View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14755_low_2 (Length: 431)

Name: NF14755_low_2
Description: NF14755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14755_low_2
NF14755_low_2
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-420)||(4711285-4711704)
chr7 (1-420)||(4845213-4845644)
chr7 (1-401)||(4637320-4637729)
chr7 (1-420)||(4696379-4696822)
chr7 (1-398)||(4653959-4654368)
chr7 (11-420)||(4864395-4864819)
chr7 (1-419)||(4673166-4673596)
chr7 (1-401)||(4815481-4815896)
chr7 (1-401)||(4783052-4783467)
chr7 (59-420)||(4644216-4644586)
chr7 (146-340)||(4663310-4663504)
chr7 (59-121)||(4631451-4631513)
chr7 (138-256)||(4667550-4667668)
chr7 (356-420)||(4663526-4663590)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (205-256)||(18925110-18925161)
chr4 (44-98)||(18925280-18925334)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 4711704 - 4711285
Alignment:
Q  1 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711704 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 4711605  T
Q  101 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataataagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaattgcattgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4711604 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataataagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcattgg 4711505  T
Q  201 aaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgctagagattgagtatgtgaaatttgagagaga 300  Q
    | || |||| |||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  4711504 agggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagtgatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagaga 4711405  T
Q  301 ggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttcaatgaatgtaaagaga 400  Q
    |  ||| || ||||||| |||||| | | |||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4711404 gatacgcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtttgtggtttttggttcaatgaaggtaaagaga 4711305  T
Q  401 tctgcgttatcagtattatc 420  Q
    | || ||||||| |||||||    
T  4711304 tttgagttatcaatattatc 4711285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 4845644 - 4845213
Alignment:
Q  1 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 100  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||  | |  ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||    
T  4845644 cacaacttcgattccgttaacgaaagcataaaaaggattcaattcgtttatgttgttcggaaagaaagttatgtttagcttcccatttggtttgatctga 4845545  T
Q  101 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagaga 188  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  ||| | ||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4845544 atgcaatattctttggtaattttttccacctcgtcatgaagccaaagtgaagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttacttcgacagaga 4845445  T
Q  189 aaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgctagagattgagtatgtgaa 288  Q
    |||  |||||||| || |||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  | |||||| | ||||||||||||    
T  4845444 aaagagcattggagggatcaaagttctggtatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaataaaaacaggggaactaggaatgctagaaaatgagtatgtgaa 4845345  T
Q  289 atttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttcaatg 388  Q
    |||||||| ||||  | | || |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||  |||| |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  4845344 atttgagaaagagatatgcgcggttgtgaatggaatttggatattggaaagggaattaggagatgatttaaaagatggatttgtggtttttggttcaatg 4845245  T
Q  389 aatgtaaagagatctgcgttatcagtattatc 420  Q
    || |||||||||| || ||||||| |||||||    
T  4845244 aaggtaaagagatttgagttatcaatattatc 4845213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 401
Target Start/End: Original strand, 4637320 - 4637729
Alignment:
Q  1 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 100  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||     
T  4637320 cacaacttcgatcccgttaataaaagcataacaaggatttgattggtttatgctgttaggaatgaaagttatgtttaacttttcatttggtttgatttgt 4637419  T
Q  101 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataata------------agggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagaga 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||            |||| ||||||||||||||||||||||   || ||| |||||||||||||    
T  4637420 atgcaatattctttggtgattttttcgtcatcaaaatagagccaaagcaaagggttgaagtttttaagaagggtaag---gtcgttcactttgacagaga 4637516  T
Q  189 aaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgctagagattgagtatgtgaa 288  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  4637517 aaattgcactggaaggttcaaagttttgataagatgtagggtaaaaatgaagacgaagaaaaacagtggaattagtgatgctagaaaatgagtatgtgaa 4637616  T
Q  289 atttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttcaatg 388  Q
    ||||||||||||  |||||||   |||| |||||| |||| ||||||| |||||| ||| |  |   |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  4637617 atttgagagagaaacacgtgcgtgtgtgtatggaacttggatatttgagagggaattagcttgtacattaaaagatgggtttgtggtttttggttcaatg 4637716  T
Q  389 aatgtaaagagat 401  Q
    || ||||||||||    
T  4637717 aaagtaaagagat 4637729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 4696822 - 4696379
Alignment:
Q  1 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  4696822 cacaacttctattccgttaatgaaagcataataaggatttgactggtttatgttgctgggaatgaaagttatgtttaacttctcatttggtttggtttga 4696723  T
Q  101 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataata------------agggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagaga 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||            |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  4696722 atgcaatattctttggtgattttttcgtcatcatgatagaaccaaagagaagggttgaagtttttaagaagggtaacgttgttgtttactttaacagaga 4696623  T
Q  189 aaattgcattggaa------------ggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgctagagat 276  Q
    ||| |||||| |||            ||||||| |||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |     
T  4696622 aaagtgcatttgaaagggaattagaaggttcaaagtttcggtacgaagtcgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaagtagtgatgctaggaaa 4696523  T
Q  277 tgagtatgtgaaatttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtt 376  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||   |||||| | |  ||||||||| |||| |||||    
T  4696522 agagtatgtgaaatttgagagagagacacgtgcggttgtgaatggaatttggatatttgagagggtgttaggtggtattgtaagagatgtgtttgtggtt 4696423  T
Q  377 tttggttcaatgaatgtaaagagatctgcgttatcagtattatc 420  Q
    ||||||||| |||| | |||||| | || ||||||| |||||||    
T  4696422 tttggttcattgaaggaaaagagttttgtgttatcattattatc 4696379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 4653959 - 4654368
Alignment:
Q  1 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 100  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| || |||     
T  4653959 cacaacttcaattccattaatgaaagcataataaggatttgaatggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagcttcttattcggttggacttgg 4654058  T
Q  101 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagaga 188  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||   |||| ||            ||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  4654059 atgcaatattctttggtgattgtttccccatcatcatgaatccaaagtgaaggattgaagtttttaagaagtgtaagtttgttgtttacttcaacagaga 4654158  T
Q  189 aaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgctagagattgagtatgtgaa 288  Q
    ||| |||||| || |||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||| | |||| | ||||||||||||    
T  4654159 aaagtgcatttgagggttcaaatttttgatacgaagtagggtaaaaatgaaggcggttaaaaacaggggaagtagtgatgttagaaaatgagtatgtgaa 4654258  T
Q  289 atttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttcaatg 388  Q
    || ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||| |||  |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4654259 atatgagagagagatacgtgcggttgtgaatggaatttgagtatttgagagggaactacgtggtgttgtaagagatgggttcgtggtttttggttcaatg 4654358  T
Q  389 aatgtaaaga 398  Q
    || |||||||    
T  4654359 aaagtaaaga 4654368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 420
Target Start/End: Original strand, 4864395 - 4864819
Alignment:
Q  11 attccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttg---gaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaat 107  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4864395 attccattaatgaaggcataataaggatttgattgatttatattattggccggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgatttgatttgaatgcaat 4864494  T
Q  108 attctttggtgattttttcc---ttctcat-aat--------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaattgc 195  Q
    ||||||||||||||||||||   |  |||| |||        ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  || || |||| |||    
T  4864495 attctttggtgattttttccccatcttcatgaatccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaattttgttgtttacttcaactgaaaaaaatgc 4864594  T
Q  196 attggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgctagagattgagtatgtgaaatttgag 295  Q
     || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||| | |||| | ||| ||||||||| |||||    
T  4864595 tttcgaaggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgag 4864694  T
Q  296 agagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttcaatgaatgtaa 395  Q
    ||||||  ||| || |||||| ||||||||| | | ||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  4864695 agagagatacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaa 4864794  T
Q  396 agagatctgcgttatcagtattatc 420  Q
    |||||| |  ||||||| |||||||    
T  4864795 agagatttttgttatcaatattatc 4864819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Original strand, 4673166 - 4673596
Alignment:
Q  1 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||| |  || ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||     
T  4673166 cacaatttcgattccgttaatgaaagcatatttaacatttgatttgttcatgatgcttggaatgaaatttatgtttagcttctcattgggcttgatttgg 4673265  T
Q  101 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagaga 188  Q
    || ||| |||||||||||||| ||||||  | || ||            ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  4673266 atacaaaattctttggtgattgtttcctcataatcatgaatccaaaggaaagggttgaagtttttaagaagggtaatattgttgttaactttgatagaga 4673365  T
Q  189 aaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgctagagattgagtatgtgaa 288  Q
    ||||||||||||| || |||| | ||| | |  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  4673366 aaattgcattggagggatcaaagcttttagataaatttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacagtggaattagtgatgctagaaaatgagtatgtgaa 4673465  T
Q  289 atttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttcaatg 388  Q
    ||||||||||||  |||||||   |||| |||||| |||| ||||||| |||||| |||||  |||  |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  4673466 atttgagagagaaacacgtgcgtgtgtgtatggaacttggatatttgagagggaattaggttgtgttgtaagagatgggtatgtggtttttggttcaatg 4673565  T
Q  389 aatgtaaagagatctgcgttatcagtattat 419  Q
    || |||||||||| || ||||| | ||||||    
T  4673566 aaagtaaagagatttgtgttattaatattat 4673596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 4815896 - 4815481
Alignment:
Q  1 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |  | || ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||     
T  4815896 cacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggactcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagcttctcgtttggtttgatttgg 4815797  T
Q  101 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagaga 188  Q
    ||| |||||||||||  ||| |  | ||  |||| ||            ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||    
T  4815796 atggaatattctttgacgatatgattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaatgttgttgtttacttcaacagaga 4815697  T
Q  189 aaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgct---agagattgagtatgt 285  Q
    ||| |||||  || | |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| | |   ||| | |||||||||    
T  4815696 aaagtgcataagaggtttcaaaattttgatatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaatagtggagttagtgatgatgttagaaaatgagtatgt 4815597  T
