View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14817_low_1 (Length: 953)

Name: NF14817_low_1
Description: NF14817
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14817_low_1
NF14817_low_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (13-934)||(15194952-15195876)
chr1 (13-934)||(15215370-15216294)
chr1 (16-656)||(15195881-15196524)
chr1 (16-656)||(15216299-15216942)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (13-934)||(17563169-17564093)
chr5 (13-623)||(17570265-17570881)
chr5 (13-486)||(17690563-17691036)
chr5 (320-668)||(17683455-17683803)
chr5 (13-285)||(17683838-17684110)
chr5 (13-191)||(17702016-17702194)
chr5 (632-805)||(17571599-17571772)
chr5 (210-486)||(17621843-17622122)
chr5 (796-933)||(17621520-17621656)
chr5 (562-660)||(17621700-17621798)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (13-934)||(14764506-14765430)
chr7 (13-623)||(14757654-14758270)
chr7 (579-935)||(14749456-14749812)
chr7 (13-526)||(14749835-14750348)
chr7 (320-663)||(14661458-14661801)
chr7 (13-285)||(14661151-14661423)
chr7 (13-285)||(14652716-14652988)
chr7 (13-191)||(14627299-14627477)
chr7 (320-592)||(14653023-14653295)
chr7 (632-805)||(14709196-14709369)
chr7 (692-805)||(14756790-14756903)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (335-933)||(24394927-24395525)
[»] scaffold1961 (1 HSPs)
scaffold1961 (13-237)||(1-225)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 731; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 15195876 - 15194952
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
15195876 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgctttgggaattagtatgcaagtactatgctggagaagtt 15195777  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| || |||    
15195776 gttaacataaaagtgattagaaatataacaaatatgctaatggatttaggaccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccttttctgcagcttccag 15195677  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaaat---ttattgatag 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||     | ||||||||    
15195676 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatag 15195577  T
310 agtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggag 409  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||    
15195576 agtgagccacttctgggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgattagattaatccttatggag 15195477  T
410 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15195476 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 15195377  T
510 gagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttaga 609  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15195376 gagaagtgattacttcatacattagagactacagtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttaga 15195277  T
610 tgacaaagataaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttg 709  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15195276 tgagaaagataaattcagcaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttg 15195177  T
710 aatcctcgttctccagagtacatttcactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactcttaaca 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15195176 aatcctcgttctccagagtacatttcactatttttaaacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactcttaaca 15195077  T
810 aggttatggttttattccattatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttgtaaaccggcttttgtctggaaaaacagtttc 909  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
15195076 aggttatgtttttattccgttatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttgcaaagcggcttttgtctggaaaaacagtttc 15194977  T
910 tgatgaagccgagaggagtctcata 934  Q
    |||||| |||||| |||||||||||    
15194976 tgatgatgccgagcggagtctcata 15194952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 15216294 - 15215370
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
15216294 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgctttgggaattagtatgcaagtactatgctggagaagtt 15216195  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| || |||    
15216194 gttaacataaaagtgattagaaatataacaaatatgctaatggatttaggaccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccttttctgcagcttccag 15216095  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaaat---ttattgatag 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||     | ||||||||    
15216094 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatag 15215995  T
310 agtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggag 409  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||    
15215994 agtgagccacttctgggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgattagattaatccttatggag 15215895  T
410 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15215894 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 15215795  T
510 gagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttaga 609  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15215794 gagaagtgattacttcatacattagagactacagtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttaga 15215695  T
610 tgacaaagataaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttg 709  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15215694 tgagaaagataaattcagcaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttg 15215595  T
710 aatcctcgttctccagagtacatttcactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactcttaaca 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15215594 aatcctcgttctccagagtacatttcactatttttaaacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactcttaaca 15215495  T
810 aggttatggttttattccattatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttgtaaaccggcttttgtctggaaaaacagtttc 909  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
15215494 aggttatgtttttattccgttatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttgcaaagcggcttttgtctggaaaaacagtttc 15215395  T
910 tgatgaagccgagaggagtctcata 934  Q
    |||||| |||||| |||||||||||    
15215394 tgatgatgccgagcggagtctcata 15215370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 15196524 - 15195881
Alignment:
16 cctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagttgtt 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15196524 cctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgtt 15196425  T
116 aacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcagccg 215  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
15196424 gatagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctg 15196325  T
216 agttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaaat---ttattgatagagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| | ||||     | ||||||| |||    
15196324 agttctaccgggctgaatcacagaaattgattgagcgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgataaagt 15196225  T
313 gagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggagaac 412  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
15196224 gagccacttcttggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaac 15196125  T
413 tctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15196124 tctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgag 15196025  T
513 aagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttagatga 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
15196024 aagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggctcttagatga 15195925  T
613 caaagataaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatg 656  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
15195924 gaaagataaattcagcaggattataaatttggcatttagtaatg 15195881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 15216942 - 15216299
Alignment:
16 cctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagttgtt 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15216942 cctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgtt 15216843  T
116 aacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcagccg 215  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
15216842 gatagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctg 15216743  T
216 agttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaaat---ttattgatagagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| | ||||     | ||||||| |||    
15216742 agttctaccgggctgaatcacagaaattgattgagcgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgataaagt 15216643  T
313 gagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggagaac 412  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
15216642 gagccacttcttggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaac 15216543  T
413 tctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15216542 tctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgag 15216443  T
513 aagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttagatga 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
15216442 aagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggctcttagatga 15216343  T
613 caaagataaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatg 656  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
15216342 gaaagataaattcagcaggattataaatttggcatttagtaatg 15216299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 934
Target Start/End: Original strand, 17563169 - 17564093
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||  ||   ||| || ||||||    
17563169 gaacctgtggagagaaaatgttcttcattcaaaccagataaggactcgactgttgaatatgcttttggaattagtacgcagtgagcgtgccggcgaagtt 17563268  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||| |||  ||||||||||  ||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||| || || |  | ||||     
17563269 gttaatagaggactgattagaagtataacaaagatgctaattgatacaggtccttccgtttatggggaagaatttgagaatccttttctgctagcttcaa 17563368  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaa--attta-ttgatag 309  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||  |   | |||||||    
17563369 ctgagttctatcgggctgaatcacagatatttattgagtgctgtggttctggggattatctcaagaaggctgagatgcatctgaatgaggaacttgatag 17563468  T
310 agtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggag 409  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
17563469 agtgagccactacttggaccctagcactgaaacgaagattactactctggtggagaaggagatgctcgaaaatcacatgcttagattaatctataaggag 17563568  T
410 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 509  Q
    |  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||    
17563569 acttctgggttagtaaacatgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttcagtcgtgtcaccgatggtctcttgaaaatac 17563668  T
