View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14784_low_69 (Length: 296)

Name: NF14784_low_69
Description: NF14784
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14784_low_69
NF14784_low_69
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (1-275)||(48490473-48490747)
chr7 (5-260)||(47674967-47675222)
chr7 (1-263)||(1560790-1561054)
chr7 (1-263)||(6593357-6593621)
chr7 (1-263)||(18390995-18391259)
chr7 (16-254)||(1048179-1048420)
chr7 (1-156)||(24816238-24816393)
chr7 (16-254)||(7350541-7350782)
chr7 (16-254)||(7093351-7093592)
chr7 (1-144)||(28486499-28486642)
chr7 (1-257)||(6047635-6047891)
chr7 (1-144)||(24749521-24749664)
chr7 (12-258)||(26213875-26214119)
chr7 (16-254)||(38395141-38395382)
chr7 (16-254)||(22135960-22136202)
chr7 (16-219)||(31157175-31157381)
chr7 (16-254)||(40550987-40551229)
chr7 (1-194)||(44725800-44725996)
chr7 (1-144)||(4293928-4294071)
chr7 (16-144)||(7471207-7471335)
chr7 (1-144)||(9679592-9679735)
chr7 (1-144)||(21678993-21679136)
chr7 (16-168)||(20298222-20298377)
chr7 (1-75)||(44011723-44011797)
chr7 (16-87)||(43566-43637)
chr7 (103-144)||(36720-36761)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-263)||(14634824-14635086)
chr2 (1-264)||(28569298-28569561)
chr2 (2-194)||(21519570-21519765)
chr2 (1-144)||(31734090-31734233)
chr2 (16-254)||(35216860-35217101)
chr2 (16-254)||(19503226-19503467)
chr2 (16-194)||(36560034-36560215)
chr2 (10-175)||(41304101-41304266)
chr2 (1-168)||(6263365-6263535)
chr2 (18-157)||(42018734-42018872)
chr2 (1-111)||(22402266-22402376)
[»] chr1 (24 HSPs)
chr1 (1-274)||(50168176-50168449)
chr1 (20-274)||(776142-776396)
chr1 (17-277)||(28222266-28222523)
chr1 (1-273)||(13126612-13126884)
chr1 (17-205)||(31658279-31658467)
chr1 (16-254)||(51751185-51751426)
chr1 (16-254)||(16227316-16227557)
chr1 (16-254)||(20301279-20301520)
chr1 (16-254)||(27338020-27338261)
chr1 (1-274)||(28202572-28202848)
chr1 (1-168)||(31424245-31424415)
chr1 (1-144)||(6996509-6996652)
chr1 (1-144)||(16429872-16430015)
chr1 (1-144)||(28997466-28997609)
chr1 (1-144)||(29003182-29003325)
chr1 (16-254)||(47178510-47178751)
chr1 (1-144)||(50078005-50078148)
chr1 (16-168)||(31736702-31736857)
chr1 (30-170)||(28841621-28841764)
chr1 (103-170)||(8348047-8348114)
chr1 (1-54)||(14099136-14099189)
chr1 (1-70)||(25249863-25249932)
chr1 (14-49)||(13548521-13548556)
chr1 (75-168)||(25250566-25250662)
[»] chr3 (35 HSPs)
chr3 (1-280)||(32892152-32892431)
chr3 (1-263)||(7763351-7763612)
chr3 (1-263)||(23198964-23199226)
chr3 (1-263)||(29811949-29812212)
chr3 (1-263)||(5259148-5259410)
chr3 (1-263)||(4599543-4599807)
chr3 (1-260)||(6717596-6717853)
chr3 (1-263)||(10210281-10210542)
chr3 (1-263)||(10059547-10059811)
chr3 (1-263)||(10057325-10057589)
chr3 (1-263)||(10061769-10062033)
chr3 (1-263)||(10063991-10064255)
chr3 (1-263)||(10066213-10066477)
chr3 (1-274)||(18098043-18098319)
chr3 (16-274)||(43227187-43227448)
chr3 (16-254)||(10957213-10957454)
chr3 (1-274)||(23634537-23634810)
chr3 (1-168)||(3315559-3315729)
chr3 (16-254)||(457034-457275)
chr3 (16-275)||(4309397-4309659)
chr3 (19-254)||(6064686-6064924)
chr3 (1-169)||(7769725-7769893)
chr3 (16-254)||(11169228-11169469)
chr3 (1-144)||(53916885-53917028)
chr3 (1-213)||(27421807-27422019)
chr3 (1-168)||(42991176-42991346)
chr3 (16-254)||(5898539-5898780)
chr3 (1-144)||(28101219-28101362)
chr3 (2-170)||(25634712-25634877)
chr3 (1-159)||(1619717-1619875)
chr3 (3-144)||(43422683-43422824)
chr3 (1-168)||(891118-891288)
chr3 (18-158)||(15824698-15824838)
chr3 (4-71)||(27900223-27900290)
chr3 (18-78)||(27882632-27882692)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (1-263)||(5407902-5408164)
chr6 (1-263)||(5412227-5412489)
chr6 (1-263)||(16568046-16568308)
chr6 (1-263)||(16652017-16652282)
chr6 (1-263)||(16553756-16554020)
chr6 (1-263)||(16630312-16630576)
chr6 (1-263)||(34165964-34166228)
chr6 (1-157)||(11137320-11137476)
chr6 (1-263)||(30444429-30444692)
chr6 (16-254)||(33310037-33310278)
chr6 (1-135)||(3395246-3395380)
chr6 (16-254)||(26067285-26067526)
chr6 (8-144)||(3631161-3631297)
chr6 (31-184)||(26944409-26944562)
chr6 (16-168)||(15533828-15533983)
chr6 (1-91)||(10456477-10456567)
chr6 (103-186)||(10456597-10456680)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (23-263)||(115680-115920)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (1-263)||(34255331-34255593)
chr8 (1-275)||(31577177-31577451)
chr8 (1-176)||(4732797-4732972)
chr8 (1-157)||(41365838-41365994)
chr8 (1-274)||(17848712-17848985)
chr8 (16-254)||(18811911-18812152)
chr8 (1-184)||(21481436-21481619)
chr8 (16-194)||(43080865-43081046)
chr8 (16-274)||(27828168-27828429)
chr8 (1-141)||(41383635-41383775)
chr8 (59-254)||(15069773-15069971)
chr8 (1-63)||(15071820-15071882)
chr8 (145-264)||(29543107-29543226)
chr8 (181-259)||(41365999-41366077)
chr8 (212-263)||(4732744-4732795)
[»] chr4 (34 HSPs)
chr4 (1-263)||(12740558-12740820)
chr4 (1-263)||(12748764-12749026)
chr4 (1-263)||(5137172-5137436)
chr4 (1-194)||(34571423-34571617)
chr4 (1-263)||(8394498-8394762)
chr4 (1-263)||(7123788-7124052)
chr4 (59-277)||(52094246-52094464)
chr4 (16-254)||(22781627-22781868)
chr4 (1-254)||(22133492-22133748)
chr4 (1-157)||(10113809-10113965)
chr4 (1-219)||(5099720-5099941)
chr4 (12-274)||(5206500-5206761)
chr4 (1-143)||(36379206-36379348)
chr4 (1-168)||(14788644-14788814)
chr4 (1-144)||(47563734-47563877)
chr4 (16-144)||(9175363-9175491)
chr4 (16-254)||(22045604-22045846)
chr4 (16-254)||(11007458-11007699)
chr4 (14-168)||(3577932-3578087)
chr4 (16-194)||(16933038-16933219)
chr4 (59-194)||(52083239-52083374)
chr4 (1-132)||(12399693-12399824)
chr4 (1-132)||(12401968-12402099)
chr4 (1-168)||(16454255-16454427)
chr4 (16-144)||(22801963-22802091)
chr4 (16-219)||(26558827-26559030)
chr4 (161-262)||(4589032-4589134)
chr4 (1-75)||(36770499-36770573)
chr4 (16-140)||(36920724-36920848)
chr4 (180-249)||(34571635-34571704)
chr4 (16-75)||(18536032-18536091)
chr4 (1-76)||(47565620-47565695)
chr4 (104-153)||(18536819-18536868)
chr4 (5-50)||(47565681-47565726)
[»] chr5 (24 HSPs)
chr5 (1-263)||(29721455-29721715)
chr5 (1-263)||(13487105-13487367)
chr5 (5-263)||(534818-535073)
chr5 (17-263)||(42427276-42427519)
chr5 (16-263)||(16408415-16408662)
chr5 (1-263)||(26173860-26174122)
chr5 (1-263)||(16545520-16545784)
chr5 (1-263)||(40381196-40381460)
chr5 (1-254)||(18467835-18468091)
chr5 (16-254)||(15355739-15355980)
chr5 (1-144)||(25806355-25806498)
chr5 (30-254)||(10750846-10751073)
chr5 (1-168)||(27911330-27911500)
chr5 (1-144)||(20043897-20044040)
chr5 (16-254)||(34478309-34478550)
chr5 (18-254)||(23666194-23666434)
chr5 (1-144)||(658943-659086)
chr5 (16-274)||(6746199-6746460)
chr5 (1-144)||(18510625-18510768)
chr5 (16-254)||(31543881-31544122)
chr5 (5-144)||(31467108-31467247)
chr5 (1-184)||(20505078-20505264)
chr5 (5-79)||(13694118-13694192)
chr5 (230-263)||(9788276-9788309)
[»] scaffold1908 (1 HSPs)
scaffold1908 (1-258)||(451-705)
[»] scaffold1899 (1 HSPs)
scaffold1899 (16-274)||(752-1013)
[»] scaffold0011 (1 HSPs)
scaffold0011 (1-274)||(34686-34962)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (1-168)||(50916-51086)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (1-144)||(80791-80934)
[»] scaffold0140 (1 HSPs)
scaffold0140 (18-254)||(23274-23514)
[»] scaffold1674 (1 HSPs)
scaffold1674 (16-168)||(678-833)
[»] scaffold0025 (2 HSPs)
scaffold0025 (16-83)||(70418-70485)
scaffold0025 (78-194)||(72466-72585)
[»] scaffold0219 (2 HSPs)
scaffold0219 (59-185)||(26301-26427)
scaffold0219 (1-76)||(23185-23260)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 183; Significance: 5e-99; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 48490747 - 48490473
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||| ||||     
T  48490747 cctctccaggctaaccatgagtattcttcccaccgcctctccagactgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccactccacaaggcatcaa 48490648  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||    
T  48490647 tactaaggtgagaaacctcaccttcatcatcctgccaacaactcaccaccaaagcacccgcatcctcatactcctcggacacaactagcgcggagttctc 48490548  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttact 275  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  48490547 attgtcctccggacaatccctcttgaagtgaccaaacttgtgacacttaaagcacttatacttttttttgttact 48490473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 5 - 260
Target Start/End: Original strand, 47674967 - 47675222
Alignment:
Q  5 tccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattacc 104  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| |||| ||||    
T  47674967 tccaggctaaccatgagtattcttcccaccgcctctccatgatgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccactctacaaggaatcaatacc 47675066  T
Q  105 aaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattg 204  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||    
T  47675067 aagttgagagacctcaccttcttcatcctcccaacaactcaccaccaaagcaccttcatccttatactcctcggacacaacttgcacggagttctcattg 47675166  T
Q  205 tcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttata 260  Q
    ||||||| |||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47675167 tcctccgaacaatccctcttgaagtggccaaacttgtgacacttaaaacacttata 47675222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 1560790 - 1561054
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||| |||    
T  1560790 cctctccagactaaccacgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccacaccgtctacaaggaatc 1560889  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    | |||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  1560890 aataccaaggtgagacccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 1560989  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1560990 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 1561054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 6593357 - 6593621
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||| |||    
T  6593357 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccacaccgtctacaaggaatc 6593456  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||  | || |||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  6593457 aactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcttcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 6593556  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6593557 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 6593621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 18390995 - 18391259
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccac-cgctctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||  |  ||||||||| |||    
T  18390995 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccatactgtctacaaggaatc 18391094  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    | |||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||| || || ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  18391095 aataccaaggtgagacccctcaccttcaccttcctcccaacaactcatcatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 18391194  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18391195 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 18391259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 1048179 - 1048420
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  1048179 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 1048278  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  1048279 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 1048378  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  1048379 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 1048420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 24816238 - 24816393
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||     
T  24816238 cctctccaaagtgaccatgagtattcttaccaccgtctcttcaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctctacaaggcatcac 24816337  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagca 156  Q
    | ||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24816338 tcccaaggtgagacacatcacattcttcatcctccaaacaacacaccaccaaagca 24816393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 7350541 - 7350782
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  7350541 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 7350640  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  7350641 catcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 7350740  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  7350741 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 7350782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 7093351 - 7093592
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  7093351 catgagtattcttaccaccgcatctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcactcccaaggtgagaca 7093450  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  7093451 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 7093550  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  7093551 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 7093592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 28486642 - 28486499
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||     
T  28486642 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccacaaggcatcaa 28486543  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    |  |||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  28486542 tctcaaggtgagacacatcaccttcttcattctccaaacaacac 28486499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 6047891 - 6047635
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||  |||||    
T  6047891 cctcttcagactgaccttgagtattctttccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagacgaccaccactctacaagacatcat 6047792  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |  ||||| ||||||| |||||| |||||||  |||||  | |||||||||||||| |   |||||||||  ||||  |||||| ||| ||||| ||  |    
T  6047791 tcacaaggcgagaaacatcacctacttcatctccccaatgagacaccaccaaagcaacttcatcctcataaccctcaaagacaatttgtgcggagttacc 6047692  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcactt 257  Q
    ||||| |||| |||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||| |||||    
T  6047691 attgttctccagacaatccttcttgaactgacccatcttgtgacagttaaaacactt 6047635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 24749664 - 24749521
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| || ||| ||||     
T  24749664 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaatgtctctccagatgacaaccgctccactaggcatcaa 24749565  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||    
T  24749564 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcttccaaacaacac 24749521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 26214119 - 26213875
Alignment:
Q  12 tgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtga 111  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  26214119 tgaccatgagtattattctcaccgcctctccaagctgatgttaactgtttaacatctc--catacaaccaccgctctacaaggaatcattaccgaggtga 26214022  T
Q  112 gaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccg 211  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||||  |||| ||||||| ||| | ||| ||  |||||| |||||    
T  26214021 gaaacatcaccttcttcatctccccgacaagacaccgccaaagcacccacatcctcataaccctcagagacaatttgtgaggagttaccattgttctccg 26213922  T
