View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14889_low_7 (Length: 414)

Name: NF14889_low_7
Description: NF14889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14889_low_7
NF14889_low_7
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (20-399)||(5284562-5284941)
chr7 (20-399)||(5315365-5315744)
chr7 (20-399)||(5302750-5303129)
chr7 (20-399)||(5310651-5311030)
chr7 (20-399)||(5289186-5289565)
chr7 (24-399)||(46706481-46706856)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (20-399)||(44133033-44133412)
chr1 (20-399)||(44141455-44141834)
chr1 (20-399)||(44128828-44129207)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (20-399)||(1492422-1492801)
chr5 (21-397)||(1478255-1478631)
chr5 (21-397)||(1482449-1482825)
chr5 (24-399)||(1505231-1505606)
chr5 (36-392)||(1509385-1509740)
chr5 (24-399)||(1499494-1499869)
chr5 (105-316)||(1487007-1487218)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (36-399)||(24163295-24163658)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (21-399)||(37862880-37863258)
chr3 (21-399)||(37858854-37859232)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (129-220)||(35251251-35251342)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5284941 - 5284562
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284941 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 5284842  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284841 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 5284742  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284741 aaaccatctcaaatataggtctctcaatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 5284642  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284641 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 5284562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5315744 - 5315365
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315744 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcgaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 5315645  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315644 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 5315545  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5315544 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggct 5315445  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315444 gtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 5315365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5303129 - 5302750
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5303129 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccagtggctcaaaagcgtcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 5303030  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5303029 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 5302930  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302929 aaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtacggggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 5302830  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5302829 gtccaagtgagtatcactagggccacgaaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaacacacgagcacctttgt 5302750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5311030 - 5310651
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5311030 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcgaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgagaca 5310931  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310930 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 5310831  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||    
T  5310830 aaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacaatgcttgcccaacaaggct 5310731  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310730 gtccaagtgagtatcactggggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 5310651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Original strand, 5289186 - 5289565
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5289186 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcgaaagcctcaaccaatgctttagtgatgttctttgaaaca 5289285  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5289286 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatccggagcaattgtttgtgcagtcc 5289385  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  5289386 aaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacagtgcttgcccaacaaggct 5289485  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289486 gtccaagtgagtatcactggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 5289565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 24 - 399
Target Start/End: Original strand, 46706481 - 46706856
Alignment:
Q  24 ccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaatcc 123  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  46706481 ccaccagggtgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggttggaaagcctcaactaatgctttatcaatgttctttgaaacaatcc 46706580  T
Q  124 caggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaac 223  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  46706581 caggaacatcttttagaaggtggaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgaagtccaaac 46706680  T
Q  224 catctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtct 323  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||| |||||     
T  46706681 catctcaaatataggtttctcaatttctggtactggatcagaaccaacaataagtgcagcagctctgactccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtcc 46706780  T
Q  324 aagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  46706781 aagtgagtatcactagggccgcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggcacctttgt 46706856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 44133412 - 44133033
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  44133412 aggtccaccagggtgtgcaatccaaaagattgaattgtaatcagaaattcctaatggttcgaaagcctcaaccaatgctttattgatgttctttgaaaca 44133313  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44133312 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtcc 44133213  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  44133212 aaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggct 44133113  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44133112 gtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgt 44133033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 44141834 - 44141455
