View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14813_low_13 (Length: 443)

Name: NF14813_low_13
Description: NF14813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14813_low_13
NF14813_low_13
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-429)||(1504445-1504873)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (9-425)||(3010140-3010556)
chr8 (31-424)||(2932221-2932614)
chr8 (37-425)||(2948880-2949268)
chr8 (9-425)||(37797706-37798122)
chr8 (9-425)||(2922852-2923268)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-425)||(28026403-28026819)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (155-428)||(4914232-4914505)
chr6 (24-93)||(4914550-4914619)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 1504873 - 1504445
Alignment:
Q  1 cttaaaatttgaagaccagtgtctagcaacaaacattaaaagctcaagatagacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggatacacttt 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504873 cttaaactttgaagaccagtgtctagcaacaaacattaaaagctcaagataaacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggatacacttt 1504774  T
Q  101 gcataccaatcaatattcaccagtttcacctctaaatatttgagtatgccactgtactcatttttatcgaatgaagaactcaagattttcatcccatcat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1504773 gcataccaatcaatattcaccagtttcacccctaaaaaattgagtatcccacggtactcctttttatcgaatgaagaactcaagattttcatctcatcat 1504674  T
Q  201 gagaagataaatcaagcaagtatactccttcctcgtgggcctctgtcaaaatcttccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacaaggcttaaagaa 300  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1504673 gagaatttaagtcaagcaagtatactcctttctcatgggcctttgtcaaaatcttccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacgaggcttaaagaa 1504574  T
Q  301 gtgcttctgctttgtgaatgtctcaataggtacaattttttcttcatgcagttttgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaa 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504573 gtgcttctgatttgtgaatgtctcaataggtacaattttttcttcatgcagttttgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaa 1504474  T
Q  401 ctttcaattggaaggaacttgaacaaatt 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504473 ctttcaattggaaggaacttgaacaaatt 1504445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 9 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 3010556 - 3010140
Alignment:
Q  9 ttgaagaccagtgtctagcaacaaacattaaaagctcaagatagacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggatacactttgcatacca 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3010556 ttgaagaccagtgtcttgcaacaaacagcaaaagctcaagatagacatcttctgatactccatctacgagattagaactctggatgcactttgcatacca 3010457  T
Q  109 atcaatattcaccagtttcacctctaaatatttgagtatgccactgtactcatttttatcgaatgaagaactcaagattttcatcccatcatgagaagat 208  Q
    ||||  ||||||  |||||||| ||||| ||||||||||  ||   |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3010456 atcacaattcacatgtttcacccctaaaaatttgagtattgcatcatactcacttttatcaaatgaagaactcaagattttcatcccatcaggagaagat 3010357  T
Q  209 aaatcaagcaagtatactccttcctcgtgggcctctgtcaaaatcttccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacaaggcttaaagaagtgcttct 308  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||| |||| |||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  3010356 aggtcaagcaagtatactccttcctcgcgggcctttgtcaaaatattccaaaatttaggtagtaacctgttaacttcacggggcttatagaagtgcttct 3010257  T
Q  309 gctttgtgaatgtctcaataggtacaattttttcttcatgcagttttgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaactttcaat 408  Q
    | ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||   |||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  3010256 ggtttatgaatgtctcgataggtataattttttcttcatccagctttgctttgattttctgcctcacacgattgaagatctcaaaaggagaactatgaat 3010157  T
Q  409 tggaaggaacttgaaca 425  Q
    |||||||||||||||||    
T  3010156 tggaaggaacttgaaca 3010140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 31 - 424
Target Start/End: Original strand, 2932221 - 2932614
Alignment:
Q  31 aaacattaaaagctcaagatagacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggatacactttgcataccaatcaatattcaccagtttcacc 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||||    
T  2932221 aaacagtaaaagctcaagatagagattttctgatactccgtccacaagattagtactctggatacactttgcataccactcaaacttcacatgtttcacc 2932320  T
Q  131 tctaaatatttgagtat-gccactgtactcatttttatcgaatgaagaactcaagattttcatcccatcatgagaagataaatcaagcaagtatactcct 229  Q