Q  212 gacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcactta 258  Q
    || ||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  26213921 gataatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagcactta 26213875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 38395382 - 38395141
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  38395382 catgagtattcttaccaccgtctctccaggctgatgttgagtgtttaacttctctctagacgaccaccgctccactaggcatcactcccaaggtgagaca 38395283  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||  |||| ||    
T  38395282 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaacctctgg 38395183  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  38395182 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacaattaaagca 38395141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 22136202 - 22135960
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaa 114  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| || ||| |||| | |||||||||||     
T  22136202 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgacccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagac 22136103  T
Q  115 acctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccg 211  Q
    || ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   |||||    
T  22136102 acatcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggaattaccattaatctccg 22136003  T
Q  212 gacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    |||||||| |||| ||  |||| | ||| ||||| ||||||||    
T  22136002 gacaatccttcttgaagtgacccatcttatgacagttaaagca 22135960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 31157175 - 31157381
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  31157175 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacatctctccagacgaccaccgctccactaggcatcactcccaaggtgagaca 31157274  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| |||| || ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  31157275 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagataatttgtgcggagttaccattaatctccgg 31157374  T
Q  213 acaatcc 219  Q
    |||||||    
T  31157375 acaatcc 31157381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 40551229 - 40550987
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaa 114  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| || ||| |||| | |||||||||||     
T  40551229 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgacccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagac 40551130  T
Q  115 acctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccg 211  Q
    || ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   |||||    
T  40551129 acatcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggaattaccattaatctccg 40551030  T
Q  212 gacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    |||||||| |||| ||  |||| | ||| ||||| ||||||||    
T  40551029 gacaatccttcttgaagtgacccatcttatgacagttaaagca 40550987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 44725996 - 44725800
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||| ||||     
T  44725996 cctctcaagactgatcatgagtattcttaccaccgcttctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccgctccactaggcatcac 44725897  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcgga 194  Q
    | ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| |||||    
T  44725896 tcccaaggtgagacacatcaccatcttcgtcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctctgagacaatttgtgcgga 44725800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 4293928 - 4294071
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||    
T  4293928 cctctccagactgatcatgagtattcttgtcaccacctctccaggctgatgttgagtgtttaatgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcat 4294027  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    |  |||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  4294028 tctcaagttgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 4294071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 144
Target Start/End: Original strand, 7471207 - 7471335
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||| |||| |  |||||||||| |    
T  7471207 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccgctccactaggcatcactctcaaggtgagaca 7471306  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  7471307 catcaccttcttcatcctccaaacaacac 7471335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 9679735 - 9679592
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||| || ||||||||     
T  9679735 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctcttcaggatgatgttgagtttttaacgtctctccagacaaccaccgctccactaggtatcac 9679636  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | | ||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9679635 tcctaaggtgagacacatcatcttcttcatcctccaaacaacac 9679592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 21679136 - 21678993
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||    
T  21679136 cctctccgaactgatcatgagtattcttaccaccgcgtctcctggatgatgttgagtgtttagcgtctctccagatgaccaccgctccactaggcatcat 21679037  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    |  |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  21679036 tctcaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 21678993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 20298377 - 20298222
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  20298377 catgagtattgttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgttccactaggcatcactcccaaggtgagaca 20298278  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
      ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  20298277 tatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 20298222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 75
Target Start/End: Original strand, 44011723 - 44011797
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcaga 75  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44011723 cctctccagactgaccatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccaga 44011797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 43637 - 43566
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctc 87  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  43637 catgattattcttaccaccgcctctgcaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctc 43566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 36761 - 36720
Alignment:
Q  103 ccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  36761 ccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 36720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 7e-92; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 14634824 - 14635086
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||     
T  14634824 cctctccaggctaaccgtgagtattcttcccaccgcctctctaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccgctctacaaggcatcaa 14634923  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| || ||    
T  14634924 taccaaggtgagaaccctcaccctcttcatcctcccaacaacatactaccaaagcacccgcatccttatactcttcggacacaacatgcgcggagttctc 14635023  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14635024 attgtcctccggacaatccctcttgaagtgaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 14635086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 28569298 - 28569561
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||| |||||||||  |||||    
T  28569298 cctcttcagactgatcatgagtatttttcccaccgcctctccagactgatgttgagtgtttaacatctctctagacgaccaccactctacaagtcatcat 28569397  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| | |||||| ||||||||| | ||||||||| || |||||||| | ||| ||||| ||  |    
T  28569398 tcacaaggtgagaaacatcaccttcttcatcaccccaacgagacaccatcaaagcacctgaatcctcataatcttcggagacgatttgtgcggagttacc 28569497  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatacttt 264  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||  |||  | ||||||||| ||||||||| || |||||    
T  28569498 attgttctccggacaatccttcttgaagtgactcatcttgtgacagttaaagcacctaaacttt 28569561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 194
Target Start/End: Original strand, 21519570 - 21519765
Alignment:
Q  2 ctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcatt 101  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||| |||| |    
T  21519570 ctctccagaatgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggatgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccgctctactaggcatcact 21519669  T
Q  102 accaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcgga 194  Q
     ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| |||||    
T  21519670 cccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcgga 21519765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 31734090 - 31734233
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||    
T  31734090 cctctccagactgatcatgagtattcttatcaccacatctccaggttgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcat 31734189  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  31734190 tcccaaggtgagaaacatcaccttctttatcctccaaacaacac 31734233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 35216860 - 35217101
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  35216860 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgcttcactaggcatcaatcccaaggtgagaca 35216959  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   || |||    
T  35216960 catcacctttttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggaattaccattaatcttcgg 35217059  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  35217060 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 35217101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 19503226 - 19503467
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  19503226 catgagtattcttaccaccacctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccactgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 19503325  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| | ||| ||  ||||   ||| ||    
T  19503326 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgtggagttaccattaatctctgg 19503425  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  19503426 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 19503467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 194
Target Start/End: Original strand, 36560034 - 36560215
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | |||||| |||| |    
T  36560034 catgagtattcttaccaccgcctctccaagctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggcgagaca 36560133  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcgga 194  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| || ||||||  |||| ||||||| ||| |||||    
T  36560134 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatgctcataaccctcagagacaatttgtgcgga 36560215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 175
Target Start/End: Original strand, 41304101 - 41304266
Alignment:
Q  10 actgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggt 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |  ||||||    
T  41304101 actgaccctgagtattcttcccaccgcatctccaagctgattttgagtgtttaacgtctctccagatgaacaccgctctataaggcatcagtcacaaggt 41304200  T
Q  110 gagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcct 175  Q
    || |  | ||||||||||| ||  |||||| | |||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  41304201 gaaaggcatcaccttcttcgtctccccaacgagacaccaccaaagcacccgcatactcataatcct 41304266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Original strand, 6263365 - 6263535
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||     
T  6263365 cctctccagactgatcatgagtattcttaccatcgtctcttcaggttgatgttgagtgtttaacgtttctccagacgaccaccactccaccaggtatcaa 6263464  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaa---cacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||   ||||||| || |||||||| |||||||    
T  6263465 tcccaaggtgagggacatcaccttcttcatcctccaaacaacgccacaccatcagagcacccgcatcctca 6263535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 157
Target Start/End: Original strand, 42018734 - 42018872
Alignment:
Q  18 tgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |  |||||| ||    | || |||| |||||| ||||||||||||||     
T  42018734 tgagtattcttcccaccgcctctccaggatgatgttgagtgtttaatgtctttcaagatgatcattcatttataaggcatcatttccaaggtgagaaaca 42018833  T
Q  118 tcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcac 157  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  42018834 tcaccttcttcatcc-cccaacaagacaccaccaaagcac 42018872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 22402376 - 22402266
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||    
T  22402376 cctctccagactgatcatgaatattcttaccaccgcctctccaagctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcat 22402277  T
Q  101 taccaaggtga 111  Q
    |  ||||||||    
T  22402276 tctcaaggtga 22402266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 24)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 50168176 - 50168449
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||| ||  || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||||     
T  50168176 cctctccaggctatccttgagtattcttcctaccgcctttccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagacgaccaccgctctacaaggcatcaa 50168275  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  50168276 taccaaggtgagaaacctcaccttctttatcctcccaacaacaaaccaccaatgcacccgcatcttcatactcctcggacacaacttgcgcggagttctc 50168375  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  50168376 attgtccttcggacaatccctcttgaagtgaccaaacttgtgacacttaaagcacttatacctttccttgttac 50168449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 20 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 776396 - 776142
Alignment:
Q  20 agtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctc 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||| || |||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  776396 agtattcttcccaccgcctccccaagctgatgttgagtgtttaatgtctctcaagacgaacaccactctacaaggcatcaatatcaaggtgagaaacctc 776297  T
Q  120 accttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatcc 219  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||| | |||||    
T  776296 accttcatcatcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatcctcatactcctcggacacaacttgcgcgaagttctcattgtcctccgaaaaatcc 776197  T
Q  220 ctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  776196 ctcttaaagtgaccaaacttgtgacacttaaagcacttatacctttccttgttac 776142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 277
Target Start/End: Original strand, 28222266 - 28222523
Alignment:
Q  17 atgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaac 116  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  28222266 atgagtattcttcacactgcctctctaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccaaacgaccaccactctacaaggcatcagtaccaaggtgagaaac 28222365  T
Q  117 ctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaa 216  Q
    |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  28222366 ctcaccttc---atcctcccaacaacacaccaccaaagcacccacatcctcatactcctcggacacaacttgcgcggagttctcattgtcctccggacaa 28222462  T
Q  217 tccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttactgc 277  Q
    | |||||| ||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||   |||||||||||    
