View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14821_low_4 (Length: 510)

Name: NF14821_low_4
Description: NF14821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14821_low_4
NF14821_low_4
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (18-497)||(31560650-31561129)
chr6 (34-497)||(31566969-31567432)
chr6 (18-497)||(33273552-33274031)
chr6 (18-497)||(33402374-33402853)
chr6 (23-497)||(33642443-33642917)
chr6 (19-497)||(33411714-33412192)
chr6 (18-491)||(9168534-9169006)
chr6 (19-499)||(33389833-33390313)
chr6 (18-487)||(33059323-33059792)
chr6 (19-491)||(33306247-33306719)
chr6 (19-497)||(33264410-33264888)
chr6 (18-486)||(33287302-33287770)
chr6 (95-474)||(33359916-33360295)
chr6 (308-381)||(13609093-13609166)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-497)||(17438669-17439147)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (19-490)||(8521-8992)
[»] scaffold1749 (1 HSPs)
scaffold1749 (262-490)||(3-231)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (32-450)||(31476862-31477280)
chr4 (35-497)||(31496768-31497230)
chr4 (51-446)||(31501988-31502383)
chr4 (155-383)||(31019688-31019913)
chr4 (155-383)||(31029569-31029794)
chr4 (234-383)||(31489633-31489782)
chr4 (18-144)||(31033732-31033858)
chr4 (194-454)||(31159176-31159433)
chr4 (308-436)||(31150386-31150514)
chr4 (19-108)||(31150100-31150189)
chr4 (19-94)||(31159001-31159076)
chr4 (19-94)||(31489919-31489994)
chr4 (320-415)||(31161692-31161787)
chr4 (238-404)||(31245019-31245185)
chr4 (19-98)||(31161408-31161485)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 31561129 - 31560650
Alignment:
Q  18 aattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561129 aattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatga 31561030  T
Q  118 catagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31561029 catagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtaggatttgcttttgtgcatcga 31560930  T
Q  218 ggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560929 ggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggc 31560830  T
Q  318 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560829 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgaacaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 31560730  T
Q  418 atcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560729 atcccaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 31560650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 34 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 31567432 - 31566969
Alignment:
Q  34 cctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagatttattcgca 133  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||| |    
T  31567432 cctaaccattcacgacgcacaactattttttccatttgttcaacttgatctacattttcaagaatcagaagggccctttcacgacatagccttcttcgta 31567333  T
Q  134 tcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctga 233  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  31567332 tcaaattagtggcgctgtaatgattgcatatttgttggtgatctatgccaacagtttgaagtaggatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcatatga 31567233  T
Q  234 tctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcct 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  31567232 tctataaattttgcttacatcatcaatataacaagatgcactaaatcgatgagatatttggccatataaagtctcagcaagggctgtcttccctattccc 31567133  T
Q  334 cccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatctt 433  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  31567132 cccattccacaaattcctatagcacgaacaccatcaatcgagtccaaaagcaaatgattttgtaacgcttctataggagaatcaatcccaactaaatctt 31567033  T
Q  434 ttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||  || |||||||||| |||||    
T  31567032 ttgaaacacatgaagatttgcactccaatatattcattattgtttgagcaatctttttaatctc 31566969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 18 - 497
Target Start/End: Original strand, 33273552 - 33274031
Alignment:
Q  18 aattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatga 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  33273552 aattctactacctgcacctaaccattcacgatgcacacctattttttccaactgtgcaacttgatccacattatcaagaatcagaaggaccctttcacga 33273651  T
Q  118 catagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcga 217  Q
    |||||  |  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33273652 catagcctacttcgtatcaaattagttacgctgtaatgattgcatatttgatggtgttctatgccgagagtttgaagtaggatttgcttttgtgcatcga 33273751  T
