View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14794_low_4 (Length: 412)
Name: NF14794_low_4
Description: NF14794
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14794_low_4 |
 | |
|
| [»] scaffold0060 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Original strand, 8428227 - 8428622
Alignment:
| Q |
1 |
ttgaacatttaaaatttaactattattattagaaa-taaaagaaactaaatatcagtattgtctcatcaaacgttgaattgaaacataatatgatacatt |
99 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8428227 |
ttgaacatttaaaatttaacaattattattataaaatgaaagaaactcaatatcaatattgtctcatcaaacattgaattgaaacataatatgatacatt |
8428326 |
T |
|
| Q |
100 |
tagattatcatgatgacctaattgacctaaaaattttagaatatgtttcatgttcataata-gatattgagccggataaaaataataaatacaatcatat |
198 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8428327 |
tagattatcatggtgacctaattgacctaaaaaatttagaatatgtttcatggtcataataagatattgagccggataaaaataataaatacaatcatat |
8428426 |
T |
|
| Q |
199 |
catatgtttaatgctcacatgacaacaaccaaataacattatgttgttctattatactttttccttaaatatgatttgttctattatattttttggtaca |
298 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
8428427 |
catatgtttaatgctcacatgacaacaaccaaataacattatgttgttctattatactttttccttaaatatgatttgttctatcatatgttttggtaca |
8428526 |
T |
|
| Q |
299 |
tgcatgataattacacgatgaaatatgtattatatttagatagatacaaaacgtctcacatggaaggatactctatgattgtaggctagctaattg |
394 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8428527 |
tgcatgataattacatgatgaaatatgtattatatttagatagatacaaaacgtcccacatggaaggatactctgtaattgtaggctagctaattg |
8428622 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 8451217 - 8450815
Alignment:
| Q |
1 |
ttgaacatttaaaatttaactattattattagaaa-taaaagaaactaaatatcagtat----tgtctcatcaaacgttgaattgaaacataatatgata |
95 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
8451217 |
ttgaacatttaaaatttaacaattattattataaaatgaaagaaactcaatatcagtatatattgtctcatcaaacattgaattcaaacataatatgata |
8451118 |
T |
|
| Q |
96 |
catttagattat---catgatgacctaattgacctaaaaattttagaatatgtttcatgttcataata-gatattgagccggataaaaataataaataca |
191 |
Q |
| |
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||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8451117 |
tatttagattattatcatggtgacctaattgacctaaaaaatttagaatatgtttcatggtcataataagatattgagccggataaaaataataaataca |
8451018 |
T |
|
| Q |
192 |
atcatatcatatgtttaatgctcacatgacaacaaccaaataacattatgttgttctattatactttttccttaaatatgatttgttctattatattttt |
291 |
Q |
| |
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|
|
| T |
8451017 |
atcatatcatatgtttaatgctcacatgacaacaaccaaataacattatgttgttctattatactttttccttaaatatgatttgttctattatattttt |
8450918 |
T |
|
| Q |
292 |
tggtacatgcatgataattacacgatgaaatatgtattatatttagatagatacaaaacgtctcacatggaaggatactctatgattgtaggctagctaa |
391 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
8450917 |
tggtacatgcatgataattacatgatgaaatatgtattatatttagatagatacaaaacgtcccacatggaaggatactctgtaattgtaggctagctaa |
8450818 |
T |
|
| Q |
392 |
ttg |
394 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
8450817 |
ttg |
8450815 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 160 - 392
Target Start/End: Original strand, 8481086 - 8481322
Alignment:
| Q |
160 |
agatattgagccggataaaaataataaatacaatcatatcatatgtttaatgctcacatgacaac-aaccaaataacattatgttgttcta-ttatactt |
257 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||| | || ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |
|
|
| T |
8481086 |
agatattgagccggattaaaatgataaatacaattatatcatgtgtttgatgttcacataattaccaaccaaataacatcatgttgttctagttatattt |
8481185 |
T |
|
| Q |
258 |
tttcct--taaatatgatttgttctattatattttttggtacatgcatgataattacacgatgaaatatgtattatatttagatagatacaaaacgtctc |
355 |
Q |
| |
|
||| | |||| || ||| ||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8481186 |
ttttttgttaaacattattagttctgttatattttttggctcatgcctcataattacatgatggaatatgtatcataattagatagatacaaaacgtccg |
8481285 |
T |
|
| Q |
356 |
acatggaaggatactctatgattgtaggctagctaat |
392 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
8481286 |
acatggaaggatactctatacttgtaggctagctaat |
8481322 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 263 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 8349924 - 8349795
Alignment:
| Q |
263 |
ttaaatatgatttgttctattatattttttggtacatgcatgataattacacgatgaaatatgtattatatttagatagatacaaaacgtctcacatgga |
362 |
Q |
| |
|
||||| || ||| ||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| | |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
8349924 |
ttaaacattattagttctgttatattttttggctcatgcctcataattaaatgatggaatatgtatcataattagatagatacaaaacgtcccacatgga |
8349825 |
T |
|
| Q |
363 |
