View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14787_low_9 (Length: 281)

Name: NF14787_low_9
Description: NF14787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14787_low_9
NF14787_low_9
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (116-281)||(43776987-43777152)
chr2 (117-281)||(22430344-22430508)
chr2 (117-281)||(22435938-22436102)
chr2 (116-281)||(7909961-7910126)
chr2 (117-281)||(636278-636442)
chr2 (116-275)||(43771467-43771624)
chr2 (117-280)||(7917417-7917580)
chr2 (117-275)||(630733-630891)
chr2 (117-275)||(22424980-22425138)
chr2 (117-280)||(14893223-14893390)
chr2 (117-281)||(14898779-14898943)
chr2 (117-275)||(26694155-26694313)
chr2 (117-275)||(1519144-1519306)
chr2 (117-281)||(1525638-1525808)
chr2 (117-201)||(26702325-26702409)
chr2 (180-275)||(19052428-19052523)
chr2 (143-185)||(19052368-19052411)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (116-281)||(12756160-12756325)
chr8 (117-275)||(24052033-24052191)
chr8 (125-275)||(41043481-41043631)
chr8 (117-280)||(41048856-41049012)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (116-281)||(40800636-40800801)
chr3 (117-281)||(3110508-3110672)
chr3 (117-281)||(13990828-13990992)
chr3 (117-281)||(23344372-23344536)
chr3 (117-275)||(3112125-3112283)
chr3 (117-281)||(2168650-2168814)
chr3 (117-280)||(2174217-2174380)
chr3 (117-275)||(13985262-13985420)
chr3 (117-275)||(23338831-23338989)
chr3 (117-275)||(9730312-9730470)
chr3 (116-275)||(40802560-40802719)
chr3 (116-275)||(48216334-48216493)
chr3 (116-281)||(13980654-13980819)
chr3 (118-275)||(13991988-13992145)
chr3 (164-281)||(9724670-9724786)
chr3 (116-220)||(34578815-34578919)
chr3 (225-271)||(20454624-20454670)
chr3 (117-167)||(9721562-9721612)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (117-281)||(15716620-15716784)
chr1 (117-281)||(27178969-27179133)
chr1 (117-275)||(26711476-26711634)
chr1 (117-281)||(27194970-27195134)
chr1 (117-275)||(15711045-15711203)
chr1 (117-275)||(33498418-33498576)
chr1 (149-281)||(33492968-33493100)
chr1 (116-193)||(17721823-17721900)
chr1 (180-262)||(16498808-16498889)
chr1 (116-220)||(3343871-3343979)
chr1 (122-190)||(16498728-16498796)
chr1 (190-281)||(17721714-17721805)
chr1 (117-152)||(33491523-33491558)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (117-275)||(16648425-16648583)
chr7 (117-275)||(17622786-17622944)
chr7 (117-281)||(32148473-32148637)
chr7 (116-281)||(42208889-42209060)
chr7 (117-275)||(42167620-42167778)
chr7 (117-275)||(44655601-44655759)
chr7 (117-281)||(557871-558035)
chr7 (117-275)||(576054-576212)
chr7 (120-201)||(25499152-25499233)
chr7 (120-201)||(25493915-25493996)
chr7 (144-275)||(26456872-26457004)
chr7 (143-275)||(38011710-38011842)
chr7 (180-275)||(25493819-25493914)
chr7 (203-281)||(25499050-25499128)
chr7 (240-280)||(42162377-42162417)
chr7 (118-189)||(11726483-11726553)
chr7 (158-214)||(30027341-30027397)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (117-275)||(28375720-28375878)
chr5 (117-281)||(28366980-28367144)
chr5 (116-275)||(30963172-30963329)
chr5 (117-271)||(1536554-1536708)
chr5 (116-227)||(30927381-30927490)
chr5 (116-215)||(34647932-34648031)
chr5 (223-281)||(30957702-30957760)
chr5 (233-281)||(14664070-14664118)
chr5 (117-189)||(14663997-14664064)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (117-281)||(14855933-14856097)
chr6 (117-275)||(14847081-14847239)
chr6 (117-275)||(26680573-26680730)
chr6 (191-275)||(6933042-6933126)
chr6 (225-275)||(6924852-6924902)
chr6 (122-190)||(13466762-13466832)
chr6 (116-189)||(10345721-10345793)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (117-281)||(20192591-20192755)
chr4 (116-281)||(6162244-6162409)
chr4 (117-275)||(6156553-6156711)
chr4 (117-275)||(20197955-20198113)
chr4 (117-281)||(53982091-53982254)
chr4 (122-182)||(12733922-12733982)
chr4 (233-281)||(19582032-19582080)
chr4 (116-173)||(39119579-39119635)
chr4 (233-281)||(7739871-7739919)
[»] scaffold0004 (2 HSPs)
scaffold0004 (117-275)||(350991-351149)
scaffold0004 (117-281)||(345670-345834)
[»] scaffold0211 (1 HSPs)
scaffold0211 (117-275)||(26906-27064)
[»] scaffold0169 (2 HSPs)
scaffold0169 (116-251)||(10984-11119)
scaffold0169 (143-275)||(8698-8830)
[»] scaffold0121 (2 HSPs)
scaffold0121 (117-201)||(11425-11509)
scaffold0121 (180-275)||(11510-11605)
[»] scaffold0124 (2 HSPs)
scaffold0124 (117-201)||(39540-39624)
scaffold0124 (180-281)||(39438-39539)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 116 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 43777152 - 43776987
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43777152 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaata 43777053  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43777052 agctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 43776987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 22430508 - 22430344
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22430508 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 22430409  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22430408 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 22430344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 22436102 - 22435938
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22436102 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 22436003  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22436002 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 22435938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 116 - 281
Target Start/End: Original strand, 7909961 - 7910126
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7909961 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaata 7910060  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7910061 agctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataacactc 7910126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 636442 - 636278
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  636442 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 636343  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  636342 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataacactc 636278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 116 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 43771624 - 43771467
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43771624 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatat--gagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaata 43771527  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43771526 agctaacaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 43771467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Original strand, 7917417 - 7917580
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7917417 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 7917516  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcact 280  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7917517 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataacact 7917580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 630891 - 630733
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  630891 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 630792  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  630791 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcata 630733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 22425138 - 22424980
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22425138 gattatattattctcttgtgatgtataattgggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 22425039  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22425038 gctaacaatatgatccaataacccatttgctatatggacatccacttgtaatattcata 22424980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 14893390 - 14893223