510 gagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttaga 609  Q
    | |||||||||||||||||| | | |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||    
17563669 gtgaagtgatgacttcatacgtcaaagaccacggtaagcagcttgttactgatcctgaaaggttgaaggatcctgttgaatttgtgcagaggctctcaga 17563768  T
610 tgacaaagataaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttg 709  Q
    ||  ||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| || |||||| |||| ||||||    
17563769 tgtgaaagataaattcaacaagattatagatttggcatttagtaatgacaagttgttcatgaaagatctgaattcctcatttgaatttttcatgaacttg 17563868  T
710 aatcctcgttctccagagtacatttcactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactcttaaca 809  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||    
17563869 aatcctcgtattccagagtacatttcactctttgtagacgataagcttcgaaaaggtctaaagggagttagtgaggatgttgtagagattatccttgaca 17563968  T
810 aggttatggttttattccattatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttgtaaaccggcttttgtctggaaaaacagtttc 909  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
17563969 aggttatggttctattccggtatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaagcagcaccttgcaaagcggcttttgtctggaaaaacagtttc 17564068  T
910 tgatgaagccgagaggagtctcata 934  Q
    |||||| || |||||||||||||||    
17564069 tgatgatgctgagaggagtctcata 17564093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 623
Target Start/End: Original strand, 17570265 - 17570881
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| |||| |    
17570265 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 17570364  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||| | | ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||| | || |||| ||||||| ||||||||| |||| | | || ||||| |||||||    
17570365 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttctgtttatgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 17570464  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaaattt---attgatag 309  Q
    | ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| | |  | ||||       |  |||||    
17570465 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 17570564  T
310 agtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggag 409  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
17570565 aatgtgccactacttggaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 17570664  T
410 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 509  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||| |||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| ||   |||||||||| ||||||    
17570665 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactaatggtctctcgaaaatac 17570764  T
510 gagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttg---aagaatccggttgaatttgtgcagaggctttt 606  Q
    | ||||||| ||||||| |||| ||||| |     || |||||| |||||| || ||||||||||    | | ||  |||||||||||||||||| | ||    
17570765 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttggatgatattcatgttgaatttgtgcagaggttgtt 17570864  T
607 agatgacaaagataaat 623  Q
    |||||| ||||||||||    
17570865 agatgagaaagataaat 17570881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 17691036 - 17690563
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||   ||| || |||| |    
17691036 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggaatcgattgtcgaatatgcttttggagtttgtattcaaggagcgtgccggggaagat 17690937  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||| || || || |||| ||    
17690936 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttag 17690837  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttga---aatttattgatag 309  Q
    | || |  |||  ||||||||| ||||||| |||| |||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||| | |  |||||   |    |  |||||    
17690836 ctgaatcttacaaggctgaatcccagaaatatattaagtgttttgactgtggggattatctcaagaaagttgagaggtgcttgaatgaggaaacggatag 17690737  T
310 agtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggag 409  Q
    |||     | |||||||||||||  ||||||||||| |||| || || | | |||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||| ||||||||    
17690736 agt---tcattacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgcctagattaatcaatatggag 17690640  T
410 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgt 486  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| |  ||| ||| ||||||||   |||||||||||||||||||| |||||    
17690639 aactctgggtttgtaaacatgatttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgt 17690563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 320 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 17683803 - 17683455
Alignment:
320 tacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggagaactctgggt 419  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||| || || | | |||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
17683803 tacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgggt 17683704  T
420 tagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgat 519  Q
    | ||||||||| || ||| | |||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||  | | |||||||||  |||||| ||||| |||    
17683703 ttgtaaacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgggttcctgatggtctctcaaaaatacaagaagcgat 17683604  T
520 gacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttagatgacaaagat 619  Q
