View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14883_low_1 (Length: 925)

Name: NF14883_low_1
Description: NF14883
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14883_low_1
NF14883_low_1
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (8-909)||(28371934-28372824)
chr4 (8-909)||(44768655-44769549)
chr4 (467-703)||(28198678-28198916)
chr4 (396-473)||(28199008-28199085)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 764; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 764; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 909
Target Start/End: Complemental strand, 28372824 - 28371934
Alignment:
Q  8 gtcgaagaatatgtaagcaaaagaaacatgtattttactggttatatttacaaactaaagtaccctatnnnnnnntttaatgcaaattcattgtatcaca 107  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||| ||||||| |||| |||||||    
T  28372824 gtcgaacaagatgtaagcaaaagaaacatgtattttactggttatatttacaaactaaagtaccccataaaaaaatttattgcaaatccattatatcaca 28372725  T
Q  108 tcacatcacgtattaatataatatgcacaataattgaaggagaggtagaattactgagtgatgatgcagatgtgatgacaagaggatccaatttctcaac 207  Q
    ||||||         || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28372724 tcacat---------at-taatatgcacaataattgaaggagaggtagaattactgagtgatgatgcagatgtgatgacaagaggatccaatttctcaac 28372635  T
Q  208 cccttcattcccaagttctctaatcgcatcaaacacttgactaacaggaagaactgcttcatccgtacatgccaacacagcaccgtacatctttgcagca 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28372634 cccttcattcccaagttctctaatcgcatcaaacacttgactaacaggaagaactgcttcatccgtgcatgccaacacagcaccgtacatctttgcagca 28372535  T
Q  308 tcctgtaacaataaataacaaattgaaaatgattcaaatgaaacatatacatgcagataagtacttttcaataccaaaatnnnnnnnnctttgcatgcat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||    
T  28372534 tcctgtaacaataaataacaaattgaaaatgattcaaatgaaacatatacatgcagataagtacttttcaataccaaaataaaaaaa-ctttgcatgcat 28372436  T
Q  408 cttcacaatgaatacacttgaaatacatatccacaagagcacaataaacagaaccatagaaaaccatcaatcacaacacccttcaatctcatatccacaa 507  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28372435 cttcgcaatgaatacacttgaaatacatatccacaagagcacaataaacagaaccatagaaaaccatcaatcacaacacccttcaatctcatatccacaa 28372336  T
Q  508 atcacttgtgcctcaccaggaacatcgtttttaacaaacccattaatcaaagctgtccaagcaacaatatccctttgaggactttcatcaaacattttac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28372335 atcacttgtgcctcaccaggaacatcgttttaaacaaacccattaatcaaagctgtccaagcaacaatatccctttgaggactttcatcaaacattttac 28372236  T
Q  608 acgcacttttcggaaacccagaacacccaaaagccgaaatgaaatcattacaaacaaaacaatcaaaatcaaacccaagtttaaatatttgagcatgaaa 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28372235 acgcacttttcggaaacccagaacacccaaaagccgaaatcaaatcattacaaacaaaacaatcaaaatcaaacccaagtttaaatatttgagcatgaaa 28372136  T
Q  708 cataaaaagggacataaccaatggagtgggttaccgtaaaacgaattgtgaattgaaaatgagaaaatggatgaaaagacatggaataatttagaaatta 807  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28372135 cataaaaagggacataaccgatggagtgggttaccgtaaaacgaattgtgaattgaaaatgagaaaatggatgaaaagacatggaataatttcgaaatta 28372036  T
Q  808 gaataatcagtgaaaatcatagaaatgtttgaagacgttaacgaaaagatttggaaaagagatggagaggaactaaccattgcgatgagatgttgaagtt 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28372035 gaataatcagtgaaaatcatagaaatgtttgaagacgttaacgaaaagatttggaaaagagatggagaggaactaaccattgcgatgagatgttgaagtt 28371936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 909
Target Start/End: Original strand, 44768655 - 44769549
Alignment:
Q  8 gtcgaagaatatgtaagcaaaagaaacatgtattttactggttatatttacaaactaaagtaccctatnnnnnnntttaatgcaaattcattgtatcaca 107  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||| |||| |||||||    
T  44768655 gtcgaacaagatgtaagcaaaagaaacatgtattttactggttatatttacaaactaaagtaccccataaaaaaatttaatgcaaatccattatatcaca 44768754  T
