View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14780_low_7 (Length: 432)

Name: NF14780_low_7
Description: NF14780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14780_low_7
NF14780_low_7
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (7-430)||(6366560-6366983)
chr1 (47-430)||(6357323-6357706)
chr1 (60-430)||(6379005-6379375)
chr1 (117-430)||(6380277-6380592)
chr1 (126-430)||(6372230-6372533)
chr1 (47-430)||(6358695-6359080)
chr1 (149-430)||(6399329-6399610)
chr1 (117-430)||(6348725-6349038)
chr1 (97-430)||(6404000-6404333)
chr1 (61-423)||(6347578-6347940)
chr1 (117-430)||(6420465-6420780)
chr1 (117-430)||(6415308-6415623)
chr1 (125-426)||(6391043-6391344)
chr1 (152-399)||(6427839-6428087)
chr1 (326-399)||(6439623-6439696)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 430
Target Start/End: Original strand, 6366560 - 6366983
Alignment:
Q  7 ctttgttctgccagaattgtctatgtaaatcatgttctttgctgtttctgaagcaaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366560 ctttgttctgccagaattgtctatgtaaatcatgttctttgctgtttctgaagcaaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatca 6366659  T
Q  107 tctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaaga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366660 tctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaaga 6366759  T
Q  207 agttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcg 306  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366760 agttgccagaaaatgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcg 6366859  T
Q  307 acgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366860 acgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagc 6366959  T
Q  407 ttctgtgaaaaagcagcttcttat 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  6366960 ttctgtgaaaaagcagcttcttat 6366983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 47 - 430
Target Start/End: Original strand, 6357323 - 6357706
Alignment:
Q  47 gctgtttctgaagcaaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaact 146  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  6357323 gctgtttctcaagaaaatacttatgtttagctcttatgtagatatattaatctaccaacatctcttagattcttcaactcaatgtttcttagtctcaact 6357422  T
Q  147 ggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagt 246  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||  |  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6357423 ggaaatctataaatttattgcaggcccttccgaaaacattttcagacaatttaaagaagaagttgccaggcaacgtgacccttaaaggtcctagtggagt 6357522  T
Q  247 tgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttc 346  Q
    |||||||||| | |||||||   |||||| |||  |  |||| |||  | | || |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6357523 tgtgtggaatgttgggctgacagctagagatgataccatttacttcacgaatggatggcaaagattcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttc 6357622  T
Q  347 cttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtgaaaaagcagcttcttat 430  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||||||||||    
T  6357623 cttgtctttaagtacaatggggagtcactctttgaagttttaatctttcatggagatagtttctgtgagaaggcagcttcttat 6357706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 60 - 430
Target Start/End: Original strand, 6379005 - 6379375
Alignment:
Q  60 caaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaa 159  Q
    ||||||| || ||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||      
T  6379005 caaataattacgtttagctcttaggtagatatattagtctaccaacatctcttagattcttcagctcaatatttcatagtctcaaatggaaatttatact 6379104  T
Q  160 tttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatata 259  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6379105 tttattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaagaacaagttgccagcaaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttgtgtgggatata 6379204  T
Q  260 gggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagt 359  Q
    |||||||  ||||||| |||  |  |||| | |  ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  6379205 gggctgacaactagagatgatacaatttactccacggatggttggcaacaattcgtgaaagatcactctttgaaacagaatgatttccttgtcttcaagt 6379304  T
Q  360 acaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtgaaaaagcagcttcttat 430  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  6379305 acaatggtgaatcactgtttgaggttttaatctttcatggagaaagcttctgcgagaaagcagcttcttat 6379375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 117 - 430
Target Start/End: Original strand, 6380277 - 6380592
Alignment:
Q  117 tcttcagctcaatgtatctt--agtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgcca 214  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||  ||||||||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6380277 tcttcagctcaatgtatcttttaatctcagatggaaatttatattttaattgcaggcacttcctaaaacattctcagacaatttaaagaagaagttgcca 6380376  T
Q  215 gaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcg 314  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||   |||||| || ||||||||||||  ||| |||     
T  6380377 gaaaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgacaactagagatgatattgtttactttgtggacggttggaaacgattca 6380476  T
Q  315 tgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtga 414  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||    
T  6380477 ttaaagatcactctttgaaacagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtaaatcactctttgaggttttaatctttgatggagatagtttctgtga 6380576  T
Q  415 aaaagcagcttcttat 430  Q
     || ||||||||||||    
T  6380577 gaaggcagcttcttat 6380592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 126 - 430
Target Start/End: Original strand, 6372230 - 6372533
Alignment:
Q  126 caatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgac 225  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6372230 caatttatcttaatctcaaatggaaatttatacttttat-gcaggcacttcctaaaacattctcagacaacttaaagaagaagttgccagaaaatgtgac 6372328  T
