View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14793_low_11 (Length: 438)

Name: NF14793_low_11
Description: NF14793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14793_low_11
NF14793_low_11
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-431)||(1546666-1547083)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (93-431)||(39966-40304)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (93-430)||(24209162-24209499)
chr1 (102-430)||(45033799-45034127)
chr1 (93-430)||(45028943-45029276)
chr1 (311-424)||(19329440-19329553)
chr1 (93-228)||(9933100-9933235)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (102-430)||(33165187-33165515)
chr6 (94-431)||(16593814-16594153)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (93-431)||(40271153-40271492)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (93-431)||(31048-31386)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (93-228)||(48100382-48100517)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 1547083 - 1546666
Alignment:
Q  16 cacttaagagtgtctatcaaggaagaaacctactgatcttcaaaagcaactcgatggattccacttttcagtgcagtgattatgtgtgtcgtttgaagaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1547083 cacttaagagtgtctatcaaggaagaaacccactgatcttcaaaagcaactcgatggattccacttttcagtgcagtgattatgtgtgtcgtttgaagaa 1546984  T
Q  116 gtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcat--ggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttccgacatagcacatcataccact 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546983 gtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttccgacatagcacatcataccact 1546884  T
Q  214 ctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttctcatgcccttcacaaatcaat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546883 ctctcttcatatatcaacaacagtctgacatcgcctacagtcttctctatgtggacgacatcatacttatcacctcttctcatgcccttcacaaatcaat 1546784  T
Q  314 tatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcatcatcctggtggcctttttctt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546783 tatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctgggacccttgagttatgttttgggtattgttgtatctcatcatcctggtggcctttttctt 1546684  T
Q  414 agtcaaagcacctatgct 431  Q
    ||||||||||||||||||    
T  1546683 agtcaaagcacctatgct 1546666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 93 - 431
Target Start/End: Original strand, 39966 - 40304
Alignment:
Q  93 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 192  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  || || |    
T  39966 gattatgtttgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaactaccattgggtttc 40065  T
Q  193 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 292  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||| |    
T  40066 gacatagcacatcagaccactctctcttcatatatcgacaacactctgacatggcctacattcttctctatgtggatgacatcatccttattacctctac 40165  T
Q  293 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcat 392  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||      
T  40166 tcatgcccttcgcaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcaatgaaggatctgggtctcttaagttattttttgggtattgctgtctctcgc 40265  T
Q  393 catcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgct 431  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  40266 catcctggtggcatttttctaagtcaaagcacctatgct 40304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 93 - 430
Target Start/End: Original strand, 24209162 - 24209499
Alignment:
Q  93 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 192  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  ||||| |    
T  24209162 gattacgtttgtcgtttgaagaagtcgctttatggtctcaagcaagtgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaactaccattggttttc 24209261  T
Q  193 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 292  Q
    |||||||||||||| | || |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||||| || ||  |    
T  24209262 gacatagcacatcagatcattctctcttcatataccgacagcaatccgacatggcctacattctgctctatgtggacgacattatccttattacttccac 24209361  T
Q  293 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcat 392  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||  || |||| |    
T  24209362 tcatgcccttcgccaatccattatgtccctcttggcatccgagtttgcaatgaaggatttgggtcccctgagctattttttgggtattgccgtctctcgt 24209461  T
Q  393 catcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgc 430  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  24209462 catcctggtggtctctttctcagtcaaagcacctatgc 24209499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 102 - 430
Target Start/End: Original strand, 45033799 - 45034127
Alignment:
Q  102 tgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttccgacatagca 201  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||  | ||| ||||||||||    
T  45033799 tgtcgtttgaagaagtcgctttatggtctcaagcaagcgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaattaccattgtttttcgacatagca 45033898  T
Q  202 catcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttctcatgccct 301  Q
    ||||| | || |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||  ||||||||||    
T  45033899 catcagatcattctctcttcatataccgacagcaatccgacatggcctacattctgctctatgtggacgacatcatccttattacttccactcatgccct 45033998  T
Q  302 tcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcatcatcctggt 401  Q
    || | |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||  || |||| ||||||||||    
T  45033999 tcgccaatccattatgtccctcttggcatccgagtttgcaatgaaggatttgggtcccctgagctattttttgggtattgccgtctctcgtcatcctggt 45034098  T
Q  402 ggcctttttcttagtcaaagcacctatgc 430  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||    
T  45034099 ggtctctttctcagtcaaagcacctatgc 45034127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 93 - 430
Target Start/End: Original strand, 45028943 - 45029276
Alignment:
Q  93 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 192  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  ||||| |    
T  45028943 gattacgtttgtcgtttgaagaagtcgctttatggtctcaagcaagtgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaactaccattggttttc 45029042  T
Q  193 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 292  Q
    |||||||||||||| | || |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| |    ||||||||||||||| ||||| || ||  |    
T  45029043 gacatagcacatcagatcattctctcttcatataccgacagcaatccgacatggcctacattctgc----tgtggacgacatcatccttattacttccac 45029138  T
Q  293 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcat 392  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||  |||| ||  |||| ||||||||||||||||  || |||| |    
T  45029139 tcatgcccttcgccaatccattatgtccctcttggcatccgagtttgcaatgaaggatttgggtcctctgagctattttttgggtattgccgtctctcgt 45029238  T
Q  393 catcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgc 430  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  45029239 catcctggtggtctctttctcagtcaaagcacctatgc 45029276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 311 - 424
