View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14800_high_7 (Length: 413)

Name: NF14800_high_7
Description: NF14800
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14800_high_7
NF14800_high_7
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-398)||(1529024-1529402)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-398)||(17131308-17131698)
chr4 (2-372)||(14040516-14040886)
chr4 (65-386)||(19799614-19799935)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (14-393)||(20481858-20482237)
chr2 (14-398)||(28018950-28019334)
chr2 (35-398)||(34978048-34978411)
chr2 (14-398)||(19914393-19914753)
chr2 (7-398)||(13132304-13132695)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (14-398)||(6343921-6344305)
chr6 (97-398)||(15484100-15484401)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (14-398)||(16989018-16989402)
chr5 (7-369)||(26491843-26492205)
chr5 (165-243)||(9845296-9845374)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-398)||(8837744-8838135)
chr3 (7-398)||(55311680-55312071)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (122-217)||(9802203-9802298)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-217)||(19995868-19996084)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 1529402 - 1529024
Alignment:
Q  1 atgtcgaagaatatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaat 100  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1529402 atgtcaaagaaaatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaat 1529303  T
Q  101 gataattcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1529302 gataattcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactc 1529203  T
Q  201 aacaactcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgtttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||    
T  1529202 aacaactcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagg-------------------gttccccaggtcgtggtgtttt 1529122  T
Q  301 ctttcctagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1529121 ctttcctagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacgttccatttcaggacattgcttct 1529024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 398
Target Start/End: Original strand, 17131308 - 17131698
Alignment:
Q  8 agaatatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataatt 107  Q
    |||| ||||||| |||||||| | |||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  17131308 agaaaatattgtctggatttgttacatgattcaggtcttctgggttccaaaccggttactacaccatcagatccttccatcaaattacacaatgatagtt 17131407  T
Q  108 cacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaact 207  Q
    || |||| ||  ||||| ||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||||| || || || || || |||||    
T  17131408 caactcttttccctgatatttctgcttatagaagattgatagggagattgatctacttgaatacaaccagaccagacatcacctttatcacccatcaact 17131507  T
Q  208 cagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcct 307  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| || || || |||||||||||  ||||||| |||    
T  17131508 cagtcaatttttgagtaaacctactcaaactcactataatgctgctctaagagttctcaagtatctcaaagggtctccaggtcgtggcattttcttccct 17131607  T
Q  308 agagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| || || |||| |||||||||||| |||| |||||    
T  17131608 agagattcaggtttacaacttcaaggttacactgatgtagattgggcaagatgtaaagacacaagacgttccatttcaggtcattacttct 17131698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 372
Target Start/End: Original strand, 14040516 - 14040886
Alignment:
Q  2 tgtcgaagaatatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatg 101  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  14040516 tgtcaaagaaaatattgtctggatttattgcatgatttaggattgcttggctcaaaacctgttactacaccttctgatccctcaatcaagttacacaatg 14040615  T
Q  102 ataattcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactca 201  Q
    ||| |||||| || ||  ||||||||||||| ||||||||  || | |||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  14040616 atagttcaccacttttcgctgatgtttctgcttatagaagactagtgggaagactgatatatttgaacaccactagacctgatattacattcatcactca 14040715  T
Q  202 acaactcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttc 301  Q
    |||||| ||||||||| | || ||||||||||| || || || |||||| |||| || ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||    
T  14040716 acaacttagtcaatttctcagtaaacctacacatacccattacaatgctgctctgagagttatcaagtatcttaagggttctccaggtcgtggcatcttc 14040815  T
