View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1485_low_8 (Length: 396)

Name: NF1485_low_8
Description: NF1485
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1485_low_8
NF1485_low_8
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (19-188)||(50669084-50669253)
chr1 (189-361)||(25387487-25387659)
chr1 (187-377)||(50306178-50306367)
chr1 (193-377)||(34739974-34740158)
chr1 (187-377)||(25381516-25381706)
chr1 (189-377)||(1078212-1078400)
chr1 (189-379)||(44409998-44410186)
chr1 (189-377)||(31058033-31058220)
chr1 (189-376)||(24963685-24963874)
chr1 (189-376)||(24926738-24926926)
chr1 (189-361)||(12183562-12183738)
chr1 (222-377)||(8092862-8093017)
chr1 (222-353)||(31051557-31051687)
chr1 (204-379)||(38151974-38152142)
chr1 (189-307)||(27955219-27955336)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (189-377)||(8650786-8650974)
chr6 (189-377)||(32035269-32035457)
chr6 (189-377)||(21782736-21782924)
chr6 (189-346)||(8662764-8662921)
chr6 (189-361)||(4580304-4580476)
chr6 (189-377)||(21190849-21191037)
chr6 (189-377)||(25354200-25354388)
chr6 (189-379)||(31756196-31756388)
chr6 (189-379)||(21197004-21197192)
chr6 (189-375)||(18778573-18778760)
chr6 (189-373)||(25343617-25343805)
chr6 (217-379)||(21770569-21770729)
chr6 (221-379)||(17581621-17581770)
chr6 (234-379)||(21783337-21783480)
chr6 (234-379)||(21789560-21789703)
chr6 (219-333)||(34603344-34603457)
chr6 (219-333)||(34724621-34724734)
chr6 (219-346)||(6098000-6098127)
chr6 (241-382)||(17900174-17900313)
chr6 (219-295)||(6102693-6102773)
chr6 (285-346)||(1106232-1106294)
[»] scaffold0236 (1 HSPs)
scaffold0236 (189-377)||(5523-5711)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (189-377)||(351774-351962)
chr7 (189-359)||(339377-339547)
chr7 (189-361)||(3817294-3817466)
chr7 (189-377)||(28420942-28421130)
chr7 (189-361)||(3811152-3811324)
chr7 (189-377)||(42767277-42767466)
chr7 (189-377)||(20238939-20239127)
chr7 (189-374)||(35147986-35148173)
chr7 (189-376)||(12803987-12804176)
chr7 (214-379)||(26383612-26383777)
chr7 (204-362)||(43539988-43540146)
chr7 (189-379)||(5849511-5849702)
chr7 (189-375)||(22741901-22742092)
chr7 (189-377)||(5979156-5979345)
chr7 (229-361)||(30219269-30219401)
chr7 (213-379)||(26381065-26381221)
chr7 (257-333)||(18666547-18666622)
chr7 (324-375)||(15843937-15843988)
chr7 (324-375)||(15861046-15861097)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (189-377)||(10244317-10244505)
chr3 (189-376)||(8331776-8331963)
chr3 (189-377)||(10238195-10238383)
chr3 (189-377)||(11839708-11839896)
chr3 (189-377)||(49151600-49151788)
chr3 (189-377)||(49157667-49157855)
chr3 (189-377)||(42191203-42191391)
chr3 (189-377)||(42197145-42197333)
chr3 (189-377)||(38455535-38455721)
chr3 (189-377)||(10760633-10760821)
chr3 (192-375)||(55003398-55003581)
chr3 (189-377)||(38449048-38449234)
chr3 (189-377)||(11846046-11846234)
chr3 (189-361)||(30051085-30051257)
chr3 (220-375)||(17055807-17055962)
chr3 (189-361)||(10766854-10767026)
chr3 (193-377)||(17593268-17593453)
chr3 (188-339)||(48128029-48128180)
chr3 (195-353)||(53069043-53069202)
chr3 (189-371)||(28964862-28965042)
chr3 (253-379)||(34300483-34300609)
chr3 (189-346)||(13445080-13445227)
chr3 (219-379)||(46656670-46656830)
chr3 (224-313)||(24643570-24643665)
chr3 (255-359)||(12108716-12108820)
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (189-377)||(12686162-12686350)
chr5 (189-377)||(12692264-12692452)
chr5 (189-377)||(28525369-28525557)
chr5 (189-377)||(28531465-28531653)
chr5 (189-361)||(7389531-7389702)
chr5 (189-351)||(41297291-41297453)
chr5 (204-361)||(24054338-24054496)
chr5 (217-361)||(30384389-30384532)
chr5 (189-379)||(30772269-30772460)
chr5 (188-379)||(32094141-32094332)
chr5 (190-376)||(19066091-19066279)
chr5 (189-379)||(32096943-32097133)
chr5 (189-376)||(19059747-19059936)
chr5 (189-341)||(16215157-16215309)
chr5 (217-330)||(14610184-14610297)
chr5 (208-379)||(26509838-26510004)
chr5 (272-379)||(20500124-20500231)
chr5 (219-336)||(26316805-26316922)
chr5 (267-334)||(28542269-28542336)
chr5 (219-331)||(37896311-37896423)
chr5 (195-249)||(8706454-8706508)
chr5 (316-346)||(8706532-8706562)
chr5 (248-304)||(33753294-33753350)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (189-361)||(28682928-28683100)
chr2 (189-375)||(36750405-36750591)
chr2 (194-377)||(35090637-35090820)
chr2 (189-377)||(13456088-13456276)
chr2 (189-377)||(13462029-13462217)
chr2 (195-377)||(35084665-35084847)
chr2 (189-377)||(31002365-31002554)
chr2 (189-377)||(31008343-31008532)
chr2 (189-377)||(44716787-44716976)
chr2 (194-377)||(13149674-13149855)
chr2 (189-377)||(30965316-30965505)
chr2 (187-376)||(23343548-23343739)
chr2 (189-376)||(11048536-11048723)
chr2 (189-313)||(35438693-35438816)
chr2 (208-379)||(29833197-29833365)
chr2 (208-277)||(1388022-1388090)
chr2 (267-306)||(31651664-31651703)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (189-377)||(5542143-5542331)
chr8 (189-361)||(32890893-32891065)
chr8 (189-361)||(32897017-32897189)
chr8 (189-375)||(9935269-9935455)
chr8 (189-377)||(7771221-7771408)
chr8 (187-375)||(14417931-14418116)
chr8 (189-353)||(14799399-14799562)
chr8 (187-377)||(36818960-36819149)
chr8 (192-361)||(42992989-42993158)
chr8 (204-379)||(22219714-22219891)
chr8 (189-379)||(1882734-1882928)
chr8 (207-353)||(39735553-39735699)
chr8 (189-377)||(10705826-10706020)
chr8 (207-379)||(39727321-39727484)
chr8 (267-377)||(10700018-10700127)
chr8 (219-297)||(24250171-24250249)
chr8 (217-288)||(31399048-31399119)
chr8 (194-274)||(1171414-1171493)
chr8 (219-286)||(31379435-31379502)
chr8 (189-265)||(42033856-42033930)
chr8 (240-307)||(17954565-17954632)
chr8 (206-245)||(39689782-39689821)
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (189-377)||(10733229-10733417)
chr4 (189-377)||(10739322-10739510)
chr4 (189-377)||(10946998-10947186)
chr4 (189-377)||(10953091-10953279)
chr4 (189-377)||(6257188-6257376)
chr4 (189-375)||(24287977-24288161)
chr4 (186-377)||(33458246-33458438)
chr4 (189-379)||(26963324-26963512)
chr4 (189-377)||(48160948-48161132)
chr4 (189-377)||(48167167-48167351)
chr4 (189-371)||(50168588-50168769)
chr4 (231-377)||(33461418-33461563)
chr4 (189-346)||(49976609-49976763)
chr4 (189-306)||(26956812-26956929)
chr4 (222-346)||(3769587-3769710)
chr4 (252-379)||(44831658-44831785)
chr4 (189-283)||(4632869-4632963)
chr4 (219-346)||(19686341-19686468)
chr4 (226-326)||(9237402-9237502)
chr4 (274-361)||(4632396-4632482)
chr4 (243-379)||(50427354-50427497)
chr4 (194-279)||(34308060-34308144)
chr4 (224-361)||(50155962-50156086)
chr4 (194-294)||(55473133-55473230)
chr4 (300-379)||(31986745-31986823)
chr4 (247-323)||(32284694-32284770)
chr4 (241-318)||(35177806-35177883)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (187-375)||(603-788)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (188-361)||(1175-1349)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (189-361)||(172873-173045)
[»] scaffold0208 (2 HSPs)
scaffold0208 (189-377)||(6511-6699)
scaffold0208 (189-361)||(12400-12572)
[»] scaffold1114 (1 HSPs)
scaffold1114 (189-379)||(1074-1261)
[»] scaffold0085 (1 HSPs)
scaffold0085 (217-362)||(38433-38576)
[»] scaffold0185 (1 HSPs)
scaffold0185 (227-344)||(5945-6061)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 50669253 - 50669084
Alignment:
Q  19 gaacacatcaatagaacattacagcattgagagtaaatcgtagtaccttcaccaggctgggcagtgggtacagtgggagcagccaagcgtattccagcga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50669253 gaacacatcaatagaacattacagcattgagagtaaatcgtagtaccttcaccaggctgggcagtgggtacagtgggagcagccaagcgtattccagcga 50669154  T
Q  119 cagggtttgaagaaggatcagaattattctgttggcgacgtgatactttgattattcttttggttgccag 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50669153 cagggtttgaagaaggatcagaattattctgttggcgacgtgatactttgattattcttttggttgccag 50669084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 25387487 - 25387659
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25387487 tgttggaaatatagatcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaaatatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 25387586  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  25387587 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 25387659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 187 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 50306367 - 50306178
Alignment:
Q  187 agtgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50306367 agtgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 50306268  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  50306267 aatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 50306178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 193 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 34740158 - 34739974
Alignment:
Q  193 ggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 292  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34740158 ggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataaaacatgttcatcaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 34740059  T
Q  293 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||   |||||||||||||    
T  34740058 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaataaacctttcaaggcagccctctca 34739974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 187 - 377
Target Start/End: Original strand, 25381516 - 25381706
Alignment:
Q  187 agtgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381516 agtgttggaaatataggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaactatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 25381615  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  25381616 gatcggatctacgaaatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacagccctctca 25381706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 1078400 - 1078212
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1078400 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattattaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 1078301  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  1078300 tcggatctacgacatgtttgatttaccaagaatattaagaattagggtattaagaatacctggataaagcttttgtaacagccctctca 1078212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 44410186 - 44409998
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  44410186 tgttggaaatttaggtcttactaaaaacagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatga 44410087  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  44410086 acggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctggataaagcttttatggcagccctctcaac 44409998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 31058220 - 31058033
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31058220 tgttagaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 31058121  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||| || |||| || ||| ||||||||    
T  31058120 tcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaagaatacttggataaaacttttgtagcaaccctctca 31058033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 189 - 376
Target Start/End: Original strand, 24963685 - 24963874
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||| |||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24963685 tgttgaaaatttagatcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacgaatatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatga 24963784  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 376  Q