aggatactctatgattgtaggctagctaat |
392 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
8349824 |
aggatactctatacttgtaggctagctaat |
8349795 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 8408960 - 8408863
Alignment:
| Q |
1 |
ttgaacatttaaaatttaactattattattagaaa-taaaagaaactaaatatcagtattgtctcatcaaacgttgaattgaaacataatatgataca |
97 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
8408960 |
ttgaacatttaaaatttaacaattattattataaaataaaagaaactcaatatctgtattgtctcatcaaacattgaattgagacatgatatgataca |
8408863 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 97
Target Start/End: Original strand, 7916047 - 7916111
Alignment:
| Q |
33 |
aaataaaagaaactaaatatcagtattgtctcatcaaacgttgaattgaaacataatatgataca |
97 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
7916047 |
aaataaaagaaactcaatatcagcattatctcatcaaacattgaattgagacataatatgataca |
7916111 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 273 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 8437246 - 8437136
Alignment:
| Q |
273 |
tttgttctattatattttttggtacatgcatgataattacacgatgaaatatgtattatatttagatagatacaaaacgtctcacatggaaggatactct |
372 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | |
|
|
| T |
8437246 |
tttgttcttttatattttttggtacatgcctcataattacattat---------atcatatttagatagatacaaaacgtcccacatgaaaggatactgt |
8437156 |
T |
|
| Q |
373 |
atgattgtaggctagctaat |
392 |
Q |
| |
|
|| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
8437155 |
ataattgtaagctagctaat |
8437136 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 8437304 - 8437227
Alignment:
| Q |
184 |
taaatacaatcatatcatatgtttaatgctcacatgacaac-aaccaaataacattatgttgttctattatacttttt |
260 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
8437304 |
taaataaaatcatatcatatgtttgatactcacatgataaccaaccaaataacattattttgttcttttatatttttt |
8437227 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 310 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8447713 - 8447635
Alignment:
| Q |
310 |
tacacgatgaaatatgtattatatttagatagatacaaaacgtctcacatggaaggatactctatgattgtaggctagc |
388 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
8447713 |
tacatgataaaatatatatcatatttagatagatacgaaacgtcccacatgaaaggattctctatacttgtaggctagc |
8447635 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 8350025 - 8349982
Alignment:
| Q |
160 |
agatattgagccggataaaaataataaatacaatcatatcatat |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8350025 |
agatattgagccggattaaaatgataaatacaatcatatcatat |
8349982 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 191 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 8414094 - 8413996
Alignment:
| Q |
191 |
aatcatatcatatgtttaatgctcacatgacaa-caaccaaataacattatgttgttctattatactttttccttaaat-atgatttgttctattatatt |
288 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8414094 |
aatcatatcatatgtg-aatgctcacatgataatcaatcaaataacattattttgttctattatatttttttggtaaaacattatttgttctattatatt |
8413996 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 8408771 - 8408700
Alignment:
| Q |
183 |
ataaatacaatcatatcatatgtttaatgctcacatgacaac-aaccaaataacattatgttgttctattata |
254 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | | ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
8408771 |
ataaatacaatcatatcat-tgtttgatgctcacgtaataaccaaccaaataatattattttgttctattata |
8408700 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 392
Target Start/End: Original strand, 7918404 - 7918461
Alignment:
| Q |
335 |
tagatagatacaaaacgtctcacatggaaggatactctatgattgtaggctagctaat |
392 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
7918404 |
tagatagatagaaaacgtcccacatgaaaggatattctatacttataggctagctaat |
7918461 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 8437799 - 8437750
Alignment:
| Q |
48 |
aatatcagtattgtctcatcaaacgttgaattgaaacataatatgataca |
97 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
8437799 |
aatatcggtattgtctcattaaacattgaattgagacatgatatgataca |
8437750 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0060 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0060
Description:
Target: scaffold0060; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 97
Target Start/End: Original strand, 73153 - 73217
Alignment:
| Q |
33 |
aaataaaagaaactaaatatcagtattgtctcatcaaacgttgaattgaaacataatatgataca |
97 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| | |||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
73153 |
aaatgaaagaaattcaatatcagtattttctcattaaatattgaattgagacatgatatgataca |
73217 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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