View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14827_low_4 (Length: 422)

Name: NF14827_low_4
Description: NF14827
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14827_low_4
NF14827_low_4
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (11-407)||(7119035-7119431)
chr6 (11-407)||(7131513-7131909)
chr6 (50-319)||(6402777-6403046)
chr6 (56-392)||(10579576-10579913)
chr6 (50-319)||(6585150-6585419)
chr6 (50-314)||(6432078-6432342)
chr6 (50-319)||(6594519-6594788)
chr6 (56-361)||(6415889-6416194)
chr6 (50-369)||(6394781-6395100)
chr6 (58-408)||(6589147-6589497)
chr6 (60-340)||(7994074-7994354)
chr6 (56-370)||(6426434-6426748)
chr6 (57-319)||(14820617-14820879)
chr6 (50-399)||(6423134-6423483)
chr6 (139-399)||(6596761-6597021)
chr6 (59-370)||(6409932-6410243)
chr6 (56-407)||(19632362-19632710)
chr6 (50-230)||(6603204-6603384)
chr6 (163-319)||(8913897-8914054)
chr6 (57-238)||(14818306-14818487)
chr6 (128-236)||(14802331-14802439)
chr6 (50-313)||(11936194-11936457)
chr6 (50-313)||(11948174-11948437)
chr6 (56-230)||(6586112-6586284)
chr6 (116-233)||(9411338-9411455)
chr6 (140-230)||(28935056-28935146)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (50-391)||(19468340-19468681)
chr1 (56-210)||(9580992-9581148)
chr1 (57-210)||(9586563-9586716)
chr1 (60-199)||(7554415-7554554)
chr1 (140-261)||(43634914-43635033)
chr1 (260-373)||(7554546-7554662)
chr1 (138-207)||(52082586-52082655)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (50-399)||(51764273-51764622)
chr3 (57-362)||(13470602-13470907)
chr3 (59-370)||(51113643-51113954)
chr3 (50-298)||(51120827-51121075)
chr3 (58-309)||(514651-514902)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (50-362)||(10614510-10614822)
chr7 (50-370)||(15092013-15092333)
chr7 (222-342)||(10170020-10170140)
chr7 (222-342)||(10177545-10177665)
chr7 (51-168)||(10170145-10170262)
chr7 (51-168)||(10177670-10177787)
chr7 (225-313)||(7977670-7977758)
[»] chr4 (34 HSPs)
chr4 (56-319)||(53761685-53761945)
chr4 (56-370)||(55908587-55908904)
chr4 (59-361)||(546839-547144)
chr4 (161-358)||(1600447-1600647)
chr4 (61-318)||(640843-641100)
chr4 (62-363)||(1548292-1548594)
chr4 (51-399)||(570269-570614)
chr4 (56-298)||(553402-553644)
chr4 (187-399)||(21834211-21834423)
chr4 (56-270)||(55505070-55505281)
chr4 (61-306)||(7225809-7226054)
chr4 (50-313)||(1524405-1524665)
chr4 (128-313)||(1552686-1552871)
chr4 (140-251)||(532196-532307)
chr4 (139-313)||(659717-659889)
chr4 (56-370)||(12121316-12121633)
chr4 (128-369)||(8186951-8187195)
chr4 (56-309)||(370843-371096)
chr4 (50-312)||(558415-558677)
chr4 (116-302)||(3438496-3438681)
chr4 (51-277)||(7307778-7308004)
chr4 (50-232)||(1513407-1513586)
chr4 (224-313)||(12120061-12120150)
chr4 (107-231)||(8184031-8184155)
chr4 (188-362)||(644885-645062)
chr4 (150-324)||(1519051-1519224)
chr4 (60-242)||(1537757-1537939)
chr4 (228-302)||(6006422-6006497)
chr4 (259-313)||(1533909-1533963)
chr4 (161-302)||(12116505-12116646)
chr4 (260-363)||(1489227-1489333)
chr4 (162-202)||(1508033-1508073)
chr4 (189-313)||(1528122-1528246)
chr4 (50-110)||(6006244-6006304)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (50-399)||(20477915-20478264)
chr5 (73-314)||(41889472-41889713)
chr5 (50-313)||(41901457-41901717)
chr5 (60-302)||(32267402-32267641)
chr5 (219-321)||(28525097-28525199)
chr5 (61-134)||(17205527-17205600)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (56-370)||(1037523-1037840)
chr2 (56-313)||(45245004-45245261)
chr2 (150-357)||(32785647-32785854)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (56-358)||(495-800)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (56-308)||(1388-1643)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (56-313)||(18315192-18315449)
chr8 (50-302)||(27922425-27922674)
chr8 (188-312)||(17636317-17636445)
chr8 (51-312)||(34936083-34936344)
chr8 (51-271)||(21235476-21235696)
chr8 (123-370)||(32151291-32151538)
chr8 (117-207)||(17628039-17628129)
chr8 (56-168)||(44736458-44736570)
chr8 (188-313)||(28246214-28246339)
chr8 (237-313)||(44736581-44736657)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (50-205)||(39101-39256)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 407
Target Start/End: Original strand, 7119035 - 7119431
Alignment:
Q  11 ataatactagcaaagaagacatccacgattcgagaagagtctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  7119035 ataatactagcaaagaagacatccacgattcgagaagagtctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcacttctttttttgtgacataataacaa 7119134  T
Q  111 tctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119135 tctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 7119234  T
Q  211 ggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacc 310  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119235 ggtgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaatacc 7119334  T
Q  311 ttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaattt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7119335 ttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgtaaattt 7119431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 407
Target Start/End: Original strand, 7131513 - 7131909
Alignment:
Q  11 ataatactagcaaagaagacatccacgattcgagaagagtctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  7131513 ataatactagcaaagaagacatccacgattcgagaagagtctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactgctttgtttgtgacataataacaa 7131612  T
Q  111 tctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7131613 tctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 7131712  T
Q  211 ggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacc 310  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7131713 ggcgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaatacc 7131812  T
Q  311 ttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaattt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7131813 ttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgtaaattt 7131909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 50 - 319
Target Start/End: Original strand, 6402777 - 6403046
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| |||||| |||||||||  |||||||||| |||| || | |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | |||||||||     
T  6402777 tctcagttgtgtacagttttctatcacatgtttcgctcccttttctgtgacattataacaatctctcaataatagtttcaaaagcccactacaattcttt 6402876  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6402877 gagatcacatagagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacttctagttggggaactgcaaagtttattccaagtagcttcactcttg 6402976  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 319  Q
    ||||    | ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6402977 aacacccagttaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 6403046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 56 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 10579913 - 10579576
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaa-tagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagat 154  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||    | ||| | ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  10579913 ttgtgtgcagttttctaccacatgtttaactcccttctttgtgacccttttacagtttttcagtaaatagttccaaaagccgacaacaattctttgagat 10579814  T
Q  155 cacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacag 254  Q
    |  || |||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  || |||| |||| |||||||||||| |||     
T  10579813 cgaatagagtgttttatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaattacaatctttattctaagtcgcttcactcttggacat 10579714  T
Q  255 tgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaat 354  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||  |||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| || || ||||    
T  10579713 ttggctaagttcaaatgcttaatcttaccacatcttcctgaaacttgaaaaataccttcagatatgtattcgcaagtattcaaatcaagcagctgcaaat 10579614  T
Q  355 tggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatca 392  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||    
T  10579613 tggggaaaaaggaagctaacattataatcatttcatca 10579576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 50 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 6585419 - 6585150
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| |||||||||  ||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||     
T  6585419 tctcagttgtgtgcaaatttctaccacatgtttcagtcccttctctgtgacattttcacaacctttcagtaatagttccaaaagcgcagaacaactcttt 6585320  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6585319 gagatcacatagagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaagttcaatacctccaactgggtaactaaaaagtttattccaagtagcttcactcttg 6585220  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 319  Q
    ||||    |  |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6585219 aacacccagtaaagttcaaatgcctaatattaaaacatctccttaaaacatgacaaataccttcagatat 6585150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 50 - 314
Target Start/End: Original strand, 6432078 - 6432342
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||| || |||||  | ||| ||||||| || |||||| |||||||||||     
T  6432078 tctcaattgtgtgcatttttctaccacaagtttcactcccttctgtgtgacattatcacaattgtacaggaatagttgcagaagcccacaacaattcttt 6432177  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
     |||||||||  |||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  6432178 aagatcacataaagtgtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcactttta 6432277  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca 314  Q
     ||| | ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6432278 tacaataggctaagttcaaatgtttaagtttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttca 6432342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 50 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 6594788 - 6594519
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| | || ||||| || || ||||| ||  |||  |||||  |||||||| |||||||||||     
T  6594788 tctcaattgtgtgcagttttctaccacatgtttggctccctcctctgtgagatgatcacaattttctagttttagttgtaaaagcccacaacaattcttt 6594689  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  6594688 gagatcacacgtagtgtctcatcatcaacctctgtatttgacaagtacaacacctccagtttgggaactaaaaagtttattccatgtagcttcactcttg 6594589  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 319  Q
    ||||   || ||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6594588 aacacccggataagtacaaatgtgtaatcttataacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 6594519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 56 - 361