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcac----gatatggccca 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||    
T  14893390 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaataaatatggccca 14893291  T
Q  213 ataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcact 280  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14893290 ataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacact 14893223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 14898943 - 14898779
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||    
T  14898943 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttagggagcaagcacaatatggtccaataa 14898844  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  14898843 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacctgtaatattcataacactc 14898779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 26694313 - 26694155
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||    
T  26694313 gattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaataaggttcaataa 26694214  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
     ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26694213 actaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 26694155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 1519306 - 1519144
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatga----cttggggagcaagcacgatatggccca 212  Q
    ||||||||||||||||||  || | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  1519306 gattatattattctcttggtatctctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgaatgacttggggagcaagcacaatatgaccca 1519207  T
Q  213 ataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  1519206 ataagctaacaatataatccaataatccaattgctatatggatatccacttataatattcata 1519144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 1525808 - 1525638
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttata------gataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcc 210  Q
    |||||||||||| | |||  || | ||||||||||| ||||||||||||||||||      || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  1525808 gattatattatttttttggtatctctaattaggttacatatgagctctatttatatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacc 1525709  T
Q  211 caataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
     ||||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1525708 taataagctaacagtatgatccaataacccaatttctatatggacatccacttataatattcataacactc 1525638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 117 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 26702409 - 26702325
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcac 201  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26702409 gattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 26702325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 180 - 275
Target Start/End: Original strand, 19052428 - 19052523
Alignment:
Q  180 caatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||  | |||||   |||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||    
T  19052428 caatgacttggggagcaagcacaatatcgtccaataagctaatagtatgactcaataactcaattgctatatggatattcacttataatatccata 19052523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 185
Target Start/End: Original strand, 19052368 - 19052411
Alignment:
Q  143 aattaggttata-tatgagctctatttatagataaatacaatga 185  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19052368 aattaggttatagtatgagctctatttatagagaaatacaatga 19052411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 116 - 281
Target Start/End: Original strand, 12756160 - 12756325
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12756160 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaata 12756259  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12756260 agctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataacactc 12756325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 24052033 - 24052191
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24052033 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 24052132  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
     ||| |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24052133 actaacaatatgatccaataactcaattgttatatggacatccatttgtaatattcata 24052191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 125 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 41043631 - 41043481
Alignment:
Q  125 tattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaa 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||| |||    
T  41043631 tattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagtaagcacaataaagcccaataagctaacaa 41043532  T
Q  225 tatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41043531 tatgatccaataacccaattgctatatagacatccacttgtaatattcata 41043481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 41049012 - 41048856
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| | ||||||||    
T  41049012 gattatgttattatcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttataaataaatacaatgacttggggagcaaacataataagacccaataa 41048913  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcact 280  Q
    ||||        ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41048912 gcta-------aatcaaataactcaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacact 41048856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 116 - 281
Target Start/End: Original strand, 40800636 - 40800801
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40800636 tgattatattattctcttgttatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaata 40800735  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40800736 agctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 40800801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Original strand, 3110508 - 3110672
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3110508 gattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 3110607  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3110608 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 3110672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 13990992 - 13990828
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  13990992 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggcccaataa 13990893  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13990892 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 13990828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 23344536 - 23344372
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23344536 gattatattattctcttgtgatctataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 23344437  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23344436 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 23344372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 3112125 - 3112283
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3112125 gattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 3112224  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3112225 gctaacaatatgatcttataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 3112283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Original strand, 2168650 - 2168814
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2168650 gattatattattctcttgtgatgtataattaggctacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggcccaataa 2168749  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2168750 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 2168814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Original strand, 2174217 - 2174380
