View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14863_low_2 (Length: 495)

Name: NF14863_low_2
Description: NF14863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14863_low_2
NF14863_low_2
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (1-370)||(50030719-50031088)
chr1 (40-340)||(47655756-47656065)
chr1 (41-340)||(13509809-13510116)
chr1 (45-340)||(6706060-6706359)
chr1 (79-340)||(44740106-44740374)
chr1 (192-340)||(24075604-24075751)
chr1 (125-324)||(7385231-7385429)
chr1 (196-340)||(41512230-41512373)
chr1 (193-340)||(46033546-46033692)
chr1 (101-340)||(4485053-4485299)
chr1 (196-340)||(27416651-27416793)
chr1 (40-183)||(35604735-35604878)
chr1 (100-272)||(11051098-11051279)
chr1 (41-184)||(46406343-46406486)
chr1 (192-334)||(42137576-42137717)
chr1 (79-338)||(11829037-11829301)
chr1 (191-276)||(3850797-3850882)
chr1 (192-340)||(1762300-1762447)
chr1 (192-338)||(31100338-31100482)
chr1 (193-335)||(49430716-49430856)
chr1 (197-312)||(11050997-11051108)
chr1 (221-338)||(27067246-27067362)
chr1 (196-340)||(45179418-45179560)
chr1 (99-165)||(46033733-46033799)
chr1 (119-165)||(27575973-27576019)
[»] scaffold0068 (1 HSPs)
scaffold0068 (41-340)||(37619-37925)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (43-340)||(25472633-25472939)
chr7 (45-340)||(30139697-30140001)
chr7 (41-292)||(37371001-37371261)
chr7 (46-326)||(25970360-25970648)
chr7 (46-340)||(14999797-15000097)
chr7 (39-338)||(30825111-30825416)
chr7 (46-340)||(43664684-43664984)
chr7 (43-340)||(26826306-26826601)
chr7 (192-340)||(26827636-26827779)
chr7 (45-187)||(12909155-12909297)
chr7 (196-340)||(47158091-47158235)
chr7 (192-338)||(32450833-32450977)
chr7 (192-340)||(2000038-2000184)
chr7 (192-340)||(45202553-45202699)
chr7 (192-340)||(298528-298676)
chr7 (100-253)||(39857058-39857220)
chr7 (192-338)||(47085558-47085705)
chr7 (216-338)||(25191732-25191854)
chr7 (193-275)||(47238902-47238984)
chr7 (119-193)||(41064609-41064683)
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (41-341)||(31905352-31905661)
chr5 (46-341)||(41742089-41742393)
chr5 (40-340)||(41040005-41040313)
chr5 (39-311)||(19356420-19356702)
chr5 (79-338)||(8958374-8958640)
chr5 (53-340)||(53536-53830)
chr5 (192-340)||(10900214-10900361)
chr5 (43-340)||(11018298-11018602)
chr5 (49-195)||(37066581-37066727)
chr5 (196-338)||(40979505-40979646)
chr5 (37-191)||(39236922-39237076)
chr5 (39-187)||(27739381-27739529)
chr5 (38-191)||(33229123-33229276)
chr5 (40-187)||(21022662-21022809)
chr5 (192-285)||(19375330-19375422)
chr5 (47-187)||(7073305-7073445)
chr5 (41-187)||(21022007-21022150)
chr5 (196-340)||(33387568-33387708)
chr5 (193-340)||(25256683-25256829)
chr5 (193-340)||(25320474-25320620)
chr5 (100-266)||(2526265-2526439)
chr5 (192-340)||(33082778-33082922)
chr5 (101-159)||(32872640-32872698)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (42-340)||(35458053-35458360)
chr2 (38-340)||(43342145-43342455)
chr2 (37-310)||(17480732-17481014)
chr2 (41-338)||(37640632-37640937)
chr2 (40-340)||(7473439-7473747)
chr2 (53-340)||(37996653-37996946)
chr2 (192-340)||(44002729-44002876)
chr2 (195-338)||(32497081-32497222)
chr2 (38-191)||(14033291-14033444)
chr2 (40-191)||(13892673-13892824)
chr2 (40-191)||(14032798-14032949)
chr2 (101-271)||(3738985-3739163)
chr2 (192-340)||(43695046-43695192)
chr2 (196-300)||(19860339-19860439)
chr2 (119-187)||(2443725-2443793)
chr2 (192-236)||(37551640-37551684)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (37-341)||(45276270-45276583)
chr8 (38-340)||(8416581-8416892)
chr8 (40-340)||(22936438-22936747)
chr8 (52-340)||(35802213-35802509)
chr8 (46-340)||(36821495-36821797)
chr8 (79-340)||(33165751-33166021)
chr8 (192-340)||(2025595-2025742)
chr8 (41-340)||(35164250-35164551)
chr8 (194-340)||(13015763-13015908)
chr8 (104-278)||(924086-924269)
chr8 (192-340)||(3590156-3590299)
chr8 (36-157)||(44238769-44238889)
chr8 (192-280)||(38023029-38023118)
chr8 (261-313)||(7637381-7637432)
chr8 (192-275)||(37684134-37684217)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (41-340)||(39251398-39251706)
chr3 (41-340)||(48254372-48254680)
chr3 (38-340)||(45150517-45150827)
chr3 (38-340)||(28182289-28182599)
chr3 (46-327)||(42074320-42074608)
chr3 (79-340)||(51229688-51229956)
chr3 (45-340)||(48180996-48181298)
chr3 (46-340)||(53687246-53687547)
chr3 (139-340)||(11263711-11263920)
chr3 (45-340)||(51407391-51407693)
chr3 (46-322)||(33025685-33025968)
chr3 (215-340)||(30810813-30810937)
chr3 (101-340)||(42274500-42274746)
chr3 (192-340)||(50392689-50392836)
chr3 (192-338)||(45488979-45489127)
chr3 (38-187)||(31813320-31813469)
chr3 (193-340)||(28883773-28883919)
chr3 (193-340)||(44610695-44610839)
chr3 (42-141)||(11257748-11257847)
chr3 (216-340)||(44328758-44328882)
chr3 (192-253)||(40237381-40237442)
chr3 (119-193)||(52692005-52692079)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (35-340)||(28963737-28964050)
chr4 (40-340)||(30418262-30418575)
chr4 (40-340)||(38767712-38768020)
chr4 (41-340)||(22606229-22606536)
chr4 (46-340)||(53663504-53663805)
chr4 (45-340)||(29385913-29386203)
chr4 (79-339)||(49723744-49724008)
chr4 (76-340)||(48406933-48407181)
chr4 (90-340)||(53403985-53404238)
chr4 (192-338)||(39732892-39733037)
chr4 (192-340)||(50523740-50523887)
chr4 (101-340)||(45105789-45106035)
chr4 (100-340)||(26457092-26457340)
chr4 (38-187)||(52058282-52058431)
chr4 (192-340)||(16202966-16203110)
chr4 (192-340)||(51677184-51677327)
chr4 (249-340)||(8510297-8510387)
chr4 (192-265)||(5937786-5937859)
chr4 (100-253)||(28911562-28911724)
chr4 (119-193)||(51834272-51834346)
chr4 (192-246)||(8503850-8503904)
[»] scaffold0808 (1 HSPs)
scaffold0808 (49-340)||(4021-4317)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (37-314)||(365509-365801)
chr6 (70-338)||(10683120-10683382)
chr6 (41-187)||(21517387-21517533)
chr6 (196-338)||(20838366-20838507)
chr6 (194-340)||(30134231-30134372)
chr6 (230-340)||(27825119-27825229)
chr6 (100-266)||(4146793-4146967)
chr6 (119-191)||(31746215-31746287)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (77-336)||(32935-33202)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (101-336)||(91516-91761)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (101-340)||(16797-17040)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (192-302)||(9601-9710)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 50030719 - 50031088
Alignment:
Q  1 ctatatataatgtgagttcacaatgtgagggattgttttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  50030719 ctatatataatgtgagttcacaatgtgagggattgttttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattatacaatctttaaaagtgaa 50030818  T
Q  101 aaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctagaatca 200  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  50030819 aaactgaattttcaatggtgtttggtttgggttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctataaatcctaacttctaggatca 50030918  T
Q  201 attctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgat 300  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50030919 atcctacattaaattttctattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgat 50031018  T
Q  301 gaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagcgtcnnnnnnnntgtttatggtcatgactta 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||    
T  50031019 gaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagcgtccaaaaaaatgtttatggtcatgactta 50031088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 40 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 47656065 - 47655756
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| | ||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  47656065 agagcctgtttggtttggcttttcaacaccaagaagtgattatacaaccctcaaaagtgactaactgagtttttaatgatgtttggtttggcttttaaga 47655966  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttcta---------gaatcaattctacattaaattttatattttgattat 230  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||         ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  47655965 attgattctatcctccaaaagcaattatccttaaagctacaaatcctagcttctaacttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgactat 47655866  T
Q  231 tacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47655865 tacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctctttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaa 47655766  T
Q  331 ccaaattagc 340  Q
    ||||||||||    
T  47655765 ccaaattagc 47655756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 41 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 13510116 - 13509809
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  13510116 gagcctgtttggtttggcttttcaacatcaagaaatgattctacaaccttcaaaagtgaaaaactgagtttttaatggtgtttggtttagcttttaagaa 13510017  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttgattatt 231  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||         |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13510016 ttgattctatcctccaaaagcaattatccttaaagctataaatcctagcttctagcttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgattatt 13509917  T
Q  232 acaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaac 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||||||    
T  13509916 acaacctattattttcctttattgccctttatcaatt-tccttctttttgctttgtaatttaacttgatgaaccaaatttaattacaaaactgaacgaac 13509818  T
Q  332 caaattagc 340  Q
    |||||||||    
T  13509817 caaattagc 13509809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 45 - 340
Target Start/End: Original strand, 6706060 - 6706359
Alignment:
Q  45 ctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattga 144  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||  || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  6706060 ctgtttggtttggcttttcagtaccgaa--gtaattctacaatctttaaaagtgaaaaattgaatttttaatggtgtttagtttggcttttaagaattga 6706157  T
Q  145 ttctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaa 235  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||         |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  6706158 ttctatcctccaaaaacaattatccttaaagctacaaatcctagcttctagcttttctagaatcaattctacattaaattttctatttcaattattacaa 6706257  T
Q  236 cctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6706258 cctattattttcctttattgccctttatcaattctc---ctttttgaattataatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaa 6706354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 79 - 340
Target Start/End: Original strand, 44740106 - 44740374
Alignment:
Q  79 ttctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagcta 178  Q
    |||||||| | | |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||  || | || ||| |||||    
T  44740106 ttctacaaacctcaaaagtgaaagattgagtttc-aatggtgtttggtttgccttttaagaattgtttctatcttccataagaaactctccttatagcta 44740204  T
Q  179 caaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattc 269  Q
    ||| || || ||| |         |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  44740205 caattcatagcttttggttttcatagaatcaattctacgttaaattttatattttcattattacaacctattattttcctattttgccctttatcaattc 44740304  T
Q  270 tccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44740305 tccttctgtttgctttgtaa-ttaacttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaaccaaattagc 44740374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 24075604 - 24075751
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||    
T  24075604 ctagaatcaattctccaataaattttatattttgattattacaacctattattttcatttattgccctttatcaattctatttctttttgctttgt-att 24075702  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24075703 taatttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaaccaaattagc 24075751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 125 - 324
Target Start/End: Original strand, 7385231 - 7385429
Alignment:
Q  125 gtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaatt 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||         |||||||| |||||||||||    
T  7385231 gtttgacttttaagaattaattctatccttcaaaagcaattatctttaaagctacaaatcctaatttctagctttcctagaatcaattttacattaaatt 7385330  T
Q  216 ttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaatt 315  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7385331 ttttattttgattattacaacctattattttacttt----------atcaattctccttctttttactttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaatt 7385420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 196 - 340
Target Start/End: Original strand, 41512230 - 41512373
Alignment:
Q  196 aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaat 295  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  41512230 aatcatttctccaataaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgtcctttatcaattctccttctttttgttttgt-atttagt 41512328  T
Q  296 ttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41512329 ttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaaccaaattagc 41512373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 193 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 46033692 - 46033546
Alignment:
Q  193 tagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaattt 292  Q
    ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46033692 tagaatcaattctccaataaattgtatattttgattattacaacatattattttcctttattgctctttatcaattctccttctttttgctttgtaa-tt 46033594  T
Q  293 aatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||    
T  46033593 aatttgatgaaccaaatttaatcagaaaactcaacaaaccaaattagc 46033546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 101 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 4485299 - 4485053
Alignment:
Q  101 aaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt--------- 191  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||             
T  4485299 aaattgagttttcaatattgtttggttagacattttagagttgattctatcctccaaaaacaattctccttaaaactacaatttctaacttttggctttc 4485200  T
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttat--attttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaa 289  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| |  |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||    
T  4485199 ctagaatcaattatacattaatttttttttattttgattattacgacctattatttttctttattgccctttatcaattatc---ctttttgctttgtaa 4485103  T
Q  290 tttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  4485102 -ttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaaactaattagc 4485053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 196 - 340
