View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14838_low_5 (Length: 339)
Name: NF14838_low_5
Description: NF14838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14838_low_5 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 33062979 - 33063238
Alignment:
| Q |
18 |
ttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaactt |
117 |
Q |
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| T |
33062979 |
ttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaactt |
33063078 |
T |
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| Q |
118 |
gtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
217 |
Q |
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| T |
33063079 |
gtagttgtcaac---atccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
33063175 |
T |
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| Q |
218 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
280 |
Q |
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| T |
33063176 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
33063238 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 33065160 - 33065419
Alignment:
| Q |
18 |
ttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaactt |
117 |
Q |
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| T |
33065160 |
ttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaactt |
33065259 |
T |
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| Q |
118 |
gtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
217 |
Q |
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| T |
33065260 |
gtagttgtcaac---atccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
33065356 |
T |
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| Q |
218 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
280 |
Q |
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| T |
33065357 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
33065419 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 33066234 - 33066493
Alignment:
| Q |
18 |
ttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaactt |
117 |
Q |
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| T |
33066234 |
ttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaactt |
33066333 |
T |
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| Q |
118 |
gtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
217 |
Q |
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| T |
33066334 |
gtagttgtcaac---atccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
33066430 |
T |
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| Q |
218 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
280 |
Q |
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| T |
33066431 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
33066493 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 33068372 - 33068631
Alignment:
| Q |
18 |
ttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaactt |
117 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33068372 |
ttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaactt |
33068471 |
T |
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| Q |
118 |
gtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
217 |
Q |
| |
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| T |
33068472 |
gtagttgtcaac---atccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
33068568 |
T |
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| Q |
218 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
280 |
Q |
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| T |
33068569 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
33068631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 33064074 - 33064333
Alignment:
| Q |
18 |
ttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaactt |
117 |
Q |
| |
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| T |
33064074 |
ttttagataccgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaactt |
33064173 |
T |
|
| Q |
118 |
gtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
217 |
Q |
| |
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| T |
33064174 |
gtagttgtcaac---atccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
33064270 |
T |
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| Q |
218 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
280 |
Q |
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|
| T |
33064271 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
33064333 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 33067320 - 33067579
Alignment:
| Q |
18 |
ttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaactt |
117 |
Q |
| |
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| T |
33067320 |
ttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggttcagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatggaaactt |
33067419 |
T |
|
| Q |
118 |
gtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
217 |
Q |
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| T |
33067420 |
gtagttgtcaac---atccttgacaaacactaacagattttgttcatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
33067516 |
T |
|
| Q |
218 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
280 |
Q |
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| T |
33067517 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
33067579 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 33069458 - 33069717
Alignment:
| Q |
18 |
ttttagatactgctgaaatcccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaaacactaatgatgggaactt |
117 |
Q |
| |
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| T |
33069458 |
ttttagatactgctgaaattccaataaacattgggccaccatggtccagcatataagctcctaaatcaacagaatgattaagcactaatgatgggaactt |
33069557 |
T |
|
| Q |
118 |
gtagttgtcaacaacatccttgacaaacactaacagattttgtttatctcctttatacactatttgaactttgattttctgagcaatgtgaaggttgaaa |
217 |
Q |
| |
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| T |
33069558 |
gtagttgtcaac---atccttgataaacactaacagattttgttcatctcctttatacactatttgaactttgattttcttagcaatgtgaaggttgaaa |
33069654 |
T |
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| Q |
218 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
280 |
Q |
| |
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| T |
33069655 |
tccatagttgtagtaatatttgggaataatgaatctctgaatacgctaacatacgtgtctgtg |
33069717 |
T |
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Back To:
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