786 tccatacaccataacatc 34644803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 29169880 - 29169664
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  29169880 tctggtgctaggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctcgtgtttggccaccttacttgacacaa 29169781  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccat 205  Q
    |||| |||| ||||||||||||  |||||| | | || ||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||    
T  29169780 ctttaagggctgtctgtcctacggtaaaaggcccgacacctaatcccaaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcctcctacctat 29169681  T
Q  206 ccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||||||||||||||    
T  29169680 ccgtacaccataacatc 29169664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4862060 - 4861857
Alignment:
Q  22 cgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctg 121  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||| || ||||||    
T  4862060 cgaaagtgtcaaaagcaaattgtataaaagtatgttgcttgtcagaagacgctttctcatgtttgaccattttacttgacgcaacttttaaggctgtctg 4861961  T
Q  122 tcctaccataaaagccgcaactcctaaccca-caagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataaca 220  Q
    |||||||||||| | |   || ||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4861960 tcctaccataaatgtcaagacccctaatccaacaagtggtgaaacaccagtcaaatccacacatgcatgtttttctcctacccatccgtacaccataaca 4861861  T
Q  221 tctg 224  Q
    ||||    
T  4861860 tctg 4861857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 192
Target Start/End: Original strand, 2764499 - 2764686
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  2764499 tctgatgctaggaagctgaaagtgtcaaaagaaaatggcataaaagcatgttgattgtcggaacacgttttctcatgtttgaccactttgtctgacacaa 2764598  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttt 192  Q
    ||||||||  || || |||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  2764599 cttttaggactgcctatcctaccataaaagcaccaacccctaaacccacaagtggtgaaacctcaatcaagttcacacatgcatgttt 2764686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 19035467 - 19035677
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || ||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  19035467 tctggtgctaggaaaccgtaagtgtcaaaagtaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcag 19035566  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| || ||| |||||  ||||||   | || ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| || | || |||||    
T  19035567 cttttagggctgcctgccctacggtaaaaggtccgacacctaatcccacaactggtgaaatcccagtcaagtctacacaagcatgtgttccacctaccca 19035666  T
Q  205 tccgtacacca 215  Q
    |||||||||||    
T  19035667 tccgtacacca 19035677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 45659719 - 45659513
Alignment:
Q  22 cgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt-agggatgtct 120  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| || ||||| |||| ||  |    
T  45659719 cgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcgtgtttggccaccttacttgacgcagcttttaagggctgcat 45659620  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataac 219  Q
    |||||||  |||||| | | |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||    
T  45659619 gtcctacggtaaaaggcccgatacctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacgcatgcatgttttcctcctacccatctgtacactataac 45659520  T
Q  220 atctgca 226  Q
    || ||||    
T  45659519 atgtgca 45659513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 44 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 50161466 - 50161288
Alignment:
Q  44 tataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaact 143  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| | || |     
T  50161466 tataaaagcatgttgattgtgagaacacgctttctcatgtttgtccactttgcttgacgcaacttttagggttgtctgtcctaccgtaaaagtctcagcc 50161367  T
Q  144 cctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    |||||  |||| ||||||||||   | || |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  50161366 cctaattccacgagtggtgaaatatcggttaagtccacacatgcatgtttttctcttacccaaccgtacaccataacat 50161288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 28041214 - 28040993
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |      
T  28041214 tctggtgctaggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacctgttgattgtcagaacacactttctcatgtttggccactttgtttgacgcgg 28041115  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
     |||||| | || || ||||||  ||||||   | || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||    
T  28041114 attttagagctgcctatcctacggtaaaaggtccgacacctaatcccacaagtagtgaaaccccagtcaagtctacacaagcatgttttccacctaccca 28041015  T
Q  205 tccgtacaccataacatctgca 226  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  28041014 tctgtacaccataacatctgca 28040993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 25375908 - 25375699
Alignment:
Q  18 aagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatg 117  Q
    ||||| |||||||||| | || ||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| | | ||    
T  25375908 aagccaaaagtgtcaatagcaaatggtataaaaacatgttgatggtaagaacatgttttgtcatgtttggtcactttgcttgacgcaacttttggagttg 25375809  T
Q  118 tctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccat 216  Q
    ||||||||||| |||||||    || ||||| || || ||| |||||||||  ||||| ||||| | |||||||||| || | ||||||||||| |||||    
T  25375808 tctgtcctaccgtaaaagctctgacccctaatccgacgagtagtgaaaccctggtcaaatccacgcttgcatgttttccttctacccatccgtataccat 25375709  T
Q  217 aacatctgca 226  Q
    ||||||||||    
T  25375708 aacatctgca 25375699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 31737406 - 31737302
Alignment:
Q  10 atgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttt 109  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  31737406 atgctagaaaatcgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaatatgttttctcatgtttggccactttgcttgacgccgcttt 31737307  T
Q  110 taggg 114  Q
    |||||    
T  31737306 taggg 31737302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 193
Target Start/End: Original strand, 22346930 - 22347101
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    ||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |    
T  22346930 ccgaaagtgtcaaaagcaaaaggtataaacgcatgttgattgtcagaacacgctttctcatatttggccactttgcttgacataactttta-ggttgttt 22347028  T
Q  121 gtcctaccat-aaaagccgcaactcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttt 193  Q
    |||||||  | ||||| |  || | |||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||| | |||||||||    
T  22347029 gtcctacggtaaaaagtccgaaat-ctaatccacaagtggtgaaacaccaatcaagtctacagaagcatgtttt 22347101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 24 - 226
Target Start/End: Original strand, 42919898 - 42920100
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||| ||| ||||    
T  42919898 aaagtgtcaaaagcagatgacataaaaacatgttgattgtgagaacacg-tttctcatgtttggccgctttgtttgatgcaacttttagggttgtttgtc 42919996  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||| |||||||||  | || | ||| ||||| ||| |||||| | || ||||| |||||||   ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  42919997 ctatcataaaagctccgacccgtaatcccacgagtagtgaaatctcaatcaagcccacacaaatatgttttcctcctacccatctgtacaccttaacatc 42920096  T
Q  223 tgca 226  Q
    ||||    
T  42920097 tgca 42920100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 46 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 37932264 - 37932112
Alignment:
Q  46 taaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcc 145  Q
    ||||| || ||||||||||||||||  ||||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||||    | ||    
T  37932264 taaaaacacgttgattgtcagaacac-ctttctcgtatttgaccattttgcttgacacaacttttagggctgtctgtcttactgtaaaagccttggcccc 37932166  T
Q  146 taa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc 198  Q
    ||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  37932165 taatcccacaagtggtgaaacctcaatcaagtccacgcatgcatgttttcctcc 37932112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Original strand, 16500049 - 16500185
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||| ||| ||||||| ||| | |||||||||||| || || ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| | |||    
T  16500049 cagcctctaatgctaggaagtcaaaagtgtcaaaagcaaatagtataaaggcatgttaattgttagaacatgttttcttatatttggccactttacgtga 16500148  T
Q  101 cacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagcc 137  Q
    | |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  16500149 cgcaacttttaggattgtctgtcctaccgtaaaagcc 16500185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 20259869 - 20259668
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    ||||||||||||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||  | ||||||||| |  ||    
T  20259869 ccgaaagtgtcaacaataaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttctcatttttaaccactttgcttgacgtagcttttagggctacct 20259770  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataac 219  Q
    ||  | |  ||||||     || ||||| |||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  20259769 gttttccggtaaaaggtctgacacctaatcccacaagcggtaaaaccctagtcatgtctacacatgcatgtttttc-cctacccatctgtacaccataac 20259671  T
Q  220 atc 222  Q
    |||    
T  20259670 atc 20259668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 101
Target Start/End: Original strand, 21473042 - 21473118
Alignment:
Q  25 aagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgac 101  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21473042 aagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccattttacttgac 21473118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 100
Target Start/End: Original strand, 23043931 - 23043991
Alignment:
Q  40 atggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  23043931 atggtataaaagcatgttgattgtgagtacttgttttctcatatttggccactttgcttga 23043991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 37200015 - 37200217
Alignment:
Q  18 aagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatg 117  Q
    ||||| ||||||| |||| || ||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||||||| || ||    
T  37200015 aagccaaaagtgtaaaaa-caaatggtataaaaacatattgattgttagcacatgctttcttatgtttgaccactttacttgacgtaacttttatggctg 37200113  T
Q  118 tctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccat 216  Q
      |||||||   |||||||  |    | ||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||  |||| ||||    
T  37200114 catgtcctattgtaaaagctccggtccttaatcccacgagtggtgaaacatcagtcaagt-cacacatgcatgttttcctcttacccattggtaccccat 37200212  T
Q  217 aacat 221  Q
    |||||    
T  37200213 aacat 37200217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 6 - 114
Target Start/End: Original strand, 2898722 - 2898833
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgct----ttctcatgtttggccactttgcttgac 101  Q