Q  226 acttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcac 325  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||  |||  |||| || ||| ||||||||||||  || || |||||||||||     
T  6372329 ccttaaaggtcctagtggagttgtatggaatatagggctgacaactagaaatgatactgtgtacttcatggacggttggcagcggtttgtgaaagatcat 6372428  T
Q  326 tctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtgaaaaagcagctt 425  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6372429 tctttgaaagaaaatgatttccttgtctttaagtacaatggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttatgtgagaaagcagctt 6372528  T
Q  426 cttat 430  Q
    |||||    
T  6372529 cttat 6372533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 47 - 430
Target Start/End: Original strand, 6358695 - 6359080
Alignment:
Q  47 gctgtttctgaagcaaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctc--ttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaa 144  Q
    ||||||| | |||||| ||| |||||||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  6358695 gctgtttttcaagcaagtaattatgtttagcttttaggtagatatattaatcgaccaacatctctcttagattcttcagctcaatgttttttaatctcaa 6358794  T
Q  145 ctggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtgga 244  Q
     | ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||     
T  6358795 attgaaatttatacttttattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaataagaagttgccagaaaatgtgacccttaaaggtcccggtggt 6358894  T
Q  245 gttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatt 344  Q
    ||||  ||||| |||||||| |  |||||||  ||  ||||||| ||| || ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  6358895 gttgcatggaaaatagggctcataactagagacgatactgtttacttcctgaacggttggcaacgattcgtgaacgatcactctttgaaagataatgatt 6358994  T
Q  345 tccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtgaaaaagcagcttcttat 430  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6358995 tccttgtctttaattacaatggtgagtcacactttgatgttttgatctttgatggagaaagcttctgtgagaaagaagcttcttat 6359080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 149 - 430
Target Start/End: Original strand, 6399329 - 6399610
Alignment:
Q  149 aaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttg 248  Q
    |||||||||  || ||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6399329 aaatttatattttaattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaagaagaagttgccagaaaatgtgactcttaaaggtcctagtggagttg 6399428  T
Q  249 tgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttcct 348  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||| | |  ||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6399429 tgtggaatataggactgacaactagagataatactgtttacttcgtggacggttggcaacaattcgtgaacgatcactctttgaaagagaatgatttcct 6399528  T
Q  349 tgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtgaaaaagcagcttcttat 430  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || || ||||| || ||| ||||||||    
T  6399529 tgtctttaagtacaatggtgaatcactctttgaggttttaatctttgatggaaatagtttttgtgagaaggcaacttcttat 6399610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 117 - 430
Target Start/End: Original strand, 6348725 - 6349038
Alignment:
Q  117 tcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccaga 216  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  6348725 tcttgagcttaatgtttcttattctcatttggaaatttatacttttattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaataagaagttgccaga 6348824  T
Q  217 aagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtg 316  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||  ||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||| ||  ||| ||    
T  6348825 aaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttacatggaatataaggctgacaactagagatggctttgtttacttcgtggacggttggcaacaattcatg 6348924  T
Q  317 aaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtgaaa 416  Q
    || |||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  6348925 aacgatcactcgttgaaagctaatgatttccttgtctgtaagtacaatggtgaatcacacttcgaggttttaatctttgatggagaaagcttctgtgaga 6349024  T
Q  417 aagcagcttcttat 430  Q
    ||| ||||||||||    
T  6349025 aagaagcttcttat 6349038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 97 - 430
Target Start/End: Original strand, 6404000 - 6404333
Alignment:
Q  97 tctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaat 196  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||| | ||||  ||||||||||   || ||||||||| |||||||||| ||| || ||||||    
T  6404000 tctaccaacatctcttagactcttcaattcaatgtatcttaatatcaaaaggaaatttatgttttaattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaat 6404099  T
Q  197 ttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtgg 296  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||| | |  | ||||| |||  ||    
T  6404100 ttaaagaacaagttgcctgaaaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttgtttggaatataggactgacaactagagattatacggtttacttcacgg 6404199  T
Q  297 acggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaa 396  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6404200 acggttggcaacgatttgtgaaagatcattctttgaaagagaatgatttccttgtttttaagtacaatggtgaatcactctttgaggttttaatctttga 6404299  T
Q  397 tggagaaagcttctgtgaaaaagcagcttcttat 430  Q
    | |||| | ||| ||||| || ||| ||||||||    
T  6404300 tcgagataacttttgtgagaaggcaacttcttat 6404333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 61 - 423
Target Start/End: Original strand, 6347578 - 6347940
Alignment:
Q  61 aaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaat 160  Q
    |||||| |||||||||||| |  || |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| || |||| |||||||  |    