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  44141834 aggtccaccagggtgtgcaatccaaaagattgaattgtaatcagaaattcctaatggttcgaaagcctcaaccaatgctttattgatgttctttgaaaca 44141735  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44141734 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccgtcaatggccccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtcc 44141635  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44141634 aaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggct 44141535  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44141534 gtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgt 44141455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 44129207 - 44128828
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  44129207 aggtccaccagggtgtgcaatccaaaagattgaattgtaatcagaaattcctaatggttcgaaagcctcaaccaaagctttattgatgttctttgaaaca 44129108  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44129107 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtcc 44129008  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  44129007 aaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggct 44128908  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44128907 gtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgt 44128828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 1492801 - 1492422
Alignment:
Q  20 aggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaaca 119  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | || || ||||| |||    
T  1492801 aggtccaccagggtgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagagattcccaatggttggaaagcctcaactaatgctttatttatattttttgacaca 1492702  T
Q  120 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1492701 atcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttaacccagcttcacgaagatgaccatcaatggcaccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtcc 1492602  T
Q  220 aaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 319  Q
    ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||  || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492601 aaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagact 1492502  T
Q  320 gtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1492501 gtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttgt 1492422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 21 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 1478631 - 1478255
Alignment:
Q  21 ggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaa 120  Q
    |||||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| ||    ||||| |  |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  1478631 ggtccacctgggtgagcaatccagaagattgaattataatcagagatgtttaatggttggaaagcctcgaccaatgctttatcaatgttctttgaaacaa 1478532  T
Q  121 tcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  1478531 tcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagaccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccctcactgtctggagcaattgtttgtgcagtcca 1478432  T
Q  221 aaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478431 aaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagcaccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactg 1478332  T
Q  321 tctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcaccttt 397  Q
    || || |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478331 tccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcaccttt 1478255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 21 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 1482825 - 1482449
Alignment:
Q  21 ggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaa 120  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |  ||||| || | ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  1482825 ggtccacctggatgagcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaatgtttaatggttggaaagcatcgatcaatgctttatcaatgttctttgaaacaa 1482726  T
Q  121 tcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  1482725 tcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagaccagcttcacgaagatgaccgtcaatggccccctcactgtctggagcaattgtttgtgcagtcca 1482626  T
Q  221 aaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1482625 aaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaagagtgcttgtccaacaagactg 1482526  T
Q  321 tctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcaccttt 397  Q
    || || |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482525 tccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcaccttt 1482449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 24 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 1505606 - 1505231
Alignment:
Q  24 ccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaatcc 123  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||      
T  1505606 ccaccagggtgtgcaatccagaagattgagttgtagtcagaaactcctaatggttggaaagcatcaaccaatgctttattgatgttctttgaaacaattt 1505507  T
Q  124 caggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaac 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1505506 caggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgcgattgtttgtgcagtccaaac 1505407  T
Q  224 catctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtct 323  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  1505406 catttcaaatataggtttctcaatttctggtattggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtcc 1505307  T
Q  324 aagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  1505306 aagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgt 1505231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 36 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 1509740 - 1509385
Alignment:
Q  36 gcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaatcccaggaacatctt 135  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||    ||||| | ||| ||||||| || ||||| |  |||||| ||||| ||| || |||  |||||||    
T  1509740 gcaatccaaaatattgagttgtaatcagagatgtttaatggttgaaatgcctcaatcagtgcttaatcaatgtt-tttgagacagtcacagagacatctt 1509642  T
Q  136 taagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatat 235  Q
    |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509641 taagaagacgaaatgttagtccaacttcacgaaggtgaccgtcaatggcaccttcactatttggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatat 1509542  T
Q  236 aggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcg 335  Q
    || |||||| ||||||||||  |||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  1509541 agatttctcaatttctggtacagggtcagtaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaataatgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatca 1509442  T
Q  336 ctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagca 392  Q