    |||| |||||| || |||||||| |||||| || ||||||||||| | | ||||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||     
T  2898722 tctggtgctaggaaaccgaaagtatcaaaagcaaatggtataaaaac-tattgattgtcagaacacgctcactttctcatgtttggccactttgcttgat 2898820  T
Q  102 acaacttttaggg 114  Q
     || |||||||||    
T  2898821 gcatcttttaggg 2898833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 50314677 - 50314619
Alignment:
Q  40 atggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgctt 98  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||| |||||||||||    
T  50314677 atggtataaaagcatgttgattgtgagaacaagttttgtcatgtttgaccactttgctt 50314619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 35387710 - 35387653
Alignment:
Q  43 gtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  35387710 gtataaaagcttgttgatcgtcagaacacactttttcatgtttggccactttgcttga 35387653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 81
Target Start/End: Original strand, 38731641 - 38731704
Alignment:
Q  18 aagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcat 81  Q
    ||||| ||||| |||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38731641 aagccaaaagtttcaaaagcaaattgtataaaagtatgttgattgtcagaacacgctttctcat 38731704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 226
Target Start/End: Original strand, 38731750 - 38731821
Alignment:
Q  155 agtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  ||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  38731750 agtggtgaaaccctagtcaaatccacatttgcatattttcctcctacccatccgcacaccataatatctgca 38731821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 85
Target Start/End: Original strand, 19035425 - 19035458
Alignment:
Q  52 catgttgattgtcagaacatgctttctcatgttt 85  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19035425 catgttgattgtcagaacatgctttctcatgttt 19035458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 24177603 - 24177540
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtc 64  Q
    |||| ||||||||||| || |||||| |||||||| || |||||||||||  ||||||||||||    
T  24177603 cagcctctgatgctaggaaaccgaaactgtcaaaaacaaatggtataaaaatatgttgattgtc 24177540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 135
Target Start/End: Original strand, 36486924 - 36487035
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| || ||  |||||||  || |||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||| |||||  ||| |||||  ||||||| |     
T  36486924 aaagtgtcaaaagcaaattatataaaaagatattgattgtcaaaacacgctttctcatatttgaccactttacttgatgcaatttttaaagatgtctatt 36487023  T
Q  124 ctaccataaaag 135  Q
     |||||||||||    
T  36487024 ttaccataaaag 36487035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 32)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 28517374 - 28517153
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  28517374 tctgatgctaggaagtcaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgtctaaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcag 28517275  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28517274 cttttagggttgtctgtcctactgtaaaagcccccacccctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatacatgttttcctccaaccca 28517175  T
Q  205 tccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  28517174 tccgtacaccataacatttgca 28517153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 4501279 - 4501495
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  4501279 tctggtgctagaaaacc-aaagtgtcaaaagcaaattatataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgtttgacgcag 4501377  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| ||| ||||||||  |||||| | | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |    
T  4501378 cttttagggttgtttgtcctacggtaaaaggcccgacacctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcctcctaccta 4501477  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  4501478 tccgtacaccataacatc 4501495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 5825293 - 5825508
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| | ||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||| |||| || || |||||||||  ||||||||||||  ||     
T  5825293 tctggtgctaggatgccgaaagtgtcaaaagtaaatggtataaaaacatgttgattgtcataacacgcattgtcatgtttg--cactttgcttgatgcag 5825390  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| |  ||||||| || |||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5825391 cttttagggcttcctgtcctgccgtaaaagcctcgacccctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttcctccaaccca 5825490  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    | ||||||||||||||||    
T  5825491 ttcgtacaccataacatc 5825508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 226
Target Start/End: Original strand, 43856916 - 43857115
Alignment:
Q  28 tgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctac 127  Q
    |||||||| || || ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||| ||||| || ||||||  | ||||||||||||    
T  43856916 tgtcaaaagcaaattgtataaacgcatgttgattgtcaaaacacgctttctcatgtctagccactttgattgacgcatcttttaatgttgtctgtcctac 43857015  T
Q  128 cataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
      |||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43857016 tgtaaaagccccgacccctaatcccacaagtggtgaaacccccgtcaagtccacgcatgtatgtttttctcctacccatccgtacaccataacatctgca 43857115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Original strand, 982969 - 983183
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  982969 tctggtgctagaaaaccgaaagtatcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgatttctcatgtttggccactttgcttgacgcag 983068  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    |||||| || || ||||||||| |||||||   | || ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||    
T  983069 cttttatggctgcctgtcctacaataaaaggtcccacacctaatcccacaagtggttaaaccctagtcaagtctacacaagcatgtttttcacctactca 983168  T
Q  205 tccgtacaccataac 219  Q
    | |||||| ||||||    
T  983169 ttcgtacatcataac 983183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 45613914 - 45613712
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||||||| ||| || |||||| |||||||||||| |||||    
T  45613914 ccgaaagtgtcaaaatcaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacactttcccgtgtttggtcaccttacttgacgcaacttttagggttgtct 45613815  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataac 219  Q
    |||||||   ||||| | | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||    
T  45613814 gtcctacggaaaaaggcccgacacctaatcctacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccattcgtacatcataac 45613715  T
Q  220 atc 222  Q
    |||    
T  45613714 atc 45613712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 19277313 - 19277530
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  19277313 tctggtgctaggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggctactttgcttgacgcag 19277412  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||  || |||||||||   |||||     |  ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||    
T  19277413 cttttaggactgcctgtcctacggcaaaaggtctgaaacctaatccgacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacaagcatgttttccacctaccca 19277512  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||| |||||||||||    
T  19277513 tccgtagaccataacatc 19277530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 21326930 - 21326709
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||| |||| |||||| ||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21326930 cagcctctggtgctaggaaatcgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttga 21326831  T
Q  101 cacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcca 199  Q
    | |  ||||||||| ||| ||||||||  ||||||   | || ||||| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| | ||||||| | ||     
T  21326830 cgcggcttttagggctgtttgtcctacggtaaaaggtccgacacctaatcccacaagtggtgaaactccaatcaaatctacacaagtatgttttccacct 21326731  T
Q  200 acccatccgtacaccataacat 221  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  21326730 acccatctgtacaccataacat 21326709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 223
Target Start/End: Original strand, 3676677 - 3676878
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggat-gtctgt 122  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | | ||||    
T  3676677 aaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatattgatagtaagaacacgctttctgatgtttgaccactttgcttgacgcagcttttagggctggcctgt 3676776  T
Q  123 cctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    |||||  ||||||   | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||||| |||||||||||||    
T  3676777 cctacggtaaaaggaccgacacctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacaagcatgttttccacctacccatccctacaccataacat 3676876  T
Q  222 ct 223  Q
    ||    
T  3676877 ct 3676878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 27521491 - 27521706
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||  | || ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| || || |||    
T  27521491 tctgatgctaggaaaccaaaagtgtcaaaagtaaattgtataaatgcatgttgattgtcagaacacgttttctcatgtttgaccactttgtttaacgcaa 27521590  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    |||||| || ||  ||||||||| |||||| | | || ||||| ||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||    
T  27521591 cttttaagggtgcatgtcctaccgtaaaaggcccgacacctaatcccacaaatggtgaaatctcagtcaagtctacacat--atgtttttctcctaccca 27521688  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||| || ||||||||    
T  27521689 tccgtagacaataacatc 27521706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 193
Target Start/End: Original strand, 32584639 - 32584809
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  ||| |||||||| ||  ||||    
T  32584639 aaagtgtcaaaagcaaatggtgtaaaagcatcttgattgtcagaacacgttttctcatgtttgaccactttgtttgatgcaatttttagggttgcatgtc 32584738  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttt 193  Q
    ||||| ||||| || | || ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32584739 ctaccgtaaaatccccgacccctaatcccacaagaggtgaaacccgagtcaagtccacacatgcatgtttt 32584809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 194
Target Start/End: Original strand, 22198006 - 22198195
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |      
T  22198006 tctgatgctaggaaaccgaaagtgacaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgttggaacacactttctcatgtttggtcactttgcttgacgccg 22198105  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttt 194  Q
    ||||||||| ||   ||||||||||||||| | | || ||||| | ||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  22198106 cttttagggctgcgcgtcctaccataaaaggcccgacacctaatcgcacaagtggcgaaaccccaatcaaatctacacatgcatgttttt 22198195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22239815 - 22239626
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |      