T  28222463 tacctcttgaagtgaccaaacttgtgacatttgaagcacttatacttatccttgttactgc 28222523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 13126612 - 13126884
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||     
T  13126612 cctcttcagactaaccataagtattcttaccaccgcctctccaagttgatgttgagtgtttatcatctctccagacgaccaccgctctacaaggcatcac 13126711  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  |    
T  13126712 tcccaaggtgagaaacatcgccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttacc 13126811  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgtta 273  Q
    ||||  ||| ||||||||| || | ||  |||| | ||||| ||| |||||||| ||| |||||| |||||||    
T  13126812 attgatctctggacaatccttcctgaagtgacccatcttgttacagttaaagcatttaaactttgacttgtta 13126884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 31658467 - 31658279
Alignment:
Q  17 atgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaac 116  Q
    |||||||||||| |||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  31658467 atgagtattctttccactgcatctccagaatgatgttgagtgtttaacgtctctccagatgaacaccactctacaaggcatcaataccaaggtgagaaac 31658368  T
Q  117 ctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgt 205  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  31658367 ctcaccttcatcatcctcccaacaactcacaaccaaagcacccgcatcctcatactcctcagacacaacttgcgcggagttctcattgt 31658279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 51751426 - 51751185
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  51751426 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 51751327  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  51751326 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 51751227  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  51751226 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 51751185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 16227557 - 16227316
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  16227557 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttaagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 16227458  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||  ||||| || |||||   ||||||    
T  16227457 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttttgcggagttatcattaatctccgg 16227358  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  16227357 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 16227316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 20301520 - 20301279
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  20301520 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcactcccaaggtgagaca 20301421  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| |||| || || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  20301420 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacatcatcagagcacccgcatcctcataaccctctgagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 20301321  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  20301320 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 20301279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 27338020 - 27338261
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  27338020 catgagtattcttaccaccgcctctctaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggaatcaatcccaaggtgagaca 27338119  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  27338120 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctctgagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 27338219  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  || | | ||||||||| ||||||||    
T  27338220 acaatccttcttgaactgatccatcttgtgacagttaaagca 27338261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 28202572 - 28202848
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||| ||||     
T  28202572 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgtcgagtgtttaacgtctctccagaagatcaccgctctactaggcatcac 28202671  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggattt 197  Q
    | ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||  ||||||| ||| ||||| ||    
T  28202672 tcccaaggtgagacacatcaacttattcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataacccttagagacaatttgtgcggagtt 28202771  T
Q  198 gtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
      ||||   ||||||||||||| || | ||  || | | ||||||||| |||||||| | | |||||| ||||||||    
T  28202772 accattaatctccggacaatccttcatgaagtgatccatcttgtgacagttaaagcattcagactttgacttgttac 28202848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Original strand, 31424245 - 31424415
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  31424245 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcatctccaggctgatgttaagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggaatcac 31424344  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaa---cacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||   ||||||| || |||||||| |||||||    
T  31424345 tcccaagatgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaataccacaccatcagagcacccgcatcctca 31424415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 6996652 - 6996509
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  6996652 cctctctagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaa 6996553  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | | || |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  6996552 tccaaatgtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 6996509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 16430015 - 16429872
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| || || ||| ||||     
T  16430015 cctctccagactgaccatgagtattcttaccaccgcctctccaagctgatgttgagtgtttaacttctctccagaagaccaccgttccactaggcatcac 16429916  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||    
T  16429915 tcccaaggtgagacacatcacctttttcatcctccaaacaacac 16429872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 28997466 - 28997609
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || ||| ||||     
T  28997466 cctctccagactgatcatgagtatttttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccgccgctccactaggcatcac 28997565  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | |||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  28997566 tgccaaggtgtgacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 28997609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 29003182 - 29003325
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || ||| ||||     
T  29003182 cctctccagactgatcatgagtatttttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccgccgctccactaggcatcac 29003281  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | |||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  29003282 tgccaaggtgtgacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 29003325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 47178751 - 47178510
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  47178751 catgagtattcttaccaccgcctctctaggttgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 47178652  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| |||| || ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  47178651 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagataatttgtgcggagttaccattaatctccgg 47178552  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  47178551 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 47178510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 50078005 - 50078148
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||| |  ||| ||||     
T  50078005 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagaagacaaccactccaataggaatcaa 50078104  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  50078105 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 50078148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Original strand, 31736702 - 31736857
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||  || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  31736702 catgagtattcttacaaccgcctctccaggctaatgttgagtgtttaacgtctctccaaacgaccaccgcttcactaggcatcactcccaaggtgagaca 31736801  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  31736802 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 31736857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 30 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 28841764 - 28841621
Alignment:
Q  30 ccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || | | |||| | ||||||||||| || ||||||||||||    
T  28841764 ccaccgcctctccaggctgatgttgggtgtttaacgtctcgccagacgaccatcgctccactacgcatcactcccaaggtgagacacatcaccttcttca 28841665  T
Q  130 tcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcata 170  Q
    ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||    
T  28841664 tcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcata 28841621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 103 - 170
Target Start/End: Original strand, 8348047 - 8348114
Alignment:
Q  103 ccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcata 170  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  8348047 ccaaggtgagaaacatcaccttcttcatcctccaaacaacacaccacaaaagcacccgcgtcctcata 8348114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Original strand, 14099136 - 14099189
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttg 54  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14099136 cctcttcagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttg 14099189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 70
Target Start/End: Original strand, 25249863 - 25249932
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctct 70  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  25249863 cctctccagactgatcattagtattcttaccaccacctctccagaatgatgtttagtatttaacgtctct 25249932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 49
Target Start/End: Original strand, 13548521 - 13548556
Alignment:
Q  14 accatgagtattcttcccaccgcctctccaggctga 49  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13548521 accatgagtattcttcccaccgcctctccaggctga 13548556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 168
Target Start/End: Original strand, 25250566 - 25250662
Alignment:
Q  75 atgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||  |||||||||| || |||| ||||||| |||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  25250566 atgaccaccgctccactaggcatcattctcaaggtgagacacatcacattcttcaccctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 25250662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 35)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 32892431 - 32892152
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||     
T  32892431 cctctccatgctgaccttgagtattcttcccaccgcttctcctgactgatgttgagtgtttaacgtctctccagatgagcaccgctctacaaggcatcag 32892332  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||  ||| || ||    
T  32892331 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcatctcaacaacaaaccaccaaagcacccgcatcctcatattccttgaagacaacttgcatggaattctc 32892232  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttactgccct 280  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  32892231 attgtcctccggacaatccctcttgaagtgaccaaacttttgacacttaaagcacttatacttattcttgttaccgccct 32892152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 7763612 - 7763351
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| ||||     
T  7763612 cctctccagactaaccatgagtattgttaccaccgcctctcctggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccactctacaaggcatcaa 7763513  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||  | ||    
T  7763512 taccaaggtgagaaccctcaccttcatcatcctcccaac-actcaccaccaaagcacccgcatccccatactcttcggacacaacttgcgcggagctctc 7763414  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7763413 attgtcctccggacaatccctcttgaagtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 7763351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 23198964 - 23199226
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| ||||     
T  23198964 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccactctacaaggcatcaa 23199063  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
T  23199064 taccaaggtgagaaccctcaccttcatcttcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagctatc 23199163  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23199164 ataatcctccggacaatccctcttgaagtgacccaacttgtgaaacttaaagcacttatactt 23199226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 29812212 - 29811949
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||||| ||||     
T  29812212 cctctccaggctaaccatgagtattcttccgaccgcctctccaaactgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccactgtacaaggcatcaa 29812113  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagac-aacttgcgcggatttgt 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| || |    
T  29812112 taccaaggtgagagacctcaccttcctcagcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatcctcatactcctcggacacaaacttgcgcggagttct 29812013  T
Q  200 cattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29812012 catcgacctccggacaatccctcttgatgtgaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 29811949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 5259148 - 5259410
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||  ||||||||| ||||     
T  5259148 cctctctaggctaaccatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaatgtctctccagatgaacaccattctacaaggcatcaa 5259247  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| |  | ||    
T  5259248 taccaaggtcagaaccctcaccttcatcttcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatccccatactcgtcggacacaacttgcgcgaagctctc 5259347  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5259348 attgtccttcggacaatccctcttgaagtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 5259410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 4599543 - 4599807
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||| |||    
T  4599543 cctctccagactgaccatgagtattatcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccacaccgtctacaaggaatc 4599642  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| |||||||||   | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  4599643 aactccaaggtgagaaccctcacctttaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 4599742  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4599743 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 4599807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 6717853 - 6717596
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||  ||| |||||||||| ||||     
T  6717853 cctctccagactaaccataagtattctcaccactgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacga--accactctacaaggaatcaa 6717756  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |  |||||||||||| ||||| ||||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
T  6717755 taccaaggtgagaaccctcaccttcacctccctcccaacaactcaccatcaaagcacccacatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagctctc 6717656  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttata 260  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  6717655 atcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttata 6717596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10210542 - 10210281
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||| |||    