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2174217 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggcccaataa 2174316  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcact 280  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2174317 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatacacttgtaatattcataacact 2174380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 13985420 - 13985262
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  13985420 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgatctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggcccaataa 13985321  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13985320 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 13985262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 23338989 - 23338831
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23338989 gattatattattctcttgtgatctataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 23338890  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23338889 gctaacaatatgatccaataatccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 23338831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 9730312 - 9730470
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9730312 gattatattattctcttgtcatgtataattagattacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttggggagcaagcacaatatggcccaataa 9730411  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9730412 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 9730470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 116 - 275
Target Start/End: Original strand, 40802560 - 40802719
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  40802560 tgattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaagcacaatatcgcccaata 40802659  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40802660 agctaacaatatgatccaataactcaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 40802719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 116 - 275
Target Start/End: Original strand, 48216334 - 48216493
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  48216334 tgattatattattctcttgtgatatataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaccaaaatatggcccaata 48216433  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48216434 agctgacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 48216493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 116 - 281
Target Start/End: Original strand, 13980654 - 13980819
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13980654 tgattatattattctcttggtatgtacaattagattacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaata 13980753  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||||  | ||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  13980754 agctaatagtatgacccaataacccaattcctatatagacatccacttataatattcataacactc 13980819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 118 - 275
Target Start/End: Original strand, 13991988 - 13992145
Alignment:
Q  118 attatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataag 217  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||    
T  13991988 attatattattctcttgatatgtataattaggttgcatatgagctctatttatacataaacacaatgacttgaagagcaagcacaatatgacccaataag 13992087  T
Q  218 ctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||  | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13992088 ctaatagtatgacccaataacccaattgctatatagacatccacttataatattcata 13992145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 164 - 281
Target Start/End: Original strand, 9724670 - 9724786
Alignment:
Q  164 tatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccactt 263  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9724670 tatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggccaaa-aagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacta 9724768  T
Q  264 gtaatattcatatcactc 281  Q
    |||||||||||| |||||    
T  9724769 gtaatattcataacactc 9724786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 116 - 220
Target Start/End: Original strand, 34578815 - 34578919
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||||||||||||||||   ||   ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| || |||||  ||||||    
T  34578815 tgattatattattctcttagtatcactaattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgacttggggaataagtacaatatgatccaata 34578914  T
Q  216 agcta 220  Q
    |||||    
T  34578915 agcta 34578919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 20454670 - 20454624
Alignment:
Q  225 tatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatatt 271  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20454670 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttataatatt 20454624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 167
Target Start/End: Original strand, 9721562 - 9721612
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatt 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||    
T  9721562 gattatattattctcttgtgatgtataattagagtacatatgagctttatt 9721612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 15716784 - 15716620
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15716784 gattatattattctcttgtgatgtataattacgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 15716685  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15716684 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 15716620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Original strand, 27178969 - 27179133
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27178969 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 27179068  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27179069 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataacactc 27179133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 26711476 - 26711634
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26711476 gattatattattctcttgtgatgtctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 26711575  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26711576 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 26711634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Original strand, 27194970 - 27195134
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27194970 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 27195069  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27195070 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatagacatccacttgtaatattcataacactc 27195134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 15711203 - 15711045
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  15711203 gattatattattctcttgtgatgtataattacgttacatatgagctctatttataaagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggtccaataa 15711104  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15711103 actaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 15711045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 33498418 - 33498576
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  33498418 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctccatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatagcccaataa 33498517  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33498518 gctaaaaatatgatccaacaacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 33498576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 149 - 281
Target Start/End: Original strand, 33492968 - 33493100
Alignment:
Q  149 gttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgcta 248  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||    
