View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14854_low_2 (Length: 661)

Name: NF14854_low_2
Description: NF14854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14854_low_2
NF14854_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-643)||(48719375-48720007)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 643
Target Start/End: Original strand, 48719375 - 48720007
Alignment:
Q  12 agtagcaaaggcatttggtcaccatgtcactgtgataagctcttctgataagaagaagaaagaggcacttgaggatcttggagctgacagttatcttgtt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48719375 agtagcaaaggcatttggtcaccatgtcactgtgataagctcttctgataagaagaagaaagaggcacttgaggatcttggagctgacagttatcttgtt 48719474  T
Q  112 agctcagataccgttggaatgcaagaagctgctgattcacttgattatatcattgatactgttccagttggtcatcctcttgagccttatctctcattgc 211  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48719475 agctcagatactgttggaatgcaagaagctgctgattcacttgattatatcattgatactgttccagttggtcatcctcttgagccttatctctcattgc 48719574  T
Q  212 tcaaaattgatgggaaattgatcttgatgggtgttattaacacccctcttcaatttgttacacctatggtcatgctaggtaatagccaacttcttcttcc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48719575 tcaaaattgatgggaaattgatcttgatgggtgttattaacacccctcttcaatttgttacacctatggtcatgctaggtaatagccaacttcttcttcc 48719674  T
Q  312 tcatcaatga-ttttagcttaattattgaataggccccttgactattgaagattttaaaattactcattgaactgaaaaaattgtaatatgtcctaaatt 410  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48719675 tcatcaatgatttttagcttaattattgaataggccccttgactattgaagattttaaaattactcattgaactgaaaaaattgtaatatgtcctaaatt 48719774  T
Q  411 tgttagtaatttttaaactaannnnnnnaatttcgtctctccacttttaaataacttgtaaataggtcttgaatttagggacctaaacataaattattta 510  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48719775 tgttagtaatttttaaactaatttttttaatttggtctctccacttttaaataacttgtaaataggtcttgaatttagggacctaaacataaattattta 48719874  T
Q  511 aaaatttagttcaaggatatatttgaaaatctccaaatagttcaataacttaaagagtaatcaaacttctttttccaatttgaatgatatcttctaatct 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48719875 aaaatttagttcaaggatatatttgaaaatctccaaatagttcaataacttaaagagtaatcaaacttctttttccaatttgaatgatatcttctaatct 48719974  T
Q  611 attgatgttgttttgcgtagggaggaagtcaat 643  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48719975 attgatgttgtgttgcgtagggaggaagtcaat 48720007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University