T  10210542 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccactccgtctacaaggaatc 10210443  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||    ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  10210442 aataccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaact---caccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 10210346  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10210345 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 10210281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10059811 - 10059547
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||| |||    
T  10059811 cctctccagactaaccacgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccataccatctacaaggaatc 10059712  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  10059711 aactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 10059612  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10059611 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgccccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 10059547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10057589 - 10057325
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||| |||    
T  10057589 cctctccagactaaccacgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccataccatctacaaggaatc 10057490  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||||||  |     
T  10057489 aactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcagacacaacttgcgcggagcta 10057390  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10057389 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgccccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 10057325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10062033 - 10061769
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||| |||    
T  10062033 cctctccagactaaccacgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccataccatctacaaggaatc 10061934  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||||||  |     
T  10061933 aactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcagacacaacttgcgcggagcta 10061834  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10061833 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgccccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 10061769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10064255 - 10063991
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||| |||    
T  10064255 cctctccagactaaccacgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccataccatctacaaggaatc 10064156  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||||||  |     
T  10064155 aactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcagacacaacttgcgcggagcta 10064056  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10064055 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgccccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 10063991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10066477 - 10066213
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||| |||    
T  10066477 cctctccagactaaccacgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccataccatctacaaggaatc 10066378  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||||||  |     
T  10066377 aactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcagacacaacttgcgcggagcta 10066278  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10066277 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgccccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 10066213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 18098043 - 18098319
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || ||  ||||     
T  18098043 cctctccagactgatcatgagtattcttactaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagacgaccaccgctccactagacatcaa 18098142  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggattt 197  Q
    |  |||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  18098143 tctcaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagtt 18098242  T
Q  198 gtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
      ||||   ||||||||||||| |||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| | | |||||| ||||||||    
T  18098243 accattaatctccggacaatccttcttgaaatgacccatcttgtgacagttaaagcattcagactttgacttgttac 18098319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 43227448 - 43227187
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || |||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  43227448 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtccctccagacgatcaccgctccactaggcatcactcccaaggtgagaca 43227349  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  43227348 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 43227249  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
    ||||||| |||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| | | |||||| ||||||||    
T  43227248 acaatccttcttgaaatgacccatcttgtgacagttaaagcattcagactttgacttgttac 43227187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 10957213 - 10957454
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| ||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  10957213 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccactccactaggcatcactcccaaggtgagaca 10957312  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||  |||||||    
T  10957313 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaacctccgg 10957412  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  10957413 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 10957454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 23634810 - 23634537
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |   ||||     
T  23634810 cctctccagactgatcatgagtattcttaccacctcttctccatgctgatgttgagtgtttaacgtctctctagacgaccaccgctctaccatacatcaa 23634711  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  | |||||||||  |||| ||||||| ||| | ||| ||| |    
T  23634710 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaaaaacacaccaccagagcacatgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgtggagttgcc 23634611  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
    |||   ||||||||||||| || | ||  || | | ||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  23634610 attaatctccggacaatccttcatgaagtgatccatcttgtgacagttaaagcatttagactttgacttgttac 23634537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 3315729 - 3315559
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| || | | |||||    
T  3315729 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccacctctccactaagcatcat 3315630  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  3315629 tcccaaggtgagatacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 3315559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 457275 - 457034
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  457275 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 457176  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| |||||  |  ||||   ||||||    
T  457175 catcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagctaccattaatctccgg 457076  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  457075 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 457034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 275
Target Start/End: Original strand, 4309397 - 4309659
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| || ||| |||| | |||| |||||| |    
T  4309397 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagacgaccactactccactaggcatcactcccaaagtgagaca 4309496  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||  ||  |||| ||||||| ||| ||||| || |||||   || |||    
T  4309497 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatccttttaaccctcagagacaatttgtgcggagttatcattaatcttcgg 4309596  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttact 275  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| |||||||| | | |||||| |||||||||    
T  4309597 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagcattcaaactttgacttgttact 4309659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Original strand, 6064686 - 6064924
Alignment:
Q  19 gagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacct 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||| |||| | ||||||||||| || |    
T  6064686 gagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagacacat 6064785  T
Q  119 caccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggaca 215  Q
    |||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||| |||||    
T  6064786 caccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctctggaca 6064885  T
Q  216 atccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    |||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  6064886 atccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 6064924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 7769893 - 7769725
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||| |||| |||||||||||||| |||||   ||||||||||||||| |||||    
T  7769893 cctcttcagactgaccatgagtattcttcccacagactctctaggatgatcttgactgtttaacgtctctccagatagacaccgctctacaaggcatcat 7769794  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcat 169  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  7769793 tcacaaggtgagaaacatcaccttcttcatctccccaacgagacaccaccaaagcacccgcatcctcat 7769725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 11169469 - 11169228
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  11169469 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 11169370  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
      ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || ||| |||| |||||||||  ||||  |||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  11169369 tatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagctcccgcatcctcataaccctctaagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 11169270  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  11169269 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 11169228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 53916885 - 53917028
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  53916885 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgtagagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaa 53916984  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||    
T  53916985 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctacaaacaacac 53917028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27422019 - 27421807
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||    
T  27422019 cctcttcagactaaccatgagtattcttctcaccgccttttcatgctgatgttgagtgtttaaagtctctccagacgaccgccgctctacaaggcatcat 27421920  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |  |||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||   |||||||||||||    |||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||  |    
T  27421919 tcacaaggtgagaaacaacaccttcttcatctccccaacaagctaccaccaaagcacttacatcctcataaacctcggagacaatttgtgcggagttacc 27421820  T
Q  201 attgtcctccgga 213  Q
    ||||| |||||||    
T  27421819 attgttctccgga 27421807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 42991346 - 42991176
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |  ||| ||||     
T  42991346 cctctccagactgatcatgagtattcttaccactgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagatgatcaccgctccattaggcatcac 42991247  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  42991246 ttccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 42991176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 5898780 - 5898539
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  5898780 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgactaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 5898681  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcccaacaacac---accaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||   |||| || |||||  | |||||||||   ||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  5898680 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacttgcatcctcataactctctgagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 5898581  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  5898580 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 5898539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 28101219 - 28101362
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||| || ||| |||||    
T  28101219 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggatgatgttgagtgtttaacttccctctagatgaccaccgctccactaggcatcat 28101318  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    |  |||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  28101319 tttcaaggtgagacatatcaccttcttcatcctccaaacaacac 28101362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 25634877 - 25634712
Alignment:
Q  2 ctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcatt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||  ||| |||||||||   || ||| ||||||    
T  25634877 ctctccagactgaccatgagtattcttagcaccgcctctctaggctgatgttgagtatttaacaactctctagacgaccaccgc---actaggcatcatt 25634781  T
Q  102 accaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcata 170  Q
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  | |||||||||    
T  25634780 cacaaggtgagaaacatcaccttcttcatcctccaaacaacacaccaccaaaacacttgcatcctcata 25634712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 1619717 - 1619875
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||| | || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||  || ||| || ||||||| |||||    
T  1619717 cctcttcagactaaccacgagtattcttacaactgcctctctgggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagaaaactaccactttacaaggaatcat 1619816  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcaccc 159  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  1619817 tcacaaggtgagaaacatcaccttcttcatcctcccagcaacagaccaccaaagaaccc 1619875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 144
Target Start/End: Original strand, 43422683 - 43422824
Alignment:
Q  3 tctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcatta 102  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||| || || ||| |||| |     
T  43422683 tctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctctaggctgatgttgagtgtttatcgtctctccatacgaccaccgttccactaggcatcactc 43422782  T
Q  103 ccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
     |||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  43422783 tcaaggtgagacagatcaccttcttcatcctccaaacaacac 43422824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Original strand, 891118 - 891288
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||| || ||| ||||     
T  891118 cctctccagactaatcatgagtattcttaccaccgcctctccaagatgatgtcgagtgtttaacgtctctccaaacgaccaccgctccactaggcatcac 891217  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | | |||| |||| || |||||||||||||| |||   ||||| |||||||||| |||||||  |||||||    
T  891218 tccaaaggcgagacacatcaccttcttcatcttccaaacaacaccacaccaccagagcaccctcatcctca 891288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 158
Target Start/End: Original strand, 15824698 - 15824838
Alignment:
Q  18 tgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacc 117  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||  ||| ||| | | |||||||||| |||| | | |||||||||||      