    | |||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1509441 ccagggccacaaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacacacgagca 1509385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 24 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 1499869 - 1499494
Alignment:
Q  24 ccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaatcc 123  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| | | |||||  ||| |||||||| ||||||     
T  1499869 ccacccggatgagcaatccaaaagattgagttataatcagagattcctaatggttgaaatgcctcaactagtactttatcaatattctttgagacaatct 1499770  T
Q  124 caggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaac 223  Q
    |||  ||||| ||| |||  | | ||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1499769 cagagacatccttacgaatattatatgttagcccaacttcacgaagttgaccacaaatagctccttcactatcagaagcaattgtttgtgcagtccaaac 1499670  T
Q  224 catctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtct 323  Q
     | |||||||| ||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |    
T  1499669 taactcaaataaaggtttctcaatttcaggtactaggtcagagccaacaatgactgccgcagctccatctccaaatattgcttgtccaacaagtttgtgt 1499570  T
Q  324 aagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    | ||||||||  ||||| |||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1499569 aggtgagtattactaggtccacaaaatgagattgcagtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 1499494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 105 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 1487218 - 1487007
Alignment:
Q  105 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaa 204  Q
    ||||||||||| | |||  |||| ||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||| || ||   ||| ||| ||||||||||  |||| |    
T  1487218 atgttctttgagataatttcagggacatctttacgaagattaaatgttagtccaacttcacgaagttggccgctaattgcttcttcactatctagagcta 1487119  T
Q  205 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgc 304  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||| |||| || ||| || || ||||||||||| |   || |||||||||| ||||||| |||    
T  1487118 ttgtttgtgcagtccaaacaagctcaaagagaggtttctcaatttttgatatcggatcggagccaacaatgactacaacagctccatcaccaaataatgc 1487019  T
Q  305 ttgtccaacaag 316  Q
    ||||||||||||    
T  1487018 ttgtccaacaag 1487007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 156; Significance: 9e-83; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 36 - 399
Target Start/End: Original strand, 24163295 - 24163658
Alignment:
Q  36 gcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaatcccaggaacatctt 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |  || ||||||| ||||||||||  ||| |||||||| |||||  | |||||||| |    
T  24163295 gcaatccaaaagattgagttgtaatcagagatacctaatggttggaatgcctcaaacaatgctttatcaatattctttgagacaatgtctggaacatcct 24163394  T
Q  136 taagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatat 235  Q
    ||  ||| ||||||| ||| |||  ||||||||| || |||  ||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||     
T  24163395 tacaaagatgaaatgatagcccaaattcacgaagttggccacaaatagctccttcactatttggagcgattgtttgtgctgtccaaactaactcaaatag 24163494  T
Q  236 aggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcg 335  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  24163495 aggtttctcaatttcctgtattgggtcagagccaacaatgactgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggttgtctaagtgagtatcg 24163594  T
Q  336 ctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    || || |||| ||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24163595 cttggtccacaaaatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagaacctttgt 24163658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 399
Target Start/End: Original strand, 37862880 - 37863258
Alignment:
Q  21 ggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaa 120  Q
    |||||||| || || || ||||||||||| || |||||||| || ||   ||| |||| ||| |||||||| |  |||||   |||||||||||| ||||    
T  37862880 ggtccacctgggtgcgcgatccaaaagatggaattgtaatccgagatattcaaaggctgaaatgcctcaacaagagctttctcaatgttctttgagacaa 37862979  T
Q  121 tcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcca 220  Q
      ||||||||||| || || || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  37862980 ggccaggaacatccttgaggagatggaatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtcca 37863079  T
Q  221 aaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactg 320  Q
    |||||  ||||| | ||| ||||| | |||||| |  || || || |||||||| | ||| || || ||||||||||| | ||| || || ||||||||     
T  37863080 aaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagacta 37863179  T
Q  321 tctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    || |  |||||||| ||||| ||||| || || || |||||||  || |||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  37863180 tcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgt 37863258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 399
Target Start/End: Original strand, 37858854 - 37859232
Alignment:
Q  21 ggtccaccgggatgtgcaatccaaaagattgagttgtaatcagaaattcccaatggctcaaaagcctcaaccaatgctttagtaatgttctttgaaacaa 120  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || || || | ||| |||||| | |  |||||   |||||||||||| | ||    
T  37858854 ggtccaccagggtgtgcgatccaaaagatggaattgtaatcagagatacctaaaggttgaaaggcctcagcaagagctttctcaatgttctttgagataa 37858953  T
Q  121 tcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcca 220  Q
      ||||||||||| || || || || ||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||   || ||||||||||||||    
T  37858954 gaccaggaacatccttgaggagatggaatgtaagcccgacttcacgaaggtgaccgtcaattgctccttcactatctggaaggatcgtttgtgcagtcca 37859053  T
Q  221 aaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactg 320  Q
     ||||  ||||| |  |||||||| | || ||||| |||||| || || || || | ||| || || ||||||||||| | |||||| || ||||| ||     
T  37859054 taccaattcaaacaagggtttctcaacttgtggtaatgggtctgaacctacgatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcttgccccacaaggcta 37859153  T
Q  321 tctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgt 399  Q
    || |  ||||| || || || ||||| || || || ||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37859154 tcaagatgagtgtcactgggtccacggaaagtaactgcagttatctctgaacaaactaccaacacacgagcacctttgt 37859232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 129 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 35251342 - 35251251
Alignment:
Q  129 acatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtcca 220  Q
    ||||| || ||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||    
T  35251342 acatccttgagaagatggaatgttagtccaacctcacgaaggtgaccatcaatagctccttgactatcaggaaggattgtttgtgcagtcca 35251251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University