T  33492968 gttacatataagctctatttatagagaaatacaatgacttagggagcaagcacaatatagcccaataagctaacaatatgatccaacaactcaattgcta 33493067  T
Q  249 tatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33493068 tatggacatccacttgtaatattcataacactc 33493100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 116 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 17721900 - 17721823
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttgggga 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  17721900 tgattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatacgagctctatttatagagaaatataatgacttgggga 17721823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 180 - 262
Target Start/End: Original strand, 16498808 - 16498889
Alignment:
Q  180 caatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccact 262  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16498808 caatgacttggg-agcaagcacaatatggcccaataagctaatagtataacctaataacccaattgctatatggacatccact 16498889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 116 - 220
Target Start/End: Original strand, 3343871 - 3343979
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttg----gggagcaagcacgatatggccc 211  Q
    ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||| |||| || |||||||||| | |||||||||||||||    || ||||||||| ||||| |||    
T  3343871 tgattctattattttcttgttatatataattaggttacatataagttctatttatatagaaatacaatgacttgggaaggaagcaagcacaatatgaccc 3343970  T
Q  212 aataagcta 220  Q
    |||||||||    
T  3343971 aataagcta 3343979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 122 - 190
Target Start/End: Original strand, 16498728 - 16498796
Alignment:
Q  122 tattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttgg 190  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  16498728 tattattctcttgtggtatgcaattaggttacatatgagctctatttatagagagatacaatgacttgg 16498796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 17721805 - 17721714
Alignment:
Q  190 gggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  17721805 gggagcaaacacaatatagcccaataagctagtagtatgacccaataaccaaattcttacatggacatccacttataatattcataacactc 17721714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 152
Target Start/End: Original strand, 33491523 - 33491558
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggtta 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33491523 gattatattattctcttgtgatgtataattaggtta 33491558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 16648583 - 16648425
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16648583 gattatatttttctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 16648484  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16648483 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 16648425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 17622944 - 17622786
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17622944 gattatatttttctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 17622845  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17622844 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 17622786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 32148637 - 32148473
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  32148637 gattatattattttcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaatatggcccaataa 32148538  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32148537 actaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttgtaatattcataacactc 32148473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 116 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 42209060 - 42208889
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataatta------ggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  42209060 tgattatattattctcttgtgatgtataattataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggt 42208961  T
Q  210 ccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42208960 ccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 42208889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 42167620 - 42167778
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  42167620 gattatgttattttcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaataaggcccaataa 42167719  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
     ||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42167720 actaacagtatgatcaaataactcaattgctatatggacatccactggtaatattcata 42167778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 44655759 - 44655601
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | | | ||||||||    
T  44655759 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagcttaatttatagagaaatacaaagacttgggtagcaagcacaacaagacccaataa 44655660  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44655659 gctaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 44655601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Original strand, 557871 - 558035
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  557871 gattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaagcacaatatggcccaataa 557970  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||  | ||||| | ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  557971 gctaatagtatgacccaataaccgaattgttatatagacatccacttataatattcataacactc 558035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 576054 - 576212
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||    
T  576054 gattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaatcacaatatggcccaataa 576153  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||  | ||||| | ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  576154 gctaatagtatgacccaataaccgaattgttatatagacatccacttataatattcata 576212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 120 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 25499233 - 25499152
Alignment:
Q  120 tatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcac 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25499233 tatattattctcttgtgatgtatcattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 25499152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 120 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 25493996 - 25493915
Alignment:
Q  120 tatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcac 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25493996 tatattattctcttgtgatgtatcattatgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 25493915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 144 - 275
Target Start/End: Original strand, 26456872 - 26457004
Alignment:
Q  144 attaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaat 243  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| | |||| || ||||||||||  | ||| | | ||||| |||||    
T  26456872 attaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttggagagcaagcgcaatatagcacaataagctaatagtataacccaataatccaat 26456971  T
Q  244 tg-ctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26456972 tgcctatatggacatccacttataatattcata 26457004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Original strand, 38011710 - 38011842
Alignment:
Q  143 aattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaa 242  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||| | || |  |||  ||||||||| |||  | ||||| ||||||||||||    
T  38011710 aattaggttacatatgagctctatagatagagtaatacaatgacttggggatccagtataataaagcccaataaactaagagtatgacctaataacccaa 38011809  T
Q  243 ttgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38011810 ttgttatatggacatccacttctaatattcata 38011842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 180 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 25493914 - 25493819
Alignment:
Q  180 caatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||  | ||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25493914 caatgacttagggagcaagcacaatatggtccaataagctaatagtatgacccattaacctaattgctatatggacatccacttataatattcata 25493819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 203 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 25499128 - 25499050
Alignment:
Q  203 atatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||||| |||||||||||  | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  25499128 atatggtccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatatggacatccacttataatattcataacactc 25499050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 240 - 280
Target Start/End: Original strand, 42162377 - 42162417
Alignment:
Q  240 caattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcact 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42162377 caattgctatatggacatccacttgtaatattcataacact 42162417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 118 - 189
Target Start/End: Original strand, 11726483 - 11726553
Alignment:
Q  118 attatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttg 189  Q
    |||||||||||||||| || |||  ||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  11726483 attatattattctcttatgttgtc-aataaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaataacttg 11726553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 158 - 214
Target Start/End: Original strand, 30027341 - 30027397
Alignment:
Q  158 gagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaat 214  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||| |||||| |||||    
T  30027341 gagctctatttatagaaaaatacagtgactttaggagcaaacacaatatggtccaat 30027397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 28375720 - 28375878
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28375720 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 28375819  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28375820 gctaacaatatgatccaataactcaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 28375878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Original strand, 28366980 - 28367144
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28366980 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 28367079  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28367080 gctaacaatatgatccaataactcaattgctatattgacatccacttgtaatattcataacactc 28367144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 116 - 275
Target Start/End: Original strand, 30963172 - 30963329
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30963172 tgattatattattctcttgtgatgtataattaagttata--tgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggtccaata 30963269  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30963270 agctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccacttataatattcata 30963329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 117 - 271
Target Start/End: Original strand, 1536554 - 1536708
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||  || | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1536554 gattatattattctcttggtatctctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 1536653  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatatt 271  Q
    |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1536654 gctaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttataatatt 1536708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 116 - 227
Target Start/End: Original strand, 30927381 - 30927490
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30927381 tgattatattattcttttgtgatgtataattaagttata--tgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggtccaata 30927478  T
Q  216 agctagcaatat 227  Q
    ||||| ||||||    
T  30927479 agctaacaatat 30927490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 116 - 215
Target Start/End: Original strand, 34647932 - 34648031
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  34647932 tgattctattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgagctcaatttatacagaaatacaatgatttggggagcaagcacaatatagcctaata 34648031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 223 - 281
Target Start/End: Original strand, 30957702 - 30957760
Alignment:
Q  223 aatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30957702 aatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 30957760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 281
Target Start/End: Original strand, 14664070 - 14664118
Alignment:
Q  233 aataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  14664070 aataacccaattgctatatggacatccacttataatattcataacactc 14664118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 117 - 189
Target Start/End: Original strand, 14663997 - 14664064
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttg 189  Q
    ||||||||||||||||||  || | ||||||||||     ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14663997 gattatattattctcttggtatctctaattaggtt-----tgagctctatttatagagaaatacaatgacttg 14664064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 14856097 - 14855933
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||     
T  14856097 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacgtggggagcaagcacaatatggcccaatat 14855998  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14855997 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 14855933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 14847239 - 14847081
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  14847239 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagttctatttatagagaaatacaatgacgtggggagcaatcacaatatggcccaataa 14847140  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14847139 gctaacaatatgatcaaataacccaattgctatatggatatccacttgtaatattcata 14847081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 26680730 - 26680573
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26680730 gattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgactt-gggagcaagcacaataaggcccaataa 26680632  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
     ||| || ||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26680631 actaacagtatgatcaaaaaactcaattgctacatggacatccacttgtaatattcata 26680573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 191 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 6933126 - 6933042
Alignment:
Q  191 ggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||||| ||| |||| | ||||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6933126 ggagcaaacacaatatagtccaataagctaacagtatgacccaataacccaattgctatatggacatccacttataatattcata 6933042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 6924902 - 6924852
Alignment:
Q  225 tatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  6924902 tatgatccaataacccaattgctatatcgacatccacttataatattcata 6924852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 190
Target Start/End: Original strand, 13466762 - 13466832
Alignment:
Q  122 tattattctcttgtgat-gtataattaggttatatatgagctct-atttatagataaatacaatgacttgg 190  Q
    |||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  13466762 tattattctcttgtgatcatacaattaagttatatatgagatctcatttatagaaaaatataatgacttgg 13466832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 189
Target Start/End: Original strand, 10345721 - 10345793
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttg 189  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| || ||| ||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  10345721 tgattatattattctcttgtgttgt-caattaagttacatgtgaactctatttatatagaaatagaatgacttg 10345793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Original strand, 20192591 - 20192755