Q  218 ggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggc 317  Q
    |||||||||||  | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||     
T  33273752 ggggaccatcatgtaatttataaattttgcttacatcatctataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttgatcatataaagccatagcaagggt 33273851  T
Q  318 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| | ||||||      
T  33273852 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctatagcacgaacactgtcaaccgagtccaaaagtaaatgattttgtaatccgtctaaacgagaatct 33273951  T
Q  418 atcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| |||||    
T  33273952 atcccaactaaatcttttgaaaaacatgaagatttgtacttcaatatattcaagatcgtttgaacaatctttttaatctc 33274031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 497
Target Start/End: Original strand, 33402374 - 33402853
Alignment:
Q  18 aattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatga 117  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||    
T  33402374 aattctactacccgcacctaaacattcacgatgcacacctattttttccaattgttcaacttgatccacattatcaaaaatcagaagagccttttcacga 33402473  T
Q  118 catagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcga 217  Q
    | |||  |   | | ||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |    
T  33402474 cgtagcctacgttgtatcaaatcaattgcactgtaacgattgcatatttgatggtgttctatgccgagagtttgatgtaggatttgcttttgtgcatcaa 33402573  T
Q  218 ggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggc 317  Q
      || ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||     
T  33402574 ttgggccatcatataatctataaattttgcttacatcatcaatgaaacaggatgcactaaatcgatgagagatttggccatataaattcatagcaagggt 33402673  T
Q  318 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  33402674 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcttatagcacgaacaccatcaaccaagtccaaaaccaaatgattttttaatgcttctataggagaatca 33402773  T
Q  418 atcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  33402774 atcccaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgcactccaatatattcattatcttttgaacaatctttttaatctc 33402853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 23 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 33642917 - 33642443
Alignment:
Q  23 tactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatag 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||    
T  33642917 tactacctgcacctaaccattcacgacgcacacctattttttcaaattgttcaacttgatcaacattatcaagaatcagaagggccttctcacgacgtag 33642818  T
Q  123 atttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgagggga 222  Q
      |   ||| ||||||| ||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  33642817 cctacgtcgtatcaaatcagttgccatgttacgattgcatatttgatggtgttctatgccaagagtttgaaataggatttgcttttgtgcttcgagtgga 33642718  T
Q  223 ccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtct 322  Q
    ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||| |||||    
T  33642717 ccatcatgtaatctataaattttgcttacatcatcaataaaacatgatgcactaaatcgatgagatatttggtcatataaagccgtagcaagggttgtct 33642618  T
Q  323 tccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcct 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||     
T  33642617 tccctattcctcccattccacaaattcctatagcacgaacaccatcaactgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttttataggagaatcaatccc 33642518  T
Q  423 aactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| ||| |||  |||||||| |||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  33642517 aactaaatcttttgaaacacttaaagacttgcactctaatatattgattatcttttgaacaatctttttaatctc 33642443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 19 - 497
Target Start/End: Original strand, 33411714 - 33412192
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgac 118  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  33411714 attctactacccgcacctaaccattcacgatgcacagctattttttccaattgttcaacttgatccacattatcaaaaatcagaagggccttttcatgac 33411813  T
Q  119 atagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgag 218  Q
     ||   |   ||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  33411814 gtaacctacgtcgtatcaaatcagttgcactgtaacgattgcatatttgatggtgttctatgccgacagtttgaagtaggatttgcctttgtgcatcgag 33411913  T
Q  219 gggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggct 318  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |    
T  33411914 gggaccatcatataatctataaattttgcttacatcgtctataaaacaagatgcactaaattgatgagatatctggccatataaagtcatagcaagggtt 33412013  T
