View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1484R-Insertion-17 (Length: 1000)

Name: NF1484R-Insertion-17
Description: NF1484R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1484R-Insertion-17
NF1484R-Insertion-17
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (9-988)||(18685376-18686362)
chr7 (89-722)||(43526366-43526999)
chr7 (87-725)||(19025601-19026242)
chr7 (87-725)||(20728394-20729035)
chr7 (106-704)||(16694424-16695022)
chr7 (106-704)||(17668660-17669258)
chr7 (133-728)||(13118899-13119494)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (271-725)||(43169635-43170091)
chr2 (271-725)||(43218243-43218692)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (559-668)||(20456987-20457096)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (875-950)||(27678714-27678788)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 857; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 857; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 988
Target Start/End: Original strand, 18685376 - 18686362
Alignment:
Q  9 ctttgtattcaccatagtgaacatcttcttcgttgtattgttttcaaagtggaaatggtttctaatatttttcatgtttgtggtttcattttggtcactg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18685376 ctttgtattcaccatagtgaacatcttcttcgttgtattgttttcaaagtggaaatggtttctaatatttt-catgtttgtggtttcattttggtcactg 18685474  T
Q  109 cagctaaggacattgaagggcggacacagagcaagagtgggatcattggcttggaacggtcatgttctcacaacaggaggtatggatggtaagattgtaa 208  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18685475 cagctaaggacattaaagggcggacacagagcaagagtgggctcattggcttggaacggtcatgttctcacaacagggggtatggatggtaagattgtaa 18685574  T
Q  209 acaatgatgttagattgagatctcagatcatcaacacatacaggggacaccgacatgaggtttgcgggctcaaatggtcactcgatggaaaacaactggc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18685575 acaatgatgttagattgagatctcagatcatcaacacatacaggggacaccgacgtgaggtttgcgggctcaaatggtcactcgatggaaaacaactggc 18685674  T
Q  309 aagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcacctacccgttggctttataggtttgatgaacacaaagct 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18685675 aagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcacctacccgttggctttataggtttgatgaacacaaagct 18685774  T
Q  409 gctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaagcggaggtgattgttgcgtaaagctatggaacacgggcatgg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18685775 gctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaggcggaggtgattgttgcgtaaagctatggaacacgggcatgg 18685874  T
Q  509 gtgaacgtgtgaattctgttgatacgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaaaatgagcgcgagcttcttagctcacatggtttgactcagaa 608  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18685875 gtgaacgcatgaattctgttgatacgggatcgcaggtatgtgctttgctctggagcaaaaatgagcgcgagcttcttagctcacatggtttgactcagaa 18685974  T
Q  609 ccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcacacctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgggtct 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18685975 ccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcacacctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgggtct 18686074  T
Q  709 actgtggcatctgcagccgcagccgcagaccagaccctgagattttgggaagtctttggaannnnnnnagcagcaccaccaaagagaaataagatgccct 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18686075 actgtggcatctgcagccgcagccgcagaccagaccctgagattttgggaagtctttggaacccccccagcagcaccaccaaagagaaataagatgccct 18686174  T
Q  809 ttgctgattccaaccgtatccgttgaagttgaatagattgttccattattcattttccccactg-caccgcacgtttg-cggtgtttcaccgtgaaaata 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  18686175 ttgctgattccaaccgtatccgttgaagttgaatagattgttccattattcgttttccccactgccaccgcacgtttgtgggtgtttcaccgtgaaaata 18686274  T
