View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1477_low_1 (Length: 763)

Name: NF1477_low_1
Description: NF1477
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1477_low_1
NF1477_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-752)||(40985365-40986100)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 40986100 - 40985365
Alignment:
Q  17 gtaatgacttttgtctgacggattttcaggaagatcgagattatatcaaactgctttcattccttaagtctggacatgatgagttacatttctcatctgc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40986100 gtaatgacttttgtctgacggattttcaggaagatcgagattatatcaaactgctttcattccttaagtctggacatgatgagttacatttctcatctgc 40986001  T
Q  117 aagcatctccaatttgcagagtgaattggaacaatatactgtattgaaatgcaattctgtctccagcaggtttatcgagtattgggttcctgctcagttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40986000 aagcatctccaatttgcagagtgaattggaacaatatactgtattgaaatgcaattctgtctccagcaggtttatcgagtattgggttcctgctcagttt 40985901  T
Q  217 tccagtatgcagcttaagcagtattgttcaatgctgctttcaaactcaatgttgttatgctctggccaaaggtctgactctgttggtgccctccgtgagc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40985900 tccagtatgcagcttaagcagtattgttcaatgctgctttcaaactcaatgttgttatgctctggccaaaggtctgactctgttggtgccctccgtgagc 40985801  T
Q  317 ttgtcatctcaacaaggaaggtaggcacgataagaagcagataagctgaataagtttggctgtcaaccaatttttagttaaaccttcctttcatgattaa 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40985800 ttgtcatctcaacaaagaaggtaggcacgataagaagcagataagctgaataagtttggctgtccaccaatttttagttaaaccttcctttcatgattaa 40985701  T
Q  417 tacttactcaacttttataaaagcaatagctctaaatgaattgtcaacaggacttcataatgatcattgcacatgtgttgttgtttacagtgctgcaacc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40985700 tacttactcaacttttataaaagcaatagctctaaatgaattgtcaatagggcttcataatgatcattgcacatgtgttgttgtttacagtgctgcaacc 40985601  T
Q  517 atccttatctcctcaacccgtcactgaataatttagtcactagaggtctgcctgtcgaagagcattttaatattggaataaaagcaagtggaaaattgaa 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40985600 atccttatctcctcaacccgtcactgaataatttagtcactagaggtctgcctgtcgaagagcattttaatattggaataaaagcaagtggaaaattgca 40985501  T
Q  617 acttcttgaaaagatcctttttgaagctcaaagtcgtaagctaagagtgatcatattatttcaggtgattaccttttgtggtcccatgcttcttgtttgt 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40985500 acttcttgaaaagatcctttttgaagctaaaagtcgtaagctaagagtgatcatattatttcaggtgattaccttttgtggtcccatgcttcttgtttgt 40985401  T
Q  717 ctgtcttatttcttgtatttctgtgagtttgttcat 752  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40985400 ctgtcttatttcttgtatttctgtgagtttgttcat 40985365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University