View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14841_low_16 (Length: 339)

Name: NF14841_low_16
Description: NF14841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14841_low_16
NF14841_low_16
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-322)||(41286963-41287284)
chr5 (11-322)||(41332781-41333092)
chr5 (1-322)||(41316797-41317118)
chr5 (2-322)||(41366951-41367271)
chr5 (1-322)||(41328838-41329159)
chr5 (1-322)||(41324861-41325182)
chr5 (1-319)||(31177721-31178039)
chr5 (1-322)||(41337578-41337899)
chr5 (1-319)||(31187784-31188102)
chr5 (1-322)||(41310998-41311323)
chr5 (135-322)||(41305243-41305430)
chr5 (1-319)||(31225676-31225994)
chr5 (1-101)||(41432012-41432112)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (2-322)||(17248598-17248918)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 41286963 - 41287284
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41286963 aagcacaagctgaggtaagaagagtgtttgatagaaaggggtatgtggttgagacagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 41287062  T
Q  101 attgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 200  Q
    | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287063 aatgaggttgcatcctgctataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 41287162  T
Q  201 gtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41287163 gtcaatgcttgggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaatggca 41287262  T
Q  301 cagactttgaatacataccatt 322  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  41287263 cagacttcgaatacataccatt 41287284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 322
Target Start/End: Original strand, 41332781 - 41333092
Alignment:
Q  11 tgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaacattgaggttg 110  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||     
T  41332781 tgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttaaagtctgtcgtcaaagaaacattgaggtta 41332880  T
Q  111 catcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttcttgtcaatgctt 210  Q
    ||||  |    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||  | || |||||||    
T  41332881 catcccgttgcaccattgttaattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtaatggttaatgctt 41332980  T
Q  211 tggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcacagactttga 310  Q
     ||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  41332981 gggctattggaagagattcaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcacaattgaattcaaaggcacggacttcga 41333080  T
Q  311 atacataccatt 322  Q
    || |||||||||    
T  41333081 attcataccatt 41333092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 41316797 - 41317118
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  41316797 aagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaagaaac 41316896  T
Q  101 attgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 200  Q
    |||||||||| ||| ||     ||||||||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||||||  |    
T  41316897 attgaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagccaagacaagggttgct 41316996  T
Q  201 gtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 300  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41316997 gtcaatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggca 41317096  T
Q  301 cagactttgaatacataccatt 322  Q
    | ||||| |||| |||||||||    
T  41317097 cggacttcgaattcataccatt 41317118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 2 - 322
Target Start/End: Original strand, 41366951 - 41367271
Alignment:
Q  2 agcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaaca 101  Q
    |||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  41366951 agcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaaatccgtcatcaaagaaaca 41367050  T
Q  102 ttgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttcttg 201  Q
     |||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||| |||||  |||    
T  41367051 atgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattg 41367150  T
Q  202 tcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcac 301  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||| || ||  ||| ||| || || ||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  41367151 ttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccgaattgatttcaaaggcac 41367250  T
Q  302 agactttgaatacataccatt 322  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  41367251 agactttgaatacataccatt 41367271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 41328838 - 41329159
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  41328838 aagcacaagatgaagtaagtagagtgtttgataaaaaggagtatgtggatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaac 41328937  T
Q  101 attgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 200  Q
    ||||||||||||||  |    |||||||||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||  |     
T  41328938 attgaggttgcatcccgttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtaatg 41329037  T
Q  201 gtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 300  Q
    || ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41329038 gttaatgcttgggctattggaagagattcaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 41329137  T
Q  301 cagactttgaatacataccatt 322  Q
    | ||||| |||| |||||||||    
T  41329138 cggacttcgaattcataccatt 41329159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 41324861 - 41325182
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||||||| | ||||||| | |||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||    
T  41324861 aagcacaagctgaggtaagaagagtttttgataggaaggggtttgtggatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaaatctgtgatcaaggaaac 41324960  T
Q  101 attgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 200  Q
    | ||||| | ||||   || |||| |||||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||  |     
T  41324961 aatgaggctacatccaaccgtaccgttgttacttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtcatg 41325060  T
Q  201 gtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 300  Q
    || ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41325061 gttaatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgatgctgaaagttttaaacctgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 41325160  T
Q  301 cagactttgaatacataccatt 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  41325161 cagactttgaatacataccatt 41325182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 31178039 - 31177721
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  31178039 aagcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggcatgtcgatgaaacagagttgcaccatttgatatacttaaagtctataatcaaagaaac 31177940  T
Q  101 attgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 200  Q
    ||| |||||||||| | |  |||| ||||||||||||||||||||||   ||  ||||||||| ||||| ||||| ||||| || || || || |||  |    
T  31177939 attaaggttgcatccttctttacctttgttgattccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgct 31177840  T
