View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14875_low_3 (Length: 708)

Name: NF14875_low_3
Description: NF14875
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14875_low_3
NF14875_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-690)||(40998229-40998928)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 690
Target Start/End: Original strand, 40998229 - 40998928
Alignment:
Q  12 atcatcacttagattgatcaattcgatcttattttcattaccttgctattgtctatttatcgtgattcaaacacaccatggcaaacaactctcttccccc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998229 atcatcacttagattgatcaattcgatcttatttttattaccttgctattgtctatttatcgtgattcaaacacaccatggcaaacaactctcttccccc 40998328  T
Q  112 actctcaaccctcgccgtccccatttgaaaactcccataatcaagtgtttggcaagctaattcaattttacggaagtga---cacattttgaaaacttaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||    
T  40998329 actctcaaccctcgccgtccccatttgaaaactcccataattaagtgtttggtatgctaattcaattttacggaggtgatgacacattttgaaaacttaa 40998428  T
Q  209 gttgacccaagggccaagagccaagcaatccatccaagactcaaattcatcatatttgtatggacgaaaaacacattttaacctttttataattatacac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  40998429 gttgacccaagggccaagagccaagcaatccatccaagactcaaactcatcatatttgtaaggaccaaaaacacattttaacctttttataattatacag 40998528  T
Q  309 aacacacccctattggtggtttgggcatctagcaaatatagtttgagtagacagatcaatttacacaaaagattatataattggctccactacttacgct 408  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998529 aacgcacccctattggtggtttgggcatctagcaaatatagtttgagtagacagatcaatttacacaaaagattatataattggctccactacttacgct 40998628  T
Q  409 ctgtttgggtataataatgattgaaatctggaaatcacatctagagatgagaaatttatctcaatgacagcaataacaagcacgtagaaatatgtgtggc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998629 ctgtttgggtataataatgattgaaatctggaaatcacatctagagatgagaaatttatctcaatgacagcaataacaagcacgtagaaatatgtgtggc 40998728  T
Q  509 atgcagccaagatgtgtttgtagttttgagttgtg------------------agccaagattctttttgactcgatattccacaattgtgttttatgat 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998729 atgcagccaagatgtgtttgtagttttgagttgtgagccaagcaataccccccagccaagattctttttgactcgatattccacaattgtgttttatgat 40998828  T
Q  591 tggctaacttaatcttaactaagctatccttaagataattaagatgaaattgaccactgcacatagaaatattcaatgccataataatcccacaatttca 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998829 tggctaacttaatcttaactaagctatccttaagataattaagatgaaattgaccactgcacatacaaatattcaatgccataataatcccacaatttca 40998928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University