View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14819_high_39 (Length: 336)

Name: NF14819_high_39
Description: NF14819
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14819_high_39
NF14819_high_39
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (18-336)||(2996980-2997298)
chr6 (18-336)||(2927313-2927631)
chr6 (24-336)||(3003391-3003703)
chr6 (18-336)||(2964662-2964980)
chr6 (18-333)||(2658595-2658916)
chr6 (18-336)||(2937613-2937931)
chr6 (24-336)||(2929468-2929780)
chr6 (18-336)||(2974160-2974478)
chr6 (25-336)||(2934759-2935070)
chr6 (18-336)||(2952086-2952407)
chr6 (26-336)||(2983024-2983337)
chr6 (26-169)||(2978408-2978550)
chr6 (166-336)||(2979192-2979359)
chr6 (230-308)||(2985693-2985771)
chr6 (70-151)||(2954546-2954627)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-336)||(3339180-3339496)
[»] scaffold0024 (3 HSPs)
scaffold0024 (18-335)||(34850-35167)
scaffold0024 (70-336)||(44538-44804)
scaffold0024 (26-74)||(45120-45168)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (24-335)||(49613595-49613906)
chr3 (30-336)||(49618589-49618883)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 2997298 - 2996980
Alignment:
Q  18 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2997298 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggagaagttcttg 2997199  T
Q  118 aaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactga 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2997198 aaattccttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactga 2997099  T
Q  218 ttatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattct 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2997098 ttatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattct 2996999  T
Q  318 gtggctaacttgtttaatg 336  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2996998 gtggctaacttgtttaatg 2996980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 2927313 - 2927631
Alignment:
Q  18 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927313 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 2927412  T
Q  118 aaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactga 217  Q
    ||||||||   |||| |||| |||||  ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  | | ||||||||||||    
T  2927413 aaattcctcaattaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattactga 2927512  T
Q  218 ttatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattct 317  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  2927513 ttatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggagacggtgattct 2927612  T
Q  318 gtggctaacttgtttaatg 336  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2927613 gtggctaacttgtttaatg 2927631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 24 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 3003703 - 3003391
Alignment:
Q  24 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattc 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003703 agtgcaactgagttgttagaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattc 3003604  T
Q  124 cttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgt 223  Q
    ||   ||| |||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  | | ||||||||| ||||||      
T  3003603 ctcaattattagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattaccgattatcg 3003504  T
Q  224 ttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggct 323  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  3003503 ttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttggagacagtgattctgtggct 3003404  T
Q  324 aacttgtttaatg 336  Q
    |||||||||||||    
T  3003403 aacttgtttaatg 3003391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 2964662 - 2964980
Alignment:
Q  18 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2964662 ctacctagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 2964761  T
Q  118 aaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactga 217  Q
    ||||||||   ||||||| | | ||| ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||| || |||| || |  ||| ||||||||||||    
T  2964762 aaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcgttacccttatgagtcatatattactga 2964861  T
Q  218 ttatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattct 317  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  2964862 ctatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggagatagtgattct 2964961  T
Q  318 gtggctaacttgtttaatg 336  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2964962 gtggctaacttgtttaatg 2964980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 2658916 - 2658595
Alignment:
Q  18 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcg------ggaggag 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  2658916 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcaaaatcaggaggag 2658817  T
Q  112 ttcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatat 211  Q
    ||||||||||||||   ||||  ||||| ||| |||| |||  ||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| || |  ||| ||||||    
T  2658816 ttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattacccttatgagtcatatat 2658717  T
Q  212 tactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagt 311  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2658716 tactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggcttggagacagt 2658617  T
Q  312 gattctgtggctaacttgttta 333  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  2658616 gattctgtggctaacttgttta 2658595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 2937613 - 2937931
Alignment:
Q  18 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  2937613 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaattgtttacttgacttgagattttcaggaggagttcttg 2937712  T
Q  118 aaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactga 217  Q
    ||||||||   |||| ||||||||||  |||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| ||||||| ||||    
T  2937713 aaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctcatgagtcatatattgctga 2937812  T
Q  218 ttatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattct 317  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||  | ||||||||||   ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2937813 ttatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttggagacagtgattct 2937912  T