Q  907 gagaagctactatttgtagctttactgtagacgctc-tttactttg-tgc--acgc--aaacaaaccctcacgaagtctctctttttg 988  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||   |||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18686275 gagaagctactatttgtagctttactgtagacgctcttttactttgttgccaccgccaaaacaaacactcacgaagtctctctttttg 18686362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 89 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 43526999 - 43526366
Alignment:
Q  89 tggtttcattttggtcactgcagctaaggacattgaagggcggacacagagcaagagtgggatcattggcttggaacggtcatgttctcacaacaggagg 188  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||| |||| |||||||||||    
T  43526999 tggttttattttggtgactgaagctaagggcaatgaagggtggacacagagcaagagtgggttcattggcttggaacaaccatattctgacaacaggagg 43526900  T
Q  189 tatggatggtaagattgtaaacaatgatgttagattgagatctcagatcatcaacacatacaggggacaccgacatgaggtttgcgggctcaaatggtca 288  Q
     |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  | ||||||| |||||||   || |||||||| |||||||| ||||||    
T  43526899 aatggatggtaaagttgtaaacaatgatgttagagtgagatctcacatcgttgaaacatacatgggacacaaccaggaggtttgtgggctcaagtggtca 43526800  T
Q  289 ctcgatggaaaacaactggcaagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcacctacccgttggctttata 388  Q
    | |   ||| ||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||  || |  ||||||||||||||||||||||| |||||| | |    
T  43526799 ccctcaggacaacaattggcaagtggtggaaacgataatgttgttcacatatgggatagatccgtggtttcttcaaattcacctacccgatggcttcaca 43526700  T
Q  389 ggtttgatgaacacaaagctgctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaagcggaggtgattgttgcgtaaa 488  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||  |||| | ||    
T  43526699 ggtttgaggaacacatagctgctgtgaaggcactggcttggtgtccctttcagggtaatctactggcttctggtggaggtggaggtgatcattgcattaa 43526600  T
Q  489 gctatggaacacgggcatgggtgaacgtgtgaattctgttgatacgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaaaatgagcgcgagcttcttagc 588  Q
    ||| ||||||||   ||  ||||   |  ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||| | | || ||||| ||||| ||||||    
T  43526599 gctgtggaacacacacactggtgcgagattgaattctgttgacactggatcgcaagtatgtgctctgctatggaaccagaacgagcgtgagctacttagc 43526500  T
Q  589 tcacatggtttgactcagaaccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcacacctcgagggtgctgcacatga 688  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || || ||  |||||||||| |||||||||||| | |||     
T  43526499 tcacatggtttcaccgagaaccagcttaccctttggaagtatccttctatggtgaaaatggcagatctcaatggtcacacttcgagggtgctgtatatgg 43526400  T
Q  689 cacagagtccagatgggtctactgtggcatctgc 722  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  43526399 cgcagagtccagatgggtgtacagtggcatctgc 43526366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 87 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 19026242 - 19025601
Alignment:
Q  87 tgtggtttcattttggtcactgcagctaaggacattgaagggcggacacagagcaagagtgggatcattggcttggaacg---gtcatgttctcacaaca 183  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||| ||| | |||||||||||  ||||| | ||| |||||||||||    ||||| |||||||||||    
T  19026242 tgtgatttcattttggtatctgcagctaaccacattaaagagtggacacagagccggagtgagttcactggcttggaacaacagtcatattctcacaaca 19026143  T
Q  184 ggaggtatggatggtaagattgtaaacaatgatgttagattgagatctcagatcatcaacacatacaggggacaccgacatgaggtttgcgggctcaaat 283  Q
    ||||| ||| | ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||   ||||||  | ||||||||||||    ||||||||||||| ||||| |    
T  19026142 ggaggaatgaacggtaaaatagtaaataatgacgttagagtgagatctca---catcaattcgtacaggggacacactgatgaggtttgcggcctcaagt 19026046  T
Q  284 ggtcactcgatggaaaacaactggcaagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcac---ctacccgttg 380  Q
    |||| || ||||||||| || |||| ||||| || |  |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||   ||||||||||    
T  19026045 ggtcgcttgatggaaaaaaattggcgagtggtggaagtgataatgttgttcacatatgggataggtctgcggtttcttcaagttcacggactacccgttg 19025946  T