     |||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  24963785 acggatctacgccatgtttgatttatcaagaatagtaagaattaaagtattaggaatacctgaagatgaagctttggtggtagccctctc 24963874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 189 - 376
Target Start/End: Original strand, 24926738 - 24926926
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||| |||||||  |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||    
T  24926738 tgttgaaaatttaggtcttaataaaaacagatt-cataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaccaaaacattgaacattaatatga 24926836  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 376  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  24926837 acggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaagaattaacgtattaggaatacctgaagatgaagctttggtggcagcactctc 24926926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 12183562 - 12183738
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaat-----tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgat 283  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||     ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||    
T  12183562 tgttggaaatttagttcttaataaaaatagatttcataaaatatgttcaacaatataattatgaatcaatagtggaagcaaacaaaatattgaacataat 12183661  T
Q  284 tatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||| || |||||||    
T  12183662 tatgattggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaatttgagtattaggaatacctgaataaagcttt 12183738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 222 - 377
Target Start/End: Original strand, 8092862 - 8093017
Alignment:
Q  222 tcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggat 321  Q
    |||||| |||| |||||||||  | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  8092862 tcataatacatattcaacaatcgtaaatcaatagcagaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctatgacatgtttgatttatcaaggat 8092961  T
Q  322 attaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||| || |||| |||||||    
T  8092962 attaagaatttgggtatgaggaatacctggataaagcttttgtagcagtcctctca 8093017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 222 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 31051687 - 31051557
Alignment:
Q  222 tcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggat 321  Q
    |||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  31051687 tcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattggatctacgacatgtttgatttatcaa-gat 31051589  T
Q  322 attaagaattagggtattaggaatatctggat 353  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  31051588 attaagaattagggtattaagaatacctggat 31051557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 204 - 379
Target Start/End: Original strand, 38151974 - 38152142
Alignment:
Q  204 tcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacat 303  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||      |||||| ||||||||||||    
T  38151974 tcttaata-aaatagatttcataaaacatgttcaacaattattaatcaacagcggaagcaaacaaaatattgaac------atgatcagatctacgacat 38152066  T
Q  304 gttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || ||  |||||||||    
T  38152067 gtttgatttatcaaacatattaagaattagggtattaggaatacctgaatgaaactttgatgacaatcctctcaac 38152142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 189 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 27955336 - 27955219
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||| ||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27955336 tgttagaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgtttaataatcat-aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 27955238  T
Q  289 tcggatctacgacatgttt 307  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  27955237 tcggatctacaacatgttt 27955219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 8650786 - 8650974
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8650786 tgttgtaaatttagctcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 8650885  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  8650886 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 8650974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 32035269 - 32035457
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32035269 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 32035368  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  32035369 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 32035457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 21782736 - 21782924
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21782736 tgttagaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 21782835  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  21782836 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatagctggataaagctttcaaggcagccctctca 21782924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 189 - 346
Target Start/End: Original strand, 8662764 - 8662921
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8662764 tgttgtaaatttagctcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 8662863  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 346  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8662864 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaata 8662921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 4580304 - 4580476
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4580304 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaactatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 4580403  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  4580404 tcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 4580476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 21190849 - 21191037
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21190849 tgttggaaatttaggtcttattataaacagatttcataaaatatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 21190948  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  21190949 tcggatctacgatatatttgatttatcaaagatattaagaattagggtattagaaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 21191037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 25354388 - 25354200
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25354388 tgttggaaatttagatcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaagcattgaacatgattatg 25354289  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  25354288 atcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagccctctca 25354200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Original strand, 31756196 - 31756388
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaata--gatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31756196 tgttggaaatttaggtcttaataaaaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaacaacggaagcaaataaaacattgaacatgattat 31756295  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
     |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  || |||||||||||||    
T  31756296 aatcggatctacgacatgtttgaattatcaaggatattaagaattagggtattatgaatatctggatagagctttcatgacagccctctcaac 31756388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Original strand, 21197004 - 21197192
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  || || || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  21197004 tgttggaaatttaggtcatagtaaaaacagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataagtatga 21197103  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
     ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||| |||||| || ||||  ||||||||||||||||    
T  21197104 acggatctacaacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattatgaatacctggataaatcttttatggcagccctctcaac 21197192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 189 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 18778760 - 18778573
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaa-catgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  |||||||  ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  18778760 tgttggaaatttaggtcttaattaaaacaaatttcataaaaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacgttgaacataattatg 18778661  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaatta-gggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| || ||||  ||||||||||||    
T  18778660 atcggatctacgacgtatttgatttatcaa-tatattaagaattaggggttttaggaatacctggataaaactttcatggcagccctct 18778573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 189 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 25343805 - 25343617
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaa-tataaatagatttcataaaa----catgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgat 283  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||| | ||||||||| |    |||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25343805 tgttggaaatttatatcttaattaaaaacaaatttcataatacatgcatgttcaacaatcgtaaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgat 25343706  T
Q  284 tatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccct 373  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||| || ||||||||    
T  25343705 tatgatcggatctacgacatttttgatttatcaa-gatattaagaattagagtattaggaatacctagataaagcttttgtagcagccct 25343617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 217 - 379
Target Start/End: Original strand, 21770569 - 21770729
Alignment:
Q  217 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 316  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||  | ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  21770569 agatttcataatacatgatcaacaatcgtaaattaatagaggaagtaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatca 21770668  T
Q  317 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||    
T  21770669 aggatatcaagaatta--gtattaggaatatctgaataaagcttttatggcagccctctcaac 21770729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 221 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 17581770 - 17581621
Alignment:
Q  221 ttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaagga 320  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |         
T  17581770 ttcataaaacatgttcaactattatgaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattattataggatctacgacatgtttgatttacc----- 17581676  T
Q  321 tattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
        |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  || |||||||||||||    
T  17581675 ----aagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatgacagccctctcaac 17581621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 234 - 379
Target Start/End: Original strand, 21783337 - 21783480
Alignment:
Q  234 ttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattag 333  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  21783337 ttcaacaatagtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta- 21783435  T
Q  334 ggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
     |||||||||||| ||| || |||||||  ||||| ||||||||||    
T  21783436 -gtattaggaatacctgaataaagcttttatggcacccctctcaac 21783480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 234 - 379
Target Start/End: Original strand, 21789560 - 21789703
Alignment:
Q  234 ttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattag 333  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  21789560 ttcaacaatagtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta- 21789658  T
Q  334 ggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
     |||||||||||| ||| || |||||||  ||||| ||||||||||    
T  21789659 -gtattaggaatacctgaataaagcttttatggcacccctctcaac 21789703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 219 - 333
Target Start/End: Original strand, 34603344 - 34603457