Target Start/End: Original strand, 27416651 - 27416793
Alignment:
Q  196 aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaat 295  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27416651 aatcaattctccaataacttttatattt-gattattacaatctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaa-ttaat 27416748  T
Q  296 ttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  27416749 ttgatgaaccaaatttaatcagaaaatttaacgaaccaaattagc 27416793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 40 - 183
Target Start/End: Original strand, 35604735 - 35604878
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  35604735 agagcctgtttgttttaacttttcagcaccaagaagtgattctacaaccctcaaaagtgaaaaactgagttttcaatggtgtttgatttgacttttaaga 35604834  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaat 183  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  35604835 attgcttctatcctccaaaaacaattatccttgaagctacaaat 35604878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 100 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 11051279 - 11051098
Alignment:
Q  100 aaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt-------- 191  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||  || || |||||| |||||||||            
T  11051279 aaaattgagttttcaatcatgtttggtttgacttttcaaaattgcttctatcctccaaaaacaattatggttgaatctacaattcctaacttttgggtaa 11051180  T
Q  192 -ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctcc 272  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11051179 actagaatcaattctccattaaattttatattttgattattacaaattattattttcctttattaccctttatcaattctcc 11051098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 41 - 184
Target Start/End: Original strand, 46406343 - 46406486
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    ||||||||||||||  |||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  46406343 gagcctgtttggttcagcttttcaccatcaagaagtgattctacaaccttcaaaagtgaaaagttgaattttcaatggtgtttggtttggcttttaagaa 46406442  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatc 184  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||    
T  46406443 ttgattctatcctccaaaagcaattatccatgaagctacaaatc 46406486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 192 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 42137717 - 42137576
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42137717 ctagaatcaattctccaataaattttatatttttattattacaacttattattttcatttattgctttgtatcaattctccttctttttgctttgt-att 42137619  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaa 334  Q
    |||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42137618 taatctgataaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaaccaa 42137576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 79 - 338
Target Start/End: Original strand, 11829037 - 11829301
Alignment:
Q  79 ttctacaac-ctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagct 177  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |   | ||| |    
T  11829037 ttctacaacgcttcaaaagtgaaaa-ttgagttttcaatcatgtttggtttgccttttaagaattgcttctatcctccaaaagcaattctggatgaaggt 11829135  T
Q  178 acaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaatt 268  Q
    | || |||||||||         |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11829136 ataattcctaacttttgagttaactagaatcaattctccattaaattttatattttagttattacaacccattattttcctttattgtcctttatcaatt 11829235  T
Q  269 ctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
        || |||||  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  11829236 ---tttattttttttttgt-atttaatttgaggaaccaaatttaatcaaaaaatttaacgaaccaaatta 11829301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 191 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 3850882 - 3850797
Alignment:
Q  191 tctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttct 276  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3850882 tctagaatcaattctccaataaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttct 3850797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 1762300 - 1762447
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  1762300 ctagaatcaattctctattaaattttataatttaatttttacagctcattattttcctttattgtcctttatcaattctccttctttttggtttgt-att 1762398  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| ||||||  || | |||| ||||||||||||||||||    
T  1762399 taatttgatgaaccaaattgtatcaaaaaatttaacgaaccaaattagc 1762447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 192 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 31100482 - 31100338
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  31100482 ctagaatcaattctccattaaattttatattttgattattactacccatta-tttcctttatggtcctttatcaattctccttctttttggtttgt-att 31100385  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    |||||| ||| | || ||||||| | |||| |||||||| |||||||    
T  31100384 taatttaatgtaccacatttaatcaaaaaatttaacgaatcaaatta 31100338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 193 - 335
Target Start/End: Original strand, 49430716 - 49430856
Alignment:
Q  193 tagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaattt 292  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||    
T  49430716 tagattcaattctccaataaattttatatttttattattacaatttattattttcttttattgcccttta-catttcttcttctttttgctttgtaa-tt 49430813  T
Q  293 aatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaa 335  Q
    ||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  49430814 aatttaatgaaccaaatttaatcaaaaaacttaacgaaccaaa 49430856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 197 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 11051108 - 11050997
Alignment:
Q  197 atcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatt 296  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   || |||||||||||| ||||||    
T  11051108 atcaattctccattaaattttatattttgattattataaattattattttcctttattaccctttatcaattctc---ctctttgctttgtaa-ttaatt 11051013  T
Q  297 tgatgaatcaaattta 312  Q
    ||||||| ||||||||    
T  11051012 tgatgaaccaaattta 11050997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 221 - 338
Target Start/End: Original strand, 27067246 - 27067362
Alignment:
Q  221 ttttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaa 320  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| | |||    
T  27067246 ttttaattattacaatccattattttcctttattgtcctttatcaattctccttctctttgatttgt-atttaatttgatgaaccaaatttaataaaaaa 27067344  T
Q  321 acttaacgaaccaaatta 338  Q
    | |||||||| |||||||    
T  27067345 aattaacgaatcaaatta 27067362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 196 - 340
Target Start/End: Original strand, 45179418 - 45179560
Alignment:
Q  196 aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaat 295  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||| ||| |||| ||||||| | |||||||||| ||||| |||||||    
T  45179418 aatcaattctcaatcaaattttatattttaattattagaacccgttattttcctttgttgtccttcatcaattat-cttctttttgatttgt-atttaat 45179515  T
Q  296 ttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| |  |||||||||||||||    
T  45179516 ttgatgaatcaaatttaatcaaaaaaatctacgaaccaaattagc 45179560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 46033799 - 46033733
Alignment:
Q  99 aaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaatt 165  Q
    |||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  46033799 aaaaattgagttttcaatcatgtttgatttgacttttcaaaattgcttctatccttcaaaaacaatt 46033733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 165
Target Start/End: Original strand, 27575973 - 27576019
Alignment:
Q  119 tgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaatt 165  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  27575973 tgtttggtttgacttttcataattgcttctatcctccaaaagcaatt 27576019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 41 - 340
Target Start/End: Original strand, 37619 - 37925
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37619 gagcctgtttggtttggcttttcaacaccaagaagtgattctacaaccttcaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttggcttttaagaa 37718  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatc-----ctaactt--ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattac 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||      ||| |||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  37719 ttgattctatcctccaaaaacaattatcctttaagctacaaattagcttctagcttttctagaatcaattctaaattaaattttctattttgattattac 37818  T
Q  234 aacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaacca 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37819 aacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgttttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaacca 37918  T
Q  334 aattagc 340  Q
    |||||||    
T  37919 aattagc 37925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 43 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 25472939 - 25472633
Alignment:
Q  43 gcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaatt 142  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25472939 gcctgtttggtttggcttttcaacaccaagaagtgattctacaaccttcaaaaatgacaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaatt 25472840  T
Q  143 gattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttcta---------gaatcaattctacattaaattttatattttgattattac 233  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| || ||||||         ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25472839 gattctatcctccaaaagcaattatccttgaagctacaaatcatagcttctacattttctagaatcaattctacattaaattttctattttgattattac 25472740  T
Q  234 aacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaacca 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25472739 aacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaacca 25472640  T
Q  334 aattagc 340  Q
    |||||||    
T  25472639 aattagc 25472633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 45 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 30140001 - 30139697
Alignment:
Q  45 ctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattga 144  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30140001 ctgtttggtttagtttttcaacaccaagaagtgattctacaatctttaaaagtgaaaatttgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattga 30139902  T
Q  145 ttctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaa 235  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||| || |||||||         |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||    
T  30139901 ttctattctccaaaaacaattatccttaaagctatgaatcttagcttctagcttttttagaatcaattctacgttaaattttctattttgattattataa 30139802  T
Q  236 cctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30139801 cctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgataaaccaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaa 30139702  T
Q  336 ttagc 340  Q
    |||||    
T  30139701 ttagc 30139697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 41 - 292
Target Start/End: Original strand, 37371001 - 37371261
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||| ||   |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  37371001 gagcctgtttggtttgacttttcaacatcaagaaagaattctacaactttcaaaagtgaaaaattaagtttttaatgatgtttggtttggcttttaagaa 37371100  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaac---------ttctagaatcaattctacattaaattttatattttgattatt 231  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37371101 ttggttctatcctccaaaagcaattatctttaaagctacaaatcctaacttctagcttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgattatt 37371200  T
Q  232 acaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaattt 292  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37371201 acaacttatgattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgcaattt 37371261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 46 - 326
Target Start/End: Original strand, 25970360 - 25970648
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||  ||    |||||||| | | |||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  25970360 tgtttgttttggcttttcagcatcatgaatcacttctacaaacatcaaaagtgaaaaattgaatattcaatggtgtttggtttggcttttaagaattgct 25970459  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| ||| |         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25970460 tctatcctccaaaagtaattctctttaaagctacaattcctagcttttggctttcttagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 25970559  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaa 326  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  25970560 ctattattttcctttattgctctttatcaattctccttctttttgctttgtta-ttaatttgatgaaccaaatttaatgagaaaacttaa 25970648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 46 - 340
Target Start/End: Original strand, 14999797 - 15000097
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||| |||   |||||||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  14999797 tgtttgttttggcttttgagcaacaagaagcacttctacaacctc-aaaagtggaaa-ttgagttttcaatgttgtttggtttggctttttagaattgat 14999894  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    ||||||||||||||  |||| || |||||||||||| |||||| ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14999895 tctatcctccaaaagtaattctccttaaagctacaattcctaatttttggctttcctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaat 14999994  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaat 336  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  14999995 ctattattttcctttattaccctttatcaatcctccttcttttttctttgtaa-ttaatttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaaagaacctaat 15000093  T
Q  337 tagc 340  Q
    ||||    
T  15000094 tagc 15000097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 39 - 338
Target Start/End: Original strand, 30825111 - 30825416
Alignment:
Q  39 tagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaag 138  Q
    |||||||| |||| |||||||||| |||| ||| ||    |||||||| | | ||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||    
T  30825111 tagagcctctttgttttggctttttagcagcaagaaacacttctacaaacctcaaaagtggaaa-ttgagttttcaatgttgtttggtttgcctttttag 30825209  T
Q  139 aattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgatta 229  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||| ||| |         ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30825210 aattgcttctatcctccaaaaacaattctccttaaagttacaattcctagcttttggctttccaagaatcaattctacattaaatttaatattttaatta 30825309  T