     ||||| |||| ||||| ||| |  ||||   ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||  ||||||    
T  2932321 cctaaaaattttagtattgcctca-tacttgcttttatcaaacgaagaacttaagattttcatcccatcatgagaagataggtgaagcaagtgcactcct 2932419  T
Q  230 tcctcgtgggcctctgtcaaaatcttccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacaaggcttaaagaagtgcttctgctttgtgaatgtctcaatag 329  Q
    ||| |  |||||  ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  2932420 tccacccgggccattgtcaaaatattccaaaatttaggtagtagcctgctaacttcactaggcttgtagaactgcttctgctctgtgaatgtctcaatag 2932519  T
Q  330 gtacaattttttcttcatgcagttttgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaactttcaattggaaggaacttgaac 424  Q
    | |||||||||||||||   |||||| |||||||||| | ||||   | ||||||  ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2932520 gaacaattttttcttcagcaagtttttctttgattttctccctcgcataattgaaattctcaatcggagaactatcaattggaaggaacttgaac 2932614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 37 - 425
Target Start/End: Original strand, 2948880 - 2949268
Alignment:
Q  37 taaaagctcaagatagacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggatacactttgcataccaatcaatattcaccagtttcacctctaaa 136  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| | |||| | |||||    
T  2948880 taaaagctcaagatagatatcttctgatacttcatccacgagattagaactctggatgcaatttgcataccaatcaataatcaccggcttcaaccctaaa 2948979  T
Q  137 tatttgagtatgccactgtactcatttttatcgaatgaagaactcaagattttcatcccatcatgagaagataaatcaagcaagtatactccttcctcgt 236  Q
     | ||||||| | ||   |||||| || |||| |||||||| ||||||||||| |||  | |||||||| |||  ||||  ||||| ||||||||||  |    
T  2948980 aaattgagtacgtcatcatactcacttatatcaaatgaagagctcaagattttaatctgaccatgagaaaataggtcaacaaagtacactccttcctgct 2949079  T
Q  237 gggcctctgtcaaaatcttccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacaaggcttaaagaagtgcttctgctttgtgaatgtctcaataggtacaat 336  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||    
T  2949080 gggcctttgtcaaaatattccaaaatttaggtagtagcctgctaacttcatgtggcttacagaagtgcttctggttcgagaatgtctcaataggaacaat 2949179  T
Q  337 tttttcttcatgcagttttgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaactttcaattggaaggaacttgaaca 425  Q
    |||||| |||  ||  ||||||| |||||| | |||||  ||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  2949180 tttttcatcagccaaatttgcttcgattttctccctcacatgattgaaggtctcaacaggagaactattaattggaatgaacttgaaca 2949268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 425
Target Start/End: Original strand, 37797706 - 37798122
Alignment:
Q  9 ttgaagaccagtgtctagcaacaaacattaaaagctcaagatagacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggatacactttgcatacca 108  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37797706 ttgaagaccagtttttagcaagaaacagtaaaagttgaagatagagatcttctgatacaccatccacaagattagaactctggatgcactttgcatacca 37797805  T
Q  109 atcaatattcaccagtttcacctctaaatatttgagtatgccactgtactcatttttatcgaatgaagaactcaagattttcatcccatcatgagaagat 208  Q
    |||||   ||||  |||| ||| ||||| | |||||||    |   |||||| ||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  37797806 atcaacggtcactggtttaacccctaaaaagttgagtacattatcatactcacttttatcaaacgaagaactcaagatcttcctcccatcatgagaagat 37797905  T
Q  209 aaatcaagcaagtatactccttcctcgtgggcctctgtcaaaatcttccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacaaggcttaaagaagtgcttct 308  Q
    |  | ||||||||| |||||||| ||  | || |   ||||||| ||||| |||  || ||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  37797906 aggttaagcaagtacactccttcgtctcgagctttactcaaaatattccagaattcagacagcagcctactaacttcaccaggcttatagaagtgcttct 37798005  T
Q  309 gctttgtgaatgtctcaataggtacaattttttcttcatgcagttttgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaactttcaat 408  Q
    |||| ||  ||||||||||||| ||||| ||||| | |  ||  |||||||||||||| | |||||  ||||| ||  ||||||| || |||||||||||    
T  37798006 gcttcgtatatgtctcaataggaacaatattttcattaaccaactttgctttgattttgtccctcacatgattaaacttctcaaatggcgaactttcaat 37798105  T
Q  409 tggaaggaacttgaaca 425  Q
     ||||||||||||||||    
T  37798106 gggaaggaacttgaaca 37798122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 425
Target Start/End: Original strand, 2922852 - 2923268
Alignment:
Q  9 ttgaagaccagtgtctagcaacaaacattaaaagctcaagatagacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggatacactttgcatacca 108  Q
    |||||||||||| | | |||||||||| |||||| | || ||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  2922852 ttgaagaccagtatttcgcaacaaacagtaaaagttgaacatagagatcttctgatactccatccacaagatcagaactctggatgcactttgcatacca 2922951  T