Q  318 gtggctaacttgtttaatg 336  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  2937913 gtggctaatttgtttaatg 2937931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 24 - 336
Target Start/End: Original strand, 2929468 - 2929780
Alignment:
Q  24 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattc 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  2929468 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggagttcttgaaattc 2929567  T
Q  124 cttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgt 223  Q
    ||   |||| |||||  ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |  ||| |||||||  |||||||||    
T  2929568 ctcaattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagcagtttcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgt 2929667  T
Q  224 ttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggct 323  Q
    | || || ||||||  |||||||| ||||||||||| |  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  2929668 tactattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggct 2929767  T
Q  324 aacttgtttaatg 336  Q
    ||| |||||||||    
T  2929768 aacatgtttaatg 2929780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 2974160 - 2974478
Alignment:
Q  18 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974160 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgaatgtttacatgacttgaggttttcgggaggagttcttg 2974259  T
Q  118 aaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactga 217  Q
    ||||||||   |||| |||| | ||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||| |||    
T  2974260 aaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattattga 2974359  T
Q  218 ttatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattct 317  Q
    ||||  || | ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||  |   | |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2974360 ttatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttggagacagtgattct 2974459  T
Q  318 gtggctaacttgtttaatg 336  Q
    || |||| ||| |||||||    
T  2974460 gttgctatcttatttaatg 2974478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 336
Target Start/End: Original strand, 2934759 - 2935070
Alignment:
Q  25 gtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcc 124  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934759 gtgcaactgaattgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcc 2934858  T
Q  125 ttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtt 224  Q
    |   ||||  ||||| ||| |||| |||  ||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |  | | |||||| ||||||||||||    
T  2934859 tcaattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgtt 2934958  T
Q  225 tctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggcta 324  Q
     ||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||||||| | |||  |||||  || ||||||||||||||||    
T  2934959 gctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggcta 2935058  T
Q  325 acttgtttaatg 336  Q
    ||||||||||||    
T  2935059 acttgtttaatg 2935070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 2952086 - 2952407
Alignment:
Q  18 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2952086 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggaaggagttcttg 2952185  T
Q  118 aaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactga 217  Q
    ||||||||   |||| |||| |||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| ||||||| ||||    
T  2952186 aaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgaggagtcatatattgctga 2952285  T
Q  218 ttatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggaga---cagtgat 314  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||  |  || ||||| || |||  |||||||||    ||||||    
T  2952286 ttatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttggagaaagtagtgat 2952385  T
Q  315 tctgtggctaacttgtttaatg 336  Q
    ||||||||||||  ||||||||    
T  2952386 tctgtggctaacaggtttaatg 2952407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 26 - 336
Target Start/End: Original strand, 2983024 - 2983337
Alignment:
Q  26 tgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 125  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2983024 tgcaactcagttggtagaagctggagttaggtttcaagtgaaaactaaaagtaagtgtttatatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2983123  T
Q  126 tcgttaatagttgaggatcg---gaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatg 222  Q
       ||||||||| | |||||   |||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| || |  ||| |||||||  ||||||||    
T  2983124 caattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcattgtcattaccctcatgagtcatatattcttgattatg 2983223  T
Q  223 tttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggc 322  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||| |||| ||  ||||||| ||||| | |||||||||| || | ||| ||||    
T  2983224 ttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggc 2983323  T
Q  323 taacttgtttaatg 336  Q
    || |||||||||||    
T  2983324 tatcttgtttaatg 2983337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 26 - 169
Target Start/End: Original strand, 2978408 - 2978550
Alignment:
Q  26 tgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 125  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2978408 tgcaactgaattgttagaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2978506  T
Q  126 tcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatat 169  Q
       |||| |||||||||| ||||||||  ||| |||||| ||||    
T  2978507 caattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 166 - 336
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979359
Alignment:
Q  166 atatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttga 265  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||| || |  ||| |||||||||||||||||||   || || |||||||||||||| || |||| |||||| ||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatgtt---gtcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  266 tatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatg 336  Q
    |||||||||||  |   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgtttaatg 2979359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 308