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 318  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  34603344 atttaataaaacatgtgtaacaattatgaataaatagcg-aagcaaacaaagcattgaacataattatgatcggatctatggcatgtttgatttatcaag 34603442  T
Q  319 gatattaagaattag 333  Q
    |||||||| ||||||    
T  34603443 gatattaacaattag 34603457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 219 - 333
Target Start/End: Original strand, 34724621 - 34724734
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 318  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  34724621 atttaataaaacatgtgtaacaattatgaataaatagcg-aagcaaacaaagcattgaacataattatgatcggatctatggcatgtttgatttatcaag 34724719  T
Q  319 gatattaagaattag 333  Q
    |||||||| ||||||    
T  34724720 gatattaacaattag 34724734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 219 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6098127 - 6098000
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaa---ttatgaatcaa-tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttat 314  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    || |||||||||||| ||||| ||||||    
T  6098127 atttcataaaacatgttcaacaacaattatgaatcaaatagcggaagtagacaaaacattgaacatgaa---gaacggatctacgacgtgtttgatttat 6098031  T
Q  315 caaggatattaagaattagggtattaggaata 346  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  6098030 caag-atgttaagaattagggtattaggaata 6098000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 382
Target Start/End: Original strand, 17900174 - 17900313
Alignment:
Q  241 attatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtatta 340  Q
    ||||||||| | ||| |||||||||||||| |||| |||| | |||| ||| |||||| ||||||||  |  |||||||||||||| ||| | ||||||     
T  17900174 attatgaattattaggggaagcaaacaaaaaattgtacataaatatgttcgaatctacaacatgtttggtccatcaaggatattaataatca-ggtattt 17900272  T
Q  341 ggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaactga 382  Q
    ||||||||| ||| |||||||  |||||||||| ||||||||    
T  17900273 ggaatatct-gattaagctttaatggcagccctttcaactga 17900313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 6102773 - 6102693
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaa---ttatgaatcaa-tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatc 295  Q
    ||||||||||| |||||||||||   | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  6102773 atttcataaaatatgttcaacaacaatcatgaatcaaatagcggaagcagacaaaacattgaacatcaatatgaacggatc 6102693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 285 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 1106294 - 1106232
Alignment:
Q  285 atgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaatt-agggtattaggaata 346  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||| |||| | |||||||||||||    
T  1106294 atgatcggatctacaacatgtttgattcatcaagaatattaataattcaaggtattaggaata 1106232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0236 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:

Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 5711 - 5523
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5711 tgttggaaatttagctcttgatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 5612  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  5611 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 5523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 351962 - 351774
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  351962 tgttggaaatttagctcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 351863  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  351862 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 351774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 189 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 339547 - 339377
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  339547 tgttggaaatttagctcttaatataaagagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 339448  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagct 359  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  339447 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagct 339377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 3817294 - 3817466
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3817294 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 3817393  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  3817394 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 3817466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 28420942 - 28421130
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28420942 tgttggaaatttagctcttgatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 28421041  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  28421042 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 28421130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 3811152 - 3811324
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3811152 tgttggaaatgtaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 3811251  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  3811252 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 3811324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 42767277 - 42767466
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42767277 tgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatg 42767376  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  42767377 atcggatctacgacatatttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggataaagcttttgtagcagccctctca 42767466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 20239127 - 20238939
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20239127 tgttggaaatttaggtcttaatataaacaaatttcataaaacatgttcaacaatcatacatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 20239028  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  20239027 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 20238939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 189 - 374
Target Start/End: Original strand, 35147986 - 35148173
Alignment:
Q  189 tgttggaaattt-atctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35147986 tgttggaaattttatgtcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 35148085  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaatta-gggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctc 374  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||  ||| |||||||    
T  35148086 atcggatctacgacacgtttgatttatcaaggatattaagaattaggggtattaggaatacctggataaagctttcatggtagccctc 35148173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 189 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 12804176 - 12803987
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||    
T  12804176 tgttggaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaagcaaaacattgaacatgaacatga 12804077  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatct--ggatgaagctttggtggcagccctctc 376  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  12804076 acggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaagaattagggtattaagaatacctggggatgaagctttggtagcagccctctc 12803987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 214 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 26383777 - 26383612
Alignment:
Q  214 aatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttattta 313  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26383777 aatagatttcataagacatgttcaacaattatgaatcaacaacagaaacaaacaaaatattgaacatgatcatgatcggatctacgacatgtttgattta 26383678  T
Q  314 tcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26383677 tcaagcatactaagaattagggtattaggaataccttgatgaagctttgatggcagccctctcaac 26383612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 204 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 43540146 - 43539988
Alignment:
Q  204 tcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacat 303  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43540146 tcttaataaaaacagatttcatagaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaattaaataaaatattgaacatgattatgatcggatctacaacat 43540047  T
Q  304 gttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttg 362  Q
    |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  43540046 gtttgatttatcaagaatattaaaaattagggtattatgaatacctggatgaagctttg 43539988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 5849702 - 5849511
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaac-atgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    ||||| |||||||  |||||||| ||| | |||| ||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  5849702 tgttgcaaatttaggtcttaataaaaacaaattttataaaattatgttcaatgattatgaatcaatagcggaagcaaccaaaacattgaacataaatatg 5849603  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || |||| ||||||||    
T  5849602 aacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattaggatattaggaatacctggatgaagctttaatgacagctctctcaac 5849511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 189 - 375
Target Start/End: Original strand, 22741901 - 22742092
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaat-------caatagcggaagcaaacaaaacattgaacatg 281  Q
    |||||||||||||  ||| ||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  22741901 tgttggaaatttaggtctcaataagaacaggtttcataaaacatgttcaacaattatgaatgaatcaacaatagcggaagcaaactgaacattgaacatg 22742000  T
Q  282 attatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  22742001 attatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattgaggatta-ggtattaggaatacctggatgaagctatggtggcagccctct 22742092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 5979156 - 5979345
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    ||||| |||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5979156 tgttgaaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttgaacaatcgtaaatcaatagcgaaagcaaacaaactattgaacatgattatg 5979255  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    || ||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| ||||||    
T  5979256 attggatctacgacatgtttgatttattaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagctctctca 5979345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 229 - 361
Target Start/End: Original strand, 30219269 - 30219401
Alignment:
Q  229 acatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaaga 328  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  30219269 acatgttcaataattatgaatcattagcggaatcaaacaaaacgttgaacatgaatatgaacggatctacgacatgtttgatttattaaagatattaaga 30219368  T
Q  329 attagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  30219369 attatggtattaggaatatctggataaagcttt 30219401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 213 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 26381221 - 26381065
Alignment:
Q  213 aaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttattt 312  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | | || |||||| || |||||||||||| |||||| |||||||         |||||    
T  26381221 aaatagatttcataagacatgttcaacaattatgaatcaagggggaaaacaaacacaatattgaacatgatcatgatcagatctac---------tattt 26381131  T
Q  313 atcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    |||||| ||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  26381130 atcaagcatgctaagaattagggtattaggagta-ctggatgaagctttgatgacaaccctctcaac 26381065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 257 - 333
Target Start/End: Original strand, 18666547 - 18666622
Alignment:
Q  257 ggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattag 333  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||    
T  18666547 ggaagcaaacaaaacattgaacttgattatgatcagat-tacgacatgtttgatttagcaatgatattaataattag 18666622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 324 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 15843988 - 15843937