T  22239815 tctgatgctaggaaaccgaaagtgacaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgttggaacacactttctcatgtttggtcactttgcttgacgccg 22239716  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttt 194  Q
    ||||||||| ||   ||||||||||||||| | | || ||||| | ||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  22239715 cttttagggctgcgcgtcctaccataaaaggcccgacacctaatcgcacaagtggcgaaaccccaatcaaatctacacatgcatgttttt 22239626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 221
Target Start/End: Original strand, 24527626 - 24527826
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgt 122  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||  ||||||||| || ||||    
T  24527626 gaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctcatgttttcccactttacttgacactgcttttagggctgcctgt 24527725  T
Q  123 cctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc-aacccatccgtacaccataaca 220  Q
    |||||  ||||||   | || ||||| ||||||| || ||| |||| ||||||||| |||||  |||||||| | || | |||||||||||||||| |||    
T  24527726 cctacggtaaaaggtccgacacctaatcccacaaatgatgagaccctagtcaagtctacacaaacatgttttccacctatcccatccgtacaccatgaca 24527825  T
Q  221 t 221  Q
    |    
T  24527826 t 24527826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 11 - 198
Target Start/End: Original strand, 2904390 - 2904578
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    |||||| ||||| ||  ||||| || || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||  |||||||    
T  2904390 tgctaggaagccaaacatgtcacaaacaaatgatataaaatcatgttgattgtcggaacatgctttctcatgtttgactattttgcttgacgtaactttt 2904489  T
Q  111 agggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaacc-cacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc 198  Q
    |||  ||||| ||||||| |||| ||| || | ||||||| ||||||||||||||||||  | || ||||||||| ||| |||| ||||    
T  2904490 aggactgtctatcctaccgtaaatgcctcatcccctaacctcacaagtggtgaaaccccgatgaaatccacacatacatattttcctcc 2904578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 6 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 30216145 - 30216034
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||| |||||||||| ||     
T  30216145 tctgatgctaggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgtcaaaacacgctttctcatatttgaccattttgcttgacgcag 30216046  T
Q  106 cttttagggatg 117  Q
    |||||| |||||    
T  30216045 cttttaaggatg 30216034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 6 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 40726567 - 40726476
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgct 97  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||   ||| | ||||||||||||||||||    
T  40726567 tctgatgctatgaagccgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacattttattatgtttggccactttgct 40726476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 24 - 215
Target Start/End: Original strand, 10905156 - 10905335
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||             
T  10905156 aaagtgtcaaaagcaaatggtataaa-gcatgttgagtgtcagaacactttttctcatatttggccactttgcttgacgcagcttttaggg--------- 10905245  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtg-aaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacacca 215  Q
        |||||||| |  ||||| ||| || |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  10905246 ----cataaaagtcctaactcttaatccaacaagtggtgaaaacctcagtcaagttcacacatgcatgttttcctcctatccatccgtacacca 10905335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 51 - 223
Target Start/End: Original strand, 38839393 - 38839564
Alignment:
Q  51 gcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-c 149  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| | | |||  || || |||||||||| | ||||||| || || |||||| | | || || || |    
T  38839393 gcatgttgattgacataacatgctttctcatgtttgacgattttattttacgcaacttttagagttgtctgttcttccgtaaaagacacgaccccaaatc 38839492  T
Q  150 ccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatct 223  Q
    |||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  38839493 ccacaa-tgatgaaatctcagtcaagtccacacatgcatg-ttttctcttacacatccgtacaccataacatct 38839564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 205
Target Start/End: Original strand, 47679147 - 47679345
Alignment:
Q  8 tgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaact 107  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||  || || ||||||||| || |||||||| ||||||  ||||||||| ||| | ||||||||| ||| |||||    
T  47679147 tgatgctaggaaaccgaaaatgtcaaacgcaaatagtataaaagtatattgattgtgagaacacactttctcatattttgtcactttgct-gacgcaact 47679245  T
Q  108 tttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaaccc--acaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccat 205  Q
    ||||| |||    |||||    |||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||| |||| ||||||    
T  47679246 tttagagatactcgtccttttgtaaaagccgctacccctaacccccacaagtggtgaaaccctagtcaagtctagacatgtatgttttcctcctacccat 47679345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 33202493 - 33202368
Alignment:
Q  65 agaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaa 163  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||| | | ||| ||||||  |||| | ||| ||||||  |||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||    
T  33202493 agaacacgcgttctcatgtttggccacttagttggacgcaacttccagggctttctatcctactgtaaaagccccaacccctaatcccacaagcggtgaa 33202394  T
Q  164 accccagtcaagtccacacatgcatgt 190  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||    
T  33202393 accc-agtcaagtccacacatgcatgt 33202368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 9281218 - 9281098
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| ||||  ||| |||||||  || || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || | |||||||||  ||     
T  9281218 tctggtgctaggaagcaaaaaatgtcaaatccaaatagtataaaagcatgttgattgttagaacacgctttctcatgttt-gctagtttgcttgatgcag 9281120  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctac 127  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  9281119 cttttagggttgtctgtcctac 9281098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 9292189 - 9292069
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| ||||  ||| |||||||  || || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || | |||||||||  ||     
T  9292189 tctggtgctaggaagcaaaaaatgtcaaatccaaatagtataaaagcatgttgattgttagaacacgctttctcatgttt-gctagtttgcttgatgcag 9292091  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctac 127  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  9292090 cttttagggttgtctgtcctac 9292069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 25186999 - 25186902
Alignment:
Q  30 tcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctac 127  Q
    |||||| || |||||| |||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  25186999 tcaaaagcaaatggtagaaaaacatgttgattatcggaacacgctttctcatgttagaccactttacttgacacaacttttagggttttatgtcctac 25186902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Original strand, 48539196 - 48539261
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcag 66  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  48539196 cagcctctggtgctagaaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcag 48539261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 42295256 - 42295176
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgac 101  Q
    |||||||| | |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  42295256 ccgaaagtataaaaaacaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaagaagctttcttatgtttggccattttgcttgac 42295176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 222
Target Start/End: Original strand, 38596635 - 38596692
Alignment:
Q  165 ccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  38596635 ccccagtcaagtccatacatgcatatttttcttctacacatccgtacaccataacatc 38596692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 40 - 94
Target Start/End: Original strand, 43383223 - 43383277
Alignment:
Q  40 atggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccacttt 94  Q
    |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43383223 atggcataaaagcatgttgattgctggaacatgctttctcatggttggccacttt 43383277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 102
Target Start/End: Original strand, 34772818 - 34772897
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgaca 102  Q
    |||||| |||||| || ||||||||||| ||| || |||||| |||||  ||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  34772818 gaaagtttcaaaagcaaatggtataaaaacatattaattgtccgaacacactttctcatatttggctactttgattgaca 34772897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 135
Target Start/End: Original strand, 1249653 - 1249735
Alignment:
Q  53 atgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaag 135  Q
    |||| |||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||  ||||| ||  |||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  1249653 atgtggattatcaaaacacgctttctcatgtttgaccactttatttgacgcaggttttagggctgtctatcctaccgtaaaag 1249735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 9266246 - 9266173
Alignment:
Q  119 ctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttt 192  Q
    |||||||||  ||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  9266246 ctgtcctacagtaaaagccctaacccctaatcccacaagtggtgaaacccg-gtcaaatccacacatgcatgttt 9266173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 47251868 - 47251789
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttg 86  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||||||| || ||  ||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  47251868 tctgatgctaggaagtcgaaaatgtcaaaaacaaatt-tataaaagcatgaggattgtgagaacatgttttctcatatttg 47251789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 33220795 - 33220577
Alignment:
Q  9 gatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactt 108  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||  || |||    
T  33220795 gatgctaggaagccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcaacacacgctttctcatgtttggccactttgcttgatgcagctt 33220696  T
Q  109 ttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatcc 207  Q
    |||| | ||||||||||||| |||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  33220695 ttagagctgtctgtcctaccgtaaaagccccgacccctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaaattcacacatgcatgttttcctccaactcatcc 33220596  T
Q  208 gtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  33220595 gtacatcataacatctgca 33220577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 34304516 - 34304733
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||| ||     
T  34304516 tctgatgctaggaagcccaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggttattttgcttgacgcag 34304615  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct-aacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| |  |||||| ||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34304616 cttttagggctagctgtccaaccgtaaaagccccgactcctaaacccacaagtggtgaaaccccaatcaagtccacacatgcatgttttcctccagccca 34304715  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  34304716 tccgtacaccataacatc 34304733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 44 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 357766 - 357583
Alignment:
Q  44 tataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaact 143  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| || |||||||||| |||||||  | ||     
T  357766 tataaaagcatgttcattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgaagcttttagggctgcctgtcctaccgtaaaagcaccgacc 357667  T
Q  144 cctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  357666 cctaaacccacaagtggtgaaactccagtcaagtccacacatgcatgttttgctccaacccatccatacaccataacatctgca 357583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 6 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 17249392 - 17249198
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  17249392 tctgatgctaggaagccaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacactttctcatgtttggccactttgtttgacgcaa 17249293  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcc-taacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcca 199  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||||  | |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  17249292 cttttagggttgtttgtcctaccgtaaaagcgcccactccgaaacccacaaatggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatattttcctcca 17249198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 959600 - 959817
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || |||||| |||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  959600 tctggtgctaggaaaccgaaaatgtcaaaaacaaatggtataaagacatgttgattgtcagaacacgttttctcatggttagccactttgcttgacacaa 959699  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||| | | || ||||| |||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  959700 cttttagggttgtttgtcctaccgtaaaaggcccgacacctaatcccataagtggtgaaacttcaatcaagtccacacatgcatgttttcctcctaccca 959799  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||||||  |||||||    
T  959800 tccgtacactgtaacatc 959817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 4206683 - 4206466
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  4206683 tctggtgctaggaacccgaaagtgtcaaaagcaaatgatataaaagcatgttcattgtcagaacacgctttctcatgtttagccactttgcttgacgcca 4206584  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    |||||| || ||  ||||||||| ||||||     |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4206583 cttttaaggctgcatgtcctaccgtaaaaggtctgatgcctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcctccaaccca 4206484  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    |  |||||||||||||||    
T  4206483 tttgtacaccataacatc 4206466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 226
Target Start/End: Original strand, 28543399 - 28543616
Alignment:
Q  10 atgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttt 109  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||| |||||  ||||| ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  28543399 atgctaggaagctgaaagtgtcaaaatcaaatagtataagagcatagtgattttcaaaacacgatttctcatgtttggccactttgcttgacgcgacttt 28543498  T
Q  110 tagggatgtctgtcctaccataaaag-ccgcaactcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccg 208  Q
    || || || ||||| |||| |||||| ||  | |||  | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||| |    
T  28543499 taaggctgcctgtcttaccgtaaaagtcctgacctctaatcccacaagtggtgaaacctcagtcaaatccacacatgcatgttttcctcctatccatctg 28543598  T
Q  209 tacaccataacatctgca 226  Q
    |||| |||||||||||||    
T  28543599 tacatcataacatctgca 28543616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 40 - 226
Target Start/End: Original strand, 12401385 - 12401572
Alignment:
Q  40 atggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgc 139  Q
    |||||||| |||||||||||||  || |||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||||||      
T  12401385 atggtatataagcatgttgattagcaaaacacgctatcttatgtttggccactttgtttgacgcaacttttagtgctgcttgtcctaccataaaagccct 12401484  T
Q  140 aactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
     |  | ||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  12401485 gaaccataatcccataagtggtgaaaccccaatcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccatccgtacaccataacatttgca 12401572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 25 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 29338147 - 29337949
Alignment:
Q  25 aagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcc 124  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |  ||| |||||    
T  29338147 aagtgtcaaaagcaaatggtataagagcatgttgattgttagaacacgttttctcatgtttggcagctttgcttgacacatcttttatgattgtttgtcc 29338048  T
Q  125 taccataaaagccgcaactcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctg 224  Q
    |||| |||||||| | ||  ||||    | |||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||    
T  29338047 taccgtaaaagccccgaccactaa---tcgagtggtaaaacctcgatcaagtccacacatgcatgttttcctcctacccatctgcacaccataacatctg 29337951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 24 - 216
Target Start/End: Original strand, 34415474 - 34415667
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||| || ||| || ||||| || ||    
T  34415474 aaagtgtcaaaaacaaatggcataaaagcatgttgattgtcagaacacactttctcatgtttcgccattttgcttgacgcagcttgtaaggatgcctatc 34415573  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccat 216  Q
    ||||| |||||| |   || ||||| || ||  |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  34415574 ctaccgtaaaagtcctgacccctaatccaacgtgtggtgaaaccccaatcaagttcacaaatgtatgttttcctcctacccatccatacaccat 34415667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 34554364 - 34554171
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||  | ||||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||| |||    
T  34554364 tctggtgctaggaagccgaatgtgtcaaaagtaaatggtataaaaacatcttgattatcagaacacgctttctcatgtttggtcgttttgcttgacgcaa 34554265  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc 198  Q
    ||||||| | |||||| |||||  ||||||||   |  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||| ||||    
T  34554264 cttttagtgttgtctgacctactttaaaagccctgatccctaatcccacaattggtgaaaccccaatcaaatccacatatgcttgttttcctcc 34554171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 28009065 - 28008852
Alignment:
Q  18 aagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgtt---gattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttaggg 114  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||| ||   |||||| |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||    
T  28009065 aagccaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaccatattcttgattgttagaacaagctttctcatgtttgaccgctttgcttgacgtagcttttaggg 28008966  T
Q  115 atgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtaca- 212  Q
     ||  ||||||||| |||||||| | || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||   ||||||||||||||  || |||| |||||     
T  28008965 ttgcatgtcctaccgtaaaagccccgacccctaatcccacgagtggtgaaactccagtcaagttcacctgtgcatgtttttctcttactcatctgtacac 28008866  T
Q  213 ccataacatctgca 226  Q
    ||||||||| ||||    
T  28008865 ccataacatttgca 28008852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 45749 - 45535
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||  || ||||||| | || ||    
T  45749 ccgaaagtgtcaaaaacaaatggaataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctcatgtttgatcactttgcttgatgcagcttttagagctgcct 45650  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccc--------cagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtac 211  Q
    |||||||  ||||||   | || ||||| ||||||||||||||||| |        | |||||||| ||||| ||||||||| |  | ||||||||||||    
T  45649 gtcctacggtaaaaggtccgacacctaatcccacaagtggtgaaacacctgtcaagctgtcaagtctacacaagcatgttttccatctacccatccgtac 45550  T
Q  212 accataacatctgca 226  Q
    ||||| |||||||||    
T  45549 accatcacatctgca 45535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 40 - 198
Target Start/End: Original strand, 24016391 - 24016549
Alignment:
Q  40 atggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgc 139  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | | ||| |||||  ||||||||| || |||||||| | ||| ||||||| |    
T  24016391 atggtataaaaacatgttgattgtgagaacaagctttctcatgtttgactattttacttgatgcaacttttacggttgtctgtcttccca-aaaagcccc 24016489  T
Q  140 aactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc 198  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  24016490 gactcctaatcccacaagtggggaaactccggtcaaattcacacatgcatgttttcctcc 24016549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 6 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 4166009 - 4165919
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgc 96  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  4166009 tctggtgctaggaacccgaaagtgtcaaaagcaaatgatataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttagccactttgc 4165919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 73 - 222
Target Start/End: Original strand, 32115776 - 32115926
Alignment:
Q  73 ctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagt 171  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||  ||||||| | |||||  | | || ||||| |||| ||||| ||||||||| ||    
T  32115776 ctttctcatgtttggccactttgtttgacgcaacttttaaggctgcatgtcctaacgtaaaatgcccgacacctaatcccataagtgatgaaaccccggt 32115875  T
Q  172 caagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||    
T  32115876 caagtctacacatgcatgttttcctcctactcatctgtacaccataacatc 32115926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 31 - 137
Target Start/End: Original strand, 34168913 - 34169019
Alignment:
Q  31 caaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccat 130  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||  ||||||||  |    
T  34168913 caaaagcaaatggtataaaagcatgttgcttgtccaaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcaaattttagggttgcatgtcctacggt 34169012  T
Q  131 aaaagcc 137  Q
    |||||||    
T  34169013 aaaagcc 34169019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 111
Target Start/End: Original strand, 3714955 - 3715042
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttta 111  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||| |||||| | ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||    
T  3714955 aaagtgtcaaaaacagatgatataaaaacatgttaattgtgagaacacgttttctcatgtttaaccattttgtttgacacaactttta 3715042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 149 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 20693543 - 20693467
Alignment:
Q  149 cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||| |||||||||||||   |||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  20693543 cccacgagtggtgaaaccctgatcaagttcacata-gcatgttttcctcctacccatctgtacaccataatatctgca 20693467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 11 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 26225661 - 26225600
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatg 72  Q
    |||||||||||| ||| |||||||   |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26225661 tgctagaaagccaaaaatgtcaaacataactggtaaaaaagcatgttgattgtcagaacatg 26225600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 94
Target Start/End: Original strand, 6225100 - 6225180
Alignment:
Q  14 tagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccacttt 94  Q
    ||||||| | |||||||||||  || |||  ||| ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||| |||||||    
T  6225100 tagaaaggcaaaagtgtcaaacacaaatgacatataagcatgttgattgtcacaacaaaatttctcatgtttgaccacttt 6225180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 114
Target Start/End: Original strand, 28625967 - 28626059
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagca-tgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttaggg 114  Q
    |||||||| |||| || |||||||||||  | ||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| || |||||| || |||| ||||    
T  28625967 gaaagtgtaaaaaacaaatggtataaaaaaaatgttgattgtcagaacacgttttctcgtgtttagccaccttacttgacgcagctttaaggg 28626059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 28)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 28225020 - 28225237
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||     
T  28225020 tctgaagctaggaagccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaatacgctttctcatatttggtcactttgcttgacgcag 28225119  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||  | ||| ||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28225120 cttttaaagttgtttgtcctaccgtaaaagccctaactcctaagcccacaagtagtgaaaccccattcaagtccacacatgcatgttttcctccaaccca 28225219  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  28225220 tccgtacaccataacatc 28225237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 4413153 - 4412936
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4413153 tctggtgctaggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacacag 4413054  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    ||||||||| || |||||||||  ||||||     || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||    
T  4413053 cttttagggttgcctgtcctacggtaaaaggtctgacacttaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacaagcatgttttccacctaccca 4412954  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  4412953 tccgtacaccataacatc 4412936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 41868000 - 41867778
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||| |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41868000 cagcctctggtgctaggaacccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttgaccactttgcttga 41867901  T
Q  101 cacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcca 199  Q
    | || |||||| || || ||||||||| |||||||   | || ||||| ||||||||| |||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| | ||     
T  41867900 cgcagcttttaaggctgcctgtcctacgataaaaggtccgacacctaatcccacaagtcgtgaaatctcagtcaagtctacacaagcatgttttccacct 41867801  T
Q  200 acccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  41867800 acccatctgtacaccataacatc 41867778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 222
Target Start/End: Original strand, 27502384 - 27502598
Alignment:
Q  8 tgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaact 107  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||    || |||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  27502384 tgatgctaggaagtcgaaagtgtcaaaaagcaattgtataaaagcatgttgtttgtcggaacacgttttctcatgtttgaccactttgcttgacgcagct 27502483  T
Q  108 tttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatc 206  Q
    ||||||| | | ||||||| | |||||||    || ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27502484 tttagggttat-tgtcctatcgtaaaagctctgacccctaaacccacaagtggtgaaaccccattcaggtccacacatgcatgttttcctccaacccatc 27502582  T
Q  207 cgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||||||||    
T  27502583 cgtacaccataacatc 27502598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 19161855 - 19161653
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||| |    
T  19161855 ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttttcatgtttgcccacttttcttgacgcagattttagggatgtat 19161756  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataac 219  Q
    ||||||||||||||| |   ||  |||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||    
T  19161755 gtcctaccataaaaggcctgacatctaatctcacaagtggtgaaaccctattcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccatccttacatcataac 19161656  T
Q  220 atc 222  Q
    |||    
T  19161655 atc 19161653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 23485006 - 23484804
Alignment:
Q  25 aagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcc 124  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  | ||||||||| |   |||||    
T  23485006 aagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatatttggccactttgtttgacgtagcttttagggctagttgtcc 23484907  T
Q  125 taccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatct 223  Q
     ||| | |||| | | || | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  23484906 caccgttaaaggcccgacacttaatcccacaagtggtgaaaccccaatcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccatccgtacatcataacatat 23484807  T
Q  224 gca 226  Q
    |||    
T  23484806 gca 23484804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 44686436 - 44686655
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattg----tcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgac 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |  |   |||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44686436 tctgatgctaggaagccgaaagtgtcaaaagcgaacaatataaaagcatgttgattgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccacattgcttgac 44686535  T
Q  102 acaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaa 200  Q
     || ||||||||  ||||||||||| | |||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  44686536 -cagcttttaggactgtctgtcctatcgtaaaagccccgacccctaaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttcgtccaa 44686634  T
Q  201 cccatccgtacaccataacatc 222  Q
      |||  |||||||||||||||    
T  44686635 -acatttgtacaccataacatc 44686655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Original strand, 17344675 - 17344875
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgt 122  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||| ||||||||||| || |||||| || |||| |||  || || |    
T  17344675 gaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtgaaaacacgttttctcgtgtttggccaccttacttgacgcagctttaaggactggcttt 17344774  T
Q  123 cctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    |||||  ||||||     || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  17344775 cctacggtaaaaggtctgacacctaatcccacaagttgtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccatccgtacaccataacat 17344874  T
Q  222 c 222  Q
    |    
T  17344875 c 17344875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 18745036 - 18744826
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    |||||||||  ||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||| |  ||||     
T  18745036 tgctagaaaatcgaaaatgtcaaaagcaaatggtataaaagtatgttgattgtcagaacacgctttctcgtgtttggccacctaacttgacgctgcttta 18744937  T
Q  111 agggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgt 209  Q
    |||| |  ||||  |||  |||| | |   || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  18744936 agggcttcctgtgttacggtaaatggcctgacacctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccatccgt 18744837  T
Q  210 acaccataaca 220  Q
    |||||||||||    
T  18744836 acaccataaca 18744826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9685497 - 9685289
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    |||||||||  | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |   ||||    
T  9685497 tgctagaaaatcaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttttcatgtttggccactttgcttgacgcggatttt 9685398  T
Q  111 agggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgt 209  Q
    |||| || || ||||||  ||||||     || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| | || ||||||  |     
T  9685397 agggctgcctatcctacggtaaaaggtctgacacctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacaatcatgttttccacctacccatatgc 9685298  T
Q  210 acaccataa 218  Q
    |||||||||    
T  9685297 acaccataa 9685289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 24 - 226
Target Start/End: Original strand, 5532457 - 5532660
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    ||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||  ||||    
T  5532457 aaagtgtcaaaagtaaatagtataaaagcatgttgattgtcacaacacgttttctcatgtttgaccactttgcttgacgcagcttttagggctgcatgtc 5532556  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||| ||||| || | || ||||| || |  ||||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||| ||||||||    
T  5532557 ctaccgtaaaatccccgacccctaatcctatgagtggtgaaactccggttaagttcacacatgcatgtttttctcctaccagtccatacactataacatc 5532656  T
Q  223 tgca 226  Q
    ||||    
T  5532657 tgca 5532660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Original strand, 2888548 - 2888753
Alignment:
Q  18 aagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatg 117  Q
    ||||| ||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||    
T  2888548 aagccaaaagtgtcataaacgaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgttttctcatgtttgtccactttgctagacgcaacttttagggttg 2888647  T
Q  118 tctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccat 216  Q
    | ||  |||||||  || |||  || ||||| || | |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||  |||  ||||||  ||| |||||    
T  2888648 tttgcactaccat--aatccg--acccctaatcctataagtggcgaaattccagttaagtccacacatgcatgtttacctcttacccatatgtataccat 2888743  T
Q  217 aacatctgca 226  Q
    ||||||||||    
T  2888744 aacatctgca 2888753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 45 - 222
Target Start/End: Original strand, 3825785 - 3825964
Alignment:
Q  45 ataaaagcatgttgattgtcag-aacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaact 143  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |  |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | |||||| |||| |||||| |   ||     
T  3825785 ataaaaacatgtagattgtcaggaaaaaactttttcatgtttgaccactttgcttgacgcagcttttagggctctctgtcataccgtaaaagtcctgacc 3825884  T
Q  144 cctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||| |||||||    