Target Start/End: Original strand, 2985693 - 2985771
Alignment:
Q  230 tttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagac 308  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || |||||    
T  2985693 tttggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttcagaaccaaatactggaaaattggtttcgagac 2985771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 151
Target Start/End: Original strand, 2954546 - 2954627
Alignment:
Q  70 ctaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccga 151  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||   |||| |||||| |||| ||||||    
T  2954546 ctaaaagtgagtgtttacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaagagttgatgatcagaccga 2954627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 173; Significance: 5e-93; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 20 - 336
Target Start/End: Original strand, 3339180 - 3339496
Alignment:
Q  20 accaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaa 119  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339180 accaagcgcaactgagttgttagaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaa 3339279  T
Q  120 attccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgatt 219  Q
    ||||||   |||| |||||| ||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||| |||||    
T  3339280 attcctcaattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgagtcatatattattgatt 3339379  T
Q  220 atgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgt 319  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| | |  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3339380 atgttgcttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgt 3339479  T
Q  320 ggctaacttgtttaatg 336  Q
    |||||| ||||||||||    
T  3339480 ggctaaattgtttaatg 3339496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 166; Significance: 8e-89; HSPs: 3)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 35167 - 34850
Alignment:
Q  18 ctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 117  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  35167 ctaccgagtgcaactcagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaagcctaaaagtgagtgtttacttgacttggggttttcggaaggagtgcttg 35068  T
Q  118 aaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactga 217  Q
    ||||||||   |||  |||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| ||||||||||||    
T  35067 aaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattactga 34968  T
Q  218 ttatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattct 317  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||    
T  34967 ttatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttggagacagtgattct 34868  T
Q  318 gtggctaacttgtttaat 335  Q
    ||||||||||||||||||    
T  34867 gtggctaacttgtttaat 34850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 70 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 44804 - 44538
Alignment:
Q  70 ctaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattccttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatat 169  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||   |||| || ||| ||||   | |||  ||| ||| | |||||    
T  44804 ctaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatat 44705  T
Q  170 ggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatata 269  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||| ||||  | | |||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  44704 ggttgctatggagtagtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatata 44605  T
Q  270 cttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatg 336  Q
    | |||||  |   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
T  44604 catgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatttgtttaatg 44538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 45168 - 45120
Alignment:
Q  26 tgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaa 74  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  45168 tgcaaatgagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaccactaaa 45120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 24 - 335
Target Start/End: Original strand, 49613595 - 49613906
Alignment:
Q  24 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattc 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  49613595 agtgcaactgagttgttagaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggacgggttcttgaaattc 49613694  T
Q  124 cttcgttaatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgt 223  Q
    ||   || | |||||||||| |||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||   |||  || ||||| ||||||||    
T  49613695 ctcaattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcaatgtcactaccctagtgagtcctacattacggattatgt 49613794  T
Q  224 ttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggct 323  Q
    | |||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  49613795 tgctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtgattctgtggct 49613894  T
Q  324 aacttgtttaat 335  Q
    ||||||||||||    
T  49613895 aacttgtttaat 49613906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 336
Target Start/End: Original strand, 49618589 - 49618883
Alignment:
Q  30 actgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattccttcgt 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||   |    
T  49618589 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaactacatgtttacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaat 49618688  T
Q  130 taatagttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgt 229  Q
    ||| ||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||           |||||||| || |  | |  ||||||  ||||||| |||||||    
T  49618689 taagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgc-----------ttcattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgt 49618776  T
Q  230 tttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttg 329  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| |||||  |||||||||||||| | || ||||| ||| |||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  49618777 tttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaacttg 49618876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University