View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14776_low_6 (Length: 589)

Name: NF14776_low_6
Description: NF14776
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14776_low_6
NF14776_low_6
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (16-533)||(4846518-4847035)
chr7 (16-517)||(4712579-4713080)
chr7 (16-532)||(4697688-4698204)
chr7 (16-517)||(4784348-4784849)
chr7 (16-517)||(4816777-4817278)
chr7 (16-472)||(4862991-4863447)
chr7 (16-472)||(4642806-4643262)
chr7 (68-472)||(4660958-4661362)
chr7 (178-472)||(4666199-4666493)
chr7 (178-510)||(4636121-4636453)
chr7 (18-461)||(4630013-4630456)
chr7 (176-461)||(4652782-4653067)
chr7 (214-472)||(4671940-4672198)
chr7 (16-110)||(4671742-4671836)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (68-472)||(18926297-18926701)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (244-335)||(5479305-5479396)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 4847035 - 4846518
Alignment:
Q  16 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4847035 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtc 4846936  T
Q  116 tttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4846935 tttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttc 4846836  T
Q  216 gttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4846835 gttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaacccggt 4846736  T
Q  316 ttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4846735 ttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 4846636  T
Q  416 ttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttgtttgtcttccatgaactttcttccat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4846635 ttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttgtttgtcttccatgaactttcttccat 4846536  T
Q  516 ttgaagattagattcaaa 533  Q
    ||||||||||||||||||    
T  4846535 ttgaagattagattcaaa 4846518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 4713080 - 4712579
Alignment:
Q  16 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtc 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||    
T  4713080 aatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtc 4712981  T
Q  116 tttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttc 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4712980 tttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttc 4712881  T
Q  216 gttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggt 315  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  4712880 attgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaat 4712781  T
Q  316 ttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 415  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  4712780 ttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgt 4712681  T
Q  416 ttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttgtttgtcttccatgaactttcttccat 515  Q
    |||||||  ||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||| |||||||   |||||||| |||    
T  4712680 ttgtagcggctcttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcattatttatcttccaatgactttctttcat 4712581  T
Q  516 tt 517  Q
    ||    
T  4712580 tt 4712579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 16 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 4698204 - 4697688
Alignment:
Q  16 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtc 115  Q
    |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |  || |||||||| || ||||||||||||||||    
T  4698204 aatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtc 4698105  T
Q  116 tttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttc 215  Q
    | |  |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  4698104 tcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttc 4698005  T
Q  216 gttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggt 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||    
T  4698004 gttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggt 4697905  T
Q  316 ttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 415  Q
    ||   ||||||||| || ||||||||   | ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697904 ttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 4697805  T
Q  416 ttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttgtttgtcttccatgaactttcttccat 515  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  4697804 ttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaactttcttccat 4697705  T
Q  516 ttgaagattagattcaa 532  Q
    || || || ||||||||    
T  4697704 ttcaatatgagattcaa 4697688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 16 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 4784849 - 4784348
Alignment:
Q  16 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtc 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||| || |    
T  4784849 aatatgtttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcc 4784750  T
Q  116 tttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttc 215  Q
    | || |||||  |||||||||  ||||| || ||||| |||| |||||  |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  4784749 tctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttc 4784650  T
Q  216 gttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggt 315  Q
     |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||| || || | ||||||| ||||||| |||    
T  4784649 attgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaacctggt 4784550  T
Q  316 ttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 415  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| | |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  4784549 ttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgt 4784450  T
Q  416 ttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttgtttgtcttccatgaactttcttccat 515  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4784449 ttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttctttgtcttccatgaactttcttccat 4784350  T
Q  516 tt 517  Q
    ||    
T  4784349 tt 4784348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 16 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 4817278 - 4816777
Alignment:
Q  16 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtc 115  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||  || ||||||||||||||||| || |    
T  4817278 aatatgtttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcc 4817179  T
Q  116 tttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttc 215  Q
    | || |||||  |||||||||  ||||| || ||||| |||| |||||  |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  4817178 tctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttc 4817079  T