Q  381 gctttataggtttgatgaacacaaagctgctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaagcggaggtgattgt 480  Q
    |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| || || | || |||||||||||| | | |||||||       
T  19025945 gcttcataagtttgaggaacacacagctgctgtcaaggcgctggcgtggtgtccgtttcagagtgatttgttagcttctggtggaggtgaaggtgatcaa 19025846  T
Q  481 tgcgtaaagctatggaacacgggcatgggtgaacgtgtgaattctgttgatacgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaaaatgagcgcgagc 580  Q
    ||  | ||||| ||||||| | ||| ||||| |||  || |||||||||| ||||||||  | ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  19025845 tgtattaagctgtggaacatgcgcacgggtgcacgcttggattctgttgacacgggatcagaggtatgcgctttgctctggaacaaaaacgagcgcgagc 19025746  T
Q  581 ttcttagctcacatggtttgactcagaaccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcacacctcgagggtgct 680  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||| | ||||||||||| |||||| |    
T  19025745 ttcttagctcacatggtttgactaagaaccaaattaccctttggaagtatccttccatggtgaagatggctgagcttaacggtcacacctcaagggtgtt 19025646  T
Q  681 gcacatgacacagagtccagatgggtctactgtggcatctgcagc 725  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
T  19025645 gtacatgacacagagtccagatgggtgtaccgtggcaactgcagc 19025601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 87 - 725
Target Start/End: Original strand, 20728394 - 20729035
Alignment:
Q  87 tgtggtttcattttggtcactgcagctaaggacattgaagggcggacacagagcaagagtgggatcattggcttggaacg---gtcatgttctcacaaca 183  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||| ||| | |||||||||||  ||||| | ||| |||||||||||    ||||| |||||||||||    
T  20728394 tgtgatttcattttggtatctgcagctaaccacattaaagagtggacacagagccggagtgagttcactggcttggaacaacagtcatattctcacaaca 20728493  T
Q  184 ggaggtatggatggtaagattgtaaacaatgatgttagattgagatctcagatcatcaacacatacaggggacaccgacatgaggtttgcgggctcaaat 283  Q
    ||||| ||| | ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||   ||||||  | ||||||||||||    ||||||||||||| ||||| |    
T  20728494 ggaggaatgaacggtaaaatagtaaataatgacgttagagtgagatctca---catcaattcgtacaggggacacactgatgaggtttgcggcctcaagt 20728590  T
Q  284 ggtcactcgatggaaaacaactggcaagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcac---ctacccgttg 380  Q
    |||| || ||||||||| || |||| ||||| || |  |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||   ||||||||||    
T  20728591 ggtcgcttgatggaaaaaaattggcgagtggtggaagtgataatgttgttcacatatgggataggtctgcggtttcttcaagttcacggactacccgttg 20728690  T
Q  381 gctttataggtttgatgaacacaaagctgctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaagcggaggtgattgt 480  Q
    |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| || || | || |||||||||||| | | |||||||       
T  20728691 gcttcataagtttgaggaacacacagctgctgtcaaggcgctggcgtggtgtccgtttcagagtgatttgttagcttctggtggaggtgaaggtgatcaa 20728790  T
Q  481 tgcgtaaagctatggaacacgggcatgggtgaacgtgtgaattctgttgatacgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaaaatgagcgcgagc 580  Q
    ||  | ||||| ||||||| | ||| ||||| |||  || |||||||||| ||||||||  | ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  20728791 tgtattaagctgtggaacatgcgcacgggtgcacgcttggattctgttgacacgggatcagaggtatgcgctttgctctggaacaaaaacgagcgcgagc 20728890  T
Q  581 ttcttagctcacatggtttgactcagaaccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcacacctcgagggtgct 680  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||| | ||||||||||| |||||| |    
T  20728891 ttcttagctcacatggtttgactaagaaccaaattaccctttggaagtatccttccatggtgaagatggctgagcttaacggtcacacctcaagggtgtt 20728990  T
Q  681 gcacatgacacagagtccagatgggtctactgtggcatctgcagc 725  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
T  20728991 gtacatgacacagagtccagatgggtgtaccgtggcaactgcagc 20729035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 106 - 704
Target Start/End: Original strand, 16694424 - 16695022