Q  230 ttacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacga 329  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |    
T  30825310 ttacaacctattatttttctttattgccctttatcaattctccttctttttgttttgtaa-ttaatttgat-aaccaaatttaatcagaaaacttaacca 30825407  T
Q  330 accaaatta 338  Q
    |||||||||    
T  30825408 accaaatta 30825416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 46 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 43664984 - 43664684
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    |||||| |||||||||||| || ||| || |  ||||| || | | ||||||||||| |||| |||| |||| |||||| |||  ||||| |||||| ||    
T  43664984 tgtttgttttggcttttcaacaacaagaattacttctataaacctcaaaagtgaaaa-ttgaattttcaatgttgtttgttttagcttttcagaattcat 43664886  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    |||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| | ||||| |         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43664885 tctatcctccaaaagcaatttttcttaaagctacaatttctaacctttgactttcctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 43664786  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaat 336  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  43664785 ctattattttcctttattgccttttat-aattctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaaccaaatttaatcagaaaatttaacgaaccaaat 43664688  T
Q  337 tagc 340  Q
    ||||    
T  43664687 tagc 43664684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 43 - 340
Target Start/End: Original strand, 26826306 - 26826601
Alignment:
Q  43 gcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaatt 142  Q
    |||| |||| |||||||||||||||  |||||    |||||||| | | ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  26826306 gcctatttgttttggcttttcagcataaaaaatcacttctacaaacctcaaaagtggaaaattgagttttcaatggtatttggtttggcttttaagaatt 26826405  T
Q  143 gattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattac 233  Q
      |||||||||||||||  |||| || |||||| ||||| |||||||||         ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26826406 acttctatcctccaaaagtaattctccttaaaggtacaattcctaactttttcctttcctataatcaattctacattaaaatttatattttgcttattac 26826505  T
Q  234 aacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaacca 333  Q
    ||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26826506 aacctattattttcctttat----------caattctccttctttttgctttgtaatt-aatgtgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaacca 26826594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 26827779 - 26827636
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26827779 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaatctattatttttctttattgtcctttatcaattctccttctttttgctttgtaa-t 26827681  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||||    
T  26827680 taatttgatgaaccaaatttaat----aaacttaacgaaccaaattagc 26827636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 45 - 187
Target Start/End: Original strand, 12909155 - 12909297
Alignment:
Q  45 ctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattga 144  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12909155 ctgtttggttcagcttttcaccaccaagaagtgattctacaaccctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttggtttgacttttaagaattga 12909254  T
Q  145 ttctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||    
T  12909255 ttctatcctccaaaagcaattatccatgaagctacaaatccta 12909297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 196 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 47158235 - 47158091
Alignment:
Q  196 aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctc--cttctttttgctttgtaattta 293  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||  ||     
T  47158235 aatcaattctccattaaattttatatttttattattataatctattatttttctttattgccctttatcaattctctttttttttttgctttgta--ttt 47158138  T
Q  294 atttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47158137 atttgatgaaccatatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 47158091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 192 - 338
Target Start/End: Original strand, 32450833 - 32450977
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  32450833 ctagaatcaattctccaataaattttatattttgattattacaacccattatttttctttactgtcctttatcaattatccttctttttagtttgt-att 32450931  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  32450932 taatttgatgaaccaaatttaa-taaaaaatttaacgaaccaaatta 32450977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 2000184 - 2000038
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||| | |||||||||||| ||||| |||    
T  2000184 ctagaatcaattctccattaaattt-atattttgattattacaacccattattttcctttattatcctttgtcaaatttccttctttttggtttgt-att 2000087  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||| ||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||    
T  2000086 taatttgacgaagcaaatttaatcaaaaaatttaacgaaccaaattagc 2000038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 45202553 - 45202699
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  45202553 ctagaatcaattctccaataaattttatattttaattattacaatctattatttttctttattgttctttatcaattctcattctttttgctttg-aaat 45202651  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  45202652 taatttaatgaa-ccaattaaatcagaaaacttaaagaaccaaattagc 45202699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 298676 - 298528
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgta--a 289  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||  |||| |  |    
T  298676 ctagaatcaattctccattaaattttatattttaattattacaacc-attattttcatttattgttctttatcaattctccttttttttt-tttgaagta 298579  T
Q  290 tttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||| ||||| | ||||||||||    
T  298578 tttaatttgatgaaccaaatttaatcaaaaaatttaacaatccaaattagc 298528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 100 - 253
Target Start/End: Original strand, 39857058 - 39857220
Alignment:
Q  100 aaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt-------- 191  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||| |   | ||||||||| || || |||            
T  39857058 aaaattgagttttcaatcatgtttggtttgacttttcagaattgcttctatcctccaaaagtaattctggatgaagctacaattcatagcttttgagtta 39857157  T
Q  192 -ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttat 253  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39857158 actagaatcaattctccattaaattttatattttgattattacaacccattattttcctttat 39857220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 192 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 47085705 - 47085558
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctc--cttctttttgctttgtaa 289  Q
    ||||||| |||||| |||| || |||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||   || |||||  ||||| |    
T  47085705 ctagaattaattctccattgaaatttatattttaattattacaactcattatttttctttattgtcctttatcaattctctattttttttttgtttgt-a 47085607  T
Q  290 tttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||| |||  |||||||||||    
T  47085606 tttaatttgatgaaccaaatttaatcaaaaaatttatggaaccaaatta 47085558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 216 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 25191854 - 25191732
Alignment:
Q  216 ttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttct-ttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaat 314  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| |||| || ||    
T  25191854 ttatattttgattataacaactcattattttcttttattgtcctttatcaattctccttcttttttggtttgt-atttaattcgatgaaccaaagttgat 25191756  T
Q  315 tagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
     | || | ||||||||||||||||    
T  25191755 caaaagatttaacgaaccaaatta 25191732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 47238984 - 47238902
Alignment:
Q  193 tagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttc 275  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||| |||| ||||    
T  47238984 tagaatcaattctgcattaaattttatattttggttgttacaaccggttatttttcttaattgcccttcatcagttcttcttc 47238902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 193
Target Start/End: Original strand, 41064609 - 41064683
Alignment:
Q  119 tgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct 193  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  41064609 tgtttggtttgccttttcataattgcttctatcctccaaaaacaattctccataaagctacaattcctagcttct 41064683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 41 - 341
Target Start/End: Original strand, 31905352 - 31905661
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  31905352 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaagaagtgattctagaaccttcaaaagtgaaaaattgagtttttactggtgtttgttttgacttttaagaa 31905451  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttgattatt 231  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||         |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  31905452 ttgattctatcctccaaaagcaattatccttaaagctacaaatcctaacttatagcttttctacaatcaattttacattaaattttctattttgattatt 31905551  T
Q  232 acaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaac 331  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31905552 aaaatctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaac 31905651  T
Q  332 caaattagcg 341  Q
    ||||||||||    
T  31905652 caaattagcg 31905661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 46 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 41742393 - 41742089
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41742393 tgtttggtttgacttatcagcactaacaagtgattctataatcttcaaaagtgaaaaactgagtttttaatggtgtttggtttaacttttaagaattgat 41742294  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  41742293 tctatcctccaaaagcaattgtccttaaagctaaaaatcctaacttttagcttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgattgttacaac 41742194  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaat 336  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41742193 ctattatttttctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaat 41742094  T
Q  337 tagcg 341  Q
    |||||    
T  41742093 tagcg 41742089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 40 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 41040313 - 41040005
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  41040313 agagcatgtttgttttggcttttcagcactaagaagtgattctacaaccctcaaaagtgaaaaattgagttttcaatggtgtttggtttggcttttaaga 41040214  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaac---------ttctagaatcaattctacattaaattttatattttgattat 230  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |         ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  41040213 attgcttctatcctccaaaaataattatccttgaagctacaaatcctagcttttggcttttcaagaatcaattctacgttaaattttaaattttgattat 41040114  T
Q  231 tacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaa 330  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | ||    
T  41040113 tacaacctattatttttctttattgccctttatcaattctctttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaatttaatcagaaaacttagcaaa 41040015  T
Q  331 ccaaattagc 340  Q
     |||||||||    
T  41040014 tcaaattagc 41040005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 39 - 311
Target Start/End: Original strand, 19356420 - 19356702
Alignment:
Q  39 tagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaat-tgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaa 137  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  19356420 tagagtctctttggtttggcttttcaacaccaagaagtgattctacaaccttcaaaaatgaaaaaactgagttcttaatggtgtttggtttggcttttaa 19356519  T
Q  138 gaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgatt 228  Q
    || |||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||         |||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  19356520 gagttgattctatcctctaaaagcaattatccttaaaactacaaatccttgcttctaatttttctagaatcaattctacattaaattttctatttttatt 19356619  T
Q  229 attacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaattt 311  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19356620 attacaatctattatttttcattattgccctttatcaattctccttctttttcctttgtaatttaatttgatgaatcaaattt 19356702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 79 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 8958640 - 8958374
Alignment:
Q  79 ttctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagcta 178  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  8958640 ttctacaaacttcaaaagtgaaaa-ttgagttttcaatgttatttggtttgacttttcagaattgtttctatcctctaaaaacaattctccttaaagcta 8958542  T
Q  179 caaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattc 269  Q
    ||| |||||| ||         ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  8958541 caattcctaatttttggctttcctagaatcaattctacactaaatttaaaattttgattataacaacctattatttttctttattaccctttatcaattc 8958442  T
Q  270 tccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  8958441 tcattctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaaccaaatttaatcaggaaacttaaccaaccaaatta 8958374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 53 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 53830 - 53536
Alignment:
Q  53 tttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcc 152  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||    
T  53830 tttggcttttcagcatcaagaagtcattttacaaacttgaaaagtgaaaa-ttgagcttttaaagttgtttggtttgccttttcataattgcttctatcc 53732  T
Q  153 tccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattat 243  Q
    ||||||| |||||||  || ||||||||| ||||| |||         ||| |||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53731 tccaaaagcaattatggttgaagctacaattcctagcttttgggttaactataatcaattatccaataaattttatattttaattattacaacctattat 53632  T
Q  244 tttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53631 ttctctttattgccctttatcaattctcattttttttgctttttaa-ttgatttgatgaaccgaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 53536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 10900214 - 10900361
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  10900214 ctagaatcaattctccaataaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctctttctttttgctttgt-att 10900312  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10900313 taatttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaaccaaattagc 10900361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 43 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 11018602 - 11018298
Alignment:
Q  43 gcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaatt 142  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||   |||||||| | | ||||||| ||| |||| |||| |||| |||||||||||  |||| ||||||    