Target Start/End: Original strand, 6415889 - 6416194
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    | |||||||| || ||||  ||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  6415889 ttgtgtgcagttctctaccacatgtttcactcccacttctgtgacattatcacaaaattcaagtaatagttgcaaaagcccgctacaattctttgagatc 6415988  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    |||| ||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||  |||      
T  6415989 acatagagagttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccaggttgggaactacaaagtccattccatgtagcttcacttttttacaaa 6416088  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaatt 355  Q
     |||||||||||||||   ||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||  |||||||||||| || || |||||    
T  6416089 aggctaagttcaaatgcccaatcttacaacatatctttaaaacttgacaaataccttcagataagagattacaacgattcaaatcaagcagctgcaaatt 6416188  T
Q  356 ggggaa 361  Q
    ||||||    
T  6416189 ggggaa 6416194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 50 - 369
Target Start/End: Original strand, 6394781 - 6395100
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || || | ||||||||  | |||||  |  |||  || || ||||||||| |||||||||||     
T  6394781 tctcaattgtgtgcagttttctaccacatgttccacacccttttctgtgacatttttacaattatcaagttgtaattgcaaaagcccacaacaattcttt 6394880  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||||||   || ||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||| |||||| |||    
T  6394881 gagatcacagaaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacttttg 6394980  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 349  Q
    |||||   |||||||||||||||||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    ||||    |||||||||| || ||    
T  6394981 aacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttctttaaaacttgacaaataccttcagatatttgtgagcaacgtgtcaaatcaagtagctg 6395080  T
Q  350 taaattggggaaaaaggaag 369  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  6395081 taaattggggaaaatggaag 6395100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 58 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 6589497 - 6589147
Alignment:
Q  58 gtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcac 157  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||  |||||||||| ||||  ||  ||| ||| || || ||||||   |||||| || |||||||     
T  6589497 gtgtgcagttttctaccacatgtttcactccctcctccgtgacataattacaaagttgaagtgataattgcataagccctatacaattttttgagatcag 6589398  T
Q  158 atggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgg 257  Q
    ||  ||||||| ||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |   ||||  |    
T  6589397 atatagtgttttatcattaacatttgtatttgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttcattccaagtagcttcactttcttacagaag 6589298  T
Q  258 gctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattgg 357  Q
    ||||||||||||||  |||| ||| ||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||| |  | ||||||||    
T  6589297 gctaagttcaaatgcctaatcttacaacatcttctcaatacttgacaaatacctttagatatgttattacaagaattgaaatcaagcacctctaaattgg 6589198  T
Q  358 ggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttt 408  Q
    |||||| |||||| || ||||  || ||| ||||| |||||| | ||||||    
T  6589197 ggaaaatggaagcaaacattatgatatttgcatcacttaaccatgaatttt 6589147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 60 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 7994354 - 7994074
Alignment:
Q  60 gtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacat 159  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | ||  || |||| || ||||  ||  |||||||||| |||||| ||  |||||||||| ||||||||||    
T  7994354 gtgcagttttctaccacatgtttcactccctcctcggtaacatcattacaaagttcaagtaatagttgcaaaagtccagaacaattctttgagatcacat 7994255  T
Q  160 ggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggc 259  Q
      |||||||| |||| |||| | |||| ||||| |||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||    
T  7994254 atagtgtttcgtcattaacccttgtatttgacatgttcaacacctctagcttcggaactacaaagttcattcctagtagcttcactcttgtacaatcggc 7994155  T
Q  260 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatc 340  Q
    || |||||||||  | || ||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  7994154 tatgttcaaatgcctgatcttacaacatttccttaaaacgtaacaaataccttcagatataccattgcaagaattcaaatc 7994074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 56 - 370
Target Start/End: Original strand, 6426434 - 6426748
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| || ||| ||||||||   | ||||| ||  ||||||| || ||||| ||  ||||||||||| ||||||    
T  6426434 ttgtgtgcagttttctaccacttgtttcacacccttcattgtgacacctttacaattttcaagtaataattgcaaaatccgacaacaattctttgagatc 6426533  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
     |||  |  |||||||||||||   | || | |||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||| |||||  ||||||||     
T  6426534 gcataaaaagtttcatcatcaatgcttgtgtttgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacgtttgaacaga 6426633  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaatt 355  Q
      |||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | |  ||||   ||||||||||| || ||||||||    
T  6426634 aagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaacttcacaaataccttcagatatttcacggcaaaccttcaaatcaagtagctgtaaatt 6426733  T
Q  356 ggggaaaaaggaagc 370  Q
    |||||||| ||||||    
T  6426734 ggggaaaatggaagc 6426748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 57 - 319
Target Start/End: Original strand, 14820617 - 14820879
Alignment:
Q  57 tgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatca 156  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| || |||| |||||||| || ||| | ||  ||||||| |  ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  14820617 tgtgtgcagttttttaccacatgtttcacacccttctctgtgacatcattacatttttcaagtaataatcgcaaaagcccacaacaattcttggagatca 14820716  T
Q  157 catggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtg 256  Q
     ||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | || ||||||  ||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||       
T  14820717 tataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaacttgggaactgcaaagttaattccatgtagtttcactcctgaacaaaa 14820816  T
Q  257 ggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 319  Q
      ||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14820817 ttctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaccttgacaaataccttcagatat 14820879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 50 - 399
Target Start/End: Original strand, 6423134 - 6423483
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||| ||| |||||| ||||     
T  6423134 tctcaattgtgtgcagtttaataccacacgtttcagtcctttgtttgttacataatcacaatcttcaagtaatagttgcaaaatcccacaacaactcttt 6423233  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||| ||| |||||||| |||   |||  | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| || |||||||||||  |     
T  6423234 gagatcgcatagagtgttttatcgctaactcttgtatttgacaagttcaacacctccagcttgggaacttaaaagttcattgcacgtagcttcacttgtt 6423333  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 349  Q
     ||| | ||||||||||||||||||||  | |  |||| ||| |||||| ||||||||||| ||| |||| | || ||||   ||||||||||| ||||     
T  6423334 cacaataggctaagttcaaatgtttaagctcacgacatttccgtaaaacatgacaaataccatcaaatatttgatggcaacccttcaaatcaagtagttt 6423433  T
Q  350 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaacc 399  Q
    |||||| ||||||| |||||| || ||||  ||  |||||||| ||||||    
T  6423434 taaattagggaaaatggaagcaaacattatgatgatttcatcacttaacc 6423483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 139 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 6597021 - 6596761
Alignment:
Q  139 aacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtag 238  Q
    |||||||||| |||||  | | |||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| ||||| |    
T  6597021 aacaattctttgagatagcgtagagtgtttcatcatcaacatttgtacttgacaagttcaacacctccagctggggaatttcaaagtttatttcaagtcg 6596922  T
Q  239 cttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaa 338  Q
    |||||| |||||||| | |||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||   || ||  ||     
T  6596921 cttcacacttgaacattcggctcagttcaaatgcttaatcttatcacatctcctgaaaacttgacaaataccttcagaaatgttattattagaatataag 6596822  T
Q  339 tcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaacc 399  Q
    ||||| || || ||||| || ||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | ||||||    
T  6596821 tcaagcagctgcaaattaggaaaaaaggaagctaatcttataatattttcattacttaacc 6596761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 59 - 370
Target Start/End: Original strand, 6409932 - 6410243
Alignment:
Q  59 tgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcaca 158  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||||| |||| |||||||| || ||| |  | ||  ||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  6409932 tgtgcatttttttgccacatgtttcactcccttctgtgtgacattatcacagttgtacaaaaatagttgcaaaagccgacaacaattctttgagatcaca 6410031  T
Q  159 tggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtggg 258  Q
    |  || ||||||||||||||  | |||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||   || | ||    
T  6410032 taaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgactagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcacttttttgcaatagg 6410131  T
Q  259 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggg 358  Q
    |||||| |||||| ||||  ||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||    |||||||||| ||||||||||||||    
T  6410132 ctaagtccaaatgcttaagcttacaacatttctgtaaaacttgacaaataccttcagatatttgctggcaacccgtcaaatcaagtagttgtaaattggg 6410231  T
Q  359 gaaaaaggaagc 370  Q
     |||| ||||||    
T  6410232 aaaaatggaagc 6410243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 56 - 407
Target Start/End: Original strand, 19632362 - 19632710
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||| || |  ||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  19632362 ttgtttgcagttttctaccacgtgtttcactcccttctctgtgatattagcacaatttttcagtaagagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatc 19632461  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    |||   |||   |||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||||||| || ||| |||||||      
T  19632462 acaaaaagttgctcatcatcaacctttgtatacgacaagtccaacacctctagcttgggaactagaaagtttattccaagtaggttaactattgaacatc 19632561  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaatt 355  Q
    | | ||||||||||||  | || ||| |||||   |||||||||||||||||| | | |||||||| || ||||  ||||||||||||  | |  |||||    