Alignment:
Q  324 taagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  15843988 taagaattagggtattaggaatacctggatcaagctttcatagcagccctct 15843937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 324 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 15861097 - 15861046
Alignment:
Q  324 taagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  15861097 taagaattagggtattaggaatacctggatcaagctttcatagcagccctct 15861046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 10244317 - 10244505
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10244317 tgttggaaatttagctcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 10244416  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   | |||||||||||    
T  10244417 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaagacagccctctca 10244505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 189 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 8331963 - 8331776
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8331963 tgttggaaatttagctcttaatataaatagattttataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 8331864  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctc 376  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||    
T  8331863 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctc 8331776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 10238195 - 10238383
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10238195 tgttggaaatttagctcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 10238294  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   | |||||||||||    
T  10238295 tcagatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaagacagccctctca 10238383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 11839708 - 11839896
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11839708 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcatgatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 11839807  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  11839808 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 11839896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 49151788 - 49151600
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49151788 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 49151689  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  49151688 tcggatctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 49151600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 49157855 - 49157667
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49157855 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 49157756  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  49157755 tcggatctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 49157667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 42191203 - 42191391
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42191203 tgttggaaatataggtcttaatataaatagatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatga 42191302  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  42191303 tcggatctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 42191391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 42197145 - 42197333
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42197145 tgttggaaatataggtcttaatataaatagatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatga 42197244  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  42197245 tcggatctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 42197333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 38455535 - 38455721
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38455535 tgttggaaatttcggtcttaatataaa--gatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 38455632  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  38455633 tcggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcgaggcagccctctca 38455721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 10760633 - 10760821
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  ||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10760633 tgttggaaatttaggtcttattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatga 10760732  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  10760733 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 10760821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 192 - 375
Target Start/End: Original strand, 55003398 - 55003581
Alignment:
Q  192 tggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcg 291  Q
    ||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  55003398 tggaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcg 55003497  T
Q  292 gatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  | ||||||||||    
T  55003498 gatctacgacatgtttaatttatcaagtatattaagaattagggtattagaaatatctggataaagctttcatagcagccctct 55003581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 38449048 - 38449234
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38449048 tgttggaaatttcggtcttaatataaa--gatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 38449145  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| | |||||||||||||    
T  38449146 tcggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcgaggcagccctctca 38449234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 11846046 - 11846234
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||  ||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11846046 tgttggaaatttaggtcttaattaaaacagattttataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 11846145  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  11846146 tcggatctacgacatgtttgatttatcaagtatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacagccctctca 11846234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 30051085 - 30051257
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30051085 tgttgaaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattataa 30051184  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  30051185 tcagatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 30051257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 220 - 375
Target Start/End: Original strand, 17055807 - 17055962
Alignment:
Q  220 tttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaagg 319  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17055807 tttcataaaatatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagg 17055906  T
Q  320 atattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  17055907 atattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 17055962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 10766854 - 10767026
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  ||||| || ||| | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10766854 tgttggaaatttaggtcttattaaaaacaaatttcataatacatgttcaacaattataaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 10766953  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10766954 ccggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 10767026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 193 - 377
Target Start/End: Original strand, 17593268 - 17593453
Alignment:
Q  193 ggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcg 291  Q
    |||||||||  ||||||| | ||||| ||||||||| | ||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17593268 ggaaatttaggtcttaattaaaaatatatttcataatagatgttcaacaatcgtaaatcaatcgcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcg 17593367  T
Q  292 gatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| | |||||||||||||    
T  17593368 gatctacgacatgtttaatttatcaagaatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcgaggcagccctctca 17593453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 188 - 339
Target Start/End: Original strand, 48128029 - 48128180
Alignment:
Q  188 gtgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    ||||||||||||||  ||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48128029 gtgttggaaatttaggtctcaataaaaacagatttcatgaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaaacaaacaaaacattgaacatgattatg 48128128  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtatt 339  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  48128129 atcggttctacgacatgtttgatttattaagaatattaagaattagggtatt 48128180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 195 - 353
Target Start/End: Original strand, 53069043 - 53069202
Alignment:
Q  195 aaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggat 294  Q
    |||||||  |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53069043 aaatttaggtcttaataaaaacagattttataaaacatgttcaacaattataaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggat 53069142  T
Q  295 ctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaatta-gggtattaggaatatctggat 353  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||    
T  53069143 ctatgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatcaggggtattaagaatacctggat 53069202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 189 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 28965042 - 28964862
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28965042 tgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataaaacatgttcaacaat---gaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 28964946  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgga-tgaagctttggtggcagcc 371  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || | ||| |  |||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||    
T  28964945 atcggatctacgacatgtttgatttatcaaagatatcaatagtta-gaaattaggaatacctggattgaagctttgatggaagcc 28964862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 253 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 34300609 - 34300483
Alignment:
Q  253 tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgga 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  34300609 tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatatttgatttataaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaa 34300510  T
Q  353 tgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    | |||||||  ||||| ||||||||||    
T  34300509 ttaagctttcatggcaaccctctcaac 34300483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 189 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13445227 - 13445080
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||| ||||||||  ||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||          ||||    
T  13445227 tgttagaaatttaggtctaaataaaaatagatttgatagaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaataaaacatt----------atga 13445138  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 346  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13445137 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 13445080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 219 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 46656830 - 46656670
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 318  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||| ||| |||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||     
T  46656830 atttcataaaacatgttcaataaatatgaattaatagctgaagtaaataaaacattcaatataattatgatcggatctacgatatgtttgatttatcaat 46656731  T
Q  319 gatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||  || || ||||||||||    
T  46656730 gatattgagaatgagggtattagaaatacctgaatgaagctttcatgacaaccctctcaac 46656670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 224 - 313
