View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14871_low_6 (Length: 567)

Name: NF14871_low_6
Description: NF14871
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14871_low_6
NF14871_low_6
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-551)||(24494345-24494895)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (120-551)||(93695-94126)
scaffold0003 (1-124)||(86237-86360)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-35)||(18557097-18557131)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 24494895 - 24494345
Alignment:
Q  1 agaagtgatgacaaccagagaacttctgcagatgcggatgctagagctctatattcagcttcagtggatgatcttgcaacggctttttgtttaaaagact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494895 agaagtgatgacaaccagagaacttctgcagatgcggatgctagagctctatattcagcttcagtggatgatcttgcaacggctttttgtttaaaagact 24494796  T
Q  101 tccaagaaattgggttaccaccataaaatgtaacatgtgcagaggtggatgtataatcatctctatttccagcccaatcggcatcactgaatgcataaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494795 tccaagaaattgggttaccaccataaaatgtaacatgtgcagaggtggatgtataatcatctctatttccagcccaatcggcatcactgaatgcataaag 24494696  T
Q  201 attttgagaagaagtgtgcttcaagtgaagtccatgaaacatggtggctttgagatatcgaagaagtcttttcaaggatgtaaagtgtgtagatgatgga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24494695 attttgagaagaagtgtgcttcaagtgaagtccatgaaacatggtggctttgagatatcaaagaagtcttttcaaggctgtaaagtgtgtagatgatgga 24494596  T
Q  301 tgttgcatgaattgtgcaagcttatttacagtgtaggctatgtcaggccttgtcatggataaatattgtagagcccctatgacgcttctgtattccgtac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494595 tgttgcatgaattgtgcaagcttatttacagtgtaggctatgtcaggccttgtcatggaaaaatattgtagagcccctatgacgcttctgtattccgtac 24494496  T
Q  401 tatctgctgcacttgcgccatcagatttagtaagaggagaggatgtagacatcggtgaatggacaatctttgcatctttcatctttgtgcggtcaagtag 500  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494495 tatctgctacacttgcgccatcagatttagtaagaggagaggatgtagacatcggtgaatggacaatctttgcatctttcatctttgtgcggtcaagtag 24494396  T
Q  501 atcatgaatatatttatgttgactcagaaataatccttgagtagtaggaat 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494395 atcatgaatatatttatgttgactcagaaataatccttgagtagtaggaat 24494345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 94126 - 93695
Alignment:
Q  120 accataaaatgtaacatgtgcagaggtggatgtataatcatctctatttccagcccaatcggcatcactgaatgcataaagattttgagaagaagtgtgc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |    
T  94126 accataaaatgtaacatgtgcagaggtggatgtataatcatctcgatttccagcccaatcggcatcactgaatgcatatagattttgagaagaagtgcac 94027  T
Q  220 ttcaagtgaagtccatgaaacatggtggctttgagatatcgaagaagtcttttcaaggatgtaaagtgtgtagatgatggatgttgcatgaattgtgcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  94026 ttcaagtgaagtccatgaaacatggtggctttgagatatcgaagaagtcttttcaaggttgtaaagtgtgtagatgatggatattgcatgaactgtgcaa 93927  T
Q  320 gcttatttacagtgtaggctatgtcaggccttgtcatggataaatattgtagagcccctatgacgcttctgtattccgtactatctgctgcacttgcgcc 419  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  93926 acttatttacagtgtaggctatgtcaggccttgtcatggacaaatattgtagagcccctatgacgcttctgtattccgtactatctgcttcacttgcgcc 93827  T
Q  420 atcagatttagtaagaggagaggatgtagacatcggtgaatggacaatctttgcatctttcatctttgtgcggtcaagtagatcatgaatatatttatgt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93826 atcagatttagtaagaggagaggatgtagacatcggtgaatggacaatctttgcatctttcatctttgtgcggtcaagtagatcatgaatatatttatgt 93727  T
Q  520 tgactcagaaataatccttgagtagtaggaat 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93726 tgactcagaaataatccttgagtagtaggaat 93695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 86360 - 86237
Alignment:
Q  1 agaagtgatgacaaccagagaacttctgcagatgcggatgctagagctctatattcagcttcagtggatgatcttgcaacggctttttgtttaaaagact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  86360 agaagtgatgacaaccagagaacttctgcggatgcgtatgctagagctctgtattcagcttcagtggatgatcttgcaacaaatttttgtttaaaagact 86261  T
Q  101 tccaagaaattgggttaccaccat 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  86260 tccaagaaattgggttaccaccat 86237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Original strand, 18557097 - 18557131
Alignment:
Q  1 agaagtgatgacaaccagagaacttctgcagatgc 35  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18557097 agaagtgatgacaaccagagaacttctgcggatgc 18557131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University