View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1480_low_20 (Length: 304)

Name: NF1480_low_20
Description: NF1480
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1480_low_20
NF1480_low_20
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (15-281)||(33652752-33653018)
chr2 (204-281)||(30922572-30922649)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (39-281)||(2626317-2626559)
chr6 (39-281)||(22977220-22977462)
chr6 (39-281)||(23810940-23811182)
chr6 (99-281)||(34325111-34325293)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (39-277)||(45287907-45288146)
chr8 (39-281)||(3753064-3753307)
chr8 (39-281)||(19251792-19252022)
chr8 (39-281)||(19324976-19325206)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (39-281)||(42921847-42922090)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (39-281)||(47388665-47388908)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 15 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 33653018 - 33652752
Alignment:
Q  15 atgaagaagtatcatacaagttaccttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactgacatgatcacaaattctacagctgcaatacctaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33653018 atgaagaagtatcatacaagttaccttcacttcatggtgataataaccaacctcgacataatactgacatgatcacaaattctacagctgcaatacctaa 33652919  T
Q  115 caaaccattaatatatactgctgtgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctact 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33652918 caaaccattaatatatactgctgtgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcacctaaagtctcagagattcaaatctctact 33652819  T
Q  215 cctccgccgagtaaccaagcaatgcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33652818 cctccgccgagtaaccaagcaatgcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 33652752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 204 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 30922649 - 30922572
Alignment:
Q  204 aaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaatgcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30922649 aaatctatactcctccgccaagtaaccaagcaatgcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 30922572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 39 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 2626559 - 2626317
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactgacatgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctgt 138  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2626559 cttcacttcgtggtgataataaccaacttcgaaataatactaacatgatcacaacttctacagctgcattacctaacaaaccattaatatatactgctgt 2626460  T
Q  139 gaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaatg 238  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2626459 gaattctaaggtgaatcaggaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtctcatagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaatg 2626360  T
Q  239 caagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2626359 caagaatcaatccacaacagaaagaaatggataaatgatgagg 2626317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 39 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 22977462 - 22977220
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactgacatgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctgt 138  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22977462 cttcacttcgtggtgataataaccaacttcgaaataatactaacatgatcacaacttctacagatgcattacctaacaaaccattaatatatactgctgt 22977363  T
Q  139 gaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaatg 238  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22977362 gaattctaaggtgaatcaggaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtctcatagattcaaatctctactcctcagccgagtaaccaagcaatg 22977263  T
Q  239 caagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22977262 caagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 22977220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 39 - 281
Target Start/End: Original strand, 23810940 - 23811182
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactgacatgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctgt 138  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23810940 cttcacttcgtggtgataataaccaacttcgaaataatactaacatgatcacaacttctacagttgcattacctaacaaaccattaatatatactgctgt 23811039  T
Q  139 gaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaatg 238  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  23811040 gaattctaaggtgaatcaggaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtctcatagattcaaatctctactcctctgccgagtaaccatgcaatg 23811139  T
Q  239 caagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23811140 caagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 23811182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 99 - 281
Target Start/End: Original strand, 34325111 - 34325293
Alignment:
Q  99 cagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctgtgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcaga 198  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||    
T  34325111 cagctgcattacctaacaaaccattaatatatactgttgtgaattctaaggtgaatcagaaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtctgaga 34325210  T
Q  199 gattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaatgcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34325211 gattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaatgcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 34325293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 39 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 45288146 - 45287907
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactga-catgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctg 137  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45288146 cttcacttcgtggtgataataaccaacttcgaaataatactaaacatgatcacaacttctacagctgcattacctaacaaaccatcaatatatactgctg 45288047  T
Q  138 tgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 237  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45288046 tgaattctaaggtgaatcaggaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 45287947  T
Q  238 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgat 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45287946 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgat 45287907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 39 - 281
Target Start/End: Original strand, 3753064 - 3753307
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactga-catgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctg 137  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3753064 cttcactccgtggtgataataaccaacttcgaaataatactaaacatgatcacaacttctactgctgtattacctaacaaaccattaatatatactgctg 3753163  T
Q  138 tgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 237  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3753164 tgaattctaaggtgaatcagaaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtctcagagattcaaatatctactcctccgtcgagtaaccaagcaat 3753263  T
Q  238 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3753264 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 3753307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 39 - 281
Target Start/End: Original strand, 19251792 - 19252022
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactga-catgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctg 137  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  19251792 cttcacttcgtggtgataataaccaacttcgaaataatactaaacatgatcacaacttctacagttgcattacctaacaaaccattaatatataccgttg 19251891  T
Q  138 tgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 237  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19251892 tgaattctaaggtgaatcaggaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtc-------------tctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 19251978  T
Q  238 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19251979 acaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaataatgagg 19252022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 39 - 281
Target Start/End: Original strand, 19324976 - 19325206
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactga-catgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctg 137  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  19324976 cttcacttcgtggtgataataaccaacttcgaaataatactaaacatgatcacaacttctacagttgcattacctaacaaaccattaatatataccgttg 19325075  T
Q  138 tgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 237  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19325076 tgaattctaaggtgaatcaggaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtc-------------tctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 19325162  T
Q  238 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19325163 acaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaataatgagg 19325206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 39 - 281
Target Start/End: Original strand, 42921847 - 42922090
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactga-catgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctg 137  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| | || |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42921847 cttcacttcgtggtgataataaccaactttgaaataatactaaacatgatcacaacttctacagctgcattacctaacaaaccattaatatatactgctg 42921946  T
Q  138 tgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 237  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42921947 tgaattctaaggtgaatcaggaaatagaagaaagtaatgttacctcacctaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 42922046  T
Q  238 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42922047 gcaagtatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 42922090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 39 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 47388908 - 47388665
Alignment:
Q  39 cttcacttcatggcgataataaccaacctcgacataatactga-catgatcacaaattctacagctgcaatacctaacaaaccattaatatatactgctg 137  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47388908 cttcacttcgtgttgataataaccaacttcgaaataatactaaacatgatcacaacttcaacagctgcattacctaacaaaccattaatatatactgctg 47388809  T
Q  138 tgaattcaaaggtgaatcaggaaatagaagaaagcaatgctacctcaccgaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 237  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47388808 tgaattctaaggtgaatcaggaaatagaagaaagaaatgttacctcacctaaagtctcagagattcaaatctctactcctccgccgagtaaccaagcaat 47388709  T
Q  238 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47388708 gcaagaatcaatccacaacaggaagaaatggataaatgatgagg 47388665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University