View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14784_low_40 (Length: 377)

Name: NF14784_low_40
Description: NF14784
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14784_low_40
NF14784_low_40
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (4-360)||(21717029-21717385)
chr7 (4-368)||(21682948-21683312)
chr7 (4-351)||(21786704-21787051)
chr7 (4-352)||(21727737-21728085)
chr7 (4-351)||(21773176-21773523)
chr7 (9-357)||(21697727-21698075)
chr7 (4-348)||(21789465-21789809)
chr7 (21-356)||(21666603-21666938)
chr7 (4-348)||(21711020-21711364)
chr7 (4-348)||(21647850-21648194)
chr7 (5-348)||(15714926-15715269)
chr7 (5-351)||(21630069-21630415)
chr7 (6-351)||(21657752-21658097)
chr7 (9-351)||(21793103-21793445)
chr7 (7-357)||(21653168-21653518)
chr7 (10-339)||(21994548-21994877)
chr7 (8-213)||(21803696-21803898)
chr7 (6-348)||(21705599-21705938)
chr7 (6-348)||(21765225-21765564)
chr7 (276-368)||(21727022-21727114)
chr7 (57-86)||(21639226-21639255)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (6-348)||(26569-26908)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 4 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 21717385 - 21717029
Alignment:
Q  4 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 103  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21717385 ggtaccaagtcagaacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 21717286  T
Q  104 cttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 203  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21717285 cttcaggatggttgataagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaacccatagtcgttgttaaaatctggacacatctcatatgcaatcaggttgag 21717186  T
Q  204 gaaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 303  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21717185 gaaagtagcggctgaagtgtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcagcagtgaaccatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 21717086  T
Q  304 ttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttcgtatatatc 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21717085 ttgcttgacttaagtcttattcctaatgcttttagatcttttatgttcgtgtatatc 21717029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 4 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 21683312 - 21682948
Alignment:
Q  4 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21683312 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaattccttttgatctcagtaccttcacat 21683213  T
Q  104 cttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 203  Q
    |||||||||||| ||  ||||||  |||||||||| ||||||||||||   | |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21683212 cttcaggatggtcgatgagcgagtccataaaagctacaaaagaacaaattccgtagtcgttgtcaaaatttggacacatctcatatgctatcaggttgag 21683113  T
Q  204 gaaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 303  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21683112 gaaagtagtggctgatgtgtcgtccacaacgatctcaggaagagttagttctgcagtgaaccatccttcggtgaaatctatgtcttttggccttcgtgtc 21683013  T
Q  304 ttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttcgtatatatcgtgttcat 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  21683012 ttgcttgacttaagtcttattcctagtgcttttagatcttttatgttcatgtatatcgtcttcat 21682948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 4 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 21787051 - 21786704
Alignment:
Q  4 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 103  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  21787051 ggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacat 21786952  T
Q  104 cttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 203  Q
    ||||||||| || || |||||||  ||| ||||||||||||||||||| | | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21786951 cttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 21786852  T
Q  204 gaaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 303  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21786851 gaaagtagcggctgaagtgtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttctgcagcgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 21786752  T
Q  304 ttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  21786751 ttgcttgacttaagtcttattcctacagctcttagatcttgtatgttc 21786704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 21728085 - 21727737
Alignment:
Q  4 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 103  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  21728085 ggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcaaccacttcctcatcactcccaagggaattgagcgaaatcccttttgatctcatttccttcacat 21727986  T
Q  104 cttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 203  Q
    |||||||||||| || ||| |||  |||||||| | ||||||||||||   | || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21727985 cttcaggatggtcgataagtgagtccataaaagatacaaaagaacaaattccgtaatcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 21727886  T
Q  204 gaaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 303  Q