T  11018602 gcctgtttgttttggtttttcagcaacaagaagcacttctacaagcctcaaaagtggaaa-ttgaattttcaatgttgtttggtttggtttttcagaatt 11018504  T
Q  143 gattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgattattac 233  Q
    | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |  || ||| |         |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  11018503 gtttctatcctcaaaaaacaattatccttaaagctacaatttatagcttatggctttcatagaatcaattatacattaaattttatattttaattattag 11018404  T
Q  234 aacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaacca 333  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||    
T  11018403 aacctattattttcctttattgtcctttagcaattccccttccttttgctttctaa-ttaatttgatgaaccaaatttaatcaaaaaacttagcgaacca 11018305  T
Q  334 aattagc 340  Q
    |||||||    
T  11018304 aattagc 11018298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 49 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 37066727 - 37066581
Alignment:
Q  49 ttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattct 148  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |    
T  37066727 ttggtttggcttttcaacaccaagaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaactgagtttttaatggtgtttggtttggcttttaagaattggttat 37066628  T
Q  149 atcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag 195  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37066627 atcctctaaaagcaattatcattaaagctacaaatcctaacttctag 37066581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 196 - 338
Target Start/End: Original strand, 40979505 - 40979646
Alignment:
Q  196 aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaat 295  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  40979505 aatcaattctccaataaattttatattttgattattacaacctattattctcctttattgccctttatcaattctccttctttttgccttgt-atttaat 40979603  T
Q  296 ttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  40979604 ttgatgaaccaaatttaatcagaaaacataacaaaccaaatta 40979646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 37 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 39237076 - 39236922
Alignment:
Q  37 tttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgactttta 136  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  39237076 tttagagcctgtttggttcagcttttcaccaccaagaagtgattctacaaccctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttggtttggctttta 39236977  T
Q  137 agaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  39236976 agaattgattctatcctccaaaaacaattatccatgaagctacaaatcctaactt 39236922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 39 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27739529 - 27739381
Alignment:
Q  39 tagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaag 138  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27739529 tagagcctgtttggttcagcttttcaccaccaagaagtgattctacaacccttaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttggtttgacttttaag 27739430  T
Q  139 aattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||    
T  27739429 aattgcttctatcctccaaaagcaattatccgtgaagctacaaatccta 27739381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 38 - 191
Target Start/End: Original strand, 33229123 - 33229276
Alignment:
Q  38 ttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaa 137  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||| || | |||||||||||||| | |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  33229123 ttagagcctgtttggttcagcttttcaccactaagacgtgattctacaaccctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttggtttggcttttaa 33229222  T
Q  138 gaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt 191  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  33229223 gaattgattctatcctccaaaagcaattatccatgaagctacaaatcctaactt 33229276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 21022809 - 21022662
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  21022809 agagcctgtttggttcagcttttcaccaccaagaagtgattctacaaccctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttggtttggcttttaaga 21022710  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||  | |||||||||||||||    
T  21022709 attgattctatcctcctaaagcaattatccatgaagctacaaatccta 21022662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 192 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 19375422 - 19375330
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgcttt 285  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19375422 ctagaatcaattctctaataaattttatattttgattattacaacctattattttccttta-tgccctttatcaattctccttctttttgcttt 19375330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 47 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 7073445 - 7073305
Alignment:
Q  47 gtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgatt 146  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  7073445 gtttggtttgacttttcagtaccaagaagtgattctacaaccctcaaaagtgaaaaactgaatttttaatggtgtttggtttggcttttaaaaattgctt 7073346  T
Q  147 ctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    ||||   ||||||  ||||||| || |||||||||||||||    
T  7073345 ctatttcccaaaagtaattatccttgaagctacaaatccta 7073305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 41 - 187
Target Start/End: Original strand, 21022007 - 21022150
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    |||||||||| |||  |||||||| ||||||   |||||||||||||| | |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  21022007 gagcctgtttagttcagcttttcaccaccaa---gtgattctacaaccctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttggtttggcttttaagaa 21022103  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  21022104 ttgattctatcctccaaaaacaattatccatgaagttacaaatccta 21022150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 196 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 33387708 - 33387568
Alignment:
Q  196 aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaat 295  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||   |||||||||| ||||| |||||||    
T  33387708 aatcaattctccattaaattttatattttaattattacaacccattattttcctttatcgtccttcatcaatt---cttctttttggtttgt-atttaat 33387613  T
Q  296 ttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||| |||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||    
T  33387612 ttgatgaaccaaatttaatcaaaaaaattaatgaactaaattagc 33387568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 193 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 25256829 - 25256683
Alignment:
Q  193 tagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttatt-gccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||    
T  25256829 tagaatcaattatccatgaaattttatattttaattattacaaccc-ttattttcctttctttgtcctttatcaattctccttttttttggtttgta-tt 25256732  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| | ||||  |||||||||||||||||    
T  25256731 taatttgatgaaccaaatttaatcaaaaaatataacgaaccaaattagc 25256683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 193 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 25320620 - 25320474
Alignment:
Q  193 tagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttatt-gccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||    
T  25320620 tagaatcaattatccatgaaattttatattttaattattacaaccc-ttattttcctttctttgtcctttatcaattctccttttttttggtttgta-tt 25320523  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| | ||||  |||||||||||||||||    
T  25320522 taatttgatgaaccaaatttaatcaaaaaatataacgaaccaaattagc 25320474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 100 - 266
Target Start/End: Original strand, 2526265 - 2526439
Alignment:
Q  100 aaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt-------- 191  Q
    |||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||| ||||||| ||||| || |||||| ||||| |   | ||||||||| ||||| |||            
T  2526265 aaaattgagttttctatcatgtttggtttggcttttcagaattgcttctaccccccaaaagcaattctggatgaagctacaattcctagcttttgagtta 2526364  T
Q  192 -ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaa 266  Q
     |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2526365 actagaatcaattctccattaa-ttttatattttgattattacaacccattattttcctttattgtcctttatcaa 2526439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 33082922 - 33082778
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| | || |||||||    ||||||||| ||||| |||    
T  33082922 ctagaatcaattctccatctaattttatattttaattattacaaccaattatttttctttattgtctttcatcaatt---attctttttggtttgt-att 33082827  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||| ||||| ||||||||||   |||| ||||||||| ||| ||||    
T  33082826 taatttaatgaaccaaatttaatcgaaaaaattaacgaactaaactagc 33082778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 32872698 - 32872640
Alignment:
Q  101 aaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaa 159  Q
    |||||||||||| |||| |||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  32872698 aaattgagttttcaatgttgtttgatttgactttttaaaattgcttctatcctccaaaa 32872640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 42 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 35458360 - 35458053
Alignment:
Q  42 agcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaat 141  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35458360 agcctgtttggtttggcttttcaataccaagttgtgattctacaaccttcaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaat 35458261  T
Q  142 tgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttgattatta 232  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35458260 tgattctatcatccaaaagcaattatccttaaaactacaaatcctaacttctagcttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgattatta 35458161  T
Q  233 caacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaacc 332  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35458160 caacctattatttttctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcatatttaattagaaaacttaacgaacc 35458061  T
Q  333 aaattagc 340  Q
    ||||||||    
T  35458060 aaattagc 35458053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 38 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 43342455 - 43342145
Alignment:
Q  38 ttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaa 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||  ||||||    
T  43342455 ttagagcctgtttggtttggcttttcaacatcaagaagtgattctacaaccttcaaaagtgaaacaatgagttttta-tggtgtttgatttggtttttaa 43342357  T
Q  138 gaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttgatt 228  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||         |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43342356 gaattgattctatcctccaaaagcaattatccttaaagctacaaattctagcttctagcttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgatt 43342257  T
Q  229 attacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacg 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  43342256 attacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaaca 43342157  T
Q  329 aaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||||    
T  43342156 aaccaaattagc 43342145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 37 - 310
Target Start/End: Original strand, 17480732 - 17481014
Alignment:
Q  37 tttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgactttta 136  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  17480732 tttagagtctgtttggtttggcttttcaacaccaagaagtgattctacaaccttcaaaagtgaaaaactgagtttttaatggtgtttagtttggctttta 17480831  T
Q  137 agaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaac---------ttctagaatcaattctacattaaattttatattttgat 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |         |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17480832 agaattgattctatccttcaaaagcaattatctttaaagctacaaatcctagcttctagcttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgat 17480931  T
Q  228 tattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatt 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17480932 tattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttcattttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatt 17481014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 41 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 37640937 - 37640632
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  37640937 gagcctgtttgttttggcttttcagcaccaagaagtgattctacaaccctcaaaaatgaaaaattgagttttcaatggtgtttggtttggctttcaagaa 37640838  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattatt 231  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| || |||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37640837 ttgcttctatcctccaaaagcaattatccttgaagctacaaatcttagcttttggctttcctagaatcaattctacattaaattttatattttgattatc 37640738  T
Q  232 acaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaac 331  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37640737 acaacatattattttcctttattgccctttataaattctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaatttaatcagaaaacttaacgaac 37640639  T
Q  332 caaatta 338  Q
    |||||||    
T  37640638 caaatta 37640632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 40 - 340
Target Start/End: Original strand, 7473439 - 7473747
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||| |  || |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  7473439 agagcttgtttgttttggctattcagtattaagaagtcattctacaaccctcaaaagtgaaaaattgagttttcaatggtgtttggtttggtttttaaga 7473538  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgattat 230  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7473539 attgcttctatcctccaaaaacaattatccttgaagctacaaatcctaacttttggctttccaagaatcaattctacattaaattttatattttgattat 7473638  T
Q  231 tacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaa 330  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  |||    
T  7473639 tacaacctattattttcttttattgtcctttatcaattctctttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaatttaatcagaaaacttagtgaa 7473737  T
Q  331 ccaaattagc 340  Q
    ||||||||||    
T  7473738 ccaaattagc 7473747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 53 - 340
Target Start/End: Original strand, 37996653 - 37996946
Alignment:
Q  53 tttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcc 152  Q
    |||| |||||||||| ||| |||  ||||||||| | | ||||||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||    
T  37996653 tttgacttttcagcaacaagaagcaattctacaaacctcaaaagtggaaa-ttgagttttcaatattgtttggtttggcttttcataattgcttctatcc 37996751  T