Q  319 gtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaa 418  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| |    
T  33412014 gtctttcctattccgcccattccacaaattccaatagcacaaacaccatcaaccgagtccaaaagtaaatgattttgtaatacttctatccgagaattta 33412113  T
Q  419 tcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    ||| |||||||||||||||||   ||||||||||  | | |||||||||||||||  |  ||||||||||||| |||||    
T  33412114 tcccaactaaatcttttgaaatgaatgaagatttacaatccaatatattcattatattttgaacaatctttttaatctc 33412192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 18 - 491
Target Start/End: Original strand, 9168534 - 9169006
Alignment:
Q  18 aattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatga 117  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  9168534 aattctactacccacacctaaccattcacgatgcacatctattttttccaattgttcaacttgatcaacattatcaagaatcaggagggccctttcacga 9168633  T
Q  118 catagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcga 217  Q
    |||||  |   ||  |||||||| || || |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9168634 catagtatacgtcatatcaaatttgtggcactgtagcgattgcatatttgatggtgttctatgccgagagtttgaagtaagatttgcttttgtgcatcga 9168733  T
Q  218 ggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggc 317  Q
    | || ||||||    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||| ||||| |     
T  9168734 gtgggccatcatgcaatctataaattttacttatatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggtcatataaaaccattgcaagagt 9168833  T
Q  318 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9168834 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctatagcacgaacaccatcaattgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 9168933  T
Q  418 atcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatcttttt 491  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||||||| |  | |||||||||||    
T  9168934 atcccaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgcac-tccatatgttcattatcttttgtacaatcttttt 9169006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 499
Target Start/End: Original strand, 33389833 - 33390313
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||  |||| | ||||| |||    
T  33389833 attctactacctgcacctaaccactcacgatgcacagctattttttccgattgttcaccttgatccacattatcaagaatcactagggtcttttcacgac 33389932  T
Q  119 atagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgag 218  Q
     |||  |   ||| ||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  33389933 ttagcctacgtcgtatcaaatcagttgcaatgtaacgattgcatatttgatggtgttttatgtcgagagtttgaaatagaatttgcttttgtgcatccaa 33390032  T
Q  219 gggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggct 318  Q
     |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |    
T  33390033 aggaccatcacataatctatatattttgcttacatcatcaataaaacaatttgcactaaatcgatgagatatttggtcatataaagtcatggcaagggtt 33390132  T
Q  319 gtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaa 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33390133 gtcttccctattcctcccattccacaaattcctatagcatgaacaccatcaactgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatcaa 33390232  T
Q  419 tcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctcac 499  Q
    |||  ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||    
T  33390233 tccctactaaatctttcgaaacacatgaagaattgcactccaatatattcattatcctttgaacaatctttttaatctcac 33390313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 487
Target Start/End: Original strand, 33059323 - 33059792
Alignment:
Q  18 aattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatga 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  33059323 aattctactacctggacctaaccattcacgatgcaccgctattttctccaattgttcaacttggtccacattatcaagaatcataagggttctttcatga 33059422  T
Q  118 catagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcga 217  Q
    ||||| ||  || | |||||| |||||||   |||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| ||||||    
T  33059423 catagcttcctttgtatcaaagtagttgcatggtaacgattgcatatttgttggtgttctatgccgagagtttgaaataggatttgtttttgtacatcga 33059522  T
Q  218 ggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggc 317  Q
    | ||| |||||  | ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||     
T  33059523 gtggatcatcatgtaatccataaattttggttacatcgtcaataaaacaagatgcactaaattgatgagatatttggccatataaagtcgtagcaagggt 33059622  T
Q  318 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 417  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  33059623 tgttttccctattcctcccattccacaaattcctatagcacgaacaccatcaactgagttcaaaagcaaatgattttgtaatgcttgtataggagaatca 33059722  T
