View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14866_high_1 (Length: 676)

Name: NF14866_high_1
Description: NF14866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14866_high_1
NF14866_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-666)||(12417993-12418642)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 12418642 - 12417993
Alignment:
Q  17 aattaaaacatgaaattgtgactattcaacaccatgccaaatcaagnnnnnnngcttagtgagaaaccttaaacctttttaattatctatatttcaaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12418642 aattaaaacatgaaattgtgactattcaacaccatgccaaatcaagtttttttgcttagtgagaaaccttaaacctttttaattatctatatttcaaaag 12418543  T
Q  117 ttttaacaccaagtcccacattgactgatgtgcattcaagtttttatgcatnnnnnnnnn-taccacttgttgaatctaaaggtcttttggaggttgaaa 215  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  12418542 ttttaacaccaagtccaacattgactgatgtgcattcaagtttttatgcataaaaaaaaaataccacttgttgaatctaaaggtcttttggaggttcaa- 12418444  T
Q  216 tatggtaaaatttcctctattttttctgcaggaaaattttgtaaaccagttctatttgaattaatcatgcatttttctatactgatgtcttggataagct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12418443 tatggtaaaatttcctctattttttctgcaggaaaattttgtaaaccagttctatttgaattaatcatgcatttttctatactgatgtcttggataagct 12418344  T
Q  316 aaaacaggcatgtattcaaatgtatgttaggatgtttcctattatgtgttgttgattggtgtttgagattatatggctgctagctatattttattcatgt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12418343 aaaacaggcatgtattcaaatgtatgttaggatgtttcctattatgtgttgttgattggtgtttgagattatatggctgctagctatattttattcatgt 12418244  T
Q  416 ggttgataccttgtgtgccttgtttaaaattgaatgtaccttgtctgccttatatagtataagatgtagattttaaaacttcgattaaatagctatgtca 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12418243 ggttgataccttgtgtgccttgtttaatattgaatgtaccttgtctgccttatatagtataagatgtagattttaaaacttcgattaaatagctatgtca 12418144  T
Q  516 aaaagtacatggcatggagtttaagaacctaatatgggattaggggttcctaatttaaatattcaaagggaattgaaaggcctaaattaggaaatataaa 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12418143 aaaagtacatggcatggagtttaagaacctaatatgggattaggggttcctaatttaaatattcaaagggaattgaaaggcctaaattaggaaatataaa 12418044  T
Q  616 attcaatcaagtagtccttcttatctttcgtcctagttatatattcttgga 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12418043 attcaatcaagtagtccttcttatctttcgtcctagttatatattgttgga 12417993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University