    ||  ||| ||||| |||  |  | | |  |||||||||||| |||| | |||||| || |||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
17683603 gatctcacacattcgagtgtccgttgacaagcttgttactgatccaaagaggttggaggatcctgttgaatttttgcagaggctattggatgacaaagat 17683504  T
620 aaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatgacaagttgttcc 668  Q
    |||| |  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
17683503 aaatacgacaagattataaacatggcatttagtaatgacaagtttttcc 17683455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 17684110 - 17683838
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| || ||||  ||||| | ||| || |||| |    
17684110 gaacctgtggagagaaattgttatttattcaaaccagataaggactcaactgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaggagtgtgccggggaagat 17684011  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || || || |||| ||    
17684010 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagaatttgagactccttttctgcaagttttag 17683911  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttga 285  Q
    | || |  |||  |||||||||  |||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
17683910 ctgaatcttacaaggctgaatccgagaaatatatcgagtgttgtgactgcggggattatctcaagaaagttga 17683838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 17702194 - 17702016
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||   || ||   ||| || |||| |    
17702194 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtacttaaagagcgtgccggggaagat 17702095  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgaga 191  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
17702094 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgaga 17702016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 632 - 805
Target Start/End: Original strand, 17571599 - 17571772
Alignment:
632 attataaatatggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttgaatcctcgttctccagagtaca 731  Q
    ||||||||  ||| |||||| ||| |||| || ||||| || | | || ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
17571599 attataaacttggaatttagaaataacaatttcttccaaaatgctttgaattcctcgttcgaatttttcattaacttgaacccttgttctccagagtaca 17571698  T
732 tttcactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactctt 805  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
17571699 tttcactatttgtagacgataagcttagaaaggaactaaagggagttagcgaggatgatgtagagattactctt 17571772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 210 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 17622122 - 17621843
Alignment:
210 cagccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaa--atttattg-a 306  Q
    |||| ||||||||| |||| ||| | |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||   ||||  |   |||| |    
17622122 cagctgagttctacagggcagaaactcagaaatttattggatgttgtgattgtggggattatctcaagaaagctgagaggcggctgaatgaggaattgga 17622023  T
307 tagagtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatg 406  Q
    |||||||| | | || ||||| ||||| ||  || |||  ||| ||| | |||| | ||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||    
17622022 tagagtgaaccattatttggatcctaggaccaaagagactattgctaatatggtggtgaaggagattattgaaaatgacatgcttagattaatccatatg 17621923  T
407 gagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgt 486  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||    
17621922 gaaaattctgggttagtaaacatgatttgtggtgataaatatgaagacttgggtagaatgtataacttgttccgtcgtgt 17621843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 796 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 17621656 - 17621520
Alignment:
796 gattactcttaacaaggttatggttttattccattatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttgtaaaccggcttttgtct 895  Q
    |||||||||| ||||||| ||| |  ||||||| || ||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||  ||| || | ||  ||| ||||||||    
17621656 gattactcttgacaaggtgatgatgctattccaatacttgcaagaaaa-gacttgtttgagaagtattacaaactgcatctggcaatgcggattttgtct 17621558  T
896 ggaaaaacagtttctgatgaagccgagaggagtctcat 933  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
17621557 ggaaaaacagtttctgatgacgctgagaggagtctcat 17621520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 562 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 17621798 - 17621700
Alignment:
562 tccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttagatgacaaagataaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatgacaa 660  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||| |   | ||||||||| ||||||||||| || |||||    
17621798 tccagaaaggttgaaggatcctgttgaatatgtgcagaagctcttagatgagaaagataaatacgagaagattataaacatggcatttagcaacgacaa 17621700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 14765430 - 14764506
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||  ||  ||   ||| || ||||||    
14765430 gaacctgtggagagaaaatgttcttcattcaaaccagataaggactcgactgttgaatatgcttttggaattagtacacagtgagcgtgccggcgaagtt 14765331  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||| |||  ||||||||||  ||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||| || || |  | ||||     
14765330 gttaatagaggactgattagaagtataacaaagatgctaattgatacaggtccttccgtttatgaggaagaatttgagaatccttttctgctagcttcaa 14765231  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaa--attta-ttgatag 309  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||  |   | |||||||    