Target Start/End: Original strand, 24643570 - 24643665
Alignment:
Q  224 ataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaac------atgattatgatcggatctacgacatgttttattta 313  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24643570 ataaaacatgttcaacatttatgaatcaatagcggaagtaaataaaacattgaacatgattatgattatgatcggatctacgatatgttttattta 24643665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 255 - 359
Target Start/End: Original strand, 12108716 - 12108820
Alignment:
Q  255 gcggaagcaaa-caaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggat 353  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| ||    
T  12108716 gcggaagcaaatcaaaacattgaatatgattatgatttgatctaagacatgtttgatttatcaaggatattaacaatta-ggtattaagaatacctgaat 12108814  T
Q  354 gaagct 359  Q
    ||||||    
T  12108815 gaagct 12108820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 12686162 - 12686350
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12686162 tgttggaaatttagctcttgatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 12686261  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  12686262 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 12686350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 12692264 - 12692452
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12692264 tgttggaaatttagctcttgatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 12692363  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  12692364 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 12692452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 28525369 - 28525557
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28525369 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 28525468  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  28525469 tcggatctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 28525557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 28531465 - 28531653
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28531465 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 28531564  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  28531565 tcggatctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 28531653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 7389531 - 7389702
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7389531 tgttggaaatttaggtcttaatataaacaaatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 7389630  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  7389631 tcggatccacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 7389702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 189 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 41297453 - 41297291
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41297453 tgttggaaatttgggtcttaatataaagagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacataattatga 41297354  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgg 351  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  41297353 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatataaagaattagggtattaggaatacctgg 41297291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 204 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 24054496 - 24054338
Alignment:
Q  204 tcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacat 303  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24054496 tcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattataaatctatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacat 24054397  T
Q  304 gttttatttatcaaggatattaagaattaggg-tattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  24054396 gtttgatttatcaaggatattaagaatttgggatattaggaatacctggataaagcttt 24054338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 217 - 361
Target Start/End: Original strand, 30384389 - 30384532
Alignment:
Q  217 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||    
T  30384389 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacacgattatgatcggatcta-gacatgtctgatttatca 30384487  T
Q  317 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  30384488 aggatattaagaataagggtattaagaatacctggatgaagcttt 30384532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 30772460 - 30772269
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaa-cattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  30772460 tgttggaaatttagttcttaataaaaataaatttcataaaacatgttcaataattatgaataaacagtggaagcaaacaaaaacaatgaacatgattatg 30772361  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||  ||||||||||||||||    
T  30772360 atcggatcgacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggattacctggataaagtttttatggcagccctctcaac 30772269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 188 - 379
Target Start/End: Original strand, 32094141 - 32094332
Alignment:
Q  188 gtgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    ||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||| |||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32094141 gtgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagattttataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 32094240  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||||    
T  32094241 gataggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta-ggtattaggaatacctgaataaagctttcatagcagccctctcaac 32094332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 190 - 376
Target Start/End: Original strand, 19066091 - 19066279
Alignment:
Q  190 gttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgat 289  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||| | |||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||     
T  19066091 gttggaaatttaagtcttaataaaaacatatttcataaaccatgttcaacgattataaatcattagcggaagcaaacaaaacattaagcatgaatatgaa 19066190  T
Q  290 cggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 376  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  19066191 cggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattatggtattaggaataccaggagatgaagctttggtggcagctctctc 19066279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Original strand, 32096943 - 32097133
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32096943 tgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 32097042  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| || |||||||  | |||| |||||||||    
T  32097043 ataggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta-ggtattaggattacctgaataaagctttcatagcagtcctctcaac 32097133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 189 - 376
Target Start/End: Original strand, 19059747 - 19059936
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| | |||||||||||| | |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||| |    
T  19059747 tgttggaaatttaggtcttaataaaaacatatttcataaaacgtattcaacgattataaatcattaggggaagcaaacaaaatattaaacatgaatataa 19059846  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 376  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19059847 acggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattagaaatacctggagatgaagctttggtggcagccctctc 19059936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 189 - 341
Target Start/End: Original strand, 16215157 - 16215309
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||| ||||||||  |||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16215157 tgttagaaatttaggtctttataaaaacagatttcataacacatattcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacatttaacatgattatga 16215256  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattag 341  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16215257 ttggatctacgaaatgtttgatttatcaaggatattaaaaattagggtattag 16215309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 217 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 14610297 - 14610184
Alignment:
Q  217 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  14610297 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaattaatagcggaagcaaataaaccattgaacatgattatgatcggatttacgacatgtttgatttatca 14610198  T
Q  317 aggatattaagaat 330  Q
    ||||||||||||||    
T  14610197 aggatattaagaat 14610184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 208 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 26510004 - 26509838
Alignment:
Q  208 aatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttt 307  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||   | ||||||||| |||    
T  26510004 aataaaaacagatttcataaaacatgttcaatcattatgaa---atagtggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatataaactacgacatattt 26509908  T
Q  308 tatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
     ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||    
T  26509907 gattcatcaa-gatattaagaatta-ggtattaggaatatatgaatgaagctttgatgacagtcctctcaac 26509838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 272 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 20500231 - 20500124
Alignment:
Q  272 attgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagcc 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||| || ||||  ||||||||    
T  20500231 attgaacatgattatgatcggatctacgacatacttgatttatcaaggatactaagaattagagtattagaaatacctggataaaacttttatggcagcc 20500132  T
Q  372 ctctcaac 379  Q
    ||||||||    
T  20500131 ctctcaac 20500124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 219 - 336
Target Start/End: Original strand, 26316805 - 26316922
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 318  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |     
T  26316805 atttcataaaacatgttcaataattttaaattaatagtggaagcaaaaaaaacattgaacattaatatgattggatctaggacatgtttgatttatctac 26316904  T
Q  319 gatattaagaattagggt 336  Q
    | |||||| |||||||||    
T  26316905 ggtattaataattagggt 26316922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 267 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 28542336 - 28542269
Alignment:
Q  267 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagg 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28542336 aaaacattgaacatgattatgatcgaaactacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagg 28542269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 219 - 331
Target Start/End: Original strand, 37896311 - 37896423
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 318  Q
    |||||||||| ||| || || ||| ||||||||| ||| |||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  37896311 atttcataaatcatatttaataatcatgaatcaacagcagaagtaaataaaatgttgaacatgattatgatcggatctacgacatgattgatttatcaag 37896410  T
Q  319 gatattaagaatt 331  Q
     ||||||| ||||    
T  37896411 aatattaataatt 37896423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 195 - 249
Target Start/End: Original strand, 8706454 - 8706508
Alignment:
Q  195 aaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaat 249  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8706454 aaatttaggtcttaataaaaatagatttcataaaatatgttcaacaattatgaat 8706508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 316 - 346
Target Start/End: Original strand, 8706532 - 8706562
Alignment:
Q  316 aaggatattaagaattagggtattaggaata 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8706532 aaggatattaagaattagggtattaggaata 8706562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 248 - 304
Target Start/End: Original strand, 33753294 - 33753350
Alignment:
Q  248 atcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatg 304  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||| |||||| |||||    
T  33753294 atcattagcggaagcaaaaaaaactttgagcatgaatatgatcgaatctacaacatg 33753350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 28682928 - 28683100