Q  153 tccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattat 243  Q
    |||||||  ||||  | |||||||||||| |||||||||         || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  37996752 tccaaaagtaattcaccttaaagctacaattcctaacttttggctttccttgaatcaattctacattaaattttatatcttgattattacaacatattat 37996851  T
Q  244 tttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  37996852 tttcatttattgccctgtatcaattct-catatttttgctttgtaattt-atttgatgaaccaaatttaatcggaaaacttaacgaatcaaattagc 37996946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 44002729 - 44002876
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  44002729 ctagaatcaattctccaataaattttatattttgattattacaacctattatttttctttatcgccctttatcaattatccttctttttgctttgt-att 44002827  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  44002828 taatttgatgaaccaaatttaatcagaaaacataacaaaccaaattagc 44002876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 195 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 32497222 - 32497081
Alignment:
Q  195 gaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaa 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | | |||||||||| ||||    
T  32497222 gaatcaattctacattaaattttatatttgaattattataacctattattttcctttattg-cctttatcaattctcattatctctgctttgtaa-ttaa 32497125  T
Q  295 tttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32497124 tttgatgaatcaaatttaatcagaaaacttaacgaaccaaatta 32497081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 38 - 191
Target Start/End: Original strand, 14033291 - 14033444
Alignment:
Q  38 ttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaa 137  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||| || | |||||||||||||| | |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  14033291 ttagagcctgtttggttcagcttttcaccactaagacgtgattctacaaccctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttggtttggcttttaa 14033390  T
Q  138 gaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt 191  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  14033391 gaattgattctatcctccaaaagcaattatccatgaagctacaaatcctaactt 14033444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 191
Target Start/End: Original strand, 13892673 - 13892824
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||| | | |||||||||||  ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  13892673 agagcctgtttggttcagcttttcaccaccaagaagtgattctacaatcctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttgatttggcttttaaga 13892772  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  13892773 attgattctatcctccaaaagcaattatccatgaagctacaaatcctaactt 13892824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 191
Target Start/End: Original strand, 14032798 - 14032949
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||| | | |||||||||||  ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  14032798 agagcctgtttggttcagcttttcaccaccaagaagtgattctacaatcctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttgatttggcttttaaga 14032897  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  14032898 attgattctatcctccaaaagcaattatccatgaagctacaaatcctaactt 14032949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 101 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 3739163 - 3738985
Alignment:
Q  101 aaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct------- 193  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| | ||||| ||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||| |||||| || |           
T  3739163 aaattgagttttcaatgttgtt-ggtttggcttttcataattgcttctatcatccaaaagcaattttccttaaagctacaattcctaatttttgactttc 3739065  T
Q  194 --agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctc 271  Q
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3739064 ttagaatcaattctacattaaatttaatattttgattattacaacctattatttttctttattgccctttatcaattctc 3738985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 43695046 - 43695192
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  43695046 ctagaatcaattctccattaaattttatattttgattattattacccatta-tttcctttattgtcctttatcaattctccttctttttggtttgt-att 43695143  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||| ||| | ||  |||||| | ||||  |||||||||||||||||    
T  43695144 taatttaatgtaccacgtttaataaaaaaatataacgaaccaaattagc 43695192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 196 - 300
Target Start/End: Original strand, 19860339 - 19860439
Alignment:
Q  196 aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaat 295  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   | ||||||||||| |||||||    
T  19860339 aatcaattctccaataaaatttatattttgattattacaacctattattttcctttattgtcctttatcaattctc---cgttttgctttgt-atttaat 19860434  T
Q  296 ttgat 300  Q
    |||||    
T  19860435 ttgat 19860439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 119 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 2443793 - 2443725
Alignment:
Q  119 tgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||    
T  2443793 tgtttggtttggcttttcagaattgcttctatcctccaaaaacaattctccataaagctacaattccta 2443725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 192 - 236
Target Start/End: Original strand, 37551640 - 37551684
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  37551640 ctagaatcaattctccaataaattttgtattttgattattacaac 37551684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 37 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 45276583 - 45276270
Alignment:
Q  37 tttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgactttta 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45276583 tttagagcctgtttggtttggcttttcagcagcaagaagtgattcaacaaccttcaaaagtgaaaaactgaatttttaatggtgttttgtttgactttta 45276484  T
Q  137 agaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttgat 227  Q
    | |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||         |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45276483 aaaattgattatatcctccaaaagcaattatccttaaagctacaaatcctagcttctagcttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgat 45276384  T
Q  228 tattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaac 327  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45276383 tattacaacctattattttcctttgttgccctttatcaattctcctactttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaac 45276284  T
Q  328 gaaccaaattagcg 341  Q
    ||||||||||||||    
T  45276283 gaaccaaattagcg 45276270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 38 - 340
Target Start/End: Original strand, 8416581 - 8416892
Alignment:
Q  38 ttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaa 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  8416581 ttagagcctgtttggtttggcttttcaacaccaagaagtgattctacaactttcaaaagtgaaaaattgaatttttaatcgtgtttgatttggcttttaa 8416680  T
Q  138 gaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgatt 228  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8416681 gaattgattctatcctccaaaagcaattatccttaaagctacaaatcctaacttctagcttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgatt 8416780  T
Q  229 attacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacg 328  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  8416781 attacaacttattattttcctttattgccctttatcaatactccttctttttgctttgtaattaaatatgatgaaccaaaattaattagaaaacttcacg 8416880  T
Q  329 aaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||||    
T  8416881 aaccaaattagc 8416892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 40 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 22936747 - 22936438
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  22936747 agagcctgtttggtttgacttttcaacaccaagaagtgattctacaaccttcaaaagtgaaaaactgagtttttaatggtgtttagtttcacttttaaga 22936648  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattat 230  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||| |||         |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22936647 attgattctatcctccaaaataaattattcttaaagctacaaatcctagcttatagcttttctagaatcaattctacattaaattttctatttcgattat 22936548  T
Q  231 tacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  22936547 tacaacctattattttcctttattggcctttatcaattctccttctttttgttttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaagttaacgaa 22936448  T
Q  331 ccaaattagc 340  Q
    ||||||||||    
T  22936447 ccaaattagc 22936438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 52 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 35802509 - 35802213
Alignment:
Q  52 gtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatc 151  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  35802509 gtttggcttttcagtaccaagaagtgattctagaaccctcaaaagtgaaaaattgagttttcaatggtgtttggtttgacttttaaaaattgcttctatc 35802410  T
Q  152 ctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctatta 242  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||| |||||| |||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35802409 ctccaaaagcaattatccttgaagctacatatcctagcttttggctttcctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctatta 35802310  T
Q  243 ttttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   |||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  35802309 ttttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttataa-ttaatttgatgaacacaatttaatcagaaaacttaacaaaccaaattagc 35802213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 46 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 36821797 - 36821495
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| ||    |||||||| | | ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  36821797 tgtttgttttggcttttcagcaacaagaaacacttctacaaacctcaaaagtgaaaa-ttgagttttcaatgttgtttggtttggcttttcagaattgct 36821699  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||| | |||         | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36821698 tctatcctccaaaagcaattatccttaaagttacaattccaagctttaggcttttcaagaatcaattttacattaaattttatattttgattattacaac 36821599  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaat-tagaaaacttaacgaaccaaa 335  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| |||||||||    
T  36821598 ctattattttcctttattaccctttaacaattctcattctttttgctttctaa-ttaatttgatgaaccaaatttaatcaaaaaaacttagcgaaccaaa 36821500  T
Q  336 ttagc 340  Q
    |||||    
T  36821499 ttagc 36821495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 79 - 340
Target Start/End: Original strand, 33165751 - 33166021
Alignment:
Q  79 ttctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagcta 178  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| || |||||||||    
T  33165751 ttctacaaacctcaaaagtgaaaaattgagtttttaacagtgtttggtttggcttttaagaattgtttctatcctctaaaagtaattctccttaaagcta 33165850  T
Q  179 caaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatatttt-gattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaatt 268  Q
     || |||||| ||         |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33165851 taattcctaatttttggtttttctagaatcaattctccattaaattttatatttttgattattacaacccattattttcctttattgtcctttatcaatt 33165950  T
Q  269 ctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||| ||| || ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||    
T  33165951 ctccttttttatggtttgt-atttaatttgaggaaacaaatttaatcaaaaaatttaacgaaccaaattagc 33166021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 2025595 - 2025742
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2025595 ctagaatcaattctccaatatattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgt-att 2025693  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  2025694 taatttgatgaaccaaatttaatcataaaacttaacgaactaaattagc 2025742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 41 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 35164551 - 35164250
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||   |||||||| | | ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||| ||||| ||      
T  35164551 gagcctgtttgttttggcttttcagcagcaagaagcacttctacaaacctcaaaagtggaaa-ttgaattttcaatgttgtttggtttggcttttcagc- 35164454  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta-------actt--ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattatt 231  Q
        ||||||||||||||| ||||| || || ||||||||| |||||       ||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  35164453 ----ttctatcctccaaaagcaattctccttgaagctacaattcctagtttttgactttcctcgaatcaattctacattaaatttaatattttaattatt 35164358  T
Q  232 acaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaac 331  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||    
T  35164357 acaacttattattttcttttattgccctttattaattctccttctttttgttttgtaa-ttagtttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaaccaac 35164259  T
Q  332 caaattagc 340  Q
    |||||||||    
T  35164258 caaattagc 35164250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 194 - 340
Target Start/End: Original strand, 13015763 - 13015908
Alignment:
Q  194 agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaattta 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  13015763 agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaactcgttattttcctttattgtcctttatcaattctctttctttttggtttgt-attta 13015861  T
Q  294 atttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||    
T  13015862 atttgatgaatcaaatttaatcaaaaaatttaacgaatcaaattagc 13015908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 104 - 278
Target Start/End: Original strand, 924086 - 924269
Alignment:
Q  104 ttgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------cta 194  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||  |||| |  |||||||||||| |||||||||         |||    
T  924086 ttgagttttcaatcatgtttggtttgacttttcaaaattgcttctatactccaaaagtaattctagttaaagctacaattcctaacttttggtttaacta 924185  T
Q  195 gaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttcttt 278  Q
    ||||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  924186 gaatcaattcgtcaatatattttatattttgattattacaacctattatttttctttattgccctttatcaattctctttcttt 924269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 3590156 - 3590299
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||| |||| |||||||   |||||||||  ||||| |||    
T  3590156 ctagaatcaattctccattaaattttatattttaattattacaacaaattattttcttttattgtccttcatcaatt---cttctttttagtttgt-att 3590251  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||    
T  3590252 taatttgatgaaccaaatttaa-taaaaaaattaacgaactaaattagc 3590299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 157