    ||||||||||||| ||  || ||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21727885 gaaagtagcggctgatatgttgtccacaacgatctcgggaagagttagttctgcagtgaaccatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtctc 21727786  T
Q  304 ttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttcg 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21727785 ttgcttgacttaagtcttattcctaatgcttttagatcttttatgttcg 21727737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 21773523 - 21773176
Alignment:
Q  4 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 103  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  21773523 ggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatctcttttgatctcagtaacttcacat 21773424  T
Q  104 cttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 203  Q
    ||||||||| || || |||||||  ||| || |||||||||||||||| | | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21773423 cttcaggattgtcgataagcgagtccatgaacgctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttatgaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 21773324  T
Q  204 gaaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 303  Q
    ||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||    
T  21773323 gaatgtagtggctgatgagtcgtccacaacaatctcaggaagagtcagttctgcagtgaacaatccttcagagaaatctatgtctcttggccttctcgtc 21773224  T
Q  304 ttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttc 351  Q
    |||||||||||||   ||||||||||  || ||||||||| |||||||    
T  21773223 ttgcttgacttaaaatttattcctacatctcttagatcttgtatgttc 21773176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 9 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 21698075 - 21697727
Alignment:
Q  9 caagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatcttca 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21698075 caagtcagtgcctatgatattgaaaagtttggcaacttcctcatcactcccaaggcaattgagcaaaatccgttttgatctcaattccttcacatcttca 21697976  T
Q  109 ggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaag 208  Q
    |||||||  |  || ||   ||| |||||| || |||||||||   | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  21697975 ggatggtcaatgagtgactccatgaaagctacataagaacaaattacgtagtcgttcttaaaatcgggacacatctcatatgctatcagattgagataag 21697876  T
Q  209 tagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagt-tcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtcttgc 307  Q
    ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  21697875 taaaggctaatgtgtcgtccacaacgatctcaggtagagtcagtgtcg-cagcgaaccatccttcgcagaaatccatgtctcttgggctttgtgtcttgc 21697777  T
Q  308 ttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttcgtatat 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21697776 ttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttgtatgttcctatat 21697727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 4 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 21789809 - 21789465
Alignment:
Q  4 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 103  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  21789809 ggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaaaatcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcaattccttcacat 21789710  T
Q  104 cttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 203  Q
    |||||||| |||  |  || |||  ||| ||||||||||| |||||||   | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21789709 cttcaggacggtcaatgagtgagtccatgaaagctgcaaacgaacaaattccgtagtcgttctcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 21789610  T
Q  204 gaaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 303  Q
    |||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||| | |||||||||| |||| ||||||| ||||||    
T  21789609 gaaagttgcggctgaagtgtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagtttcgcagcgaaccatcctgcagagaaatctacgtctgttggcctccgtgtc 21789510  T
Q  304 ttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatg 348  Q
       |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  21789509 gcacttgacttaagtcttattccgactgctcttagatcttgtatg 21789465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 21 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 21666938 - 21666603
Alignment:
Q  21 tatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatcttcaggatggttgaga 120  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| || |    
T  21666938 tatgatattgaaaatattggcaacttcctcatcactcccaaagcaattgagcaaaatcccttttgatctcaattccctcacatcttcaggatggtcgata 21666839  T
Q  121 agcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaagtagcggctaatg 220  Q
    || ||    || ||||||||||||||||||| | | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||| |||| |||    
T  21666838 agtgactcgatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcattcttaaaatctggacacatctcatatgctatcttattgaggaaaatagtggctgatg 21666739  T
Q  221 agtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtcttgcttgacttaagtct 320  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  21666738 tgtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagtttcgcagcgaaccatcctgcggagaaatctaagtctctcagccatcgtgtcttgcttgacttaactct 21666639  T