14765230 ctgagttctatcgggctgaatcacagatatttattgagtgctgtggttctggggattatctcaagaaggctgagatgcatctgaatgaggaacttgatag 14765131  T
310 agtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggag 409  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
14765130 agtgagccactacttggaccctagcactgaaacgaaaattactactctggtggagaaggagatgctcgaaaatcacatgcttagattaatctataaggag 14765031  T
410 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 509  Q
    |  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||    
14765030 acttctgggttagtaaacatgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttcagtcgtgtcaccgatggtctcttgaaaatac 14764931  T
510 gagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttaga 609  Q
    | |||||||||||||||||  | | |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||    
14764930 gtgaagtgatgacttcataagtcaaagacaacggtaagcagcttgttactgatcctgaaaggttgaaggatcctgttgaatttgtgcagaggctctcaga 14764831  T
610 tgacaaagataaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttg 709  Q
    ||  ||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| || |||||| |||| ||||||    
14764830 tgtgaaagataaattcaacaagattatagatttggcatttagtaatgacaagttgttcatgaaagatctgaattcctcatttgaatttttcatgaacttg 14764731  T
710 aatcctcgttctccagagtacatttcactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactcttaaca 809  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||| |||    
14764730 aatcctcgtattccagagtacatttcactctttgtagacgataagcttcgaaaaggtctaaagggagttagtgaggatgttgtagaaattaaccttgaca 14764631  T
810 aggttatggttttattccattatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttgtaaaccggcttttgtctggaaaaacagtttc 909  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||    
14764630 aggttatggttctattccggtatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaagcagcaccttgcaaagcgacttttgtctggaaaaacagtttc 14764531  T
910 tgatgaagccgagaggagtctcata 934  Q
    |||||| || |||||||||||||||    
14764530 tgatgatgctgagaggagtctcata 14764506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 14758270 - 14757654
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| |||| |    
14758270 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 14758171  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||| | | ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||| | || |||| ||||| | ||||||||| |||| | | || ||||| |||||||    
14758170 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttctgtttaagagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 14758071  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttgaaattt---attgatag 309  Q
    | ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| | |  | ||||       |  |||||    
14758070 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 14757971  T
310 agtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggag 409  Q
    | || || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
14757970 aatgtgccactacttagaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 14757871  T
410 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 509  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||| |||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| ||   |||||||||| ||||||    
14757870 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactaatggtctctcgaaaatac 14757771  T
510 gagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttg---aagaatccggttgaatttgtgcagaggctttt 606  Q
    | ||||||| ||||||| |||| ||||| |     || |||||| |||||| || ||||||||||    | | ||  |||||||||||||||||| | ||    
14757770 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttggatgatattcatgttgaatttgtgcagaggttgtt 14757671  T
607 agatgacaaagataaat 623  Q
    |||||| ||||||||||    
14757670 agatgagaaagataaat 14757654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 579 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 14749812 - 14749456
Alignment:
579 atccggttgaatttgtgcagaggcttttagatgacaaagataaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatct 678  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |  || |||||||||  ||| |||||||||  ||||  ||||||| || | | |    
14749812 atcctgttgaatttgtgcagaggctcttggatgagaaagataaatacgacaagattataaacttggaatttagtaacaacaatatgttccaaaatgtttt 14749713  T
679 gtattcctccttcgaatttatcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatttcactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaatt 778  Q
    | ||||||  || |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||| ||| ||    
14749712 gaattcctggtttgaatttttcattaacttgaacccttgttctccagagtacatttcactatttgtagacgataagcttagaaagggtctaaatggagtt 14749613  T
779 agtgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatggttttattccattatttgcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttg 878  Q
    || ||||||| | ||||| |||||||| | ||||| ||| | |||||||  ||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||| || |    
14749612 agcgaggatgatttagaggttactcttgaaaaggtgatgatgttattccgatacctgcaagaaaaagacgtgtttgagaagtattacacacagcatctgg 14749513  T
879 taaaccggcttttgtctggaaaaacagtttctgatgaagccgagaggagtctcataa 935  Q
     ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
14749512 caaagcggcttttggctggaaagacagtttctgaagatgccgagaggagtctcataa 14749456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 14750348 - 14749835