Target Start/End: Original strand, 44238769 - 44238889
Alignment:
Q  36 ttttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgactttt 135  Q
    ||||||||||| |||| ||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  ||| |||| |||||||||| ||||  |||||    
T  44238769 ttttagagcctatttg-ttcagcttttcaccaccaagaagtgattctacaaccctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttagtttagctttt 44238867  T
Q  136 aagaattgattctatcctccaa 157  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  44238868 aagaattgattatatcctccaa 44238889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 192 - 280
Target Start/End: Original strand, 38023029 - 38023118
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaaccta-ttattttcctttattgccctttatcaattctccttcttttt 280  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||| | || ||||  ||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  38023029 ctagaatcaattctccattaaatcttatattttgatcatcataaccaatttttttttttttattatcctttatcaattctcattcttttt 38023118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 313
Target Start/End: Original strand, 7637381 - 7637432
Alignment:
Q  261 tatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaa 313  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  7637381 tatcaattctccttcattttgctttgt-atttaatttgatgaaataaatttaa 7637432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 37684217 - 37684134
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttc 275  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||  | || | | ||||| ||||||||||||||    
T  37684217 ctagaatcaatgctggattaaattttgtattttggttattacaacccattattcactttcactacccttcatcaattctccttc 37684134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 41 - 340
Target Start/End: Original strand, 39251398 - 39251706
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39251398 gagcctgtttagtttgacttttcaacaccaagaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaactgaatttttaatggtgtttgatttgacttttaagaa 39251497  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttcta---------gaatcaattctacattaaattttatattttgattatt 231  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39251498 ttgattatatcctccaaaaacaattatccctaaagctacaaatcctaacttctaacttttttagaatcaattctacattaaattttctattttgattatt 39251597  T
Q  232 acaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaac 331  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39251598 acaacatattatttttctttattgccctttatcaattctccttctttttggttggtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaac 39251697  T
Q  332 caaattagc 340  Q
    |||||||||    
T  39251698 caaattagc 39251706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 41 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 48254680 - 48254372
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48254680 gagcctgtttggtttgacttttcaacaccaataagtgattctacaaccttcaaaagtgaaaaactgagcttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 48254581  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttgattatt 231  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||         ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  48254580 ttgattatatcctccaaaagcaattatccttaaagctacaaatcctagcttctagcttttctagaatcaattctatattaaattttctattttgattatt 48254481  T
Q  232 acaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaac 331  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||     
T  48254480 acaacctattatttttctttattgccctttatcaattctctttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaaggaat 48254381  T
Q  332 caaattagc 340  Q
     ||||||||    
T  48254380 taaattagc 48254372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 38 - 340
Target Start/End: Original strand, 45150517 - 45150827
Alignment:
Q  38 ttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaa 137  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  45150517 ttagagcctgtttgttttggcttttcagcaccaagaagtgattctataaccctcaaaaatgaaaaattgagttttcaatggtgtttggtttggcttttaa 45150616  T
Q  138 gaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgatt 228  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45150617 gaattgtttctatcctccaaaaacaattatccttgaagctacaaatcctagcttttggttttcctagaatcaattctacattaaattttatattttgatt 45150716  T
Q  229 attacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacg 328  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |    
T  45150717 gttacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaatttaatcagaaaacttaatg 45150815  T
Q  329 aaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||||    
T  45150816 aaccaaattagc 45150827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 38 - 340
Target Start/End: Original strand, 28182289 - 28182599
Alignment:
Q  38 ttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaa-cctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgactttta 136  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| || ||| |||   |||||||| |||  ||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||     
T  28182289 ttagagtctgtttgttttggcttttcaacaacaagaagcacttctacaaacctcaaaaagtggaaa-ttgagttttcaatgttgtttggtttggcttttt 28182387  T
Q  137 agaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgat 227  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||| || |||||||||         ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28182388 agaattgcttctatcctccaacagcaattatccttaaagctaaaattcctaacttttggctttcctataatcaattctacattaaattttatattttgat 28182487  T
Q  228 tattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaac 327  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||    
T  28182488 tattacaacctattattttcttttattgccctttatcagttctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaaccaaatttaatcagaagacttaac 28182586  T
Q  328 gaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||||    
T  28182587 gaaccaaattagc 28182599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 46 - 327
Target Start/End: Original strand, 42074320 - 42074608
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||| |||   |||||||| | | ||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  42074320 tgtttgttttggcttttgagcaacaagaagcacttctacaaacctcaaaagtggaaa-ttgagttttcaatgctgtttggtttggcttttcagaattgct 42074418  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||         || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42074419 tctatcctccaaaaacaattctccttaaagctacaattcctagcttttgactttgctcgaatcaattctacattaaatttaatattttgattattacaac 42074518  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaac 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  42074519 ctattattttcctttattgccctttaccaattctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaac 42074608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 79 - 340
Target Start/End: Original strand, 51229688 - 51229956
Alignment:
Q  79 ttctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagcta 178  Q
    |||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |||| ||||||||||  ||||| | ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||||    
T  51229688 ttctacaaactttaaaattggaaa-ttgagttttcaatgttgtttggtttagcttttcaaaattgcttctatcctccaaaaataattctccttaaagcta 51229786  T
Q  179 caaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattc 269  Q
    ||| |||||||||         ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  51229787 caattcctaacttttggctttcctagaatcaattctacattaaatttaatattttgattattacaacctattattttcttttatatccctttatcaattc 51229886  T
Q  270 tccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  51229887 tccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaatcaaatttaataagaaaacttaaccgaccaaattagc 51229956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 45 - 340
Target Start/End: Original strand, 48180996 - 48181298
Alignment:
Q  45 ctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattga 144  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| |||   |||||||| | | | ||||| ||| ||||||||| |||| | ||||||||||| ||| |||||||     
T  48180996 ctgtttgttttggcttttcagcaacaagaagcacttctacaaacctcagaagtggaaa-ttgagttttcaatgttttttggtttgacattttagaattgc 48181094  T
Q  145 ttctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaa 235  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||| ||||| |||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48181095 ttctatcctccaaaagcaattctccttaaaactacaattcctagcttttggctttcctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattgcaa 48181194  T
Q  236 cctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaa 335  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  48181195 cctattatttttctttattgccctttataaattcttcttctttttgctttgtaa-ttaatttcatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgagccaaa 48181293  T
Q  336 ttagc 340  Q
    |||||    
T  48181294 ttagc 48181298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 46 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 53687547 - 53687246
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||   |||||||| | | ||||||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||| | ||||| |    
T  53687547 tgtttggtttggcttttcagcaataaaaagcacttctacaaacctcaaaagtggaaa-ttgagttttcaatattgtttggtttgacttttcataattgct 53687449  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    |||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| |||||  ||         ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  53687448 tctatcctccaaaagcaattcttgttaaagctacaattcctaggttttggcttttctaaaatcaattctacactaaatttaatattttgattattacaac 53687349  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaat 336  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  53687348 ctattatttttctttattgccctttatcaattctccttcattttgctttgtaa-ttaatttgatgagccaaattaaataagaaaacttaaccaaccaaat 53687250  T
Q  337 tagc 340  Q
    ||||    
T  53687249 tagc 53687246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 139 - 340
Target Start/End: Original strand, 11263711 - 11263920
Alignment:
Q  139 aattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgatta 229  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||         ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11263711 aattgcttctatcctccaaaagcaattatccttgaagctacaaatcctagcttttggctttcctagaatcaattctagattaaattttatattttgatta 11263810  T
Q  230 ttacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacga 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||| ||    
T  11263811 ttacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaattcaatcagaaaacttaatga 11263909  T
Q  330 accaaattagc 340  Q
    |||||||||||    
T  11263910 accaaattagc 11263920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 340
Target Start/End: Original strand, 51407391 - 51407693
Alignment:
Q  45 ctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattga 144  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||    | ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||     
T  51407391 ctgtttgttttggcttttcagcatcaagaagccattctacatatctgaaaagtgaaaa-ttgagtttttaaagttgtttggtttggcttttcagaattgc 51407489  T
Q  145 ttctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaa 235  Q
    ||||||||||||||| ||||| |  || ||||||||| | |||  ||         ||| |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  51407490 ttctatcctccaaaagcaattttggttgaagctacaatttctagttttttggttaactaaaatcaattctccaataaatattatattttaattattacaa 51407589  T
Q  236 cctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaa 335  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  51407590 cttattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaaccgaatttaatcagaaaatttaacgaaacaaa 51407688  T
Q  336 ttagc 340  Q
    |||||    
T  51407689 ttagc 51407693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 46 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 33025968 - 33025685
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |   |||||||| | | ||||||| ||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||| |    
T  33025968 tgtttgttttggcttttcagcaacaaaatgcacttctacaaacctcaaaagtggaaa-ttgagttatcaatgttgtttggtttgacttttcaaaattgct 33025870  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||| |||         ||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||     
T  33025869 tctatcctccaaaagcaattctccttaaagctacaattcctagcttttggctttcctataatcaattctacataaaatttaatattttaattattacaaa 33025770  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaac 322  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||    
T  33025769 ctattattttcctttactaccctttatcaattctccttctttttgctttgtaa-ttaattcgatgaaccaaatttaatcagaaaac 33025685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 215 - 340
Target Start/End: Original strand, 30810813 - 30810937
Alignment:
Q  215 tttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaat 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30810813 tttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgt-atttaatttgatgaaccaaatttaat 30810911  T
Q  315 tagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  30810912 cagaaaacttaacgaaccaaattagc 30810937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 101 - 340
Target Start/End: Original strand, 42274500 - 42274746
Alignment:
Q  101 aaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct------- 193  Q
    |||||||||||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||| ||||| ||| |           
T  42274500 aaattgagttttgaatgttgtttgatttggctttttagaattgattctatcctccaaaagcaattctccttaaagttacaattcctagcttttggctttc 42274599  T
Q  194 --agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
      |||||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  42274600 atagaatcaattctacattaaatttt-taatttggttataacaatctattattttcctttattgcccgttatcaattttccttctttttcctttgtaa-t 42274697  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||    
T  42274698 taatttgatgaaccaaatttgatcagaaaacttatcgaaccaaattagc 42274746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 50392836 - 50392689
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    ||||||| ||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  50392836 ctagaataaattctctaataaattttatatttttattattacaacctattattttcctttattgctctttatcatttctccttctttttgttttgt-att 50392738  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50392737 taatttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaaccaaattagc 50392689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 192 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 45489127 - 45488979