Q  321 tattcctactgcttttagatcttttatgttcgtata 356  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  21666638 tattcctactgcttttagatcttgtatgttcctata 21666603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 4 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 21711364 - 21711020
Alignment:
Q  4 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 103  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  21711364 ggtatcaagtcagtacctatgattttgaaaagatcggcaatttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcaatagcttcactt 21711265  T
Q  104 cttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 203  Q
    |||||||||| |  |  || |||  ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  21711264 cttcaggatgctcaatgagtgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaaatccatagtcgttcttaaaatctggacacatctcatacgctattaagttgag 21711165  T
Q  204 gaaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 303  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||   ||   ||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  21711164 gaaagtagcagctgatgtgtcgtccacaacgatctcaggtaatgtcagttttgcaaccaatcatccttcggagaaatccatgtctcttggactttgtgtc 21711065  T
Q  304 ttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatg 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||    
T  21711064 ttgctagacttaagtcttattcctatttttcttagatcttttatg 21711020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 4 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 21648194 - 21647850
Alignment:
Q  4 ggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacat 103  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||     
T  21648194 ggtatcaagtcggtacctatgattttgaaaagatcggcaatttcctcatcgctcccaagggaattgagcaaaatctcttttgatctcaatagcttcacaa 21648095  T
Q  104 cttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 203  Q
    |||||||||||| ||  || |||  ||| |||||||||||||||||||     |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21648094 cttcaggatggtcgatgagtgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaattctgtagttgttcttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgag 21647995  T
Q  204 gaaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtc 303  Q
      ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |   || | ||| ||||||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||    
T  21647994 ataagtagtagctgatgagtcgtccacaacgatctcaggtagagttagctttgcaatcaaccatccttcagagaaatccaagtctcttggacttcgagtc 21647895  T
Q  304 ttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatg 348  Q
     ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||    
T  21647894 atgcttgacttaagtcttattcctacttttcttagatcttgtatg 21647850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 15715269 - 15714926
Alignment:
Q  5 gtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatc 104  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  15715269 gtaccacgttagtacttatgatattgaaaagattgacaacttcctcatcactcccaagtaaattgagcaaaatcccttttgatctcaattccttcacatc 15715170  T
Q  105 ttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagg 204  Q
    ||||||| ||| ||  ||||||  ||  ||||||| ||||||||| | ||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  15715169 ttcaggacggtcgatgagcgaggccaagaaagctgaaaaagaacagatctcgtagtcgttatcaaaatctggacaaatctcatatgctatctggttgagg 15715070  T
Q  205 aaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtct 304  Q
    ||||||||||||   | || |||||||  ||||  ||||||||||||||   |||  ||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  15715069 aaagtagcggctgtagtgttgtccacacggatccgaggaagagtcagtttcgcagcaaaccatcctgcagagaaatctatctctgttggcctttgtgtct 15714970  T
Q  305 tgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatg 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  15714969 tgcttgacttaagtcttattcctactgctcttagatcttgtatg 15714926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 21630415 - 21630069
Alignment:
Q  5 gtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatc 104  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||    
T  21630415 gtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagatgggcaacttcctcatcactcccaagtttattgagcaaaatcccatttgatctcaattccttcacgtc 21630316  T
Q  105 ttcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagg 204  Q
    ||||||||||| ||  ||||||  ||| ||||||  |||||||||||  || || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21630315 ttcaggatggtcgatgagcgagtccatgaaagctagaaaagaacaaatttcgtaatcgttctcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagg 21630216  T
Q  205 aaagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtct 304  Q
    ||  ||  |||| |   || |  ||||| ||||  |||||||||||||||  ||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  21630215 aacatatgggctgaaccgttggtcacaatgatcataggaagagtcagttctgcagcgaaccatcctccgcagaaatctatgtctcttggcctttgtgtca 21630116  T
Q  305 tgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttc 351  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  21630115 tgcttgtcttaagtcttattcctacagcttttagatcttgtatgttc 21630069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 21658097 - 21657752