T  3825885 cctaatcccacaaggggtgaaacctcaatcaagtccacacatgcatgtttttctcctactcatttgtacaccttaacatc 3825964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 8 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 20142810 - 20142614
Alignment:
Q  8 tgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaact 107  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  20142810 tgatgctagaaaaccaaaagtgtcaaaagaaaatggtataaaagcatgttgattg---------------tcatgtttggccactttgcttgacgaagct 20142726  T
Q  108 tttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatc 206  Q
    ||||| | || |||||||||  ||||||   | || ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| | || |||||||    
T  20142725 tttagagctgcctgtcctacggtaaaaggtacgacacctaatcccacaagtggtgaagccccaatcaagtctacacaagcatgttttccacctacccatc 20142626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 152 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10579719 - 10579650
Alignment:
Q  152 acaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||    
T  10579719 acaagtggtgaaaccccagtcaagtccacaaatgcatgttttcctcctacccactcgtacaccataacat 10579650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 34814891 - 34814826
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttg 86  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34814891 ccgaaagtgtcgaaagcaaatggtataaaagcatattgattgtcagaacacgctttctcatgtttg 34814826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 16351890 - 16351811
Alignment:
Q  44 tataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16351890 tataaaattatgttgattgtgagaacacattttctcatgtttgaccactttgcttgacacaacttttaggattgtctgtc 16351811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 1296101 - 1296008
Alignment:
Q  42 ggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaag 135  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||| | ||||| |||||  |||||||    
T  1296101 ggtataaaaacatgtttattgtcagaacatattttctcatgtttggccattttgtttgacgcagcttttagcgttgtctctcctattataaaag 1296008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 13147179 - 13147089
Alignment:
Q  14 tagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagc---atgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgac 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||     ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  13147179 tagaaaaccaaaagtgtcaaaatcaaatggtataaaaagtatatgctgattgtcagaacacgctttctcatgtttgaccacttttcttgac 13147089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 155 - 226
Target Start/End: Original strand, 9675014 - 9675085
Alignment:
Q  155 agtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||| || ||| |||||| |||||||||||||    
T  9675014 agtggtgaaaccccaatcaagttcatacatgcatgttttcctcctactcattcgtacatcataacatctgca 9675085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 114
Target Start/End: Original strand, 5679316 - 5679406
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttaggg 114  Q
    |||||||||||   | ||||||| |||| ||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  5679316 aaagtgtcaaacataaatggtatgaaaggatgttgattatcttaacatgttttctcatgtttggccactttgcttgaaacagctttgaggg 5679406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 7760882 - 7760740
Alignment:
Q  57 tgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaa 155  Q
    ||||||| ||| || | ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||  ||||| |||||||||| |     || ||| |||||||    
T  7760882 tgattgttagatcacgttttctcatgattggccactttacttgacgcgactttgagggttgcttgtcccaccataaaagtcttggttcataatcccacaa 7760783  T
Q  156 gtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc 198  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  7760782 gtggtgaaaccctagtcaagttcacacatgtatgttttcctcc 7760740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 13147077 - 13147003
Alignment:
Q  149 cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatct 223  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  13147077 cccataagtggtgaaaccacagtcaagttcacacatccgtgttttcttcctacccatgcgtacaccataacatct 13147003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 3968459 - 3968402
Alignment:
Q  43 gtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  3968459 gtataaaagcatattgattgtcaaaacatgttttctcatatttgaccactttgcttga 3968402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 33612622 - 33612555
Alignment:
Q  18 aagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgttt 85  Q
    ||||| |||||||||||  || || |||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  33612622 aagccaaaagtgtcaaatacaaattgtataaaatcatgttgattgtcaaaacacgttttctcatgttt 33612555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 2886707 - 2886638
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 70  Q
    |||| ||||||||| | || |||||| | |||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  2886707 cagcctctgatgcttggaaaccgaaaatatcaaaaacaaatgatataaaaacatgttgattgtcagaaca 2886638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 32029161 - 32029109
Alignment:
Q  18 aagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 70  Q
    |||| ||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  32029161 aagctgaaagtgtcaaaaacaaatgatatgaaagcatgttgattgtctgaaca 32029109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 90
Target Start/End: Original strand, 44720379 - 44720427
Alignment:
Q  42 ggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggcca 90  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||    
T  44720379 ggtataaaaacatgttgattgtcataacacgttttttcatgtttggcca 44720427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 30)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Original strand, 7900878 - 7901094
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| | |||||||||| ||     
T  7900878 tctgatgctaggaagccgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaaaacgctttctcatgttcggctattttgcttgacgcag 7900977  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
     |||||||||| || |||||||| |||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||    
T  7900978 tttttagggatatccgtcctaccgtaaaagacccaacccctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttcctcctacaca 7901077  T
Q  205 tccgtacaccataacat 221  Q
    ||  |||||||||||||    
T  7901078 tctatacaccataacat 7901094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 8 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 39583314 - 39583099
Alignment:
Q  8 tgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaact 107  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  39583314 tgatgctaggaaaccgaaagtgtcgaaaacaaatgatataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcagct 39583215  T
Q  108 tttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatc 206  Q
    ||||||| || || |||||||||||| | | | || | ||| |||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  39583214 tttagggctgcctatcctaccataaatggcccgacccttaatcccacaagtggtaaaacctaagtcaagtccacgcatgcatgttttcctcctacccatc 39583115  T
Q  207 cgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||| ||||||||    
T  39583114 cgtacactataacatc 39583099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 53785729 - 53785946
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| |      
T  53785729 tctggtgctaggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcgtgtttggccaccttacttgacgcgg 53785828  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccca 204  Q
    |||| |||| || || ||||||  |||||| | | || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  53785829 ctttaagggctgcctatcctacggtaaaaggcccgacacctaatcccactagtggtgaaaccccagtcaagtctacacatgcatgttttcctcctaccca 53785928  T
Q  205 tccgtacaccataacatc 222  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  53785929 tccgtacaccaaaacatc 53785946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 46940839 - 46940635
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||    
T  46940839 aaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcggaacatgttttctaatgtttggccactttgcttgacgcatcttttagagttgtctgtc 46940740  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttttt-ctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
    ||||||||||| || | || ||||| ||||| |||  ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||    
T  46940739 ctaccataaaatcctcgacccctaatcccacgagtaatgaaacctcagtcaagttcacacatacatgtttttgctcctatctatccatacaccataacat 46940640  T
Q  222 ctgca 226  Q
    |||||    
T  46940639 ctgca 46940635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 218
Target Start/End: Original strand, 44198802 - 44199000
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||    
T  44198802 ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattctcagaacacgctttctcatgtttggccactttgcttgacgcaacttttagagctgcct 44198901  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataa 218  Q
    | |||||  ||||||   | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| | || || ||||| ||||||||||    
T  44198902 gacctacggtaaaaggtccgacacctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacactaacatgttttccacctactcatccatacaccataa 44199000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 52741599 - 52741377
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| || || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||| ||     
T  52741599 tctggtgctaggaaaccaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggtcaatttgtttgactcag 52741500  T
Q  106 c-ttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccc 203  Q
    | |||||||| || ||||||||| |||||||   | ||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||    
T  52741499 ctttttagggctgcctgtcctacaataaaaggtcctacatctaatcccacaagtggtgaaacctcagtcaagtctacacaagcatgttttccacctaccc 52741400  T
Q  204 atccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||||| |||| ||||||||||    
T  52741399 atccgtataccacaacatctgca 52741377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 6 - 127
Target Start/End: Original strand, 26772778 - 26772899
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26772778 tctgatgctaggaagccaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctgatgtttggccactttgcttgacacaa 26772877  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctac 127  Q
    ||||||||||||  ||||||||    
T  26772878 cttttagggatgcatgtcctac 26772899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 11 - 226
Target Start/End: Original strand, 49017988 - 49018204
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    |||||| || |||||||||| ||||  | ||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||| || ||  ||||||     
T  49017988 tgctaggaaaccgaaagtgtaaaaaaaaaatggtataaaaacatgttgattgttagaacacactttctcatgtttggtcactttgttttacgtaactttc 49018087  T
Q  111 agggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaac-ccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgt 209  Q