T  15824698 tgagtattcttcccatcgcccctccaagatgatgttgagtgtttaatgtctctctagacgactatctctctacaaggcatcactccaaaggtgagaaata 15824797  T
Q  118 tcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacc 158  Q
    ||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||    
T  15824798 tcaccttcttcatctccccaacgagacaccaccaaagcacc 15824838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 27900290 - 27900223
Alignment:
Q  4 ctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctt 71  Q
    ||||| |||| || |||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  27900290 ctccaaactggccctgagtattctttgcaccgcctctccagactgatgttgggtgtttaacgtctctt 27900223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 78
Target Start/End: Original strand, 27882632 - 27882692
Alignment:
Q  18 tgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga 78  Q
    |||||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  27882632 tgagtattctttgcaccgcctctccaaactgatgctgagtgtttaacgtctcttaagatga 27882692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 5407902 - 5408164
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| ||||     
T  5407902 cctccccagactaaccatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccactctacaaggcatcaa 5408001  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
T  5408002 taccaaggtgagaaccctcaccttcatcttcctcccaacaactcaccaccaaagcacctgcatccccatactcctcggacacaacttgcgcggagctctc 5408101  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
     ||||||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5408102 gttgtcctccggacaatccctcttgaggtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 5408164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 5412227 - 5412489
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| ||||     
T  5412227 cctccccagactaaccatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccactctacaaggcatcaa 5412326  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
T  5412327 taccaaggtgagaaccctcaccttcatcttcctcccaacaactcaccaccaaagcacctgcatccccatactcctcggacacaacttgcgcggagctctc 5412426  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
     ||||||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5412427 gttgtcctccggacaatccctcttgaggtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 5412489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 16568308 - 16568046
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||     
T  16568308 cctctccagactaaccatgagtattgttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctttccagatgaacaccgctctacaaggcatcaa 16568209  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||  | ||    
T  16568208 taccaaggtgagaaccctcaccttcatcttcctcccaacaactcacaaccaaagcacccgcatccccatactcctcggacgcaacttgcgcggagctctc 16568109  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16568108 attgtcctctggacaatctctcttgaagtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 16568046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 16652282 - 16652017
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||| |||    
T  16652282 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccactccgtctacaaggaatc 16652183  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  16652182 aataccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 16652083  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacactt-aaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  16652082 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtaacacttaaaagcacttatactt 16652017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 16554020 - 16553756
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||| |||    
T  16554020 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccactccgtctacaaggaatc 16553921  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||| | | ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  16553920 aataccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaaaacctcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 16553821  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||| |||||||| |||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16553820 tcatcttcctccagacaatccttcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 16553756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 16630576 - 16630312
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||| |||    
T  16630576 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccactccgtctacaaggaatc 16630477  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||| | | ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  16630476 aataccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaaaacctcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 16630377  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||| |||||||| |||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16630376 tcatcttcctccagacaatccttcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 16630312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 34166228 - 34165964
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||| |||    
T  34166228 cctctccagactaaccacgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccataccatctacaaggaatc 34166129  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  34166128 aactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 34166029  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34166028 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgccccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 34165964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 11137476 - 11137320
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||| |||| |||||    
T  11137476 cctcttcagactaaccatgagtattcttcccaccgcctttccagaatgatgttgagtgtttaacgtctctatagacgatcaccgctctataaggcatcat 11137377  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcac 157  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  11137376 tcccaaggtgagaaacatcaccttcttcatcgtaccaacaacacaccaccaaagcac 11137320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 30444692 - 30444429
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| | ||||     
T  30444692 cctcttcagactgaccatgaatattcttcccaccgcctctccatgctgatgttgagtgtttaatgtctctccagacgaccaccgctctacaaagcatcac 30444593  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcat-actcctcggagacaacttgcgcggatttgt 199  Q
    | ||||||  |||| | ||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||| ||| || |||||||| || |||| ||||||| |||| |||| ||      
T  30444592 tcccaaggcaagaatcatcaccttcttcatctccccaacgagacaccactaaaacactcgcatcctcataacccctcagagacaatttgcacggagttac 30444493  T
Q  200 cattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||||| |||| | |||||| |||| ||  |||| | ||||||||| |||||||||||| ||||    
T  30444492 cattgttctccaggcaatccttcttgaagcgacctatcttgtgacagttaaagcacttaaactt 30444429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 33310278 - 33310037
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  33310278 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccactccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 33310179  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  33310178 catcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgtatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggaattaccattaatctccgg 33310079  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  33310078 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 33310037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 3395380 - 3395246
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||    
T  3395380 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcat 3395281  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc 135  Q
    | ||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  3395280 tcccaaggtgagacacatcacattcttcatcctcc 3395246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 26067285 - 26067526
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |  ||| |||| | ||||||||||| |    
T  26067285 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccagtaggcatcaatcccaaggtgagaca 26067384  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| |||| || ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  26067385 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagataatttgtgcggagttaccattaatctccgg 26067484  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| || |||||    
T  26067485 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttgaagca 26067526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 144
Target Start/End: Original strand, 3631161 - 3631297
Alignment:
Q  8 agactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaag 107  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| || ||| ||||   |||||    
T  3631161 agactgatcatgactattcttaccaccgcctctccaggttgatgttgagtgtttaacgtctctccagacaaccaccgctccactaggcatcacccccaag 3631260  T
Q  108 gtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  3631261 gtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 3631297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 31 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 26944562 - 26944409
Alignment:
Q  31 caccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcat 130  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||| |||| | ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  26944562 caccgcctctctaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccgctctactaggcatcactcccaaggtgaaaaacatcaccttcttcat 26944463  T
Q  131 cctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaa 184  Q
    |||   ||||||||||||| ||| ||   |||||||||||  |||| |||||||    
T  26944462 cctttaaacaacacaccacgaaaacatttgtatcctcataaccctcagagacaa 26944409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Original strand, 15533828 - 15533983
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    |||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| |  || ||||||| |    
T  15533828 catgagtattgttgcctccgcctctctaggctgatgttgagtgtataacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcactctcatggtgagaca 15533927  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  15533928 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 15533983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 91
Target Start/End: Original strand, 10456477 - 10456567
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctaca 91  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||| |||| | |||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||| || |||| |||||||    
T  10456477 cctctccataccgaccttgagtattcttcgcaccacttctctaggatgatgttgagtgtttaatgtctctccagacgaacacccctctaca 10456567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 186
Target Start/End: Original strand, 10456597 - 10456680
Alignment:
Q  103 ccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaact 186  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||  ||||||||| |||||  | ||||||||| ||||| ||| |||||    
T  10456597 ccaaggtgagaaacttcaccttcttcatcaccccaacatgacaccaccagagcacatgcatcctcataatcctctgaggcaact 10456680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 115920 - 115680
Alignment:
Q  23 attcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcacc 122  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  115920 attcttcccactgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccactttacaaggcatcaataccaaggtgagaaccctcacc 115821  T
Q  123 ttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatccctc 222  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  115820 ttcatcatcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatccccatactccttggacacaacttgagcggatctctcattgtcctccggacaatccctc 115721  T
Q  223 ttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    || ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  115720 ttgaagtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 115680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 34255331 - 34255593
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| ||| |||||| ||||     
T  34255331 cctctccggactaaccatgagtattcttaccaccacctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccactccacaaggcatcaa 34255430  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||  | ||    
T  34255431 taccaaggtgagaaccctcaccttcatcttcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatccccatactccttggacacaacttgcgcggagctctc 34255530  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34255531 attgtcctccgaacaatccctcttgaagtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 34255593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 31577177 - 31577451
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| || ||    
T  31577177 cctctccagactgaccatgagtattcttacaaccgcctctccaggctgaggttgagtgtttaacgtctctccagaagaacaccgctctacaaggcataat 31577276  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||  |||| |||| || ||| ||||| ||  |    
T  31577277 tcacaaggtgagaaacatcacattcttcatcctcccaacaagacaccactgaagcacccgcatcctcataaccctcagagaaaatttgtgcggagttacc 31577376  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttact 275  Q
    ||| | || |||||||||| || | ||  |||| | ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  31577377 attattcttcggacaatccttcatgaagtgacccatcttctgacaattaaagcacttaaactttgacttgttact 31577451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 4732972 - 4732797
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | | || |||| |||||||||| ||||     
T  4732972 cctctccaggctaaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgatgagtgtttaacgtctctctaaacgaacaccactctacaaggcatcaa 4732873  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctc 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  4732872 taccaaggtgagaaacctcaccttcatcatcctcccaacaactcgccaccaaagcacgcgcatcctcatactcctc 4732797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 41365838 - 41365994
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||| ||||||||||  |||     
T  41365838 cctctccaggctaaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacaatcaccactctacaaggcctcaa 41365937  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcac 157  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41365938 taccaaggtgagagacttcaccttcttcatcctcccatcaacacaccaccaaagcac 41365994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 17848985 - 17848712
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| || ||    
T  17848985 cctcttcagactgaccatgactattctttcgaccgcctctccagggtgatgttgaatgtttaatgtctctccagacgaccaccgctctacaaggcataat 17848886  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    | |||||||||||||| |||| ||||| |||  |||||| | |||||| |||||||||||| | |||||   |||||||||||| ||| ||||| ||  |    
T  17848885 tcccaaggtgagaaacatcactttctttatcaccccaacgagacaccatcaaagcacccgtgttctcatcaccctcggagacaatttgtgcggagttacc 17848786  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
    ||||| ||  ||||||||| |||| ||  |||| | ||||||| | |||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  17848785 attgttctatggacaatccatcttgaagtgacccatcttgtgataattaaagcaattaaactttgacttgttac 17848712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 18812152 - 18811911
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  18812152 catgagtattcttaccaccgcctttccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgcttcactaggcatcaatcccaaggtgagaca 18812053  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||| ||    