Alignment:
Q  6 taccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatct 105  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||| | |||  |||||||||||||||||||| | ||||||| |||    
T  21658097 taccaagtcagtacatatgatattgaaaagattggcaacatcctcatcactgccaaggcatttggccaaaatcccttttgatctcaattccttcacgtct 21657998  T
Q  106 tcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagga 205  Q
    |||||||||| ||  ||||||  ||| |||| | ||||||||||||   |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21657997 tcaggatggtcgatgagcgagtccatgaaagttacaaaagaacaaattccataatcgttctcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgcgga 21657898  T
Q  206 aagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtctt 305  Q
    | |||  |||| |   || |  ||||| ||||  |||||||||||||||  ||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  21657897 acgtatgggctgaactgttggacacaatgatcataggaagagtcagttctgcagagaaccatcctccgcagaaatctatgtctcttagcctttgtgtcat 21657798  T
Q  306 gcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21657797 gcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttgtatgttc 21657752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 21793445 - 21793103
Alignment:
Q  9 caagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatcttca 108  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21793445 caagtcggtacttatgatattgaaaagatgggcaacttcctcatcactcccaagtttattgcgcaaaatcccttttgatctcaattccttcacatcttca 21793346  T
Q  109 ggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaag 208  Q
    ||||||| ||  || ||   ||| ||| || ||||||||||||  || || | ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  21793345 ggatggtcgatgagtgactccatgaaaactacaaaagaacaaatttcgtatttgttctcaaaatctggacacatctcatatgctgtcaggttgaagaaag 21793246  T
Q  209 tagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtcttgct 308  Q
    ||| |||| |   ||||  ||||| ||||  |||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||| ||| |||| |||||    
T  21793245 tagaggctgaactgtcggtcacaatgatcataggaagagtcagttctgcagtgaaccatccatcggagaaatgtatgtcttttgggcttggtgtattgct 21793146  T
Q  309 tgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttc 351  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  21793145 tgacttaagtcttattcctacagcttttagatcttgtatgttc 21793103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 7 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 21653518 - 21653168
Alignment:
Q  7 accaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatctt 106  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||  | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21653518 accacgtcagtacttatgattttgaaaaaattgacgagttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaccttcacatctt 21653419  T
Q  107 caggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaa 206  Q
    ||||||  |  | ||| |||   || |||||||||||||||||||   |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21653418 caggatcttcaataagtgagtcaatgaaagctgcaaaagaacaaattccatagtcgttctcaaaatcaggacacatctcatatgctatcaagttgaggaa 21653319  T
Q  207 agtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtcttg 306  Q
    ||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||| | ||||   | || | | |||||||| ||||||  |||||| ||||||| |||||   |    
T  21653318 agtagtggctgaagtgtcgtccacaacgatctcaggaagaattagttttgcggtaagccatccttcgtagaaattaatgtcttttggcctacgtgtgaag 21653219  T
Q  307 cttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttcgtatat 357  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21653218 cttgacttaaatcttactcctgctgcttttagatcttgtatgttcctatat 21653168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 21994877 - 21994548
Alignment:
Q  10 aagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatcttcag 109  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  21994877 aagttagtacgtatgctattgaaaagattggcaacttcctcatcactccaaggtgaattgagcaaaatcccttttgatctcaataacttcacatcttcag 21994778  T
Q  110 gatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaagt 209  Q
    |||||| ||  || |||  ||| |||| ||||||||||||||   |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  21994777 gatggtcgatgagtgagtccatgaaagttgcaaaagaacaaattccatagtcgttctcaaaatctggacacatctcgtatgctatcaggttaaggatagt 21994678  T
Q  210 agcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtcttgctt 309  Q
    ||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||| | ||| ||||||  |  |||  ||||||||  | ||    
T  21994677 agcggctgatctatcgtccacaacgatctcaggaagagtcaatttcgcagtgaaccatccttcagcgaattctatgctttgtggatttcgtgtcgcggtt 21994578  T
Q  310 gacttaagtcttattcctactgcttttaga 339  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  21994577 gacttaagtcgtattcctactgctcttaga 21994548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 8 - 213
Target Start/End: Original strand, 21803696 - 21803898
Alignment:
Q  8 ccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatcttc 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||   ||  |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  21803696 ccaagccagtacctatgatattgaaaagattggcaacttcctcatcactccaaaagg---tgcacaaaatcccttttgatctcaatgccttcacatcttc 21803792  T
Q  108 aggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgaggaaa 207  Q
    ||||||||  |  || |||  ||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  21803793 aggatggtcaatgagagagtccatgaaagctacataagaacaaaactcatagtcgttcttaaaatctggacacatctcatatgcaatcaggttaaggaaa 21803892  T
Q  208 gtagcg 213  Q
    ||||||    
T  21803893 gtagcg 21803898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 21705938 - 21705599
Alignment:
Q  6 taccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatct 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||  |   ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21705938 taccaagtcagtacctatgatattgaaaagactggcaacttcctcatcactccaaaccg---tgcacaaaatcccttttgatctcaataccttcacatct 21705842  T
Q  106 tcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagga 205  Q
    || ||||||| ||  || |||  ||| |||||| || ||||||| | | || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21705841 tccggatggtcgatgagtgagtccatcaaagctacataagaacagatcccacagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagta 21705742  T
Q  206 aagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtctt 305  Q
    |||||| ||||     || || ||||  |||  |||||| ||||||||   |||| ||| ||||| | | |||||||| |||| ||||||| | |||       
T  21705741 aagtagaggctgcaaggttgttcacatagattacaggaatagtcagttttgcagtaaaccatcctgcagtgaaatctacgtctgttggcctccctgttgc 21705642  T
Q  306 gcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatg 348  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  21705641 gcttgccttaagtcttattcctactgctcttagatcttctatg 21705599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 21765564 - 21765225
Alignment:
Q  6 taccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatct 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||  |   ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21765564 taccaagtcagtacctatgatattgaaaagactggcaacttcctcatcactccaaaccg---tgcacaaaatcccttttgatctcaataccttcacatct 21765468  T
Q  106 tcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagga 205  Q
    || ||||||| ||  || |||  ||| |||||| || ||||||| | | || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21765467 tccggatggtcgatgagtgagtccatcaaagctacataagaacagatcccacagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagta 21765368  T
Q  206 aagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtctt 305  Q
    || ||| ||||     || || ||||  |||  |||||| ||||||||   |||| ||| ||||| | | |||||||| |||| ||||||| | |||       
T  21765367 aattagaggctgcaaggttgttcacatagattacaggaatagtcagttttgcagtaaaccatcctgcagtgaaatctacgtctgttggcctccttgttgc 21765268  T
Q  306 gcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatg 348  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  21765267 gcttgtcttaagtcttattcctactgctcttagatcttctatg 21765225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 276 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 21727114 - 21727022
Alignment:
Q  276 gaaatctatgtctcttggccttcgtgtcttgcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatgttcgtatatatcgtgttcat 368  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  21727114 gaaatttatgtctcttggccttcgtatcttgcttgacttaagtcttattcctagtgcttttagatcttttatgttcatgtatatcgtcttcat 21727022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 21639255 - 21639226
Alignment:
Q  57 cccaagggaattgagcaaaatcccttttga 86  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21639255 cccaagggaattgagcaaaatcccttttga 21639226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 6 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 26908 - 26569
Alignment:
Q  6 taccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatct 105  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  | ||   ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26908 taccaggtcggtacctatgatattgaaaaggttggcaacttcctcatcactccataagg---tggacaaaatcctttttgatctcagtaccttcacatct 26812  T
Q  106 tcaggatggttgagaagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaactcatagtcgtttttaaaatctggacacatctcatatgctatcaggttgagga 205  Q
    |||||||||| ||  ||||||  ||| | |||| || ||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  26811 tcaggatggtcgatgagcgagtccatgagagctacataagaacaaatctgatagtcgttgtcaaaatctggacacatctcatatgccaccaggttgagga 26712  T
Q  206 aagtagcggctaatgagtcgtccacaacgatctcaggaagagtcagttcgacagtgaacaatccttcggagaaatctatgtctcttggccttcgtgtctt 305  Q
    || ||||||||    ||| || |||   ||||  ||||| ||||||||   |||  ||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||       
T  26711 aaatagcggctgtaaagttgttcactgggatcctaggaatagtcagtttcgcagaaaaccatcctgcagagaaatctatgtctgttggctttggtgtaaa 26612  T
Q  306 gcttgacttaagtcttattcctactgcttttagatcttttatg 348  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  26611 gcttgccttaagacttattcctactgctcttagatcttctatg 26569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University