View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1484-Insertion-6 (Length: 706)

Name: NF1484-Insertion-6
Description: NF1484
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1484-Insertion-6
NF1484-Insertion-6
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-706)||(6448914-6449613)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 6449613 - 6448914
Alignment:
Q  7 attatgctcgtacccccatgcttgatccctcannnnnnnatacttctcattctttgtttttacttgttgatcaatgtgacagcaagatatcattaccaat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449613 attatgctcgtacccccatgcttgatccctcatttttttatacttctcattctttgtttttacttgttgatcaatgtgacagcaagatatcattaccaat 6449514  T
Q  107 ttgatagacttgttaattccacttgttaatagattccgaagccatggtcagcgcctgatgcgctctagattctccgggaaatgnnnnnnnctttgcttta 206  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  6449513 ttgatagacttgttaattccatttgttaatagattccgaagccatggtcagcgcctgatgcgctctagattctccgggaaatgaaaaaaactttgcttta 6449414  T
Q  207 attttgtttattatcttattattatgcaacaacacgactaattgtttacgttatttaattctctcttcttgtgtttttacgtgaaatttttcaacaataa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449413 attttgtttattatcttattattatacaacaacacgactaattgtttacgttatttaattctctcttcttgtgtttttacgtgaaatttttcaacaataa 6449314  T
Q  307 gcttgtgattagggaatatccggtcaacatgtcgttctatggctcaattgttatgttgtcaaatgctttggctatatctcatctcattaatattccatgt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449313 gcttgtgattagggaatatccggtcaacatgtcgttctatggctcaattgttatgttgtcaaatgctttggctatatctcatctcattaatattccatgt 6449214  T
Q  407 gtttgtcttataataacatatatttaactacccttaatttcctctatataataatacgtacatctcaaacaattttatatagctactattaaatcaagaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449213 gtttgtcttataataacatatatttaactacccttaatttcctctatataataatacgtacatctcaaacaattttatatagctactattaaatcaagaa 6449114  T
Q  507 tttatgtaatatgcaccctttgttctcaaggttgtaatattgtcggtttannnnnnnnnnnnnnnnnnaattatcatttatattaactatagtacatctc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449113 tttatgtaatatgcaccctttgttctcaaggttgtaatattgtcggtttattttttctttccttttttaattatcatttatattaactatagtacatctc 6449014  T
Q  607 aagcaagaaaagaacaaacatgatgttgcatgttctagccatatatttctatcgtaattgacttgtgatgatgatgcactgatgcttatgttttactata 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449013 aagcaagaaaagaacaaacatgatgttgcatgttctagccatatatttctatcgtaattgacttgtgatgatgatgcactgatgcttatgttttactata 6448914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University