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  20192591 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaatatggcccaataa 20192690  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20192691 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 20192755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 116 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 6162409 - 6162244
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  6162409 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaata 6162310  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    | ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  6162309 aactaacaatatgatccaataacccaatttctatatggatatccacttgtaatattcataacactc 6162244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 6156711 - 6156553
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6156711 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 6156612  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  6156611 actaacaatatgatccaataacccaatttctatatgaacattcacttgtaatattcata 6156553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 20197955 - 20198113
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  20197955 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaatatggcccaataa 20198054  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20198055 actaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccatttgtaatattcata 20198113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 53982254 - 53982091
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  53982254 gattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggg-agcaagcacaataaggcccaataa 53982156  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53982155 gctaacagtatgatcaaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 53982091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 182
Target Start/End: Original strand, 12733922 - 12733982
Alignment:
Q  122 tattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaa 182  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12733922 tattattctcttgtgataaccaattaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaa 12733982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 19582080 - 19582032
Alignment:
Q  233 aataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  19582080 aataacccaattgatatatggacatccacttataaaattcataacactc 19582032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 39119635 - 39119579
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttataga 173  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||| ||| |||||||||||||    
T  39119635 tgattatattattctgttgtgatgtacaa-tatgttatatgtgatctctatttataga 39119579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 233 - 281
Target Start/End: Original strand, 7739871 - 7739919
Alignment:
Q  233 aataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  7739871 aataacccaattgatatatgaacatccacttataatatttataacactc 7739919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 131; Significance: 5e-68; HSPs: 2)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Original strand, 350991 - 351149
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  350991 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggaccaataa 351090  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  351091 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 351149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 281
Target Start/End: Original strand, 345670 - 345834
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  345670 gattatattattttcttatgatgtataattaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagtaagcacaatatggcccaataa 345769  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcactc 281  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  345770 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactc 345834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0211 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0211
Description:

Target: scaffold0211; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 27064 - 26906
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataa 216  Q
    ||||||||||||||||| | |||| | |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  27064 gattatattattctctttttatgttttattatgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaataa 26965  T
Q  217 gctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26964 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 26906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 2)
Name: scaffold0169
Description:

Target: scaffold0169; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 116 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 11119 - 10984
Alignment:
Q  116 tgattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaata 215  Q
    |||||||||||||||||||  || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  11119 tgattatattattctcttggtatatccaattaggttatatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaata 11020  T
Q  216 agctagcaatatgatctaataacccaattgctatat 251  Q
    |||||  | ||||| | |||||||||||||||||||    
T  11019 agctaatagtatgacccaataacccaattgctatat 10984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 143 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8830 - 8698
Alignment:
Q  143 aattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaa 242  Q
    |||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  | ||||| | ||||||||||    
T  8830 aattagattacatataatctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaataagctaatagtatgacccaataacccaa 8731  T
Q  243 ttgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  8730 ttgctatatagacatccacttataatattcata 8698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0121
Description:

Target: scaffold0121; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 117 - 201
Target Start/End: Original strand, 11425 - 11509
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcac 201  Q
    |||||||||||||||||   |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11425 gattatattattctcttagtatgtaccattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 11509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 180 - 275
Target Start/End: Original strand, 11510 - 11605
Alignment:
Q  180 caatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcata 275  Q
    ||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||  | ||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  11510 caatgacttagggagcaaccacaatatggtccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatgtggacatccacttataatattcata 11605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 117 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 39624 - 39540
Alignment:
Q  117 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttatatatgagctctatttatagataaatacaatgacttggggagcaagcac 201  Q
    |||||||||||||||||   |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  39624 gattatattattctcttagtatgtaccattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttgaggagcaagcac 39540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 180 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 39539 - 39438
Alignment:
Q  180 caatgacttggggagcaagcacgatatggcccaataagctagcaatatgatctaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcatatcac 279  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||  | || || | ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  39539 caatgacttagggagcaagcacaatatggtccaataagctaatagtacgacccaataacctaattgttatatggacatccacttataatattcataacac 39440  T
Q  280 tc 281  Q
    ||    
T  39439 tc 39438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University