View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14823_low_1 (Length: 570)

Name: NF14823_low_1
Description: NF14823
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14823_low_1
NF14823_low_1
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (16-556)||(949168-949708)
chr1 (22-556)||(960140-960674)
chr1 (22-527)||(971478-971983)
chr1 (22-527)||(942208-942713)
chr1 (16-512)||(936303-936799)
chr1 (17-494)||(975127-975601)
chr1 (16-508)||(909557-910043)
chr1 (17-494)||(419560-420034)
chr1 (17-518)||(924080-924575)
chr1 (267-508)||(916039-916280)
chr1 (349-504)||(901845-902002)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (17-494)||(10537-11011)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 949708 - 949168
Alignment:
Q  16 cacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcaca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  949708 cacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaagggcaca 949609  T
Q  116 gagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttat 215  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  949608 gagtaaacttcggttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgtgtaagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttat 949509  T
Q  216 tcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaa 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  949508 tcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagttttgaaatagtgaa 949409  T
Q  316 atcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  949408 atcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttctcttcacaatttcagcttcc 949309  T
Q  416 tttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaattttgttc 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949308 tttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccaatttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaattttgttc 949209  T
Q  516 cattattatttgaagttgtctctttgaaatgcaagttcaat 556  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  949208 cattattatttgaagttgtctcttggaattgcaagttcaat 949168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 960674 - 960140
Alignment:
Q  22 aaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaa 121  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  960674 aaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaa 960575  T
Q  122 acttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  960574 acttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactc 960475  T
Q  222 cttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaac 321  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960474 cttttgctattacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaac 960375  T
Q  322 catagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcctttgat 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  960374 catagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttctcttcacaatttcagcttcctttgat 960275  T
Q  422 ccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaattttgttccattat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960274 ccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaattttgttccattat 960175  T
Q  522 tatttgaagttgtctctttgaaatgcaagttcaat 556  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  960174 tatttgaagttgtctctttgaattgcaagttcaat 960140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 971983 - 971478
Alignment:
Q  22 aaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaa 121  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  971983 aaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaa 971884  T
Q  122 acttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  971883 acttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactc 971784  T
Q  222 cttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaac 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  971783 cttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaac 971684  T
Q  322 catagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcctttgat 421  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  971683 catagattccaatgaagttatacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttctcttcacaatttcagcttcctttgat 971584  T
Q  422 ccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaattttgttccattat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  971583 ccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctttaggcaagaattttgctccactat 971484  T
Q  522 tatttg 527  Q
    ||||||    
T  971483 tatttg 971478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 942713 - 942208
Alignment:
Q  22 aaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaa 121  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  942713 aaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaa 942614  T
Q  122 acttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  942613 acttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactc 942514  T
Q  222 cttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaac 321  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  942513 cttttgctattacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaac 942414  T
Q  322 catagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcctttgat 421  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  942413 catagattccaatgaagttatacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttctcttcacaatttcagcttcctttgat 942314  T
Q  422 ccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaattttgttccattat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  942313 ccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctttaggcaagaattttgctccactat 942214  T
Q  522 tatttg 527  Q
    ||||||    
T  942213 tatttg 942208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 16 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 936799 - 936303
Alignment:
Q  16 cacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcaca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||| || ||||||  |  |||||||||||||||| || ||||||    
T  936799 cacttgaaaagccaaatgtttaggattccattgtgaagtatcagtgtgacacacagcaacagctttaactctacttccatcaacaccttccaaaggcaca 936700  T
Q  116 gagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttat 215  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||  || ||||| || |||||||| |    
T  936699 gagtaaactttagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaactctctttgtgacacactacagctttattcttttctcccaatttct 936600  T
Q  216 tcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaa 315  Q
    |||| |||||||| || ||||||| ||||||  || | || | ||| | ||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  936599 tcacaccttttgccattacatattcttgcaagtcactgctttcttttttcacttctgttgaaacagcttcgacattgtttccaagtttcgaagtagtgaa 936500  T
Q  316 atcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcc 415  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||     
T  936499 atcaaccatagattccaatgatgttacacaaagcttttcctctcctttgatgccattttcttcacactcacttattgtgttcttcacaatttcagattct 936400  T
Q  416 tttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaattttg 512  Q
    | || ||||||||||||||| |||  ||| || |||||||| | |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  936399 tctgttccttccttgatggagaacaagttaaggatgttttcaactttgcttgaagaaaaaggtattgaattagcaacttctttaggcaagaattttg 936303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 975601 - 975127
Alignment:
Q  17 acttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacag 116  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||    
T  975601 acttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacag 975502  T
Q  117 agtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttatt 216  Q
    ||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||    
T  975501 agtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttctt 975402  T
Q  217 cactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaa 316  Q
    ||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||||| | ||| | ||||||||| |||| ||| |||||||| || || ||||| ||| | ||||||    
T  975401 cactccagatgctattgtatattgttgtaa---attactttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtcgtgaaa 975305  T
Q  317 tcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcct 416  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || |   ||||||||||||| || ||  | |||||||| | | |  |||    