Q  302 tttcctagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactag 372  Q
    |||||||||   ||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  14040816 tttcctagatcctcaagtttgcatattcaaggttatactaatgctgattgggcagggtgtaaggatactag 14040886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 65 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 19799935 - 19799614
Alignment:
Q  65 actacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataattcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatc 164  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||| ||||  |   ||  ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||  ||     
T  19799935 actacaccttctgatccatctatcaggttacacaatgatagttcaaatgctttccctgatgtttctgcttgtagaaggttgataggaagattgatcaatt 19799836  T
Q  165 tgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttct 264  Q
    |||| ||||| |||||  |||| |||||||| || |||||| | |||||| |||| || |||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||  |||||    
T  19799835 tgaatacaacaagaccatacatcactttcataacacaacaattaagtcaacttttgagtaaacctactcaaacccactacaatgctgctctaacagttct 19799736  T
Q  265 taagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcctagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaag 364  Q
    |||||| || || || |||| |||||||||  ||||||| ||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19799735 taagtacctcaaagggtcccaaggtcgtggcattttcttccctagaggttcatgcttacatcttcaaggttacactgatgcagactgggcaggatgtaag 19799636  T
Q  365 gatactagacattccatttcag 386  Q
    |||||||||  ||| |||||||    
T  19799635 gatactagatgttcaatttcag 19799614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 20482237 - 20481858
Alignment:
Q  14 tattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataattcacctc 113  Q
    |||||| |||||||| | || ||||||||| | ||||| || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || || |||||||| | |||||| |    
T  20482237 tattgtctggatttgttacaagattcaggtttacttggctcaaagcctgttaccacaccttcagatccatccattaagttgcacaatgacacttcaccac 20482138  T
Q  114 tctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtca 213  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||| ||  | || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  20482137 tcttcactgatgtctctgcttacagaagattggttgggagattgatctatctcaacacaactaggcctgacattacattcataactcaacagcttagtca 20482038  T
Q  214 attttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcctagagat 313  Q
    |||||| || ||||| || || ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  20482037 atttttgagtaaaccaacccacactcattacaatgctgctctaagagttcttaaatatcttaaaggctctccaggtcgtggcattttctttcctagagct 20481938  T
Q  314 tcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattg 393  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  20481937 tcaggattacatattcaaggttacacagatgctgattgggcagggtgtaaggatactaggcgttccatttcaggccattg 20481858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 398
Target Start/End: Original strand, 28018950 - 28019334
Alignment:
Q  14 tattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataattcacctc 113  Q
    |||||| |||||||| | || ||||||||| | ||||| || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||  | |||||||| | |||||| |    
T  28018950 tattgtctggatttgttacaagattcaggtttacttggctcaaagcctgttaccacaccttcagatccatccattaagctgcacaatgacacttcaccac 28019049  T
Q  114 tctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtca 213  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||| ||  | || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  28019050 tcttcactgatgtctctgcttacagaagattggttgggagattgatctatctcaacacaactaggcctgacattacattcataactcaacagctcagtca 28019149  T
Q  214 attttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcctagagat 313  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  28019150 atttttgagtaaaccaacacacactcattacaatgctgctctaagagttcttaaatatcttaaaggctctccaggtcgtggcattttctttcctagagct 28019249  T
Q  314 tcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||    
T  28019250 tcaggattacacattcaaggttacacagatgctgattgggcagggtgtaaggatactaggcgttcgatttcaggccattgtttct 28019334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 35 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 34978411 - 34978048
Alignment:
Q  35 gattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataattcacctctctttactgatgtttctgcat 134  Q