T  18812052 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctctgg 18811953  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  18811952 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 18811911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 21481619 - 21481436
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||  ||| | ||     
T  21481619 cctctccagactgatcatgagtattcttaccatcgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctcttgacgaccaccgctctatcaggcaacac 21481520  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaa 184  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||  | |||||||||  |||| |||||||    
T  21481519 tcccaaggtgagaaacatcaccttcttcatcctccatacaacgcaccaccaaaacacatgcatcctcataaccctcagagacaa 21481436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 43081046 - 43080865
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  43081046 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 43080947  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcgga 194  Q
    | ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| |||||    
T  43080946 catcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcgga 43080865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 27828429 - 27828168
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  27828429 catgagtattcttactaccacctctccaggttgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 27828330  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||| ||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||  ||| |||    
T  27828329 catcatcttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaaccttcgg 27828230  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||| | |||||||| | | |||||| ||||||||    
T  27828229 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgatagttaaagcattcaaactttgacttgttac 27828168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 41383775 - 41383635
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||| ||||     
T  41383775 cctctccaaactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccgctccactaggcatcac 41383676  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaa 141  Q
    |  |||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||    
T  41383675 tctcaaggtgagacacatcaccttcatcatcctccaaacaa 41383635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 59 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15069971 - 15069773
Alignment:
Q  59 tttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| | |||||||||||  | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||    
T  15069971 tttaacgtctcttcagatgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagatccatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcaaagc 15069872  T
Q  156 acccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   |||| |||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  15069871 acctgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctccagacaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 15069773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 15071882 - 15071820
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaa 63  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15071882 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaa 15071820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 29543226 - 29543107
Alignment:
Q  145 accaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgac 244  Q
    |||||||||||||| | |||||| || ||||| ||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||  || | | ||||||||    
T  29543226 accaccaaagcacctgcatcctcctaatcctcagagacaacttgcgtggagttatcaatgtcctccggacaatcccttttgaagtgatccatcttgtgac 29543127  T
Q  245 acttaaagcacttatacttt 264  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  29543126 acttaaagcatttatacttt 29543107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 181 - 259
Target Start/End: Original strand, 41365999 - 41366077
Alignment:
Q  181 acaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttat 259  Q
    ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  41365999 acaacttgcacggagttctcattgtcctccggacaatccctcttgaagtgaccaaacttgcgacacttgaagcacttat 41366077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 212 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 4732795 - 4732744
Alignment:
Q  212 gacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  4732795 gacaatccctcttgaagtgaccaaacttgtgatacttaaaacacttatactt 4732744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 34)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 12740558 - 12740820
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||||| ||||     
T  12740558 cctctccaggctaaccatgagtattcttctcaccgcctatccaggatgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccactttacaaggcatcaa 12740657  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| | || |||||||||| || |||||||||||||| || ||    
T  12740658 taccaaggtgagaaacctcaccttcatcatcctcccaacaactcaccgccaaagcacccgcacccccatactcctcagacacaacttgcgcggagttctc 12740757  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12740758 attgtcctccagacaatccctcttgaagtgaccaaacttatgacacttaaagcacttatactt 12740820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 12748764 - 12749026
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||||| ||||     
T  12748764 cctctccaggctaaccatgagtattcttctcaccgcctatccaggatgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccactttacaaggcatcaa 12748863  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| | || |||||||||| || |||||||||||||| || ||    
T  12748864 taccaaggtgagaaacctcaccttcatcatcctcccaacaactcaccgccaaagcacccgcacccccatactcctcagacacaacttgcgcggagttctc 12748963  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12748964 attgtcctccagacaatccctcttgaagtgaccaaacttatgacacttaaagcacttatactt 12749026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 5137436 - 5137172
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||||| |||    
T  5137436 cctctccagactaaccacgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccacaccatctacaaggaatc 5137337  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    | ||||||| |||||  ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  5137336 aataccaagatgagacccctcaccttctccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 5137237  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5137236 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 5137172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Original strand, 34571423 - 34571617
Alignment:
Q  1 cctctccagactgacca-tgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatca 99  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||| |||||||||| ||||    
T  34571423 cctctccagactaaccaatgagtattcttcacaccacctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagacgaacaccactctacaaggcatca 34571522  T
Q  100 ttaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcgga 194  Q
     ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  34571523 ataccaaggtgagaaaccccaccttcatcatcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatcctcatactcctcaaacacaacttgcgcgga 34571617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 8394762 - 8394498
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgc-tctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||  | ||||||| | |||    
T  8394762 cctctccagactgatcatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccacaccgtctacaatgaatc 8394663  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  8394662 aactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 8394563  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394562 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 8394498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 7124052 - 7123788
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgacc---accgctctacaaggtat 97  Q
    |||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |   |||| ||||||||| ||    
T  7124052 cctctccagactaactatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccataccg-tctacaaggaat 7123954  T
Q  98 cattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggattt 197  Q
    ||   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |    
T  7123953 caactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagct 7123854  T
Q  198 gtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
     ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7123853 atcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 7123788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 59 - 277
Target Start/End: Original strand, 52094246 - 52094464
Alignment:
Q  59 tttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacc 158  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  52094246 tttaacgtctctccagatgatcaccactctacaaggcatcaatatcaaggcgagaaccctcaccttcatcatcctcccaacaaatcaccaccaaagcacc 52094345  T
Q  159 cgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcactta 258  Q
    |  |||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||| |||    
T  52094346 cacatccccatactcctcggacacaacttgcgcggagttctcattttcctccgggcaatccctcttgaagtgacccaacttgtgacacttaaagcattta 52094445  T
Q  259 tactttgtcttgttactgc 277  Q
    |||||   |||||||||||    
T  52094446 tacttatccttgttactgc 52094464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 22781627 - 22781868
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  22781627 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 22781726  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  22781727 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 22781826  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  22781827 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 22781868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Original strand, 22133492 - 22133748
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||| ||||     
T  22133492 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccgctccactaggcatcaa 22133591  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggattt 197  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  ||   ||||||| ||| ||||| ||    
T  22133592 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccccttgagacaatttgtgcggagtt 22133691  T
Q  198 gtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
      ||||  || ||||||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  22133692 accattaacccccggacaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 22133748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 10113965 - 10113809
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  10113965 cctcttcagactgaccataagtattcttcccaccacctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagatgatcaccgctctactaggcatcat 10113866  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcac 157  Q
    |  ||||||  ||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10113865 tcacaaggttggaaacattaccttcttcattctcccaacaacacgccaccaaagcac 10113809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 5099941 - 5099720
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  5099941 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctaatgttgagtgtttaatgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcac 5099842  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggattt 197  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  5099841 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcatagccctcagagacaatttgtgcggagtt 5099742  T
Q  198 gtcattgtcctccggacaatcc 219  Q
      ||||   |||||||||||||    
T  5099741 accattaatctccggacaatcc 5099720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 12 - 274
Target Start/End: Original strand, 5206500 - 5206761
Alignment:
Q  12 tgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtga 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||  |||| | ||||  ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  5206500 tgaccttgagtattcttcccaccgtctttccaagctgatgttgagtgtttactgtctat-cagactaccaccgatctacaaggaatcattacctaggtga 5206598  T
Q  112 gaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccg 211  Q
    ||||| |||||||| |||||| || ||||  |||||| || | |||||| ||||||||| | |||  ||||||||||||  || || | ||||| |||||    
T  5206599 gaaacgtcaccttcctcatccccctaacatgacaccatcagatcacccgcatcctcataatgctcaaagacaacttgcgtagagtttttattgttctccg 5206698  T
Q  212 gacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
      ||||||||||| ||  |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5206699 tccaatccctcttgaagtgacccatcttgtgacacttatagcacttatactttgtcttgttac 5206761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 36379348 - 36379206
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||    
T  36379348 cctctccagactgatcatgagtattattaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcat 36379249  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaaca 143  Q
    | |||||||||||||  ||  |||||||||||||| |||||||    
T  36379248 tcccaaggtgagaaaaatcgtcttcttcatcctccaaacaaca 36379206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Original strand, 14788644 - 14788814
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  14788644 cctctctagactaatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcac 14788743  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctc---ccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||    ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  14788744 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctcgaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 14788814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 47563877 - 47563734
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||     
T  47563877 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcatctctagactgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctctactatgtatcaa 47563778  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  47563777 tcccaaggtgagacacatcacattcttcatcctccaaacaacac 47563734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 144
Target Start/End: Original strand, 9175363 - 9175491
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  9175363 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 9175462  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | |||||||||||||||||| | ||||||    
T  9175463 catcaccttcttcatcctccaagcaacac 9175491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 22045604 - 22045846
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatg-accaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaa 114  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||| || ||| |||| | |||||||||||     
T  22045604 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtgtctccagacgaaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagat 22045703  T
Q  115 acctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccg 211  Q
    || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| |||| || ||| ||||| ||  ||||   |||||    
T  22045704 acatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctctgagataatttgtgcggagttaccattaatctccg 22045803  T
Q  212 gacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    |||||||| |||| ||  |||| | ||| ||||| ||||||||    
T  22045804 gacaatccttcttgaagtgacccatcttatgacagttaaagca 22045846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 11007458 - 11007699
