View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14805_low_23 (Length: 263)

Name: NF14805_low_23
Description: NF14805
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14805_low_23
NF14805_low_23
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (18-246)||(5467504-5467734)
chr4 (18-231)||(5413050-5413263)
chr4 (18-215)||(5393601-5393798)
chr4 (18-231)||(5423218-5423431)
chr4 (18-231)||(5354950-5355163)
chr4 (18-231)||(5379295-5379508)
chr4 (20-225)||(5345907-5346112)
chr4 (18-224)||(5502816-5503022)
chr4 (19-231)||(5357065-5357277)
chr4 (18-91)||(5363465-5363538)
chr4 (156-231)||(5363562-5363637)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-231)||(20329471-20329684)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 5467734 - 5467504
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467734 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 5467635  T
Q  118 gaatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggt 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467634 gaatatatgaatctatcattcagtcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggt 5467535  T
Q  218 tatgtggatctcca--aacaaagaaatgtgg 246  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  5467534 tatgtggatctccactaacaaacaaatgtgg 5467504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 5413050 - 5413263
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 117  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||     
T  5413050 atcatcagtggagaatttaaagcatcttgagtctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtctatctttccta 5413149  T
Q  118 gaatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggt 217  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |    
T  5413150 gcatatatgaatctctcgttcaatcacctagttggacgaattcctttgggtactcaaattcaaacatttgatgtagattcctttgcagggaatgaaggat 5413249  T
Q  218 tatgtggatctcca 231  Q
    | |||||| |||||    
T  5413250 tgtgtggacctcca 5413263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 215
Target Start/End: Original strand, 5393601 - 5393798
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||     
T  5393601 atcattagtggggaatttgaagaatcttgagtctatggacatttcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagagctttcaagtctatctttccta 5393700  T
Q  118 gaatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagg 215  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  5393701 gcatatatgaatctctcgttcaatcacctagttggacgaattcctttgggtactcaaattcaaacatttgatgtagattcctttgaagggaatgaagg 5393798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5423431 - 5423218
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 117  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||     
T  5423431 atcatcagtggagaatttaaagcatcttgagtgtatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtctatctttccta 5423332  T
Q  118 gaatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggt 217  Q
    | ||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||| ||||||    
T  5423331 gcatatatgaacctctcgttcaatcacctcgtggggcgaattcctttgggtactcaaattcaatcatttgatgtagactccttcaaagggaatgaagggt 5423232  T
Q  218 tatgtggatctcca 231  Q
    |||||||| |||||    
T  5423231 tatgtggacctcca 5423218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 5354950 - 5355163
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5354950 atcatcggtggggaatttgaagaatcttgaatctttggacttgtcaaacaactccttaaatggaaagattcctcaagagctttcaagtatatatttcctt 5355049  T
Q  118 gaatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggt 217  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||  || |||    
T  5355050 gaatatatgaacctctcgttcaatcaccttgtgggacgaattccgttgggtactcaaatacaatcatttgatacagattccttcaaagggaacgaaaggt 5355149  T
Q  218 tatgtggatctcca 231  Q
    |||||||| |||||    
T  5355150 tatgtggacctcca 5355163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 5379295 - 5379508
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5379295 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgagtgtatggatttgtcaaacaattctttgaatggtgagatccctcaagagctttcaagtatatatttcctt 5379394  T
Q  118 gaatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggt 217  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| ||||||    
T  5379395 gaatatatgaacctctcgttcaatcacctggtgggtcgaattcctttgggcactcaaattcaatcatttgatgcagattccttcaaagggaatgaagggt 5379494  T
Q  218 tatgtggatctcca 231  Q
    |||| ||| |||||    
T  5379495 tatgcggacctcca 5379508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 5346112 - 5345907
Alignment:
Q  20 catcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttccttga 119  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||  |||||| |     
T  5346112 catcagtggagaatttaaagaatcttgagtgtatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagatccctcaagagctttcaagtctatctttcctagc 5346013  T
Q  120 atatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggtta 219  Q
    ||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||| ||| ||||||||    
T  5346012 atatatgaacctctcgttcaatcacctagtgggtcgaattcctttgggtactcaaattcaaacatttgatgtagattccttcaaaggaaatgaagggtta 5345913  T
Q  220 tgtgga 225  Q
    ||||||    
T  5345912 tgtgga 5345907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 224
Target Start/End: Original strand, 5502816 - 5503022
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| | ||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| |     
T  5502816 atcatctgtggggaatttgaagaatctcgagtctatggacttttcaaacaatttcttcaaaggagagattcctcaagagctttcaagtttatctttcatg 5502915  T
Q  118 gaatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggt 217  Q
    |  ||| ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||| ||| | ||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||    
T  5502916 gggtatctgaatctctcgttcaaccacctagtggggcgaattccattaggcactcaaatccaaacctttgatgcagattcttttgaaggaaatgaagggt 5503015  T
Q  218 tatgtgg 224  Q
    | |||||    
T  5503016 tgtgtgg 5503022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 231
Target Start/End: Original strand, 5357065 - 5357277
Alignment:
Q  19 tcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttccttg 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  ||   | |    
T  5357065 tcatctgtgggaaatttgaagaatcttgagtctatagacttttcaaacaatttcttcaatggagagattcctcaagagctttctagtttatcttatatgg 5357164  T
Q  119 aatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggtt 218  Q
     |||| | ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||| | ||| | ||||||  |||||| |||||||||||| |||| ||    
T  5357165 gatatctaaatctctcgttcaatcacctagtggggcgaattccattaggtactcaagtccaaacctttgatgcagattcttttgaagggaatgaaggatt 5357264  T
Q  219 atgtggatctcca 231  Q
    ||||||| |||||    
T  5357265 atgtggacctcca 5357277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 91
Target Start/End: Original strand, 5363465 - 5363538
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctc 91  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5363465 atcatctgtggggactttgaagaatcttgagtctatggatttgtcaaataactccttgaatggagagattcctc 5363538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 156 - 231
Target Start/End: Original strand, 5363562 - 5363637
Alignment:
Q  156 aattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggttatgtggatctcca 231  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  5363562 aattcctttgggcactcaaattcaataatttgatgtagattccttcaaaggaaatgaagggttatgtggacctcca 5363637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 20329471 - 20329684
Alignment:
Q  18 atcatcagtggggaatttgaagaatcttgaatctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtataagtttcctt 117  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||     
T  20329471 atcatcagtggagaatttaaagcatcttgagtctatggacttgtcaaacaactccttgaatggagagattcctcaagggctttcaagtctatctttccta 20329570  T
Q  118 gaatatatgaatctatcattcaatcacctggttgggcgaattcctttgggaactcaaattcaatcatttgatatagattcctttgaagggaataaagggt 217  Q
    | ||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||| ||||||    
T  20329571 gcatatatgaacctctcgttcaatcacctcgtggggcgaattcctttgggtactcaaattcaatcatttgatgtagactccttcaaagggaatgaagggt 20329670  T
Q  218 tatgtggatctcca 231  Q
    |||||||| |||||    
T  20329671 tatgtggacctcca 20329684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University