Q  418 atcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatct 487  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||| |||||| |  |||||||||    
T  33059723 atcccaactaaatcttttgaaacacatgaatatttgcattccaatatattgattatcttttgaacaatct 33059792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 491
Target Start/End: Original strand, 33306247 - 33306719
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgac 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  33306247 attctactacctgcacctaaccattcgcgatgcactgcaattttttccaattgttcaacttcattgacattatcaagaatcagaaggaccttttcacgac 33306346  T
Q  119 atagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgag 218  Q
     |||  |   ||| ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||| ||| |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| |||    
T  33306347 gtagcctacgtcgtatcaaatcagttgcgttgtaacgattgcttattagatggtgttctatgcctagagtttgaaataggatttgcttttgtgcattgag 33306446  T
Q  219 gggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggct 318  Q
     |||||||||  | | |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |    
T  33306447 tggaccatcatgtaaactataaattttggttacatcatcaatatagcaggatgcactaaatcgatgagatatttggtcatataaagccatagcaagggtt 33306546  T
Q  319 gtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaa 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  33306547 gtcttccctattcctcccattccagaaattcctatagcacaaacacaatcaaccgagtccaaaagcaaatgattttttaatgcttctataggagaatcaa 33306646  T
Q  419 tcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatcttttt 491  Q
    ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |  |||||||||||||    
T  33306647 tcccaactaaatcttttgaaatatatgaagatttgcactccaatatactcattatcttttgaacaatcttttt 33306719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 497
Target Start/End: Original strand, 33264410 - 33264888
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgac 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||| |||    
T  33264410 attctactacctgcacctaaccattcacgatgcacacctattctttccaattgttcaacttgatccacattatcaagaattagaagggtcttttcacgac 33264509  T
Q  119 atagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgag 218  Q
     |||  |  |||  ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| |     
T  33264510 ttagcctatttcttatcaaatcagttgcactataatgattgcatatttgatggtgttctatgccaagagtttgatgtaggatttgcttttgtgcatctat 33264609  T
Q  219 gggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggct 318  Q
     |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| |    
T  33264610 tggaccatcatgtaatctaaaaattttgcttacatcatcaatgaaacaggatgcatcaaatcgatgacagatttggccatataaattcatagcaagggtt 33264709  T
Q  319 gtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaa 418  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||  |    
T  33264710 gtcttccctattcctcccatcccccaaattcctatagcacgaacaccatcaaccatgtccaaaaggaaatgattttgtaatgcttctaaacgagaatcta 33264809  T
Q  419 tcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||| || |||||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  33264810 tcgcaactaagtcttttgaaacacatgaagatttgcattccaatgtactcattatcttttgaacaatctttttaatctc 33264888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 486
Target Start/End: Original strand, 33287302 - 33287770
Alignment:
Q  18 aattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatga 117  Q
    ||||||||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  33287302 aattctactacctacgcctaaacattcacgatgcacacctattttttccaattgttcaactcgatctacattatcaagaataagaagggccctttcacga 33287401  T
Q  118 catagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcga 217  Q
    | |||  |  || | |||||||||||||| | || | |||||||||| |||| || |||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  33287402 cgtagcctactttgtatcaaattagttgcacggtgacgattgcatatatgatggtcttctattccgacggtttgaagtaggatttccttttgtgcatcga 33287501  T
Q  218 ggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggc 317  Q
    |||||||||||  | ||||| |  |||||   ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||  |||| |||| ||||| |||||     
T  33287502 ggggaccatcatgtaatctaaattttttggcaacatcttcaataaaacaagatccactaaatcgatgggatatttgatcatataaagccatagaaagggt 33287601  T
Q  318 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 417  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||| |||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  33287602 tgttttccctattcctcccattccacaaattcctattgcacgaactccatcaaccgaatccaaatgcaaatgactttgtaaggcttctataggagaatta 33287701  T