T  6347578 aaataattatgtttagctctttggtggatatattaatctaccaaaatctcttagattcatcagctcaatgtttattagtcttaaatggacatttatactt 6347677  T
Q  161 ttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatag 260  Q
    || |||||||| ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6347678 ttgttgcaggcacttccgaaaacattttcagacaatttaaagaagaagttaccagaaaatgtgaccattaaatgtcctagcggaattgtgtggaatatag 6347777  T
Q  261 ggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagta 360  Q
    ||||||   ||||||||||  ||||||| |||  | || |||||| ||  ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  6347778 ggctgacagctagaggtgatactgtttacttcacgaacagttggcaacaattcgtcaaagaccactccttgaaggaaaatgatttccttgtatttaagta 6347877  T
Q  361 caacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtgaaaaagcagc 423  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| || |||||    
T  6347878 caatggtgaatcacactttgaggttttaatctttaatggaaatagtttctgtgagaaggcagc 6347940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 117 - 430
Target Start/End: Original strand, 6420465 - 6420780
Alignment:
Q  117 tcttcagctcaatgtatctt--agtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgcca 214  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||  ||||||||||||  || | ||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  6420465 tcttcagctcaatgtatcttttaatctcagatggaaatttatattttaactgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaaaaagaagttgcca 6420564  T
Q  215 gaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcg 314  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||  ||||||| | |  ||||||| ||||||| |||||||   || ||||    
T  6420565 gaaaatgtgacccttaagggtcctagtggagctgtgtgggatattgggttgacaactagagataatactgtttacttcgtgggcggttgggagcgattcg 6420664  T
Q  315 tgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtga 414  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||    
T  6420665 tgaaagatcattctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaatggtgaatcactctttgaggttttaatctttgatggagataacttttgtga 6420764  T
Q  415 aaaagcagcttcttat 430  Q
     || ||| ||||||||    
T  6420765 gaaggcaacttcttat 6420780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 430
Target Start/End: Original strand, 6415308 - 6415623
Alignment:
Q  117 tcttcagctcaatgtatctt--agtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgcca 214  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||  ||||||||| ||  || ||||||||| |||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  6415308 tcttcagctcaatgtatcttttaatctcagatggaaatttgtattttaattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaacttaaagaagaagttgcca 6415407  T
Q  215 gaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcg 314  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||  ||||||| |||    ||||||||| ||  || |    
T  6415408 gaaaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgacaactatagatgacactgtttacttcacaaacggttggcaacaatttg 6415507  T
Q  315 tgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtga 414  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||| |||||   || ||||||||    
T  6415508 tgaatgatcactctttgaaagagagtgatttccttttcttcaagtacaatggtgaatcgttgtttgaagttttaatctttgatggacgtagtttctgtga 6415607  T
Q  415 aaaagcagcttcttat 430  Q
     || ||||||||||||    
T  6415608 gaaggcagcttcttat 6415623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 125 - 426
Target Start/End: Original strand, 6391043 - 6391344
Alignment:
Q  125 tcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtga 224  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  6391043 tcaatgtatcataatctcaaatggaaatttatcattttattgcaggcacttcctagaacattctcagacaatttgaagaagaagctgccagaaaatgtga 6391142  T
Q  225 cacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatca 324  Q
    | ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| | ||||||| | |  ||||||| ||||||||||||||||  |  || |  | ||||||    
T  6391143 cccttaaaggtcctagtggagttgaatggaatgtagggctgcaaactagagataatactgtttacttcgtggacggttggcatcagtttgcaagagatca 6391242  T
Q  325 ctctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaagcttctgtgaaaaagcagct 424  Q
     ||| |||||||||||||||||   |||||||||||||| || |||||| | ||  | || ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  6391243 ttctctgaaagagaatgatttcgcagtctttaagtacaatggcgaatcattgttcaatgtgttaatctttcaaggagaaagcttttgtgagaaagcggct 6391342  T
Q  425 tc 426  Q
    ||    
T  6391343 tc 6391344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 152 - 399
Target Start/End: Original strand, 6427839 - 6428087
Alignment:
Q  152 tttataaatttatt-gcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtg 250  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6427839 tttatacatttatttgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaaaaagaagttgcctgaaaatgtgaaccttaaaggtcctagtggagttgtg 6427938  T
Q  251 tggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttg 350  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||  ||  ||||||| |||    ||||||||| | | || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  6427939 tggaatatagggctgacaactaaagaggacactgtttacttcacaaacggttggcaaggatttgtgaatgatcactctttgaaagagagtgatttccttt 6428038  T
Q  351 tctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatgg 399  Q
    | || || ||||| || |||||| | ||||| |||||||| ||| ||||    
T  6428039 ttttcaaatacaatggagaatcattgtttgaagttttaatatttcatgg 6428087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 399
Target Start/End: Original strand, 6439623 - 6439696
Alignment:
Q  326 tctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatgg 399  Q
    |||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| ||| ||||  | |||||||||||||| ||| ||||    
T  6439623 tctttgaaagagaacgacttcctgttctttaagtacaatggtaaatcgttgtttgaggttttaatatttgatgg 6439696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University