T  19632562 gagttaagttcaaatgcgttatcttacaacat---cttaaaacttgacaaatagcattagatatgtaatagcaacgattcaaatcaagccgctacaaatt 19632658  T
Q  356 ggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaattt 407  Q
    ||| ||||| ||||| || |||  ||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  19632659 gggaaaaaacgaagcgaacattgtaatcttttcatcacttaaccgtaaattt 19632710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 50 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 6603384 - 6603204
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||     
T  6603384 tctcagttgtttgcagttttctaccacatgtttcactcctttctctgtgacataataacaatatttcaataatagttccaaaagcccaggacaactcttt 6603285  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcatt 230  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||    ||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||  ||||||||||||    
T  6603284 gagatcgcatagactgtttcatcatcaacacctgtatctgccaagtccaacacctgtagcttgggaagtacaaagttcatt 6603204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 163 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 8914054 - 8913897
Alignment:
Q  163 gtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacc-tccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggcta 261  Q
    ||||||||||||||| ||   ||| |||||| ||||||||  |||| || |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||     | |    
T  8914054 gtgtttcatcatcaaactctatatttgacaaattcaacacaatccaacttgggaactacaaagtttattgcaagtagcttcactcttgatcatccaacga 8913955  T
Q  262 agttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 319  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8913954 agttcaaatgtttaatcttacaacatcttcttaaaacttgacaaatacctttagatat 8913897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 57 - 238
Target Start/End: Original strand, 14818306 - 14818487
Alignment:
Q  57 tgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatca 156  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| || |||| |||||||| || ||||| ||  ||||||| |  |||||||||  |||||||||| |||||||    
T  14818306 tgtgtgcagttttctactacatgtttcacacccttctctgtgacattattacaattttcaagtaataatcgcaaaagcccagaacaattcttggagatca 14818405  T
Q  157 catggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtag 238  Q
     ||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | || | ||||  ||||||| |||||| ||||    
T  14818406 tataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaacttgagaactgcaaagttaattccatgtag 14818487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 236
Target Start/End: Original strand, 14802331 - 14802439
Alignment:
Q  128 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 227  Q
    |||||| || ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||| || ||||||  |||||||     
T  14802331 caaaagaccacaacaattctttgaaatcacatagagtgtttcatcatcaacctttgtatttgacaaattcaacacttccatcttgggaacttcaaagtta 14802430  T
Q  228 attccaagt 236  Q
     ||||||||    
T  14802431 gttccaagt 14802439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 11936457 - 11936194
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| ||||||||| |||||  |||||||  |||||||||| | |||||||   | ||||  ||| ||| | |||| ||||||||| | |||| ||||     
T  11936457 tctcatttgtgtgcatttttcaaccacatgcgtcactcctttgtctgtgacaccttcacaaaatttaagtgacagttgcaaaagcccactacaactcttt 11936358  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    ||||||  || ||||| || ||| |||||  | |||  |||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  | ||||||||| |||||    
T  11936357 gagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtacgtagcttcagtcttg 11936258  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    ||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||  |||||||||    
T  11936257 aacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttc 11936194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 11948437 - 11948174
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| ||||||||| |||||  |||||||  |||||||||| | |||||||   | ||||  ||| ||| | |||| ||||||||| | |||| ||||     
T  11948437 tctcatttgtgtgcatttttcaaccacatgcgtcactcctttgtctgtgacaccttcacaaaatttaagtgacagttgcaaaagcccactacaactcttt 11948338  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    ||||||  || ||||| || ||| |||||  | |||  |||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  | ||||||||| |||||    
T  11948337 gagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtacgtagcttcagtcttg 11948238  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    ||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||  |||||||||    
T  11948237 aacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttc 11948174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 56 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 6586284 - 6586112
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||| |||||||||   |||||| ||||||||||||||  |||||  ||| |||| || ||||| |||||||||||||||    |||| |||| ||||||    
T  6586284 ttgtttgcagttttgcaccacatctttcactcctttct--gtgacccaatcacaacctatcagtgatagttccaaaagcctaggacaaatctttgagatc 6586187  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcatt 230  Q
     ||  |||||||||||||| ||| |  || | |||||| | ||||||||| |||| |||||  ||||||||||||    
T  6586186 gcacagagtgtttcatcatgaacatctgtttttgacaaatccaacacctctagcttgggaagtacaaagttcatt 6586112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 233
Target Start/End: Original strand, 9411338 - 9411455
Alignment:
Q  116 cagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctgggga 215  Q
    |||||| |||| |||||| || | ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||   |||    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9411338 cagtaacagttgcaaaagtccacgacaattctttgagatctcatagagtatttcatcgaaaacacctgtatatgacaagttcaacacctccagcttggga 9411437  T
Q  216 acaacaaagttcattcca 233  Q
    ||  ||||||||| ||||    
T  9411438 acctcaaagttcaatcca 9411455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 230
Target Start/End: Original strand, 28935056 - 28935146
Alignment:
Q  140 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcatt 230  Q
    |||| |||| || ||||||  ||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||    
T  28935056 acaactctttgaaatcacactgagtgcttcatcgtcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctcgagttggggaacatcaaacttcatt 28935146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 50 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 19468681 - 19468340
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||| | | ||  |||| ||||||||| || ||||| |||||     
T  19468681 tctcagttgtgagcaattttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaaccgtccacaaataattccaaaagtccacaacagttcttt 19468582  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19468581 gagatcacataaagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaacttcaacacctccagcttgggaactacaaagttcactccaagtagattcactcttg 19468482  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 349  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |  ||||||||||| || ||    
T  19468481 aacagtgggctaagtttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgtggttgcatgagttcaaatcaagcagctg 19468382  T
Q  350 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatc 391  Q
     |||||||| |||| |||||| || ||||  || ||||||||    
T  19468381 caaattgggaaaaatggaagcaaacattatgatgttttcatc 19468340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 210
Target Start/End: Original strand, 9580992 - 9581148
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    ||||||||| |||||| ||||| | |||||||| || |||||||||  ||||| |||||||||||| ||   |||||| || | ||||||||| ||||||    
T  9580992 ttgtgtgcaattttctaccacacgcttcactccattgtttgtgacaccataactatctttcagtaaaaggcacaaaagtccacgacaattctttgagatc 9581091  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaac--cttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 210  Q
    ||||  || |||||||||| |||   || |||  |||||||||||||||||| ||||    
T  9581092 acataaagcgtttcatcattaacttttttgtacatgacaagttcaacacctctagct 9581148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 210
Target Start/End: Original strand, 9586563 - 9586716
Alignment:
Q  57 tgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatca 156  Q
    |||||||| |||||| ||||| | |||| ||| ||  ||||||||| |||||||| |||| |||| || | |||||| || | ||||||| | ||| |||    
T  9586563 tgtgtgcaattttctaccacacgcttcaatccattgcttgtgacatgataacaatttttctgtaaaagatgcaaaagtccacgacaattcattgaggtca 9586662  T
Q  157 catggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 210  Q
    |||  ||||||||||||| ||| |  |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9586663 cataaagtgtttcatcattaacatctgtatatgacaagttcaacacctctagct 9586716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 199
Target Start/End: Original strand, 7554415 - 7554554
Alignment:
Q  60 gtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacat 159  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||||| || |||  |||||||||| ||||  ||||| || | |||| |||| ||||||| ||    
T  7554415 gtgcagttttctaccacatgcttcactcccttttctgtgacattatcacatcctttcagtaacagttgtaaaagtccaccacaactctttgagatcatat 7554514  T
Q  160 ggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaa 199  Q
     ||||| ||||||||||||  | |||| ||| ||||||||    
T  7554515 agagtgcttcatcatcaacacttgtatatgataagttcaa 7554554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 140 - 261
Target Start/End: Original strand, 43634914 - 43635033
Alignment:
Q  140 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagc 239  Q
    ||||||||| ||| ||||||  |||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||   |||| |||||||||||       
T  43634914 acaattctttgaggtcacataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacgcctctagctgggggactctaaaggtcattccaagt--g 43635011  T
Q  240 ttcactcttgaacagtgggcta 261  Q
    |||||| ||||||||| |||||    
T  43635012 ttcactattgaacagtaggcta 43635033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 260 - 373
Target Start/End: Original strand, 7554546 - 7554662
Alignment:
Q  260 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc---agatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattg 356  Q
    ||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||||  ||| ||||||||||   |||||||| || |||| | ||||||||||| || | |||||||    
T  7554546 taagttcaaatgtctaatgttatgacatcttcttaaaatgtgaaaaataccttctttagatatgtcatagcaatttttcaaatcaagcagctctaaattg 7554645  T
Q  357 gggaaaaaggaagctaa 373  Q
    || || | |||||||||    
T  7554646 ggaaagatggaagctaa 7554662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 207
