View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1484-Insertion-25 (Length: 204)

Name: NF1484-Insertion-25
Description: NF1484
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1484-Insertion-25
NF1484-Insertion-25
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (1-200)||(30024755-30024954)
chr2 (1-200)||(30117168-30117367)
chr2 (1-200)||(30131925-30132124)
chr2 (1-200)||(30035743-30035942)
chr2 (1-200)||(30229881-30230080)
chr2 (1-200)||(30237174-30237373)
chr2 (12-203)||(30182293-30182484)
chr2 (2-198)||(30253777-30253973)
chr2 (12-203)||(30281358-30281549)
chr2 (4-195)||(30069878-30070069)
chr2 (12-151)||(30792404-30792543)
chr2 (2-164)||(30176650-30176812)
chr2 (93-198)||(30031827-30031932)
chr2 (93-198)||(30225965-30226070)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 30024755 - 30024954
Alignment:
Q  1 cccaacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||| |||||||     
T  30024755 cccaacacaagggagcttattctgaacagaaaggatgtcaccatgttatgcaatggtcaacttaatgatgagcttatctacagagtaacagctcttcgcc 30024854  T
Q  101 tgcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcacata 200  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30024855 tgcgatgtttccatgatgaggctgacaaatttccatctggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgtagttccttcacata 30024954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30117367 - 30117168
Alignment:
Q  1 cccaacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||| |||||||     
T  30117367 cccaacacaagggagcttattctgaacagaaaggatgtcaccatgttatgcaatggtcaacttaatgatgagcttatctacagagtaacagctcttcgcc 30117268  T
Q  101 tgcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcacata 200  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30117267 tgcgatgtttccatgatgaggctgacaaatttccatctggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgtagttccttcacata 30117168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30132124 - 30131925
Alignment:
Q  1 cccaacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||| |||||||     
T  30132124 cccaacacaagggagcttattctgaacagaaaggatgtcaccatgttatgcaatggtcaacttaatgatgagcttatctacagagtaacagctcttcgcc 30132025  T
Q  101 tgcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcacata 200  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30132024 tgcgatgtttccatgatgaggctgacaaatttccatctggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgtagttccttcacata 30131925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30035942 - 30035743
Alignment:
Q  1 cccaacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| ||| |||||||     
T  30035942 cccaacacaagggagcttattctgaacagaaaggatgtcaccatgttatgcaatggtcaacttaatggtgagcttatctacagagtaacagctcttcgcc 30035843  T
Q  101 tgcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcacata 200  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30035842 tgcgatgtttccatgatgaggctgacaaatttccatctggtttcctccaaaagtttatcaatctcataatgcttaaggtgacatgtagttccttcacata 30035743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30230080 - 30229881
Alignment:
Q  1 cccaacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| ||| |||||||     
T  30230080 cccaacacaagggagcttattctgaacagaaaggatgtcaccatgttatgcaatggtcaacttaatggtgagcttatctacagagtaacagctcttcgcc 30229981  T
Q  101 tgcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcacata 200  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30229980 tgcgatgtttccatgatgaggctgacaaatttccatctggtttcctccaaaagtttatcaatctcataatgcttaaggtgacatgtagttccttcacata 30229881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30237373 - 30237174
Alignment:
Q  1 cccaacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||| |||||||     
T  30237373 cccaacacaagggagcttattctgaacagaaaggatgtcaccatgttatgcaatggtcaacttaatgatgagcttatctacagagtaacagctcttcgcc 30237274  T
Q  101 tgcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcacata 200  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  30237273 tgcgatgtttccatgatgaggctgacaaatttccatctggtttcctccaaaagtttatcaatctcatagagcttattgtgacatgtagttccttcacata 30237174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 30182484 - 30182293
Alignment:
Q  12 ggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgcttgcgacgtttc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||| |||||||||||||| || | ||| ||| |||| |||||||| ||||     
T  30182484 ggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatggcatgcaatggtcaccttaatgatgagcttatcaacacagtaacagctctttgcttgcgatgtttt 30182385  T
Q  112 caagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcacatatat 203  Q
    || |||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30182384 cacgatgtgtctgaaaagtttccatctggtttcctccaaaggttcatcaatctcaaaaaccttaaggtgacatgtagttccttcacatatat 30182293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 198