Q  418 atcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatc 486  Q
    |||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33287702 atcgcaactaaatcttttgaaacccatgaagatttgcactccaatatattcattatcgtctgaacaatc 33287770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 95 - 474
Target Start/End: Original strand, 33359916 - 33360295
Alignment:
Q  95 gaatcagaagggccctttcatgacatagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaag 194  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||  |  || | |||||| |||||||   ||||  || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||     
T  33359916 gaatcaaaagggctctttcatgacatagcctcctttgtatcaaagtagttgcatggtaacaatcgcatattttattgtgttctatgctgagagtttgaaa 33360015  T
Q  195 tagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttgg 294  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| |||  ||||  |  ||| ||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| ||||||    
T  33360016 taggattttcttttgtgcatcgagtggattatcatgtagtctgtaaattttagttacatcatcaataaaaaaagatgcactaaattggtgagagatttgg 33360115  T
Q  295 ccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgatttt 394  Q
    ||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33360116 ccatataaagtcgtagcaagggttgttttcccaattcctccaattccacaaattcctatagcacgaacaccatcaaccgagttcaaaagcaaatgatttt 33360215  T
Q  395 gtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatc 474  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||| ||||||    
T  33360216 gtaatgcttgtataggagaatcaatctcaactaaatcttttgaaacacatgaatatttgcattccaatatattgattatc 33360295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 308 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 13609166 - 13609093
Alignment:
Q  308 tagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaa 381  Q
    ||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| || ||||||| |||||||||    
T  13609166 tagcaagagttgtctttcctattccgcccattccacaaatccctacaactcgaacatcatcatctgagtccaaa 13609093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 19 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 17439147 - 17438669
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17439147 attctactacctgcacctaaccattcaagatgcacatctattttttccaattgttcaacttgatccacattatcaagaatcagaagtgccctttcatgac 17439048  T
Q  119 atagatttattc-gcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcga 217  Q
    |||| | ||| | | |||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||  |||||||||||||| || |    
T  17439047 atag-tctatgccgtatcaaatatgttgcactgtaacgattgcatatttgatggtgttctatgccaagagtttgaaatatgatttgcttttgtgcttcaa 17438949  T
Q  218 ggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggc 317  Q
    | |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||  || ||||||||     
T  17438948 gtggaccatcatgtaatctataaattttgcttacatcatcaatgaaacaagatgcatcaaatcgatgagagatttggccatataaatccaaagcaagggt 17438849  T
Q  318 tgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatta 417  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||     
T  17438848 tgtcttccctattcctcccatcccccaaattcctatagcacgaacaccatcaaccgagtccaaaagtaaatgattttttaatgcttctatacgagaattt 17438749  T
Q  418 atcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| | | |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  17438748 atcccaactaaatcttttgaattacatgaagatttgcattccaatatattcattatcttttgaacaatctttttaatctc 17438669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 490
Target Start/End: Original strand, 8521 - 8992
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgac 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||| |||    
T  8521 attctactacctgcacctaaccattcacgatgcacacctattctttccaattgttcaacttgatccacattatcaagaattagaagggtcttttcacgac 8620  T
Q  119 atagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgag 218  Q
     |||  |   ||  ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| |     
T  8621 ttagcctatgtcttatcaaatcagttgcactataatgattgcatatttgatggtgttctatgccaagagtttgatgtaggatttgcttttgtgcatcaat 8720  T
Q  219 gggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggct 318  Q
     |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| |    
T  8721 tggaccatcatgtaatctaaaaattttgcttacatcatcaatgaaacaggatgcatcaaatcgatgacagatttggccatataaattcatagcaagggtt 8820  T