Target Start/End: Original strand, 52082586 - 52082655
Alignment:
Q  138 caacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctcca 207  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||  || || | ||||||||||||||||||||    
T  52082586 caacaactctttgagatcacatacaatgtttcatcatcaatttttgtctttgacaagttcaacacctcca 52082655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 50 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 51764622 - 51764273
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||   |||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  51764622 tctcaattgtgtgcagttttcaaccacatgtttcactcccttctccttgacattatcacaatgttccagtaatagttgcaaaagcccgcaacaattcttt 51764523  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||| || |||  ||||||||  |||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51764522 gagatcgcatagagtgttttatcatcaacttttgtaaatgacaagtctaacacctccagcttcggaactgcaaagttcattccaagtagcttcactcttg 51764423  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 349  Q
    |||| | || || |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||| || ||    
T  51764422 aacattcggataggttcaaatgcctaatcttagaacatctccttaaaacttcacagacacctttagatatgcgattgcaagaattaaaatcaagcagctg 51764323  T
Q  350 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaacc 399  Q
     ||||||||||||| |||||| || ||||  ||  |||||||| ||||||    
T  51764322 caaattggggaaaatggaagcaaacattatgatgctttcatcacttaacc 51764273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 57 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 13470907 - 13470602
Alignment:
Q  57 tgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatca 156  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |  | |||||||| || ||||  ||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  13470907 tgtgtgcagttctctaccacatgtttcactccctcttctgtgacattatgacaaagttcaagtaatagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatca 13470808  T
Q  157 catggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtg 256  Q
     || |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |     
T  13470807 tatagagtgttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaaagttcattccaagtagcttcacttttttacaata 13470708  T
Q  257 ggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattg 356  Q
    |||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |  |||||||  |||||||||||| || || ||||||    
T  13470707 ggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttttgataagagattgcaacaattcaaatcaagcagctgcaaattg 13470608  T
Q  357 gggaaa 362  Q
    ||||||    
T  13470607 gggaaa 13470602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 59 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 51113954 - 51113643
Alignment:
Q  59 tgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcaca 158  Q
    |||||| |||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  51113954 tgtgcatttttctaccacatgcttcactcccttctctgtgacatggtaacaatttttcagtaacagttgcaaaagcccacaacaactcttcgagatcaca 51113855  T
Q  159 tggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtggg 258  Q
    | ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||  ||||||||||| | |||| |  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |    
T  51113854 tagagtgtttcatcatcaaccattgtatttgacaagtctaacacctccagtttgggagcttcaaagttcattccaagtagcttcagttttgaacagtaag 51113755  T
Q  259 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggg 358  Q
    |||| ||||||||  |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||  | | ||||||||||| || | ||||||    
T  51113754 ctaatttcaaatgcctaattttacaacatctctttaaaacttgacaaataccttcggatatctcatagcaatgagttaaatcaagaagctgcagattggg 51113655  T
Q  359 gaaaaaggaagc 370  Q
    ||||| ||||||    
T  51113654 gaaaatggaagc 51113643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 50 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 51121075 - 51120827
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttc-agtaatagttccaaaagcccgcaacaattctt 148  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||  ||||| ||  | | || ||||||||| | |||| ||||    
T  51121075 tctcaattgtgtgcagttttctaccacatgtttcactcctttttgtgtgacatacaaacag-ctttctagagacaattgcaaaagcccacgacaactctt 51120977  T
Q  149 cgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactctt 248  Q
     ||||| ||||  ||| |||||||||||||  | ||||  |||||||||||||||||||  | | ||||  |||||||||||||| | || |||||||||    
T  51120976 tgagattacatatagtttttcatcatcaactcttgtatgcgacaagttcaacacctccaatttgagaacttcaaagttcattccatgcagtttcactctt 51120877  T
Q  249 gaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaac 298  Q
    |||||   ||  |||||||| ||| |||| ||| ||||||||| ||||||    
T  51120876 gaacaaccggtgaagttcaagtgtctaatgttacaacatctccataaaac 51120827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 58 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 514902 - 514651
Alignment:
Q  58 gtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcac 157  Q
    ||||||||||||   ||||||| ||||||||  ||| ||||| |   | ||||| || ||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  514902 gtgtgcagtttttcaccacatgcttcactcccgtctctgtgataccttcacaattttgcagtaatagttgcaaaagcccacagcaactcttcgagatcac 514803  T
Q  158 atggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgg 257  Q
    ||| |||| |||||| || ||  | ||||||   ||| |||||||||| || | | ||||   || |||||| ||    | |||||||||||| ||||||    
T  514802 atgaagtgcttcatcgtcgactcttgtatctattaagctcaacacctcaagtttgagaactctaatgttcataccgtacaacttcactcttgagcagtgg 514703  T
Q  258 gctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac 309  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  514702 gctaagttcaaatgcctaatcttagaccatctctttaaaacttgacagatac 514651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 50 - 362
Target Start/End: Original strand, 10614510 - 10614822
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||| || | ||  ||  |||||||||| ||||||||| | ||| ||||||    
T  10614510 tctcaattgcatgcagttttctaccacatgtttcactccttcttctgtgacattatgagaaagttcaagtaatagttgcaaaagcccactacagttcttc 10614609  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||     
T  10614610 gagatcacatagagtgttttatcattaaccttcgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaacgttcattccaagtagcttcacttttt 10614709  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 349  Q
     ||| | |||||||||||||||  |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||  |||||||||||| |||||    
T  10614710 tacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttcatataagagattgcaacgattcaaatcaagcagttg 10614809  T
Q  350 taaattggggaaa 362  Q
     ||||||||||||    
T  10614810 caaattggggaaa 10614822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 50 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 15092333 - 15092013
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    | |||||||| |||||||  ||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  15092333 tctcaattgtgtgcagttttctagcacatgtttcactcccacttctgtgacattataacaaaattcaagtaatagttgcaaaagcccacaacaattcttt 15092234  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||| ||||| |||     
T  15092233 gagatcgcatagagtgttttatcattaacctttgtttctgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacactta 15092134  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 349  Q
    ||||    | |||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  |  ||||||||| || |     
T  15092133 aacatccagttaagttcaaatgtttaagcttataacatttccttaaaacttgagaaataccttgagatatgttatagcaatgacccaaatcaagtagctc 15092034  T
Q  350 taaattggggaaaaaggaagc 370  Q
    ||| |||||||||| ||||||    
T  15092033 taagttggggaaaatggaagc 15092013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 222 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 10170140 - 10170020
Alignment:
Q  222 aagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgt 321  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10170140 aagttcacttcaagtagattcactcttgaacagtgggctaaatttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgt 10170041  T
Q  322 tattgcaagtattcaaatcaa 342  Q
     ||||||||  ||||||||||    
T  10170040 gattgcaagagttcaaatcaa 10170020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 222 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 10177665 - 10177545
Alignment:
Q  222 aagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgt 321  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10177665 aagttcacttcaagtagattcactcttgaacagtgggctaaatttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgt 10177566  T
Q  322 tattgcaagtattcaaatcaa 342  Q
     ||||||||  ||||||||||    
T  10177565 gattgcaagagttcaaatcaa 10177545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 10170262 - 10170145
Alignment:
Q  51 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 150  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||  ||||  ||||||| |||||| || ||||||| ||| |    
T  10170262 ctcagttgtgagcagttttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaattgttcacaaatagtttcaaaagtccacaacaatactttg 10170163  T
Q  151 agatcacatggagtgttt 168  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  10170162 agatcacatagagtgttt 10170145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 10177787 - 10177670
Alignment:
Q  51 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 150  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||  ||||  ||||||| |||||| || ||||||| ||| |    
T  10177787 ctcagttgtgagcagttttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaattgttcacaaatagtttcaaaagtccacaacaatactttg 10177688  T
Q  151 agatcacatggagtgttt 168  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  10177687 agatcacatagagtgttt 10177670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 313
Target Start/End: Original strand, 7977670 - 7977758
Alignment:
Q  225 ttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||   ||||| ||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7977670 ttcattccacgtagattcacccttgaacaacaggctaggtttaaatgtctaatgttacaacatctccttaaaacttgaccaataccttc 7977758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 34)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 56 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 53761945 - 53761685
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  53761945 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcccttgtccgtgacattatcacaatgtttcagtaata-ttgcaaaagcccacgacaattcttcgagatc 53761847  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    |||  |||||||| ||| | ||| ||||||  ||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  53761846 aca--gagtgttttatcgttaactttcgtaaatgacaagttcaacgcctctagcttgggaactacaaagttcattccaattagcttcactcttgaacact 53761749  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 319  Q