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  11007458 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctctagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 11007557  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | |||||||||||||||| |   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  11007558 catcaccttcttcatccttcaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaatctccgg 11007657  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    | ||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  11007658 aaaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 11007699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 168
Target Start/End: Original strand, 3577932 - 3578087
Alignment:
Q  14 accatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgaga 113  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |  |||| || ||| |||||||||||    
T  3577932 accatgagtattcttactaccgcctctccatgctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagacgatcaccgcgttgtaaggcattattcccaaggtgaga 3578031  T
Q  114 aacctcaccttcttcatcctccc-aacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| | |||||||    
T  3578032 aacatcaccttcttcattctcccaaacaagaccccaccaaagcacctgcatcctca 3578087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 194
Target Start/End: Original strand, 16933038 - 16933219
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  16933038 catgagtattcttaccaccgcctctccaagctaatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 16933137  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcgga 194  Q
    | ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| |||||    
T  16933138 catcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcgga 16933219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 59 - 194
Target Start/End: Original strand, 52083239 - 52083374
Alignment:
Q  59 tttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacc 158  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  52083239 tttaacgtctctccagatgatcaccactctacaaggcatcaatatcaaggcgagaaccctcaccttcatcatcctcccaacaaatcaccaccaaagcacc 52083338  T
Q  159 cgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcgga 194  Q
    |  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52083339 cacatccccatactcctcggacacaacttgcgcgga 52083374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Original strand, 12399693 - 12399824
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  12399693 cctctccagactaatcatgagtattcttaccaccgcctttccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagacgaccaccgctccactaggcatcaa 12399792  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcc 132  Q
    | |||||||||||  | |||||||||||||||    
T  12399793 tcccaaggtgagacgcatcaccttcttcatcc 12399824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Original strand, 12401968 - 12402099
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||  || ||| ||||     
T  12401968 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcttttccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagacgaccaccgcttcactaggcatcaa 12402067  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcc 132  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  12402068 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcc 12402099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 16454427 - 16454255
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgat--gttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatc 98  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  |||  ||||||||||||  ||| |||    
T  16454427 cctctccagtctgatcatgagtattcttgccaccgcctctccaggctgatctgttgagtgtctaacgtctctctagacaaccaccgctctaacaggcatc 16454328  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | | ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  16454327 actcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 16454255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 144
Target Start/End: Original strand, 22801963 - 22802091
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    |||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  22801963 catgagtattgttgcctccgcctctccagactgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccactccactaggcatcactcccaaggtgagaca 22802062  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22802063 catcaccttcttcatcctccaaacaacac 22802091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26559030 - 26558827
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||  |  |||| |||||||||||||||||||||| |||| | || | |||| |||||||| |||| |||| | | ||||||||| |    
T  26559030 catgagtattcttaccgtcaactcttcaggctgatgttgagtgtttaatgtctgtacaaacgaccgccgctctataaggcatcagtccaaaggtgagaga 26558931  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggaca 215  Q
    | ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||  ||||| |||||| ||| ||||| ||  |||||| ||| |||||    
T  26558930 catcaccttcttcatcaccccaacaagacacaaccaaagcacccacatcctcataaccctcgaagacaatttgtgcggagttaccattgttctctggaca 26558831  T
Q  216 atcc 219  Q
    ||||    
T  26558830 atcc 26558827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 161 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4589134 - 4589032
Alignment:
Q  161 tatcctcatactcctcg-gagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttat 259  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4589134 tatcctcatacttctcaagagacaacttgcgcggagttatcattgtcctccggacaatcccttttgaagtgaccaaacttgtgaaacttaaagcacttat 4589035  T
Q  260 act 262  Q
    |||    
T  4589034 act 4589032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 36770573 - 36770499
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcaga 75  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36770573 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctttccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccaga 36770499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 140
Target Start/End: Original strand, 36920724 - 36920848
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||| |||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||| |||| |  |||||||||| |    
T  36920724 catgaatattgttgcctccgcctctccagactgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccgctccactaggcatcaatctcaaggtgagaca 36920823  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcccaaca 140  Q
    | |||| ||||||||||||| ||||    
T  36920824 catcacattcttcatcctccaaaca 36920848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 180 - 249
Target Start/End: Original strand, 34571635 - 34571704
Alignment:
Q  180 gacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacactta 249  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  34571635 gacaacttgcgcggagttctcattgtcctccggacaatccctcttgaagtgaccaaacttgtgacactta 34571704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 75
Target Start/End: Original strand, 18536032 - 18536091
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcaga 75  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18536032 catgaatattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccaga 18536091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 47565695 - 47565620
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagat 76  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47565695 cctctccaggctgatcatgagtattcttaccactgcctcttcaggttgatgttgagtgtttaacgtctctccagat 47565620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 104 - 153
Target Start/End: Original strand, 18536819 - 18536868
Alignment:
Q  104 caaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaa 153  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18536819 caaggtgagaaacatcaccttcttcatcctccaaacaacacaccaccaaa 18536868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 47565726 - 47565681
Alignment:
Q  5 tccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgat 50  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47565726 tccaaactgaccatgaatattcttaccaccgcctctccaggctgat 47565681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 24)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 29721715 - 29721455
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||| |||||||||| ||||     
T  29721715 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacga--accactctacaaggaatcaa 29721618  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
T  29721617 taccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagctctc 29721518  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29721517 atcgtcctccggacaatccctcttgaagtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 29721455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 13487367 - 13487105
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| || ||||||||||||||||  | | || |||| |||||||||| ||||     
T  13487367 cctctccagactaaccatgagtattcttcccaccgcttctgcaagctgatattaagtgtttaacgtctctctatacgaacaccactctacaaggcatcaa 13487268  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
     | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  13487267 aagcaaggtgagaaacctcaccttcatcatcctcccaacaactcaccatcaaagtacccgcatcctcatactcctcggacacaacttgcgcggagttctc 13487168  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  13487167 attgtcctccggacaatccctcttgaagtgaccaaacttttgacacttaaaggacttatactt 13487105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 5 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 535073 - 534818
Alignment:
Q  5 tccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattacc 104  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||| |||||||||| |||||||||    
T  535073 tccaggctaaccatgagtattattcccagcgcctctcgaggctgatgttgagtgtttaacgtctctctagacgatcaccactctacaaggcatcattacc 534974  T
Q  105 aaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattg 204  Q
    ||||| |||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| |||| || ||||||    
T  534973 aaggtaagaaacctcaccttc---atcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatcctcatacttctcggacagaacttgcacggagttctcattg 534877  T
Q  205 tcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  534876 tccttcggacaatccctcttgaagtgaccaaacttgtgacacttaaaacacttatactt 534818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 263
Target Start/End: Original strand, 42427276 - 42427519
Alignment:
Q  17 atgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaac 116  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  42427276 atgaatattcttcccatcgcctctccaggatgatgttgagtgtttaacgtctctccagacaaccaccactctacaaggcatcaataccaaggtgagaaac 42427375  T
Q  117 ctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaa 216  Q
    |||||||||   |||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||| ||    
T  42427376 ctcaccttc---atcctcccaacaactcacaaccaaagcactcgcatcctcatactcttcggacacaacttgcgcggggttctcattgtcctccggaaaa 42427472  T
Q  217 tccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42427473 tccctcttgaagtgatcaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 42427519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 16408662 - 16408415
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |  | |||||||||| |||| ||||||||||||||     
T  16408662 catgagtattctcaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccacactctacaaggaatcaataccaaggtgagaac 16408563  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggaca 215  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  | ||||||||||| |||||||| |||||  | |||||||||||||||||    
T  16408562 cctcaccttcatcttcctcccaacaactcaccaccaaagcacccgcatctccgtactcctcggacacaacttgtgcggagctctcattgtcctccggaca 16408463  T
Q  216 atccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16408462 atccctcttgaagtgacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 16408415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 26174122 - 26173860
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |  | |||||||||| ||||     
T  26174122 cctctccagactaaccatgagtattctcaccatcgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccacactctacaaggaatcaa 26174023  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||| || || |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
T  26174022 taccaaggtgagaaccctcaccctcatcttccttccaacaactcaccaccaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagctctc 26173923  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26173922 attgtcctccggaaaatccctcttgaagtgacccaacttgtgacacttaaaacacttatactt 26173860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 16545784 - 16545520
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccac-cgctctacaaggtatc 98  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||| |  ||||||||| |||    
T  16545784 cctctccagactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccacactgtctacaaggaatc 16545685  T
Q  99 attaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttg 198  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||  ||||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  16545684 aataccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccgtcaaagcacccacatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagcta 16545585  T
Q  199 tcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16545584 tcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 16545520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 40381460 - 40381196
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgacc---accgctctacaaggtat 97  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |   |||| ||||||||| ||    
T  40381460 cctctccaaactaaccatgagtattctcaccaccgcctctccaggctgacgttgagtgtttaacgtctctccagacgaaccataccg-tctacaaggaat 40381362  T
Q  98 cattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggattt 197  Q
    ||   |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||  |    
T  40381361 caactccaaggtgagaaccctcaccttcaccttcctcccaacaactcaccatcaaagcacccgcatctccatactcctcggacacaacttgcgcggagct 40381262  T
Q  198 gtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
     ||||  |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40381261 atcatcttcctccggacaatccctcttgaagtgtcccaacttgtgacacttaaaacacttatactt 40381196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 18468091 - 18467835
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  18468091 cctctccagactgatcatgggtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtttttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcac 18467992  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggattt 197  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| || ||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  18467991 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcatagcacctgtgtcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagtt 18467892  T
Q  198 gtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
      ||||   ||||||||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  18467891 accattaatctccggacaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 18467835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 15355739 - 15355980
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  15355739 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 15355838  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  15355839 catcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcaaagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggaattaccattaatctccgg 15355938  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||| ||||| ||||||||    