Q  319 gtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaa 418  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||||| || |||| || |||||||||| || ||||||| |    
T  8821 gtcttccctattcctcccatcccccaaattcctataacacgaacaccatcaaccgaattcaaaagtaactgatgttttaatgcttctgtacgagaattta 8920  T
Q  419 tcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttt 490  Q
    ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||  |||||  ||||||||||||    
T  8921 tcccaactaaatcttttgaaacgaatgaagatttgcacttcaatatattcaagatcgtttgaacaatctttt 8992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1749 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold1749
Description:

Target: scaffold1749; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 262 - 490
Target Start/End: Original strand, 3 - 231
Alignment:
Q  262 aaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgag 361  Q
    ||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  3 aaacaggatgcatcaaatcgatgacagatttggccatataaattcatagcaagggttgtcttccctattcctcccatcccccaaattcctataacacgaa 102  T
Q  362 caccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaa 461  Q
    |||||||| |||| | |||||| || |||| || |||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  103 caccatcaaccgaattcaaaagtaactgatgttttaatgcttctgtacgagaatttatcccaactaaatcttttgaaacgaatgaagatttgcacttcaa 202  T
Q  462 tatattcattatcgtccgaacaatctttt 490  Q
    ||||||||  |||||  ||||||||||||    
T  203 tatattcaagatcgtttgaacaatctttt 231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 32 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 31477280 - 31476862
Alignment:
Q  32 cacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagatttattcg 131  Q
    |||||| |||||||||||  ||| |||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||| ||||| |||| |||||| | |||||||  |   ||     
T  31477280 cacctagccattcacgacaaacacctattttttccagttgttcaactttatcaacattatcaaaaatcataaggaccctttgacgacatagtctacgtct 31477181  T
Q  132 catcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacct 231  Q
     ||||| |||| |||  || || |||||||||| |||||||| | |   |||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||| || ||||||  |    
T  31477180 aatcaagttagatgcagtggaaagattgcatatctgattgtgattttcaccgagagtttgatgtagaatttgcttttgaacatcgagtggcccatcatgt 31477081  T
Q  232 gatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattc 331  Q
     ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||    |||| | |  |||  |||||| ||||||||||||||    
T  31477080 aatctaaacattttgcttacatcatcaataaaacagcatgcaccaaattgatgagaaattctatcatatagaaccatgccaagggttgtcttccctattc 31476981  T
Q  332 ctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatc 431  Q
    | ||||| ||||||||||||| |||| || || ||||| | ||||||||||| ||| | |||| |||| ||| | |||||||||  |||| |||||||||    
T  31476980 cacccatcccacaaattcctacaacatgaacatcatcaacagagtccaaaagtaaaagcttttctaattcttgtctaggagaatccatcccaactaaatc 31476881  T
Q  432 ttttgaaacacatgaagat 450  Q
     |||||| ||| |||||||    
T  31476880 gtttgaagcacttgaagat 31476862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 31497230 - 31496768
Alignment:
Q  35 ctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagatttattcgcat 134  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||| ||||| ||||   |||| |  ||||||  |   ||| ||    
T  31497230 ctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacaacatagcctgcgtcgtat 31497131  T
Q  135 caaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgat 234  Q
    ||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||| |||||||     || ||||||| ||||||||||||||||  ||| ||| || ||||||  | ||    
T  31497130 caagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttgaacattgagtggtccatcatgtaat 31497031  T
Q  235 ctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctc 334  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||| ||| ||| ||||   |||||||||   |||||||||  ||||||||||||||||    
T  31497030 ctaaaaattttgcttacatcatcaataaaacatcatgcatcaaattgattagagattttagcatacaaagcagtagcaagggtagtcttccctattcctc 31496931  T
Q  335 ccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttt 434  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| || ||| | ||||||||||||| ||| | |||| ||||  ||  ||| |||| |  |||| ||||||||| ||    
T  31496930 ccatcccacaaattcctatgacacgaccatcattaaccgagtccaaaagtaaaagcttttctaatttttgcatatgagagtccatcccaactaaatcatt 31496831  T
Q  435 tgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 497  Q
    ||||||||||  ||||||| | | ||| |||| ||||||| |  ||||||| ||||| |||||    