     |||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53761748 cggctaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaatacctttagatat 53761685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 56 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 55908904 - 55908587
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||| || |||| |||||| | || ||||| || ||| || ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  55908904 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattctttgagatc 55908805  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    | || ||||||||||||||||||    |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  55908804 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaacagt 55908705  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 352  Q
     |||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||| |   |||||||||||| ||| ||    
T  55908704 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 55908605  T
Q  353 attggggaaaaaggaagc 370  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  55908604 attggggaaaatggaagc 55908587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 59 - 361
Target Start/End: Original strand, 546839 - 547144
Alignment:
Q  59 tgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcaca 158  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||| | |||| |||| |||||| | |||||||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  546839 tgtgcagttttctagcacatgtttcactcccttctctgtgacatgaaaacattcttccagtaacaattccaaaagcccacaacaactctttgagatcaca 546938  T
Q  159 tggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtggg 258  Q
    | ||||||||||||||  ||  | |||  ||||||||||| ||||||||  |  |||||  ||||||||||||||| ||| ||||||  | |||| | ||    
T  546939 tagagtgtttcatcattgacaattgtacgtgacaagttcaccacctccaatttaggaacttcaaagttcattccaaataggttcactactaaacaattgg 547038  T
Q  259 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaatt 355  Q
     ||||||||||||  | || ||| |||||||||||||||| | ||||||||   ||||||||||||||   |||  | | |||||||| ||||| |||||    
T  547039 ataagttcaaatgccttatcttacaacatctccttaaaacatcacaaatactgtcttcagatatgttacgacaataacttaaatcaagcagttgcaaatt 547138  T
Q  356 ggggaa 361  Q
    ||||||    
T  547139 ggggaa 547144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 161 - 358
Target Start/End: Original strand, 1600447 - 1600647
Alignment:
Q  161 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggct 260  Q
    ||||| |||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |   ||||  |||||||||||||  | ||||||| | ||||||| ||||||    
T  1600447 gagtgcttcatcgtcaacccttgtatatgacaagttcaacacctccagtttaagaacttcaaagttcattcctcgcagcttcattattgaacactgggct 1600546  T
Q  261 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattgg 357  Q
    |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||| |||||||    
T  1600547 aagttcaaatgtctaattttagaaaatctccttaaaacttgacaaataccttcttcagatatgttaatgcaactgctcaaatcaagcagttgcaaattgg 1600646  T
Q  358 g 358  Q
    |    
T  1600647 g 1600647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 61 - 318
Target Start/End: Original strand, 640843 - 641100
Alignment:
Q  61 tgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatg 160  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||| || | |||||| || |  |||||||| ||| |||| |     
T  640843 tgcagttttctaccacatgattcactcccttctttgttacataatgacaatcttccagtaacagatgcaaaagaccacggcaattctttgaggtcacgta 640942  T
Q  161 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggct 260  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||     || |   |||| |||||||||||||| || ||||    |||   ||||    
T  640943 gagtgtttcatcatcaacgtttgtatctgacaagttcaacacctccaatattggtagttcaaatttcattccaagtaggtttactccatcacaaccggct 641042  T
Q  261 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagata 318  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  641043 aagttcaaatgtctaacattacaacatatccttaaaacttgaaaaattccttcagata 641100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 1548594 - 1548292
Alignment:
Q  62 gcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatgg 161  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| ||  | ||||  |||  |||| |  | ||||||||| |||||| |||| |||||||||| |    
T  1548594 gcagttttcttctatatgtttcactcccttctctgtgatatttttacaacgtttttgtaacaagtgcaaaagcccacaacaactctttgagatcacattg 1548495  T
Q  162 agtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaa-gtagcttcactcttgaacagtgggct 260  Q
    ||||||||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||| | |||||   ||||||||| ||||| ||||||||||| || |||   | |||    
T  1548494 agtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaaagtagcttcacttttaaactacgagct 1548395  T
Q  261 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca---gatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattgg 357  Q
    |||||||| ||| |||| ||| |||||||   |||||||| ||||||||||||    ||||||  | ||||| || |||||||||| ||||| |||||||    
T  1548394 aagttcaactgtctaatcttacaacatct---taaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattgg 1548298  T
Q  358 ggaaaa 363  Q
    ||||||    
T  1548297 ggaaaa 1548292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 399
Target Start/End: Original strand, 570269 - 570614
Alignment:
Q  51 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 150  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | || || |||||||||||||  |  ||||| |||| ||||||||||| |||| |||| |    
T  570269 ctcagttgtgtgcagttttctaccacatgattcacgcctcttttagtaacataataacaatgctcaagtaacagttgcaaaagcccgcgacaactctttg 570368  T
Q  151 agatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttga 250  Q
    | |||| || ||||  ||| | ||||||    |||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||||||||| |||| | || |||||| ||||    
T  570369 aaatcagatagagttcttcgttatcaactcctgtatatgacaagttcaacacctcgagtttgagaacttcaaagttcaatccacgcagtttcacttttga 570468  T
Q  251 acagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgt 350  Q
     ||||| ||||||||||||||  |||  ||| |||||   |||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||  | | |||||||| |  ||     
T  570469 gcagtgagctaagttcaaatgcctaagtttacaacat---cttaaaacttgacaaatactatcggatatctgattgcaataacttaaatcaagtatctgc 570565  T
Q  351 aaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaacc 399  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||| ||| ||||||||| ||||||    
T  570566 aaattggggaaaatagaagcaaacattaaaatgttttcatcacttaacc 570614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 56 - 298
Target Start/End: Original strand, 553402 - 553644
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||| |  |||||    ||  || |||| |||||||||  ||||| |||| || |||    
T  553402 ttgtgtgcagttttctaccacatgattcactcctttatctgtgacatcactacaataaaacaacaacagttgcaaaagcccagaacaactctttgaaatc 553501  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    ||||  |||| ||||||||||||  | |||  ||||||||||||||||||||| | | ||||   |||||||| |  | ||| ||||||||||||||||     
T  553502 acattaagtgcttcatcatcaactcttgtaaatgacaagttcaacacctccagtttgagaactttaaagttcaatgtacgtaacttcactcttgaacagc 553601  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaac 298  Q
    ||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||    
T  553602 gggttaagttcaaatgtctaatgttacaacatgtccttaaaac 553644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 187 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 21834423 - 21834211
Alignment:
Q  187 ctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaaca 286  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| || | | ||||||||||| |  ||||    | |||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  21834423 ctgacaagtccaacacctccagcttgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 21834324  T
Q  287 tctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttt 386  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||| ||||| |   || ||| | |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || ||||  ||| ||    
T  21834323 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtgtggaagaagtcaaatcaagcagctgtaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctt 21834224  T
Q  387 tcatcagttaacc 399  Q
    |||||| ||||||    
T  21834223 tcatcatttaacc 21834211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 56 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 55505281 - 55505070
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||| ||||||||     | || ||||| ||| |  | |||||| || | ||||||||| ||| ||    
T  55505281 ttgtgtgcagttttctaacacgtgtttcactcccttctctgtgacatcg---ctatttttcaataacaaatgcaaaagtccacgacaattctttgaggtc 55505185  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    ||||  |||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||   |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  55505184 acataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacacctctagttgggggactctaaagttcattccaattaggttcactgttgaacagt 55505085  T
Q  256 gggctaagttcaaat 270  Q
     ||||| ||||||||    
T  55505084 aggctaggttcaaat 55505070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 7226054 - 7225809
Alignment:
Q  61 tgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatg 160  Q
    ||||||||||| |||| || |||| ||| ||||  ||||| | | |||||  || ||||||||||| |||||| || |||||| |||| || |||||| |    
T  7226054 tgcagttttctaccacgtgcttcaatcccttctcggtgacctcaaaacaactttccagtaatagttgcaaaagtccacaacaactctttgatatcacacg 7225955  T
Q  161 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggct 260  Q
     |||  ||  ||||||||  | |||| |||||||||||| |||||||  | | ||||  ||||||||||     ||||||||||||||| ||||| || |    
T  7225954 aagtcctttgtcatcaactcttgtatgtgacaagttcaagacctccaattcgagaacttcaaagttcatgttgcgtagcttcactcttggacagtaggat 7225855  T
Q  261 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaa 306  Q
    |||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  7225854 aagttcaaatgtctaatcttacaacatctccgtaaaacttgacaaa 7225809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1524665 - 1524405
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||  ||||||||  ||| |||||||||| ||| |     || ||| |||| ||||||||| | |||| |||      
T  1524665 tctcagttgtgtgcagttttctatcacataattcactcccctctctgtgacataacaactacg---caataacagttgcaaaagcccacgacaactctgt 1524569  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||  | |||  |||||| |||||||||||||  | ||||||  |||||||||||||| | || |  | | | |    