T  15355939 acaatccttcttgaagtgacccatcttatgacagttaaagca 15355980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 25806498 - 25806355
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  25806498 cctctctagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaa 25806399  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  25806398 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 25806355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 30 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10751073 - 10750846
Alignment:
Q  30 ccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| || ||||||||||||    
T  10751073 ccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagacacatcaccttcttca 10750974  T
Q  130 tcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccggacaatccctcttaa 226  Q
    ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| || || ||  ||||  |||||||||||||| |||| |    
T  10750973 tcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgctgagttaccattaacctccggacaatccttcttga 10750874  T
Q  227 aaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    |  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  10750873 agtgacccatcttgtgacagttaaagca 10750846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 27911500 - 27911330
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  27911500 cctctctagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgtcgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaa 27911401  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  27911400 tcccaaggtgagacacgtcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 27911330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 20044040 - 20043897
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  20044040 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccacctctccaagatgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggaatcac 20043941  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  20043940 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 20043897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 34478309 - 34478550
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  34478309 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgatcaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 34478408  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||  ||||||| ||| | ||| ||  ||||   ||||||    
T  34478409 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcaccagcatcctcataacccttagagacaatttgtgtggagttaccattaatctccgg 34478508  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||    
T  34478509 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca 34478550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 23666434 - 23666194
Alignment:
Q  18 tgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaac 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| ||    
T  23666434 tgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgacccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagacac 23666335  T
Q  117 ctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgga 213  Q
     ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   |||||||    
T  23666334 atcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggaattaccattaatctccgga 23666235  T
Q  214 caatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    |||||| |||| ||  |||| | ||| ||||| ||||||||    
T  23666234 caatccttcttgaagtgacccatcttatgacagttaaagca 23666194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 659086 - 658943
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  659086 cctctccagactgatcatgattattcttacgaccgcctctctaggctgatggtgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcac 658987  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  658986 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 658943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 6746460 - 6746199
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||||| || ||| |||| | | ||||||||| |    
T  6746460 catgagtattcttaccaccacctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctcaagacgaacaccgctccactaggcatcaatcctaaggtgagaca 6746361  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| |||||||  | |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  |||    ||||||    
T  6746360 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccattagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccatcaatctccgg 6746261  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| |||||||| | | |||||| ||||||||    
T  6746260 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagcattcagactttgacttgttac 6746199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 18510625 - 18510768
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||| ||||     
T  18510625 cctctccagactgatcatgagtgttcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagacgaacaccgctccactaggcatcac 18510724  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || ||| ||| |||||| ||| ||||||||    
T  18510725 tcccaaggtgagacacatcatcttattcatcgtccaaacaacac 18510768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 31544122 - 31543881
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  31544122 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctatagacgaccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 31544023  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| ||||||| |  |||| |||| || ||| ||||| ||  ||||   ||||||    
T  31544022 catcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcacaaccctctgagataatttgtgcggaattaccattaatctccgg 31543923  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | |||| |||| ||||||||    
T  31543922 acaatccttcttgaagtgacccatcttgcgacagttaaagca 31543881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Original strand, 31467108 - 31467247
Alignment:
Q  5 tccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattacc 104  Q
    |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| || ||| |||| | ||    
T  31467108 tccagacttatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggatgatgttgagtgtttaacgtctctccaaacgaccaccgctccactaggcatcaatccc 31467207  T
Q  105 aaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    || |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  31467208 aaagtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 31467247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 20505078 - 20505264
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||| ||| || ||| ||||     
T  20505078 cctctcgagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgtcgagtgtttaacgtctctctagacgaccaccactccactaggcatcaa 20505177  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaa 184  Q
       |||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| |||||||    
T  20505178 cctcaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagacaa 20505264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 79
Target Start/End: Original strand, 13694118 - 13694192
Alignment:
Q  5 tccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgac 79  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||| || | |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  13694118 tccagacagaccatgggtatccttcacatcacctctccatgatgatgtttagtgtttaacgtctctctagatgac 13694192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 230 - 263
Target Start/End: Original strand, 9788276 - 9788309
Alignment:
Q  230 gaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactt 263  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9788276 gacccaacttgtgacacttaaagcacttatactt 9788309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1908 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold1908
Description:

Target: scaffold1908; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 705 - 451
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||| ||||     
T  705 cctctccaagctaaccatgagtattcttcccaccgcctctccaagctgatgttgagtgtttaatgtctctccagacgatcaccgctctacaaggcatcaa 606  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtc 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| | | || ||    
T  605 taccaaggtgagagacctcaccttc---atcctcccaacaacacaccatcaaagcacccacatcctcatactcctctgacacaacttgcgtgtagttctc 509  T
Q  201 attgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcactta 258  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  508 attgtcctccagacaatccctcttgaagtgaccaaacttgtgacacttaaagcactta 451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1899 (Bit Score: 104; Significance: 7e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold1899
Description:

Target: scaffold1899; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 1013 - 752
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||| |  |||||||||| |    
T  1013 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaatctcaaggtgagaca 914  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgg 212  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||  |||||||    
T  913 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggagttaccattaacctccgg 814  T
Q  213 acaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttatactttgtcttgttac 274  Q
    ||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| |||||||| | | |||||| ||||||||    
T  813 acaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagcattcaaactttgacttgttac 752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 34962 - 34686
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  34962 cctctccagactgatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctttccagacgaccaccgctccactaggcatcac 34863  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaa---cacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggattt 197  Q
    | |||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||   ||||||| || |||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||| || || ||    
T  34862 tcccaacgtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacgccacaccatcagagcacctgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcagagtt 34763  T
Q  198 gtcattgtcctccggacaatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagcacttat-actttgtcttgttac 274  Q
      ||||   ||| ||||||||| |||| ||  |||| | ||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  34762 accattaatctctggacaatccttcttgaagtgacccatcttgtgacagttaaagca-ttatgactttgacttgttac 34686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 51086 - 50916
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  51086 cctctctagactaatcatgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcac 50987  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctc---ccaacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||    ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  50986 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctcgaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 50916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 80934 - 80791
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||     
T  80934 cctctccagactgatcatgagtattcttaccctcgcctctctaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccaccgctccactaggcatcaa 80835  T
Q  101 taccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacac 144  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  80834 tcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacac 80791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0140 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0140
Description:

Target: scaffold0140; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 23514 - 23274
Alignment:
Q  18 tgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatga-ccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaac 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| || ||| |||| | ||||||||||| ||    
T  23514 tgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgacccaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagacac 23415  T
Q  117 ctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcctcggagacaacttgcgcggatttgtcattgtcctccgga 213  Q
     ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||   |||||||    
T  23414 atcaccttcttcttcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctcataaccctcagagacaatttgtgcggaattaccattaatctccgga 23315  T
Q  214 caatccctcttaaaaagaccaaacttgtgacacttaaagca 254  Q
    |||||| |||| ||  |||| | ||| ||||| ||||||||    
T  23314 caatccttcttgaagtgacccatcttatgacagttaaagca 23274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1674 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold1674
Description:

Target: scaffold1674; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Original strand, 678 - 833
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaa 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||| |||| | ||||||||||| |    
T  678 catgagtattcttaccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaacaccgctccactaggcatcaatcccaaggtgagaca 777  T
Q  116 cctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctca 168  Q
    | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  778 catcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcagagcacccgcatcctca 833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 83
Target Start/End: Original strand, 70418 - 70485
Alignment:
Q  16 catgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagatgaccacc 83  Q
    |||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  70418 catgagtattattaccaccgcaactccaggctgatgttgagtgtttaacgtctctccagacgaccacc 70485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 194
Target Start/End: Original strand, 72466 - 72585
Alignment:
Q  78 accaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcc---caacaacacaccaccaaagcacccgtatcctcatactcc 174  Q
    |||||||||| || ||| |||  | ||||||||||| || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||||  | |||||||||  ||    
T  72466 accaccgctccactaggcatccatcccaaggtgagacacatcaccttcttcatcctccaaacaacaccacaccatcaaagcacaagaatcctcataaccc 72565  T
Q  175 tcggagacaacttgcgcgga 194  Q
    || ||||||| ||| |||||    
T  72566 tcagagacaatttgtgcgga 72585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0219
Description:

Target: scaffold0219; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 185
Target Start/End: Original strand, 26301 - 26427
Alignment:
Q  59 tttaacgtctcttcagatgaccaccgctctacaaggtatcattaccaaggtgagaaacctcaccttcttcatcctcccaacaacacaccaccaaagcacc 158  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||   |||||||  |||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||  | |||||| ||||||||||| ||||    
T  26301 tttaacatcttttcagacgaccaccaacctacaagacatcatttccaaggtgaaaaacatcaccttattcatctccacaacaagacaccaccaaaacacc 26400  T
Q  159 cgtatcctcatactcctcggagacaac 185  Q
     | ||||| ||| ||| | ||||||||    
T  26401 tgcatccttataatccgctgagacaac 26427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 76
Target Start/End: Original strand, 23185 - 23260
Alignment:
Q  1 cctctccagactgaccatgagtattcttcccaccgcctctccaggctgatgttgagtgtttaacgtctcttcagat 76  Q
    |||||||| | ||| | ||||||||||||||||| ||||||||   |||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  23185 cctctccaaattgaacttgagtattcttcccaccacctctccatattgatgtagtgtgtttaacgtctctccagat 23260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University