View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14830_high_1 (Length: 482)
Name: NF14830_high_1
Description: NF14830
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14830_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 25863161 - 25862704
Alignment:
| Q |
21 |
agggactatgtagcaaactagcagcaggattaacctgtctctcttgtagaaccatcttggagtaaaaatcttagcacaattaacaataagcaaaatgtgt |
120 |
Q |
| |
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| T |
25863161 |
agggactatgtagcaaactagcagcaggattaacctgtctttcttgtagaaccatcttggagtaaaaatcttagcacaattaacaataagcaaaatgtgt |
25863062 |
T |
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| Q |
121 |
atcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatata--gtattt |
218 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25863061 |
atcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatatagtattt |
25862962 |
T |
|
| Q |
219 |
gcaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatga |
318 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
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| T |
25862961 |
gcaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattataatcagccctttatagctgcaaactttataaattatga |
25862862 |
T |
|
| Q |
319 |
tgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataa |
418 |
Q |
| |
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|
| T |
25862861 |
tgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccatgccaattttattcatcaaaattcaccaaataa |
25862762 |
T |
|
| Q |
419 |
ttatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttcttctctc |
476 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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| T |
25862761 |
ttatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctc |
25862704 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 476
Target Start/End: Original strand, 25480872 - 25481327
Alignment:
| Q |
21 |
agggactatgtagcaaactagcagcaggattaacctgtctctcttgtagaaccatcttggagtaaaaatcttagcacaattaacaataagcaaaatgtgt |
120 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25480872 |
agggactatgtagcaaactagcagcaggattaacctgtctatcttgtagaaccatcttggagtaaaaatcttagcacaattaacaataagcaaaatgtgt |
25480971 |
T |
|
| Q |
121 |
atcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatagtatttgc |
220 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
25480972 |
atcattctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatagtatttgt |
25481071 |
T |
|
| Q |
221 |
aacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatg |
320 |
Q |
| |
|
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|
| T |
25481072 |
aacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagcactttatagcagcaaactttatgaattatgatg |
25481171 |
T |
|
| Q |
321 |
cagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataatt |
420 |
Q |
| |
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|
| T |
25481172 |
cagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccatgccaattttattcatcaaaattcaccaaataata |
25481271 |
T |
|
| Q |
421 |
atgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttcttctctc |
476 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
25481272 |
atgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctc |
25481327 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 125 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 25888797 - 25888444
Alignment:
| Q |
125 |
tcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatata--gtatttgcaa |
222 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
25888797 |
tcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatatagtatttgcaa |
25888698 |
T |
|
| Q |
223 |
cttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgca |
322 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
25888697 |
cttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattataatcagccctttatagctgcaaactttataaattatgatgca |
25888598 |
T |
|
| Q |
323 |
gataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattat |
422 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25888597 |
gataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccatgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattat |
25888498 |
T |
|
| Q |
423 |
gcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttcttctctc |
476 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
25888497 |
gcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctc |
25888444 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 93 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 25607939 - 25607560
Alignment:
| Q |
93 |
agcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatccttta----gattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgt |
188 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25607939 |
agcacaattaacaataaacaaaatgtgtatcattctttaattagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgatgtgtatgt |
25607840 |
T |
|
| Q |
189 |
gaatgtgtattggtattagatatagtatttgcaacttaaaa----------aattatttccaatgatataatatctttattgctgctaacttgtctgatt |
278 |
Q |
| |
|
||| ||||||| || |||||||||| ||||| | | ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
25607839 |
gaacgtgtattagt------tatagtatttataactttatatccaatgaccaatggtttaca-tgatataatatctttattgctgctaacttctctgatt |
25607747 |
T |
|
| Q |
279 |
atgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattata-------aa------atagcaccttaagt |
365 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
25607746 |
atgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattatatgtatttaagacatcatagcaccttaagg |
25607647 |
T |
|
| Q |
366 |
cataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatat |
455 |
Q |
| |
|
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25607646 |
cacaaatcatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcgcc---taattatgcttaaagttcagaaacatgtttaacagaatat |
25607560 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 91 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 25606107 - 25606018
Alignment:
| Q |
91 |
ttagcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgat |
180 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
25606107 |
ttagcacaattaacaataagcaaaatgtgtatcatcctttagattgttttttcatgaatgaggattaagatggatgtcaaatattatgat |
25606018 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 386 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 25843693 - 25843603
Alignment:
| Q |
386 |
tgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttcttctctc |
476 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25843693 |
tgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctc |
25843603 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 348 - 430
Target Start/End: Original strand, 2460441 - 2460523
Alignment:
| Q |
348 |
taaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaag |
430 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2460441 |
taaaataacaccttaagtcgcataccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcgcctaataattatgcataaag |
2460523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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