T  1524568 gagatcatatagagtgtttcatcatcaacacttgtacgtgacaaattcaacacctccaaattgggaacttcaaagttcattccatgaagttctattttag 1524469  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  1524468 aacagttggctaagttcaaatgcctaagtttacaacatctccttaaaacctgaagaataccttc 1524405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1552871 - 1552686
Alignment:
Q  128 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 227  Q
    ||||||||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||  || |||| |||||| |||||||| ||||| | |||||   ||||||||    
T  1552871 caaaagcccacgacaattctttgatatcacattgagtgtttcatcattaatatttgtatgtgacaaattcaacacttccagtttgggaatttcaaagttc 1552772  T
Q  228 attccaagtagcttc---actcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    | |||||||||||||    || |  |||  |||||||||||||||||| |||| ||| |||||   |||||||||| ||||||||||||    
T  1552771 agtccaagtagcttcccttctataaaactatgggctaagttcaaatgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 1552686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 140 - 251
Target Start/End: Original strand, 532196 - 532307
Alignment:
Q  140 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagc 239  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||  ||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||||||||||||     
T  532196 acaattctttgaggtcacataaagcttttcatcatcaatgtttgtatatgacaagttcaacacctctagcttggggacttcaaagttcattccaagtaga 532295  T
Q  240 ttcactcttgaa 251  Q
    ||||||||||||    
T  532296 ttcactcttgaa 532307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 313
Target Start/End: Original strand, 659717 - 659889
Alignment:
Q  139 aacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtag 238  Q
    |||||||| | ||||||||||  |||||||||| || |||  | |||| |||||||||||||||||| || | ||||||  |||| || ||| |  ||||    
T  659717 aacaattccttgagatcacat--agtgtttcattattaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaaatttattactcgtag 659814  T
Q  239 cttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||| |||| | |||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  659815 cttccctcttgaacagcaggctaagtttaaatatctaatgttacaacatctccttaaaatttgaccaatatcttc 659889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 56 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 12121633 - 12121316
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||  ||| ||||||| || | ||   || |||| | |||| ||||||||| |  |||  ||| |||||     
T  12121633 ttgtgtgcatttttctaccacatgcttcactcccatctctgtgacaaaaaagcaccattccagtgagagttgcaaaagcccacggcaacactttgagatt 12121534  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    ||   |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| || || | ||||||  ||||||||||||   | ||||||  || | ||||      
T  12121533 acggagagtgtttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttcattcggcgcagcttccttcctaaacaac 12121434  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 352  Q
     || ||||||||||||  |||| |  |||||| ||||||| |||||  ||||||   ||||||||||||||| ||||  | |||||||||| | ||| ||    
T  12121433 tggttaagttcaaatgcgtaatctcggaacatgtccttaagacttggaaaataccttcttcagatatgttatagcaaaaactcaaatcaagcaattgcaa 12121334  T
Q  353 attggggaaaaaggaagc 370  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  12121333 attggggaaaacggaagc 12121316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 128 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 8187195 - 8186951
Alignment:
Q  128 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 227  Q
    ||||||||| |||||| |||| || ||  |||  ||||||| |||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||| | || ||   ||||||||    
T  8187195 caaaagcccacaacaactctttgaaattgcataaagtgttttatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttggaaatttcaaagttc 8187096  T
Q  228 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttat 324  Q
    |||||    |||   ||||||| ||||| ||||||||||||||   |||| | | |||||||| | ||||||||||||||||   |||||||||||| ||    
T  8187095 attccggagagcccaactcttggacagtaggctaagttcaaatccctaatctcacaacatctcttcaaaacttgacaaataccttcttcagatatgtcat 8186996  T
Q  325 tgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaag 369  Q
     ||||  | |||||||||| |  || ||||||||||| |||||||    
T  8186995 agcaatgactcaaatcaagcaactgcaaattggggaataaggaag 8186951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 56 - 309
Target Start/End: Original strand, 370843 - 371096
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    ||||||||||||||   ||||||| ||||||||  ||||||||| |   | ||||| || ||||||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||||    
T  370843 ttgtgtgcagtttttcaccacatgcttcactcccatctttgtgataccttcacaattttgcagtaatagttgcaaaagccgacaacaactctttgagatc 370942  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    ||||| |||| ||||| ||  ||  | ||||||   ||| |||||||||| || | | ||||   || |||||| |||   | |||||||||||| ||||    
T  370943 acatgaagtgcttcataatagactcttgtatctattaagctcaacacctcaagtttgagaactctaatgttcataccatacaacttcactcttgagcagt 371042  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac 309  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||| |||||  |||||||| |||| ||||    
T  371043 gggctaagttcaaatgcctaatcttagaccatctatttaaaactcgacagatac 371096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 50 - 312
Target Start/End: Original strand, 558415 - 558677
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| | ||| ||  ||  ||||  ||  ||  | |||||||||||||| | |||| ||||     
T  558415 tctcatttgtgtgcagttttctagcacatgcttcactcctttatctgtaacgcaaatacaaaattgaagatacagttccaaaagcccacgacaactcttt 558514  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  |  ||   |||||||||||||||| | || | || |||  ||||||||  |||| |||  || | || |     
T  558515 gagatcacatggagtgcttcatcatcaatatatgttaatgacaagttcaacacccctaggttggcaacttcaaagttcgctccaggtatattgattccta 558614  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 312  Q
    ||||||  | || | |||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  558615 aacagtcagttagggtcaaatgtctaatgttagaacatgtccttaaaacatgacaaatacctt 558677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 116 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 3438681 - 3438496
Alignment:
Q  116 cagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctgggga 215  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||  | |||| ||||||| |||| |||||||  |  | |    
T  3438681 cagtaacagttgcaaaagcccacaacaactctttgagattacatggagtattt-atcatcaactcttgtatgtgacaagctcaatacctccaattttgaa 3438583  T
Q  216 acaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 302  Q
    ||| ||||||||||| ||   |  ||||||| | ||||    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  3438582 acatcaaagttcattgcacacaaattcactcctaaacaaccagctaagttcaaatgtctaatcttacaacatctccttaaaacttga 3438496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Original strand, 7307778 - 7308004
Alignment:
Q  51 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 150  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| |||  || | ||||||  | ||||| ||| |||||| || | ||||||||  |||||| |||| |    
T  7307778 ctcagttgcgtgcagttttctaccacatgcttcaatccagtcatcgtgacaataaaacaaccttccagtaacaggtgcaaaagcctacaacaactctttg 7307877  T
Q  151 agatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttga 250  Q
    |||||| | | |||| |||||||||||| |  |||| |||||||||||| |||||||  | ||||||   ||||||||||    ||| | ||||| |||     
T  7307878 agatcatacgtagtgcttcatcatcaacttctgtatatgacaagttcaatacctccaatttgggaactttaaagttcattttgggtaccatcactattgg 7307977  T
Q  251 acagtgggctaagttcaaatgtttaat 277  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||    
T  7307978 atagtgggttaagttcaaatgtttaat 7308004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 1513586 - 1513407
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| ||||||||| ||||||  |||| | ||||||||  ||| |||||||  ||| ||| |||||||||  |||| ||||||||| | ||||  |||     
T  1513586 tctcagttgtgtgcatttttctagcacaagcttcactcccatctctgtgaca--ata-caacctttcagtatgagttgcaaaagcccacgacaacacttt 1513490  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattcc 232  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||| || || | ||||||  |||||||||||||    
T  1513489 gagattacgtagagtgtttcatcatcaacatttgtaaatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttcattcc 1513407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 12120150 - 12120061
Alignment:
Q  224 gttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  || | || |||||||||||| |||||||||    
T  12120150 gttcattataagttgcttcagtcttgaacagtgggcaaagttcaaatgtctaatcttactacttttctttaaaacttgaccaataccttc 12120061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 8184155 - 8184031
Alignment:
Q  107 acaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctcc 206  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||  ||| ||||| |  |||||||||  | |||| ||||||||||||||||||     
T  8184155 acaattttccagtaacagttccaaaagcccacaacaactctttgagattgcatagagtgctatatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctct 8184056  T
Q  207 agctggggaacaacaaagttcattc 231  Q
    || |  |||||  ||||||||||||    
T  8184055 agtttcggaacttcaaagttcattc 8184031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 188 - 362
Target Start/End: Original strand, 644885 - 645062
Alignment:
Q  188 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacat 287  Q
    ||||||||  ||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  ||||||||||| |||||||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| |||||    
T  644885 tgacaagtctaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtaagtagcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 644984  T
Q  288 ctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaa 362  Q
     || ||||||| |||   ||||   ||||||||| ||  ||||||    ||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  644985 atcattaaaacatgaaccataccttcttcagatacgtctttgcaatggctcaaatcaagaagctgtaaatttgggaaa 645062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 1519224 - 1519051
Alignment:
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||||||| ||||| ||  ||||||||| | |||| |||||||||||||||||| || | ||||||  ||||||||||| || | |||| | |||||     
T  1519224 gagatcacatagagtgcttattcatcaacccttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaagttcatt-catgcagctcctctctta 1519126  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttat 324  Q
    |  |    ||| ||||||||||  ||||  |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1519125 attaaaatgctcagttcaaatgcctaatccttcaacatcttcttaaaacttgacaaataccttcaagtatgttat 1519051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 1537939 - 1537757
Alignment:
Q  60 gtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacat 159  Q
    ||||| ||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||  |||||||  || |||||| |||| ||||||||| | ||||  ||| ||||| |||     