Alignment:
Q  106 ctgcagctaaggacattgaagggcggacacagagcaagagtgggatcattggcttggaacggtcatgttctcacaacaggaggtatggatggtaagattg 205  Q
    |||||| |||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||  |  || |||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||| || |    
T  16694424 ctgcaggtaagaacattgaggggtggacacagagaaagagtcagtgcactggcttggaacggtcatactctgacaacaggaggaatggatggtaaaatag 16694523  T
Q  206 taaacaatgatgttagattgagatctcagatcatcaacacatacaggggacaccgacat-gaggtttgcgggctcaaatggtcactcgatggaaaacaac 304  Q
    |||||||||| ||||||  |||||| || ||| |  | ||   || ||||||| || |  | |||||| |||||||||||||||| |  |||| |||||     
T  16694524 taaacaatgacgttagagcgagatcacacatcgttgaaaccctcaagggacac-gatagaggggtttgtgggctcaaatggtcaccctctggacaacaat 16694622  T
Q  305 tggcaagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcacctacccgttggctttataggtttgatgaacacaa 404  Q
    |||||||||| || || ||| |||| | ||| |||||||||| ||| |  | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||| |    
T  16694623 tggcaagtggtggaaatgatgatgttgctcagatatgggataggtcagtggcttcttcaaattcacctacccgttggcttcacaggttcgaggaacacga 16694722  T
Q  405 agctgctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaagcggaggtgattgttgcgtaaagctatggaacacgggc 504  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |  |||| ||||| | ||||| ||||||||        
T  16694723 atctgctgtgaaggcactggcttggtgtcctttccagggtaatctattggcttctggtggaggtgcacttgatcgttgcattaagctgtggaacacacaa 16694822  T
Q  505 atgggtgaacgtgtgaattctgttgatacgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaaaatgagcgcgagcttcttagctcacatggtttgactc 604  Q
    | |||||||    | || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||   |     
T  16694823 acgggtgaaaaattaaactctgttgacacgggatcgcaagtatgtgctctgctgtggaataaaaatgagcctgagcttcttagctctcatggtttccatg 16694922  T
Q  605 agaaccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcacacctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgg 704  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||| || |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16694923 agaaccagcttatcctatggaagtattcttcaatggtgaagatggcagagctcaagggtcatacctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgg 16695022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 106 - 704
Target Start/End: Original strand, 17668660 - 17669258
Alignment:
Q  106 ctgcagctaaggacattgaagggcggacacagagcaagagtgggatcattggcttggaacggtcatgttctcacaacaggaggtatggatggtaagattg 205  Q
    |||||| |||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||  |  || |||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||| || |    
T  17668660 ctgcaggtaagaacattgaggggtggacacagagaaagagtcagtgcactggcttggaacggtcatactctgacaacaggaggaatggatggtaaaatag 17668759  T
Q  206 taaacaatgatgttagattgagatctcagatcatcaacacatacaggggacaccgacat-gaggtttgcgggctcaaatggtcactcgatggaaaacaac 304  Q
    |||||||||| ||||||  |||||| || ||| |  | ||   || ||||||| || |  | |||||| |||||||||||||||| |  |||| |||||     
T  17668760 taaacaatgacgttagagcgagatcacacatcgttgaaaccctcaagggacac-gatagaggggtttgtgggctcaaatggtcaccctctggacaacaat 17668858  T
Q  305 tggcaagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcacctacccgttggctttataggtttgatgaacacaa 404  Q
    |||||||||| || || ||| |||| | ||| |||||||||| ||| |  | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||| |    
T  17668859 tggcaagtggtggaaatgatgatgttgctcagatatgggataggtcagtggcttcttcaaattcacctacccgttggcttcacaggttcgaggaacacga 17668958  T
Q  405 agctgctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaagcggaggtgattgttgcgtaaagctatggaacacgggc 504  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |  |||| ||||| | ||||| ||||||||        
T  17668959 atctgctgtgaaggcactggcttggtgtcctttccagggtaatctattggcttctggtggaggtgcacttgatcgttgcattaagctgtggaacacacaa 17669058  T