Q  216 gttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggt 315  Q
     |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||| || || | ||||||| ||||||| |||    
T  4817078 attgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaaccaggt 4816979  T
Q  316 ttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 415  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| | |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  4816978 ttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgt 4816879  T
Q  416 ttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttgtttgtcttccatgaactttcttccat 515  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  4816878 ttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttctttgtcttccatgaaatttcttcaat 4816779  T
Q  516 tt 517  Q
    ||    
T  4816778 tt 4816777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 472
Target Start/End: Original strand, 4862991 - 4863447
Alignment:
Q  16 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtc 115  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||  |||||||||||||| || || |||||||| ||||    
T  4862991 aatatgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtc 4863090  T
Q  116 tttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttc 215  Q
    | |  |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||    
T  4863091 tcttcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttc 4863190  T
Q  216 gttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggt 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||    
T  4863191 gttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggt 4863290  T
Q  316 ttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 415  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  4863291 ttaagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgt 4863390  T
Q  416 ttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaag 472  Q
    |||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4863391 ttgtagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 4863447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 472
Target Start/End: Original strand, 4642806 - 4643262
Alignment:
Q  16 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtc 115  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |  |  ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| || || |    
T  4642806 aatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaatttcaagcc 4642905  T
Q  116 tttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttc 215  Q
    | ||  ||||    || || || ||||  |||||||| ||||  ||||  ||||  ||  | |||||||| |||||||| | |||||||||||  || ||    
T  4642906 tctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatctctgtgtcatc 4643005  T
Q  216 gttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggt 315  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||   ||||||| |||| |||| |    
T  4643006 gttgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgat 4643105  T
Q  316 ttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 415  Q
    ||  | || || | ||||||| |||||  |||||| |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||    
T  4643106 ttgaggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgt 4643205  T
Q  416 ttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaag 472  Q
    |||||||| || | ||||| || ||||||||  ||||||||| ||||| ||| ||||    
T  4643206 ttgtagctgctttgatctctgcgattgtaaaggagcggcacagatggggcggcaaag 4643262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 68 - 472
Target Start/End: Original strand, 4660958 - 4661362
Alignment:
Q  68 catgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgag 167  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||| || |||||  ||||    || || |  ||||  |||||||| ||||| || | |||    
T  4660958 catgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaataggatctcaagcctttgcctccaaggtaggggctggttattagaaccataaagatgctcgcagag 4661057  T
Q  168 agggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagc 267  Q
    ||  || || |||||||| |||||||| |||||||||| ||  |  || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||    
T  4661058 agtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatcatctatgtgttgtcattacaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagc 4661157  T
Q  268 atctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtaca 367  Q
    | ||||||||| |||||||| || || | ||||||| |||| |||| |||  | ||||| ||||||||| ||||   |||||| |   ||||||||||||    
T  4661158 aactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgatttgaggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtaca 4661257  T
Q  368 cgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacgg 467  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| ||||| ||| |||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  4661258 cgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaaagttttttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcgg 4661357  T
Q  468 taaag 472  Q
     ||||    
T  4661358 caaag 4661362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 178 - 472
Target Start/End: Original strand, 4666199 - 4666493
Alignment:
Q  178 tgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgattt 277  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||  || || ||||||||||| |  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||    
T  4666199 tgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgattt 4666298  T
Q  278 cattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaa 377  Q
    | |||||||| || ||   ||||||| |||| || | |||  | |||||||| |||||| |||||  ||||||||   ||||||||||||||||||| ||    
T  4666299 cgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaa 4666398  T
Q  378 ccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaag 472  Q
    |||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||  | ||||||||||||| ||| ||||    
T  4666399 ccctccaactccgatgatgaaatcatcgtcaaagttgtttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaaggaccggcacaaatggggcggcaaag 4666493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 178 - 510
Target Start/End: Original strand, 4636121 - 4636453
Alignment:
Q  178 tgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgattt 277  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||  |  |||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||| |||||| |    
T  4636121 tgcatgaactcatagaccagaatcatctctgtcttgtcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatct 4636220  T
Q  278 cattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaa 377  Q