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28682928 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 28683027  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  28683028 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 28683100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 189 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 36750591 - 36750405
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36750591 tgttggaaatttaagtcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 36750492  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  | ||||||||||    
T  36750491 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcatagcagccctct 36750405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 194 - 377
Target Start/End: Original strand, 35090637 - 35090820
Alignment:
Q  194 gaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 293  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35090637 gaaatttaggtcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 35090736  T
Q  294 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  35090737 tctacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcatggcagccctctca 35090820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 13456276 - 13456088
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13456276 tgttggaaatataggtcttaatataaatagatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatga 13456177  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  13456176 tcggatctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 13456088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 13462217 - 13462029
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13462217 tgttggaaatataggtcttaatataaatagatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatga 13462118  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  13462117 tcggatctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 13462029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 195 - 377
Target Start/End: Original strand, 35084665 - 35084847
Alignment:
Q  195 aaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggat 294  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35084665 aaatttaggtcttaatataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaaatgattatgatcggat 35084764  T
Q  295 ctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  35084765 ctacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcatggcagccctctca 35084847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 31002554 - 31002365
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31002554 tgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatg 31002455  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| || ||||||||||||    
T  31002454 atcggatctacgacatgtttgatttatcaagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtagcagccctctca 31002365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 31008532 - 31008343
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31008532 tgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatg 31008433  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| || ||||||||||||    
T  31008432 atcggatctacgacatgtttgatttatcaagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtagcagccctctca 31008343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 44716787 - 44716976
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaac-aaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||| ||||||||  |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  44716787 tgttagaaatttaggtcttaataaaaacagatatcataaaacatgttcaacggttatcaatcaatagcggaagcaaaagaaaacattgaacatgattatg 44716886  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| ||||||    
T  44716887 atcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagctctctca 44716976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 194 - 377
Target Start/End: Original strand, 13149674 - 13149855
Alignment:
Q  194 gaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 293  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13149674 gaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 13149773  T
Q  294 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||| || |||| || ||||||||||||    
T  13149774 tctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaagaatacct-gataaaacttttgtagcagccctctca 13149855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 30965505 - 30965316
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||| ||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30965505 tgttagaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatg 30965406  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||| || || |||| || ||||||||||||    
T  30965405 atcggatctacgacatgtttgatttatcaattattttaagaattagggtattaggaatacctgtataaatcttttgtagcagccctctca 30965316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 187 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 23343739 - 23343548
Alignment:
Q  187 agtgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||  || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23343739 agtgtttgaaatttagatcttgataagaagagatttcataaaacatgttcaacgattacgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatat 23343640  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 376  Q
    || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  23343639 gaacgaatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagagttggggtattaggaatacatggagatgaaactttggtggcagccctctc 23343548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 189 - 376
Target Start/End: Original strand, 11048536 - 11048723
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  ||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048536 tgttggaaatttaggtcttattaaaaataaatttcataaaacatgtccaacaattatgaatcaatagctgaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 11048635  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctc 376  Q
    | |||| |||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||| |||||||  || ||||||||||    
T  11048636 ttggatatacgtcatgtttgatgtaccaaggatattaagaattagggcactaggaatacttggataaagcttttatgacagccctctc 11048723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 189 - 313
Target Start/End: Original strand, 35438693 - 35438816
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||   ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35438693 tgttggaaatttaggccttaata-aaacaaatttcataaaacatgttcaacagttatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatga 35438791  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttattta 313  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    
T  35438792 tcggatctacgacatgtttgattta 35438816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 208 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 29833365 - 29833197
Alignment:
Q  208 aatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttt 307  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  29833365 aatataaagagatttcataatacatgtttaataattgtgaatcaataacggaaacaaataaaatattgaacataattatgatcggatcgacaacatgttt 29833266  T
Q  308 tatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
     ||||||||| ||||  || ||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||| || || ||||||||||    
T  29833265 gatttatcaa-gataacaataatta-ggtattaagaatacctggatgaag-tttgatgacaaccctctcaac 29833197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 277
Target Start/End: Original strand, 1388022 - 1388090
Alignment:
Q  208 aatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaa 277  Q
    |||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1388022 aataaaaatatacttcataaaacat-ttcaataattatgaatcaataacggaaacaaacaaaacattgaa 1388090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 267 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 31651703 - 31651664
Alignment:
Q  267 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  31651703 aaaacattgaacatgattatgatcggatttatgacatgtt 31651664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 5542143 - 5542331
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5542143 tgttggaaatttaggttttaatataaatagattttataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 5542242  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||   |||||||||||||    
T  5542243 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctagataaagctttcaaggcagccctctca 5542331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 32891065 - 32890893
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32891065 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 32890966  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  32890965 tcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 32890893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 32897189 - 32897017
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32897189 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 32897090  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  32897089 tcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 32897017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 189 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 9935455 - 9935269
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9935455 tgttggaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaatatgattatga 9935356  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  | ||||||||||    
T  9935355 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaatctttcatagcagccctct 9935269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 7771408 - 7771221
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7771408 tgttggaaatttaggtcttaatataaacagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 7771309  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||| ||||||||    
T  7771308 tcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaagaatacctggat-aagcttttgtagcaaccctctca 7771221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 187 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 14418116 - 14417931
Alignment:
Q  187 agtgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14418116 agtgttggaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgtttaac---tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 14418020  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  14418019 gatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 14417931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 189 - 353
Target Start/End: Original strand, 14799399 - 14799562
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14799399 tgttggaaatttaggtcttaatataaacaaatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 14799498  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggat 353  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14799499 tcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggat 14799562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 187 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 36819149 - 36818960
Alignment:
Q  187 agtgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36819149 agtgttggaaatttaggtcttaatataaacaaatctcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagtggaagcaaacaaaacattgaatatgattat 36819050  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || || |||||||||    
T  36819049 gatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagccgccctctca 36818960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 192 - 361
Target Start/End: Original strand, 42992989 - 42993158
Alignment:
Q  192 tggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatc 290  Q