Q  505 atgggtgaacgtgtgaattctgttgatacgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaaaatgagcgcgagcttcttagctcacatggtttgactc 604  Q
    | |||||||    | || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||   |     
T  17669059 acgggtgaaaaattaaactctgttgacacgggatcgcaagtatgtgctctgctgtggaataaaaatgagcctgagcttcttagctctcatggtttccatg 17669158  T
Q  605 agaaccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcacacctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgg 704  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||| || |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17669159 agaaccagcttatcctatggaagtattcttcaatggtgaagatggcagagctcaagggtcatacctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgg 17669258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 133 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 13119494 - 13118899
Alignment:
Q  133 cacagagcaagagtgggatcattggcttggaacggtcatgttctcacaacaggaggtatggatggtaagattgtaaacaatgatgttagattgagatctc 232  Q
    |||||||||||||| || ||| |||| ||||||  |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  13119494 cacagagcaagagtaggttcactggcatggaacaatcatattctaacaactggaggaatggatggtaagattgttaataatgatgttagagtgagatctc 13119395  T
Q  233 agatcatcaacacatacaggggacaccgacatgaggtttgcgggctcaaatggtcactcgatggaaaacaactggcaagtgggggtaacgataatgtcgt 332  Q
    | ||  |  | |  | ||||| |||   |  ||||||||| |||||||||||||||| |   ||||| ||| |||| ||||| || | ||||  ||| ||    
T  13119394 acattgttgaaagtttcagggcacataaaggtgaggtttgtgggctcaaatggtcaccctcaggaaagcaattggcgagtggtggaagcgattctgttgt 13119295  T
Q  333 tcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcacctacccgttggctttataggtttgatgaacacaaagctgctgtgaaggcactggcttggtgt 432  Q
    ||||||||||||||  || |  ||||| || ||||||| |||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13119294 tcacatatgggatagttcagtggtttcgtcgaattcacgtaccggttggcttcacaggtttaatgaacacaaagctgctgtgaaggcactggcttggtgt 13119195  T
Q  433 ccttttcagggtaatctattggcttctggtggaagcggaggtgattgttgcgtaaagctatggaacacgggcatgggtgaacgtgtgaattctgttgata 532  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||   || ||||| |||  || |||||||||| |    
T  13119194 ccttttcaggctaatctattggcttctggtggaggtggaggtgatcgttgcattaagctgtggaacacacacacgggtgcacgcttggattctgttgaca 13119095  T
Q  533 cgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaaaatgagcgcgagcttcttagctcacatggtttgactcagaaccagcttaccctttggaagtatcc 632  Q
    | ||||| || |||| || | |||| |||| | | || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||  |||||    
T  13119094 ctggatcacaggtatctggtctgctgtggaaccagaacgagcgtgagcttcttagctcacacggtttcacggagaaccagcttaccctttggagctatcc 13118995  T
Q  633 ttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcacacctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgggtctactgtggcatctgcagccgc 728  Q
    ||| ||| ||| ||| || |||||    |||||||| ||||||||||||  |||| | |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  13118994 ttcgatggtgaggatggcggagctcagaggtcacacttcgagggtgctgtgcatggcgcagagtccagatgggtgtacagtggcatctgcatccgc 13118899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 6e-80; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 271 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 43170091 - 43169635
Alignment:
Q  271 tgcgggctcaaatggtcactcgatggaaaacaactggcaagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcac 370  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||  ||||| |||| ||||||||   ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  43170091 tgcgggctcaagtggtctctcgatggccaacaattggctagtgggggaggcgataatatcgt-cacatatgggataggtctgctgcttcttcaaattcac 43169993  T
Q  371 ---ctacccgttggctttataggtttgatgaacacaaagctgctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaag 467  Q
       | || ||||||||| | | |||||| ||||||| |||| || | |||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| |||||| |    