Q  109 atcaatattcaccagtttcacctctaaatatttgagtatgccactgtactcatttttatcgaatgaagaactcaagattttcatcccatcatgagaagat 208  Q
    | ||  | |||||  ||| ||| ||||| | |||||||    |   |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2922952 accataagtcaccgatttaacccctaaaaaattgagtacattataatactcccttttatcaaatgaagagctcaagattttcctcccatcatgagaagat 2923051  T
Q  209 aaatcaagcaagtatactccttcctcgtgggcctctgtcaaaatcttccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacaaggcttaaagaagtgcttct 308  Q
    |  | ||||||||  || | ||| ||   ||| |  |||||||| ||||| |||  |||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2923052 aggttaagcaagtgcacgctttcgtccctggctttagtcaaaatattccagaattcaggcagcaacctgctaacttcaccaggcttatagaagtgcttct 2923151  T
Q  309 gctttgtgaatgtctcaataggtacaattttttcttcatgcagttttgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaactttcaat 408  Q
    |||| | | | ||||||||||| |||||  ||||||||  || ||||||||||||||| | |||||  | ||| ||  ||||||| | ||||||||||||    
T  2923152 gcttggagtacgtctcaataggaacaatactttcttcaaccaattttgctttgattttgtccctcacataattaaacttctcaaatgtagaactttcaat 2923251  T
Q  409 tggaaggaacttgaaca 425  Q
     ||||||||||||||||    
T  2923252 gggaaggaacttgaaca 2923268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 425
Target Start/End: Original strand, 28026403 - 28026819
Alignment:
Q  9 ttgaagaccagtgtctagcaacaaacattaaaagctcaagatagacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggatacactttgcatacca 108  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28026403 ttgaagaccagtttttagcaataaacagtaaaagttgaagatagagatcttctgatactccatccacaagattagaactctggatgcactttgcatacca 28026502  T
Q  109 atcaatattcaccagtttcacctctaaatatttgagtatgccactgtactcatttttatcgaatgaagaactcaagattttcatcccatcatgagaagat 208  Q
    |||||   ||||   ||| ||| ||||| | |||||||    |   |||||| ||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  28026503 atcaacggtcactgatttaacccctaaaaagttgagtacattatcatactcacttttatcaaacgaagaactcaagatcttcctcccatcatgagaagat 28026602  T
Q  209 aaatcaagcaagtatactccttcctcgtgggcctctgtcaaaatcttccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacaaggcttaaagaagtgcttct 308  Q
    |  | ||||||||| ||||||||  |  |||| |  | |||||| ||||| |||  |||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  28026603 aggttaagcaagtacactccttcgccccgggctttagacaaaatattccagaattcaggcagcagcctactaacttcaccaggcttatagaagtgcttct 28026702  T
Q  309 gctttgtgaatgtctcaataggtacaattttttcttcatgcagttttgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaactttcaat 408  Q
    ||| | || ||||||||||||| ||||| ||||| | |  || |||| |||||||||| | ||||| || ||| ||  ||||||| ||||||||||||||    
T  28026703 gctctttgtatgtctcaataggaacaatattttcattaaccaatttttctttgattttgtccctcacgtaattaaacttctcaaatggagaactttcaat 28026802  T
Q  409 tggaaggaacttgaaca 425  Q
     ||||||||||||||||    
T  28026803 gggaaggaacttgaaca 28026819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 155 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4914505 - 4914232
Alignment:
Q  155 tactcatttttatcgaatgaagaactcaagattttcatcccatcatgagaagataaatcaagcaagtatactccttcctcgtgggcctctgtcaaaatct 254  Q
    ||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||   |||||| ||||||||| |    
T  4914505 tactcttttttatcaaacaaagaactcaagattttcattctatcatgagaagataggtcaagcaagtacactccttcctgccgggcctttgtcaaaatat 4914406  T
Q  255 tccaaaatgtaggcagtagcctgctaacttcacaaggcttaaagaagtgcttctgctttgtgaatgtctcaataggtacaattttttcttcatgcagttt 354  Q
    ||| |||  || |||||||||| | ||||||||  |||||| ||||||||||||| || |  |||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||    
T  4914405 tccgaaacttacgcagtagcctacaaacttcacggggcttatagaagtgcttctggttcgaaaatgtctcaataggaataattttttcttcagccagttt 4914306  T
Q  355 tgctttgattttattcctcatgtgattgaagctctcaaaaggagaactttcaattggaaggaacttgaacaaat 428  Q
    |||||| ||||  | |||||  ||||||||| || ||  | ||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  4914305 tgctttaatttcctccctcacatgattgaagttcccatgacgagaactatgaattggaatgaacttgaacaaat 4914232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 4914619 - 4914550
Alignment:
Q  24 tagcaacaaacattaaaagctcaagatagacatcttctgatacttcatacacaagattagaactctggat 93  Q
    ||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||    
T  4914619 tagcaacaaaatataaaagctccagatagatatcttctgatactccatctgcaagattagaactctggat 4914550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University