    |||||| || |||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| |  |   || |||||||||||||| |    
T  34978411 gattcatgtctccttggttctaaaccaatcactacaccttctgatccatctatcaagttacataatgataattaaaatgcattcactgatgtttctgctt 34978312  T
Q  135 atagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtcaattttttagaaaacctacaca 234  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |   |||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||    
T  34978311 atagaaggttaataggaaggttgatttatctgaatacaacaagccgatacatcactttcataactcaacaactcagccagtttttgagtaaacctactca 34978212  T
Q  235 aactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcctagagattcaggtttacatattcaaggt 334  Q
    ||||||||| |||  | ||||||| |||||||| ||||| || ||||  ||| |||||||  ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||     
T  34978211 aactcactacaataatgctctaagagttcttaaatatctcaatggtttaccaagtcgtggcattttcttccccagagattcaggtttacatcttcaaggc 34978112  T
Q  335 tacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
    || | |||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  34978111 tataatgatgctgactgggcaagttgtaaagatactagacgttcaatttcaggacattgtttct 34978048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 19914753 - 19914393
Alignment:
Q  14 tattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataattcacctc 113  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||   || || || || || ||||| ||||||| | ||  |     
T  19914753 tattgtttggatttactgcaagattcaggtttccttggttctaaaccagtcactacacct---gacccatctattaagttacataatgatagtccaaatg 19914657  T
Q  114 tctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtca 213  Q
    | || |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||                     ||||| |||||||| || ||| |    
T  19914656 tattcactgatgtttatgcttatagaaggttgataggaagattgatttatcggaac---------------------ttcataactcaacagctaagtaa 19914578  T
Q  214 attttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcctagagat 313  Q
    |||||| || |||||||| |||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||    
T  19914577 atttttgagtaaacctactcaaactcattacaatgttgctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtattttgtcccctagagat 19914478  T
Q  314 tcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||| || ||||||||||||||||    
T  19914477 tcaggtttacatattcaagtctatactgatgttgactgggcagggtgtaaggatactaggtgttctatatcaggacattgcttct 19914393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 398
Target Start/End: Original strand, 13132304 - 13132695
Alignment:
Q  7 aagaatatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataat 106  Q
    ||||| ||| ||||||||| || || ||||||||||  | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | || ||||| | |    
T  13132304 aagaaaatactgtttggatctgttgaatgattcaggccttcttggttctaagcctgtttctacaccctctgatccctctatcaaacttcataatgacact 13132403  T
Q  107 tcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaac 206  Q
    |||| ||| ||  ||||  |||| || ||||||||  | || || |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||     
T  13132404 tcacttcttttccctgacatttcagcttatagaagactcattggcagattgatttacttgaatacaaccagacctgacattactttcattacccagcaat 13132503  T
Q  207 tcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcc 306  Q
    | ||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||  ||||| |||| || ||||| || || || || ||||| |||||    ||  ||||||| ||    
T  13132504 tgagtcagtttcttagcaaaccaactcaaactcattatcatgctactcttagagttctaaaatacctaaaaggttcaccaggcaaaggaattttcttccc 13132603  T
Q  307 tagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
      | | |||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| || | ||| || ||||||||||| ||||    
T  13132604 acgcgcttcaggattacacattcagggatacactgatgcagactgggtaggctgtaaagatacaaggcgttctatctcaggacattgtttct 13132695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 398
Target Start/End: Original strand, 6343921 - 6344305
Alignment:
Q  14 tattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataattcacctc 113  Q
    |||||| |||||||| | || ||||||||| | ||||| || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||  | |||||||| | |||||| |    
T  6343921 tattgtctggatttgttacaagattcaggtttacttggctcaaagcctgttaccacaccttcagatccatccattaagctgcacaatgacacttcaccac 6344020  T
Q  114 tctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtca 213  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||| ||  | || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  6344021 tcttcactgatgtctctgcttacagaagattggttgggagattgatctatctcaacacaactaggcctgacattacattcataactcaacagctcagtca 6344120  T