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||  ||||||  |||| |    
14750348 gaacctgtggagagagaatgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtattcaaggagcatgctgcggaagat 14750249  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||| ||| ||| ||||||| || || |||| ||||||||||||| | |||| |  ||||||| | |||||||||||| ||| ||  |||| |||||||    
14750248 gttaatagagaaccgattagaaatctatcaaagatgctaatggatttaggtccctttgtttatgaggaagaatttgagactccttttttacaagtttcag 14750149  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgcacttga---aatttattgatag 309  Q
    | ||||||||  |||||||||| ||||||||| |||| |  | |||||| || |||||| ||||||| |||| || ||   |||   |    |  |||||    
14750148 ctgagttctatagggctgaatcccagaaatttgttgatttttctgattgcggtgattatttcaagaaagttgcaaagcggctgaatgaggaaacagatag 14750049  T
310 agtgagcaactacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggag 409  Q
    | ||||| | |  |||||  || | ||  || |||||||||||| | || |   ||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||  || ||    
14750048 actgagccatttattggatactgggacaaaagagaagattactaatatgct---gaaggagactattgaaaatcacatgcttagattaatccaattgcag 14749952  T
410 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 509  Q
    || |||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||  | | |||||||| | ||||||    
14749951 aattctgggttagtaaacatgctttgtggtgataaatataacgatttgggtagaatgtataacttgttccatcgtgttcctgatggtctcttgaaaatac 14749852  T
510 gagaagtgatgacttca 526  Q
    | |||||||||||||||    
14749851 gtgaagtgatgacttca 14749835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 320 - 663
Target Start/End: Original strand, 14661458 - 14661801
Alignment:
320 tacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggagaactctgggt 419  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||| || || | | |||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
14661458 tacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgggt 14661557  T
420 tagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgat 519  Q
    | ||||||||| || ||| | |||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||   |||||| ||||| |||    
14661558 ttgtaaacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgtgttcctgatggtctcttaaaaatacaagaagcgat 14661657  T
520 gacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttagatgacaaagat 619  Q
    ||  ||| ||||| |||  |  | | |  |||||||||||| |||| | |||||| || |||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
14661658 gatctcacacattcgagtgtccgttgacaagcttgttactgatccaaagaggttggaggatcctgttgaatttttgcagaggctcttggatgacaaagat 14661757  T
620 aaattcagcaggattataaatatggcatttagtaatgacaagtt 663  Q
    |||| |  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
14661758 aaatacgacaagattataaacatggcatttagtaatgacaagtt 14661801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 14661151 - 14661423
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||   ||| || |||| |    
14661151 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtattcaaggagcgtgccggggaagat 14661250  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || || || |||| ||    
14661251 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagaatttgagactccttttctgcaagttttag 14661350  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttga 285  Q
    | || |  |||  |||||||||  |||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||    
14661351 ctgaatcttacaaggctgaatctgagaaatatattgagtgctgtgactgcgaggattatctcaagaaagttga 14661423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 14652716 - 14652988
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||   ||| || |||| |    
14652716 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaggagcgtgccggggaagat 14652815  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||||| ||||| ||||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||| || || || |||| ||    
14652816 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctgatggatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttag 14652915  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttga 285  Q
    | || |  |||  ||||||||| ||||||| |||| |||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||    
14652916 ctgaatcttacaaggctgaatcccagaaatatattaagtgttttgactgtggggattatctcaagaaagttga 14652988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 13 - 191
Target Start/End: Original strand, 14627299 - 14627477
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||  || ||   ||| || |||| |    
14627299 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggaatcgattgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaagagcgtgccggggaagat 14627398  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgaga 191  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
14627399 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgaga 14627477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 320 - 592
Target Start/End: Original strand, 14653023 - 14653295
Alignment:
320 tacttggaccctagcactgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggagaactctgggt 419  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||| || || | | |||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
