View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14752_high_9 (Length: 391)

Name: NF14752_high_9
Description: NF14752
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14752_high_9
NF14752_high_9
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (18-378)||(31317083-31317441)
chr2 (81-382)||(31372764-31373065)
chr2 (82-379)||(31357419-31357716)
chr2 (81-382)||(31252470-31252771)
chr2 (33-369)||(31290012-31290347)
chr2 (112-376)||(31383239-31383506)
chr2 (34-379)||(31303854-31304203)
chr2 (113-382)||(31279926-31280198)
chr2 (152-370)||(31421928-31422146)
chr2 (155-257)||(31243557-31243659)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (152-375)||(12389379-12389599)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (42-263)||(38834467-38834689)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (149-252)||(21000694-21000797)
chr8 (149-252)||(21010570-21010673)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 378
Target Start/End: Original strand, 31317083 - 31317441
Alignment:
Q  18 agttcctgcagatatatatgcttgcaggtgaagagtctgcttgattgttttacaagacatttaaaatattagatcataacatagagatcatagcataaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31317083 agttcctgcagatatatatgcttgcaggtgaagagtctgcttgattgttttacaagacatttaaaatattagatcataacatagagatcatagcataaga 31317182  T
Q  118 ttagggatgtacaacgcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagatattgtgtcccttttcca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||    
T  31317183 ttagggatgtacaacgcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggggata--gtgtcctttttcca 31317280  T
Q  218 gcccaatgtaagcggatctccaaggtattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatgactttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31317281 gcccaatgtaagcggatctccaaggtattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatgactttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatat 31317380  T
Q  318 taaagtccttctgcacttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaatgcttcatga 378  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31317381 taaagtccttctgcacttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaatgcttcatga 31317441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 81 - 382
Target Start/End: Original strand, 31372764 - 31373065
Alignment:
Q  81 aaatattagatcataacatagagatcatagcataagattagggatgtacaacgcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccata 180  Q
    |||| ||||| ||| |||| |||||||||   ||| |||||| ||||| || ||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31372764 aaatgttagaacattacatggagatcatattgtaaaattaggaatgtataaagcaaaacccaccagattctactgatatagccgatataagaggaccata 31372863  T
Q  181 tactgatctatttgggagatattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctccaaggtattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatg 280  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||    
T  31372864 tactgatctccttgggagatactgtgtcccttttcccgcccaatacaagcggatctccaaggtattactagtaacagcgacatctttgaacggttttatg 31372963  T
Q  281 actttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatattaaagtccttctgcacttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaatgcttcatgatg 380  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31372964 actttcttaccaacccctcctgcttcttctgcaatattgaagtccttttgtactagctttccctgcaacatttcaatcacaaccttaatgcttcatgatg 31373063  T
Q  381 at 382  Q
    ||    
T  31373064 at 31373065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 82 - 379
Target Start/End: Original strand, 31357419 - 31357716
Alignment:
Q  82 aatattagatcataacatagagatcatagcataagattagggatgtacaacgcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccatat 181  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||| | | | |||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31357419 aatattagatcataacatggagatcatagcataaggttagaaatgtgccaagtataacccaccagattcaattgatatagctgatataagaggaccatat 31357518  T
Q  182 actgatctatttgggagatattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctccaaggtattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatga 281  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  31357519 actgatctatttgggagtgactgtgtcccttttccagcccaatacaagcggatctccaaggtattactagtaacaacaacatctttgaactgtttcatca 31357618  T
Q  282 ctttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatattaaagtccttctgcacttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaatgcttcatgat 379  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| || || || | |||| || |||||| ||| |||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  31357619 cttttttaccaactcctcctgcttcttctgcaatattgaactcttttttcactggctttccctacaaaatttcaatcataaccttaaagtttcatgat 31357716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 81 - 382
Target Start/End: Original strand, 31252470 - 31252771
Alignment:
Q  81 aaatattagatcataacatagagatcatagcataagattagggatgtacaacgcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccata 180  Q
    |||| ||||| ||| |||| |||||||||  ||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31252470 aaatgttagaacattacatggagatcatattataagattaagaatgtacaaagcataacccaccagattccactgatatagcggatataagaggaccata 31252569  T
