View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14867_low_2 (Length: 576)

Name: NF14867_low_2
Description: NF14867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14867_low_2
NF14867_low_2
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-562)||(11402643-11403205)
chr8 (4-79)||(11402187-11402262)
chr8 (138-208)||(11402306-11402376)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (5-520)||(42912884-42913420)
chr2 (5-350)||(42300588-42300933)
chr2 (356-431)||(42300959-42301034)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (5-520)||(29282025-29282561)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (5-520)||(45966002-45966538)
chr4 (5-520)||(27729984-27730520)
chr4 (5-520)||(24146742-24147261)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (5-520)||(29303735-29304271)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (5-520)||(12528771-12529307)
chr5 (5-520)||(35841715-35842251)
chr5 (14-75)||(12643716-12643777)
chr5 (356-522)||(12643795-12643962)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 11403205 - 11402643
Alignment:
Q  1 tccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11403205 tccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgataaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcaatatcttg 11403106  T
Q  101 ttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaac 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11403105 ttattagcagagtcgcaaaggatgtatcgaaagtcatgtcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaac 11403006  T
Q  200 ctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaa 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11403005 ctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaa 11402906  T
Q  300 cttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaagaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagag 399  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11402905 cttttagaggaagaggacgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaagaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagag 11402806  T
Q  400 aaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaatacaacatcaggcaaac 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11402805 aaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaatacaacatcaggcaaac 11402706  T
Q  500 gtggcagaaaattcatatcaaaacactgatgagtcttgtgaaagtgtattgcttgctaaaatt 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11402705 gtggcagaaaattcatatcaaaacactaatgagtcttgtgaaagtgtattgcttgctaaaatt 11402643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 79
Target Start/End: Original strand, 11402187 - 11402262
Alignment:
Q  4 ggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggag 79  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||   | ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11402187 ggataacaaggtggtggagaaaagtctatgtaatatgttgatgaaagttgatcatgtggtgactacgataatggag 11402262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 208
Target Start/End: Original strand, 11402306 - 11402376
Alignment:
Q  138 tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataac 208  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||    
T  11402306 tcaacagaatattgcagaagacagagaaagcaaaggaggaagccttgaaaagtcaagtgaacttcaataac 11402376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 42913420 - 42912884
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||    ||| ||||| |||||       
T  42913420 gatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatattggagtcccatgataccgataccttgtcgg 42913321  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  42913320 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaacctca 42913222  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||  ||    
T  42913221 acaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagaggaaatttcagaggaagaggtcgaggaagctt 42913122  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa--------------------gaggaagaggtggaaacaattttggttct 383  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                     ||||| |||||||||||||||||||||     
T  42913121 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccatcaaggaaaaggtggaaacaattttggttcc 42913022  T
Q  384 accaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaat 483  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||| | | ||||||||||||| || |||| ||    
T  42913021 aataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaaagtatgggcacaaagcagctgactgcagat 42912922  T
Q  484 a-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 520  Q
    |  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  42912921 ataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 42912884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 350
Target Start/End: Original strand, 42300588 - 42300933
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||  | ||| ||||| |||||       
T  42300588 gatagcaaggtggtggagaaaattctatgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatattggagtcccacgataccgataccttgtcgg 42300687  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  42300688 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaacagaatattggagaagagtgaaaatgtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaacctca 42300786  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||| ||| ||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||  ||    
T  42300787 acaacattgttgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagaggaaatttcagaggaagaggtcgaggaagctt 42300886  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatt 350  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  42300887 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaatt 42300933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 356 - 431
Target Start/End: Original strand, 42300959 - 42301034
Alignment:
Q  356 aggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaat 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  42300959 aggaagaggtggaaacaattttggttccaatagccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaat 42301034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 29282561 - 29282025
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||    ||| ||||| |||||       
T  29282561 gatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatattggagtcccatgataccgataccttgtcgg 29282462  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  29282461 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaacctca 29282363  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||  ||    
T  29282362 acaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagaggaaatttcagaggaagaggtcgaggaagctt 29282263  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa--------------------gaggaagaggtggaaacaattttggttct 383  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                     ||||| |||||||||||||||||||||     
T  29282262 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccatcaaggaaaaggtggaaacaattttggttcc 29282163  T
Q  384 accaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaat 483  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||| | | ||||||||||||| || |||| ||    
T  29282162 aataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaaagtatgggcacaaagcagctgactgcagat 29282063  T
Q  484 a-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 520  Q
    |  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  29282062 ataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 29282025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 7e-69; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Original strand, 45966002 - 45966538
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||    ||||||||| |||||       
T  45966002 gatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatattggagtcccatgatatcgataccttgtcgg 45966101  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  45966102 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaacctca 45966200  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | |  |||||| |||||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||  ||    
T  45966201 acaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagaactcgtgacaatttcaacaatggaggaagaggaaatttcagaggaagaggtcgaggaagctt 45966300  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa--------------------gaggaagaggtggaaacaattttggttct 383  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                     ||||| |||||||||||| ||||||||     
T  45966301 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccatcaaggaaaaggtggaaacaactttggttcc 45966400  T
Q  384 accaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaat 483  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||| | | ||||||||||||| || |||| ||    
T  45966401 aataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaaagtatgggcacaaagcagctgactgcagat 45966500  T
Q  484 a-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 520  Q
    |  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  45966501 ataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 45966538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 27730520 - 27729984
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||    |||  |||| |||||       