Target Start/End: Original strand, 30253777 - 30253973
Alignment:
Q  2 ccaacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgctt 101  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |  |||||   |||||| | |||  || ||||||| |    
T  30253777 ccaacacaagggagcttattctaaacagtaaggatgtcacaatgttatgcaatggtcaacataacaatgagacaatctacacggtaaaagctcttcgcct 30253876  T
Q  102 gcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcaca 198  Q
     ||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| | || || ||||||||||||    
T  30253877 acgatgttttcataatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaggtttatcaatctcaaaaaccttaagataacttgtagttccttcaca 30253973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Original strand, 30281358 - 30281549
Alignment:
Q  12 ggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgcttgcgacgtttc 111  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||||| || |||||||   ||   || ||||||||||||| ||||     
T  30281358 ggagcttattctgaattgcaaggatgtcaccatgttatgcagcggtgaacttaatgatgggcctatctacaaagtgaaagctcttcgcttgcgatgtttt 30281457  T
Q  112 caagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttcacatatat 203  Q
    || ||||| |||| ||||||| || | |||||||| ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30281458 catgatgaatctgtcaaattttcaactggtttccttcaaagatttatcaatctcaaaaaccttaaggtgacatgtagttccttcacatatat 30281549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 195
Target Start/End: Original strand, 30069878 - 30070069
Alignment:
Q  4 aacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgcttgc 103  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||   |  |||| || | |    
T  30069878 aacacaagggagcttattctgagctgcaaggatgtctccatgttacgcaatggtcaacttaatgatgagcttatttacgcggtgaaatctctttgcctac 30069977  T
Q  104 gacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttccttc 195  Q
    || |||| || || ||||||| ||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||  ||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  30069978 gatgttttcatgacgagtctgtcaagtttccatcaggtttcttgcaaaggtttatcaatctcgaaaaccttaagttgacatgtagttccttc 30070069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 151
Target Start/End: Original strand, 30792404 - 30792543
Alignment:
Q  12 ggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgcttgcgacgtttc 111  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||| | |||  || ||||||| | ||| ||||     
T  30792404 ggagcttattctgaattgcaaggacgtcaccatgttatgcaacggtcaacttaatgatgagctgatctacacagtaaaagctcttcgcctacgatgtttt 30792503  T
Q  112 caagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaa 151  Q
    || ||   | |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  30792504 catgacacgactgaaaaatttccatctggtttcctccaaa 30792543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 164
Target Start/End: Original strand, 30176650 - 30176812
Alignment:
Q  2 ccaacacaaaggagcttattctgaacagcaaggatgtcaccatgttatgccatggtcaacttgatgatgagcttatctactctgtagcagttcttcgctt 101  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    ||||||||| || | |||  ||||||| | ||   || ||||||  |    
T  30176650 ccaacacaagggagcttattctgaattgcaaggatgtcaccatgttatgtagcggtcaacttaataacgagtctatctacacagtgaaagctcttcgtct 30176749  T
Q  102 gcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatct 164  Q
    |||| |||| || || |||||||| || |||||| | |||||||||||||  |||||||||||    
T  30176750 gcgatgttttcatgacgagtctgagaagtttccaactggtttcctccaaagatttatcaatct 30176812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 93 - 198
Target Start/End: Original strand, 30031827 - 30031932
Alignment:
Q  93 tcttcgcttgcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttcc 192  Q
    ||||||||||||  |||| ||  |||||||||| | ||||||||   | ||||||||||  |||||||||||   ||| |||| |||||| |||||||||    
T  30031827 tcttcgcttgcgttgttttcacaatgagtctgaaatatttccatacagcttcctccaaagatttatcaatcttgaaaaacttatggtgacttgcagttcc 30031926  T
Q  193 ttcaca 198  Q
    ||||||    
T  30031927 ttcaca 30031932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 93 - 198
Target Start/End: Original strand, 30225965 - 30226070
Alignment:
Q  93 tcttcgcttgcgacgtttccaagatgagtctgacaaatttccatcaggtttcctccaaaagtttatcaatctcataaagcttaaggtgacatgcagttcc 192  Q
    ||||||||||||  |||| ||  |||||||||| | ||||||||   | ||||||||||  |||||||||||   ||| |||| |||||| |||||||||    
T  30225965 tcttcgcttgcgttgttttcacaatgagtctgaaatatttccatacagcttcctccaaagatttatcaatcttgaaaaacttatggtgacttgcagttcc 30226064  T
Q  193 ttcaca 198  Q
    ||||||    
T  30226065 ttcaca 30226070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University