Q  108 tcacatcacgtattaatataatatgcacaataattgaaggagaggtagaattactgagtgatgatgcagatgtgatgacaagaggatccaatttctcaac 207  Q
    |||||| |          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44768755 tcacataa----------taatatgcccaataattgaaggagaggtagaattactgagtgatgatgcagatgtgatgacaagaggatccaatttctcaac 44768844  T
Q  208 cccttcattcccaagttctctaatcgcatcaaacacttgactaacaggaagaactgcttcatccgtacatgccaacacagcaccgtacatctttgcagca 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44768845 cccttcattcccaagttctctaatcgcatcaaacacttgactaacaggaagaactgcttcatccgtgcatgccaacacagcaccgtacatctttgcagca 44768944  T
Q  308 tcctgtaacaataaataacaaattgaaaatgattcaaatgaaacatatacatgcagataagtacttttcaataccaaaatnnnnnnnnctttgcatgcat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        ||||||||||||    
T  44768945 tcctgtaacaataaataacaaattgaaaatgattcaaatgaaacatatacatgcagataagtacttttcaatagcaaaataaaaaaa-ctttgcatgcat 44769043  T
Q  408 cttcacaatgaatacacttgaaatacatatccacaagagcacaataaacagaaccatagaaaaccatcaatcacaacacccttcaatctcatatccacaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44769044 cttcacaatgaatacacttgaaatacatatccacaagagcacaataaacagaaccatagaaaaccatcaatcacaacacccttcaatctcatatccacaa 44769143  T
Q  508 atcacttgtgcctcaccaggaacatcgtttttaacaaacccattaatcaaagctgtccaagcaacaatatccctttgaggactttcatcaaacattttac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44769144 atcacttgtgcctcaccaggaacatcgtttttaacaaacccattaatcaaagctgtccaagcaacaatatccctttgaggactttcatcaaacattttac 44769243  T
Q  608 acgcacttttcggaaacccagaacacccaaaagccgaaatgaaatcattacaaacaaaacaatcaaaatcaaaccca----agtttaaatatttgagcat 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  44769244 acgcacttttcggaaacccagaacacccaaaagccgaaatgaaatcattacaaacaaaacaatcaaaatcaaacccaagttagtttaaatatttgagcat 44769343  T
Q  704 gaaacataaaaagggacataaccaatggagtgggttaccgtaaaacgaattgtgaattgaaaatgagaaaatggatgaaaagacatggaataatttagaa 803  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44769344 gaaacataaaaagggacataaccgatggagtgggttaccgtaaaacgaattgtgaattgaaaatgagaaaatggatgaaaagacatggaataatttagaa 44769443  T
Q  804 attagaataatcagtgaaaatcatagaaatgtttgaagacgttaacgaaaagatttggaaaagagatggagaggaactaaccattgcgatgagatgttga 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  44769444 attagaataatcagtgaaaatcatagaaatgtttgaagacgttaacgaaaagatttggaaaagagatagagaggaaaaaaccattgcgatgagatgttga 44769543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 467 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 28198916 - 28198678
Alignment:
Q  467 aaaaccatcaatcacaacacccttcaatctcatatccacaaatcactt--gtgcctcaccaggaacatcgtttttaacaaacccattaatcaaagctgtc 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28198916 aaaaccatcaatcacaacacccttcaatctcatctccacaaaacacctaagcgcctcaccaggaacaccatttttaacaaacccattaatcaaagccgtc 28198817  T
Q  565 caagcaacaatatccctttgaggactttcatcaaacattttacacgcacttttcggaaacccagaacacccaaaagccgaaatgaaatcattacaaacaa 664  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  28198816 caagcaacaatatccctttcaggactttcatcaaacactttacacgcatttttcataaacccagaacacccaaaagcagaaatgaaaccattacaaacaa 28198717  T
Q  665 aacaatcaaaatcaaacccaagtttaaatatttgagcat 703  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  28198716 aacaatcatgatcaaacccaagtttaaaaacttgagcat 28198678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 396 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 28199085 - 28199008
Alignment:
Q  396 ctttgcatgcatcttcacaatgaatacacttgaaatacatatccacaagagcacaataaacagaaccatagaaaacca 473  Q
    ||||||| ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  28199085 ctttgcacgcatcttcacaataaccacacttgaagtacatatccacaagagcacaataaacagaaccatccaaaacca 28199008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University