T  975304 tcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttttcctctcctttgatcccttgctcttcacactcactgatggtgttcttcacaatctgaacaccct 975205  T
Q  417 ttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaactt 494  Q
    |||| |||| |||||||   |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  975204 ttgaccctttcttgatgtttaacttgttgattatgtattccatcttgtttgatgaaaagggtattgaattagcaactt 975127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 16 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 910043 - 909557
Alignment:
Q  16 cacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcaca 115  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||| ||| |||| | ||| || ||||||  |  |||||||| ||||||| || ||||||    
T  910043 cacttgaaaagccaaatgtttaaggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcaca 909944  T
Q  116 gagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttat 215  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    ||||||||   | |||| ||| |    
T  909943 gagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattgttct---ctcccattttct 909847  T
Q  216 tcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaa 315  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||   || | |  ||  |||||||| |||| ||  |||||||||||||| || ||| || |||||||    
T  909846 tcactccgtttgctattacatattgttgtaaacca---ctttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaa 909750  T
Q  316 atcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcc 415  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||| ||||    
T  909749 atcaatcatagattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctcctttgataccatatgcttcacattcacttattgtgttcttcacaatttcagattcc 909650  T
Q  416 tttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaat 508  Q
     | ||||||| ||||||||| || | ||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || | ||||||||||    
T  909649 gtcgatccttgcttgatggagaagtagttaaggatgttttccaatttgtttgatgaaaagggaatggaattcgcaacgtcaccaggcaagaat 909557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 494
Target Start/End: Original strand, 419560 - 420034
Alignment:
Q  17 acttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacag 116  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||    
T  419560 acttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacag 419659  T
Q  117 agtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttatt 216  Q
    ||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||    
T  419660 agtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttctt 419759  T
Q  217 cactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaa 316  Q
    ||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||||| | ||| | ||||||||| |||| ||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||    
T  419760 cactccagatgctattgtatattgttgtaa---attactttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaa 419856  T
Q  317 tcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcct 416  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || |   ||||||||||||| || ||  | |||||||| | | |  |||    
T  419857 tcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttttcctctcctttgatcccttgctcttcacactcactgatggtgttcttcacaatctgaacaccct 419956  T
Q  417 ttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaactt 494  Q
    |||| |||| |||||||   |||||||||| ||||| |||||  |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  419957 ttgaccctttcttgatgtttaacttgttgattatgtattccaccttgtttaatgaaaaaggtattgaattagcaactt 420034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 924575 - 924080
Alignment:
Q  17 acttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||| ||| |||| | ||| || ||||||  || |||||||||||||||| |  |||| |     
T  924575 acttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaat 924476  T
Q  117 agtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttatt 216  Q
    ||||||||| ||||| |     ||| ||||| ||||| |||| ||| || |||| |  |   || ||||||| | | |||||||   ||||||| || ||    
T  924475 agtaaactttagttgcacgtagtttgtgacaataaaacactgtatatggataatccattggatggcacacaacaattttgttct---cacccaacttctt 924379  T
Q  217 cactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaa 316  Q
     |||||||||||||| | ||||||||| | | ||   || | ||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||||||    
T  924378 aactccttttgctattatatattgttgtatatca---ctttctttgttcacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaa 924282  T
Q  317 tcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcct 416  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||  ||||||||| |||| |||  ||     ||||||   ||  || ||  ||||||||||||||  ||||     
T  924281 tcaaccattgactctaatgatgttacacaactcttttcctctccttcgatagcaggcatttcacaactaccaatggtgtttttcacaatttcatattccg 924182  T
Q  417 ttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaattttgttcc 516  Q
      ||||||| ||||||||| || | ||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||    
T  924181 ccgatccttgcttgatggagaagtagttaaggatgttttccactttgtttgatgaaaatggtatggaattagcaacttcacgaggcaagaatgttgctcc 924082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 267 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 916280 - 916039
Alignment:
Q  267 cttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgat 366  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||||| |||| |||    
T  916280 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgattctaatgatgttacacaactcttttcctctccttcgat 916181  T
Q  367 gccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcctttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgttt 466  Q
       |   | |||||| | ||  || | |  ||||| | |||||| ||||  |||||||| ||||||||| || |  || || |||||||||| |||||||    
T  916180 agtaggcgtttcacaataaccaatggcttgtttcaaattttcagattccgctgatccttgcttgatggagaagtaattaaggatgttttccactttgttt 916081  T
Q  467 gatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaagaat 508  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  916080 gatgaaaatggtatggaattagcgacttcacgaggcaagaat 916039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 349 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 902002 - 901845
Alignment:
Q  349 cttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcact-tattgttctt-ttcacaatttcagcttcctttgatccttccttgatggaaaacttgttga 446  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| || || | || |||||||||| ||  || |||||||||| |||||||||||| | ||| |    
T  902002 cttttgctctcctttgatgtcattttcttcacactcactataatggtattcttcacaattttagactcttttgatccttgcttgatggaaaagtggttaa 901903  T
Q  447 gtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaacttctctaggcaa 504  Q
    | || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  901902 ggattttttccactttgtttgatgaaaagggaatggaattagcaacttcacgaggcaa 901845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 172; Significance: 4e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 11011 - 10537
Alignment:
Q  17 acttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacag 116  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||    
T  11011 acttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacag 10912  T
Q  117 agtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttatt 216  Q
    ||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||    
T  10911 agtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttctt 10812  T
Q  217 cactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaa 316  Q
    ||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||||| | ||| | ||||||||| |||| ||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||    
T  10811 cactccagatgctattgtatattgttgtaa---attactttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaa 10715  T
Q  317 tcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcct 416  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || |   ||||||||||||| || ||  | |||||||| | | |  |||    
T  10714 tcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttttcctctcctttgatcccttgctcttcacactcactgatggtgttcttcacaatctgaacaccct 10615  T
Q  417 ttgatccttccttgatggaaaacttgttgagtatgttttccattttgtttgatgaaaagggtatggaattagcaactt 494  Q
    |||| |||| |||||||   |||||||||| ||||| |||||  |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  10614 ttgaccctttcttgatgtttaacttgttgattatgtattccaccttgtttaatgaaaaaggtattgaattagcaactt 10537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University