View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14851_low_1 (Length: 834)

Name: NF14851_low_1
Description: NF14851
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14851_low_1
NF14851_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-816)||(41301520-41302337)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 41302337 - 41301520
Alignment:
Q  15 tagggggtaacccgtagaaaaatagggcaggaaaataaatttaatacttcccaaaaaagaaatattttaaattttgggagtaatcgg----------gtg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||    
T  41302337 tagggggtaacccgtagaaaaatagggcaggaaaataaatttaatacttcccaaaaaagaaatattttaaattttgggagtaatcggaaaaccagttgtg 41302238  T
Q  105 tttttcttatagtggaactttctttctttcaagaatctcatcatgattatataacccttagtaaatcatttgtgtgttggtattctattagtgtgcgatg 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41302237 tttttcttatagtggaactttctttctttcaagagtctcatcatgattatataacccttagtaaatcatttgtgtgttggtattctattagtgtgcgatg 41302138  T
Q  205 ggtcgagaatgagcatataagatttcatatnnnnnnnnnnnccagcttaa-------tacatatttttggaggccaattatatgatgcataaatgagata 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41302137 ggtcgagaatgagcatataagatttcatataaaaaaac---ccagcttaaatagtaatacatatttttggaggccaattatatgatgcataaatgagata 41302041  T
Q  298 -gatggtcttacattatgcacaaactatttatcattggatcattaaaataattagatatgatgtgatgcgccttattaattcaatggtgaaaaagacatt 396  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  41302040 cgaaggtcttacattatgcacaaactatttatcattggatcattaaaataattagatatgatgtgatgcgccttattaattcaatggtaaaaaagatatt 41301941  T
Q  397 tgtgtatgatgcaagatcttcttacttatgcatattagacaaaaccatatatgaaaataaatacttgtatattacattttcttatgaggctgactccaat 496  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41301940 tgtatatgatgtaagatcttcttacttatgcatattagacaaaaccatatatgaaaataaatacttgtatattacattttcttatgaggctgactccaat 41301841  T
Q  497 ttcaatactccgttcacatatattttgtcttctgaactacatatacaattgtgtttgaataaat-cnnnnnnnnttatctttaactagataagacgaggg 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||    
T  41301840 ttcaatactccgttcacatatattttgtcttctgaactacatatacaattgtgtttgaataaataaataaataattatctttaactagataagacgaggg 41301741  T
Q  596 aatgcagttaattctcaacattttctatattgttcgccgtggaagagatttatgactggtttctaagttatagaattatatatactctcacgtcccattt 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41301740 aatgcagttaattctcaacattttctatattgttcgccgtggaagagatttatgactggtttctaagttatagaattatatatactctcacgtcccattt 41301641  T
Q  696 ctttatgctcaattaatgtgtatttggttcatgacttaggatgcttaactactatagaattgactcttttaaatggatgggaaatgcctttaaactagtt 795  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  41301640 ctttatgcgcaattaatgtgtatttggttcatgacttaggatgcttaactactatagaattgactcttttaaatggatgggaaatacctttaaacaagtt 41301541  T
Q  796 gtttctattcttccccgttat 816  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  41301540 gtttctattcttccccgttat 41301520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University