    ||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42992989 tggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatc 42993088  T
Q  291 ggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||    
T  42993089 ggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaataccttgataaagcttt 42993158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 204 - 379
Target Start/End: Original strand, 22219714 - 22219891
Alignment:
Q  204 tcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaac-aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgaca 302  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22219714 tcttaataaaaagagatttcataaaacatgttcaatagttatgaatcaatagcagaagaaaaagaaaactttgaacatgattatgatcggatctacgaca 22219813  T
Q  303 tgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgga-tgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  22219814 tgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggattgaagctttgatggcagccctctcaac 22219891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Original strand, 1882734 - 1882928
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaat-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1882734 tgttggaaatttaggtcttaatataaaacagatttcatagaacatgttcaacaattaagaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatg 1882833  T
Q  288 atcggatct-acgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    | ||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  1882834 aacggatctaatgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggagatgaagctttcatggcagccctctcaac 1882928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 207 - 353
Target Start/End: Original strand, 39735553 - 39735699
Alignment:
Q  207 taatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtt 306  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  39735553 taataaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagtaaataaaatattgaacatgattatgattgtatctacgacatgtt 39735652  T
Q  307 ttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggat 353  Q
    | ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  39735653 tgatttatcaaagatattaagaactagggtataaggaatacctggat 39735699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10706020 - 10705826
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10706020 tgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgtttaacaatcgtaaatcaatagcgtaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 10705921  T
Q  288 at------cggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  10705920 attatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggattacctggataaagcttttgtagcagccctctca 10705826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 207 - 379
Target Start/End: Original strand, 39727321 - 39727484
Alignment:
Q  207 taatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtt 306  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||    
T  39727321 taataaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaataacggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatc---------acatgtt 39727411  T
Q  307 ttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||  || ||||  ||||| ||||||||||    
T  39727412 tgatttatcaaggatattaagaattagggtataagaaatacctggaaaaaactttcttggcaaccctctcaac 39727484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 267 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10700127 - 10700018
Alignment:
Q  267 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtgg 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || |    
T  10700127 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatatctggataaaacttttgtag 10700029  T
Q  367 cagccctctca 377  Q
    |||||||||||    
T  10700028 cagccctctca 10700018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 219 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 24250249 - 24250171
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatcta 297  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  24250249 atttcataaaacatgttgaacaaatatgaatcaatagcggaaacaaacaaaatattgaacattattatgatcggatcta 24250171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 217 - 288
Target Start/End: Original strand, 31399048 - 31399119
Alignment:
Q  217 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  31399048 agatttaataacatatgttcaataattatgaatcaatagtggaggcaaacaatacattgaacatgattatga 31399119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 194 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 1171493 - 1171414
Alignment:
Q  194 gaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacatt 274  Q
    ||||||||  |||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  1171493 gaaatttaggtcttaata-aaacagatttcatgaaacatattcaacaattatgattcaaccgcggaagcaaacaaaacatt 1171414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 286
Target Start/End: Original strand, 31379435 - 31379502
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  31379435 atttcataacacatgtttaataattatgaatcaatgacggaggcaaataaaacattgaacatgattat 31379502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 42033930 - 42033856
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaa 265  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  42033930 tgttggaaatttaggtcttactaaaaatagatttcataaaaca--ttcaacaacaatgaatcaatagcagaagcaaa 42033856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 240 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 17954632 - 17954565
Alignment:
Q  240 aattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttt 307  Q
    |||||||||||| || |||||||||| | |||||| ||||||| |||||| ||||| || ||||||||    
T  17954632 aattatgaatcattaacggaagcaaaaacaacattaaacatgaatatgattggatccacaacatgttt 17954565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 206 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 39689821 - 39689782
Alignment:
Q  206 ttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattat 245  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39689821 ttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattat 39689782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 10733229 - 10733417
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10733229 tgttggacatttagctcttaacataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatga 10733328  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  10733329 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 10733417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 10739322 - 10739510
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10739322 tgttggacatttagctcttaacataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 10739421  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  10739422 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 10739510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 10946998 - 10947186
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10946998 tgttggacatttagctcttaacataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatga 10947097  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  10947098 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 10947186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 10953091 - 10953279
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10953091 tgttggacatttagctcttaacataaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 10953190  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  10953191 tcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 10953279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Original strand, 6257188 - 6257376
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6257188 tgttggaaatttaggtcttaatataaatagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 6257287  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  6257288 tcggatctacaacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattaggatattaggaatacctggataaagctttcgtagcagccctctca 6257376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 189 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 24288161 - 24287977
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24288161 tgttggaaatttaggtcttaata--aatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 24288064  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  | ||||||||||    
T  24288063 tcgtatctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcatagcagccctct 24287977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 186 - 377
Target Start/End: Original strand, 33458246 - 33458438
Alignment:
Q  186 cagtgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgatt 284  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| | ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33458246 cagtgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatatatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgatt 33458345  T
Q  285 atgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||||    
T  33458346 atgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcttagcagccctctca 33458438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Original strand, 26963324 - 26963512
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  26963324 tgttggaaatttaggtcttaataaaaacaaatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataagtatga 26963423  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||||    
T  26963424 acggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctggataaagcttttatggtagccctctcaac 26963512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 48161132 - 48160948
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48161132 tgttagaaatttaggtcttaataaaaatagatttcataaaatatgttcaac---tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataattatga 48161036  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||  |||||||||||    
T  48161035 tcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtaacagccctctca 48160948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 48167351 - 48167167
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48167351 tgttagaaatttaggtcttaataaaaatagatttcataaaatatgttcaac---tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataattatga 48167255  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||  |||||||||||    
T  48167254 tcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtaacagccctctca 48167167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 189 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 50168769 - 50168588
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50168769 tgttggaaatttaggtcttaataaaaccagattacataaaacacgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 50168670  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagcc 371  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| ||| |||||  ||||||||    
T  50168669 tcgaatatacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaatta-ggtataaggaatacctggttgaggctttcatggcagcc 50168588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 231 - 377
Target Start/End: Original strand, 33461418 - 33461563
Alignment:
Q  231 atgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaat 330  Q
    ||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  33461418 atgttcaacaatcgtaaatcaatagtggaagcaaacaaaacattgaacatgattatggtcggatttacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaat 33461516  T
Q  331 tagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||    
T  33461517 tagggtattaggaatatctggataaagcttttgcagcagccctctca 33461563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 189 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 49976763 - 49976609
