View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14758_low_9 (Length: 461)

Name: NF14758_low_9
Description: NF14758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14758_low_9
NF14758_low_9
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (224-445)||(37635156-37635377)
chr3 (224-445)||(37638070-37638291)
chr3 (224-445)||(37646358-37646579)
chr3 (224-445)||(37649271-37649492)
chr3 (1-199)||(37635401-37635599)
chr3 (1-199)||(37643690-37643888)
chr3 (4-199)||(37638315-37638510)
chr3 (1-199)||(37646603-37646801)
chr3 (1-199)||(37649516-37649714)
chr3 (242-445)||(37652183-37652386)
chr3 (1-199)||(37652433-37652634)
chr3 (225-359)||(37643531-37643665)
chr3 (355-445)||(37640984-37641074)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (281-445)||(32388493-32388657)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (268-396)||(5884177-5884305)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 224 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37635377 - 37635156
Alignment:
Q  224 gggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgcctcttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggt 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37635377 gggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgccttttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggt 37635278  T
Q  324 accatttcaccacttggaacaccccaacagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcaccagcaacaacaatgttgttgtta 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  37635277 accatttcaccacttggaacaccccagcagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcactagcaataacaatgttgttgtta 37635178  T
Q  424 atgtattcaacaaccttgatga 445  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37635177 atgtattcaacaaccttgatga 37635156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 224 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37638291 - 37638070
Alignment:
Q  224 gggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgcctcttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggt 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638291 gggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgccttttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggt 37638192  T
Q  324 accatttcaccacttggaacaccccaacagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcaccagcaacaacaatgttgttgtta 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  37638191 accatttcaccacttggaacaccccagcagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcactagcaataacaatgttgttgtta 37638092  T
Q  424 atgtattcaacaaccttgatga 445  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37638091 atgtattcaacaaccttgatga 37638070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 224 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37646579 - 37646358
Alignment:
Q  224 gggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgcctcttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggt 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37646579 gggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgccttttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggt 37646480  T
Q  324 accatttcaccacttggaacaccccaacagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcaccagcaacaacaatgttgttgtta 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  37646479 accatttcaccacttggaacaccccagcagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcactagcaataacaatgttgttgtta 37646380  T
Q  424 atgtattcaacaaccttgatga 445  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37646379 atgtattcaacaaccttgatga 37646358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 224 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37649492 - 37649271
Alignment:
Q  224 gggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgcctcttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggt 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37649492 gggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgccttttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggt 37649393  T
Q  324 accatttcaccacttggaacaccccaacagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcaccagcaacaacaatgttgttgtta 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  37649392 accatttcaccacttggaacaccccagcagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcactagcaataacaatgttgttgtta 37649293  T
Q  424 atgtattcaacaaccttgatga 445  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37649292 atgtattcaacaaccttgatga 37649271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 37635599 - 37635401
Alignment:
Q  1 agcgttcaataaggaattcaagatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37635599 agcgttcaataaggaattcacgatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatg 37635500  T
Q  101 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccagtaaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37635499 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccaataaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 37635401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 37643888 - 37643690
Alignment:
Q  1 agcgttcaataaggaattcaagatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37643888 agcgttcaataaggaattcacgatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatg 37643789  T
Q  101 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccagtaaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37643788 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccaataaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 37643690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 4 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 37638510 - 37638315
Alignment:
Q  4 gttcaataaggaattcaagatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatgcgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638510 gttcaataaggaattcacgatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatgcgt 37638411  T
Q  104 tccatagaaaagcaactatcttcttccagtaaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638410 tccatagaaaagcaactatcttcttccaataaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 37638315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 37646801 - 37646603
Alignment:
Q  1 agcgttcaataaggaattcaagatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37646801 agcgttcaataaggaattcacgatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaatgttacaaatg 37646702  T
Q  101 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccagtaaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37646701 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccaataaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 37646603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 37649714 - 37649516
Alignment:
Q  1 agcgttcaataaggaattcaagatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37649714 agcgttcaataaggaattcacgatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaagggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatg 37649615  T
Q  101 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccagtaaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37649614 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccaataaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttcttttatc 37649516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 242 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37652386 - 37652183
Alignment:
Q  242 agcttttatgctatgcctcttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggtaccatttcaccacttgga 341  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37652386 agctttgatgctatgcctcttaggcgtcaccgtttatggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggtaccatttcaccacttgga 37652287  T
Q  342 acaccccaacagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcaccagcaacaacaatgttgttgttaatgtattcaacaaccttg 441  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37652286 acaccccagcagggtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcactagcaacaacaatgtcgttgttaatgtattcaacaaccttg 37652187  T
Q  442 atga 445  Q
    ||||    
T  37652186 atga 37652183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 37652634 - 37652433
Alignment:
Q  1 agcgttcaataaggaattcaagatcagaaaattaagggaaaccaaagatgtttgaatggtggaaaaatgttgaagcaattgtataagaaggttacaaatg 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37652634 agcgttcaacaaggaattcaagatcacaaaatttcgggaaaccaaagatttttgaatgatggaaaaatgttgaagcaatggtataagaaggttacaaatg 37652535  T
Q  101 cgttccatagaaaagcaactatcttcttccagt---aaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctactattctatttctttta 197  Q
     |||| ||| ||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  37652534 tgttcaataaaaaagcaactatcttcttccaataagaaggaggagataggaaataagagtttcatctcattctctcttttctagcattttatttctttta 37652435  T
Q  198 tc 199  Q
    ||    
T  37652434 tc 37652433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 225 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 37643665 - 37643531
Alignment:
Q  225 ggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgcctcttaggcgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggta 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37643665 ggtcgtggagcggtgttagcttttatgctatgccttttaggtgtcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggta 37643566  T
Q  325 ccatttcaccacttggaacaccccaacagggtatc 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37643565 ccatttcaccacttggaacaccccagcagggtatc 37643531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 355 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37641074 - 37640984
Alignment:
Q  355 gtatccttattaacggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcaccagcaacaacaatgttgttgttaatgtattcaacaaccttgatga 445  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37641074 gtatccttattaatggtcaattcccaggacctgaaatcaacagcactagcaataacaatgttgttgctaatgtattcaacaaccttgatga 37640984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 281 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 32388657 - 32388493
Alignment:
Q  281 tgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggtaccatttcaccacttggaacaccccaacagggtatccttattaacggtcaattccca 380  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  | || || || ||| ||||||| || || ||||||||||||||     
T  32388657 tgaagatccttatgtgtactatacatggaaggttacctatggtaacattgcacctttgggtactcctcaaaagggtattctcatcaacggtcaattcccg 32388558  T
Q  381 ggacctgaaatcaacagcaccagcaacaacaatgttgttgttaatgtattcaacaaccttgatga 445  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||||||||  |||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  32388557 ggacctgaaattaacggtaccagcaacaacaacattgtagttaacgttttcaacaaccttgatga 32388493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 268 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 5884305 - 5884177
Alignment:
Q  268 tcaccgtttacggtgaagatccttacatttactatacatggaaggttacctatggtaccatttcaccacttggaacaccccaacagggtatccttattaa 367  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||  |   ||||||| | |||||||||| |    
T  5884305 tcactgtttatggtgaagacccttacatttacttcacatggaatgttacctatggtaccatttcacctcatgatatctcccaacaagctatccttattga 5884206  T
Q  368 cggtcaattcccaggacctgaaatcaaca 396  Q
    || ||| | |||| ||||| |||||||||    
T  5884205 cgatcattacccatgacctaaaatcaaca 5884177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University