T  31496830 tgaaacacatatagatttgcaatccaaaatatccattatcctttgaacaatttttttaatctc 31496768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 31502383 - 31501988
Alignment:
Q  51 cacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagatttattcgcatcaaattagttgcgctg 150  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||| ||||| |||| |||||| | |||||||  |   ||| ||||| |||| |||  |     
T  31502383 cacacctattttttccagttgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggaccctttgacgacatagcctgcgtcgaatcaagttagatgcagta 31502284  T
Q  151 taatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgctta 250  Q
     || |||||||||||||||||||||||   |||   ||||||  ||| |||||||||||  || | || || ||||||  | ||||| | ||||||||||    
T  31502283 gaaagattgcatatttgattgtgttcttcaccgtgtgtttgatatagtatttgcttttgaacaccaagtggtccatcatgtaatctaaacattttgctta 31502184  T
Q  251 catcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcc 350  Q
    ||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||||| |||    |||| | |  | || |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  31502183 catcatcgataaaacaacatgcaccaaattgatgagaaattctatcatatagaaccctaccaagggttgtcttccctattccacccatcccacagattcc 31502084  T
Q  351 tataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatga 446  Q
    || | |  || || ||||| | |||||||| || ||| | |||| |||||||| |||| |||||  ||| | |||||  |||||||||||||||||    
T  31502083 tacagcttgaacatcatcaacagagtccaagagtaaaagtttttctaatgcttgtatatgagaaacaattccaactatgtcttttgaaacacatga 31501988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 155 - 383
Target Start/End: Original strand, 31019688 - 31019913
Alignment:
Q  155 gattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatc 254  Q
    |||||||||| |||  ||||||  |||| | ||||||  |||||||||||||||||||| | |   ||||||||  || |||||| |||||||||| |||    
T  31019688 gattgcatatctgaaagtgttccttgccaagagtttggtgtagaatttgcttttgtgcaccaacttgaccatca--tg-tctatatattttgcttagatc 31019784  T
Q  255 atcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctata 354  Q
    ||||||||||||   ||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||   |||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |    
T  31019785 atcaataaaacaacgtgcatcaaattgatgagagatttgaccatataaagcagtagccagagttgtcttccctattccacccatcccacaaattcctaca 31019884  T
Q  355 acacgagcaccatcatccgagtccaaaag 383  Q
    || ||| || ||||| |||||||||||||    
T  31019885 acccgaacatcatcaaccgagtccaaaag 31019913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 155 - 383
Target Start/End: Original strand, 31029569 - 31029794
Alignment:
Q  155 gattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatc 254  Q
    |||||||||| |||  ||||||  |||| | ||||||  |||||||||||||||||||| | |   ||||||||  || |||||| |||||||||| |||    
T  31029569 gattgcatatctgaaagtgttccttgccaaaagtttggtgtagaatttgcttttgtgcaccaacttgaccatca--tg-tctatatattttgcttagatc 31029665  T
Q  255 atcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctata 354  Q
    ||||||||||||   ||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||   |||  || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |    
T  31029666 atcaataaaacaacgtgcatcaaattgatgagagatttgaccatataaagcagtagtcagagttgtcttccctattccacccatcccacaaattcctaca 31029765  T
Q  355 acacgagcaccatcatccgagtccaaaag 383  Q
    || ||| || ||||| |||||||||||||    
T  31029766 acccgaacatcatcaaccgagtccaaaag 31029794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 234 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 31489782 - 31489633
Alignment:
Q  234 tctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcct 333  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||   ||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||   |||| || | |||||||||||||||     
T  31489782 tctatatattttgcttagatcatcaataaaacaacgtgcatcaaattgatgagagatttgaccatataaagcagtagccagagttgtcttccctattcca 31489683  T
Q  334 cccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaag 383  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||| || |||||   |||||||||||    
T  31489682 cccatcccacaaattcctacaacccgaacatcatcaatggagtccaaaag 31489633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 144
Target Start/End: Original strand, 31033732 - 31033858
Alignment:
Q  18 aattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatga 117  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||| ||| |||   ||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||  ||||    