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||| ||||||||  | |||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49976763 tgttagaaatttagattttaataaaaacaaatttcataaaacatattcaacaattatgaatcgatagcgaaagcaaacaaaacattgaatatgattatga 49976664  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 346  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||||    
T  49976663 tcggatctacgacatgtttgatttatcaagga---taataattagagtattaggaata 49976609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 189 - 306
Target Start/End: Original strand, 26956812 - 26956929
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||    
T  26956812 tgttggaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacataagtatga 26956911  T
Q  289 tcggatctacgacatgtt 306  Q
     |||||||||||||||||    
T  26956912 acggatctacgacatgtt 26956929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 222 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 3769710 - 3769587
Alignment:
Q  222 tcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggat 321  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  3769710 tcataaaatatgttcaataattatgaatcaataatttaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttcattaatcaaggat 3769611  T
Q  322 attaagaattagggtattaggaata 346  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||    
T  3769610 attaataatta-ggtattaggaata 3769587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 252 - 379
Target Start/End: Original strand, 44831658 - 44831785
Alignment:
Q  252 atagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgg 351  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |    
T  44831658 atagcggaagcaaattaatcattgaacatgaatatgatcgaatctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaactagggtattaagaatacctag 44831757  T
Q  352 atgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||    
T  44831758 atgaagctttgataacaaccctctcaac 44831785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 189 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4632963 - 4632869
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgat 283  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4632963 tgttggaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattattaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgat 4632869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 219 - 346
Target Start/End: Original strand, 19686341 - 19686468
Alignment:
Q  219 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 318  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  19686341 atttcataaaacatgttcaataactataaatcaataacggaagcaaacaaaatattgaacgtaattatcatcggatctacaacatgcttgattaatcaag 19686440  T
Q  319 gatattaagaattagggtattaggaata 346  Q
     |||||||||||| |||||||| |||||    
T  19686441 catattaagaattcgggtattatgaata 19686468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 226 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 9237502 - 9237402
Alignment:
Q  226 aaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatatta 325  Q
    |||||||||||||  ||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  9237502 aaaacatgttcaatgattatgaatgaatagtcgaagcaaacagaacattgaatatgattatgctcggatttacgacatgtttgatttatcaagtatatta 9237403  T
Q  326 a 326  Q
    |    
T  9237402 a 9237402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 274 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 4632482 - 4632396
Alignment:
Q  274 tgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||    
T  4632482 tgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtatcagaaatacttggataaagcttt 4632396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 243 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 50427497 - 50427354
Alignment:
Q  243 tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgt--------tttatttatcaaggatattaagaattagg 334  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||        || |||||||||| | |||||||||||||    
T  50427497 tatgaattaatagtggaagcaatcaaaacattgaa-atgattatgatcggatgtacgacatgtttaatttattgatttatcaagaagattaagaattagg 50427399  T
Q  335 gtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    |||||||||||| ||||||  ||| ||  ||| ||||||||||||    
T  50427398 gtattaggaatacctggatatagcgttcatggaagccctctcaac 50427354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 194 - 279
Target Start/End: Original strand, 34308060 - 34308144
Alignment:
Q  194 gaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaca 279  Q
    ||||||||  |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  34308060 gaaatttacgtcttaata-aaacagattttataaaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaagcatacaaaatattgaaca 34308144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 224 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 50156086 - 50155962
Alignment:
Q  224 ataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatat 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            | ||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  50156086 ataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaag------------taaacataattaagatcggatatacgacatgtttgatttatcaagaatat 50155999  T
Q  324 taagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||| |||||  |||| |||||||| ||| ||| |||||    
T  50155998 taacaatta-cgtataaggaatatttggttgaggcttt 50155962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 194 - 294
Target Start/End: Original strand, 55473133 - 55473230
Alignment:
Q  194 gaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 293  Q
    ||||||||  |||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||| |   |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||    
T  55473133 gaaatttaggtcttaatagaaacaaatttcataaaatatgttcaataataa---atcaatagcggaagcaaataaaatattgaatatgattatgattgga 55473229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 300 - 379
Target Start/End: Original strand, 31986745 - 31986823
Alignment:
Q  300 acatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    |||||||| ||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||| |||||    
T  31986745 acatgtttgatttatcaaggataacaataattagg-tattaggaatatctgaatgaagttttgatggcggccctttcaac 31986823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 247 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 32284770 - 32284694
Alignment:
Q  247 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatat 323  Q
    ||||| |||||||| |||| |||| |||||||| || ||| ||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  32284770 aatcattagcggaaacaaataaaatattgaacaggaatataatcagatctagaacatgttttatttatcaaagatat 32284694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 35177883 - 35177806
Alignment:
Q  241 attatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 318  Q
    ||||||||| |||||| |||  |||||||||||| || |||||||| ||||||| ||| |||| ||  ||||||||||    
T  35177883 attatgaattaatagctgaaaaaaacaaaacattaaatatgattataatcggatatacaacatattagatttatcaag 35177806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 187 - 375
Target Start/End: Original strand, 603 - 788
Alignment:
Q  187 agtgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  603 agtgttggaaatttaggtcttaataaaaacagatttcataaaacatgtttaac---tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 699  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 375  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  700 gatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 188 - 361
Target Start/End: Original strand, 1175 - 1349
Alignment:
Q  188 gtgttggaaatttatctcttaat-ataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 286  Q
    ||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1175 gtgttggaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaaaggcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 1274  T
Q  287 gatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  1275 gatcggatctacgatatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 1349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Original strand, 172873 - 173045
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  172873 tgttgaaaatttaggtcttaatataaacaggtttcataaaacatgttctacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaaatgattatga 172972  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||    
T  172973 tcggatctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaattaggatattaggaatacatggataaagcttt 173045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 2)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 189 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 6699 - 6511
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaatt-atgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6699 tgttggaaatttagctcttaatataaaca-atttcataaaccatgttcaacaatttatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 6601  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 377  Q
    |  | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  6600 actgaatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 6511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 12572 - 12400
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaatt-atgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 287  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  12572 tgttggaaatttagctcttaatataaaca-atttcataaaccatattcaacaatttatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacataattatg 12474  T
Q  288 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 361  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  12473 atcgaatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatatctggataaagcttt 12400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1114 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold1114
Description:

Target: scaffold1114; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 189 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 1261 - 1074
Alignment:
Q  189 tgttggaaatttatctcttaatataaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 288  Q
    ||||||||||| |  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    ||  | ||||||||||    
T  1261 tgttggaaattcagatcttaataaaaacagatttcataaaacatgttcaaccattatgaatcaatatcgaaagcaaacaat---ttagatatgattatga 1165  T
Q  289 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 379  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||| | ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||  ||||||| ||||||||    
T  1164 tcggatcaacgacatgtttgacttatcatgcatattaacaattagagtattagaaatatctggataaaactttcatggcagctctctcaac 1074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 217 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 38576 - 38433
Alignment:
Q  217 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 316  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  38576 agatttcataagacatgttcaatcattagaaatcaacagtggaagcaaacaaaacattgaacatagttatgatcggatctacaacatg-tttgtttatca 38478  T
Q  317 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttg 362  Q
    || ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38477 agaatattaataatta-ggtattaggaatacctggatgaagctttg 38433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 227 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 6061 - 5945
Alignment:
Q  227 aaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaa 326  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||     
T  6061 aaacatgttcaataattattaatcaatagcggcattaaacaaaacattgaacatgaatatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaaaatattat 5962  T
Q  327 gaattagggtattaggaa 344  Q
     ||||| |||||||||||    
T  5961 taatta-ggtattaggaa 5945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University