T  43169992 ggcccacgcgttggcttcacaagtttgaggaacacacagctcctatcaaggcattggcttggtgtccgtttcagcgtaatttattagcttcaggtggagg 43169893  T
Q  468 cggaggtgattgttgcgtaaagctatggaacacgggcatgggtgaacgtgtgaattctgttgatacgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaa 567  Q
     | |||||||   ||  | ||| | |||||||||  || ||||| ||   ||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||| | ||    
T  43169892 tgaaggtgatcaatgtattaagatgtggaacacgcacacgggtgcacaattgaattctgttgacacgggatcagaagtaggtgctttgctctggaacgaa 43169793  T
Q  568 aatgagcgcgagcttcttagctcacatggtttgactcagaaccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcaca 667  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||| | |||||||    
T  43169792 aatgagcgtgagctgcttagctcacacggtttctctcagaaccaacttactctttggaagtatccttccatgttgaagatggctgaccttaacggtcaca 43169693  T
Q  668 cctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgggtctactgtggcatctgcagc 725  Q
    |||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  43169692 cctcaaaggtgctgcacatggcacagagtccagatgggtgtaaagtggcatctgcagc 43169635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 271 - 725
Target Start/End: Original strand, 43218243 - 43218692
Alignment:
Q  271 tgcgggctcaaatggtcactcgatggaaaacaactggcaagtgggggtaacgataatgtcgttcacatatgggatatgtctgctgtttcttcaaattcac 370  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||  || || |||| ||||||||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  43218243 tgcgggctcaagtggtctctcgatggccaataattggctagtgggggaggcgataatgtcgttcatatatgggataggtctgctgcttcttcaaattcac 43218342  T
Q  371 ---ctacccgttggctttataggtttgatgaacacaaagctgctgtgaaggcactggcttggtgtccttttcagggtaatctattggcttctggtggaag 467  Q
       | || ||||||||| | | |||||| ||||||| |||| |||| |||||  ||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| |||| |      
T  43218343 ggcccacacgttggcttcacaagtttgaggaacacacagctcctgtcaaggcgttggcttggtgtccgtttcagtgtaatttattagcttcaggtgaa-- 43218440  T
Q  468 cggaggtgattgttgcgtaaagctatggaacacgggcatgggtgaacgtgtgaattctgttgatacgggatcgcaagtatgtgctttgctctggagcaaa 567  Q
        ||||||   ||  | ||| | ||||||||   || ||||| |||  |||| |||||||| ||||||||  ||||  | ||||||||||| | | ||    
T  43218441 ----ggtgatcaatgtattaagatgtggaacacccacacgggtgcacgattgaactctgttgacacgggatcagaagttggcgctttgctctgtaacgaa 43218536  T
Q  568 aatgagcgcgagcttcttagctcacatggtttgactcagaaccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttcatggtcaca 667  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||    
T  43218537 aatgagtgtgagcttcttagctcacatggtttccctcagaaccaactcactctttggaagtatccttcaatgttgaagaaggccgaccttaatggtcaca 43218636  T
Q  668 cctcgagggtgctgcacatgacacagagtccagatgggtctactgtggcatctgcagc 725  Q
    |||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  43218637 cctcaaaggtgctgcacatg--acagagtccagatgggtgtaaagtggcatctgcagc 43218692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 559 - 668
Target Start/End: Original strand, 20456987 - 20457096
Alignment:
Q  559 tggagcaaaaatgagcgcgagcttcttagctcacatggtttgactcagaaccagcttaccctttggaagtatccttcaatgttgaagattgccgagcttc 658  Q
    |||| ||| |||||| | ||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||| || || ||      
T  20456987 tggaacaagaatgagagggagctactcagctctcatggttttacacagaatcagctaacactttggaaatatccttcaatggtgaagatagcagaactca 20457086  T
Q  659 atggtcacac 668  Q
    ||||||||||    
T  20457087 atggtcacac 20457096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 875 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 27678788 - 27678714
Alignment:
Q  875 ccgcacgtttgcggtgtttcaccgtgaaaatagagaagctactatttgtagctttactgtagacgctctttacttt 950  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||    
T  27678788 ccgcacgtttgag-tgattcacagtgaaaatggagaagctactatttgtagcttctgtgtagatgcactttacttt 27678714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University