14653023 tacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgggt 14653122  T
420 tagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgat 519  Q
    | ||||||||| || ||| |  ||| ||| ||||||||   |||||||||||||||||||| |||||  |   |||||||||  |||||  |||||||||    
14653123 ttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtgat 14653222  T
520 gacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaattt 592  Q
    ||  ||| ||||| |||  | || |||  |||||||||||| |||| ||||| | ||| |||| ||| |||||    
14653223 gatctcacacattcgagtgtctgttaacaagcttgttactgatccaaaaagggttaaggatcctgttcaattt 14653295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 632 - 805
Target Start/End: Original strand, 14709196 - 14709369
Alignment:
632 attataaatatggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttgaatcctcgttctccagagtaca 731  Q
    ||||||||  ||| |||||| ||| |||| |||||||| || | | || ||||||| ||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||    
14709196 attataaacttggaatttagaaataacaatttgttccaaaatgctttgaattcctcgttcgaatttttcattaacttaaacccttgttctccagagtaca 14709295  T
732 tttcactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactctt 805  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||| |||| || |||| | ||||||||||||||    
14709296 tttcactatttgtagacgataagcttagaaaggaactaaagggagttagcgaagatgatctagagattactctt 14709369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 692 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 14756903 - 14756790
Alignment:
692 gaatttatcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatttcactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttg 791  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||    ||||||||| |||| ||||||| |     
14756903 gaatttttcattaacttgaacccttgtactccagagtacatttcactatttgtagacgataagcttagaaagtaactaaagggagttagcgaggatgatc 14756804  T
792 tagagattactctt 805  Q
    ||||||||||||||    
14756803 tagagattactctt 14756790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 9e-82; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 335 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 24395525 - 24394927
Alignment:
335 actgaaaagaagattactactgtggtagagaaggagatgatcgaaaatcaaatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgattg 434  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||     
24395525 actgaaaagaagattaataaagtggtggagacgcagatgattgaaaatcacatgctcaggttaatccatatggagaattctggtttagtcaacatgcttt 24395426  T
435 gtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgatgacttcatacattag 534  Q
    |||||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||  |||  ||||| | | |||||||||| |||||||||| | |||| ||    
24395425 gtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttccgccgtgtagccgacggtcttttgaaaatacgagaggtgatgactttacacataag 24395326  T
535 agactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaggcttttagatgacaaagataaattcagcaggatt 634  Q
     || | |||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |  || ||||    
24395325 ggaatctggtaaacagcttgttacagatcctgaaagattgaaggatccagtcgagtttgtgcagaggctcttagatgagaaagacaaatacgacaagatt 24395226  T
635 ataaatatggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgtattcctccttcgaatttatcattaacttgaatcctcgttctccagagtacattt 734  Q
    |||||   |||||| |  || |||||||  |||||||| | | || ||||||| || |||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
24395225 ataaaccaggcattcaacaacgacaagtctttccagaatgctttgaattcctcgtttgaatatttcattaacttgaatccccgttctccagagttcattt 24395126  T
735 cactatttttagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatggttttattccattattt 834  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||  || ||||| || ||  | |  ||||| | ||||||  |||||||  ||||||| ||| |  | ||||  || ||    
24395125 cactatttgtagatgataaacttcgtaagggtctgaaaggggtcaacgaggacgatgtagaagttactctggacaaggtgatgatgctgttccgatactt 24395026  T
835 gcaggaaaaagatgtgtttgagaagtattacaaaaagcaccttgtaaaccggcttttgtctggaaaaacagtttctgatgaagccgagaggagtctcat 933  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| || | |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||    
24395025 gcaagaaaaagatgtttttgagaagtattataaacagcatctggcaaagaggcttttgtctggaaaaacggtttctgatgatgctgaaagaagtctcat 24394927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1961 (Bit Score: 137; Significance: 5e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold1961
Description:

Target: scaffold1961; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 225 - 1
Alignment:
13 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataagcactcgattgtcgaatacgcttttggaattagtatgcaaggactatgctggagaagtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||     
225 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgatttttgaatatgcttttgggattaatatgcaaggactatgctgaggaagtc 126  T
113 gttaacagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggattcacgtccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccattgctacaggtttcag 212  Q
    ||||| | ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||    
125 gttaataaaaaactgattagaaaaataacgaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcag 26  T
213 ccgagttctaccgggctgaatcaca 237  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
25 ctgagttctaccgggctgaatcaca 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University