Q  286 gaaatttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttca 385  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| ||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  4815596 gaaatttgagagagaggcacgtccggttgtgaatggaatttgggtatttgagagggaattaggttttgttttaagagatgggtttgtattttttggttca 4815497  T
Q  386 atgaatgtaaagagat 401  Q
    ||||| | ||||||||    
T  4815496 atgaaggaaaagagat 4815481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 4783467 - 4783052
Alignment:
Q  1 cacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttga 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |  | || ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||     
T  4783467 cacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggaatcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagcttctcgtttggtttgatttgg 4783368  T
Q  101 atgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagaga 188  Q
    ||| |||||||||||  ||| |  | ||  |||| ||            ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||    
T  4783367 atggaatattctttgacgatatgattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaatgttgttgtttacttcaacagaga 4783268  T
Q  189 aaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaattagtgacgct---agagattgagtatgt 285  Q
    ||| |||||  || | |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| | |   ||| | |||||||||    
T  4783267 aaagtgcataagaggtttcaaaattttgatatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaatagtggagttagtgatgatgttagaaaatgagtatgt 4783168  T
Q  286 gaaatttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaataggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttca 385  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||  ||| ||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  4783167 gaaatttgagagagaggcacgtacggttgtgaatggaatttggatatttgagagggaattaggttttgttttaagagatgggtttgtattttttggttca 4783068  T
Q  386 atgaatgtaaagagat 401  Q
    ||||| | ||||||||    
T  4783067 atgaaggaaaagagat 4783052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 59 - 420
Target Start/End: Original strand, 4644216 - 4644586
Alignment:
Q  59 ggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctga 146  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| |||| || | ||  |||| ||            ||||| |||    
T  4644216 ggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgttttaatttggatgcaatactctttgatgatattattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttga 4644315  T
Q  147 agtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaag 246  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||  |||||||| || |  |||||||||| |||||||||    
T  4644316 agttttgaagaagggtgagattgttgtttactttgacagagaaaagtgcatttgagggttcaaaattttgatacgatgcagggtaaaaataaaggcgaag 4644415  T
Q  247 aaaaacaggggaattagtgacgctagagattgagtatgtgaaatttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagggaaata 346  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| |||| |||||||   |||| |||||| |  |  |||||   ||||  ||    
T  4644416 aaaaacaggggaaacagtgatgctagaaaatgagtatgtaaaatttgagaaagagacacgtgcgtgtgtgtatggaactgtgaaatttg---gggattta 4644512  T
Q  347 ggtgatgtgttaagagatgggtttttggtttttggttcaatgaatgtaaagagatctgcgttatcagtattatc 420  Q
     ||||||| ||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||| |||||||    
T  4644513 agtgatgttttaggagatggattagtggtttttggttcaatgaaagtaaagagttttgtgttatcattattatc 4644586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 146 - 340
Target Start/End: Original strand, 4663310 - 4663504
Alignment:
Q  146 aagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  4663310 aagtttttaagaagggtaagattgtcgtttagtttgacagagaaaagtgcattggagggttcaaagtttttataagatgttgagtaaaaatgaaggcgaa 4663409  T
Q  246 gaaaaacaggggaattagtgacgctagagattgagtatgtgaaatttgagagagaggcacgtgcagttgtgaatggaatttgggtatttgaaagg 340  Q
    ||||||||||| || ||| || | |||  | ||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||| ||| ||||||| || |||||||||||    
T  4663410 gaaaaacagggcaactagggatggtaggaaatgagtatgtgaaatttgagagcgagatacgtgcggttttgagtggaattgggatatttgaaagg 4663504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 59 - 121
Target Start/End: Original strand, 4631451 - 4631513
Alignment:
Q  59 ggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgatt 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  4631451 ggaatgaaagttatgtttagcttctcatttggagcaatttgtatgcaatattctttggtgatt 4631513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 138 - 256
Target Start/End: Original strand, 4667550 - 4667668
Alignment:
Q  138 aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaattgcattggaaggttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatg 237  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||| ||| |   ||||||||| | ||| |  || ||||| | ||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  4667550 aagggctaaagtctttgagaagggtaaggttggttcctactttgactgtgaagagagcgttggaggtttcaaagttttgatacgatgttgggtaaaaatg 4667649  T
Q  238 aaggcgaagaaaaacaggg 256  Q
     ||||||||||||||||||    
T  4667650 gaggcgaagaaaaacaggg 4667668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 356 - 420
Target Start/End: Original strand, 4663526 - 4663590
Alignment:
Q  356 ttaagagatgggtttttggtttttggttcaatgaatgtaaagagatctgcgttatcagtattatc 420  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| | |||||| |||| ||||||| |||||||    
T  4663526 ttaagagatggattttttgtttttggctcaaggaaagaaaagagttctgtgttatcattattatc 4663590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 205 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 18925161 - 18925110
Alignment:
Q  205 ttcaatgttttgataagaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggg 256  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18925161 ttcaaagttttgatacgatgttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaataggg 18925110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 18925334 - 18925280
Alignment:
Q  44 tgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgattt 98  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||| ||||    
T  18925334 tgatttatggtgtttggaatgaaagttatatttaacttctcagttggtttcattt 18925280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University