Q  181 tactgatctatttgggagatattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctccaaggtattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatg 280  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  | || | |    
T  31252570 tactgatctatttgggagagactgtgtcccttttccagcccaatacaggcggatctccaaggtattactagtaacaatgacatctttgaatagctttacg 31252669  T
Q  281 actttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatattaaagtccttctgcacttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaatgcttcatgatg 380  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||| |||||||| |||||  |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31252670 actttcttaccaactcctcctgcttcatttgcaatattgaagtccttttgcaccagatttccctgcaacatttcaatcacaaccttaatgcttcatgatg 31252769  T
Q  381 at 382  Q
    ||    
T  31252770 at 31252771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 33 - 369
Target Start/End: Original strand, 31290012 - 31290347
Alignment:
Q  33 atatgcttgcaggtgaagagtctgcttgattgttttacaagacatttaaaatattagatcataacatagagatcatagcataagattagggatgtacaac 132  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||| || |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||| ||||     | ||     
T  31290012 atatgcttccaggtggagagtctgctcgattgttatacaacacattttaa-tattagataataacatggagatcaaagcacaagactaggagcaaataaa 31290110  T
Q  133 gcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagatattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcgg 232  Q
     ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  || |||    
T  31290111 acataacccaccagattccaccgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagagactgtgtcccttttccagcccaatacaaacgg 31290210  T
Q  233 atctccaaggtattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatgactttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatattaaagtccttctgca 332  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| || ||||| ||||    
T  31290211 atctccaaagtattactactaacaacgatatctttgaactgttttatcactttcttaccaactcctcccgcttcttttgcaatattgaaatccttttgca 31290310  T
Q  333 cttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaat 369  Q
    |  |  ||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  31290311 ccggatttccctgcaacatttcaataacaaccttaat 31290347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 112 - 376
Target Start/End: Original strand, 31383239 - 31383506
Alignment:
Q  112 ataagattagggatgtacaacgcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagatattgtgtccct 211  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||    
T  31383239 ataagattagacatgtacaaagcataacccaccagattttactgatatagctgatataagaggaccatatactgaactatttgggatatactgcgtccct 31383338  T
Q  212 tttccagcccaatgtaagcggatctccaagg---tattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatgactttcttaccaactcctccagctgctt 308  Q
    ||||| |||||||  |||| ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  31383339 tttcccgcccaatacaagcagatctccaatgtattattactagtaacaacaacatctttgaatggttttataactttcttaccaactcctcctgcttctt 31383438  T
Q  309 ctgcaatattaaagtccttctgcacttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaatgcttcat 376  Q
    |||||||||| |||||||| ||||   || |||||||||| |||||||| | ||||||| | ||||||    
T  31383439 ctgcaatattgaagtccttttgcatccgctttccctgcaagatttcaataacaaccttacttcttcat 31383506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 34 - 379
Target Start/End: Original strand, 31303854 - 31304203
Alignment:
Q  34 tatgcttgcaggtgaagagtctgcttgattgttttacaagacatttaaaatattagatcataacatagagatcata------gcataagattagggatgt 127  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||||| || ||||| |  |||||||||||||||||||  || ||||| |||      ||||||||||||| | ||    
T  31303854 tatgcttccagatggagagtctgcttgattattatacaaaag-tttaaaatattagatcatactatggagattatatatatagcataagattaggaacgt 31303952  T
Q  128 acaacgcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagatattgtgtcccttttccagcccaatgta 227  Q
    |||| | |||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||  |    
T  31303953 acaaagtataacccaccagattcgacagatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttggaagagactttgtcccttttccagcccaataca 31304052  T
Q  228 agcggatctccaaggtattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatgactttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatattaaagtcctt 327  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  31304053 aacggatctccaaggtattactagtaacaacgatatcattgaactgttttatgattttcttaccaacccctcctgcttcttctgcaatattgaagtcttt 31304152  T
Q  328 ctgcacttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaatgcttcatgat 379  Q
     |  ||| |  |||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||    
T  31304153 tttaactggatttccctgcaaca-ttcaatcacagccttaatgattcatgat 31304203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 113 - 382
Target Start/End: Original strand, 31279926 - 31280198
Alignment:
Q  113 taagattagggatgtacaacgcataacccaccggattttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagatattgtgtccctt 212  Q
    |||||||||| | || ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31279926 taagattaggaacgtgcaaagcataacccaccagattctactgatatagctgatataagcggaccatgtactgatctatttgggagatactgtgtccctt 31280025  T
Q  213 ttccagcccaatgtaagcggatctccaagg---tattactagtaacaacaacatctttgaactgtttaatgactttcttaccaactcctccagctgcttc 309  Q