    |||| ||  ||||||||| |||||| | | || |||||  |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||| ||||||    
T  49018088 agggttgcttgtcctaccgtaaaaggctcgacacctaattccacaagtggtgaaactccagtcaagtttacacatgcatgttttcctcgtaccaatccgt 49018187  T
Q  210 acaccataacatctgca 226  Q
    |||||||||||||||||    
T  49018188 acaccataacatctgca 49018204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 11 - 222
Target Start/End: Original strand, 5338668 - 5338884
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcag---aacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaact 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||    |||   |||||||||||||||| | |||| ||||| |||||    
T  5338668 tgctaggaagccgaaagtgtcaaaagcaaattgtataaaagcatgttgactgtcaacgcaacgcactttctcatgtttggcaattttgtttgacgcaact 5338767  T
Q  108 tttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcc-taa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccat 205  Q
     |||||| | ||||||||||| |||||||   || ||| ||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  5338768 cttagggctttctgtcctaccgtaaaagctctaaatccctaatcccacaagtggtgtaacccaaatcaagtccacagatgcatgtttttcttctacccat 5338867  T
Q  206 ccgtacaccataacatc 222  Q
     | |||||| |||||||    
T  5338868 tcatacaccgtaacatc 5338884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 44 - 223
Target Start/End: Original strand, 37992390 - 37992570
Alignment:
Q  44 tataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaact 143  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||| | | ||||||||| |||||  | | ||     
T  37992390 tataaaatcatgttgattgtcagaacatgcttcctcatgtttggtcactttgtttgacacaacttgcagggctatatgtcctaccgtaaaaatctcgacc 37992489  T
Q  144 cctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatct 223  Q
     |||| | ||  |||| |||||||||  |||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  37992490 tctaatctcatgagtgatgaaaccccgatcaagtccacacacacatgttttcctcctacccatccgtacatcataacatct 37992570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 40 - 217
Target Start/End: Original strand, 13582563 - 13582741
Alignment:
Q  40 atggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgc 139  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||| |||||||  ||||||| ||||| || ||||||||| ||  ||||||||  |||||| |      
T  13582563 atggtataaaaacacgttgattgtcagaacacactttcttatgtttgatcactttgattgacgcagcttttagggctgcttgtcctacggtaaaaggcct 13582662  T
Q  140 aactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccata 217  Q
     || ||||| |||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  13582663 gacacctaatcccacaagtgttgaaacctcggtcaagtctacacatgcatgttttcctcctacccatccatacaccata 13582741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37133071 - 37132874
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||  | ||||||||| |||||    
T  37133071 ccgaaagtgtaaaaaacaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttaaccactttgcttgacgtagcttttagggctgtct 37132972  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataa 218  Q
    || || | |||||||     || | ||| |||||| ||||| ||||| || ||| ||| |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||    
T  37132971 gttctccgataaaaggtctgacacttaatcccacaggtggtaaaacctcaatcatgtctacacatgcatgttttt-ttctacacatccgtacaccataa 37132874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 6 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 38670967 - 38670887
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttg 86  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38670967 tctgatgctagaaagccaaaagtgtcaaaaacaaattgtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttg 38670887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 152 - 226
Target Start/End: Original strand, 29861964 - 29862038
Alignment:
Q  152 acaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatctgca 226  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29861964 acaagtgtttaaaccccagtcaagttcacacatgcatgttttcctcctacccatccgtacaccataacatctgca 29862038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 5 - 134
Target Start/End: Original strand, 4473080 - 4473209
Alignment:
Q  5 ttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacaca 104  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||| || || |||||||| ||| ||||| || |||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||| ||    
T  4473080 ttctggtgctaggaagccgaaagtgtcaaaaacaaatagtataaaaacatattgatggttagaacacgctttttcatgttttgacactttgcttgacgca 4473179  T
Q  105 acttttagggatgtctgtcctaccataaaa 134  Q
    | ||||| || | ||||||||||| |||||    
T  4473180 atttttaaggctctctgtcctaccgtaaaa 4473209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 6 - 86
Target Start/End: Original strand, 51234636 - 51234716
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttg 86  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  51234636 tctgatgctagaaagtcgaaagtgtcaaaaataaatggtataaaagcatgttggttgtcataacatgctttttcatgtttg 51234716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 7502099 - 7501877
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaag-catgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacaca 104  Q
    |||| |||||| || || ||| ||||||||  | |||||||||||  ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  7502099 tctggtgctaggaaaccaaaaatgtcaaaagaaaatggtataaaaaacatgttgattgttcgaacacgctttctcatgtttgaccactttacttgacaaa 7502000  T
Q  105 a-cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactccta-acccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacc 202  Q
    | |||||| ||  |  ||||||| | ||| |||| | || |||| |||||| |||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||| || | |||    
T  7501999 aacttttacggtagcttgtcctatcgtaacagcc-cgacccctagacccacgagtggtgaaaccctggttaagtctacacatgcatgttttccttctacc 7501901  T
Q  203 catccgtacaccataacatctgca 226  Q
     ||||||| |||||||||||||||    
T  7501900 aatccgtataccataacatctgca 7501877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 92
Target Start/End: Original strand, 32546832 - 32546901
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccact 92  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  32546832 gaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagtatgttgattgtccgaacacgctttctcatgtttggccact 32546901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 3443382 - 3443270
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgt 122  Q
    ||||||||||| |  | |||||||||||||||||||||||| |||| |  |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  | |||||    
T  3443382 gaaagtgtcaacagaaaatggtataaaagcatgttgattgttagaatacactttttcatgtttggccattttgcttgacgcaacttttaggactctctgt 3443283  T
Q  123 cctaccataaaag 135  Q
    |||| | ||||||    
T  3443282 cctatcgtaaaag 3443270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 54508471 - 54508255
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatg-ctttctcatgtttggccactttgcttgacaca 104  Q
    |||| |||||||||  | ||| |||||||| || ||| ||||||| |||||| |||||||||||| |  |||||||||||| |||| |||| ||||| ||    
T  54508471 tctggtgctagaaaatcaaaaatgtcaaaagcaaatgatataaaaacatgttaattgtcagaacaagtttttctcatgtttagccattttgtttgacgca 54508372  T
Q  105 acttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaaccc 203  Q
    || |||| || ||  |||| ||   |||||  |   || ||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| | ||||    
T  54508371 ac-tttatggctgcttgtcttattgtaaaaatcctgacacctaatccaacaagtggtgaaaccccaatcaagtacacacatgcatg-ttttcttctaccc 54508274  T
Q  204 atccgtacaccataacatc 222  Q
    |||||||||||||||||||    
T  54508273 atccgtacaccataacatc 54508255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 52411970 - 52411903
Alignment:
Q  14 tagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcat 81  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  52411970 tagaaagctgaaagtgtcaaaagcaaatggaataaaagcatgttgattgtcagaacacgctctctcat 52411903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 26856833 - 26856755
Alignment:
Q  22 cgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||| ||| ||| |||||    
T  26856833 cgaaagcgtcaaaagcagatggtataaaagcatgttgattgtcacaacacgctttatcatatttgaccattttacttga 26856755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 198
Target Start/End: Original strand, 38146076 - 38146269
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaa 105  Q
    |||| |||||| ||| | |||||||||||   | ||||||||||| |||||||||||||| |||| | | ||||  ||||| |||||||| ||||  |      
T  38146076 tctggtgctaggaagtcaaaagtgtcaaatgtaaatggtataaaaacatgttgattgtcaaaacacgttgtctcgcgtttgaccactttgattgatgccg 38146175  T
Q  106 cttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc 198  Q
    ||||||||| ||  ||||||||| | |||||  | || ||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  38146176 cttttagggctgcatgtcctaccctcaaagctccgacccctaatcccacaagtcgtgaaaccccatgcaagtcctcacatgcatattttcctcc 38146269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 38978881 - 38978757
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaactttt 110  Q
    |||||| || || |||||||||||| || || |||||||| ||| |||||||||| || | | |||| ||||| |  ||| |||||||||||||||||||    
T  38978881 tgctaggaaaccaaaagtgtcaaaaacaaatagtataaaaacatattgattgtcaaaatacgttttcacatgtctaaccaatttgcttgacacaactttt 38978782  T
Q  111 agggatgtctgtcctaccataaaag 135  Q
    |||| ||| | ||||||| ||||||    
T  38978781 agggttgtatttcctaccgtaaaag 38978757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 192
Target Start/End: Original strand, 35236287 - 35236413
Alignment:
Q  67 aacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaac 165  Q
    |||||| ||||| | |||||| || ||| |||||| |||||||||| | |  || |||||||||||||| | | |  ||||| |||||| ||||||||||    
T  35236287 aacatgttttcttaagtttggtcattttacttgacgcaacttttagagctacctatcctaccataaaaggctcgatccctaatcccacaggtggtgaaac 35236386  T
Q  166 cccagtcaagtccacacatgcatgttt 192  Q
    | || ||||||||||||||||||||||    
T  35236387 ctcaatcaagtccacacatgcatgttt 35236413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 35484738 - 35484586
Alignment:
Q  47 aaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcct 146  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||| |  |||||  | ||| ||||||||| |||||| | |||  | |    
T  35484738 aaaaacatgttgattgttggaacatattttctcatgtttgaccactttacttgacatagtttttaaagttgtttgtcctaccgtaaaagtctcaatcctt 35484639  T
Q  147 aa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctcc 198  Q
    ||   ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||    
T  35484638 aatttcacaagttgtgaaaccccagtcaagtctacacacgtatatttttctcc 35484586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 221
Target Start/End: Original strand, 43123202 - 43123380
Alignment:
Q  43 gtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaac 142  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||||  | ||||| | || ||  ||||| ||| ||||   |  | |    