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttg----t 287  Q
    |||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||    |    
T  45489127 ctagaatcaattttccaataaaatttatattttgattattacaacctattattttcctttattgtcctttatcaatcctcct--tttttgctttgtattt 45489030  T
Q  288 aatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  45489029 aatttgatttgatgaaccaaatttaactagaaaatttaacgaaccaaatta 45488979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 187
Target Start/End: Original strand, 31813320 - 31813469
Alignment:
Q  38 ttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaa 137  Q
    |||||||||||||||||  | |||||| |||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||  ||| |||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  31813320 ttagagcctgtttggttcagtttttcaccaccaagaagtgattctataaccctcaaaagtgaaaagctgaattttcaatggtgtttagtttggcttttaa 31813419  T
Q  138 gaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||    
T  31813420 gaattgattctatcctccaaaagcaattatccatgaagctacaaatccta 31813469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 193 - 340
Target Start/End: Original strand, 28883773 - 28883919
Alignment:
Q  193 tagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaattt 292  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||    
T  28883773 tagaatcaattctccattaaattttatattttgattattattacccattattttcctttatcgtcctttatcaattctccttctttttagtttgt-attt 28883871  T
Q  293 aatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||| ||| | || ||||||| | || | ||||||||||||||||||    
T  28883872 aatttaatgtaccacatttaatcaaaatatttaacgaaccaaattagc 28883919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 193 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 44610839 - 44610695
Alignment:
Q  193 tagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaattt 292  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||    
T  44610839 tagaatcaattctccattaaattttatattttaattattacaacc-attatttttctttattgtcctttatcaatgctccttcttttcgatttgt-attt 44610742  T
Q  293 aatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||||  ||||||| |||||||||    
T  44610741 aatttgatgaaccaaatttaatca-aaaatctaacgaatcaaattagc 44610695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 141
Target Start/End: Original strand, 11257748 - 11257847
Alignment:
Q  42 agcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaat 141  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  11257748 agcctgtttgttttggcttttcagcatcaagaagtgattctacaattatcaaaagtgaaaaattgagttttcaatggtgtttggtttggcttttaagaat 11257847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 216 - 340
Target Start/End: Original strand, 44328758 - 44328882
Alignment:
Q  216 ttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaat- 314  Q
    ||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||     
T  44328758 ttatattttaatcattacaactcattattttcctttattatcctttatcaattctcattctttttggtttgt-atttaatttgataaaccaaatttaata 44328856  T
Q  315 tagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
     | ||||  |||||||||||||||||    
T  44328857 aaaaaaaagtaacgaaccaaattagc 44328882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 192 - 253
Target Start/End: Original strand, 40237381 - 40237442
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttat 253  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  40237381 ctagaatcaattctccatcaaattttatattttgattattacaatccattattttcctttat 40237442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 193
Target Start/End: Original strand, 52692005 - 52692079
Alignment:
Q  119 tgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct 193  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| |  || ||||||||| |||||||||||    
T  52692005 tgtttggtttgacttttaaaaatagattttatcctccaaaagcaattctagttgaagctacaattcctaacttct 52692079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 35 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 28964050 - 28963737
Alignment:
Q  35 gttttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttt 134  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28964050 gtttaagagcctgtttggtttgacttttcaacaccaataagtgattctacaacattcaaaagtgaaaaactgagtttttaatggtgtttggtttgacttt 28963951  T
Q  135 taagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttg 225  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  28963950 taagaattgattatatcctccaaaagcaattattcttaaagctacaaatcctaacttctagcttttctagaatcaattctatattaaattttctattttg 28963851  T
Q  226 attattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaactta 325  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28963850 attattacaacctattattttc-tttattgccctttatcaattctctttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaactta 28963752  T
Q  326 acgaaccaaattagc 340  Q
    |||||  ||||||||    
T  28963751 acgaattaaattagc 28963737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 40 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 30418575 - 30418262
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttgg-tttgacttttaag 138  Q
    ||||| |||||| |||  ||||||| || ||| ||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||     
T  30418575 agagcatgtttgattttccttttcaacatcaagaagtgattctataatcttcaaaagtaaaaaattgagtttttaatggtgtttgggtttggcttttaaa 30418476  T
Q  139 aattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgatta 229  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30418475 aattgattctatcctccaaaagcaattatccttcaagctacaaatcctaacttttagctttcctagaatcaattctacattaaattttctattttgatta 30418376  T
Q  230 ttacaacctattattttcctttattgc---cctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaa 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30418375 ttacaacctattattttcctttattgttctcctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaa 30418276  T
Q  327 cgaaccaaattagc 340  Q
    |||| |||||||||    
T  30418275 cgaatcaaattagc 30418262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 40 - 340
Target Start/End: Original strand, 38767712 - 38768020
Alignment:
Q  40 agagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaaga 139  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| || |||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38767712 agagcctgtttgtttttgcttttcagcaccaagaagtgattttagaaccctcaaaagtgaaaaattaagttttcaatggtgtttggtttgacttttaaga 38767811  T
Q  140 attgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgattat 230  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||  || |         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38767812 attgcttctatcctccaaaagcaattatccttgaagctacaaagcctagtttttggctttccaagaatcaattctacattaaattttatattttgattat 38767911  T
Q  231 tacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaa 330  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||  ||||||||| ||||    
T  38767912 tacaacctattattttcctttatttcactttatcaattctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaatttaatcggaaaacttagcgaa 38768010  T
Q  331 ccaaattagc 340  Q
    ||||||||||    
T  38768011 ccaaattagc 38768020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 41 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 22606536 - 22606229
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  22606536 gagcctgattgttttggcttttcagcaccaagaagtgattctacaaccctcaaaagagaaaaattgaattttcaatggtgtttggtttaacttttaagaa 22606437  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct---------agaatcaattctacattaaattttatattttgattatt 231  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||   | ||||||||||||||| ||| |         ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22606436 ttgcttctatcctccaaaagcaattattcgtgaagctacaaatcctagcttttgactttccaagaatcaattctatattaaattttatattttgattatt 22606337  T
Q  232 acaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaac 331  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||    
T  22606336 acagcctattatttttctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaatttaatcagaaaacttagcgaac 22606238  T
Q  332 caaattagc 340  Q
    |||||||||    
T  22606237 caaattagc 22606229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 46 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 53663805 - 53663504
Alignment:
Q  46 tgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgat 145  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||| |||   |||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||| |  ||||| |||| ||||| |||||||||    
T  53663805 tgtttgttttggcttttgagcaacaagaagcacttctacaaacttcaaaagtggaaa-ttgagtttttaacgccgtttgatttggctttttagaattgat 53663707  T
Q  146 tctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 236  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||         ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53663706 tctatcctccaaaagcaattatccttaaagctacaattcctaacttttggctttcctataatcaattctacattaaattttatattttgattattacaac 53663607  T
Q  237 ctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaat 336  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  53663606 ctattattttcctttattaccctttatcaatcctccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaacctaat 53663508  T
Q  337 tagc 340  Q
    ||||    
T  53663507 tagc 53663504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 45 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 29386203 - 29385913
Alignment:
Q  45 ctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattga 144  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  29386203 ctgtttggtttggcttttcaacacaaagaagtgattctacaaccttcaaaagtgaaaact-gagttttttatggtgtttagtttggcttttaacaattga 29386105  T
Q  145 ttctatcctccaaaaacaattatctttaaagctac---aaatcctaactt--ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaaccta 239  Q
    || |||| || |||| ||||||||||||||   |    |  | |||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29386104 ttttatcttcgaaaatcaattatctttaaacaaattctagcttctaacttttctagaatcaattctacaataaattttttattttgattattacaaccta 29386005  T
Q  240 ttattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattag 339  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29386004 ttatttttcttta-tgccctttatcaattctccttctttttgctttgta--------tgatgaatcaaatttaattagaaaatttaacgaaccaaattag 29385914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 79 - 339
Target Start/End: Original strand, 49723744 - 49724008
Alignment:
Q  79 ttctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagcta 178  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||| || |||||||||    
T  49723744 ttctacaaacctcaaaagtgaaaaattgagtttccaatggtgtttggtttggcttttaagaattgtttctatcctccaaaag-aattctcgttaaagcta 49723842  T
Q  179 caaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattc 269  Q
    ||| || || |||         ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  49723843 caattcttagcttttggtatttctagaatcaattctatattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttatt-ccctttat--attc 49723939  T
Q  270 tccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattag 339  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  49723940 tccttctttttgctttgtaa-ttaatttgataaaccaaatttaatcagaaaaattaacgaaccaaattag 49724008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 76 - 340
Target Start/End: Original strand, 48406933 - 48407181
Alignment:
Q  76 tgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaag 175  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| || |||    
T  48406933 tgattctacaaccctcaaaaatgaaaaattgagttttcaatggtgtttgatttgacttttaagaattgcttctatcctccaaatgcaattatccttgaag 48407032  T
Q  176 ctacaaatcctaacttctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttc 275  Q
    |||| ||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  48407033 ctaccaatc---------------aattctacattaaattttatattttgattattacaatctattatttttctttattgccctttatcaattctctttc 48407117  T
Q  276 tttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | ||||| || |||| |||||||||    
T  48407118 tttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaatttaatcataaaacgtagcgaatcaaattagc 48407181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 90 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 53404238 - 53403985
Alignment:
Q  90 ttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaac 189  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||| |    
T  53404238 ttaaaagtaaaaaattgagttttcaatgttgtttggtttggcttttaagcatagcttctatcctccaaaagcaattctccttaaagctacaattcctagc 53404139  T
Q  190 tt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttcttttt 280  Q
    ||         |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  53404138 ttttggttttcctagaatcaattttacattaaattttatattttgattattacaacctattgttttcctttattatcctttatcaattctcctttttttt 53404039  T
Q  281 gctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||     ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  53404038 gctttgtaa-ttaatttgatgaacca-----aatcagaaaacataacgaaccaaattagc 53403985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 192 - 338
Target Start/End: Original strand, 39732892 - 39733037
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39732892 ctagaatcaattctccaataaattttatattttgattattacaacctattattttcctttatcgccctttatcaattctccttctttttgctttgt-att 39732990  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  39732991 taatttgatgaaccaaatttaatcagaaaacataacaaaccaaatta 39733037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 50523887 - 50523740
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  50523887 ctagaatcaattctccaataaatttaatattttgattattacaacctgttattttccattattgccctttatcaattcttcttctttttgctttgt-att 50523789  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  50523788 taatttgatgaaccaaatttaatcagaaaatttaacgaaccaaattagc 50523740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 101 - 340
Target Start/End: Original strand, 45105789 - 45106035
Alignment:
Q  101 aaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt--------c 192  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||| || ||||| |  ||||||||| || || || |||        |    
T  45105789 aaattgagttttcaatgttgtttggtttggcttttcagaattgcttatatcctccagaagcaattcttcttaaagctaaaattcatagcttttgcttttc 45105888  T
Q  193 tagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaattt 292  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  45105889 tagaatcaattctacattcaatttaatattttgattattaaagcctattattttcctttacttccctttatcaattctctttctttttactttgtaa-tt 45105987  T