    | || |||||||  |||||| ||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  31280026 tccccgcccaatacaagcggttctccaatgtattattactagtaacaagaacatctttgaacagttttatgactttcttaccaacccctcctgcttcttc 31280125  T
Q  310 tgcaatattaaagtccttctgcacttgcattccctgcaacatttcaatcagaaccttaatgcttcatgatgat 382  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||     |||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||||||    
T  31280126 tgcaatattgaagtgcttttgcaccaaatttccctgcaacatttcaatcactgcctgaatgctttatgatgat 31280198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 152 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 31422146 - 31421928
Alignment:
Q  152 actgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagatattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctccaaggtattactag 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||     
T  31422146 actgatatagctgatataagaggaccatatattgatttatttgggagagactgtgtcccttttccagcccaatacaaacggatctccaaagtattactac 31422047  T
Q  252 taacaacaacatctttgaactgtttaatgactttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatattaaagtccttctgcacttgcattccctgcaacat 351  Q
    ||||||  | ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||| || ||||| |||||  || |||||||||| ||    
T  31422046 taacaatgatatctttgaactgttttatcactttcttaccgactcctcccgcttcttttgcaatattgaaatccttttgcaccggctttccctgcaaaat 31421947  T
Q  352 ttcaatcagaaccttaatg 370  Q
    |||||||| ||| ||||||    
T  31421946 ttcaatcacaacgttaatg 31421928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 257
Target Start/End: Original strand, 31243557 - 31243659
Alignment:
Q  155 gatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagatattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctccaaggtattactagtaa 254  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |  ||||| |     ||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| |    
T  31243557 gatatagccgatataagaggaccatataccgatccaaatgggatagcagttgtccctttcccagcccaatgaaggcgaatctccaacgtattactagtca 31243656  T
Q  255 caa 257  Q
    |||    
T  31243657 caa 31243659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 152 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 12389599 - 12389379
Alignment:
Q  152 actgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagata-ttgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctccaaggtattacta 250  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||| ||||    
T  12389599 actgatatggctaatataagaggaccatatactgatttatttggtagagacttttgtcccttttccaccccaatacaagcagatctccaaggtatcacta 12389500  T
Q  251 gtaacaacaacatctttgaactgtttaatgactttcttaccaactcctccagctgcttctgcaatattaaagtccttctgcacttgcattccctgcaaca 350  Q
    |||||| ||||||   |||||| | | | | ||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||| |||||||| |||| | |  ||||||||| ||    
T  12389499 gtaacatcaacat---tgaactttcttacggctttcttaccaactcctcctgcttcttttgca-tattgaagtccttttgcattggatttccctgcatca 12389404  T
Q  351 tttcaatcagaaccttaatgcttca 375  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||    
T  12389403 tttcaatcacaacattaatgtttca 12389379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 42 - 263
Target Start/End: Original strand, 38834467 - 38834689
Alignment:
Q  42 caggtgaagagtctgcttgattgttttacaagacatttaaaatattagatcataacatagagatcatagcataagattagggatgtacaacgcataaccc 141  Q
    |||||| ||| |||| |||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||| |   |||| | ||||| |    
T  38834467 caggtggagaatctgtttgattatcatacaagacattttaaatattagatcataacaaggagat--tagcataagattaggaacaaacaaagtataactc 38834564  T
Q  142 accggatttt---actgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggagatattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctcc 238  Q
    |   |||  |   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |  |||| |||||||    
T  38834565 agtagatgattccactgatatggctgatataagaggaccatatactgatttatttggtagagactgtgtcccttttccagcccagtacaagcagatctcc 38834664  T
Q  239 aaggtattactagtaacaacaacat 263  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||    
T  38834665 aaggtattgctagtaacatcaacat 38834689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 149 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 21000797 - 21000694
Alignment:
Q  149 tttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggaga-tattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctccaaggtatta 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | || | ||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||| | ||||    
T  21000797 tttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatccaaatgggatagtagt-tgttcctttcccagcccaatataagcgaatctccaatgcatta 21000699  T
Q  248 ctagt 252  Q
    |||||    
T  21000698 ctagt 21000694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 149 - 252
Target Start/End: Original strand, 21010570 - 21010673
Alignment:
Q  149 tttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatctatttgggaga-tattgtgtcccttttccagcccaatgtaagcggatctccaaggtatta 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | || | ||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||| | ||||    
T  21010570 tttactgatatagctgatataagaggaccatatactgatccaaatgggatagtagt-tgttcctttcccagcccaatataagcgaatctccaatgcatta 21010668  T
Q  248 ctagt 252  Q
    |||||    
T  21010669 ctagt 21010673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University