T  43123202 gtataacaacatgttgattgtcagaacatcctttatcatgtttagacactttgcttgatgcgactttgatggttgcatgtcccaccgtaaagctctaatc 43123301  T
Q  143 tcctaacccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacat 221  Q
      | | |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| | |  |||| ||||||||||||||||    
T  43123302 ctcaatcccacaagaggtgaaaccccaattaagtccacacatgtttgtttttgttctgcccacccgtacaccataacat 43123380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 114
Target Start/End: Original strand, 26393586 - 26393626
Alignment:
Q  74 tttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttaggg 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26393586 tttcttatgtttggccactttgcttgacacaactttgaggg 26393626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 45676828 - 45676779
Alignment:
Q  52 catgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgac 101  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  45676828 catgttgattgtcagaacacgttttcttatgcttggtcactttgcttgac 45676779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 45676872 - 45676825
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatg 72  Q
    |||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  45676872 aaagtgtcaaacgcagatggtatagaa-catgttgattgtcagaacatg 45676825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0490 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0490
Description:

Target: scaffold0490; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Original strand, 6349 - 6541
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||| |||| |||||| || | ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6349 cagcctctggtgctaggaaactgaaagtgtcaaaagcaaatggtatagaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttggccactttacttga 6448  T
Q  101 cacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttt 193  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||  ||||||   | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  6449 cgcaacttttagggctgtctgtcctacggtaaaaggtccgac-cctaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctacacaagcatgtttt 6541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1768 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold1768
Description:

Target: scaffold1768; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 264 - 54
Alignment:
Q  13 ctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttag 112  Q
    ||||||| || |||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||| |||   || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  264 ctagaaaaccaaaagtgtcaaacacaaatggtataaaagcatgttgatggtcataacccactgtctcatgtttggccactttgcttgacgcagtttttag 165  T
Q  113 ggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtac 211  Q
    || || |||||||||  |||||| | | || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  164 ggctgcctgtcctacagtaaaaggcccgacacttaatcccacaagtggtgaaaccccagtcaagtctatacatgcatgttttcctcctacccatccgtac 65  T
Q  212 accataacatc 222  Q
    | |||||||||    
T  64 atcataacatc 54  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0148 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0148
Description:

Target: scaffold0148; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Original strand, 33285 - 33488
Alignment:
Q  21 ccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtct 120  Q
    |||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | || |||| || || ||    
T  33285 ccgaaaatgtcaaaagtaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttctcatgtttagccactttgcttgatgccac-tttaaggttgcct 33383  T
Q  121 gtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgc--atgtttttctccaacccatccgtacaccata 217  Q
    |||||||| |||||| | | || ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||   |||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  33384 gtcctaccgtaaaaggcccgacacctaatcccataagtggtgaaaccccaatcaagtttgcacatgcatatgttttcctcctacccatccgtacaccata 33483  T
Q  218 acatc 222  Q
    |||||    
T  33484 acatc 33488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0110
Description:

Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 22 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 47610 - 47405
Alignment:
Q  22 cgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctg 121  Q
    ||||||||| |||| || |||||||||||  ||||| | ||||||||||   ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||  | | ||    
T  47610 cgaaagtgttaaaagcaaatggtataaaaatatgttaactgtcagaacacattttctcatgtttggccattttacttgacgcaacttttaggtttatttg 47511  T
Q  122 tcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataaca 220  Q
    ||||||| |||||| | |||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||  || |||  |||||||||||||    
T  47510 tcctaccgtaaaagtctcaatccctaatcccacaagtggtgaaaccccaatcaagtccacacttgcatttttttctcatactcatttgtacaccataaca 47411  T
Q  221 tctgca 226  Q
    | ||||    
T  47410 tttgca 47405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0224 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0224
Description:

Target: scaffold0224; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 24 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 18433 - 18231
Alignment:
Q  24 aaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtc 123  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||| ||| ||||    
T  18433 aaagtgtcaaaagcagatgacataaaaacatgttgattgtgagaacacg-tttctcatgtttggccgctttgtttgatgcaacttttagggttgtttgtc 18335  T
Q  124 ctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatc 222  Q
    ||| |||||||||  | || | ||| ||||| ||| |||||| | || ||||| |||||||   ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  18334 ctatcataaaagctccgacccgtaatcccacgagtagtgaaatctcaatcaagcccacacaaatatgttttcctcctacccatctgtacaccttaacatc 18235  T
Q  223 tgca 226  Q
    ||||    
T  18234 tgca 18231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 58; Significance: 1e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 6 - 167
Target Start/End: Original strand, 10380 - 10546
Alignment:
Q  6 tctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttga----ttgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgac 101  Q
    |||| |||||| |||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    ||||||||||| || || ||||||||||||| ||| ||||||    
T  10380 tctggtgctaggaagccacaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgattgtcagaacacgcattatcatgtttggccattttacttgac 10479  T
Q  102 acaacttttagggatgtctgtcctaccataaaagccgcaactcctaa-cccacaagtggtgaaaccc 167  Q
     |||||||||||| ||  ||||| ||  |||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  10480 gcaacttttagggctgcttgtccaactgtaaaagccccaacccctaatcccacgagtggtgaaaccc 10546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 223
Target Start/End: Original strand, 19916 - 19959
Alignment:
Q  180 cacatgcatgtttttctccaacccatccgtacaccataacatct 223  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  19916 cacatgcatgttttcctcctacctatccgtacaccataacatct 19959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 55; Significance: 9e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 127
Target Start/End: Original strand, 103121 - 103246
Alignment:
Q  1 cagcttctgatgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttga 100  Q
    |||| |||| |||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||  || |||||    
T  103121 cagcctctggtgctaggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcag-acacgctttctcgtgtttggccatcttacttga 103219  T
Q  101 cacaacttttagggatgtctgtcctac 127  Q
    | || |||| |||| || |||||||||    
T  103220 cgcagctttgagggctgcctgtcctac 103246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0119 (Bit Score: 53; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0119
Description:

Target: scaffold0119; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 43 - 135
Target Start/End: Original strand, 16191 - 16283
Alignment:
Q  43 gtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttagggatgtctgtcctaccataaaag 135  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  16191 gtataaaaacatgtttattgtcagaacatgttttctcatgtttggccattttgtttgacgcagcttttagcgttgtctgtcctactataaaag 16283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0031 (Bit Score: 49; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0031
Description:

Target: scaffold0031; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 114
Target Start/End: Original strand, 49447 - 49539
Alignment:
Q  22 cgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttggccactttgcttgacacaacttttaggg 114  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||  |||| |||||||| ||||  ||||||||||||    
T  49447 cgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcacgttgattgtcagaacacgatttctcacatttgaccactttgtttgatgcaacttttaggg 49539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0031; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 197
Target Start/End: Original strand, 49579 - 49626
Alignment:
Q  149 cccacaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgtttttctc 197  Q
    ||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  49579 cccacaagtagtgaaactcaa-tcaagtccacacatgcatgtttttctc 49626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0470 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0470
Description:

Target: scaffold0470; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 85
Target Start/End: Original strand, 7639 - 7701
Alignment:
Q  23 gaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgttt 85  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  7639 gaaagtgtcaaaagcaaatggtttaaaatcatgttgattgtgagaacacgctttctcatgttt 7701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0493 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0493
Description:

Target: scaffold0493; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 8598 - 8525
Alignment:
Q  11 tgctagaaagccgaaagtgtcaaaatcagatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtt 84  Q
    |||||| || || ||||||| |||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8598 tgctaggaaaccaaaagtgttaaacgcaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacatgttttctcatgtt 8525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0493; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8456 - 8416
Alignment:
Q  152 acaagtggtgaaaccccagtcaagtccacacatgcatgttt 192  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  8456 acaagtggggaaaccccagtccagtccaaacatgcatgttt 8416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 86
Target Start/End: Original strand, 37391 - 37430
Alignment:
Q  47 aaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcatgtttg 86  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37391 aaaaacatgttgattgtcagaatatgctttctcatgtttg 37430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University