T  27730520 gatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatattggagtcccatgatactgataccttgtcgg 27730421  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  27730420 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggaaaagactgaaaaagtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaacctca 27730322  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||  ||    
T  27730321 acaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagaggaaatttcagaggaagaggtcgaggaagctt 27730222  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa--------------------gaggaagaggtggaaacaattttggttct 383  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                     ||||| |||||||||||||||||||||     
T  27730221 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccatcaaggaaaaggtggaaacaattttggttcc 27730122  T
Q  384 accaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaat 483  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||| | | ||||||||||||| || |||| ||    
T  27730121 aataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaaagtatgggcacaaagcagctgactgcagat 27730022  T
Q  484 a-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 520  Q
    |  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  27730021 ataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 27729984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Original strand, 24146742 - 24147261
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||        ||| | ||| |||||       
T  24146742 gatagcaaggtagtggagaaaattttacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacaatattgga--------ataccaataccttgtcgg 24146833  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  24146834 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaatagaatattggataagactgaaaaagtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaagctca 24146932  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||| ||| | |||||  ||||| ||| ||    | ||   |||| |||||||||| ||||  ||||  ||| || |||| || |||| ||||||| ||    
T  24146933 acaacattgtttaatccaattagatgggtgaagccagagaatgtgacaatttcaacattggattaagaggaaatttcagagttaaaggtcgaggaacctt 24147032  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaag-----------aggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgt 392  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||            |||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  24147033 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaatttcaatccatcccatcaaggaagaggtggaaacaattttggctccaacaaccgt 24147132  T
Q  393 ggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaatac-aacatc 491  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||   |||| |  |||| ||| |  || |||| |  |||||||||| ||| ||||| | |||| |||||     
T  24147133 ggcagaggaagaggttattacaaccaagagaggaaaaataatggttgctttaattgtggaaagtacaggcacaaagaagctgattgtagatacaaacata 24147232  T
Q  492 aggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 520  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  24147233 aggcaaacatggcagagaattcatatcaa 24147261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Original strand, 29303735 - 29304271
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||    ||| ||||| |||||       
T  29303735 gatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatattggagtcccatgataccgataccttgtcgg 29303834  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  29303835 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaacctca 29303933  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||||||||||||||| || ||| ||| ||   || |  |||||| |||||||||||||||||||||  ||  || ||||| |||| | ||||||  ||    
T  29303934 acaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagctagaactcgtgacaatttcaacaatggaggaagaggaagtttcagaggaagagatcgaggaagctt 29304033  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa--------------------gaggaagaggtggaaacaattttggttct 383  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                     ||||| |||||||||||||||||||||     
T  29304034 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatcaatcccatcaaggaaaaggtggaaacaattttggttcc 29304133  T
Q  384 accaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaat 483  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||| | | ||||||||||||| || |||| ||    
T  29304134 aataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaaagtatgggcacaaagcagctgactgcagat 29304233  T
Q  484 a-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 520  Q
    |  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  29304234 ataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 29304271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 12529307 - 12528771
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||    ||| ||||| |||||       
T  12529307 gatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatattggagtcccatgataccgataccttgtcgg 12529208  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  12529207 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaatactgaaaaagtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaacctca 12529109  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||||||||||||||| || ||| ||| ||  | | |  |||||| |||||||||||||||||||||  ||  || ||||| |||||| ||||||  ||    
T  12529108 acaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaaggcagaactcgtgacaatttcaacaatggaggaagaggaagtttcagaggaagaggtcgaggaagctt 12529009  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa--------------------gaggaagaggtggaaacaattttggttct 383  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                     ||||| |||||||||||||||||||||     
T  12529008 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatcaatcccatcaaggaaaaggtggaaacaattttggttcc 12528909  T
Q  384 accaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaat 483  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||| | | ||||||||||||| || |||| ||    
T  12528908 aataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaaagtatgggcacaaagcagctgactgcagat 12528809  T
Q  484 a-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 520  Q
    |  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  12528808 ataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 12528771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Original strand, 35841715 - 35842251
Alignment:
Q  5 gatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggagtcctccaatatcgatatcttgttat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||| |||| ||||||||    |||  |||| |||||       
T  35841715 gatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactatgatattggagtcccatgatactgataccttgtcgg 35841814  T
Q  105 tagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctca 203  Q
    |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  35841815 tagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccttgaagagccaggtgaacctca 35841913  T
Q  204 ataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaactttagaggtagaggttgaggaacttt 303  Q
    | ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||  ||| || ||||| |||||| ||||||  ||    
T  35841914 acaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagaggaaatttcagaggaagaggtcgaggaagctt 35842013  T
Q  304 tagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa--------------------gaggaagaggtggaaacaattttggttct 383  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                     ||||| |||||||||||||||||||||     
T  35842014 tagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccatcaaggaaaaggtggaaacaattttggttcc 35842113  T
Q  384 accaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagccgattgcaaat 483  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||| | | ||||||||||||| || |||| ||    
T  35842114 aataaccgtggcagaggaagaggttgttacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaaagtatgggcacaaagcagctgactgcagat 35842213  T
Q  484 a-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 520  Q
    |  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  35842214 ataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 35842251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 14 - 75
Target Start/End: Original strand, 12643716 - 12643777
Alignment:
Q  14 gtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataat 75  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  12643716 gtggtagagaaaattctacacactatgccgatgaagtttgatcatgtggtgactacaataat 12643777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 356 - 522
Target Start/End: Original strand, 12643795 - 12643962
Alignment:
Q  356 aggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaat 455  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| | || || || || ||| | |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||  |  |||     
T  12643795 aggaagaggtggagacaattttagttataccaatcatgacaaaggaaaaggatattacaaccaagagagaacaaattatagttgtttccactatgaaaag 12643894  T
Q  456 tttaggcacaaagcagccgattgcaaatac-aacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaaaa 522  Q
    ||| |||||||| |||| ||||||| |||| ||||||  | |||| || |||||||||||||||||||    
T  12643895 tttgggcacaaaacagctgattgcagatacaaacatcgagaaaacatgccagaaaattcatatcaaaa 12643962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University