Target Start/End: Original strand, 19329440 - 19329553
Alignment:
Q  311 aattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcatcatcctggtggccttttt 410  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||    
T  19329440 aattatgtcactcctagcatctgagtttgcattgaaggacttggggcccctgagttcttttttgggtattgctgtatctcgtcatcctggtgcaattttt 19329539  T
Q  411 cttagtcaaagcac 424  Q
    || |||||||||||    
T  19329540 ctcagtcaaagcac 19329553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 9933235 - 9933100
Alignment:
Q  93 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 192  Q
    |||||||||||||| |||   || ||||| |||||||| |||||||||||  | || |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||  || ||||    
T  9933235 gattatgtgtgtcgcttgcgaaaatcactgtatggtctaaagcaagcgcctcgtgcctggtaccagcgttttgcagactttgtctccaccattggattcc 9933136  T
Q  193 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatc 228  Q
      |||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||    
T  9933135 agcatagcacttcagatcactcccttttcatctatc 9933100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 102 - 430
Target Start/End: Original strand, 33165187 - 33165515
Alignment:
Q  102 tgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttccgacatagca 201  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||  | ||| ||||||||||    
T  33165187 tgtcgtttgaagaagtcgctttatggtctcaagcaagcgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaattaccattgtttttcgacatagca 33165286  T
Q  202 catcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttctcatgccct 301  Q
    ||||| | || |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||||| || ||  ||||||||||    
T  33165287 catcagatcattctctcttcatataccgacagcaatccgacatggcctacattctgctctatgtggacgacattatccttattacttccactcatgccct 33165386  T
Q  302 tcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcatcatcctggt 401  Q
    || | |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||  || |||| ||||||||||    
T  33165387 tcgccaatccattatgtccctcttggcatccgagtttgcaatgaaggatttgggtcccctgagctattttttgggtattgccgtctctcgtcatcctggt 33165486  T
Q  402 ggcctttttcttagtcaaagcacctatgc 430  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||    
T  33165487 ggtctctttctcagtcaaagcacctatgc 33165515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 94 - 431
Target Start/End: Original strand, 16593814 - 16594153
Alignment:
Q  94 attatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttccg 193  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||  | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||  || || ||    
T  16593814 attatgtctgtcgattaaagaagtccttgtatggtctcaagaaagcgcctagagcatggtaccaacgctttgctgactatgtcgccaccattggctttcg 16593913  T
Q  194 acatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttct 293  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||   || ||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||| || ||||||||  ||    
T  16593914 ccatagcacatcagaccactctctcttcatatatcgacaaggttcagacatggcctacattctgctttatgtagacgacatcattctcatcacctccact 16594013  T
Q  294 catgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagc--atctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctca 391  Q
    || | ||| | |||||| |||||||| ||| ||||  |||||| ||||| ||||||||  |||| ||  | ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  16594014 caggtcctccgcaaatccattatgtccctcctagcatatctgagtttgcaatgaaggatttgggtcctctaagttactttttgggtattgcagtatctcg 16594113  T
Q  392 tcatcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgct 431  Q
    ||||| || |||  | ||||| ||||||||||| ||||||    
T  16594114 tcatcttgatggtatatttctcagtcaaagcacttatgct 16594153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 93 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 40271492 - 40271153
Alignment:
Q  93 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 192  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||  || || |    
T  40271492 gattatgtttgtcggttgaagaaatccttgtatggtctcaagcaagcgcctagagcatggtaccaacgctttgctgactatgtcgccatcattggctttc 40271393  T
Q  193 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 292  Q
    | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||   || ||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||| || ||||||||  |    
T  40271392 gccatagcacatcagaccactccctcttcatatatcgacaaggttcagacatggcctacattctgctgtatgtagacgacatcatcctcatcacctccac 40271293  T
Q  293 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctga-atttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctca 391  Q
    ||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||  |||| ||  ||||||| ||| |||||||||  |||||||     
T  40271292 tcaggtcctccgcaaatcaattatgtcactcttagcatctgagttttgcaatgaaggatttgggccctctgagttactttctgggtattgcagtatctcg 40271193  T
Q  392 tcatcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgct 431  Q
    |||||||| |||| | ||||| |||||||| || ||||||    
T  40271192 tcatcctgatggcatatttctcagtcaaagtacttatgct 40271153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 93 - 431
Target Start/End: Original strand, 31048 - 31386
Alignment:
Q  93 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 192  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||   | || |    
T  31048 gattatgtatgtcggctgaagaagtccttgtatggtctcaagcaagcgcctagagcatggtaccaacgtttcgctgactatgtcaccaccattcgctttc 31147  T
Q  193 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 292  Q
    | |||||||||||| || ||||  |||||||||||| ||||   |  ||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||| ||| || |||| |||  |    
T  31148 gccatagcacatcagacaactccatcttcatatatcgacaaggtttagacatggcctacattctgctgtatgtagacgacaccatcctcatcatctccac 31247  T
Q  293 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcat 392  Q
    ||| | |||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||  ||||||| ||| ||||||||  |||||||| |    
T  31248 tcaggtcctctgtaaatcaattatgtcactcttagcatctgagtttgcaatgaaggatttgggccctctgagttactttctgggtatttctgtatctcgt 31347  T
Q  393 catcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgct 431  Q
    ||||||| |||| | ||||| ||||||||||| ||||||    
T  31348 catcctgatggcatatttctcagtcaaagcacttatgct 31386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 48100517 - 48100382
Alignment:
Q  93 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 192  Q
    |||||||||||||| |||   || ||||| |||||||| |||||||||||  | || |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||  || ||||    
T  48100517 gattatgtgtgtcgcttgcgaaaatcactgtatggtctaaagcaagcgcctcgtgcctggtaccagcgttttgcagactttgtctccaccattggattcc 48100418  T
Q  193 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatc 228  Q
      |||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||    
T  48100417 agcatagcacttcagatcactcccttttcatctatc 48100382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University