Q  201 gtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 300  Q
     |||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  31177839 atcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacccgagaggtttgttaatagcacaattgatttcaaaggta 31177740  T
Q  301 cagactttgaatacatacc 319  Q
    || ||||||| ||||||||    
T  31177739 caaactttgagtacatacc 31177721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 41337578 - 41337899
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || |||| |||||| |||| ||| |||||||||||    
T  41337578 aagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtagacgagacagagttgcaacagttgacatacttaaagtgtgtcatcaaagaaac 41337677  T
Q  101 attgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 200  Q
    ||| ||| | |||| | |  |||| |||||| |||||||||||||||   ||  |||  |||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||  |    
T  41337678 atttaggctacatcctactgtacctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgtgaaatcaatgggtatgagatcccagctaagacaagggttgct 41337777  T
Q  201 gtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 300  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41337778 gtcaatgtttgggcaattggaagagatccaaagtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagctcaattgatttcaaaggca 41337877  T
Q  301 cagactttgaatacataccatt 322  Q
    ||||||||||||  ||||||||    
T  41337878 cagactttgaattaataccatt 41337899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 31188102 - 31187784
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||    
T  31188102 aagcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggtatgtcgatgaaacagagttgcaccaattgatatacttaaagtctataatcagagaaac 31188003  T
Q  101 attgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 200  Q
    ||||||| | |||| | |  | || |||||| |||||||||||||||   ||  ||||||||| ||||| ||||| ||||| || || || || |||  |    
T  31188002 attgaggctacatccttctgtgcctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgct 31187903  T
Q  201 gtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 300  Q
     |||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||    
T  31187902 atcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacctgagaggtttctcaatagcacaattgatttcaaaggca 31187803  T
Q  301 cagactttgaatacatacc 319  Q
    || | ||||||||||||||    
T  31187802 caaattttgaatacatacc 31187784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 41310998 - 41311323
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtat----gtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaag 96  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||   ||||||||||  ||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  41310998 aagcacaagttgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatatatgtggatgagatggagttgcacctgttgatatacttaaagtttgtcatcaaag 41311097  T
Q  97 aaacattgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggt 196  Q
    ||||| ||||||||||||  |    |||||||||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||||||| |  |||| |||||    ||||| || ||    
T  41311098 aaacactgaggttgcatccagttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaattaataggcatgagatcccaattaagacaagagt 41311197  T
Q  197 tcttgtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaa 296  Q
      || | | ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  41311198 cgttattattgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagatttaaacctgagaggtttgttaatagcacaattgaattcaaa 41311297  T
Q  297 ggcacagactttgaatacataccatt 322  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  41311298 ggcacggactttgaatacataccatt 41311323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 135 - 322
Target Start/End: Original strand, 41305243 - 41305430
Alignment:
Q  135 ccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttcttgtcaatgctttggcaattggaagagatccaagat 234  Q
    ||||||||||||| | ||   |||||||| ||||  |||||||| || || |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  41305243 ccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagagatccaaagt 41305342  T
Q  235 attgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatt 322  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41305343 attgggttgaagctgagagttttaaacccgagaggtttgttaatagctcaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatt 41305430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Original strand, 31225676 - 31225994
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||  |||| |||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||| | || | ||||||    
T  31225676 aagcacaagctgaagtaagaaacatgtttgataaaaagggacatgtcgatgaaacagagttgcaccaattaatatacttaaagtctataattagagaaac 31225775  T
Q  101 attgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttctt 200  Q
    |||||| || ||||   |   ||| |||||| |||||||||||||||   ||  ||||||||| ||||| ||||| ||||| || || || || |||  |    
T  31225776 attgagattacatccatctgcacctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgct 31225875  T
Q  201 gtcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggca 300  Q
     |||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||    
T  31225876 atcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacctgagaggtttctcaatagcacaattgatttcaaaggca 31225975  T
Q  301 cagactttgaatacatacc 319  Q
    || | ||||||||||||||    
T  31225976 caaattttgaatacatacc 31225994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 41432012 - 41432112
Alignment:
Q  1 aagcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaac 100  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||||||||  || ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  41432012 aagcacaagctgaggtaagaagagtgtttgatatgaaagggtatgtggatgagactgagttgcactaattgatatacttgaagtctatcatcaaagaaac 41432111  T
Q  101 a 101  Q
    |    
T  41432112 a 41432112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 17248918 - 17248598
Alignment:
Q  2 agcacaagctgaagcaagaagaatgtttgataaaaaggggtatgtggatgagtcagagttgcaccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaaca 101  Q
    |||||||||||| | ||||||  | ||||||| |||||||||||| |||||  | |||||| | ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  17248918 agcacaagctgaggtaagaagtgtttttgatagaaaggggtatgtagatgaaacggagttggatcaattaatatacttaaattctgtcatcaaagaaaca 17248819  T
Q  102 ttgaggttgcatcatgccataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttcttg 201  Q
     ||||| |||||| |    |||||||||||||||| ||| |||||| | |   ||| | ||| || || |||||||| || || ||||| ||||||  ||    
T  17248818 ctgaggctgcatcctattgtaccattgttgattcctagacaaagtagggaaaaatgtcgaatcaacgggtatgatattccagctaagacaagggttgctg 17248719  T
Q  202 tcaatgctttggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcac 301  Q
    | |||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||     
T  17248718 ttaatgtttgggcaattggaagagatcaaaggtattgggttgaagctgagagtttcaaacctgaaaggttttttaatagcccaattgatttcaaaggcat 17248619  T
Q  302 agactttgaatacataccatt 322  Q
      | || ||||||||||||||    
T  17248618 gaatttcgaatacataccatt 17248598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University