Q  214 attttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcctagagat 313  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  6344121 atttttgagtaaaccaacacacactcattacaatgctgctctaagagttcttaaatatcttaaaggctctccaggtcgtggcattttctttcctagagct 6344220  T
Q  314 tcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||    
T  6344221 tcaggattacacattcaaggttacacagatgctgattgggcagggtgtaaggatactaggcgttcgatttcaggccattgtttct 6344305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 97 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 15484401 - 15484100
Alignment:
Q  97 caatgataattcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcatt 196  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  15484401 caatgataattcaactctcttcacttatgtctctgcttatagaagattagtgggaagattgatctatctaaacacaactagacctgacattacattcatc 15484302  T
Q  197 actcaacaactcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtg 296  Q
    |||||||| || ||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||      
T  15484301 actcaacagcttagtccgtttttaagtaaacctacacatactcactacaatgctgctctaagggttctcaagtatcttaagggttccccaggccgtggaa 15484202  T
Q  297 ttttctttcctagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgctt 396  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| | ||| ||||||||||| | |  |||||||| ||  ||||||||    
T  15484201 ttttctttcctagagatttaggtttacacattcaaggatatactgatgccgactgagtagggtgtaaggataccatatgttccattttagctcattgctt 15484102  T
Q  397 ct 398  Q
    ||    
T  15484101 ct 15484100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16989402 - 16989018
Alignment:
Q  14 tattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataattcacctc 113  Q
    |||||| |||||||| | || ||||||||| | ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||  | |||||||| | |||||| |    
T  16989402 tattgtctggatttgttacaagattcaggtttacttggctcaaagccggttaccacaccttcagatccatccattaagctgcacaatgacacttcaccac 16989303  T
Q  114 tctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtca 213  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||| ||  | || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  16989302 tcttcactgatgtctctgcttacagaagattggttgggagattgatctatctcaacacaactaggcctgacattacattcataactcaacagctcagtca 16989203  T
Q  214 attttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcctagagat 313  Q
    |||||| || ||||| || || ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||  |||| |||||||||| |    
T  16989202 atttttgagtaaaccaacccacactcattacaatgctgctctaagagttcttaaatatcttaaaggctctccaggtcgtggcattttttttcctagagct 16989103  T
Q  314 tcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||    
T  16989102 tcaggattacatattcaaggttacacagatgctgattgggcagggtgtaaggatactaggcgttccatttcaggccattgtttct 16989018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 369
Target Start/End: Original strand, 26491843 - 26492205
Alignment:
Q  7 aagaatatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataat 106  Q
    ||||| ||| ||||||||| || || ||||||||||  | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | || |||||||      
T  26491843 aagaaaatactgtttggatctgttgaatgattcaggccttcttggttctaagcctgtttctacaccctctgatccctctatcaaactccataatgatacc 26491942  T
Q  107 tcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaac 206  Q
    |||||||  ||  ||||||||||  | ||||||||  | || || |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  26491943 tcacctcctttctctgatgtttcaacctatagaagacttattggcagattgatttacttgaatacaaccagacctgacattactttcattacccaacaat 26492042  T
Q  207 tcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcc 306  Q
    | ||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||  ||||| || | ||  |||| || || || || ||||| |||||    ||  ||||||| ||    
T  26492043 tgagtcagtttcttagcaaaccaactcaaactcattatcatgctgctattagatttctaaaatacctaaaaggttcaccaggcaaaggaattttcttccc 26492142  T
Q  307 tagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatac 369  Q
      ||| |||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  26492143 atgagcttcaggattacacattcagggatacactgatgcagactgggcaggatgtaaagatac 26492205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 165 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 9845374 - 9845296
Alignment:
Q  165 tgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcacta 243  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| ||| | |  |||||||||||  |||||||    
T  9845374 tgaatacaactagaccagatattactttcattatccaacaactcagtcagtttctcaccaaacctacacatgctcacta 9845296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 398
Target Start/End: Original strand, 8837744 - 8838135
Alignment:
Q  7 aagaatatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataat 106  Q
    ||||| ||| ||||||||| |  || ||||||||||  | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | || |||||||      
T  8837744 aagaaaatactgtttggatctattgaatgattcaggccttcttggttctaagcctgtttctacaccctctgatccctctatcaaactccataatgatacc 8837843  T
Q  107 tcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaac 206  Q
    |||||||  ||| |||||||||| |||||||||||  | || || |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||     
T  8837844 tcacctcctttttctgatgtttcagcatatagaagacttattggcagattgatttacttgaatacaaccagacctgacattacttttattacccaacaat 8837943  T
Q  207 tcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcc 306  Q
    | ||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||  ||||| |||| || ||||| || || || || ||||| |||||    ||  ||||||| ||    
T  8837944 tgagtcagtttcttagcaaaccaactcaaactcattatcatgctgctcttagagttctcaaatacctaaaaggttcaccaggcaaaggaattttcttccc 8838043  T
Q  307 tagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
      ||| |||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |  || || ||||||||||| ||||    
T  8838044 acgagcttcagggttacacattcagggatacactgatgcagactgggcaggatgtaaagatacaaggcgctctatctcaggacattgtttct 8838135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 398
Target Start/End: Original strand, 55311680 - 55312071
Alignment:
Q  7 aagaatatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaatgataat 106  Q
    ||||| ||| ||||||||| || || ||||||||||  | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | || |||||||      
T  55311680 aagaaaatactgtttggatctgttgaatgattcaggccttcttggttctaagcctgtttctacaccctctgatccctctatcaaactccataatgatacc 55311779  T
Q  107 tcacctctctttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaac 206  Q
    |||||||  ||  |||||||||| || ||||||||  | || || |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  55311780 tcacctcctttctctgatgtttcagcctatagaagacttattggcagattgatttacttgaatacaaccagacctgacattactttcattacccaacaat 55311879  T
Q  207 tcagtcaattttttagaaaacctacacaaactcactaaaatgctcctctaagggttcttaagtatcttaagggttccccaggtcgtggtgttttctttcc 306  Q
    | ||||  ||| |||| ||||| || |||||||| ||  ||||| |||| || ||||| || || || || ||||| |||||    ||  ||||||| ||    
T  55311880 tgagtctgtttcttagcaaaccaactcaaactcattatcatgctgctcttagagttctaaaatacctaaaaggttcaccaggcaaaggaattttcttccc 55311979  T
Q  307 tagagattcaggtttacatattcaaggttacactgatgctgactgggcaggatgtaaggatactagacattccatttcaggacattgcttct 398  Q
      ||| |||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||| || ||||| ||||| ||||    
T  55311980 acgagcttcaggattacacattcagggatacactgatgcagactgggcaggatgtaaagatacaaggcgttctatctcaggccattgtttct 55312071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 9802298 - 9802203
Alignment:
Q  122 gatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcattactcaacaactcagtcaattt 217  Q
    ||||||||| | ||||||||||| || || || ||  ||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  9802298 gatgtttcttcctatagaaggttgattggcaggttactttatctcaatacaacaagacctgatattactttcattactcaacaattgagtcaattt 9802203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 19995868 - 19996084
Alignment:
Q  1 atgtcgaagaatatattgtttggatttgctgcatgattcaggtatccttggttccaaacctgttactacaccttctgatccctccatcaaattacacaat 100  Q
    ||||| |||||  |||||| | |||||| || ||||||||||| |  ||||||| ||||| ||| | || ||||||||||| || |||||| | ||||||    
T  19995868 atgtcaaagaaagtattgtcttgatttgttgaatgattcaggtttaattggttctaaaccagtttccactccttctgatccttctatcaaacttcacaat 19995967  T
Q  101 gataattcacctctc---tttactgatgtttctgcatatagaaggttaataggaagattgatttatctgaacacaactagacctgacattactttcatta 197  Q
    |||   ||| |||||   ||| || || |  | ||||||| |||||| || || |||||  |||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| |    
T  19995968 gat---tcagctctccctttttctaatataccagcatataaaaggttgattggtagattactttacctcaacacaactagacctgacatcacttacatca 19996064  T
Q  198 ctcaacaactcagtcaattt 217  Q
    |||||||||| ||| |||||    
T  19996065 ctcaacaacttagttaattt 19996084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University