T  1537939 gtgcatttttctagcacatacttcactcccttctgtgtgacaagataacaaagttccagtaaaagttgcaaaagcccacgacaacactttgagattacac 1537840  T
Q  160 ggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttc 242  Q
      |||||||  |||| ||| || |||| ||||||||||||||| || || | ||||||  |||||||||||||| | ||||||    
T  1537839 acagtgttttgtcattaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttcattccatgcagcttc 1537757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 228 - 302
Target Start/End: Original strand, 6006422 - 6006497
Alignment:
Q  228 attccaagtagcttcactcttgaacagtgggct-aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 302  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||| |||| |||  |||| ||||||||||||||    
T  6006422 attctaagtagcttcagtcttgaacagttggtttaagttcaaatgtctaatcttactacatttccttaaaacttga 6006497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 259 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1533963 - 1533909
Alignment:
Q  259 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    |||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  1533963 ctaagttcaaatgtgtcatcttacaacatctccttaaaacatgactaataccttc 1533909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 161 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 12116646 - 12116505
Alignment:
Q  161 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggct 260  Q
    ||||| ||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||| |  |  |||||| |||||||||||| | | || || | | ||||||||| ||||    
T  12116646 gagtgattcatcatcaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctaaatttggaacatcaaagttcattctacgcagttttatttttgaacagtaggct 12116547  T
Q  261 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 302  Q
    |||||  ||||  | |  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  12116546 aagttttaatgccttagtttacaacatctccttaaaatttga 12116505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 260 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 1489333 - 1489227
Alignment:
Q  260 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc---agatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattg 356  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||||| ||  ||||||||||   ||||||||||| ||||  | |||||| ||| | ||| ||||||    
T  1489333 taagttcaaatgcctaatatcagaacatgtctttaaaacatggaaaataccttcttcagatatgttatagcaataagtcaaattaagcaattgcaaattg 1489234  T
Q  357 gggaaaa 363  Q
    |||||||    
T  1489233 gggaaaa 1489227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 1508073 - 1508033
Alignment:
Q  162 agtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacac 202  Q
    ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  1508073 agtgtttcatcatcaacattggtatgtgacaagttcaacac 1508033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 189 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1528246 - 1528122
Alignment:
Q  189 gacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatc 288  Q
    ||||||||||||||| |||||  || |||   || |||||||  |||| |||||| |||||||||||||  | ||||||||||  |||| |||  || |     
T  1528246 gacaagttcaacaccaccagcgtggaaactttaaggttcattataagttgcttcagtcttgaacagtggaatcagttcaaatgcctaatcttactacttt 1528147  T
Q  289 tccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||    
T  1528146 tccttaaaacttgaccaattccttc 1528122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 110
Target Start/End: Original strand, 6006244 - 6006304
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaa 110  Q
    |||||||||| ||||||||||| | || ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  6006244 tctcaattgtttgcagttttctacgacttgcatcactcccttctttgtgacatcataacaa 6006304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 20478264 - 20477915
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||| || || ||||||||| ||||||||| |     
T  20478264 tctcagttgtgtgcagttttctacgacatgtttcgctcctttcattgtgacattatcgcaatttttcagtagtatttgcaaaagcccacaacaattcctt 20478165  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    |||||||||   | |||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||| |||||     
T  20478164 gagatcacagataatgtttcgtcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaattacaacgtttattccaagtagcttcgctcttc 20478065  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 349  Q
     |||    ||||||||||||||  | |  ||| |||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||   ||||||   |   ||||||||| ||||    
T  20478064 gacatccagctaagttcaaatgccttaacttacaacatctcgttaagaattgacaaatatcttcagatatacgattgcaccaaggaaaatcaagatgttg 20477965  T
Q  350 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaacc 399  Q
     ||||||||||| |  ||||| |||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  20477964 caaattggggaacatagaagcaaatattattattatttcatcacttaacc 20477915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 73 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 41889713 - 41889472
Alignment:
Q  73 ccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatc 172  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | || | |||||||||||||| |||| ||||||  ||  |||||||||||    
T  41889713 ccacatgattcactcccttctttgtgacatcataacaatttttaagtaacaatttcgaaagcccgcaacaactctttgagatcttataaagtgtttcatc 41889614  T
Q  173 atcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgt 272  Q
    |||||| || |||| ||| ||||||||||||||||  | ||||||   |||||||||| |||||||||||||| |||||||   || ||||||||||| |    
T  41889613 atcaacttttgtatatgataagttcaacacctccaatttgggaactttaaagttcatttcaagtagcttcactattgaacatccggataagttcaaatat 41889514  T
Q  273 ttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca 314  Q
     |||| ||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  41889513 ctaatgttacaacatatccttaaaacttgagtaataccttca 41889472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 50 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 41901717 - 41901457
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||  ||| | | || |||||| || |||||| ||||     
T  41901717 tctcaattgcgtacagttttctaccacatgcttcactcccttctttgtgacatcattacaatcttgaagtgacaatttcaaaagtccacaacaactcttt 41901618  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    ||||||| ||  |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||  ||| |   |||  ||||| | |    
T  41901617 gagatcatataaagtgcttcatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagtctatttc---tagtctcactatgg 41901521  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    |||| | || ||||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||||||  |||||||||    
T  41901520 aacacttggataagttcaaatgtctaatgttacaacacatccttaaaacttgaacaataccttc 41901457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 60 - 302
Target Start/End: Original strand, 32267402 - 32267641
Alignment:
Q  60 gtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacat 159  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||| || || ||||| ||| ||| | | || ||||||||| |||||| |||| ||||||| ||    
T  32267402 gtgcagttttctactacatgcttcactcccttctttgtgatatcattacaatttttaagtgacaatttcaaaagcccacaacaactctttgagatcatat 32267501  T
Q  160 ggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggc 259  Q
      |||| ||||||||||||  | || | |||||||||||| |||||||  | ||||||  ||||||||||| |   ||| |||||| ||||||| ||||     
T  32267502 aaagtgcttcatcatcaactattgtttgtgacaagttcaatacctccaatttgggaacttcaaagttcatttc---tagtttcactgttgaacactggga 32267598  T
Q  260 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 302  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||| ||||    
T  32267599 taagttcaaatgtctaatgttacaacatatccttaaaaattga 32267641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 219 - 321
Target Start/End: Original strand, 28525097 - 28525199
Alignment:
Q  219 acaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagata 318  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||| |  ||| |||||||   | || ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  28525097 acaaagttgattccaagtggcttcattattgaacagttgcttaatttcaaatccctcatcttacaacatctccttaaaacttgacaaatacatttagata 28525196  T
Q  319 tgt 321  Q
    |||    
T  28525197 tgt 28525199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 134
Target Start/End: Original strand, 17205527 - 17205600
Alignment:
Q  61 tgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagc 134  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||| || ||||| || ||||| ||| | |||||||    
T  17205527 tgcagttttctaccacatgtttcaatcctttttctgtgacatcattacaatgttccagtattagatgcaaaagc 17205600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 56 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 1037840 - 1037523
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||| || |||| |||||| | || ||||| || ||| || ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  1037840 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattctttgagatc 1037741  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    | || ||||||||||||||||||    |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |||| |||||| |||||||||||| |||    
T  1037740 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaatagt 1037641  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 352  Q
     |||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||| |   |||||||||||| ||| ||    
T  1037640 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttaaaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 1037541  T
Q  353 attggggaaaaaggaagc 370  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  1037540 attggggaaaatggaagc 1037523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 56 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 45245261 - 45245004
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||| || | |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||||||| | |||| |||| ||||||    
T  45245261 ttgtgtgcaattttctaccacatgtttcactcccttatctgtgacatgataacattttttcaataatagttgcaaaagcccacgacaactctttgagatc 45245162  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||| || |  |||||  ||||||| |||||| |||  | || ||||||||||     
T  45245161 acatggagtgtttcatcatcaaccattgtctctgacaaattcaacacctcaagttttggaacttcaaagtttattccacgtaattccagtcttgaacagc 45245062  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
       ||||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  45245061 aaactaagtttaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacatgacacattccttc 45245004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 150 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 32785854 - 32785647
Alignment:
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||   | |||| |||||||||||||||||| || | |||| |   ||||||||||| | |  |||  | |||||    
T  32785854 gagatcacataaagtgcttcatcatcaattcttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggagctttaaagttcattcgacggtgctcgattcttg 32785755  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaag 346  Q
    || ||||| | || ||||||||| |||| |||||||||   ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||||    |||||||||| ||    
T  32785754 aaaagtggtccaaattcaaatgtctaatcttagaacat---cttaaaaattgacaaataccttcttcagatatgttatagcaatagctcaaatcaagtag 32785658  T
Q  347 ttgtaaattgg 357  Q
    ||| |||||||    
T  32785657 ttgcaaattgg 32785647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 56 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 800 - 495
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| || |||| | |||| | || ||||| || |||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||||    
T  800 ttgtgtgcagttttctactacatgtttcacaccattctctatgacttcatcacaattttccagtaacagttgtaatagcccacaacaattcttcgagatc 701  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    | || ||||||||||||||| ||  | |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  700 atatagagtgtttcatcatcgacacttgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaacagt 601  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 352  Q
     |||||| ||||||||| ||   ||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||| |   |||||||||||| ||||||    
T  600 aggctaaattcaaatgtctagccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgtaa 501  T
Q  353 attggg 358  Q
    ||||||    
T  500 attggg 495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 56 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 1643 - 1388
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||| ||||||||||  | |||| |||||||||||||| | ||||  ||| ||||| | |||||  ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||    
T  1643 ttgtttgcagttttccacgacatctttcactcctttctctatgacccaatcacaatttatcagtcttagttccaaaatccctgaacaattctttgagatc 1544  T
Q  156 acatggagtgtttcatc---atcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaac 252  Q
    |||| ||||||||||||   |||||| || |||| |||||||| ||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| ||| ||| | |||   |||||    
T  1543 acatagagtgtttcatcatcatcaacatttgtatttgacaagtccaacacctctagcttaggaactacaaagttcatttcaaataggtccacagatgaac 1444  T
Q  253 agtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaata 308  Q
    |   |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1443 accaggctaagttcaaatgtctaatcttataacatctccttaaaacttgacaaata 1388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 56 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 18315449 - 18315192
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||||| |||||||| | ||||   || || ||| |||| ||||||||  | |||| |||| ||||||    
T  18315449 ttgtgtgcagttttctaccacatacttttctcctttctctgtgacatcacaacagcgttccaataacagttgcaaaagcctacgacaactctttgagatc 18315350  T
Q  156 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagt 255  Q
    |||| ||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||   ||||||||||||| ||||||||| |||||||        
T  18315349 acatagagtgcttcatcatcaacttttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaactttaaagttcattccacgtagcttcattcttgaatcac 18315250  T
Q  256 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    | ||||||||||| ||| |||| | |||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  18315249 gagctaagttcaactgtctaatctcagaacaacttcgtaaaacttgacaaataccttc 18315192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 50 - 302
Target Start/End: Original strand, 27922425 - 27922674
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| || || ||||| ||  ||| | | || ||||||||| |||||| ||||     
T  27922425 tctcagttgagtgcagttttctaccacatggttcactcccttctttgtgaaatcattacaattttcaagtgacaatttcaaaagcccacaacaactcttt 27922524  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttg 249  Q
    ||||||| ||  |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||  | ||||||  ||||||||||| |   ||| |||||  |||    
T  27922525 gagatcatataaagtgcttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttcatttc---tagtttcaccattg 27922621  T
Q  250 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 302  Q
    |||| | || ||||||||||||| |||| ||| | ||| ||| ||||||||||    
T  27922622 aacacttggataagttcaaatgtctaatgttacagcatatccctaaaacttga 27922674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 188 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 17636445 - 17636317
Alignment:
Q  188 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaa----gtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattaga 283  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||  |||||||||||| |     |||| ||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||    
T  17636445 tgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttcattcgatcgatgtagtttcactcttgaacatcggcctaagttcaaatgcctaatattaga 17636346  T
Q  284 acatctccttaaaacttgacaaatacctt 312  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17636345 acatccccttaaaacttgacaaatacctt 17636317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 34936344 - 34936083
Alignment:
Q  51 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 150  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||| | |  ||||| ||||  ||||||| | |||||| ||  |||||||||| ||||||||| | |||| |||| |    
T  34936344 ctcaattgtgtgcaattttcaaccacacgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttg 34936245  T
Q  151 agatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttga 250  Q
     |||  ||| |||||||| |||||||||  | |||| |||||||| ||||||||| || |  |||||| ||||| ||||||   | || |||||| ||||    
T  34936244 cgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaagtccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttga 34936145  T
Q  251 acagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 312  Q
    ||| | ||| |||| ||||||| |||| | | |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  34936144 acaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 34936083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 51 - 271
Target Start/End: Original strand, 21235476 - 21235696
Alignment:
Q  51 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 150  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||  |  ||||| |||| |||||||| || |||  |||| |    
T  21235476 ctcagttgtgtgcagttttctaccacatgattcacgcctcttttagtgacataataacaatgctcaagtaacagttgcaaaagcctgcgacagctctttg 21235575  T
Q  151 agatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttga 250  Q
    | |||| || ||||  ||| | ||||||    |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||| ||||   || |||||| ||||    
T  21235576 aaatcaaatagagttcttcgttatcaactcctgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagttcactccacacagtttcacttttga 21235675  T
Q  251 acagtgggctaagttcaaatg 271  Q
     ||||| ||||||||||||||    
T  21235676 gcagtgagctaagttcaaatg 21235696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 123 - 370
Target Start/End: Original strand, 32151291 - 32151538
Alignment:
Q  123 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 222  Q
    |||| ||||||||| | |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| | | |||  ||||||||| ||||||||||| | || |||  | |    
T  32151291 agttgcaaaagcccactacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaaccttgtacatgacaagtttaacacctccagattggaaacttcga 32151390  T
Q  223 agttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatat 319  Q
    ||||||||||| | ||||||||   | |||||  ||  || ||||||||  |||| | ||| |||   ||||||||||||||||| |   ||||||||||    
T  32151391 agttcattccacgcagcttcacatgtaaacagccggtgaaattcaaatgcctaatctcagagcat---cttaaaacttgacaaattccttcttcagatat 32151487  T
Q  320 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagc 370  Q
    ||||| ||||    |||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  32151488 gttatggcaacacctcaaatcaagcagttgcaaattagggaaaatggaagc 32151538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 17628129 - 17628039
Alignment:
Q  117 agtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctcca 207  Q
    |||||||||| ||| |||||  |||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||    
T  17628129 agtaatagtttcaagagcccaaaacaattctttgagatcacacggagtgctttatcatcaactctagtatgtgacaagttcaacacctcca 17628039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 168
Target Start/End: Original strand, 44736458 - 44736570
Alignment:
Q  56 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 155  Q
    |||||| || |||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||   ||| ||  |||| ||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  44736458 ttgtgtacaattttctacaacatgtttcactcccttcgttgtgacattataacaatagctcaataccagttacaaaagcccacaacaactctttgagatc 44736557  T
Q  156 acatggagtgttt 168  Q
    |||  ||||||||    
T  44736558 acaatgagtgttt 44736570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 28246339 - 28246214
Alignment:
Q  188 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacat 287  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  | ||||||||| |||||||||  | | ||| ||||||||| |||| ||| |||||    
T  28246339 tgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtatgtagcttcagtcttgaacaacgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 28246240  T
Q  288 ctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
     || ||||||| |||  |||||||||    
T  28246239 atcattaaaacatgaacaataccttc 28246214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 313
Target Start/End: Original strand, 44736581 - 44736657
Alignment:
Q  237 agcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 313  Q
    ||||||| ||||||||||| |  |||||| |||||| | || ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  44736581 agcttcattcttgaacagttgtttaagttaaaatgtgttatgttagaacatgtccttaaaacatgagaaataccttc 44736657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 205
Target Start/End: Original strand, 39101 - 39256
Alignment:
Q  50 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 149  Q
    ||||| ||| |||||||| | | |||||||||||||||| ||| ||||||||  | |||| | || |||||  || | ||||||||| | |||| ||||     
T  39101 tctcagttgcgtgcagttgtttaccacatgtttcactcccttcattgtgacacgagaacatttttccagtatcaggtgcaaaagcccactacaactcttt 39200  T
Q  150 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctc 205  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||  || |||||||||||||||    
T  39201 gagatcacataaagtgtttcatcattaacctttgtaaatgtcaagttcaacacctc 39256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University