View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14754_low_1 (Length: 775)

Name: NF14754_low_1
Description: NF14754
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14754_low_1
NF14754_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-760)||(37058455-37059214)
chr8 (1-760)||(37065933-37066690)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (475-533)||(41908570-41908628)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 744; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 37059214 - 37058455
Alignment:
Q  1 acctgtgaacttattgaaacaaaaattgaaaactagtagttttggaagtaaatgaccaacatcataaggaatctcaccccagaaggaatttgcagctaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37059214 acctgtgaacttattgaaacaaaaattgaaaactagtagttttggaagtaaatgaccaacatcataaggaatctcaccccagaaggaatttgcagctaag 37059115  T
Q  101 gccaagttaacaagggaagacaaattatatataacaggtggaacagttccagtaagattattaagagtgagatcaagctcaattaaattatgtaacctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37059114 gccaagttaacaagggaagacaaattatatataacaggtggaacagttccagtaagattattaagagtgagatcaagctcaattaaattatgtaacctac 37059015  T
Q  201 ctaagtcactaggaatccagccactaagagagtttgtgccaaaactaatattttttagagtagaaatatttcctagagattgtggaattgtaccatagaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37059014 ctaagtcactaggaatccagccactaagagagtttgtgccaaaactaatattttttagagtagaaatatttcctagagattgtggaattgtaccatagaa 37058915  T
Q  301 actattctttccaagttttaagacctgcagcattttcaagctgctgatgtgttcaggaattctgcttacaatcttgtttgatgacaaatcaagaatttga 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37058914 gctattctttccaagttttaagacctgcagcattttcaagctgctgatgtgttcaggaattctgcttacaatcttgtttgatgacaaatcaagaatttga 37058815  T
Q  401 agctcatctaaattggtaagatttgaaggaaacatcattccttcaaatctgttggaactcatatttagaactctcaaattatatagattggtaatttgct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37058814 agctcatctaaattggtaagatttgaaggaaacatgattccttcaaatctgttggaactcatatttagaactctcaaattatagagattggtaatttgct 37058715  T
Q  501 caggaatgaatcctgtgaactggttatcctgcaattgaagggactgaagagaggacatgttacctatataagggcttaagttacctgagagtccgaagcc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37058714 caggaatgaatcctgtgaactggttatcctgcaattgaagggactgaagagaggacatgttacctatataagggcttaagttacctgagagtccgaagcc 37058615  T
Q  601 tgaaaggtccaagctagtcactctttggttatgcttgtcacataggacaccagtccaattgcaaggagatgaattatggatccaagaggataatggggga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37058614 tgaaaggtccaagctagtcactctttggttatgcttgtcacataggacaccagtccaattgcaaggagatgaattatggatccaagaggataatggggga 37058515  T
Q  701 ggagaagtgttattattgcttaactgagattttaatgagattaaggcttctttgtctgtg 760  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37058514 ggagaagtgttattattgcttaactgagattttaataagattaaggcttctttgtctgtg 37058455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 37066690 - 37065933
Alignment:
Q  1 acctgtgaacttattgaaacaaaaattgaaaactagtagttttggaagtaaatgaccaacatcataaggaatctcaccccagaaggaatttgcagctaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||||     
T  37066690 acctgtgaacttattgaaacaaaaattgaacactaatagctttggaagtttatgaccaacatcataaggaatctcacccgaaaaggagtttgaagctaaa 37066591  T
Q  101 gccaagttaacaagggaagacaaattatatataacaggtggaacagttccagtaagattattaagagtgagatcaagctcaattaaattatgtaacctac 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37066590 ggcaagttaacaagggaagacaaattgtaaataactggtggaacagttccagtaagattgttaagaatgagatcaagctcaattaaattatgtaacctac 37066491  T
Q  201 ctaagtcactaggaatccagccactaagagagtttgtgccaaaactaatattttttagagtagaaatatttcctagagattgtggaattgtaccatagaa 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37066490 ctaagtcattaggaatccagccactaagag--ttggtgccaaaactaatattttttagagtagaaatatttcctagagattgtggaattgtaccatagaa 37066393  T
Q  301 actattctttccaagttttaagacctgcagcattttcaagctgctgatgtgttcaggaattctgcttacaatcttgtttgatgacaaatcaagaatttga 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37066392 gctattctttccaagttttaagacctgcagcattttcaagctgctgatgtgttcaggaattctgcttacaatcttgtttgatgacaaatcaagaatttga 37066293  T
Q  401 agctcatctaaattggtaagatttgaaggaaacatcattccttcaaatctgttggaactcatatttagaactctcaaattatatagattggtaatttgct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37066292 agctcatctaaattggtaagatttgaaggaaacatgattccttcaaatctgttggaactcatatttagaactctcaaattatagagattggtaatttgct 37066193  T
Q  501 caggaatgaatcctgtgaactggttatcctgcaattgaagggactgaagagaggacatgttacctatataagggcttaagttacctgagagtccgaagcc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37066192 caggaatgaatcctgtgaactggttatcctgcaattgaagggactgaagagaggacatgttacctatataagggcttaagttacctgagagtccgaagcc 37066093  T
Q  601 tgaaaggtccaagctagtcactctttggttatgcttgtcacataggacaccagtccaattgcaaggagatgaattatggatccaagaggataatggggga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37066092 tgaaaggtccaagctagtcactctttggttatgcttgtcacataggacaccagtccaattgcaaggagatgaattatggatccaagaggataatggggga 37065993  T
Q  701 ggagaagtgttattattgcttaactgagattttaatgagattaaggcttctttgtctgtg 760  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37065992 ggagaagtgttattattgcttaactgagattttaataagattaaggcttctttgtctgtg 37065933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 475 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 41908628 - 41908570
Alignment:
Q  475 caaattatatagattggtaatttgctcaggaatgaatcctgtgaactggttatcctgca 533  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  41908628 caaattatataaattggtaatttggttaggaatgaatcctgtgagtttgttatcctgca 41908570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University