    | |||||||| ||||||  ||||||| |||| ||||   |  | |||||||||||||| ||||||  |||||| ||| ||||||||||||| || || ||    
T  4636221 cgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccgacctgaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaa 4636320  T
Q  378 ccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgag 477  Q
    ||| ||||| || || ||      ||| |||||||| ||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||     
T  4636321 ccccccaacaccgataatgttttcatcatcgaagttttttgtggctgctctgatctctgcgattgtaaagtagcggcacaaataggatggtaaagttgac 4636420  T
Q  478 gaaccttctttgtttgtcttccatgaactttct 510  Q
    |||||||| || ||||| |||||| ||||||||    
T  4636421 gaaccttcattctttgttttccataaactttct 4636453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 461
Target Start/End: Original strand, 4630013 - 4630456
Alignment:
Q  18 tatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtctt 117  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |  |   |||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| ||||| || ||     
T  4630013 tatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtgcttcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaataggatctcaagcctc 4630112  T
Q  118 tgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgt 217  Q
    || |||||    || || | |||||  |||||||| ||||  || | |||||  ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||||  |  || |    
T  4630113 tgcttccatggtaggggctgattattggaaccatacagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtcat 4630212  T
Q  218 tgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggttt 317  Q
    |||||||||| |  ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| || ||   ||||||| |||| || | |||    
T  4630213 tgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgattt 4630312  T
Q  318 acgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgttt 417  Q
      | |||||||||||||||||||||  ||||||||   |||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||| |||  ||  || |||||||||    
T  4630313 gaggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgttt 4630412  T
Q  418 gtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatg 461  Q
    || ||| || | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  4630413 gtggctgctttgatctccgcgattgtaaagtagcgacacaaatg 4630456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 176 - 461
Target Start/End: Original strand, 4652782 - 4653067
Alignment:
Q  176 gttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgat 275  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||| ||||  || || ||||||||||| | |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| | ||||||    
T  4652782 gttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgat 4652881  T
Q  276 ttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccg 375  Q
     ||||||||||| || ||   ||||||| |||| || | |||  | |||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||||||||||||||||||     
T  4652882 ctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagatttgaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgcca 4652981  T
Q  376 aaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatg 461  Q
    || |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||| ||||| ||| || | ||||| || ||||| ||  |||| ||||||||    
T  4652982 aatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcgaagttatttgtggctgctttgatctctgcgattgtgaaggagcgacacaaatg 4653067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 214 - 472
Target Start/End: Original strand, 4671940 - 4672198
Alignment:
Q  214 tcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccg 313  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| | ||||||||| |||||||| || ||   ||||||  |||| ||||    
T  4671940 tcgtcgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccg 4672039  T
Q  314 gtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagtt 413  Q
     |||  | |||||||| |||||| |||||  ||||||||   |||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||| ||  ||| ||||||||    
T  4672040 atttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcgaagtt 4672139  T
Q  414 gtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaag 472  Q
    |||||| ||| || | ||||| || ||||||||  | |||||||| |||| ||| ||||    
T  4672140 gtttgtggctgctttgatctctgcgattgtaaaggaacggcacaagtggggcggcaaag 4672198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 110
Target Start/End: Original strand, 4671742 - 4671836
Alignment:
Q  16 aatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctc 110  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |  |  ||||||||||||| | ||| || || ||||| |||||||||||    
T  4671742 aatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatagaatctc 4671836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 68 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 18926701 - 18926297
Alignment:
Q  68 catgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgag 167  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||| |||||| || ||||| |||||    || ||||  ||||  |||||||| ||||  ||||  ||    
T  18926701 catgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaag 18926602  T
Q  168 agggccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagc 267  Q
    ||  |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||   |   ||||||| || || | |||||| ||||  ||||| || ||||| |||||||||    
T  18926601 agtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgccgttgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagc 18926502  T
Q  268 atctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccatcgatgtaacctttgtaca 367  Q
    | |||||| ||||||||||| || ||    |||||| |||| || |||||  |||||||||| ||||| ||||||  |  ||||||| ||||||| ||||    
T  18926501 aactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggtttgagacgttttattgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttataca 18926402  T
Q  368 cgttgccgaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacgg 467  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||| ||||| ||| || ||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  18926401 cgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcgg 18926302  T
Q  468 taaag 472  Q
    |||||    
T  18926301 taaag 18926297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 244 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 5479396 - 5479305
Alignment:
Q  244 tgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaac 335  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||  ||||||| | |||||||||||| | |||||||| |||||    
T  5479396 tgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaacccggtttaagccgttttattgcaac 5479305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University