T  31033732 aattctactcccagcacctaaacattcactactcacagctaatttctcctgctgttcaacttgatcaacattatcaagaactagaagggctcttatatga 31033831  T
Q  118 catagatttattcgcatcaaattagtt 144  Q
    | ||| || | ||| ||||||||||||    
T  31033832 cctagcttgagtcgtatcaaattagtt 31033858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 454
Target Start/End: Original strand, 31159176 - 31159433
Alignment:
Q  194 gtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttg 293  Q
    |||| ||||||||||||||| | |  |||||||||  || |||||| ||| |||||| |||||||||||||||   | ||  |||||||||||| |||      
T  31159176 gtaggatttgcttttgtgcaccaattggaccatca--tg-tctatatattctgcttagatcatcaataaaacaacgtacatcaaatcgatgagagattct 31159272  T
Q  294 gccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattt 393  Q
     ||| | ||||   ||| ||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| || ||||| | ||||||||||| ||  |||||    
T  31159273 accacataaagcagtagtaagagttgtcttccctattccacccatcccacaaattcctacaacccgaacatcatcaacggagtccaaaagtaatagattt 31159372  T
Q  394 tgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgt 454  Q
      || |  |||||||||| |||| || | |||||| ||||||| || ||||||| ||||||    
T  31159373 gctactttttctataggataatttattccaactaattcttttggaagacatgaaaatttgt 31159433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 308 - 436
Target Start/End: Original strand, 31150386 - 31150514
Alignment:
Q  308 tagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctat 407  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||  || |||||  |||||||||||| ||||| |||| |||| | | ||     
T  31150386 tagcaagggttgtcttccctactccacccatcccacaaattcctacaacacggacatcatcaagcgagtccaaaagtaaatgtttttctaattcatgtag 31150485  T
Q  408 aggagaattaatcctaactaaatcttttg 436  Q
    ||||||||  ||||  ||||||| |||||    
T  31150486 aggagaatgcatcccgactaaattttttg 31150514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 108
Target Start/End: Original strand, 31150100 - 31150189
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggcc 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||| ||| || | |||| |||||||||| ||||| |||||||| | |||||||    
T  31150100 attctactccccgcacctaaccattcacgattcacggctaatttctcgagttgttcaacttgatcaacattgtcaagaattataagggcc 31150189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 94
Target Start/End: Original strand, 31159001 - 31159076
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaa 94  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||| || | |||| |||||| ||| ||||||||||    
T  31159001 attctactccctgcacctaagcattcacgattcacagctaatttatcaagttgttcaactttatcaacattatcaa 31159076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 31489994 - 31489919
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaa 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | | ||| || | ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  31489994 attctactccctgcacctaaccattcacgattcacacccaatttatcaagttgtccaactttatcaacattatcaa 31489919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 415
Target Start/End: Original strand, 31161692 - 31161787
Alignment:
Q  320 tcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaat 415  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| ||  || ||||| |||| |||||||| ||||| |||| |||| ||||| || ||||||    
T  31161692 tcttccctattccacccatcccacaaactcctacaacccgcacatcatcaaccgaatccaaaagtaaatgtttttctaattcttctgtaagagaat 31161787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31245185 - 31245019
Alignment:
Q  238 taaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctccca 337  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||  |||| ||| ||| |||    |||||||||   ||||||| |  |||||||||||||| ||||    
T  31245185 taaattttacttacatcctcaataaagcagcaagcatcaaattgattagagattctatcatacaaagcagtagcaagagtagtcttccctattccaccca 31245086  T
Q  338 ttccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttc 404  Q
    |||||||||| ||||  || ||| || ||||||| ||||||| || |||| | |||| |||| ||||    
T  31245085 ttccacaaatccctaccactcgaacatcatcatctgagtccataatcaaaagcttttctaattcttc 31245019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 98
Target Start/End: Original strand, 31161408 - 31161485
Alignment:
Q  19 attctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaat 98  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| ||  | |||||| |||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  31161408 attctactccccgcacataaccattcatga--ctcagctagtttttcgagttgttcaacttgatcaacattgtcaagaat 31161485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University