View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14787_low_3 (Length: 404)

Name: NF14787_low_3
Description: NF14787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14787_low_3
NF14787_low_3
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (18-385)||(38299824-38300191)
chr8 (18-385)||(38305743-38306110)
chr8 (55-379)||(38320575-38320899)
chr8 (62-389)||(38313058-38313388)
chr8 (18-381)||(38316475-38316841)
chr8 (18-363)||(38325338-38325686)
chr8 (18-376)||(38308485-38308838)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (60-381)||(38850546-38850870)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 38300191 - 38299824
Alignment:
Q  18 ctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38300191 ctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaatgcgtgcaaaacaatgcc 38300092  T
Q  118 cgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagt 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300091 cgtgaaagaactccccgtcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagt 38299992  T
Q  218 gagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299991 gagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaaga 38299892  T
Q  318 accttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagt 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299891 accttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagt 38299824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 38306110 - 38305743
Alignment:
Q  18 ctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcc 117  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||| ||| | || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38306110 ctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcc 38306011  T
Q  118 cgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagt 217  Q
     |||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| |||| |||  ||  || | |||||||||||| || | ||||||||| || |||||| |    
T  38306010 tgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatttcaactgttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcctctaaatt 38305911  T
Q  218 gagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaaga 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| || |||    
T  38305910 gagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgaga 38305811  T
Q  318 accttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagt 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  38305810 accttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcagcagt 38305743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 55 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 38320899 - 38320575
Alignment:
Q  55 catccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatg 154  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38320899 catcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaacacgtgcataacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattttg 38320800  T
Q  155 caaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattc 254  Q
    |||| |||||||| |||  |||  |||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  38320799 caaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactc 38320700  T
Q  255 aagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaat 354  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   ||||  ||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  38320699 aaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacagaaggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaat 38320600  T
Q  355 gagcggtcaaacagatataagtctc 379  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  38320599 gagcggtcaaacaaatataagtctc 38320575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 62 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 38313388 - 38313058
Alignment:
Q  62 aactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaaca 161  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |    
T  38313388 aactagttttaacccttcatcaacaatcaggtttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaa 38313289  T
Q  162 agttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaact 261  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  38313288 agttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaact 38313189  T
Q  262 caaccattctctcacacatctcagatacagt----gggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgag 357  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||    |||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  38313188 caaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggt-aaacaagacagaagttgagaactttactatttaacttccaattcgcatcaacgaaatgag 38313090  T
Q  358 cggtcaaacagatataagtctcagcagtatta 389  Q
    | |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  38313089 cagtcaaacaaatataagtctcagtagtatta 38313058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 38316841 - 38316475
Alignment:
Q  18 ctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcc 117  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  | ||| | || | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  38316841 ctcacaaacatgatgctgtctcgaattccatacacggcaccactaactagttttaacccctcttcagcaatcagttttaaaacgcatgcaaaacaatgag 38316742  T
Q  118 cgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagt 217  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||  |||| |||| ||| ||  ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  38316741 catgaaagaactctccatcacataacaacccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatctaaagt 38316642  T
Q  218 gagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagataca----gtgggtaaaacaagacagaaatt 313  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||  | ||||| | | ||    | |||| |||||||||  || ||    
T  38316641 gagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggt-aaacaagacgaaagtt 38316543  T
Q  314 aagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcag 381  Q
     |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38316542 gagaaccttactattcaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagctgtcaaacaaatataagtctcag 38316475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 38325686 - 38325338
Alignment:
Q  18 ctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcc 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  38325686 ctcacaaacatgatgctctctctaatttttgacacggcatcactaactagtttcaacccgtcttcaacaatcagatttaaaacacgtgcaaaacagtgcc 38325587  T
Q  118 cgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagt 217  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||  ||  |||| |||||| | ||  |||||||  | |||||| ||||||||    
T  38325586 cgtgaaagaactctccatcacacaacaacccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatctaaagt 38325487  T
Q  218 gagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtg---ggtaaaacaagacagaaatta 314  Q
     ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||    |||||   ||  | |||  |||||||||     
T  38325486 aagagaaaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctcaccaccagtgtcagggtagacactacagaaattg 38325387  T
Q  315 agaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtca 363  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38325386 agaaccttactatttaccttccaattcgcgtcaacaaaatgagcggtca 38325338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 38308838 - 38308485
Alignment:
Q  18 ctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcc 117  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||| | || | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||      
T  38308838 ctcacaaacatgatgctctttctaatcttatacacggcaccactaactagtttacacccctcttcaacaatcagttttaaaacatgtgcaaaacaatgag 38308739  T
Q  118 cgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagt 217  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||||||| | |  |||| || ||||| ||  ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  38308738 catgaaagaactctccatcacataacaacccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatctaaagt 38308639  T
Q  218 gagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagt---gggtaaaacaagacagaaatta 314  Q
     |  || |||||||||| ||||| |||||||||||        |||||||||||||||||||| |  | | ||||    || |||||||||||||||||     
T  38308638 aaatgaaaaaatctttttctctactccccaatcat--------tcaaccattctctcacacatataggctccagtaggagggaaaacaagacagaaattg 38308547  T
Q  315 agaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagt 376  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  38308546 aaaagcttactatttaacttccaatccgcgccaacaaaatgagcggataaacaaatataagt 38308485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 60 - 381
Target Start/End: Original strand, 38850546 - 38850870
Alignment:
Q  60 ctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattatgcaaaa 159  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  38850546 ctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaa 38850645  T
Q  160 caagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaa 259  Q
    |||||||| |||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  38850646 caagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 38850745  T
Q  260 ctcaaccattctctcacacatct---cagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatga 356  Q
    |||||||||||||||||| ||||   ||     ||  ||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38850746 ctcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatga 38850845  T
Q  357 gcggtcaaacagatataagtctcag 381  Q
    || |||||||| |||||||||||||    
T  38850846 gcagtcaaacaaatataagtctcag 38850870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University