Q  293 aatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  45105988 aatttgatgaaccaaatttaataagaaaacttaaccaaccaatttagc 45106035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 100 - 340
Target Start/End: Original strand, 26457092 - 26457340
Alignment:
Q  100 aaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt-------- 191  Q
    |||||||||||||||| | |||| | |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    || ||||||||| | ||| |||            
T  26457092 aaaattgagtttttaaagttgttagatttgacttttcagaattgcttttatcctccaaaaacaatttcgattgaagctacaatttctagcttttgggtta 26457191  T
Q  192 -ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaat 290  Q
     |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||     
T  26457192 actagaatcaattctccaataaattttatattttaattattacatcctattatttccctttattgctctttatcaattctcattctttttgctttttaa- 26457290  T
Q  291 ttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    || |||||||| | | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  26457291 ttgatttgatgtaccgaatttaattagaaaacttgacgaatcaaattagc 26457340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 38 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 52058431 - 52058282
Alignment:
Q  38 ttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaa 137  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||   | |||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52058431 ttagagcctgtttattttgacttttcagcaccaaaaaatgattctacaattctcaaaagtaaaaaactgaattttcaatggtgtttggtttgacttttaa 52058332  T
Q  138 gaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  52058331 gaattgcttctatcctccaaaagcaattatccttgaagctacaaatccta 52058282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 16203110 - 16202966
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||   |||||||||| ||||| |||    
T  16203110 ctagaatcaattctccattaaattttatattttaattattacaacccattattttcctttatcgtccttcatcaatt---cttctttttggtttgt-att 16203015  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||    
T  16203014 taatttgatgaaccaaatttaatcaaaaaaattaatgaactaaattagc 16202966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Original strand, 51677184 - 51677327
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||   |||    
T  51677184 ctagaatcaattttccattaaattttatattttaattattacagctcattattttcttttatttccctttatcaattctccttcttttt--ttt---att 51677278  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||| | ||||| ||||||||||    
T  51677279 taatttgatgaaccaaatttaatcaaaaaattcaacgatccaaattagc 51677327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 249 - 340
Target Start/End: Original strand, 8510297 - 8510387
Alignment:
Q  249 tttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8510297 tttattggcctttatcaattctccttccttttgctttgta-tctaatttaatgaaccaaatttaatcagaaaacttaacgaaccaaattagc 8510387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 192 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 5937859 - 5937786
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatca 265  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  5937859 ctagaatcaattctccaataaattttatattttgattattacaacctattattttcccttatttccctttatca 5937786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 253
Target Start/End: Original strand, 28911562 - 28911724
Alignment:
Q  100 aaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt-------- 191  Q
    ||||| ||||||| |||  ||||||||||| ||| | ||||||| ||||| ||||||||| ||||| |   | ||||||||| |||||||||            
T  28911562 aaaatcgagttttgaatcatgtttggtttggcttatcagaattgcttctaccctccaaaagcaattgtggatgaagctacaattcctaacttttgagtta 28911661  T
Q  192 -ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttat 253  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28911662 actaaaatcaattctccattaaattttatattttgattattacaacccattattttcctttat 28911724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 119 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 51834346 - 51834272
Alignment:
Q  119 tgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct 193  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| |||||||||||    
T  51834346 tgtttggtttgacttttcagaattgcttctatcctccaaaagcaattctccataaagctacaattcctaacttct 51834272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 192 - 246
Target Start/End: Original strand, 8503850 - 8503904
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattatttt 246  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8503850 ctagaatcaattttccaataaattttatattttgattattataacctattatttt 8503904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0808 (Bit Score: 183; Significance: 9e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0808
Description:

Target: scaffold0808; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 49 - 340
Target Start/End: Original strand, 4021 - 4317
Alignment:
Q  49 ttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattct 148  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  4021 ttggtttggcttttcagcaccaagaa-tgattctacaaccttcaaaagtgaaaaactgaatttttaatggtgtttagtttggcttttaagaattgattct 4119  T
Q  149 atcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttctag---------aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaaccta 239  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||         |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  4120 atcctcgaaaagcaattatcattaaagctaaaaatcctagcttctagcttttctaaaatcaattctacattaaattttctatttttattattacaaccta 4219  T
Q  240 ttattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattag 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4220 ttattttcctttattgccctttatcaattctc---ctttttgaattgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattag 4316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 160; Significance: 5e-85; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 37 - 314
Target Start/End: Original strand, 365509 - 365801
Alignment:
Q  37 tttagagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgactttta 136  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365509 tttagagcatgtttggtttggctttttagcactaagaaatgattctacaatcttcaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgactttta 365608  T
Q  137 agaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaac---------ttctagaatcaattctacattaaattttatattttgat 227  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||         ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  365609 agaattgattctatcatccaaaagcaattatccttaaagctacaaatcctaacttctaacttttctagactcaattttacattaaattttctattttgat 365708  T
Q  228 ta-------ttacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaat 314  Q
    ||       ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  365709 tattacaagttacaacctgtta-tttcctttattgccttttatcaattctgcttctttttgctttgtaatttaatttgatgaaccaaatttaat 365801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 70 - 338
Target Start/End: Original strand, 10683120 - 10683382
Alignment:
Q  70 aaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatct 169  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||     
T  10683120 aaaatgtgattctacaaccttcaaaagtgaaac--tgaatttttaatggtgtttggtttggcttttaagaattgattctatcctctaaaattaattatcc 10683217  T
Q  170 ttaaagctacaaatcctaac---------ttctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctt 260  Q
    ||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||          ||||    
T  10683218 ttaaagctacaaatcctaacttctagtttttctagaatcaattctacattaaattttctattttgattattacaacctattatttt----------cctt 10683307  T
Q  261 tatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    |||||||||||   |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  10683308 tatcaattctc---ctttttgaattgtaatttaatttgatgaaccaaatttaattagaaaatttaacaaaccaaatta 10683382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 41 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 21517533 - 21517387
Alignment:
Q  41 gagcctgtttggtttggcttttcagcaccaaaaagtgattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaa 140  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21517533 gagcctgtttggttcagcttttcaccaccaagaagtgattctacaaccctcaaaagtgaaaagttgaattttcaatggtgtttggtttgacttttaagaa 21517434  T
Q  141 ttgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatccta 187  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||    
T  21517433 ttgattctatcctccaaaagcaattatccatgaagctacaaatccta 21517387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 196 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 20838507 - 20838366
Alignment:
Q  196 aatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaat 295  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  20838507 aatcaattctccaataaatcttatattttgattattacgacctattagtttcctttattgctctttatcaattcacattctttttgctttgt-atttaat 20838409  T
Q  296 ttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaatta 338  Q
    |||||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  20838408 ttgatgaaccaaatttaatcaaaaaacttaacgaactaaatta 20838366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 340
Target Start/End: Original strand, 30134231 - 30134372
Alignment:
Q  194 agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaattta 293  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||   ||||||| ||||| |||||    
T  30134231 agaatcaattctccattaaattttatattttaattattacaacctattattttcctttattgtccttcatcaattatc---ctttttg-tttgt-attta 30134325  T
Q  294 atttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    ||||||| || |||||||||| | |||| |||||  |||||||||||    
T  30134326 atttgataaaccaaatttaatcaaaaaagttaacataccaaattagc 30134372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 230 - 340
Target Start/End: Original strand, 27825119 - 27825229
Alignment:
Q  230 ttacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaat-tagaaaacttaacg 328  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||  | |||| ||||||    
T  27825119 ttacaacccattattttcctttattgttctttatcaattctccttctttttcgtttgt-atttaatttgatgaaccaaatttaatccaaaaaatttaacg 27825217  T
Q  329 aaccaaattagc 340  Q
    ||||||||||||    
T  27825218 aaccaaattagc 27825229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 100 - 266
Target Start/End: Original strand, 4146793 - 4146967
Alignment:
Q  100 aaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt-------- 191  Q
    |||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||| ||||||| ||||| || |||||| ||||| |   | ||||||||| ||||| |||            
T  4146793 aaaattgagttttctatcatgtttggtttggcttttcagaattgcttctaccccccaaaagcaattctggatgaagctacaattcctagcttttgagtta 4146892  T
Q  192 -ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaa 266  Q
     |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4146893 actagaatcaattctccattaa-ttttatattttgattattacaacccattattttcctttattgtcctttatcaa 4146967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 31746287 - 31746215
Alignment:
Q  119 tgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaactt 191  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||| ||  || |||||||| |||||||||    
T  31746287 tgtttggtttgacttttcaaaattgcttctatcctccaaaagcaattctccatatagctacaattcctaactt 31746215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 77 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 33202 - 32935
Alignment:
Q  77 gattctacaacctttaaaagtgaaaaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaa-caattatctttaaag 175  Q
    |||||||||| | | |||| |||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||| |||| |    
T  33202 gattctacaatcctcaaaaatgaaaaattgagttttcaatgatatttagtttgacttttaaaaattgcttctattctccaaaaagcaattatccttaa-g 33104  T
Q  176 ctacaaatcctaactt---------ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaa 266  Q
    |||||||| |||||||         ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33103 ctacaaattctaacttttggtttttctagaatcaattctaaattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaa 33004  T
Q  267 ttctccttctttttgctttgtaatttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaat 336  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  33003 ttatccttctttttgctttgtaa-ttaatttgatgaacaaaatttaatcagaaaacctaacgaaccaaat 32935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 101 - 336
Target Start/End: Original strand, 91516 - 91761
Alignment:
Q  101 aaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatct--ttaaagctacaaatcctaacttct----- 193  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||  |||||||||||| ||||||||| |         
T  91516 aaattgagttttcaatgtagtttggtttggctttttagaattgattctatcctccaaaagcaatattctacttaaagctacaattcctaacttttggctt 91615  T
Q  194 ----agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaa 289  Q
        ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91616 tcatagaacaaattctacattaacttttatattttgattattacaacctattattttcctttattgtcttttatcaattctccttctttttgctttgtaa 91715  T
Q  290 tttaatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaat 336  Q
     ||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  91716 -ttaatttgatgaaccaaatttattcagaaaatttaacgaaccaaat 91761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 101 - 340
Target Start/End: Original strand, 16797 - 17040
Alignment:
Q  101 aaattgagtttttaatggtgtttggtttgacttttaagaattgattctatcctccaaaaacaattatctttaaagctacaaatcctaacttct------- 193  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| |||||| || |           
T  16797 aaattgagttttcaatgttgtttggtttggctttttagaattgattctatcctccaaaagcaattctaattaaagctacaattcctaatttttggttttc 16896  T
Q  194 --agaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
      ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  16897 atagaacaaattctacattaacttttatattttgattattacaacctatta----cctttattgtcttttatcaattctccttctttttgcgttgtaa-t 16991  T
Q  292 taatttgatgaatcaaatttaattagaaaacttaacgaaccaaattagc 340  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  16992 taatttgatgaaccaaatttatttaggaaacttaacgaaccaaattagc 17040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 192 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 9710 - 9601
Alignment:
Q  192 ctagaatcaattctacattaaattttatattttgattattacaacctattattttcctttattgccctttatcaattctccttctttttgctttgtaatt 291  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  9710 ctagaatcaattctccaataaattttatattttgattattacaatctattatttttctttattgccctttatcaattctccttctttttgcttcgt-att 9612  T
Q  292 taatttgatga 302  Q
    |||||| ||||    
T  9611 taatttcatga 9601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University